Estudo de bactérias do gênero Gluconobacter: isolamento, purificação, identificação fenotípica e molecular

A importância do estudo de bactérias acéticas, em especial as do gênero Gluconobacter, está baseada em suas aplicações industriais, pois estas possuem a capacidade de bioconversão de sorbitol a sorbose, viabilizando o processo de produção de vitamina C. O estudo envolveu coletas de amostras em indústrias de refrigerante, flores, frutos e mel, seguidas de purificação, identificação fenotípica e identificação molecular, com a utilização de iniciador definido a partir de consulta ao Nucleotide Sequence Database. Preservaram-se as linhagens identificadas como membros da família Acetobacteriaceae, gênero Gluconobacter. Foi isolado um total de 110 linhagens dos substratos: Pyrostegia venusta (Cipó de São João), mel, Vitis vinifera (uva), Pyrus communis (pêra), Malus sp. (maçã) e de duas amostras de refrigerantes envasados em embalagens de PET de 2 L. Deste total, 57 linhagens foram recuperadas em meio MYP (manitol, extrato de levedura, peptona), 12 em meio YGM (glicose, manitol, extrato de levedura, etanol, ácido acético), 41 em meio de enriquecimento e, posteriormente, em meio GYC (glicose, extrato de levedura e carbonato de cálcio). Obtiveram-se 68 linhagens identificadas como bastonetes Gram negativos. Destas, 31 foram caracterizadas bioquimicamente como pertencentes à família Acetobacteriaceae por serem catalase positivas, oxidase negativas e produtoras de ácido a partir de glicose. A caracterização dessas linhagens foi complementada com os testes bioquímicos: liquefação da gelatina, redução de nitrato, formação de indol e H2S e oxidação de etanol a ácido acético. Métodos moleculares foram aplicados para identificação do gênero Gluconobacter. Finalmente, oito linhagens foram caracterizadas como pertencentes ao gênero Gluconobacter. As linhagens encontram-se depositadas em coleção de cultura do laboratório de Microbiologia do Departamento de Biologia da UNESP, campus de Assis, estocadas em extrato de malte 20 a -196 ºC.

A comparison of mycolic acid analysis for nontuberculous mycobacteria identification by thin-layer chromatography and molecular methods

The development of fast, inexpensive, and reliable tests to identify nontuberculous mycobacteria (NTM) is needed. Studies have indicated that the conventional identification procedures, including biochemical assays, are imprecise. This study evaluated a proposed alternative identification method in which 83 NTM isolates, previously identified by conventional biochemical testing and in-house M. avium IS1245-PCR amplification, were submitted to the following tests: thin-layer chromatography (TLC) of mycolic acids and PCR-restriction enzyme analysis of hsp65 (PRA). High-performance liquid chromatography (HPLC) analysis of mycolic acids and Southern blot analysis for M. avium IS1245 were performed on the strains that evidenced discrepancies on either of the above tests. Sixty-eight out of 83 (82%) isolates were concordantly identified by the presence of IS1245 and PRA and by TLC mycolic acid analysis. Discrepant results were found between the phenotypic and molecular tests in 12/83 (14.4%) isolates. Most of these strains were isolated from non-sterile body sites and were most probably colonizing in the host tissue. While TLC patterns suggested the presence of polymycobacterial infection in 3/83 (3.6%) cultures, this was the case in only one HPLC-tested culture and in none of those tested by PRA. The results of this study indicated that, as a phenotypic identification procedure, TLC mycolic acid determination could be considered a relatively simple and cost-effective method for routine screening of NTM isolates in mycobacteriology laboratory practice with a potential for use in developing countries. Further positive evidence was that this method demonstrated general agreement on MAC and M. simiae identification, including in the mixed cultures that predominated in the isolates of the disseminated infections in the AIDS patients under study. In view of the fact that the same treatment regimen is recommended for infections caused by these two species, TLC mycolic acid analysis may be a useful identification tool wherever molecular methods are unaffordable.

Molecular and serological prevalence of Babesia bovis and Babesia bigemina in water buffaloes in the north region of Brazil

Bovine babesiosis is a tick-borne disease caused mainly by Babesia bovis and Babesia bigemina, which are associated to considerable economic losses in cattle herds worldwide. Approximately 60% of buffalo herds in South America are located in Northern Brazil. Little is known about the impact of babesiosis on buffalo herds in Brazil. The present work aimed to verify the occurrence of B. bovis and B. bigemina in 542 water buffaloes in the state of Pará, Northern Brazil, using molecular and serological techniques. The percentage of seropositive animals for B. bovis and B. bigemina was 41.2% and 19.0%, respectively, by ELISA. B. bovis and B. bigemina DNA were detected in 15 and 16% of sampled buffaloes, respectively. A high correlation (Kappa index of 0.9) between serological and molecular tests suggests that the combination of the utilized techniques in the present study is suitable for babesiosis diagnosis in an endemic unstable area. Significantly difference of positivity for serological and molecular assays was verified to localities and reproductive status of sampled animals, but not between buffalo breeds. The immune status of sampled buffaloes associated to the circulation of babesiosis agents in sampled population suggests that the studied area is at risk to clinical babesiosis outbreaks. Furthermore, this study demonstrated that this region can be classified as endemically unstable. © 2013 Elsevier B.V.

Caracterização molecular de populações do inseto praga psilídeo de concha (Glycaspis brimblecombei) por meio de marcadores do tipo ITS 1 (Internal Tanscribed Spacer 1)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização molecular de Staphylococcus sp, isolados de leite de vacas com mastite, em diferenes regiões do estado de São Paulo

Pós-graduação em Biologia Geral e Aplicada - IBB

Diferenciação molecular entre Salmonella enterica subsp enterica sorovar Pullorum e Salmonella enterica subsp enterica sorovar Gallinarum

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Molecular and serological detection of Babesia Bovis and Babesia Bigemina in cattle in the Rio de Janeiro, Brazil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Evaluation of Alpha 1-Antitrypsin and the Levels of mRNA Expression of Matrix Metalloproteinase 7, Urokinase Type Plasminogen Activator Receptor and COX-2 for the Diagnosis of Colorectal Cancer

8 p.

Production of positive controls for calcivirus-specific PCR using recombinant baculiovirus technology

Recent advances in our knowledge of the genetic structure of human caliciviruses (HuCVs) and small round-structured viruses (SRSVs) have led to the development of polymerase chain reaction (PCR)-based molecular tests specific for these viruses. These methods have been developed to detect a number of human pathogenic viruses in environmental samples including water, sewage and shellfish. HuCVs and SRSVs are not culturable, and no animal model is currently available. Therefore there is no convenient method of preparing viruses for study or for reagent production. One problem facing those attempting to use PCR-based methods for the detection of HuCVs and SRSVs is the lack of a suitable positive control substrate. This is particularly important when screening complex samples in which the levels of inhibitors present may significantly interfere with amplificiation. Regions within the RNA polymerase regions of two genetically distinct human caliciviruses have been amplified and used to produce recombinant baculoviruses which express RNA corresponding to the calicivirus polymerase. This RNA is being investigated as a positive control substrate for PCR testing, using current diagnostic primer sets. Recombinant baculovirus technology will enable efficient and cost-effective production of large quantities of positive control RNA with a specific known genotype. We consider the development of these systems as essential for successful screening and monitoring applications.

Do princípio da boa fé nos contratos de seguro

O objetivo deste estudo foi analisar os seguintes tópicos: a possibilidade de interpretação literal do artigo 798 do Código Civil brasileiro, a aplicação das súmulas 61 e 105 do STF, o cabimento de indenização à família do suicida, os entendimentos da neurociência sobre possibilidades que podem interferir na ideação suicida, a visão e, finalmente, posicionamentos do Superior Tribunal de Justiça (STJ) e do Supremo Tribunal Federal do Brasil e quanto ao pagamento da indenização estabelecido no contrato de seguro de vida em caso de suicídio do contratante antes dos dois anos da assinatura do contrato. Buscou-se, também, comparar a doutrina e jurisprudência do Brasil e de Portugal. Na estrutura, iniciou-se por considerações sobre a interpretação jurídica e, em seguida, foram desenvolvidos os capítulos acerca de negócio jurídico, dos contratos, dos contratos de seguro de vida e da boa fé presente e necessária. Como o foco principal eram os contratos de seguro de vida e baseando-se na doutrina e na jurisprudência, de modo geral, mesmo a legislação dos dois países diferindo em pequenos aspectos, concluiu-se que: (1) o seguro é a cobertura de evento futuro e incerto que poderá gerar o dever de indenizar por parte do segurador; (2) a boa-fé - que é presumida - constitui elemento intrínseco do seguro, e é caracterizada pela lealdade nas informações prestadas pelo segurado ao garantidor do risco pactuado; (3) o legislador procurou evitar fraudes contra as seguradoras na hipótese de contratação de seguro de vida por pessoas que já tinham a idéia de suicídio quando firmaram o instrumento contratual; (4) uma coisa é a contratação causada pela premeditação ao suicídio, que pode excluir a indenização. Outra, diferente, é a premeditação para o próprio ato suicida;(5) é possível a interpretação entre os enunciados das Súmulas 105 do STF e 61 da Corte Superior na vigência do Código Civil de 2002; e (6) as regras relativas aos contratos de seguro devem ser interpretadas sempre com base nos princípios da boa fé e da lealdade contratual. Essa premissa é extremamente importante para a hipótese de indenização securitária decorrente de suicídio, pois dela extraise que a presunção de boa fé deverá também prevalecer sobre a exegese literal do art. 798 do Código Civil 2002. O período de 02 anos contido na norma não deve ser examinado isoladamente, mas em conformidade com as demais circunstâncias que envolveram sua elaboração, pois seu objetivo certamente não foi substituir a prova da premeditação do suicídio pelo mero transcurso de um lapso temporal. Há de se distinguir a premeditação que diz respeito ao ato do suicídio daquela que se refere ao ato de contratar o seguro com afinalidade única de favorecer o beneficiário que receberá o capital segurado. Somente a última hipótese permite a exclusão da cobertura contratada, pois configura a má-fé contratual. Em Portugal, salvo em raras exceções, apenas o critério temporal tem sido considerado. Continuando com o objetivo deste estudo, pretendeu-se refletir sobre as pesquisas neurocientíficas acerca do suicídio e, nelas, constam aspectos efetivamente que merecem ser considerados pela ciência jurídica. Suicídio é tema complexo e digno de reflexões por parte de profissionais de várias áreas de atuação. Suas causas ainda são motivo de curiosidade e de investigação. A idéia de uma associação entre disfunção serotoninérgica e suicídio é antiga e bastante consistente, surgindo ainda nos anos 1970 com as primeiras pesquisas. Defende-se que a boa fé necessária nos contratos de seguro, especialmente nos de seguro de vida, prevalece mesmo nos casos em que o contratante se esquece ou deixa de informar algum detalhe que, mais tarde, possa vir a comprometer o recebimento do prêmio por seus beneficiários. Há fortes evidências de que determinantes neurobiológicos, independentes das doenças psiquiátricas, implicam em comportamento suicida, estudados especialmente nos últimos 20 anos. Assim, noções básicas sobre a neurobiologia do suicídio podem finalmente produzir ferramentas clínicas para tratar comportamento suicida e evitar mortes, além de poder nortear seguradoras na análise de propostas de seguros de vida. Textos legais não têm sido elaborados com fundamento na sedimentação existente nos repositórios da psicopatologia forense, psiquiatria, psicanálise e sociologia sobre o suicídio, disponíveis há décadas e de forma reiteradamente confirmados. Na mesma linha, os textos deixaram de lado incontáveis pesquisas sobre o tema, notadamente a respeito de sua etiologia, causas primárias, efeitos, e correlação com outras ciências, como neurociência, psiquiatria e psicanálise. Não buscaram informações sobre o comportamento singular do suicida, nem reconheceram o estado sui generis de desequilíbrio mental em que o ato final foi praticado. Sabe-se que os transtornos psiquiátricos são fundamentais para o entendimento do comportamento suicida, mas também já está comprovada a realidade de problemas comuns, como distúrbios do sono, e sono insuficiente é um problema da sociedade moderna. Dentre os neurotransmissores, a serotonina é considerada como a maior candidata a um vínculo etiológico entre distúrbios do sono e suicídio, pois suas alterações promovem estados de vigília e de início do sono. Como somente 14% de pessoas que tentaram suicídio tiveram pensamentos suicidaprévios à tentativa de suicídio de forma potencialmente impulsiva ou reativa, a insônia foi o fator importante visualizado antes de tentativas de suicídio graves e letais em relação a planosespecíficos de suicídio. Nas pesquisas neurocientíficas revisadas, constatou-se que: (1) a frequência de pesadelos está diretamente associada a maior risco de suicídios na população em geral; (2) sono de má qualidade está associado a suicídios na maturidade e velhice na população em geral; (3) sono curto (menos de cinco horas) está associado a maiores probabilidades de ideação suicida e tentativa de suicídio; (4) pesadelos frequentes são preditores de tentativas de suicídio; e (5) a presença de qualquer problema de sono está associada com maior risco de suicídio na população em geral. A associação entre redução da resposta de hormônio de crescimento e comportamento suicida nos pacientes com depressão só é encontrada quando há simultaneamente uma alteração serotoninérgica. Geneticamente analisados, determinantes neurobiológicos são independentes de transtorno psiquiátrico com o qual estão associados, pois muitos suicídios ocorrem de maneira inesperada. Além disso, quando se considera a depressão como único fator, percebe-se que muitas pessoas depressivas nunca se tornam suicidas e muitos suicídios são cometidos por pessoas consideradas normais.Quanto à colesterolemia, na maior categoria de concentração de colesterol total no soro, o risco relativo ajustado de suicídio violento é mais do que o dobro em comparação com a categoria mais baixa. Nas avaliações eletroencefalográficas em adolescentes suicidas pode-se dizer existir uma hipótese de ativação reduzida esquerda posterior, que não está relacionada à depressão, mas ao comportamento agressivo ou suicida. Essas abordagens da Neurociência servem, portanto, para indicar que um contratante de seguro de vida, mesmo saudável, pode estar vivenciando problemas da vida contemporânea e, mesmo sem jamais ter tido qualquer pensamento ou ideação suicida, vir a cometer esse ato extremo por alterações independentes de sua vontade. Entende-se que, neste foco, a ciência jurídica deve refletir para fazer inserir de maneira obrigatória nos pré-requisitos da apólice, informações sobre exames molecu-lares e sobre algum eventual distúrbio do sono, já que existem achados evidenciados sobre alguns fenômenos não antes considerados. Como abordado neste estudo, já existe uma seguradora portuguesa que solicitam exames moleculares, mas nenhuma no Brasil. Assim, isto indica já ser um início de mudança.

Colonoscopia virtual e DNA fecal : estudo de viabilidade como testes de rastreio do cancro colorretal

Tese de doutoramento, Cirurgia Geral (Medicina), Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2014

Le profil de virulence d' Escherichia coli intra-utérin permettrait de prédire la métrite postpartum chez la vache laitière

Les objectifs de cette étude ont été de : (1) déterminer s’il existe une association entre la présence intra-utérine d'Escherichia coli dans la 1 ère semaine postpartum et le développement de la métrite postpartum, (2) déterminer s’il y a une association entre les gènes de virulence d'E. coli et la métrite postpartum, et (3) d'évaluer si les analyses bactériologiques (bactéries et gènes de virulence d'E. coli) pourraient prédire la métrite postpartum chez la vache laitière. Des écouvillons utérins ont été prélevés dans la première semaine postpartum sur 486 vaches de race Holstein et soumis au laboratoire pour détection de E. coli. Les gènes de virulence d'E. coli ont été identifiés par la technique d'hybridation des sondes radioactives. Un total de 252 vaches (52%) ont été positives à E. coli et 67 vaches positives à la métrite postpartum (13,7%). Les vaches positives à E. coli intra-utérin dès la première semaine postpartum avaient un risque 2,6 fois plus élevé de développer la métrite postpartum que les vaches sans E. coli. La plupart des E. coli possédaient un ou plusieurs gènes des E. coli d'origine extra-intestinale (ExPEC) dont fimH (89%), HlyE (87%) et iss (70%). Parmi les autres gènes ExPEC, on a retrouvé sitA (23%), fepC (20%) hra1 (20%) malX (14%) tsh (11%) et bien d'autres. Les gènes de virulence kpsMTII et hra1 ont été associés à la métrite postpartum avec un rapport de cote de 4,3 chacun. La présence d'E. coli dans l'utérus avait une valeur prédictive positive de 18% tandis que la présence des gènes kpsMTII et hra1 avait une valeur prédictive positive de 36% et 31% respectivement. La détection de certains gènes de virulence d'E. coli dans les prélèvements utérins pourrait renseigner sur le risque de développement de la métrite postpartum chez la vache laitière. Les études ultérieures pourraient tester encore plus de gènes et viser à développer des tests de dépistage simple, facilement et rapidement applicable à la ferme.

Carga viral de seis tipos de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo y su asociacion con lesiones cervicales

Introducción: La infección por un tipo de Virus del Papiloma Humano de alto riesgo (VPH-AR), es el factor principal en el desarrollo de Cáncer de Cérvix (CC). La carga viral puede modular esta asociación, por lo que resulta importante su cuantificación y el establecimiento de su relación con lesiones precursoras de CC. Metodología: 60 mujeres con lesiones escamosas intraepiteliales (LEI) y 120 mujeres sin LEI, confirmadas por colposcopia, fueron incluidas en el estudio. Se determinó la carga viral de 6 tipos de VPH-AR, mediante PCR en tiempo real. Se estimaron OR crudos y ajustados para evaluar la asociación entre la carga viral de cada tipo y las lesiones cervicales. Resultados: 93.22% de mujeres con LEI y 91.23% de mujeres negativas, fueron positivas para al menos un tipo de VPH. VPH-18 y VPH-16 fueron los tipos más prevalentes, junto con VPH-31 en mujeres sin LEI. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas de las cargas virales entre éstos dos grupos, aunque se observó un mayor carga viral en lesiones para algunos tipos virales. Una mayor frecuencia de lesiones se asoció a infecciones con carga baja de VPH-16 (ORa: 3.53; IC95%: 1.16 – 10.74), en comparación a mujeres con carga alta de VPH-16, (ORa: 2.63; IC95%: 1.09 – 6.36). En infecciones por VPH-31, la presencia de carga viral alta, se asoció con una menor frecuencia de lesiones (ORa: 0.34; IC95%: 0.15 – 0.78). Conclusiones: La prevalencia tipo-específica de VPH se corresponde con las reportadas a nivel mundial. La asociación entre la carga viral del VPH y la frecuencia de LEI es tipo específica y podría depender de la duración de la infección, altas cargas relacionadas con infecciones transitorias, y bajas cargas con persistentes. Este trabajo contribuye al entendimiento del efecto de la carga viral en la historia natural del CC; sin embargo, estudios prospectivos son necesarios para confirmar estos resultados.

Quality management for vital forest tree seedlings : Final report, Project no: P33854-1

The work concerns development of a prototype molecular tests to identify vitality status of conifer seedlings. The work is done by NSure, Holland, Dalarna University and SUAS. In case for spruce, a successful validation experiment has been performed to validate the identified frost tolerance and vitality genes. Multiple indicators were identified that can be used to either reinforce the existing ColdnSure test, but also for development of a vitality test. The identified frost tolerance and vitality genes for pine still need to be validated. NSure together with Dalarna University aim to perform a validation next season. Multiple LN indicators were identified in spruce that can be used to determine the effectiveness of a LN treatment, but they are not yet validated. In spruce and pine hardly any scientific research is performed to study the effect of a LN treatment, particularly not at molecular level. Therefore NSure together with Dalarna Research Station want to apply for a project. Within this project, we would be able to develop the tests further.

Decreased fatty acit Â-oxidation in riboflavin-responsive, multiple acylocoenzyme a dehydrogenase-deficient patients is associated with an increase in uncoupling protein-3

Riboflavin-responsive, multiple acylcoenzyme A dehydrogenase deficiency (RR-MAD), a lipid storage myopathy, is characterized by, among others, a decrease in fatty acid (FA) ß-oxidation capacity. Muscle uncoupling protein 3 (UCP3) is up-regulated under conditions that either increase the levels of circulating free FA and/or decrease FA ß-oxidation. Using a relatively large cohort of seven RR-MAD patients, we aimed to better characterize the metabolic disturbances of this disease and to explore the possibility that it might increase UCP3 expression. A battery of biochemical and molecular tests were performed, which demonstrated decreases in FA ß-oxidation and in the activities of respiratory chain complexes I and II. These metabolic alterations were associated with increases of 3.1- and 1.7-fold in UCP3 mRNA and protein expression, respectively. All parameters were restored to control values after riboflavin treatment. We postulate that the up-regulation of UCP3 in RR-MAD is due to the accumulation of muscle FA/acylCoA. RR-MAD is an optimal model to support the hypothesis that UCP3 is involved in the outward translocation of an excess of FA from the mitochondria and to show that, in humans, the effects of FA on UCP3 expression are direct and independent of fatty acid ß-oxidation.