Emprego da análise AMMI na avaliação da estabilidade produtiva em soja

O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da interação de genótipos com ambientes (GxA) na produtividade de grãos de um conjunto de linhagens de soja (Glycine max L.). Foram utilizados dados de 11 experimentos (ambientes) realizados no Estado de Goiás. Em cada experimento foram avaliados 18 genótipos, sendo quatro cultivares comerciais como testemunhas. O método de análise da interação foi o procedimento AMMI (modelo de efeitos principais aditivos e interação multiplicativa). O padrão significativo das interações GxA foi captado apenas pelo primeiro eixo principal AMMI, o qual explicou 36% da soma de quadrados GxA original, sugerindo contaminação da matriz de interações clássica por ruídos que prejudicam a qualidade das predições de respostas fenotípicas obtidas pelos métodos tradicionais. Quanto à estabilidade de comportamento, a maioria das linhagens experimentais destacou-se (com menores interações com ambientes) em relação às cultivares testemunhas. Estas, no entanto, foram relativamente mais produtivas, sobretudo a cultivar Conquista. Entre as novas linhagens, os genótipos L-16, L-13 e L-14 mostraram ser os mais promissores para fins de recomendação como cultivares.

Análise AMMI com dados imputados em experimentos de interação genótipo x ambiente de algodão

O objetivo deste trabalho foi avaliar a conveniência de definir o número de componentes multiplicativos dos modelos de efeitos principais aditivos com interação multiplicativa (AMMI) em experimentos de interações genótipo x ambiente de algodão com dados imputados ou desbalanceados. Um estudo de simulação foi realizado com base em uma matriz de dados reais de produtividade de algodão em caroço, obtidos em ensaios de interação genótipo x ambiente, conduzidos com 15 cultivares em 27 locais no Brasil. A simulação foi feita com retiradas aleatórias de 10, 20 e 30% dos dados. O número ótimo de componentes multiplicativos para o modelo AMMI foi determinado usando o teste de Cornelius e o teste de razão de verossimilhança sobre as matrizes completadas por imputação. Para testar as hipóteses, quando a análise é feita a partir de médias e não são disponibilizadas as repetições, foi proposta uma correção com base nas observações ausentes no teste de Cornelius. Para a imputação de dados, foram considerados métodos usando submodelos robustos, mínimos quadrados alternados e imputação múltipla. Na análise de experimentos desbalanceados, é recomendável escolher o número de componentes multiplicativos do modelo AMMI somente a partir da informação observada e fazer a estimação clássica dos parâmetros com base nas matrizes completadas por imputação.

Análise AMMI da produtividade de grãos em linhagens de soja selecionadas para resistência à ferrugem asiática

O objetivo deste trabalho foi quantificar os efeitos da interação genótipo x ambiente (GxE) sobre a produtividade de grãos em progênies de soja pré-selecionadas para resistência à ferrugem asiática (Phakopsora pachyrhizi). Doze ensaios de avaliação de progênies (linhagens F6 e F7) foram conduzidos em diferentes ambientes (combinação de locais, anos e tratamentos fungicidas para controle de doenças de final de ciclo, incluindo ou não a ferrugem). A análise "additive main effects and multiplicative interaction" (AMMI) capturou, como padrão da interação GxE, 57% da variação associada aos resíduos de não aditividade, dos quais 44% foram retidos no primeiro componente principal de interação e o restante, no segundo. O primeiro componente associou-se a diferenças entre os anos de avaliação, o que denota imprevisibilidade na predição. O segundo componente, no entanto, associou-se ao manejo diferenciado do cultivo, no que se refere ao controle ou não das doenças. Entre os genótipos de ampla adaptabilidade produtiva, as linhagens USP 02-16.045 e USP 10-10 apresentaram desempenho destacado.

Análise AMMI em caracteres vegetativos de genótipos de bananeiras no Amapá.

A bananicultura representa importante cadeia econômica no Estado, mas quase a totalidade dos frutos é proveniente de outras localidades, tornando-se necessário o desenvolvimento regional. Desta forma o objetivo deste trabalho foi avaliar, em Porto Grande-AP, o desempenho produtivo de cinco cultivares de bananeira, resistentes à Sigatoka-negra que tem inviabilizado a produção regional. O delineamento experimental foi em blocos casualizados com cinco tratamentos e quatro repetições. Foram avaliados: número da folha mais jovem infectada (FMJI); altura da planta do nível do solo à inserção da inflorescência (APL), circunferência do pseudocaule a 30 cm de altura do solo (CPL); número de folhas viáveis (NFV) e; número total de folhas na planta (NFP). Como principais resultados, obteve-se na análise de variância a dominância de anos nas fontes de variação em NFV, ALT e CPL, sendo que para FMJI e NEP foram os ruídos. Na análise AMMI os eixos IPCA1 e IPCA2 explicaram a totalidade da SQGxE. Os genótipos mais estáveis no biplot AMMI foramG3 e G5 para FMJI; G1 para CPL e; G2 para NFV e os com especificidade adaptativa a determinados ambientes foram G1 e G4 para FMJI; G2 e G3 para CPL e; G1, G3, G4 e G5 para NFV. Os ambientes avaliados individualmente tiveram maior contribuição na interação GxE do que os genótipos e também foram contrastantes em AMMI2, indicativo de que fatores relativos às diferenças entre os anos agrícolas foram determinantes na interação associada ao IPCA1.

Estabilidade e adaptabilidade de híbridos de milho utilizando a abordagem AMMI-bayesiano

Biplot graphics are widely employed in the study of the genotypeenvironment interactions, but they are only a graphical tool without a statistical hypothesis test. The singular values and scores (singular vectors) used in biplots correspond to specific estimates of its parameters, and the use of uncertainty measures may lead to different conclusions from those provided by a simple visual evaluation. The aim of this work is to estimate the genotype-environment interactions, using AMMI analysis, through Bayesian approach. Therefore the credibility intervals can be used for decision-making in different situations of analyses. It allows to verify the consistency of the selection and recommendation of cultivars. Two analyses were performed. The first analysis looked into 10 regular commercial hybrids and all possible 45 hybrids obtained from them. They were assessed in 15 locations. The second analysis evaluated 28 hybrids in 35 different environments, with imbalance data. The ellipses were grouped according to the standard of interaction in the biplot. The AMMI analysis with a Bayesian approach proved to be a complete analysis of stability and adaptability, which provides important information that may help the breeder in their decisions. The regions of credibility, built in the biplots, allow to perform an accurate selection and a precise genotype recommendation, with a level of credibility. Genotypes and environments can be grouped according to the existing interaction pattern, which makes possible to formulate specific recommendations. Moreover the environments can be evaluated, in order to find out which ones contribute similarly to the interaction and those to be discarted. The method makes possible to deal with imbalanced data in a natural way, showing efficiency for multienvironment trials. The prediction takes into account instability and the interaction standard of the observed data, in order to establish a direct comparison between genotypes of both 1st and 2nd seasons.

Comparação de métodos para avaliar a adaptabilidade e estabilidade produtiva em algodoeiro

O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes métodos de estimação da adaptabilidade e estabilidade produtiva em 17 genótipos de algodoeiro avaliados em 23 ambientes do Cerrado brasileiro. Os efeitos de genótipos e ambientes e a interação genótipos x ambientes foram significativos. Os modelos da ecovalência e AMMI indicaram a cultivar BRS Cedro como a mais estável, enquanto as cultivares Delta Penta e BRS Ipê foram identificadas como as mais instáveis; nenhuma delas esteve entre as mais produtivas. De acordo com o método de Eberhart & Russell, Lin & Binns e Annicchiarico, as cultivares BRS 269 - Buriti e FMT 701 e o genótipo CNPA GO 2001-999 foram os mais indicados para plantio no Cerrado, e se destacaram entre as cinco mais produtivas na média dos ambientes. A identificação de adaptabilidades específicas, proporcionada pela análise AMMI, é de grande relevância no estudo do comportamento dos genótipos. Pelo conjunto de informações obtidas e pela facilidade de uso e interpretação, recomenda-se o emprego do método de Lin & Binns , que pode ser complementado pela análise AMMI.

Estratificação ambiental e otimização de rede de ensaios de genótipos de soja no Cerrado

O objetivo deste trabalho foi estabelecer uma estratificação ambiental consistente, para a recomendação e a avaliação de linhagens experimentais e cultivares de soja na região do Cerrado, a partir de análises da interação entre genótipos e ambientes (GxA) quanto à produtividade de grãos, além de avaliar a atual rede de ensaios de valor de cultivo e uso (VCU) para sua otimização. Os dados provieram de 559 ensaios de competição de linhagens de soja, realizados em 57 localidades, durante sete safras agrícolas (2002/2003 a 2008/2009). Realizaram-se análises conjuntas de variância, pelo modelo AMMI ("additive main effects and multiplicative interaction"), e de estratificação ambiental, pela abordagem correlata de "genótipos vencedores". A interação GxA foi sempre significativa, como resultado da resposta diferencial dos genótipos à variação ambiental. Os locais de teste se agruparam de modo diferente de acordo com os grupos de maturação. Observou-se redundância em 20% dos locais, o que indica a possibilidade de otimização da rede de ensaios, via eliminação ou substituição dessas localidades. A região-alvo deve receber estratificações distintas, congêneres a cada grupo de maturação, e pode ser dividida em 22 (ciclo precoce), 23 (ciclo médio) e 21 (ciclo tardio) estratos ambientais.

Influência de variáveis ambientais sobre a interação genótipos x ambientes em meloeiro

O objetivo do trabalho foi quantificar a influência de variáveis ambientais sobre a interação genótipos x ambientes em meloeiro. Foram utilizados dados de produtividade de oito híbridos de melão Cantaloupe testados em nove ambientes no Estado do Rio Grande do Norte. Para a identificação das variáveis ambientais relacionadas à interação G x A e sensibilidade dos híbridos, estimaram-se modelos de regressão fatorial, coeficiente de correlação de Spearman entre os escores dos componentes principais da análise AMMI e as médias das variáveis ambientais. As temperaturas média, máxima e mínima são as que mais influenciam na interação genótipos x ambientes em meloeiro para a produtividade.

Adaptabilidade e estabilidade de clones de cana-de-açúcar

The objective of this study was to identify clones of sugarcane with good stability and adaptability in the State of São Paulo, Brazil, and also identifying locations most representative for selection and experimentation. Ten clones and two commercial checks of medium-late maturation were evaluated in the first-ratoon of experiments harvested in August 2009, using bissegmented regression and AMMI (Additive Main Effects and Multiplicative Interaction Analysis) methods. The results of two methods were compared and they evidenced that the clones RB975201, RB975157, RB975932, RB975242 and RB975162 are the most promising, showing higher production when compared to the checks, higher stability observed in one or both statistical methods and broader or more specific adaptability. The environment Tarumã presented higher stability and capacity to discriminate genotypes, allowing an ordering more reliable as compared to the overall mean of the environments tested.

Comparação de métodos de análise de adaptabilidade e estabilidade fenotípica em feijoeiro-comum

O objetivo deste trabalho foi comparar métodos de estudo de adaptabilidade e estabilidade fenotípica de feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris). Foram utilizadas avaliações de produtividade em 71 ensaios, com 16 genótipos em cada um. A adaptabilidade e a estabilidade dos genótipos foi avaliada por meio de seis métodos, e a associação entre os métodos foi determinada pela correlação de Spearman. Os métodos de Cruz e de Eberhart & Russel apresentaram forte correlação entre si. Os métodos de Lin & Binns, Lin & Binns modificado e Annicchiarico também apresentaram alta correlação entre si. Correlações intermediárias foram observadas entre os métodos de Eberhart & Russel e da análise da interação multiplicativa dos efeitos principais aditivos (AMMI). A utilização conjunta de métodos que apresentaram alta correlação não é indicada. Dessa forma, apenas um dos métodos, entre os de Cruz, Eberhart & Russel e AMMI, deve ser utilizado em conjunto com Lin & Binns, Lin & Binns modificado ou Annicchiarico, visto que não houve correlação entre métodos desses dois grupos. Os métodos de Lin & Binns modificado e Annicchiarico são indicados para utilização isolada, pois são de utilização simples e permitem a classificação dos ambientes em favoráveis e desfavoráveis e a identificação dos genótipos mais estáveis e adaptados entre os mais produtivos.

Alternativas de análise para experimentos G × E multiatributo

Geralmente, nos experimentos genótipo por ambiente (G × E) é comum observar o comportamento dos genótipos em relação a distintos atributos nos ambientes considerados. A análise deste tipo de experimentos tem sido abordada amplamente para o caso de um único atributo. Nesta tese são apresentadas algumas alternativas de análise considerando genótipos, ambientes e atributos simultaneamente. A primeira, é baseada no método de mistura de máxima verossimilhança de agrupamento - Mixclus e a análise de componentes principais de 3 modos - 3MPCA, que permitem a análise de tabelas de tripla entrada, estes dois métodos têm sido muito usados na área da psicologia e da química, mas pouco na agricultura. A segunda, é uma metodologia que combina, o modelo de efeitos aditivos com interação multiplicativa - AMMI, modelo eficiente para a análise de experimentos (G × E) com um atributo e a análise de procrustes generalizada, que permite comparar configurações de pontos e proporcionar uma medida numérica de quanto elas diferem. Finalmente, é apresentada uma alternativa para realizar imputação de dados nos experimentos (G × E), pois, uma situação muito frequente nestes experimentos, é a presença de dados faltantes. Conclui-se que as metodologias propostas constituem ferramentas úteis para a análise de experimentos (G × E) multiatributo.

Populations genetics study of the Ammi Genus in the Azores

Dissertação de Mestrado, Biodiversidade e Biotecnologia Vegetal, 6 de Julho de 2016, Universidade dos Açores.

Aplicação do escore MELD em pacientes submetidos a transplante de fígado: análise retrospectiva da sobrevida e dos fatores preditivos a curto e longo prazo

BACKGROUND: The model for end-stage liver disease (MELD) was developed to predict short-term mortality in patients with cirrhosis. There are few reports studying the correlation between MELD and long-term posttransplantation survival. AIM: To assess the value of pretransplant MELD in the prediction of posttransplant survival. METHODS: The adult patients (age >18 years) who underwent liver transplantation were examined in a retrospective longitudinal cohort of patients, through the prospective data base. We excluded acute liver failure, retransplantation and reduced or split-livers. The liver donors were evaluated according to: age, sex, weight, creatinine, bilirubin, sodium, aspartate aminotransferase, personal antecedents, brain death cause, steatosis, expanded criteria donor number and index donor risk. The recipients' data were: sex, age, weight, chronic hepatic disease, Child-Turcotte-Pugh points, pretransplant and initial MELD score, pretransplant creatinine clearance, sodium, cold and warm ischemia times, hospital length of stay, blood requirements, and alanine aminotransferase (ALT >1,000 UI/L = liver dysfunction). The Kaplan-Meier method with the log-rank test was used for the univariable analyses of posttransplant patient survival. For the multivariable analyses the Cox proportional hazard regression method with the stepwise procedure was used with stratifying sodium and MELD as variables. ROC curve was used to define area under the curve for MELD and Child-Turcotte-Pugh. RESULTS: A total of 232 patients with 10 years follow up were available. The MELD cutoff was 20 and Child-Turcotte-Pugh cutoff was 11.5. For MELD score > 20, the risk factors for death were: red cell requirements, liver dysfunction and donor's sodium. For the patients with hyponatremia the risk factors were: negative delta-MELD score, red cell requirements, liver dysfunction and donor's sodium. The regression univariated analyses came up with the following risk factors for death: score MELD > 25, blood requirements, recipient creatinine clearance pretransplant and age donor >50. After stepwise analyses, only red cell requirement was predictive. Patients with MELD score < 25 had a 68.86%, 50,44% and 41,50% chance for 1, 5 and 10-year survival and > 25 were 39.13%, 29.81% and 22.36% respectively. Patients without hyponatremia were 65.16%, 50.28% and 41,98% and with hyponatremia 44.44%, 34.28% and 28.57% respectively. Patients with IDR > 1.7 showed 53.7%, 27.71% and 13.85% and index donor risk <1.7 was 63.62%, 51.4% and 44.08%, respectively. Age donor > 50 years showed 38.4%, 26.21% and 13.1% and age donor <50 years showed 65.58%, 26.21% and 13.1%. Association with delta-MELD score did not show any significant difference. Expanded criteria donors were associated with primary non-function and severe liver dysfunction. Predictive factors for death were blood requirements, hyponatremia, liver dysfunction and donor's sodium. CONCLUSION: In conclusion MELD over 25, recipient's hyponatremia, blood requirements, donor's sodium were associated with poor survival.

Conseqüências da análise incorreta de experimentos blocados

Errors are always present in experimental measurements so, it is important to identify them and understand how they affect the results of experiments. Statistics suggest that the execution of experiments should follow random order, but unfortunately the complete randomization of experiments is not always viable for practical reasons. One possible simplification is blocked experiments within which the levels of certain factors are maintained fixed while the levels of others are randomized. However this has a cost. Although the experimental part is simplified, the statistical analysis becomes more complex.

O estado da arte da cromatografia associada à espectrometria de massas acoplada à espectrometria de massas na análise de compostos tóxicos em alimentos

Chromatography combined with several different detection systems is one of the more used and better performing analytical tools. Chromatography with tandem mass spectrometric detection gives highly selective and sensitive analyses and permits obtaining structural information about the analites and about their molar masses. Due to these characteristics, this analytical technique is very efficient when used to detect substances at trace levels in complex matrices. In this paper we review instrumental and technical aspects of chromatography-tandem mass spectrometry and the state of the art of the technique as it is applied to analysis of toxic substances in food.