31 resultados para VITEK®2 bioMérieux
Resumo:
As infeces do tracto urinrio (ITU) so doenas infecciosas comuns e distinguem-se em dois grandes grupos: o das infeces do tracto urinrio superior e o das infeces do tracto urinrio inferior. O principal agente etiolgico envolvido nas ITU a bactria Escherichia coli (E. coli), representando 80-95% dos invasores do tracto urinrio na populao em geral. mais comum entre os adultos do sexo feminino, principalmente com actividade sexual, embora as crianas, mulheres grvidas e idosos tambm apresentam grande susceptibilidade. Paralelamente, a problemtica da resistncia aos antimicrobianos um tema actual e muito debatido internacionalmente. Como tal, o presente estudo teve como principal objectivo contribuir para a identificao fivel da bactria E. coli em infeces urinrias bem como a determinao do seu perfil de resistncia a antibiticos. Os dados apresentados referem-se a um estudo efectuado entre Outubro de 2008 e Junho de 2009 no Laboratrio de Anlises Clnicas Castro Fernandes MMC. Foram analisadas 6522 amostras de urina, das quais 390 corresponderam a uroculturas positivas. Verificou-se que o sexo feminino tem uma maior propenso para infeces urinrias, havendo uma tendncia para o aumento das ITU com a idade. Na interpretao da cultura revelou-se importante a informao dada pelo exame cultural acerca do nmero de leuccitos. Concluiu-se que nas uroculturas cujo nmero de colnias foi superior a 105 com menos de trs espcies de colnias diferentes na cultura, o nmero de leuccitos foi superior a 30 milhares de clulas por L, o que sugere a existncia de infeco urinria. No estudo do perfil de sensibilidade da bactria E. coli isolada, para a famlia dos betalactmicos (Ampicilina (AMP), Amoxicilina/cido Clavulnico (AMC), Piperacilina/Tazobactam (PIP/TZP)), famlia das cefalosporinas (Cefalotina (KF), Cefuroxima (CXM), Cefuroxima Acetil (CA), Cefotaxima (CTX), Ceftazidima (CAZ), Cefepima (FEP)), famlia dos aminoglicosdeos (Amicacina (AM), Gentamicina (GM), Tobramicina (TOB)) e para as nitrofurantonas (F), verificou-se uma grande sensibilidade e pouca resistncia em termos quantitativos, mas para a famlia das quinolonas (Ciprofloxacina (CIP), Levofloxacina (LEV), Norfloxacina (NOR)) e para os Trimetoprim/Sulfametoxazol (TMP/SMX) verificou-se resistncias quantitativamente superiores aos das famlias anteriormente referidas, sugerindo valores convergentes aos da tendncia europeia. Foram identificados famlias de fentipos tais como: os beta-lactmicos, os aminoglicosdeos, quinolonas, tetraciclinas, furanos e trimetoprim/sulfamidas.E. coli um microganismo cujo fentipo selvagem no tem resistncias intrnsecas. Todas as resistncias so adquiridas. Actualmente, a realizao dos antibiogramas para E. coli tornou-se fundamental tendo em vista os factores ecolgicos, genticos, ambientais e pelo facto de que mais isolados so resistentes maioria dos antibiticos. Como concluso, este estudo permitir alertar para um problema srio que uma grande ameaa Sade Pblica.
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Nykyn bakteerien identifikaatio- ja antibioottiherkkyysmritykset tehdn kliinisen mikrobiologian laboratorioissa suurimmaksi osaksi manuaalisesti. Nytemrt ovat lisntyneet bakteriologian laboratorioissa, ja siksi diagnostiikan automatisointi on tullut tarpeelliseksi. BioMerieux on kehittnyt Vitek2-laitteen, jolla voidaan tehd bakteerien ja sienien identifikaatio ja antibiootti-herkkyys-mrityksi. Opinnytetyn tarkoituksena oli verrata rutiinimenetelmien ja Vitek2laitteen identifikaatio- ja antibioottiherkkyystuloksia. Yksittisi vertailtavia kohteita olivat testireaktiot, ESBL (Extended Spectrum Beta-Lactamase) -ominaisuus ja mrityksiin kulunut aika. HUSLABin toimeksiannosta Vitek2-laitteella tutkittiin ESBL-kantoja sek rutiinimenetelmill vaikeasti tunnistettavia nonfermenta-tiivisia sauvabakteereja ja kasvuolosuhteiltaan vaativia bakteereja. Laitetta varten on kehitetty uusia testikortteja, jotka tunnistavat nit bakteerik antoja. Aikaisemmat identifikaatio-, reaktio- ja antibioottiherkkyystulokset kerttiin HUSLABin potilastieto-jrjestelmst. Niit verrattiin Vitek2-laitteesta saatuihin tuloksiin. Mritysten kestoa Vitek2-laitteella verrattiin aikaisempiin tutkimuksiin. Tutkimuksessa kytettiin yhteens 183 bakteerinytett, joista 76 oli ESBL-kantoja, 40 nonfermentatiivisia sauvabakteereja, 41 kasvuolosuhteiltaan vaativia bakteereja sek 26 uusia potilasnytelydksi. Vitek2 antoi 99 prosentille kaikista tutkituista ESB--kannoista saman identifikaation kuin rutiini-menetelmt. Uusista potilasnytelydksist Vitek2 tunnisti 96 Nonfermentatiivisista sauva-baktee-reista ja kasvuolosuhteiltaan vaativista bakteereista Vitek2 tunnisti noin 70 amalla tavalla kuin rutiinimenetelmt. Vitek2-laitteen antamat identifikaatioreaktiotulokset vastasivat paremmin Api20E-testin (94 kuin Api20NE-testin (70 reaktiotuloksia. Noin 80 aikista antibiootti-herkkyys-tuloksista vastasi perinteisill menet elmill saatuja tuloksia. Vitek2-laitteella saadut antibiootti-herkkyystulokset olivat yleens rutiinimenetelmi herkempi. Vitek2-laitteella saadut ESBL-tulokset vastasivat rutiinimenetelmill saatuja tuloksia noin 90-prosenttisesti. Verrattuna aikaisempiin tutkimuksiin Vitek2-laitteen suorittamat mritykset olivat rutiinimenetelmi paljon nopeampia. Tulosten perusteella voidaan sanoa, ett Vitek2-laite on kyttkelpoinen bakteriologian laboratoriossa identifikaatio- ja antibioottiherkkyystutkimuksissa. Nonfermentatiivisia sauvabakteereja ja kasvuolo-suhteiltaan vaativia bakteereja voisi kuitenkin tutkia enemmn.
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Resumo: Diversos surtos de Salmonella ocasionados pelo consumo de tomate contaminados com este micro-organismo tm sido relatados ultimamente, o que torna primordial a investigao sobre a presena desse patgeno nesse alimento. Mtodos que permitam a avaliao rpida da presena de Salmonella em alimentos so de suma importncia. O objetivo desse estudo foi comparar o mtodo tradicional da Food and Drug Administration - Bacteriologycal Analytical Manual (FDA-BAM) com um mtodo rpido da mini Vitek Immuno Diagnostic System Assay (Mini?Vidas-SLM)-bioMérieux, para deteco de Salmonella Brazil inoculada artificialmente na superfcie de tomates. Foram analisadas 215 amostras de tomates inoculadas artificialmente com Salmonella Brazil com nveis de inculos variando de 0,4 a 940 UFC/tomate. Os resultados obtidos mostraram que os mtodos estudados apresentaram uma tima concordncia entre si, para todas as faixas de inculo analisadas.
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Kocuria rosea belongs to genus Kocuria (Micrococcaceae family, suborder Micrococcineae, order Actinomycetales) that includes about 11 species of bacteria. Usually, Kocuria sp are commensal organisms that colonize oropharynx, skin and mucous membrane; Kocuria sp infections have been described in the last decade commonly affecting immunocompromised patients, using intravenous catheter or peritoneal dialysis. These patients had mainly bacteremia/recurrent sepsis. We hereby describe the case of a 10-year-old girl, immunocompetent, who had endocarditis/sepsis by K. rosea which was identified in five different blood cultures by Vitek 2 ID-GPC card (BioMérieux, France). Negative HIV serology, blood count within normal range of leukocytes/neutrophils and lymphocytes, normal fractions of the complement, normal level of immunoglobulins for the age; lymphocyte immunophenotyping was also within the expected values. Thymus image was normal at chest MRI. No catheters were required. Identification of K. rosea was essential to this case, allowing the differentiation of coagulase-negative staphylococci and use of an effective antibiotic treatment. Careful laboratory analysis of Gram-positive blood-born infections may reveal more cases of Kocuria sp infections in immunocompetent patients, which may collaborate for a better understanding, prevention and early treatment of these infections in pediatrics.
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As leveduras so fungos oportunistas responsveis pela maior parte das infeces fngicas nos seres humanos. Este tipo de infeces mais comum em indivduos com o sistema imunitrio comprometido e tm vindo a aumentar ao longo dos anos. A espcie Candida albicans a mais frequentemente identificada, como sendo responsvel por este tipo de infeces, no entanto, o nmero de infeces provocadas por outras espcies do gnero Candida ocorre cada vez com mais frequncia. As infeces hospitalares fngicas constituem uma causa crescente de morbilidade e mortalidade em hospitais, afectando tanto doentes internados, como profissionais de sade. Do ponto de vista etiolgico, a grande maioria das infeces fngicas hospitalares causada por espcies do gnero Candida, principalmente Candida albicans, C. parapsilosis, C. tropicalis e C.glabrata. A sua identificao taxonmica, geralmente exige o seu isolamento inicial em meios de cultura, a realizao de provas bioqumicas de assimilao in vitro, com a utilizao de kits comerciais, ou a sua repicagem para meios cromognios. O principal objectivo deste trabalho foi a identificao rpida e eficaz de candidoses invasivas atravs de uma metodologia molecular de diagnstico que fosse simples e fcil de implementar em laboratrios de diagnstico microbiolgico. Para tal, foram seleccionados 100 isolados clnicos de leveduras obtidas a partir de amostras clnicas enviadas para o Laboratrio de Patologia Clnica do Centro Hospitalar Cova da Beira E.P.E. para o diagnstico laboratorial de infeco fngica durante um perodo de 8 meses, desde Novembro de 2008 at Junho de 2009. O trabalho baseou-se na identificao molecular por PCR-RFLP de espcies do gnero Candida, e os resultados foram comparados com os obtidos pelos mtodos de diagnstico tradicionais (CHROMagar Candida e VITEK - bioMérieux) utilizados no laboratrio hospitalar. Foi ainda efectuado o estudo da sensibilidade in vitro de espcies do gnero Candida aos antifngicos fluconazol, voriconazol, atravs dos mtodos, de difuso em disco e E-Test, segundo os procedimentos padronizados e publicados pelo CLSI, tendo-se verificado elevada sensibilidade dos isolados para ambos os frmacos. Com este trabalho concluiu-se que a eficiente e rpida identificao dos fungos clinicamente relevantes por parte dos laboratrios de patologia clnica deve ser uma tarefa fundamental para o controle das infeces. A identificao ao nvel da espcie importante para determinar a etiologia da infeco, para detectar novos agentes da doena, para prever resistncias intrnsecas a agentes antifngicos e para detectar causas de infeces nosocomiais. Face ao exposto, os estudos epidemiolgicos so de extrema importncia, assim como o diagnstico das infeces fngicas. O diagnstico das infeces fngicas continua a ser efectuado por mtodos tradicionais, que avaliam caractersticas fisiolgicas e bioqumicas dos elementos fngicos, mas que apesar de serem eficazes so, na sua maioria, demoradas impedindo um incio rpido e atempado da teraputica. Como tal, os mtodos moleculares podem constituir uma alternativa mais vivel ao diagnstico micolgico, nomeadamente de leveduras do gnero Candida, como se pode comprovar pelos resultados obtidos neste trabalho.
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This article describes the standardization and evaluation of an in-house specific IgG avidity ELISA for distinguishing recent primary from long-term human cytomegalovirus (HCMV) infection. The test was standardized with the commercial kit ETI-CYTOK G Plus (Sorin Biomedica, Italy) using 8 M urea in phosphate-buffered saline to dissociate low-avidity antibodies after the antigen-antibody interaction. The performance of the in-house assay was compared to that of the commercial automated VIDAS CMV IgG avidity test (bioMérieux, France). Forty-nine sera, 24 from patients with a recent primary HCMV infection and 25 from patients with a long-term HCMV infection and a sustained persistence of specific IgM antibodies, were tested. Similar results were obtained with the two avidity methods. All 24 sera from patients with recently acquired infection had avidity indices compatible with acute HCMV infection by the VIDAS method, whereas with the in-house method, one serum sample had an equivocal result. In the 25 sera from patients with long-term infection, identical results were obtained with the two methods, with only one serum sample having an incompatible value. These findings suggest that our in-house avidity test could be a potentially useful tool for the immunodiagnosis of HCMV infection.
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We report here a rare case of cutaneous infection due to Corynebacterium pseudodiphtheriticum. The patient presented to the clinical laboratory with a skin ulcer on his left leg. Gram-stained preparation of the purulent secretion revealed the presence of numerous rod-shaped Gram-positive organisms in the absence of any other species. The organism was grown in pure culture on sheep blood agar and was further identified as C. pseudodiphtheriticum using a commercial identification system (API-Coryne, BioMérieux, France). The infection was successfully treated with ciprofloxacin. This case emphasizes the importance of the clinical microbiology laboratory in correctly identifying Gram-positive organisms obtained in pure culture from skin ulcers.
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SUMMARYStenotrophomonas maltophilia contains a novel chromosomally-encoded qnr gene named Smqnr that contributes to low intrinsic resistance to quinolone. We described Smqnr in 13 clinical isolates of S. maltophilia from two Brazilian hospitals, over a 2-year period. The strains were identified by API 20 NE (bioMérieux, France). Susceptibility by microdilution method to trimetroprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin, levofloxacin, minocycline, ceftazidime, chloramphenicol and ticarcillin/clavulanate was performed according to CLSI. PCR detection of Smqnr gene was carried out. The sequence of Smqnr was compared with those deposited in GenBank. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of all strains was performed. Thirteen Smqnr positives isolates were sequenced and three novel variants of Smqnr were identified. All 13 Smqnr isolates had distinguishable patterns by PFGE. This is the first report of Smqnr in S. maltophilia isolated in Brazil.
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Dissertao para obteno de Grau de Mestre em Microbiologia Mdica pela Faculdade de Cincias e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa
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Dissertao para obteno do Grau de Mestre em Tecnologia e Segurana Alimentar
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A toxoplasmose uma antropozoonose de distribuio mundial que afecta quase um tero da populao humana, bem como os animais e causada por um protozorio intracelular obrigatrio, Toxoplasma gondii. A prevalncia desta parasitose na populao humana varia com os hbitos alimentares, nvel scio-econmico e com o clima. A transmisso ao homem est associada ingesto de oocistos infecciosos (esporulados) provenientes das fezes dos gatos, a partir da gua, de alimentos e do solo contaminados, ingesto de quistos na carne crua ou mal cozida, via congnita ou transfusional e por transplante de rgos e/ou de tecidos de dadores infectados com o parasita e, mais raramente, atravs do leite no pasteurizado. A transmisso materno-fetal do parasita s ocorre quando a infeco adquirida pela primeira vez na gravidez, podendo provocar sequelas graves para o feto, nomeadamente, atraso mental e morte fetal. O objectivo deste trabalho foi determinar a prevalncia e os factores de risco associados infeco por T. gondii em grvidas seguidas no Hospital Garcia de Orta. Este estudo teve a durao de 8 meses (Abril de 2010 a Janeiro de 2011) e foram contactadas 163 grvidas, das quais 140 (85,89 %) responderam ao questionrio, tendo sido possvel recolher soros de 155 (96,88%) grvidas. Os soros recolhidos foram testados para os anticorpos IgG anti-T. gondii pelo kit comercial Toxo-Screen Da e para os anticorpos IgM anti-T. gondii pelo kit comercial Toxo-ISAGA, ambos da bioMérieux. Nas amostras seropositivas para o anticorpo IgM anti-T. gondii realizou-se a avidez dos anticorpos IgG anti-T. gondii atravs do kit NovaLisa - Toxoplasma gondii IgG Avidity Test da Novatec. Foi efectuada a anlise descritiva dos dados, centrada essencialmente em frequncias absolutas para cada varivel. Para testar a associao entre as variveis utilizou-se o teste Qui-Quadrado de Pearson ou o teste exacto de Fisher (IC 95%, p0,05). A prevalncia da toxoplasmose nas grvidas, neste estudo, foi de 21,94% (34), dos quais 50% (17) correspondem a grvidas seropositivas s para os anticorpos IgG (imunidade) e os outros 50% (17) correspondem a grvidas seropositivas para os anticorpos IgG/IgM. Neste ltimo grupo, realizou-se a avidez e verificou-se que todas as grvidas eram portadoras de uma infeco antiga. Tambm, constatou-se que 78,06% das grvidas eram susceptveis para a toxoplasmose, com risco de adquirirem a doena durante a gravidez. Na anlise estatstica entre os factores de risco e a infeco por T. gondii nas grvidas verificmos uma associao significativa (p<0,05) entre o nmero de partos, o conhecimento da toxoplasmose, o contacto com gatos de familiares/amigos e o consumo de carne proveniente da caa (pssaros, coelhos, javalis etc.). Estes factores parecem ser de grande importncia na aquisio da infeco por T. gondii nas grvidas, deste estudo, dentre os vrios factores investigados. vii Este trabalho pode constituir um alerta para que os profissionais de sade insistam na preveno primria, fornecendo informao (escrita e oral) sobre como evitar a infeco por T. gondii durante a gravidez e efectuar uma vigilncia serolgica, apenas quando esta se torna necessria, ou seja, nas grvidas no imunes toxoplasmose.
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INTRODUCTION: Staphylococcus pettenkoferi was originally isolated and described by Trlzsch et al (2002). In this study, we characterized two isolates of this newly described species. METHODS: Blood cultures were initially processed using the BacT/ALERT device, and the isolates were initially characterized using the Vitek2 identification system. RESULTS: The initial characterization revealed slow-growing Gram-positive cocci that formed opaque colonies on sheep blood agar. Other phenotypic/genotypic tests were performed. CONCLUSIONS: We would like to emphasize that this new staphylococcus species is phenotypically similar to other CoNS, especially S. auricularis. This could potentially lead to misidentification of these uncommon species.
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This study was undertaken to evaluate an enzyme immunoassay (EIA) for hepatitis C virus antibody detection (anti-HCV), using just one antigen. Anti-HCV EIA was designed to detect anti-HCV IgG using on the solid-phase a recombinant C22 antigen localized at the N-terminal end of the core region of HCV genome, produced by BioMérieux. The serum samples diluted in phosphate buffer saline were added to wells coated with the C22, and incubated. After washings, the wells were loaded with conjugated anti-IgG, and read in a microtiter plate reader (492 nm). Serum samples of 145 patients were divided in two groups: a control group of 39 patients with non-C hepatitis (10 acute hepatitis A, 10 acute hepatitis B, 9 chronic hepatitis B, and 10 autoimmune hepatitis) and a study group consisting of 106 patients with chronic HCV hepatitis. In the study group all patients had anti-HCV detected by a commercially available EIA (Abbott), specific for HCV structural and nonstructural polypeptides, alanine aminotransferase elevation or positive serum HCV-RNA detected by nested-PCR. They also had a liver biopsy compatible with chronic hepatitis. The test was positive in 101 of the 106 (95%) sera from patients in the study group and negative in 38 of the 39 (97%) sera from those in the control group, showing an accuracy of 96%. According to these results, our EIA could be used to detect anti-HCV in the serum of patients infected with hepatitis C virus.
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This study reports the results about antimicrobial resistance of Enterococcus spp. isolated from intestinal tract of patients from a university hospital in Brazil. The identification of strains at species level was performed by conventional biochemical tests, API 20 Strep (bioMérieux), and polymerase chain reaction assay. The specie distribution was E. faecium (34%), followed by E. faecalis (33%), E. gallinarum (23.7%), E. casseliflavus (5.2%), E. avium (1%), and E. hirae (1%). Intrinsic resistance to vancomycin characterized by presence of vanC genes was found in E. gallinarum and E. casseliflavus. The high prevalence of VanC phenotype enterococci is very important because these species have been reported as causing a wide variety of infections. Vancomycin-resistant E. faecium or E. faecalis were not found and no one isolate of these species was a beta-lactamase producer. Thirteen clinical isolates of enterococci (13.4%) showed multiresistance patterns, which were defined by resistance to three classes of antibiotics plus resistance to at least one aminoglycoside (gentamicin and/or streptomycin). The resistance to several antimicrobials shown by enterococcal strains obtained in this study is of concern because of the decrease in the therapeutic options for treatment of infections caused by enterococci.
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Coagulase-negative staphylococci (CNS) species identification is still difficult for most clinical laboratories. The scheme proposed by Kloos and Schleifer and modified by Bannerman is the reference method used for the identification of staphylococcal species and subspecies; however, this method is relatively laborious for routine use since it requires the utilization of a large number of biochemical tests. The objective of the present study was to compare four methods, i.e., the reference method, the API Staph system (bioMérieux) and two methods modified from the reference method in our laboratory (simplified method and disk method), in the identification of 100 CNS strains. Compared to the reference method, the simplified method and disk method correctly identified 100 and 99% of the CNS species, respectively, while this rate was 84% for the API Staph system. Inaccurate identification by the API Staph method was observed for Staphylococcus epidermidis (2.2%), S. hominis (25%), S. haemolyticus (37.5%), and S. warneri (47.1%). The simplified method using the simple identification scheme proposed in the present study was found to be efficient for all strains tested, with 100% sensitivity and specificity and proved to be available alternative for the identification of staphylococci, offering, higher reliability and lower cost than the currently available commercial systems. This method would be very useful in clinical microbiology laboratory, especially in places with limited resources.