Influence of HLA DRB1 alleles in the susceptibility of rheumatoid arthritis and the regulation of antibodies against citrullinated proteins and rheumatoid factor.

INTRODUCTION The purpose of this study was to investigate the association between HLA-DRB1 alleles with susceptibility to rheumatoid arthritis (RA) and production of antibodies against citrullinated proteins (ACPA) and rheumatoid factor (RF). METHODS We studied 408 patients (235 with RA, 173 non-RA) and 269 controls. ACPA, RF and HLA-DR typing were determined. RESULTS We found an increased frequency of HLA DRB1 alleles with the shared epitope (SE) in ACPA-positive RA. Inversely, HLA DRB1 alleles encoding DERAA sequences were more frequent in controls than in ACPA-positive RA, and a similar trend was found for HLA DR3. However, these results could not be confirmed after stratification for the presence of the SE, probably due to the relatively low number of patients. These data may suggest that the presence of these alleles may confer a protective role for ACPA-positive RA. In RA patients we observed association between SE alleles and ACPA titers in a dose-dependent effect. The presence of HLA DR3 or DERAA-encoding alleles was associated with markedly reduced ACPA levels. No association between RF titers and HLA DR3 or DERAA-encoding alleles was found. CONCLUSIONS HLA DRB1 alleles with the SE are associated with production of ACPA. DERAA-encoding HLA-DR alleles and HLA DR3 may be protective for ACPA-positive RA.

Fontes de metionina em rações formuladas com base em aminoácidos totais ou digestíveis para frangas de reposição leves e semipesadas

Foram conduzidos dois experimentos com o objetivo de avaliar a utilização de duas fontes de metionina (em pó ou líquida) em rações formuladas com base em aminoácidos digestíveis ou totais para frangas de reposição leves e semipesadas, nas fases inicial (de 1 a 6 semanas de idade) e de crescimento (de 11 a 16 semanas de idade). Em cada experimento, foram utilizadas 384 aves distribuídas em delineamento inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 2 × 2 × 2, composto de duas linhagens (Hy-Line W36 e Hy-Line Brown), duas fontes de metionina (HMTBA - 88% e DL-Metionina - 99%) e dois critérios de formulação da dieta (aminoácidos totais e digestíveis), totalizando oito tratamentos, cada um com seis repetições de oito aves. Foram avaliados os consumos de ração, proteína bruta e energia metabolizável, o peso e ganho de peso corporal e a conversão alimentar das aves. Não houve interação entre os fatores para nenhuma das variáveis estudadas. As aves da linhagem Brown apresentaram maior consumo de ração, peso corporal e ganho de peso. As fontes de metionina e os critérios de formulação de ração não influenciaram as características de desempenho. As aves das linhagens W36 e Brown da linhagem Hy-Line apresentam diferentes perfis de desenvolvimento corporal. A metionina em pó (DL-metionina - 99%) ou a líquida (HMTBA - 88%), assim como os critérios de formulação de ração (aminoácidos totais ou digestíveis) proporcionam desempenho semelhante em aves de reposição.

Composição química, valores de energia metabolizável e aminoácidos digestíveis de subprodutos do arroz para frangos de corte

Dois experimentos foram conduzidos para determinar a composição química, os valores de energia e os coeficientes de digestibilidade dos aminoácidos, do farelo de arroz integral (FAI) e da quirera de arroz (QA). No primeiro estudo, foram utilizadas 144 aves, com 21 dias de idade, machos, linhagem Cobb, que tiveram suas excretas totalmente coletadas para determinação da energia metabolizável aparente (EMA) e energia metabolizável aparente corrigida (EMAn). O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, com três tratamentos e seis repetições, com oito aves cada. No segundo experimento, foi utilizado o método de alimentação forçada para a determinação dos coeficientes de digestibilidade dos aminoácidos. O delineamento foi inteiramente casualizado, com dois alimentos e um jejum e seis repetições com um galo cada. Os valores de MS, PB, EE, FB, EMA e EMAn foram, respectivamente, para FAI: 88,6%; 11,8%; 15,3%; 10,2%; 2968kcal kg-1 e 2804kcal kg-1 e para QA: 93,5%; 9,1%; 0,73%; 0,45%; 3338kcal kg-1 e 3239kcal kg-1. Os valores médios encontrados dos coeficientes de digestibilidade de aminoácidos essenciais e não essenciais foram, respectivamente, de 75,9% e 73,9%, para FAI, e 77,9% e 76,5%, para QA. Embora tenham apresentado níveis inferiores de energia, FAI e a QA podem ser utilizados nas rações de aves em substituição ao milho, uma vez que tiveram níveis maiores de proteína bruta e aminoácidos digestíveis.

Aspectos atuais sobre aminoácidos de cadeia ramificada e exercício físico

Em humanos saudáveis, nove aminoácidos são considerados essenciais, uma vez que não podem ser sintetizados endogenamente e, portanto, devem ser ingeridos por meio da dieta. Dentre os aminoácidos essenciais, se incluem os três aminoácidos de cadeia ramificada, ou seja, leucina, valina e isoleucina. Esses aminoácidos participam da regulação do balanço protéico corporal além de serem fonte de nitrogênio para a síntese de alanina e glutamina. No tocante à regulação da síntese protéica muscular, verifica-se que a leucina age estimulando a fase de iniciação da tradução do RNA-mensageiro em proteína, por mecanismos tanto dependentes quanto independentes de insulina. No que concerne ao exercício físico, supõe-se que esses aminoácidos estejam envolvidos na fadiga central, no balanço protéico muscular, na secreção de insulina, na modulação da imunocompetência, no aumento da performance de indivíduos que se exercitam em ambientes quentes e na diminuição do grau de lesão muscular. Nesse contexto, essa revisão aborda os aspectos atuais do metabolismo e da suplementação de aminoácidos de cadeia ramificada no exercício físico.

Utilização de aminoácidos no estudo do crescimento do Paracoccidioides brasiliensis: Influência sobre o dimorfismo

Utilizamos 15 amostras de Paracoccidioides brasiliensis nas formas miceliana (M) e leveduriforme (L), cultivadas em meio mínimo (MM) e adaptadas ao mesmo meio suplementado com a solução de aminoácidos (MMS). Para a realização do estudo auxológico das amostras, foram preparadas soluções complementares das quais foram retirados um aminoácido de cada vez. Nove amostras foram prototróficas nas formas M e/ou L e as demais auxotróficas para os diferentes aminoácidos e bases nitrogenadas. A heterogeneidade dos resultados apresentados não permitiu a caracterização auxológica das 15 amostras de P. brasiliensis estudadas. Nenhum dos compostos nitrogenados demonstrou ser essencial para o crescimento ou para a manutenção da morfogênese do fungo. Alterações morfológicas (macro e microscópicas) também foram observadas, mas somente entre as amostras prototróficas, sugerindo a ativação de um mecanismo de adaptação desenvolvido pelo fungo mediante a ausência de substratos nitrogenados no meio de cultura (MM).

Decomposição de aminoácidos alifáticos por transferência de electrão em colisões átomo-molécula

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

Estudos quimiométricos em amostras de arroz nacional: caracterização do perfil de aminoácidos e sua correlação com o teor de arsénio

O arroz é um dos alimentos básicos mais importantes para a população mundial, sendo um dos cereais mais consumidos em todo o mundo. Possui um alto teor em hidratos de carbono devido à alta concentração de amido, contém ainda proteínas, vitaminas, minerais e poucas gorduras. A quantidade de proteína a ingerir é requisito para uma dieta adequada (0,75g/kg/dia), devido ao desempenho vital que esta tem na saúde humana. O arroz pelo seu papel determinante na alimentação mundial faz com que os aminoácidos, constituintes das proteínas, mereçam o foco deste estudo. Por outro lado, o arroz pelo seu tipo de cultivo é uma das maiores fontes de ingestão de arsénio para o Homem, um importante agente cancerígeno e contaminante da cadeia alimentar. Isto faz com que este elemento seja igualmente merecedor de análise no presente estudo. Neste estudo foram analisadas, ao nível dos diferentes aminoácidos e do arsénio, 39 amostras de diferentes tipos e regiões de arroz nacional que foram remetidas para uma análise multivariada. Foi feita uma caracterização e posterior comparação entre tipos/variedades/região de arroz, que demonstra para ambos os tipos de estatística (ANOVA e Kruskal-Wallis), diferenças entre variedades, arroz integral e arroz branco. Verifica-se que ao analisar pelas várias características do arroz, não existem diferenças ao nível do arsénio e que, através da correlação de Spearman, este se correlaciona positivamente com arroz integral e negativamente com arroz branco. Na análise de clusters, os aminoácidos (variáveis) foram 3 conjuntos: baixa, média e alta concentração. Por sua vez, as amostras dividem-se pela variedade, formando ainda um cluster em que existe uma fusão de variedades. Para classificação de arroz no futuro, com base no perfil de aminoácidos, foi possível a criação de um modelo k-NN cujo erro de classificação fosse nulo.

Redução de aminoácidos em polpas de bacuri (Platonia insignis Mart), cupuaçu (Theobroma grandiflorum Willd ex-Spreng Schum) e murici (Byrsonima crassifolia L.) processado (aquecido e alcalinizado)

A literatura científica é pobre a respeito de frutas da Amazônia, como o murici, e suas características químicas devem ser estudadas. Por isso, esta pesquisa teve por proposta determinar o perfil aminoacídico das polpas de bacuri, cupuaçu e murici sob diferentes valores de pH (3,3, 5,8, 8,0 e 12,0), sem aquecimento ou com aquecimento por 12 horas/100 ºC com agitação e refluxo. Valores de pH, glicose, frutose e sacarose também foram determinados nas polpas sem aquecimento. Os nutrientes foram determinados por CLAE (Cromatografia Líquida de Alta Eficiência). As polpas de bacuri, cupuaçu e murici apresentaram valores de pH 3,2, 3,6 e 3,35, respectivamente. A sacarose foi, quantitativamente, o principal carboidrato nas polpas de cupuaçu (38,34%) e bacuri (36,93%), sendo que os teores de frutose e glicose foram similares, tanto na polpa de cupuaçu (8,93% e 9,03%) como na de bacuri (12,63% e 11,65%), respectivamente. Em contraste, a polpa de murici foi quase isenta de sacarose (0,57%), mas não de frutose (11,51%) ou glicose (11,39%). Nas polpas sem aquecimento, os principais aminoácidos foram: ácido glutâmico (46,6 mg/kg), ácido aspártico (28,8 mg/kg) e arginina (25,3 mg/kg) na polpa de bacuri; ácido aspártico (56,3 mg/kg), ácido glutâmico (44,0 mg/kg) e alanina (24,2 mg/kg) na polpa de cupuaçu; prolina (73,5 mg/kg), ácido glutâmico (23,7 mg/kg) e ácido aspártico (23,5 mg/kg) na polpa de murici. O aquecimento reduziu as concentrações de todos os aminoácidos nas 3 polpas. O meio fortemente alcalino (pH 12) produziu a maior degradação de aminoácidos. Lisina foi mais sensível ao aquecimento do que outros aminoácidos em pH 12.

Síntese de péptidos contendo resíduos de aminoácidos não proteinogénicos

Dissertação de mestrado em Química Medicinal

ESTUDIOS CITOGENÉTICOS EN CACTACEAE Y SOLANACEAE: MAPEO FÍSICO DE SECUENCIAS DE ADN REPETITIVO POR HIBRIDACIÓN IN SITU FLUORESCENTE (FISH)

En este proyecto propone aplicar técnicas de citogenética molecular analizando principalmente patrones de distribución de secuencias de ADN repetitivo, en especies sudamericanas de Cactaceae (Notocacteae, Trichocereeae, Hylocereae y Rhipsalideae) y Solanaceae (Cestroideae, Nicotianoideae, Petunioideae, Schizanthoideae, Schwenckioideae y Solanoideae). Las tres familias presentan importantes centros de diversificación en Sudamérica y un enorme interés desde el punto de vista económico, biológico y ecológico. Para lo cual serán utilizadas técnicas de coloración convencional y de hibridación in situ fluorescente (FISH) en especies de diferentes tribus y subfamilias. Estos estudios cariotípicos, en especial la distribución de secuencias de ADN repetitivo, permitirán explorar nuevos aspectos de la diferenciación cromosómica, aportando marcadores cromosómicos que podrían ser utilizados en estudios de evolución cariotípica y ser importantes para robustecer la comprensión de relaciones sistemáticas y filogenéticas. Los estudios citogenéticos en estas familias son esenciales para contribuir al conocimiento de su origen, diversificación y evolución, como así también para colaborar con el diseño de estrategias de mejoramiento genético de especies cultivadas y conservación de especies amenazadas.

Variação da composição de aminoácidos em caules e raízes de algodoeiro (Gossypium hirsutum L.) de acôrdo com a suscetibilidade aFusarium oxysporwn f. vasinfectum (Atk.) SNYD e HANS

Os resultados do estudo da variação na composição dos aminoácidos em caules e raízes de plantas de algodoeiro resistentes e suscetíveis a Fusarium oxysporum f. vasinfectum, revelaram maiores diferenças nos caules, quando comparados com aquêles obtidos para raízes. No estágio cotiledonar, tanto para plantas inoculadas como n]ao inoculadas, os caules de plantas da variedade suscetível apresentaram maior teor de aminoácidos, quando comparados com aquêles de plantas resistentes. Os caules das plantas suscetíveis em estágio de 3a 4 fôlhas verdadeiras, quando inoculadas, apresentaram maior teor de aminoácidos, quando comparadas com aquêles de plantas resistentes inoculadas com a mesma idade. Porém, para o caso de plantas não inoculadas, o teor de aminoácidos das plantas suscetíveis era ligeiramente inferior que o observado para as plantas resistentes.

Aminoácidos livres do feijão 60 dias (Phaseolus vulgaris L.)

Os aminoácidos livres da nova variedade de feijão (Phaseolus vulgaris L.) de 60 Dias, foram estudados por croma tografia em papel utilizando-se o seguinte par de solventes: 1) fenol-água, 8:2 (p/v); 2) butanol-ácido acético-água, 4:1:1 (v/v). Os aminoácidos identificados e dosados nos extratos foram: ácido aspártico, ácido glutãmico, lisina, serina, asparagina, glicina, treonina, alanina, glutamina, histidina, acido gama-aminobutírico, arginina, metionina, valina e leucina. Ás determinações quantitativas foram feitas por eluição das manchas dos cromatogramas seguidas de colorimetria. Os aminoácidos mais abundantes foram lisina, ácido glutâmico e ácido aspártico.

Teores de aminoácidos e fenóis em plântulas de algodoeiro (Gossypium hirsutum L. cv. 'IAC-17') sob ação de reguladores vegetais

Verificaram-se os efeitos da aplicação de reguladores de crescimento na porcentagem de materia seca, aminoácidos livres totais e compostos fenólicos nas folhas de algodoeiro 'lAC-l7'. Para se estudar a ação dos fitoreguladores, sementes de algodoeiro foram imersas durante 22 horas em soluções aquosas de cloreto (2-cloroetil) trimetilamônio (CCC) na concentração de 2000 ppm, ácido succínico-2,2-dimetilhidrazida 4000 ppm, ácido giberélico 100 ppm, ácido indolilacético (IAA) 100 ppm e água como controle. Plântulas com 33 dias de idade foram coletadas, sendo em seguida realizada a amostragem de folhas em laboratório, para efetuar-se a extração dos compostos. Observou-se que CCC 2000 ppm promoveu aumento no peso seco das folhas de algodoeiro. Esse retardador de crescimento aumentou o conteúdo de aminoácidos livres totais nas folhas estudadas. IAA 100 ppm reduziu a concentração de aminoácidos, nas plantas tratadas. O teor de fenóis totais nas folhas de Gossypium hirsutum foi aumentado por efeito do CCC com relação ao controle.

Alineamiento múltiple de secuencias con T-Coffee: una aproximación paralela

Las aplicaciones de alineamiento múltiple de secuencias son prototipos de aplicaciones que requieren elevada potencia de cómputo y memoria. Se destacan por la relevancia científica que tienen los resultados que brindan a investigaciones científicas en el campo de la biomedicina, genética y farmacología. Las aplicaciones de alineamiento múltiple tienen la limitante de que no son capaces de procesar miles de secuencias, por lo que se hace necesario crear un modelo para resolver la problemática. Analizando el volumen de datos que se manipulan en el área de las ciencias biológica y la complejidad de los algoritmos de alineamiento de secuencias, la única vía de solución del problema es a través de la utilización de entornos de cómputo paralelos y la computación de altas prestaciones. La investigación realizada por nosotros tiene como objetivo la creación de un modelo paralelo que le permita a los algoritmos de alineamiento múltiple aumentar el número de secuencias a procesar, tratando de mantener la calidad en los resultados para garantizar la precisión científica. El modelo que proponemos emplea como base la clusterización de las secuencias de entrada utilizando criterios biológicos que permiten mantener la calidad de los resultados. Además, el modelo se enfoca en la disminución del tiempo de cómputo y consumo de memoria. Para presentar y validar el modelo utilizamos T-Coffee, como plataforma de desarrollo e investigación. El modelo propuesto pudiera ser aplicado a cualquier otro algoritmo de alineamiento múltiple de secuencias.

ETIKETAGGER: herramienta para el etiquetaje de secuencias de imágenes

La adaptación del reconocimiento de objetos sobre la robótica móvil requiere un enfoque y nuevas aplicaciones que optimicen el entrenamiento de los robots para obtener resultados satisfactorios. Es conocido que el proceso de entrenamiento es largo y tedioso, donde la intervención humana es absolutamente necesaria para supervisar el comportamiento del robot y la dirección hacia los objetivos. Es por esta razón que se ha desarrollado una herramienta que reduce notablemente el esfuerzo humano que se debe hacer para esta supervisión, automatizando el proceso necesario para obtener una evaluación de resultados, y minimizando el tiempo que se malgasta debido a errores humanos o falta de infraestructuras.