Prospective universal application of mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat genotyping to characterize Mycobacterium tuberculosis isolates for fast identification of clustered and orphan cases.

The use of molecular tools for genotyping Mycobacterium tuberculosis isolates in epidemiological surveys in order to identify clustered and orphan strains requires faster response times than those offered by the reference method, IS6110 restriction fragment length polymorphism (RFLP) genotyping. A method based on PCR, the mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat (MIRU-VNTR) genotyping technique, is an option for fast fingerprinting of M. tuberculosis, although precise evaluations of correlation between MIRU-VNTR and RFLP findings in population-based studies in different contexts are required before the methods are switched. In this study, we evaluated MIRU-VNTR genotyping (with a set of 15 loci [MIRU-15]) in parallel to RFLP genotyping in a 39-month universal population-based study in a challenging setting with a high proportion of immigrants. For 81.9% (281/343) of the M. tuberculosis isolates, both RFLP and MIRU-VNTR types were obtained. The percentages of clustered cases were 39.9% (112/281) and 43.1% (121/281) for RFLP and MIRU-15 analyses, and the numbers of clusters identified were 42 and 45, respectively. For 85.4% of the cases, the RFLP and MIRU-15 results were concordant, identifying the same cases as clustered and orphan (kappa, 0.7). However, for the remaining 14.6% of the cases, discrepancies were observed: 16 of the cases clustered by RFLP analysis were identified as orphan by MIRU-15 analysis, and 25 cases identified as orphan by RFLP analysis were clustered by MIRU-15 analysis. When discrepant cases showing subtle genotypic differences were tolerated, the discrepancies fell from 14.6% to 8.6%. Epidemiological links were found for 83.8% of the cases clustered by both RFLP and MIRU-15 analyses, whereas for the cases clustered by RFLP or MIRU-VNTR analysis alone, links were identified for only 30.8% or 38.9% of the cases, respectively. The latter group of cases mainly comprised isolates that could also have been clustered, if subtle genotypic differences had been tolerated. MIRU-15 genotyping seems to be a good alternative to RFLP genotyping for real-time interventional schemes. The correlation between MIRU-15 and IS6110 RFLP findings was reasonable, although some uncertainties as to the assignation of clusters by MIRU-15 analysis were identified.

ESTUDIOS CITOGENÉTICOS EN CACTACEAE Y SOLANACEAE: MAPEO FÍSICO DE SECUENCIAS DE ADN REPETITIVO POR HIBRIDACIÓN IN SITU FLUORESCENTE (FISH)

En este proyecto propone aplicar técnicas de citogenética molecular analizando principalmente patrones de distribución de secuencias de ADN repetitivo, en especies sudamericanas de Cactaceae (Notocacteae, Trichocereeae, Hylocereae y Rhipsalideae) y Solanaceae (Cestroideae, Nicotianoideae, Petunioideae, Schizanthoideae, Schwenckioideae y Solanoideae). Las tres familias presentan importantes centros de diversificación en Sudamérica y un enorme interés desde el punto de vista económico, biológico y ecológico. Para lo cual serán utilizadas técnicas de coloración convencional y de hibridación in situ fluorescente (FISH) en especies de diferentes tribus y subfamilias. Estos estudios cariotípicos, en especial la distribución de secuencias de ADN repetitivo, permitirán explorar nuevos aspectos de la diferenciación cromosómica, aportando marcadores cromosómicos que podrían ser utilizados en estudios de evolución cariotípica y ser importantes para robustecer la comprensión de relaciones sistemáticas y filogenéticas. Los estudios citogenéticos en estas familias son esenciales para contribuir al conocimiento de su origen, diversificación y evolución, como así también para colaborar con el diseño de estrategias de mejoramiento genético de especies cultivadas y conservación de especies amenazadas.

Alineamiento múltiple de secuencias con T-Coffee: una aproximación paralela

Las aplicaciones de alineamiento múltiple de secuencias son prototipos de aplicaciones que requieren elevada potencia de cómputo y memoria. Se destacan por la relevancia científica que tienen los resultados que brindan a investigaciones científicas en el campo de la biomedicina, genética y farmacología. Las aplicaciones de alineamiento múltiple tienen la limitante de que no son capaces de procesar miles de secuencias, por lo que se hace necesario crear un modelo para resolver la problemática. Analizando el volumen de datos que se manipulan en el área de las ciencias biológica y la complejidad de los algoritmos de alineamiento de secuencias, la única vía de solución del problema es a través de la utilización de entornos de cómputo paralelos y la computación de altas prestaciones. La investigación realizada por nosotros tiene como objetivo la creación de un modelo paralelo que le permita a los algoritmos de alineamiento múltiple aumentar el número de secuencias a procesar, tratando de mantener la calidad en los resultados para garantizar la precisión científica. El modelo que proponemos emplea como base la clusterización de las secuencias de entrada utilizando criterios biológicos que permiten mantener la calidad de los resultados. Además, el modelo se enfoca en la disminución del tiempo de cómputo y consumo de memoria. Para presentar y validar el modelo utilizamos T-Coffee, como plataforma de desarrollo e investigación. El modelo propuesto pudiera ser aplicado a cualquier otro algoritmo de alineamiento múltiple de secuencias.

ETIKETAGGER: herramienta para el etiquetaje de secuencias de imágenes

La adaptación del reconocimiento de objetos sobre la robótica móvil requiere un enfoque y nuevas aplicaciones que optimicen el entrenamiento de los robots para obtener resultados satisfactorios. Es conocido que el proceso de entrenamiento es largo y tedioso, donde la intervención humana es absolutamente necesaria para supervisar el comportamiento del robot y la dirección hacia los objetivos. Es por esta razón que se ha desarrollado una herramienta que reduce notablemente el esfuerzo humano que se debe hacer para esta supervisión, automatizando el proceso necesario para obtener una evaluación de resultados, y minimizando el tiempo que se malgasta debido a errores humanos o falta de infraestructuras.

Alineamiento de secuencias genéticas en procesadores multicore

Este trabajo analiza el rendimiento del algoritmo de alineamiento de secuencias conocido como Needleman-Wunsch, sobre 3 sistemas de cómputo multiprocesador diferentes. Se analiza y se codifica el algoritmo serie usando el lenguaje de programación C y se plantean una serie de optimizaciones con la finalidad de minimizar el volumen y el tiempo de cómputo. Posteriormente, se realiza un análisis de las prestaciones del programa sobre los diferentes sistemas de cómputo. En la segunda parte del trabajo, se paraleliza el algoritmo serie y se codifica ayudándonos de OpenMP. El resultado son dos variantes del programa que difieren en la relación entre la cantidad de cómputo y la de comunicación. En la primera variante, la comunicación entre procesadores es poco frecuente y se realiza tras largos periodos de ejecución (granularidad gruesa). En cambio, en la segunda variante las tareas individuales son relativamente pequeñas en término de tiempo de ejecución y la comunicación entre los procesadores es frecuente (granularidad fina). Ambas variantes se ejecutan y analizan en arquitecturas multicore que explotan el paralelismo a nivel de thread. Los resultados obtenidos muestran la importancia de entender y saber analizar el efecto del multicore y multithreading en el rendimiento.

Secuencias de un viaje en el tiempo: S. Weil y M. Zambrano

El mundo griego, como via de aproximación al pensamiento weiliano, no constituye solo un registro de referencias e influencias; es un ámbito de adhesión que responde a la búsqueda por parte de la autora de un espacio vital que posibilite tanto el acceso del pensamicnto a lo real, como el lenguaje en el que decirse. La sintonia entre su lectura de la cultura griega y la que Maria Zambrano nos presenta hace pensar en una común opción teórica por arraigar su palabra en el tiempo, dirigiéndose al lugar originario en el que se decide entre la construcción racional y la recepcion atenta, un lugar ocupado por el pitagorismo que Platón hereda.

Asimetrias inducidas por la operación de energía externa en secuencias de sedimentos y de poblaciones

Mientras que muchos paleontologos reconocen o aceptan direcciones preferentes en los procesos de sucesión y de evolución, los biólogos y ecólogos que estudian organismos actuales, al enfrentarse con un gran número de posibilidades de cambio, suelen ser mhs escépticos. En mi opinion, la diferente actitud tiene que ver conla escala de los fenómenos, pero también con la asimetria de los cambios naturales. Una disponibilidad de energia alta e imprevisible determina discontinuidades y permite a los organismos hacer historia; un régimen de energia previsiblemente degradada a través de una organización, permite a la vida escribir historia La dinámica de las poblaciones planctónicas es un ejemplo ideal de la operación alternada de los regimenes energéticos. La productividad y las formas biológicas dependen de cómo la energiadisponible realiza trabajo en la matriz fisica del ecosistema. La sucesión solo se puede reconocer en régimen de degradación de energia; pero ello es solamente la mitad de la historia. Las secuencias o ciclos sedimentarios se pueden comparar con este modelo de plancton También aqui aparecen discontinuidades que empiezan con la deposición de materiales gniesos en un ambiente de alta energia y pasan gradualmente a materiales más finos, cada vez con mayor influencia de la vida en su composicion y segregación. La evolucion tiene un componente que procede de su adherencia necesaria a la sucesión. Las especies evolucionan colonizando distintos ambientes, uno tras otro, pero en todos y cada uno de ellos, están sometidos a presiones paralelas, dependientes de la sucesióii. Otras poblaciones de caracteristicas más oportunistas y generales saltan continuamente entre ambientes de gran energia, donde su evolución puede ser rápida, pero deja naturalmente pocos indicios. El registro fósil solo nos cuenta la mitad de la historia y la evolución nos parece tener direccion, simplemente como consecuencia de la asimetria fundamental en los cambios de los ecosistemas.

Secuencias de propagación del sistema de cabalgamientos de la terminación oriental del manto del Pedraforta y relación con los conglomerados sinorogénicos

Los conglomerados sinorogénicos asociados al manto inferior del Pedraforca se depositaron durante la eta-pa de progresiva emersión del manto (emplazamiento) y determinan una edad Luteciense inferior alto-Luteciense medio (51 M.a.) para sus ultimos movimientos (fosilización). La composición litológica de 1os conglomerados de 1os abanicos superiores y sus relaciones espaciales con el sinclinal de Ripoll (manto del Cadí) demuestran que el emplazamiento del manto inferior del Pedraforca se produjo en parte sincrónicamente con el desplazamiento del manto del Cadi y el apilamiento antiformal del Freser.

Secuencias de un viaje en el tiempo: S. Weil y M. Zambrano

El mundo griego, como via de aproximación al pensamiento weiliano, no constituye solo un registro de referencias e influencias; es un ámbito de adhesión que responde a la búsqueda por parte de la autora de un espacio vital que posibilite tanto el acceso del pensamicnto a lo real, como el lenguaje en el que decirse. La sintonia entre su lectura de la cultura griega y la que Maria Zambrano nos presenta hace pensar en una común opción teórica por arraigar su palabra en el tiempo, dirigiéndose al lugar originario en el que se decide entre la construcción racional y la recepcion atenta, un lugar ocupado por el pitagorismo que Platón hereda.

Fingerprinting automático de contenidos digitales inspirado en las secuencias de ADN

Peer-reviewed

Análisis de técnicas para secuencias lógicas

Tesis (Maestría en Ciencias de la Ingeniería Eléctrica con Especialidad en Control) UANL

Biodisponibilidad comparada de tres preparaciones farmacéuticas de metformina, dosis única, tabletas de 500 mg, tres períodos, tres tratamientos, tres secuencias, bajo condiciones de ayuno en sujetos de investigación sanos.

Tesis (Doctor en Ciencias con orientación en Farmacología y Toxicología) UANL, 2014.

AICLE : secuencias didacticas.

Resumen basado en el de la publicación

Secuencias originales en vídeo en la enseñanza activa del Inglés.

Filmación de seis secuencias en vídeo, orientadas a la enseñanza del Inglés. Objetivos: formar lingüístico-técnicamente a los alumnos. Fomentar la iniciativa, creatividad y trabajo en equipo. Se aprecia el aumento de la disposición y participación individual de los alumnos. Ha servido también tanto para la formación profesional del profesorado como para el aprovechamiento académico de los alumnos que han participado.