病毒感染草鱼胸腺的EST分析和免疫相关基因的鉴定

以感染草鱼(Ctenopharyngodon idellus)出血病病毒(GCHV)的草鱼胸腺为材料,构建了草鱼胸腺的SMARTcDNA文库。筛选文库获得到1933条有效EST序列。BLASTX分析显示,583条序列在公共数据库中能找到同源基因(E-value≤1.00E10-3,Identities≥30%),另外1350条序列则找不到显著同源性。已知基因按具体功能可划分为6类,大部分与细胞内的各种生理过程、细胞结构以及免疫防御相关。研究结果从分子水平上表明鱼类的胸腺在机体感染病毒的免疫反应中发挥重要作

4龄中华鲟垂体的EST分析(英文)

表达序列标签(Expressed sequencetag,EST)是鉴定基因表达规律和发现新基因的一种有效的分子生物学手段。为了能在中华鲟(Acipenser sinensis Gray)中发现与生长和生殖内分泌调控相关的基因,我们构建了中华鲟垂体的SMARTcDNA质粒文库。垂体是调节生长和生殖内分泌的重要器官。在本研究中,通过测序筛选得到了944个EST克隆,将所得EST与GenBank数据库中的序列进行比对,结果表明,802(84.96%)个克隆可以找到同源序列,共代表461个基因,其中含132个已

处于性腺不同发育阶段斜带石斑鱼垂体的EST表达差异分析

斜带石斑鱼是重要的海产经济鱼类,在其个体发育过程中存在先雌后雄的天然性反转现象。垂体是调节生长和生殖等生理过程的重要内分泌器官。构建了斜带石斑鱼分别处于卵巢发育起始和性反转后期的垂体SMARTcDNA的质粒文库,并通过测序分别筛选到232个和258个表达序列标签(expressed sequence tags,EST)。将所得EST与GenBank数据库中的序列进行比对,结果表明,处于卵巢发育起始和性反转后期斜带石斑鱼垂体EST中,激素所占比例均为最高,分别为40.5%和34.9%。进一步比较分析了这两个

银鲫原肠胚差异表达基因的筛选

胚胎发育是基因组中各个基因在时间和空间上选择性表达的结果。为了鉴定参与鱼类早期胚胎发育和胚层分化的调控因了,分别构建了银鲫(Carassiusauratusgibelio)原肠胚和成熟卵子的SMARTcDNA文库,并采用差异筛选的方法,从银鲫原肠胚SMARTcDNA文库中筛选不同于成熟卵子的差异表达基因。通过菌斑和PCR产物的两轮斑点杂交,从大约1500个克隆中筛选出131个阳性克隆,从中选择58个克隆测序并将测得的序列进行了数据库比对分析,结果显示这些差异表达基因大部分为参与转录和翻译的调控因子和核糖体

斜带石斑鱼生长激素/催乳素家族基因cDNAs的分子克隆及其进化意义

从斜带石斑鱼垂体提取总RNA ,再取其 5 0ng合成SMARTcDNA。从所构建的垂体SMARTcDNA质粒文库中筛选到生长激素 /催乳素基因家族的 2个成员的全长cDNA片段 :生长激素 (GH )基因全长为 938bp ,编码 2 0 4个氨基酸 ;催乳素基因 (PRL)全长为 14 2 9bp ,编码 2 12个氨基酸。采用计算机软件Mega 2和CLUSTALW1 6 4b对 9种鱼的生长激素 /催乳素基因家族的 3个成员 (GH、PRL和生长催乳素SL)的氨基酸序列进行系统分析 ,构建NJ分支

雌核发育银鲫四种孵化酶基因全长cDNA的克隆及其特征分析

用抑制性差减杂交结合SMARTcDNA合成和RACE PCR技术 ,克隆得到雌核发育银鲫 (Carassiusauratusgibelio) 4种孵化酶基因的全长cDNA。 4种孵化酶基因分别被命名为GHE1、GHE2、GHE3、GHE4。序列分析表明 ,4种孵化酶基因cDNA的开放阅读框均为 795bp ,都编码 2 6 5个氨基酸。它们推断的编码氨基酸序列同源性在 79 6～95 1 %之间。种系分析表明 ,GHE1、GHE2、GHE3、GHE4的进化地位位于日本鳗鲡(Anguillajaponica

银鲫两个蛋白合成相关基因全长cDNA的克隆及其特征分析

通过构建雌核发育银鲫心跳期SMARTcDNA质粒文库并从文库中随机挑选克隆测序 ,克隆得到银鲫翻译起始因子 3亚单位 2 (GTIF3 S2 )和翻译延伸因子 1亚单位α(GEF 1α)基因全长cDNA。银鲫翻译起始因子 3亚单位 2基因cDNA全长 12 80bp ,开放阅读框位于 117— 10 91bp之间 ,编码 32 5个氨基酸。其推断的氨基酸序列存在三个WD结构域。该基因在鱼类中为首次报道。银鲫翻译延伸因子 1亚单位alpha基因cDNA全长 1784bp ,开放阅读框位于82— 14 6 7

彩鲫Ran基因全长cDNA的克隆及其组织表达特异性分析

根据Ran的保守区序列设计简并引物 ,结合SMARTcDNA合成及RACE PCR技术 ,克隆到彩鲫(Carassiusauratuscolorvariety)的Ran基因的cDNA全长 ,其编码区全长为 6 4 8bp ,编码 2 15个氨基酸。采用BLAST程序在NCBI数据库中对其进行同源基因搜索 ,结果表明 ,其推测的编码氨基酸序列与斑马鱼和鲑鱼的Ran基因编码的氨基酸序列的同源性分别高达 98%和 97%。还对其编码区全长序列进行了原核表达 ,以经纯化的表达蛋白免疫家兔 ,制备出了具有较高特异性

银鲫肌酸激酶M3-CK cDNA的克隆及其表达特征

用抑制性差减杂交结合SMARTcDNA合成和RACE PCR技术克隆到雌核发育银鲫 (Carassiusauratusgibelio)肌酸激酶M 3 CK基因的全长cDNA。银鲫M 3 CKcDNA全长 15 5 1bp ,编码 380个氨基酸 ,与普通鲤鱼(Cyprinuscarpio)M3 CK的氨基酸序列同源性高达 95 %。种系分析表明 ,银鲫M3 CK与其它脊椎动物的肌肉型肌酸激酶聚为较近的一支 ,与鲤鱼的M 3 CK聚在一起 ,与脑特异型肌酸激酶及线粒体型肌酸激酶分歧较大。虚拟Northern