Complete genomic sequence of a Rubus yellow net virus isolate and detection of genome-wide pararetrovirus-derived small RNAs

Rubus yellow net virus (RYNV) was cloned and sequenced from a red raspberry (Rubus idaeus L.) plant exhibiting symptoms of mosaic and mottling in the leaves. Its genomic sequence indicates that it is a distinct member of the genus Badnavirus, with 7932. bp and seven ORFs, the first three corresponding in size and location to the ORFs found in the type member Commelina yellow mottle virus. Bioinformatic analysis of the genomic sequence detected several features including nucleic acid binding motifs, multiple zinc finger-like sequences and domains associated with cellular signaling. Subsequent sequencing of the small RNAs (sRNAs) from RYNV-infected R. idaeus leaf tissue was used to determine any RYNV sequences targeted by RNA silencing and identified abundant virus-derived small RNAs (vsRNAs). The majority of the vsRNAs were 22-nt in length. We observed a highly uneven genome-wide distribution of vsRNAs with strong clustering to small defined regions distributed over both strands of the RYNV genome. Together, our data show that sequences of the aphid-transmitted pararetrovirus RYNV are targeted in red raspberry by the interfering RNA pathway, a predominant antiviral defense mechanism in plants. © 2013.

Management of the invasive hill raspberry (Rubus niveus) on Santiago Island, Galapagos: Eradication or indefinite control?

The eradication of an invasive plant species can provide substantial ecological and economic benefits by eliminating completely the negative effects of the weed and reducing the high cost of continuing control. A 5-yr program toward the eradication of hill raspberry (Rubus niveus Thunb.) in Santiago Island is evaluated using delimitation and extirpation criteria, as well as assessment of the ecological community response to management techniques. Currently, hill raspberry is located in the humid zone of Santiago island. It is distributed over three main infestations, small patches, and many scattered individuals within an area of approximately 1,000 ha. New infestations are constantly being found; every year, new detections add an area of approximately 175 ha. Adult and juvenile individuals are still found, both beyond and within known infestations. Both plant and seed bank density of hill raspberry decreased over time where infestations were controlled. Species composition in the seed bank and existing vegetation were significantly different between areas under intensive control and adjacent uninvaded forest. After 5 yr of intensive management, delimitation of hill raspberry has not been achieved; new populations are found every year, increasing the infested area that requires management. Off-target effects on native species resulting from control efforts seem to be substantial. Although a vast increase in economic investment would allow intensive searching that might enable all individuals to be found and controlled, the resultant disturbance and off-targets effects could outweigh the conservation benefits of eradication.

Possible impacts of the invasive plant Rubus niveus on the native vegetation of the Scalesia Forest in the Galapagos Islands

Originally from Asia, Rubus niveus has become one of the most widespread invasive plant species in the Galapagos Islands. It has invaded open vegetation, shrubland and forest alike. It forms dense thickets up to 4 m high, appearing to displace native vegetation, and threaten the integrity of several native communities. This study used correlation analysis between a R. niveus cover gradient and a number of biotic (vascular plant species richness, cover and vegetation structure) and abiotic (light and soil properties) parameters to help understand possible impacts in one of the last remaining fragments of the Scalesia forest in Santa Cruz Island, Galapagos. Higher cover of R. niveus was associated with significantly lower native species richness and cover, and a different forest structure. Results illustrated that 60% R. niveus cover could be considered a threshold for these impacts. We suggest that a maximum of 40% R. niveus cover could be a suitable management target.

Vadelman (Rubus idaeus) kasvunsäätö proheksadioni-kalsiumin avulla

Vadelman (Rubus idaeus L.) viljelyala on kasvanut Suomessa voimakkaasti viimeisten viiden vuoden aikana. Vuonna 2005 vadelmaa viljeltiin 473 hehtaarilla. Vadelman satoindeksi on alhainen. Sen pääverso on pitkä, mikä hankaloittaa hoitotoimenpiteitä. Kasvin satoisimmat silmut ovat pääverson kärjessä, joten latvontaa ei kannata tehdä. Suomessakin haluttaisiin kehittää vadelman kasvihuonetuotantoa satokauden pidentämiseksi. Kasvihuonetuotannossa vegetatiivisen kasvun säätäminen on vielä tärkeämpää kuin avomaan viljelyssä. Proheksadioni-kalsium (ProCa) on gibberelliinisynteesi-inhibiittori, jonka on havaittu lyhentävän nivelvälejä sekä lisäävän versojen ja lehtien hiilihydraattipitoisuutta mm. omenalla (Malus domestica Borkh.). Tämän Helsingin yliopiston soveltavan biologian laitoksella toteutetun tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, miten ProCa vaikuttaa kahden kesävadelmalajikkeen ensimmäisen vuoden versojen vegetatiiviseen kasvuun ja edelleen sadontuottokykyyn. Tässä pro gradu -työssä tutkittiin ProCa:n vaikutusta kahden kesävadelmalajikkeen vegetatiiviseen kasvuun, satopotentiaaliin sekä versojen ja silmujen hiilihydraattipitoisuuksiin kesällä 2005 ja talvella 2006. Koetaimina oli 120 Tulameen-lajikkeen ja 150 Glen Ample -lajikkeen tainta. Taimet käsiteltiin kesäkuussa ja käsittely uusittiin osalle taimista neljän viikon kuluttua ensimmäisestä käsittelystä. Koekäsittelyitä oli neljä: ProCa 100 ppm, ProCa 200 ppm, ProCa 100 ppm + ProCa 100 ppm ja ProCa 200 ppm + ProCa 200 ppm. Kontrollikäsittelyitä oli kaksi: vesi sekä vesi + vesi. Kesän aikana havainnoitiin pääverson pituuskasvua ja nivelien määrää. Kesän kasvatuskauden päätyttyä Glen Ample -lajikkeen silmujen ja versojen liukoiset hiilihydraatit ja tärkkelys määritettiin entsymaattisesti. Kylmävarastoinnin jälkeen (71 vrk) tammikuussa 2006 taimet siirrettiin hyötöön kasvihuoneeseen. Hyödön aikana havainnoitiin silmujen puhkeamista ja kukintaa. Hyödön päättyessä hanka- ja pääversojen kuivapaino sekä hankaversojen pituus mitattiin. Kesän 2005 aikana ProCa lyhensi uusien nivelvälien pituuksia väliaikaisesti 1 4 viikon kuluttua käsittelystä. Nivelien lukumäärässä ei tapahtunut suuria muutoksia. Tulameen-lajikkeella kasvu kiihtyi käsittelyn vaikutuksen loputtua. Nivelvälien lyhentymisen takia pääverson kokonaispituus jäi kontrolliin verrattuna 35 % lyhyemmäksi Glen Ample -lajikkeella (ProCa 200 + ProCa 200) ja 14 % lyhyemmäksi Tulameen-lajikkeella samalla käsittelyllä. Myös käsittely ProCa 200 vähensi pääverson pituutta 6 % kontrolliin verrattuna Tulameen-lajikkeella. ProCa-käsittely lisäsi versojen ja silmujen hiilihydraattipitoisuuksia, mutta tuloksissa oli paljon hajontaa. Glen Ample -lajikkeella kaksinkertaiset käsittelyt vähensivät puhjenneiden silmujen osuutta 8 15 päivän kuluttua hyödön aloittamisesta 24 29 %, mutta käsittelyiden väliset erot tasoittuivat hyödön loppuun mennessä. Lisäksi kaksinkertaiset ProCa-käsittelyt vähensivät kukkien määrää 29 44 % 33 65 päivää hyödön alusta, mutta erot tasoittuivat hyödön loppuun mennessä. Käsittelyt eivät vaikuttaneet Tulameen-lajikkeen silmujen puhkeamiseen ja kukintaan. Satopotentiaalissa ei ollut eroa ProCa-käsittelyiden välillä kummallakaan lajikkeella. Glen Ample -lajikkeella hankaversojen kokonaismäärä väheni 27 32 % kasveilla, joita oli käsitelty kaksi kertaa ProCa:lla. Hankaversot olivat kuitenkin vastaavasti 29 43 % pidempiä. Tulameen-lajikkeella ProCa 100 -käsittely vähensi hankaversojen määrää 15 %, mutta hankaversojen pituuteen käsittelyillä ei ollut vaikutusta. Käsittelyillä ei ollut vaikutusta hankaversojen nivelvälien pituuteen kummallakaan lajikkeella. Tutkimuksen perusteella kesällä annetulla ProCa-käsittelyllä voidaan lyhentää pääverson pituutta, mutta satopotentiaaliin käsittelyllä ei ole vaikutusta. Käsittelyajankohta on kriittinen, koska kukkasilmujen kehitys näyttäisi häiriintyvän, jos ruiskutus tehdään loppukesällä.

Mehiläisten (Apis mellifera) kukkavierailut mansikalla (Fragaria x ananassa) ja vadelmalla (Rubus idaeus) sekä kukkavierailuihin vaikuttavat tekijät

Hyönteispölytys lisää monien ristipölytteisten viljelykasvien siemensatoa sekä parantaa sadon laatua. Marjakasveilla, kuten mansikalla ja vadelmalla marjojen koko suurenee sekä niiden laatu paranee onnistuneen pölytyksen seurauksena. Aiempien havaintojen mukaan mansikan kukat eivät pääsääntöisesti houkuttele mehiläisiä, kun taas vadelma on yksi mehiläisten pääsatokasveista. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää, miten tehokkaasti mehiläiset vierailevat mansikalla sekä vadelmalla, keskittyen kukkakohtaisiin käynteihin tuntia kohti. Mehiläisiä voidaan käyttää Gliocladium catenulatum-vektoreina torjuttaessa mansikan ja vadelman harmaahometta (Botrytis cinerea). Kukkavierailujen perusteella arvioidaan, onko vektorilevitys riittävän tehokas torjumaan harmaahometta ja miten hyvin mehiläisiä voidaan käyttää pölytyspalveluihin, etenkin mansikalla. Havainnot kerättiin kuudelta eri tilalta Sisä-Savosta kesällä 2007. Kukkavierailuja laskettiin mansikan ja vadelman kukinnan aikana erilaisissa sääolosuhteissa, eri kellonaikoina ja eri etäisyyksillä mehiläispesistä. Kukat valittiin satunnaisesti, ja valintaperusteena oli kukan avonaisuus. Tarkkailuaika riippui mehiläisten lentoaktiivisuudesta. Mansikan koko havaintojakson keskiarvoksi tuli 1,75 käyntiä kukkaa kohti tunnissa. Vadelmalla vastaava luku oli 4,27, joten keskiarvojen perusteella vadelma oli houkuttelevampi kuin mansikka. Kasvukauden vaiheella ei ollut eroja vierailuihin kummallakaan kasvilla, mutta vuorokaudenajan suhteen vierailuja oli enemmän aamupäivällä kuin iltapäivällä. Lämpötila korreloi positiivisesti vierailutiheyden kanssa kummallakin kasvilla. Sääolosuhteet rajoittivat havaintojen keräämistä ja kesä oli erittäin sateinen. Mehiläiset vierailivat kukissa riittävästi haastavissakin sääolosuhteissa niin, että harmaahometorjunta onnistui. Vektorilevitystä suunnitellessa, etenkin mansikalla, tulee ottaa huomioon pesien sijoittelu sekä riittävä lukumäärä. Pesien ravinnontarpeen tulee olla suuri, jotta mehiläiset keräisivät ravintoa kukista mahdollisimman tehokkaasti. Pesiin voidaan lisätä tarvittaessa avosikiöitä tai poistaa siitepölyvarastoja ravinnonkeruuaktiivisuuden lisäämiseksi. Lisätutkimusta tarvitaan pesien sijoittelun, kilpailevien kasvien sekä mansikkalajikkeiden houkuttelevuuden vaikutuksesta vierailutiheyteen. Suomalaisten mansikkalajikkeiden meden sekä siitepölyneritystä olisi myös hyvä selvittää.

Insectos y enfermedades asociados al cultivo de mora (Rubus glaucus, Benth) en la Sabana Madriz

La mora (Rubus glaucus, Benth), es una planta en proceso de domesticación que se cultiva en pequeñas huertas ó parcelas siendo hospedera de un sin número de insectos plagas y enfermedad es. En la actualidad en Nicaragua encontramos, plantaciones de mora establecidas desde hace aproximadamente 3 años, como una alternativa de diversificación de fincas cafetaleras en las zonas de los departamentos de Madriz y Nueva Segovia, no existiendo has ta la fecha un informe formal sobre los principales insectos plagas e insectos benéficos y enfermedades presentes en el cultivo. Ante tal situación y debido a la importancia que esta tomando el cultivo de mora, se realizó una investigación con el objetivo de describir la fluctuación poblacional de los insectos plagas y sus depredadores naturales y además la incidencia de enfermedades asociadas al cultivo de mora. El estudio se realizó en la finca La Patasta, Municipio La Sabana, Departamento de Madriz, en e l periodo comprendido entre Septiembre 2004 a Abril 2005. El monitoreo se realizó semanalmente en cinco sitios específicos, realizando capturas manuales de especimenes con ayudas de vasos cristalinos y cámaras húmedas en el caso de enfermedades. Los result ados obtenidos fueron los siguientes: se identificó y se describió la fluctuación poblacional de insectos de las principales familias Scarabaeidae, Chrysomelidae, Curculionidae, Cantharidae, así como las principales familias del orden Hemíptero (Cicadellid ae, Pentatomidae, Miridae) y el orden Orthóptero (Acrididae y Tettigonidae), de igual forma se identificaron y se describieron la fluctuación poblacional de Depredadores Naturales de insectos de la familia Staphilinidae, Coccinelidae, Vespidae y Aracnidae, así como también se identificaron y se describieron las incidencias de las principales enfermedades causadas por ( Cercospora spp, Xanthomona spp y Botrytis spp ) presentes en el cultivo de mora.

Efecto de reguladores de crecimiento, L-Cisteína y ácido ascórbico en el cultivo in vitro de mora de castilla (Rubus glaucus benth)

El presente estudio tuvo como objetivo central contribuir al desarrollo de tecnología para la propagación in vitro de mora de castilla (Rubus glaucus Benth). Para ello se adaptó las técnicas de propagación in vitro desarrolladas por el Laboratorio de Cultivo de Tejidos de la Universidad Tecnológica de Pereira, Colombia y se introdujo la variedad Rizaralda, cultivar de alto rendimiento y calidad, utilizada por productores de mora de castilla en la zona andina colombiana. Los ensayos se llevaron a cabo en el Laboratorio de Cultivo de Tejidos Vegetales del Programa Recursos Genéticos Nicaragüenses (REGEN), Facultad de Agronomía de la Universidad Nacional Agraria. El material experimental provino de vitro plantas de mora de castilla, facilitadas por la Universidad Tecnológica de Pereira, Colombia. El estudio se desarrolló en dos fases. En la primera se ejecutaron evaluaciones sobre tres componentes del medio de cultivo de multiplicación acelerada. Para ello se realizaron tres ensayos experimentales: efecto del regulador de crecimiento 6-bencilaminopurina (BAP) en combinación de ácido giberélico (GA3), efecto del ácido ascórbico y efecto de la L-cisteína sobre vitroplantas de mora de castilla. En la segunda fase se indujo el enraizamiento de vitroplantas obtenidas en la fase I. En las evaluaciones realizadas en esta fase se establecieron de igual forma tres ensayos: inducción de raíces con el regulador de crecimiento ácido indolacético (AIA), efecto del AIA y consistencia del medio de cultivo sobre la formación de raíces y efecto del AIA, ácido indolbutírico (IBA) y ácido naftalenacético (ANA) en la formación de raíces.Utilizando para ambas fases las sales minerales de Murashige y Skoog (1962), suplementadas con tiamina 0.4 mg/l, mio-inositol 100 mg/l, sacarosa 30 g/l, Gelrite 3 g/l y ajustando el pH a 6. Los explantes se incubaron bajo condiciones de 18 °C, 16 horas luz y 4000 lux. Según los resultados se estableció que el mejor tratamiento para la multiplicación acelerada de vitroplanta de mora de castilla fue 6-bencilaminopurina con 2.5 mg/l + 0.03 mg/l GA3, obteniéndose una mayor producción de hijos, con un promedio de 3.13. En cuanto a la L-cisteína y ácido ascórbico no se establecieron influencia significativa entre tratamientos. En la segunda fase se estableció que el mejor tratamiento con 100 % de plantas enraizadas y 6.98 raíces por planta fue 1 mg/l de IBA, contrario al AIA que produjo menos del 50 % de plantas enraizadas. Por otra parte la consistencia del medio de cultivo no tuvo ninguna influencia en la producción de raíces.

Efecto de cuatro substratos en el endurecimiento de vitroplantas de mora (Rubus glaucus benth) variedad risaralda, en el municipio de Las Sabanas, departamento de Madriz

El presente estudio se llevó a cabo en el municipio de Las Sabanas, Departamento de Madriz en el periodo de noviembre del 2004 a abril del 20 05. En el estudio se realizaron dos ensayos. En el primer ensayo se evaluó la sobrevivencia de vitroplantas de mora ( Rubus glaucus Benth.) cultivadas en cuatro su stratos o tratamientos. Los tratamientos utilizados en el ensayo 1 fueron: arena (tratamiento I), lombrihumus de cachaza (tratamiento II), arena + cascarilla de arroz (tratamiento III) y arena + cascarilla de arroz + suel o (tratamiento IV). En el ensayo 2 se utilizó arena como sustrato, que resulto ser el mejor trat amiento según los resultados del ensayo 1 y se evaluaron los tratamientos arena esterilizada + trichoderma + micorriza (tratamiento V), arena esterilizada + trichoderma (tratamiento VI), arena sin esterilizar + trichoderma + micorriza (tratamiento VII) y arena sin esterilizar + tr ichoderma (tratamiento VIII). Se estimó el porcentaje de sobrevivencia (%), la altura (cm) y el número de hojas. Se utilizó un diseño experimental completo al azar (DCA). Se realizó un análisis de varianza y separación de medias mediante la prueba de Tukey (  = 0.05). El porcentaje de sobrevivencia de los tratamientos V y VI fue 64.16 % y 60.00 %, respectivamente. En el caso de los tratamientos VII y VIII presentaron un porcentaje de sobreviv encia de 51.66 % y 52.50 % respectivamente. En el tratamiento VI se obtuvo la mayor altura promedio con 1.67 cm, seguido del tratamiento V con una altura de 1.49 cm. Los mayores porcentajes de hojas estuvieron dados por los tratamientos V con 2.02 hojas y el tratamiento VI con 2.01 hoj as. En los tratamientos III y IV se presentó la mayor incidencia por mal del talluelo en las vitroplantas, enfermedad que es causada por un complejo de hongos del suelo ( Fusarium sp; Rhizoctonia sp y Pythium sp,) que provocan la marchitez del tallo y pudrición de raíces. La utilización de substratos con combinaciones de arena esterilizada + trichod erma + micorriza, presentan los mejores resultados.

Reguladores de crecimiento, L-cisteina y ácido ascórbico en el cultivo in vitro de Mora (Rubus glaucus Benth)

El presente trabajo se llevó a cabo en el laboratorio de cultivo de tejidos vegetales del Programa de Recursos Genéticos Nicaragüen ses (REGEN) de la Facultad de Agronomía, Universidad Nacional Agraria, Managua, Nicaragua, con el objetivo de adoptar la técnica de propagación in vitro del cultivo de mora e introducir la variedad Rizaralda. El material vegetal fue traído de la Universidad Nacional de Pereira, Colombia. Los explantes fueron desinfectados y estableci dos en un medio MS semisólido suplementado con 1 mg/l de BAP y 0.3 mg/l de GA 3 . El ensayo se desarrolló en dos fases. En la primera fase (fase de multiplicación) se evaluaron diferentes concentraciones de las fitohormonas BAP y GA 3 ; la vitamina acido ascórbico y el aminoácido (L–cisteina). La combinación hormonal BAP 2.5 mg/l y GA 3 0.03 mg/l fue el mejor tratamiento, lográndose una producción de hijos de 3.13 en promedio. En la segunda fase (enraizamiento) se evaluaron las fitohormonas AIA, IBA y ANA, asi como la consis tencia del medio; obteniéndose un 100 % de plantas enraizadas con un promedio de 6.98 raíces por planta con 1.4 mg/l de IBA en medio semisolido.