Genomics and the impact of new technologies on the management of colorectal cancer

High-throughput genomic technologies have the potential to have a major impact on preclinical and clinical drug development and the selection and stratification of patients in clinical trials. These technologies, which are at varying stages of commercialization, include array-based comparative genomic hybridization, single-nucleotide polymorphism arrays, and (the most mature example) expression-based arrays. One of the rate-limiting steps in the routine clinical application of expression array-based technology is the need for suitable clinical samples. One of the major challenges moving forward, therefore, relates to the ability to use formalin-fixed, paraffin-embedded--derived tissue in expression profiling-based approaches.

Expressão de IL-18 por PCR em tempo real em membranas corioamnióticas de gentantes com rotura prematura de membrans pré-termo

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise quantitativa da expressão de IL-4 e IL-10 em membrans corioamnióticas de gestantes com rotura prematura de membranas pré-termo

Pós-graduação em Patologia - FMB

Expressão e localização de receptores Toll-like -1, -2, -4 e -6 em membranas corioamnióticas de gestações complicadas por corioamnionite histológica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Influência da ingestão alimentar nas concentrações plasmáticas de insulina e progesterona, e na expressão de de enzimas hepáticas envolvidas no metabolismo de progesterona em ovelhas pré-púberes

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise quantitativa da expressão de citocinas inflamatórias em membranas corioamnióticas de gestantes com rotura prematura de membranas pré-termo

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Expressão de receptores Toll-like - 2 e Toll-like - 4 em membranas corioamnióticas de gestações complicadas por corioamnionite

Corioamnionite é definida como inflamação das membranas corioamnióticas, sendo que tal inflamação resulta geralmente de infecção bacteriana do líquido amniótico, das membranas fetais e da placenta. O sistema imune inato constitui a primeira linha de defesa do hospedeiro contra patógenos e nesse sentido os receptores Toll-like (TLR) são importantes reguladores dessa resposta inespecífica. Entretanto, a expressão desses receptores nas membranas corioamnióticas de gestações complicadas por corioamnionite não está bem estabelecida. Investigar a expressão de receptores Toll-like -2 e -4 em membranas corioamnióticas de gestações complicadas por corioamnionite. Foram incluídas no estudo 48 membranas corioamnióticas, coletadas no Serviço de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP, no período de janeiro a novembro de 2008, de gestações pré-termo e de termo, incluindo gestantes com rotura prematura de membranas pré-termo (RPM-PT), trabalho de parto pré-termo (TPP) além de gestações de termo (GT). Fragmentos das membranas corioamnióticas foram encaminhados à análise histopatológica para confirmação de corioamnionite histológica. Outros fragmentos de 1cm2 das membranas foram acondicionados em RNA later® e foram submetidos à extração de RNA total. Após a extração do RNA, as amostras com concentração entre 0,02 e 0,2μg/ μL de RNA foram submetidas à obtenção de cDNA para posterior utilização na quantificação da expressão de TRL-2 e TLR-4 pela técnica da PCR em tempo real empregando-se o sistema TaqMan® Gene Expression Assays. Dentre as 24 membranas corioamnióticas com presença de corioamnionite, 41,7% foram obtidas de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Expressão de defensinas por membranas corioamnióticas de gestações pré-termo complicadas por corioamnionite

As membranas corioamnióticas são barreiras mecânicas contra a ascensão de microrganismos e possuem papel fundamental no sistema imune inato. Quando é invadida por microrganismos apresenta corioamnionite aguda, que é a infiltração das membranas fetais por leucócitos polimorfonucleares. Entretanto as membranas têm efeito inibitório sobre o crescimento de muitas bactérias, em parte, pela produção de defensinas. Quantificar a expressão de defensinas (HBD1, 3 e 4) por membranas corioamnióticas de gestações complicadas por corioamnionite. Foram incluídos no estudo 40 fragmentos de membranas corioamnióticas, com diagnóstico histológico de corioamnionite, provenientes de gestações complicadas por rotura prematura de membranas pré-termo (RPM-PT) e/ou trabalho de parto prematuro (TPP) que apresentaram parto prematuro como desfecho gestacional, constituindo o grupo estudo (G1). Como grupo controle (G2), foram avaliadas 40 membranas corioamnióticas, com ausência de corioamnionite e pareadas pela idade gestacional ao grupo estudo. Fragmentos das membranas corioamnióticas foram encaminhados à análise histopatológica para confirmação de corioamnionite histológica. Outros fragmentos de 1cm2 das membranas foram acondicionados em RNA later e submetidos à extração de RNA total. Após a extração do RNA, as amostras com concentração entre 0,02 e 0,2μg/ μL de RNA foram submetidas à obtenção de cDNA e posterior utilização na quantificação da expressão de defensinas pela técnica da PCR em tempo real empregando-se o sistema TaqMan® Gene Expression Assays. Em relação às variáveis sócio-demográficas, as porcentagens de mulheres que referiram união estável, cor branca e hábito tabagista foram similares entre os grupos estudados. Em relação às variáveis obstétricas não houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos G1 e G2... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo)

Non-segmented negative sense RNA viruses as vectors for vaccine development

This article intends to cover two aspects of non-segmented negative sense RNA viruses. In the initial section, the strategy employed by these viruses to replicate their genomes is discussed. This would help in understanding the later section in which the use of these viruses as vaccine vectors has been discussed. For the description of the replication strategy which encompasses virus genome transcription and genome replication carried out by the same RNA dependent RNA polymerase complex, a member of the prototype rhabdovirus family - Chandipura virus has been chosen as an example to illustrate the complex nature of the two processes and their regulation. In the discussion on these viruses serving as vectors for carrying vaccine antigen genes, emphasis has been laid on describing the progress made in using the attenuated viruses as vectors and a description of the systems in which the efficiency of immune responses has been tested.

Novel roles of the SRP RNA in co-translational protein targeting

The signal recognition particle (SRP) and its receptor (SR) are universally conserved protein machineries that deliver nascent peptides to their proper destination. The SRP RNA is a universally conserved and essential component of SRP, which serves as the “catalyst” of the protein targeting cycle. The SRP RNA accelerates SRP-SR complex formation at the beginning of the protein targeting reaction, and triggers GTP hydrolysis and SRP-SR complex disassembly at the end. Here we combined biochemical and biophysical approaches to investigate the molecular mechanism of the functions of the SRP RNA. We found that two functional ends in the SRP RNA mediate distinct functions. The tetraloop end facilitates initial assembly of SRP and SR by mediating an electrostatic interaction with the Lys399 receptor, which ensures efficient and accurate substrate targeting. At the later stage of the SRP cycle, the SRP-SR complex relocalizes ~ 100 Angstrom to the 5’,3’-distal end of the RNA, a conformation crucial for GTPase activation and cargo handover. These results, combined with recent structural work, elucidate the functions of the SRP RNA during the protein targeting reaction.

Exploring TERRA (TElomeric Repeat-containing RNA) Expression and Regulation During Cell Growth in Saccharomyces cerevisiae

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Clonagem, expressão e purificação de domínios da proteína AtRLI2 (RNase L Inhibitor), um supressor endógeno de silenciamento por RNA de Arabidopis thaliana, visando estudos estruturais

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo in vitro do efeito da interferência por RNA (RNAi) na replicação do vírus da hepatite C

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Evaluation of canonical siRNA and dicer substrate RNA for inhibition of hepatitis C virus genome replication: a comparative study

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Isolated total RNA and protein are preserved after thawing for more than twenty-four hours

OBJECTIVE: The preservation of biological samples at a low temperature is important for later biochemical and/or histological analyses. However, the molecular viability of thawed samples has not been studied sufficiently in depth. The present study was undertaken to evaluate the viability of intact tissues, tissue homogenates, and isolated total RNA after defrosting for more than twenty-four hours. METHODS: The molecular viability of the thawed samples (n = 82) was assessed using the A260/A280 ratio, the RNA concentration, the RNA integrity, the level of intact mRNA determined by reverse transcriptase polymerase chain reaction, the protein level determined by Western blotting, and an examination of the histological structure. RESULTS: The integrity of the total RNA was not preserved in the thawed intact tissue, but the RNA integrity and level of mRNA were perfectly preserved in isolated defrosted samples of total RNA. Additionally, the level of beta-actin protein was preserved in both thawed intact tissue and homogenates. CONCLUSION: Isolated total RNA does not undergo degradation due to thawing for at least 24 hours, and it is recommended to isolate the total RNA as soon as possible after tissue collection. Moreover, the protein level is preserved in defrosted tissues.