Molecular determinants of congenital hypothyroidism due to thyroid dysgenesis

L’hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne (HCDT) est la condition endocrinienne néonatale la plus fréquemment rencontrée, avec une incidence d’un cas sur 4000 naissances vivantes. L’HCDT comprend toutes les anomalies du développement de la thyroïde. Parmi ces anomalies, le diagnostic le plus fréquent est l’ectopie thyroïdienne (~ 50% des cas). L’HCDT est fréquemment associée à un déficit sévère en hormones thyroïdiennes (hypothyroïdisme) pouvant conduire à un retard mental sévère si non traitée. Le programme de dépistage néonatal assure un diagnostic et un traitement précoce par hormones thyroïdiennes. Cependant, même avec un traitement précoce (en moyenne à 9 jours de vie), un retard de développement est toujours observé, surtout dans les cas les plus sévères (c.-à-d., perte de 10 points de QI). Bien que des cas familiaux soient rapportés (2% des cas), l’HCTD est essentiellement considérée comme une entité sporadique. De plus, plus de 92% des jumeaux monozygotiques sont discordants pour les dysgénésies thyroïdiennes et une prédominance féminine est rapportée (spécialement dans le cas d’ectopies thyroïdiennes), ces deux observations étant clairement incompatible avec un mode de transmission héréditaire mendélien. Il est donc cohérent de constater que des mutations germinales dans les facteurs de transcription thyroïdiens connus (NKX2.1, PAX8, FOXE1, and NKX2.5) ont été identifiées dans seulement 3% des cas sporadiques testés et furent, de plus, exclues lors d’analyse d’association dans certaines familles multiplex. Collectivement, ces données suggèrent que des mécanismes non mendéliens sont à l’origine de la majorité des cas de dysgénésie thyroïdienne. Parmi ces mécanismes, nous devons considérer des modifications épigénétiques, des mutations somatiques précoces (au stade du bourgeon thyroïdien lors des premiers stades de l’embryogenèse) ou des défauts développementaux stochastiques (c.-à-d., accumulation aléatoire de mutations germinales ou somatiques). Voilà pourquoi nous proposons un modèle «2 hits » combinant des mutations (épi)génétiques germinales et somatiques; ce modèle étant compatible avec le manque de transmission familial observé dans la majorité des cas d’HCDT. Dans cette thèse, nous avons déterminé si des variations somatiques (épi)génétiques sont associées à l’HCTD via une approche génomique et une approche gène candidat. Notre approche génomique a révélé que les thyroïdes ectopiques ont un profil d’expression différent des thyroïdes eutopiques (contrôles) et que ce profil d’expression est enrichi en gènes de la voie de signalisation Wnt. La voie des Wnt est cruciale pour la migration cellulaire et pour le développement de plusieurs organes dérivés de l’endoderme (p.ex. le pancréas). De plus, le rôle de la voie des Wnt dans la morphogénèse thyroïdienne est supporté par de récentes études sur le poisson-zèbre qui montrent des anomalies du développement thyroïdien lors de la perturbation de la voie des Wnt durant différentes étapes de l’organogénèse. Par conséquent, l’implication de la voie des Wnt dans l’étiologie de la dysgénésie thyroïdienne est biologiquement plausible. Une trouvaille inattendue de notre approche génomique fut de constater que la calcitonine était exprimée autant dans les thyroïdes ectopiques que dans les thyroïdes eutopiques (contrôles). Cette trouvaille remet en doute un dogme de l’embryologie de la thyroïde voulant que les cellules sécrétant la calcitonine (cellules C) proviennent exclusivement d’une structure extrathyroïdienne (les corps ultimobranchiaux) fusionnant seulement avec la thyroïde en fin de développement, lorsque la thyroïde a atteint son emplacement anatomique définitif. Notre approche gène candidat ne démontra aucune différence épigénétique (c.-à-d. de profil de méthylation) entre thyroïdes ectopiques et eutopiques, mais elle révéla la présence d’une région différentiellement méthylée (RDM) entre thyroïdes et leucocytes dans le promoteur de FOXE1. Le rôle crucial de FOXE1 dans la migration thyroïdienne lors du développement est connu et démontré dans le modèle murin. Nous avons démontré in vivo et in vitro que le statut de méthylation de cette RDM est corrélé avec l’expression de FOXE1 dans les tissus non tumoraux (c.-à-d., thyroïdes et leucocytes). Fort de ces résultats et sachant que les RDMs sont de potentiels points chauds de variations (épi)génétiques, nous avons lancé une étude cas-contrôles afin de déterminer si des variants génétiques rares localisés dans cette RDM sont associés à la dysgénésie thyroïdienne. Tous ces résultats générés lors de mes études doctorales ont dévoilé de nouveaux mécanismes pouvant expliquer la pathogenèse de la dysgénésie thyroïdienne, condition dont l’étiologie reste toujours une énigme. Ces résultats ouvrent aussi plusieurs champs de recherche prometteurs et vont aider à mieux comprendre tant les causes des dysgénésies thyroïdiennes que le développement embryonnaire normal de la thyroïde chez l’homme.

Exploration génétique de l'hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne

L'hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne (HCDT, ectopie dans plus de 80 %) a une prévalence de 1 cas sur 4000 naissances vivantes. L’HCDT est la conséquence d'une défaillance de la thyroïde embryonnaire à se différencier, à se maintenir ou à migrer vers sa localisation anatomique (partie antérieure du cou), qui aboutit à une absence totale de la thyroïde (athyréose) ou à une ectopie thyroïdienne (linguale ou sublinguale). Les HCDT sont principalement non-syndromiques (soit 98% des cas sont non-familiale), ont un taux de discordance de 92% chez les jumeaux monozygotes, et ont une prédominance féminine et ethnique (i.e., Caucasienne). La majorité des cas d’HCDT n’a pas de cause connue, mais est associée à un déficit sévère en hormones thyroïdiennes (hypothyroïdie). Des mutations germinales dans les facteurs de transcription liés à la thyroïde (NKX2.1, FOXE1, PAX8, NKX2.5) ont été identifiées dans seulement 3% des patients atteints d’HCDT sporadiques et l’analyse de liaisons exclue ces gènes dans les rares familles multiplex avec HCDT. Nous supposons que le manque de transmission familiale claire d’HCDT peut résulter de la nécessité d’au moins deux « hits » génétiques différents dans des gènes importants pour le développement thyroïdien. Pour répondre au mieux nos questions de recherche, nous avons utilisé deux approches différentes: 1) une approche gène candidat, FOXE1, seul gène impliqué dans l’ectopie dans le modèle murin et 2) une approche en utilisant les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) afin de trouver des variants génétiques pouvant expliquer cette pathologie au sein d’une cohorte de patients avec HCDT. Pour la première approche, une étude cas-contrôles a été réalisée sur le promoteur de FOXE1. Il a récemment été découvert qu’une région du promoteur de FOXE1 est différentiellement méthylée au niveau de deux dinucléotides CpG consécutifs, définissant une zone cruciale de contrôle de l’expression de FOXE1. L’analyse d’association basée sur les haplotypes a révélé qu’un haplotype (Hap1: ACCCCCCdel1C) est associé avec le HCDT chez les Caucasiens (p = 5x10-03). Une réduction significative de l’activité luciférase est observée pour Hap1 (réduction de 68%, p<0.001) comparé au promoteur WT de FOXE1. Une réduction de 50% de l’expression de FOXE1 dans une lignée de cellules thyroïdienne humaine est suffisante pour réduire significativement la migration cellulaire (réduction de 55%, p<0.05). Un autre haplotype (Hap2: ACCCCCCC) est observé moins fréquemment chez les Afro-Américain comparés aux Caucasiens (p = 1.7x10-03) et Hap2 diminue l’activité luciférase (réduction de 26%, p<0.001). Deux haplotypes distincts sont trouvés fréquemment dans les contrôles Africains (Black-African descents). Le premier haplotype (Hap3: GTCCCAAC) est fréquent (30.2%) chez les contrôles Afro-Américains comparés aux contrôles Caucasiens (6.3%; p = 2.59 x 10-9) tandis que le second haplotype (Hap4: GTCCGCAC) est trouvé exclusivement chez les contrôles Afro-Américains (9.4%) et est absent chez les contrôles Caucasiens (P = 2.59 x 10-6). Pour la deuxième approche, le séquençage de l’exome de l’ADN leucocytaire entre les jumeaux MZ discordants n’a révélé aucune différence. D'où l'intérêt du projet de séquençage de l’ADN et l’ARN de thyroïdes ectopiques et orthotopiques dans lesquelles de l'expression monoallélique aléatoire dans a été observée, ce qui pourrait expliquer comment une mutation monoallélique peut avoir des conséquences pathogéniques. Finalement, le séquençage de l’exome d’une cohorte de 36 cas atteints d’HCDT a permis d’identifier de nouveaux variants probablement pathogéniques dans les gènes récurrents RYR3, SSPO, IKBKE et TNXB. Ces quatre gènes sont impliqués dans l’adhésion focale (jouant un rôle dans la migration cellulaire), suggérant un rôle direct dans les défauts de migration de la thyroïde. Les essais de migration montrent une forte diminution (au moins 60% à 5h) de la migration des cellules thyroïdiennes infectées par shRNA comparés au shCtrl dans 2 de ces gènes. Des zebrafish KO (-/- et +/-) pour ces nouveaux gènes seront réalisés afin d’évaluer leur impact sur l’embryologie de la thyroïde.

Exploration génétique de l'hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne

L'hypothyroïdie congénitale par dysgénésie thyroïdienne (HCDT, ectopie dans plus de 80 %) a une prévalence de 1 cas sur 4000 naissances vivantes. L’HCDT est la conséquence d'une défaillance de la thyroïde embryonnaire à se différencier, à se maintenir ou à migrer vers sa localisation anatomique (partie antérieure du cou), qui aboutit à une absence totale de la thyroïde (athyréose) ou à une ectopie thyroïdienne (linguale ou sublinguale). Les HCDT sont principalement non-syndromiques (soit 98% des cas sont non-familiale), ont un taux de discordance de 92% chez les jumeaux monozygotes, et ont une prédominance féminine et ethnique (i.e., Caucasienne). La majorité des cas d’HCDT n’a pas de cause connue, mais est associée à un déficit sévère en hormones thyroïdiennes (hypothyroïdie). Des mutations germinales dans les facteurs de transcription liés à la thyroïde (NKX2.1, FOXE1, PAX8, NKX2.5) ont été identifiées dans seulement 3% des patients atteints d’HCDT sporadiques et l’analyse de liaisons exclue ces gènes dans les rares familles multiplex avec HCDT. Nous supposons que le manque de transmission familiale claire d’HCDT peut résulter de la nécessité d’au moins deux « hits » génétiques différents dans des gènes importants pour le développement thyroïdien. Pour répondre au mieux nos questions de recherche, nous avons utilisé deux approches différentes: 1) une approche gène candidat, FOXE1, seul gène impliqué dans l’ectopie dans le modèle murin et 2) une approche en utilisant les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) afin de trouver des variants génétiques pouvant expliquer cette pathologie au sein d’une cohorte de patients avec HCDT. Pour la première approche, une étude cas-contrôles a été réalisée sur le promoteur de FOXE1. Il a récemment été découvert qu’une région du promoteur de FOXE1 est différentiellement méthylée au niveau de deux dinucléotides CpG consécutifs, définissant une zone cruciale de contrôle de l’expression de FOXE1. L’analyse d’association basée sur les haplotypes a révélé qu’un haplotype (Hap1: ACCCCCCdel1C) est associé avec le HCDT chez les Caucasiens (p = 5x10-03). Une réduction significative de l’activité luciférase est observée pour Hap1 (réduction de 68%, p<0.001) comparé au promoteur WT de FOXE1. Une réduction de 50% de l’expression de FOXE1 dans une lignée de cellules thyroïdienne humaine est suffisante pour réduire significativement la migration cellulaire (réduction de 55%, p<0.05). Un autre haplotype (Hap2: ACCCCCCC) est observé moins fréquemment chez les Afro-Américain comparés aux Caucasiens (p = 1.7x10-03) et Hap2 diminue l’activité luciférase (réduction de 26%, p<0.001). Deux haplotypes distincts sont trouvés fréquemment dans les contrôles Africains (Black-African descents). Le premier haplotype (Hap3: GTCCCAAC) est fréquent (30.2%) chez les contrôles Afro-Américains comparés aux contrôles Caucasiens (6.3%; p = 2.59 x 10-9) tandis que le second haplotype (Hap4: GTCCGCAC) est trouvé exclusivement chez les contrôles Afro-Américains (9.4%) et est absent chez les contrôles Caucasiens (P = 2.59 x 10-6). Pour la deuxième approche, le séquençage de l’exome de l’ADN leucocytaire entre les jumeaux MZ discordants n’a révélé aucune différence. D'où l'intérêt du projet de séquençage de l’ADN et l’ARN de thyroïdes ectopiques et orthotopiques dans lesquelles de l'expression monoallélique aléatoire dans a été observée, ce qui pourrait expliquer comment une mutation monoallélique peut avoir des conséquences pathogéniques. Finalement, le séquençage de l’exome d’une cohorte de 36 cas atteints d’HCDT a permis d’identifier de nouveaux variants probablement pathogéniques dans les gènes récurrents RYR3, SSPO, IKBKE et TNXB. Ces quatre gènes sont impliqués dans l’adhésion focale (jouant un rôle dans la migration cellulaire), suggérant un rôle direct dans les défauts de migration de la thyroïde. Les essais de migration montrent une forte diminution (au moins 60% à 5h) de la migration des cellules thyroïdiennes infectées par shRNA comparés au shCtrl dans 2 de ces gènes. Des zebrafish KO (-/- et +/-) pour ces nouveaux gènes seront réalisés afin d’évaluer leur impact sur l’embryologie de la thyroïde.

Cambridge Workshop - Directions in RDM

A report of a joint ARMA, RLUK, RUGIT, SCONUL, UCISA and Jisc workshop that underpins the "Directions in Research Data Management" report. Presentations from the event can be found at: http://www.jisc.ac.uk/events/directions-for-research-data-management-in-uk-universities-06-nov-2014 A blog post about the event can be found at: http://researchdata.jiscinvolve.org/wp/2014/12/04/directions-in-research-data-management/

Research at Risk: facing your RDM challenges

Overview of research at risk activities and the breakout sessions. Jisc RDM at Repository Fringe 2015.

Shared services for RDM

Shared services for RDM presentation circulated at the Repository Fringe 2015.

Knowledge Exchange RDM Training & Skills Workshop, 9-10 Feb 2016, London

In today’s changing research environment, RDM is important in all stages of research. The skills and know-how in RDM that researchers and research support staff need, should be nurtured all though their career. At the end of 2015, KE initiated a project to compare approaches in RDM training within the partnership’s five member countries. The project was structured around two strands of activity: In the last months of 2015 a survey was conducted to collect information on current practice around RDM training, in order to provide an overview of the RDM training landscape. In February 2016 a workshop was held to share successful approaches to RDM training and capacity building provided within institutions and by infrastructure. The report describes the outputs of both the analysis of the survey and the outcomes of the workshop. The document provides an evidence base and informed suggestions to help improve RDM training practices in KE partner countries and beyond.

Zooplancton et micronecton dans la région du Dôme d'Angola en février-mars 1971 et rélation avec les thons

Diurnal variations and geographic distribution of zooplankton and micronekton are studied in the Angola Dome. The small zooplankton species (Copepodids, Copepods, Amphipods, Ostracods, Chaetognaths, etc.) undertake vertical migrations within a 100 m water layer. Most of the micronekton species are below this layer during the day and move towards the surface during the night. The whole region prospected is rich in zooplankton and micronekton species that are present in the upper 100 m layer during the day. Only the South-West region is poor. On the contrary, this latter region is abundant in species that migrate below this layer during the day. The authors think there are 3 main difficulties in establishing good relationships between micronekton and tunas distribution: 1 - inability of micronekton nets to catch the tunas preys; 2 - the great diversity of tunas food; and 3 - the too large delay between micronekton studies and those of stomach contents of tunas.

Variabilité, circulation et chlorophylle dans la région du Dôme d'Angola en février-mars 1971

In February-March 1971 the hydrological conditions off Angola did not display the thermal dome mapped by Mazeika's averages (1967). Cold water cells observed are connected at the surface to a sinuous boundary between low-salinity coastal waters and high-salinity tropical oceanic waters. That boundary coincides rather regularly with an area where trades and SW winds alternate; photosynthesis growths rapidly in a thermoclinal layer that rises until 10 m of the surface but never outcrops. Below a poor and permanent homogeneous surface layer, chlorophyll concentrations show a distribution which is typical of divergence areas. Geostrophical and measured currents show off a transient process in horizontal and vertical movements, however the general curvature of the circulation is propitious to upwelling. Oxygen oversaturations of about 110%, suggest a moderate potential primary production which confirms slowness and alternation of movements. Also, the regular range of the various chemical and biological levels and moderate chlorophyll concentrations suggest an ecosystem where nutrients supply rapidly equilibrate phytoplankton consumption and not at all a 'phytoplankton bloom' area as that which exists in coastal upwelling. Values of Richardson's number show that instability becomes visible at the bottom of the euphotic layer. An evaluation of the vertical motion is inferred by the peculiar distribution and diurnal alternance of the winds shows that 'doming' structures may be sustained by local meteorological events.

RDM lifetime measurements in 107Cd

Lifetimes for decays linking near-yrast states in 107Cd have been measured using the recoil distance method (RDM). The nucleus of interest was populated via the 98Mo(12C,3n)107Cd fusion-evaporation reaction at an incident beam energy of 60 MeV. From the measured lifetimes, transition probabilities have been deduced and compared with the theoretical B(E2) values for limiting cases of harmonic vibrational and axially deformed rotational systems. Our initial results suggest a rotor-like behaviour for the structure based on the unnatural-parity, h11/2 orbital in 107Cd, providing further evidence for the role of this 'shape-polarizing' orbital in stabilizing the nuclear deformation in the A ∼ 100 transitional region. © 2005 IOP Publishing Ltd.

Le monachisme dans la région thébaine

Catalogue de l'exposition d'esquisses et de photographies créée au Cercle des Voyageurs à Bruxelles du 9 novembre au 1er décembre 2007.

Paléoécologie du Quaternaire dans la région de Wainwright en Alberta

En 2012, la Commission géologique du Canada a procédé à une série de forages dans les dépôts quaternaires de la région de Wainwright dans le centre-est de l’Alberta dans le cadre d’un projet en hydrogéologie. Les forages, qui atteignent plus de 60 m de profondeur, montrent la présence de niveaux organiques intercalés dans les unités stratigraphiques minérales, dont certains contiennent des morceaux de bois qui suggèrent la présence passée in situ d’une végétation ligneuse. La position stratigraphique des sables contenant des niveaux organiques sous le till régional (Wisconsinien supérieur) laisse penser qu’ils correspondraient à des épisodes interstadiaires, voire même de l’interglaciaire Sangamonien, des datations 14C ayant livré des âges non-finis (>43 500 ans A.A.). L’objectif principal de la présente étude était de documenter la composition du couvert végétal associé aux niveaux organiques à l’aide de l’analyse pollinique et macrofossile. Plusieurs des niveaux se sont avérés pauvres ou même stériles en grains de pollen et en macrorestes végétaux. Les assemblages polliniques sont le plus souvent dominés par des espèces herbacées (p. ex.: Cyperaceae, Artemisia sp.) et des fougères. Chez les arbres, l’épinette est l’espèce la mieux représentée mais elle montre des pourcentages polliniques relativement faibles. Les assemblages macrofossiles sont notamment caractérisés par la présence de matière ligneuse, de l’épinette et de plantes aquatiques. Plusieurs échantillons contiennent aussi des charbons de bois qui témoignent de l’incidence de feux. Les résultats des analyses paléoécologiques suggèrent que le couvert végétal contemporain du dépôt des niveaux organiques était à caractère boréal ouvert. Ces niveaux auraient donc été mis en place au cours d’un intervalle climatique plus froid que l’actuel, présumément un interstade wisconsinien plutôt qu’au cours du dernier interglaciaire (Sangamonien).

La Voix du peuple : organe de l'Union des syndicats ouvriers de la région parisienne

1941/04/30.

La Voix du peuple : organe de l'Union des syndicats ouvriers de la région parisienne

1941/05 (SERNOUV,N2)-1941/06.