Proteômica aplicada a Brucella abortus visando busca de alvos para imunoproteção e diagnóstico

2015

Proteômica diferencial da Chromobacterium violaceum em resposta ao estresse oxidativo induzido por peróxido de hidrogênio

The β-proteobacterium Chromobacterium violaceum is a Gram-negative, free-living, saprophytic and opportunistic pathogen that inhabits tropical and subtropical ecosystems among them, in soil and water of the Amazon. It has great biotechnological potential, and because of this potential, its genome was completely sequenced in 2003. Genome analysis showed that this bacterium has several genes with functions related to the ability to survive under different kinds of environmental stresses. In order to understand the physiological response of C. violaceum under oxidative stress, we applied the tool of shotgun proteomics. Thus, colonies of C. violaceum ATCC 12472 were grown in the presence and absence of 8 mM H2O2 for two hours, total proteins were extracted from bacteria, subjected to SDS-PAGE, stained and hydrolysed. The tryptic peptides generated were subjected to a linear-liquid chromatography (LC) followed by mass spectrometer (LTQ-XL-Orbitrap) to obtain quantitative and qualitative data. A shotgun proteomics allows to compare directly in complex samples, differential expression of proteins and found that in C. Violaceum, 131 proteins are expressed exclusively in the control condition, 177 proteins began to be expressed under oxidative stress and 1175 proteins have expression in both conditions. The results showed that, under the condition of oxidative stress, this bacterium changes its metabolism by increasing the expression of proteins capable of combating oxidative stress and decreasing the expression of proteins related processes bacterial growth and catabolism (transcription, translation, carbon metabolism and fatty acids). A tool with of proteomics as an approach of integrative biology provided an overview of the metabolic pathways involved in the response of C. violaceum to oxidative stress, as well as significantly amplified understanding physiological response to environmental stress. Biochemical and "in silico" assays with the hypothetical ORF CV_0868 found that this is part of an operon. Phylogenetic analysis of superoxide dismutase, protein belonging to the operon also showed that the gene is duplicated in genome of C. violaceum and the second copy was acquired through a horizontal transfer event. Possibly, not only the SOD gene but also all genes comprising this operon were obtained in the same manner. It was concluded that C. violaceum has complex, efficient and versatile mechanisms in oxidative stress response

Caracterização do Pythium insidiosum por abordagem proteômica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Desarrollo de herramientas bioinformáticas para estudios de proteómica a gran escala de "Candida albicans"

El concepto de Proteómica, acuñado en analogía al de Genómica, fue usado por primera vez por Marc Wilkins a mediados de los años 90 para describir al conjunto total de proteínas que se expresan por los genes de una célula, tejido u organismo. Anteriormente, a finales de los 80, el desarrollo de las técnicas de ionización suave, como la Ionización por Electrospray, ESI (Electrospray Ionization) o la Desorción Suave por Láser, SLD (Soft Laser Desorption), permitió ionizar grandes biomoléculas como los péptidos y proteínas manteniéndolas relativamente intactas. Esto sentó las bases de la espectrometría de masas aplicada a la proteómica. En la proteómica shotgun (el término inglés está muy asentado), el primer paso del experimento generalmente consiste en la digestión de las proteínas de la muestra en péptidos por acción de una enzima proteolítica como la tripsina. Esto incrementa notablmente el rendimiento en términos de número de proteínas que pueden ser identificadas en un sólo experimento comparado con los experimentos basados en gel. Sin embargo, tiene el coste asociado de provocar una gran complejidad de la mezcla de péptidos y el problema añadido de la inferencia de las proteínas originarias. Los péptidos son separados por cromatografía líquida e ionizados para entrar a continuación en el espectrómetro de masas donde son separados en función de la proporción entre su masa y su carga (m/z) y los valores obtenidos son registrados en un espectro MS1. En la espectrometría de masas en tándem (MS/MS), los péptidos con mayor intensidad son seleccionados para ser fragmentados de modo que se generan espectros MS/MS, colecciones de valores m/z y de intensidad para cada precursor y sus fragmentos...

Proteômica diferencial da Chromobacterium violaceum em resposta ao estresse oxidativo induzido por peróxido de hidrogênio

The β-proteobacterium Chromobacterium violaceum is a Gram-negative, free-living, saprophytic and opportunistic pathogen that inhabits tropical and subtropical ecosystems among them, in soil and water of the Amazon. It has great biotechnological potential, and because of this potential, its genome was completely sequenced in 2003. Genome analysis showed that this bacterium has several genes with functions related to the ability to survive under different kinds of environmental stresses. In order to understand the physiological response of C. violaceum under oxidative stress, we applied the tool of shotgun proteomics. Thus, colonies of C. violaceum ATCC 12472 were grown in the presence and absence of 8 mM H2O2 for two hours, total proteins were extracted from bacteria, subjected to SDS-PAGE, stained and hydrolysed. The tryptic peptides generated were subjected to a linear-liquid chromatography (LC) followed by mass spectrometer (LTQ-XL-Orbitrap) to obtain quantitative and qualitative data. A shotgun proteomics allows to compare directly in complex samples, differential expression of proteins and found that in C. Violaceum, 131 proteins are expressed exclusively in the control condition, 177 proteins began to be expressed under oxidative stress and 1175 proteins have expression in both conditions. The results showed that, under the condition of oxidative stress, this bacterium changes its metabolism by increasing the expression of proteins capable of combating oxidative stress and decreasing the expression of proteins related processes bacterial growth and catabolism (transcription, translation, carbon metabolism and fatty acids). A tool with of proteomics as an approach of integrative biology provided an overview of the metabolic pathways involved in the response of C. violaceum to oxidative stress, as well as significantly amplified understanding physiological response to environmental stress. Biochemical and "in silico" assays with the hypothetical ORF CV_0868 found that this is part of an operon. Phylogenetic analysis of superoxide dismutase, protein belonging to the operon also showed that the gene is duplicated in genome of C. violaceum and the second copy was acquired through a horizontal transfer event. Possibly, not only the SOD gene but also all genes comprising this operon were obtained in the same manner. It was concluded that C. violaceum has complex, efficient and versatile mechanisms in oxidative stress response

Determinación de la dosis óptima del insecticida chlorpyrifos aplicada por aspersión para el control de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera: noctuidae), en el cultivo del maíz (Zea mays L.) en época bajo riego y primera

En el presente estudio se evaluó diferente dosis del insecticida clarpyrifos (lorsban), para el control del gusano cogollero spodoptera frugiperda (j.e Smith), (lepidóptera: noctuidae) en el cultivo de maíz. Las dosis en estudio correspondían a 1,0.5, 0.25, 0.125,0.0625 1/mz. Y un testigo sin aplicación. El resultado del estudio nos permitirá obtener la dosis óptima que controla al gusano cogollero y así bajar los costos de producción, tanto en época bajo riego como en época de primera. En la época de siembra bajo riego, la dosis de 0.25 it/mz. Y el resto de la dosis, incluso la dosis de 1 1/mz. De clarpyrifos, no obtuvieron diferencias significativas entre si, en cuanto al promedio de rendimiento se refiere. En esta época todas las dosis ameritaron un promedio de tres aplicaciones en todo el periodo del cultivo, pero sus costo determinan las diferencias, ya que utilizando dosis baja aumentamos la eficiencia del producto, debido a que con la utilización de un litro de insecticida clarpyrifos empleando dosis bajas, es posibles poder aplicarle a una mayor cantidad de áreas del cultivo en esta época. En cuanto la obtención de ganancia, entre las dosis no existió diferencias significativas, sin embargo la dosis de 0.25 1/mz. Obtuvo una ganancia de C$ 17,982.43 por manzana y la dosis de 1 litro obtuvo una ganancia de C$ 19,411.97, como es posible notar la diferencia es mínima. Por otro lado, en la época de siembra de primera, entre las diferente dosis utilizadas no existió diferencias significativas entre sí, pero todas estas fueron diferentes al testigo, en cuanto al promedio de rendimiento se refiere. Es posible señalar que la dosis de 0.5 1t/mz. Alcanzo mayores rendimientos promedios por manzana que la dosis de 1 litro, sin embargo, las dos ameritaron una aplicación promedio en todo el periodo del cultivo en esta época. En cuanto la obtención de ganancia no existió diferencias significativas entre las diferente dosis, sin embargo la dosis de 0.5 1/mz, obtuvo una ganancia de C$ 4,660.06 por manzana y la dosis de 1 litro obtuvo una ganancia de C$ 1,514.06 por manzana. Cabe destacar que en ambas épocas se obtuvieron rendimientos sumamente bajos, por un lado en la época bajo riego el gusano cogollero mantuvo una alta presión de oviposicion, conduciendo esto a un alto nivel de infestación de plantas, reduciendo drásticamente los rendimiento y por otro lado, en la época primera el rendimiento fue afectado por causa de la enfermedad conocida como “achaparramiento”. Todo los anteriores nos permite elegir la dosis óptima más adecuada y así bajar los costos de protección en ambas épocas de siembra.

Gestão de riscos aplicada a sistemas de informação : segurança estratégica da informação

Aborda o tema da segurança da informação. Utiliza modelos como o COBIT e bibliotecas de melhores práticas como o ITIL (Information Technology Infraestructure Library) para identificar o grau de maturidade da empresa e o valor da informação na estrutura gerencial e no poder decisório nos níveis operacional, tático e estratégico.

Estadística aplicada a la Geografía

El curso está diseñado y escrito para estudiantes con nulo o muy bajo nivel de conocimiento en Estadística y que, además, se incorporan por vez primera al mundo de la Estadística aplicada a un ámbito de conocimiento, en este caso, la Geografía. El objetivo fundamental del curso no es que el estudiante llegue a manipular el mayor número posible de técnicas estadísticas sino que llegue a comprender cuál es el valor que tiene la Estadística cuando se quiere analizar determinados aspectos o problemas de la realidad.

Gestão do conhecimento aplicada ao processo de desenvolvimento de software : estudo de caso da Câmara dos Deputados

Reporta resultados da aplicação de princípios da gestão do conhecimento na condução de um projeto de definição, modelagem e implementação de processo de desenvolvimento de software, no contexto de uma organização do setor público. O processo resultante, denominado SIGA-ME, se mostrou capaz de harmonizar práticas variadas, integrar processos técnicos de TI e formalizar papeis e responsabilidades dos participantes envolvidos. Estão relatadas neste trabalho as principais dificuldades encontradas e lições aprendidas registradas ao longo do trabalho, que adotou como estratégia o levantamento dos pontos de interesse das áreas envolvidas, a validação de práticas em projetos reais, o desenho do processo através da notação BPMN e a utilização do MediaWiki como ferramenta de comunicação, colaboração e compartilhamento de conhecimento.

Fotogrametría digital aplicada a la obtención de ortofotos y modelos digitales del entidades patrimoniales

[ES] Este proyecto contiene información obtenida en el siguiente trabajo de documentación geométrica de un elemento patrimonial:

Fototriangulación aplicada a elementos patrimoniales

[ES] Existe una continuación de este trabajo realizada en 2014, cuyo título es:

La observación sistemática aplicada a la evaluación de la gimnasia rítmica

Oidui Usabiaga; Julen Castellano y Joseba Etxebeste (editores).

El estado actual de los tiburones y rayas sujectos a explotación comercial en el Golfo de California: una investigación aplicada al mejoramiento de su manejo pesquero y conservación

Se realizaron prospecciones estacionales durante 1998–1999 en Baja California, Baja California Sur, Sonora y Sinaloa para determinar la dimensión y las actividades de las pesquerías artesanales de elasmobranquios dentro del Golfo de California. Ciento cuarenta y siete campamentos o sitios pesqueros fueron documentados, la mayoría de los cuales (n= 83) fueron localizados en Baja California Sur. Entre los campamentos con información pesquera adecuada, la gran mayoría (85.7%) pescaron elasmobranquios en algún momento del año. La mayoría de los pequeños tiburones y rayas demersales fueron capturados en pesquerías multiespecíficas, las cuales también tienen como objetivo teleósteos, pero los grandes tiburones fueron capturados generalmente por pesquerías de redes agalleras a la deriva dirigidas a ellos, o en menor grado, por pesquerías de palangre de superficie. Los pescadores artesanales presentaron un comportamiento altamente oportunístico y temporalmente cambiaban de especie objetivo dependiendo de la productividad de los recursos pesqueros locales de especies de escama, invertebrados y elasmobranquios. Las mayores pesquerías de pequeños tiburones (≤1.5 m, “cazón”) se documentaron en Baja California, Sonora, y Sinaloa durante la primavera y adicionalmente durante otoño e invierno en Sonora. Los tiburones del genero Mustelus (Mustelus spp) dominaron los desembarques de cazón en los estados norteños, mientras que los tiburones martillo juveniles (Sphyrna lewini) sostuvieron la pesquería en Sinaloa. Los grandes tiburones (> 1.5 m, “tiburón”) fueron componente menor de las pesquerías artesanales de elasmobranquios en Sonora y Sinaloa, pero comúnmente fueron capturados en verano y principios de otoño en Baja California y Baja California Sur. El tiburón zorro pelágico (Alopias pelagicus) y el tiburón piloto (Carcharhinus falciformis) fueron comúnmente desembarcados en Baja California, mientras que un diverso ensamble de tiburones pelágicos y grandes costeros fueron observados en los desembarques de Baja California Sur. Las rayas dominaron los desembarques en verano en Baja California y Sinaloa, sostenidas principalmente por elevadas tasas de captura de la guitarra común (Rhinobatos productus, 13.2 individuos/embarcación/viaje) y del tecolote (Rhinoptera steindachneri, 11.1 individuos/embarcación/viaje). La pesquería de rayas de Sonora fue la más extensamente documentada durante este estudio y las rayas (especialmente R. productus) dominaron los desembarques en primavera y verano en este estado. Las tasas de captura estacionales de pequeños tiburones demersales y rayas fueron considerablemente mayores en Sonora que en los otros estados prospectados. Numerosas poblaciones de tiburón (p. ej. C. leucas, C. limbatus, C. obscurus, Galeocerdo cuvier) han sido probablemente sobreexplotados, lo que posiblemente este causando un cambio en el esfuerzo hacia las poblaciones de cazón y rayas costeros. Se proponen recomendaciones de manejo, incluyendo conducir análisis demográficos empleando la información de historias de vida disponible, localizando y protegiendo áreas de crianza e implementando temporadas de veda estacional en las áreas de mayor concentración de elasmobranquios (p. ej. alimentación, reproducción). Sin un manejo pesquero efectivo, vigilado, para sostener o reconstruir las poblaciones de elasmobranquios sujetas a explotación comercial dentro del Golfo de California, el colapso de las pesquerías es un evento probable. (PDF contains 261 pages)

Econometría básica aplicada con Gretl

Estas notas de clase son de utilidad como material docente, sirviendo de apoyo o complemento, para aquellos alumnos que bien vayan a hacer o hayan seguido alguna asignatura como Introducción a la Econometría (en LE o LADE), Estadística Actuarial: Regresión (LCAF), Econometría aplicada al mercado (LITM). También puede estar indicada para alumnos de las licenciaturas ofrecidas en la Facultad de Ciencias Sociales y de la Comunicación, por ejemplo la Licenciatura de Publicidad y RR.PP. y de algunas Ingenierías, por ejemplo Ingeniería en Organización Industrial. Las notas de clase se estructuran en siete temas. El primero de ellos introduce el concepto de Econometría, define algunos de los términos más habituales y presenta el software libre a utilizar en las aplicaciones, el programa Gretl. En el tema dos se especifica y estima el Modelo de Regresión Lineal Simple. Se desarrolla el estimador Mínimo Cuadrático Ordinario, sus propiedades y se muestra como hacer inferencia con él. En el tema tres se especifica y estima el Modelo de Regresión Lineal General. En el tema cuatro se muestra como realizar contrastes de restricciones lineales. En el tema cinco se revisa su comportamiento bajo mala especificación del modelo. En los temas seis y siete se muestran, respectivamente, las consecuencias de disponer de una muestra de variables altamente correlacionadas y como utilizar variables ficticias. Al final de cada tema se proponen ejercicios para aplicar lo aprendido en el mismo. Al final de las notas aparece la bibliografía completa.

La praxeología motriz aplicada al fútbol

XX,560 p.