PDB-Explorer: a web-based interactive map of the protein data bank in shape space

Background The RCSB Protein Data Bank (PDB) provides public access to experimentally determined 3D-structures of biological macromolecules (proteins, peptides and nucleic acids). While various tools are available to explore the PDB, options to access the global structural diversity of the entire PDB and to perceive relationships between PDB structures remain very limited. Methods A 136-dimensional atom pair 3D-fingerprint for proteins (3DP) counting categorized atom pairs at increasing through-space distances was designed to represent the molecular shape of PDB-entries. Nearest neighbor searches examples were reported exemplifying the ability of 3DP-similarity to identify closely related biomolecules from small peptides to enzyme and large multiprotein complexes such as virus particles. The principle component analysis was used to obtain the visualization of PDB in 3DP-space. Results The 3DP property space groups proteins and protein assemblies according to their 3D-shape similarity, yet shows exquisite ability to distinguish between closely related structures. An interactive website called PDB-Explorer is presented featuring a color-coded interactive map of PDB in 3DP-space. Each pixel of the map contains one or more PDB-entries which are directly visualized as ribbon diagrams when the pixel is selected. The PDB-Explorer website allows performing 3DP-nearest neighbor searches of any PDB-entry or of any structure uploaded as protein-type PDB file. All functionalities on the website are implemented in JavaScript in a platform-independent manner and draw data from a server that is updated daily with the latest PDB additions, ensuring complete and up-to-date coverage. The essentially instantaneous 3DP-similarity search with the PDB-Explorer provides results comparable to those of much slower 3D-alignment algorithms, and automatically clusters proteins from the same superfamilies in tight groups. Conclusion A chemical space classification of PDB based on molecular shape was obtained using a new atom-pair 3D-fingerprint for proteins and implemented in a web-based database exploration tool comprising an interactive color-coded map of the PDB chemical space and a nearest neighbor search tool. The PDB-Explorer website is freely available at www.​cheminfo.​org/​pdbexplorer and represents an unprecedented opportunity to interactively visualize and explore the structural diversity of the PDB.

TripColombia

TRIPCOLOMBIA es una organización que nace a partir del interés por realizar aportes significativos a los procesos tradicionales de difusión y conservación del patrimonio y la cultura de la nación. De esta manera, se decide realizar un modelo de negocio para implementar una aplicación móvil y un mapa impreso interactivo, que tengan como eje principal estrategias de gamificación , y a mediano plazo el desarrollo y la implementación de Realidad Aumentada (RA) y códigos QR directamente en las zonas de interés cultural. Dicha aplicación, buscará interconectar las TIC con los BIC, espacios competentes o complementarios a los BIC y entidades culturales circundantes, mediante la organización de redes interactivas y retroalimentadas.

A land cover map of Latin America and the Caribbean in the framework of the SERENA project

Land cover maps at different resolutions and mapping extents contribute to modeling and support decision making processes. Because land cover affects and is affected by climate change, it is listed among the 13 terrestrial essential climate variables. This paper describes the generation of a land cover map for Latin America and the Caribbean (LAC) for the year 2008. It was developed in the framework of the project Latin American Network for Monitoring and Studying of Natural Resources (SERENA), which has been developed within the GOFC-GOLD Latin American network of remote sensing and forest fires (RedLaTIF). The SERENA land cover map for LAC integrates: 1) the local expertise of SERENA network members to generate the training and validation data, 2) a methodology for land cover mapping based on decision trees using MODIS time series, and 3) class membership estimates to account for pixel heterogeneity issues. The discrete SERENA land cover product, derived from class memberships, yields an overall accuracy of 84% and includes an additional layer representing the estimated per-pixel confidence. The study demonstrates in detail the use of class memberships to better estimate the area of scarce classes with a scattered spatial distribution. The land cover map is already available as a printed wall map and will be released in digital format in the near future. The SERENA land cover map was produced with a legend and classification strategy similar to that used by the North American Land Change Monitoring System (NALCMS) to generate a land cover map of the North American continent, that will allow to combine both maps to generate consistent data across America facilitating continental monitoring and modeling

Cartografia multimídia: interatividade em projetos cartográficos

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Sistema de localização de veículos para smartphone android

Atualmente os sistemas Automatic Vehicle Location (AVL) fazem parte do dia-a-dia de muitas empresas. Esta tecnologia tem evoluído significativamente ao longo da última década, tornando-se mais acessível e fácil de utilizar. Este trabalho consiste no desenvolvimento de um sistema de localização de veículos para smartphone Android. Para tal, foram desenvolvidas duas aplicações: uma aplicação de localização para smarphone Android e uma aplicação WEB de monitorização. A aplicação de localização permite a recolha de dados de localização GPS e estabelecer uma rede piconet Bluetooth, admitindo assim a comunicação simultânea com a unidade de controlo de um veículo (ECU) através de um adaptador OBDII/Bluetooth e com até sete sensores/dispositivos Bluetooth que podem ser instalados no veículo. Os dados recolhidos pela aplicação Android são enviados periodicamente (intervalo de tempo definido pelo utilizador) para um servidor Web No que diz respeito à aplicação WEB desenvolvida, esta permite a um gestor de frota efetuar a monitorização dos veículos em circulação/registados no sistema, podendo visualizar a posição geográfica dos mesmos num mapa interativo (Google Maps), dados do veículo (OBDII) e sensores/dispositivos Bluetooth para cada localização enviada pela aplicação Android. O sistema desenvolvido funciona tal como esperado. A aplicação Android foi testada inúmeras vezes e a diferentes velocidades do veículo, podendo inclusive funcionar em dois modos distintos: data logger e data pusher, consoante o estado da ligação à Internet do smartphone. Os sistemas de localização baseados em smartphone possuem vantagens relativamente aos sistemas convencionais, nomeadamente a portabilidade, facilidade de instalação e baixo custo.

Análisis de las implicaciones del ascenso chino en el escenario internacional

El presente trabajo nace del interés por la creciente influencia de China en el mundo, principalmente, gracias a su acelerado crecimiento económico de los últimos años y a un estricto sistema de regulación por parte del Estado. Teniendo en cuenta lo anterior, se decidió hacer un análisis de las diferentes esferas o el contexto en el que se ha desarrollado un país que pasaba desapercibido hasta hace poco y que en la actualidad es considerado como la próxima potencia mundial. Aquí se presentan características del territorio, la población, el idioma, la política, la economía y otros aspectos importantes para este estudio. Adicionalmente, se presentan cifras que permiten observar con mayor claridad su evolución a lo largo del tiempo, su contribución a la economía mundial, las acciones del gobierno, y su situación actual a nivel tecnológico, científico, militar, ambiental, entre otros. Es así como, después de recopilar información de fuentes diversas, se procede a analizar las principales fortalezas y amenazas del ascenso chino, para, de esta manera, presentar un panorama sobre el futuro del mundo y de este país, si la situación continúa como hasta ahora. Por último, se llega a una serie de conclusiones con relación a lo anteriormente analizado y se plantean algunas recomendaciones para sobrellevar de una mejor manera los aspectos negativos que se identificaron durante la investigación.