Algoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínas

Predição de estruturas de proteínas (PSP) é um problema computacionalmente complexo. Modelos simplificados da molécula proteica (como o Modelo HP) e o uso de Algoritmos Evolutivos (AEs) estão entre as principais técnicas investigadas para PSP. Entretanto, a avaliação de uma estrutura representada pelo Modelo HP considera apenas o número de contatos hidrofóbicos, não possibilitando distinguir entre estruturas com o mesmo número de contatos hidrofóbicos. Neste trabalho, é apresentada uma nova formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP. Duas métricas são avaliadas: o número de contatos hidrofóbicos e a distância entre os aminoácidos hidrofóbicos, as quais são tratados pelo AE Multiobjetivo em Tabelas (AEMT). O algoritmo mostrou-se rápido e robusto.

Avaliação de um modelo de passo invariante na predição da estrutura de um povoamento de Eucalyptus sp.

O objetivo deste estudo foi avaliar o modelo de distribuição diamétrica de passo invariante proposto por Guimarães (1994) na projeção da produção de um povoamento de Eucalyptus sp., simulando as alterações nas estruturas horizontal e vertical ao longo do tempo. Utilizaram-se dados da primeira rotação de povoamentos de eucalipto híbrido estaca (Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla), plantados no espaçamento 3,0 x 2,0 m, localizados na região noroeste do Estado da Bahia, provenientes de medições anuais com idade de medição variando entre 25 e 89 meses. Para realizar as prognoses, foram empregados percentis tomados a 50 e 75% da distribuição diamétrica e as alturas correspondentes aos diâmetros nessas posições. Verificou-se que o modelo de projeção é factível e pode ser utilizado com eficiência, já que ocorreram tendências semelhantes entre os volumes prognosticados e os observados nas parcelas. Além disso, devido à sua simplicidade e à compatibilidade dos resultados, recomenda-se a sua utilização na projeção do crescimento e produção de Eucalyptus sp.

Cristalização e resolução de estrutura das proteínas Canavalia gladiata lectin (CGL) e Canavalia marítima lectin (CML) complexadas ao açúcar manose 1-6 manose

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

Aplicações da teoria de nós no estudo da estrutura de proteínas

Pós-graduação em Ciência e Tecnologia de Materiais - FC

Desenvolvimento de metodologias analíticas para avaliação de cálcio, ferro e zinco ligados a proteínas de tecido hepático de Tilápia do Nilo(Oreochromis Niloticus )

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise in silico de uma pirofosfatase e de uma tiosterase de uma biblioteca metagenômica de solo de Eucalipto spp

Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV

Estudo estrutural de quinases dependentes de ciclinas por métodos de modelagem molecular comparativa

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O uso de rede neural artificial MLP na predição de estruturas secundárias de proteínas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Regimes de frustração ótima em enovelamento de proteínas com modelos baseado em estrutura

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Método de Wang-Landau para sequenciamento de aminoácidos em estrutura nativa de proteínas em modelos de rede

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudo da Estrutura da Proteína SH do Vírus Sincicial Respiratório Humano: análise funcional da estrutura pentamérica por ferramentas de bioinformática

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

Predição de sítios de ligação para a cisplatina e transplatina baseada em ligações de hidrogênio

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

Um novo protocolo in silico para a predição de complexos flexíveis entre proteínas: estudo de caso para inibidores plasmáticos de fosfolipase A2 de serpentes

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)