O uso de rede neural artificial MLP na predição de estruturas secundárias de proteínas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Avaliação dos modelos de predição de propagação para telefonia móvel celular na cidade do Natal

The development of wireless telecommunication in the last years has been great. It has been taking academics to conceive new ideas and techniques. Their aims are to increase the capacity and the quality of the system s services. Cells that are smaller every time, frequencies that are every time higher and environments that get more and more complex, all those facts deserve more accurate models the propagation prediction techniques are inserted in this context and results with a merger of error that is compatible with the next generations of communication systems. The objective of this Work is to present results of a propagation measurement campaign, aiming at pointing the characteristics of the mobile systems covering in the city of Natal (state of Rio Grande do Norte, Brazil). A mobile laboratory was set up, using the infra-structure available and frequently used by ANATEL. The measures were taken in three different areas: one characterized by high buildings, high relief, presence of trees and towers of different highs. These areas covered the city s central zone, a suburban / rural zone and a section of coast surrounded by sand dunes. It is important to highlight that the analysis was made taking into consideration the actual reality of cellular systems with covering ranges by reduced cells, with the intent of causing greater re-use of frequencies and greater capacity of telephone traffic. The predominance of telephone traffic by cell in the city of Natal occurs within a range inferior to 3 (three) km from the Radio-Base Station. The frequency band used was 800 MHz, corresponding to the control channels of the respective sites, which adopt the FSK modulation technique. This Dissertation starts by presenting a general vision of the models used for predicting propagation. Then, there is a description of the methodology used in the measuring, which were done using the same channels of control of the cellular system. The results obtained were compared with many existing prediction models, and some adaptations were developed by using regression techniques trying to obtain the most optimized solutions. Furthermore, according to regulations from the old Brazilian Holding Telebrás, a minimum covering of 90% of a determined previously area, in 90% of the time, must be obeyed when implanting cellular systems. For such value to be reached, considerations and studies involving the specific environment that is being covered are important. The objective of this work is contribute to this aspect

Estudo da Estrutura da Proteína SH do Vírus Sincicial Respiratório Humano: análise funcional da estrutura pentamérica por ferramentas de bioinformática

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

Predição de sítios de ligação para a cisplatina e transplatina baseada em ligações de hidrogênio

Pós-graduação em Biofísica Molecular - IBILCE

REML/BLUP para predição de valores genotípicos de topcrosses e seleção de testadores em milho

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Algoritmos evolutivos e modelo HP para predição de estruturas de proteínas

Predição de estruturas de proteínas (PSP) é um problema computacionalmente complexo. Modelos simplificados da molécula proteica (como o Modelo HP) e o uso de Algoritmos Evolutivos (AEs) estão entre as principais técnicas investigadas para PSP. Entretanto, a avaliação de uma estrutura representada pelo Modelo HP considera apenas o número de contatos hidrofóbicos, não possibilitando distinguir entre estruturas com o mesmo número de contatos hidrofóbicos. Neste trabalho, é apresentada uma nova formulação multiobjetivo para PSP em Modelo HP. Duas métricas são avaliadas: o número de contatos hidrofóbicos e a distância entre os aminoácidos hidrofóbicos, as quais são tratados pelo AE Multiobjetivo em Tabelas (AEMT). O algoritmo mostrou-se rápido e robusto.

QSAR e dinâmica molecular no estudo de sistemas biomoleculares: predição da atividade biológica de antagonistas do receptor sigma-1 e simulações de bicamadas lipídicas

Diferentes abordagens teóricas têm sido utilizadas em estudos de sistemas biomoleculares com o objetivo de contribuir com o tratamento de diversas doenças. Para a dor neuropática, por exemplo, o estudo de compostos que interagem com o receptor sigma-1 (Sig-1R) pode elucidar os principais fatores associados à atividade biológica dos mesmos. Nesse propósito, estudos de Relações Quantitativas Estrutura-Atividade (QSAR) utilizando os métodos de regressão por Mínimos Quadrados Parciais (PLS) e Rede Neural Artificial (ANN) foram aplicados a 64 antagonistas do Sig-1R pertencentes à classe de 1-arilpirazóis. Modelos PLS e ANN foram utilizados com o objetivo de descrever comportamentos lineares e não lineares, respectivamente, entre um conjunto de descritores e a atividade biológica dos compostos selecionados. O modelo PLS foi obtido com 51 compostos no conjunto treinamento e 13 compostos no conjunto teste (r² = 0,768, q² = 0,684 e r²teste = 0,785). Testes de leave-N-out, randomização da atividade biológica e detecção de outliers confirmaram a robustez e estabilidade dos modelos e mostraram que os mesmos não foram obtidos por correlações ao acaso. Modelos também foram gerados a partir da Rede Neural Artificial Perceptron de Multicamadas (MLP-ANN), sendo que a arquitetura 6-12-1, treinada com as funções de transferência tansig-tansig, apresentou a melhor resposta para a predição da atividade biológica dos compostos (r²treinamento = 0,891, r²validação = 0,852 e r²teste = 0,793). Outra abordagem foi utilizada para simular o ambiente de membranas sinápticas utilizando bicamadas lipídicas compostas por POPC, DOPE, POPS e colesterol. Os estudos de dinâmica molecular desenvolvidos mostraram que altas concentrações de colesterol induzem redução da área por lipídeo e difusão lateral e aumento na espessura da membrana e nos valores de parâmetro de ordem causados pelo ordenamento das cadeias acil dos fosfolipídeos. As bicamadas lipídicas obtidas podem ser usadas para simular interações entre lipídeos e pequenas moléculas ou proteínas contribuindo para as pesquisas associadas a doenças como Alzheimer e Parkinson. As abordagens usadas nessa tese são essenciais para o desenvolvimento de novas pesquisas em Química Medicinal Computacional.

Koala: sistema para integração de métodos de predição e análise de estruturas de proteína

A Biologia Computacional tem desenvolvido algoritmos aplicados a problemas relevantes da Biologia. Um desses problemas é a Protein Structure Prediction (PSP). Vários métodos têm sido desenvolvidos na literatura para lidar com esse problema. Porém a reprodução de resultados e a comparação dos mesmos não têm sido uma tarefa fácil. Nesse sentido, o Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP), busca entre seus objetivos, realizar tais comparações. Além disso, os sistemas desenvolvidos para esse problema em geral não possuem interface amigável, não favorecendo o uso por não especialistas da computação. Buscando reduzir essas dificuldades, este trabalho propões o Koala, um sistema baseado em uma plataforma web, que integra vários métodos de predição e análises de estruturas de proteínas, possibilitando a execução de experimentos complexos com o uso de fluxos de trabalhos. Os métodos de predição disponíveis podem ser integrados para a realização de análises dos resultados, usando as métricas RMSD, GDT-TS ou TM-Score. Além disso, o método Sort by front dominance (baseado no critério de optimalidade de Pareto), proposto nesse trabalho, consegue avaliar predições sem uma estrutura de referência. Os resultados obtidos, usando proteínas alvo de artigos recentes e do CASP11, indicam que o Koala tem capacidade de realizar um conjunto relativamente grande de experimentos estruturados, beneficiando a determinação de melhores estruturas de proteínas, bem como o desenvolvimento de novas abordagens para predição e análise por meio de fluxos de trabalho.

Efeitos da internacionalização no desvio da estrutura de capital alvo e na velocidade de ajuste

This dissertation investigates the effects of internationalization in two gaps related to the capital structure that have not been discussed by the Brazilian literature yet. To this, were developed two independent sections. The first examined what the effects of internationalization on the deviation from the target capital structure. The second examined what the effects of internationalization on speed of adjustment (SOA) of the capital structure. It used data from Brazil, multinational and domestic companies, from 2006 to 2014. The results of the first analysis indicate that internationalization helps reduce the difference between the target and the current debt. That is, to the extent that the level of internationalization increases; whether only export or a combination of export, assets and employees abroad, the gap between the current structure and the target structure decreases. This reduction is given as a function of internationalization as a consequence of the upstream effect of the upstream-downstream hypothesis. Thus, as the Market Timing theory, it can be seen as an opportunity for adjustment of the capital structure, and with the reduction of deviation, there is also a reduction in the cost of capital of the firm. The result of the second analysis indicates that internationalization is able to significantly increase the speed adjustment, ensuring for the multinational a faster adjustment of its capital structure. Exports increase the SOA in 9 to 23%. And when also kept active assets and employees abroad the increase is 8 to 20%. In terms of time, while domestic company takes more than three years to reduce half of the deviation that has, while multinacional companies take on average one and a half year to reduce the same proportion of the deviation. The validity of the upstream-downstream hypothesis for the effect of internationalization in SOA was confirmed by comparing the results for US companies. Thus, the phenomenon of internationalization increases SOA when companies are from less stable markets, such as Brazil; and it has a less significcative effect when companies are derived from more stable markets, because they already have a high speed of adjustmennt. In addition, the adequacy analysis of the estimators also showed the model pooled OLS (Ordinary Least Squares) presents the highest quality in predicting the SOA than the system GMM (Generalized Method of Moments). For future studies it is suggested to analyze the effect of international event, by itself, and to validate the hypothesis using samples of different markets and the use of other estimators.

Executivo, Congresso e parlamentares na estrutura de delegação legislativa do Brasil republicano

Analisa a evolução da estrutura de delegação legislativa no Brasil republicano,identificando a centralidade do Executivo no processo decisório no pós-30 e evidenciando, ao mesmo tempo, o aumento da capacidade de controle da delegação por parte do Poder Legislativo a partir de 1988. A análise orienta-se pela argumentação de Shugart e Carey sobre os fundamentos da delegação legislativa.

Alternativas para resolver os impasses relativos ao licenciamento ambiental de obras de infra-estrutura

Consultoria Legislativa - Área XI - Meio Ambiente e Direito Ambiental, Organização Territorial e Desenvolvimento Urbano e Regional.

Estrutura funcional das comissões permanentes : com enfoque na presença dos ocupantes de cargos de natureza especial - CNE

Aborda a estrutura funcional das comissões permanentes da Câmara dos Deputados, com enfoque especial na presença dos ocupantes de Cargos de Natureza Especial-CNE. Explica o fundamento legal, a jurisprudência e o histórico que envolvem a ocupação dos cargos em comissão. Analisa, com base em dados obtidos em pesquisa junto a secretários de comissão, de que maneira essa situação funcional interfere nos trabalhos das ditas comissões.

Estrutura da democracia cubana

Pesquisa e analisa como o Estado cubano organiza sua democracia, a partir de sua legislação. Traz relato histórico sobre o momento de construção da atual Constituição. Apresenta as leis referentes ao processo eleitoral, revogação de mandatos, sistema orçamentário e conselho popular. Utiliza Rousseau e Schumpeter como os referenciais teóricos para a análise além do comparativo com a legislação brasileira.

Transparência do orçamento público brasileiro : exame dos documentos orçamentários da União e uma proposta de estrutura para o Orçamento-Cidadão

Sugere medidas para o aperfeiçoamento da transparência do sistema orçamentário federal brasileiro. A partir de pesquisa exploratória busca relacionar o instituto do orçamento público aos conceitos de planejamento, participação popular, controle social, cidadania, accountability e democracia - relações que fundamentam a defesa da transparência orçamentária. Examina se são emitidos dez documentos orçamentários e avalia seus conteúdos. São eles: Declaração Pré-Orçamentária, Proposta de Orçamento do Executivo, Orçamento, Relatórios Mensais, Relatório Semestral, Relatório Anual, Relatório do Auditor, Relatório Pré-Eleitoral, Relatório Plurianual e Orçamento-Cidadão.

Estrutura organizacional e processo decisório legislativo

Realiza uma abordagem interdisciplinar sobre os processos decisórios e a estrutura organizacional da Câmara dos Deputados, sob uma perspectiva ao mesmo tempo crítica da literatura existente e exploratória em relação às possibilidades abertas pela interdisciplinaridade.