Genome-wide association study identifies eight loci associated with blood pressure

Elevated blood pressure is a common, heritable cause of cardiovascular disease worldwide. To date, identification of common genetic variants influencing blood pressure has proven challenging. We tested 2.5 million genotyped and imputed SNPs for association with systolic and diastolic blood pressure in 34,433 subjects of European ancestry from the Global BPgen consortium and followed up findings with direct genotyping (N 71,225 European ancestry, N 12,889 Indian Asian ancestry) and in silico comparison (CHARGE consortium, N = 29,136). We identified association between systolic or diastolic blood pressure and common variants in eight regions near the CYP17A1 (P = 7 × 10 24), CYP1A2 (P = 1 × 10 23), FGF5 (P = 1 × 10 21), SH2B3 (P = 3 × 10 18), MTHFR (P = 2 × 10 13), c10orf107 (P = 1 × 10 9), ZNF652 (P = 5 × 10 9) and PLCD3 (P = 1 × 10 8) genes. All variants associated with continuous blood pressure were associated with dichotomous hypertension. These associations between common variants and blood pressure and hypertension offer mechanistic insights into the regulation of blood pressure and may point to novel targets for interventions to prevent cardiovascular disease.

Estimación climática de la evapotraspiración potencial en la Argentina según el método de Penman 1948

p.271-292

Fechas medias estimadas de primeras y últimas temperaturas mínimas perjudiciales para los cultivos en la Argentina

p.193-211

New wild Brassica oleracea L. germplasm at its western distribution limit in the Iberian Peninsula

An exploration and collection mission for wild Brassica oleracea populations was carried out in spring and summer of 2013. The aim of this collection was to expand the number of accessions of wild Brassica oleracea available for basic and applied research in plant breeding. In this paper we report a new accession of wild Brassica oleracea in an unexplored coastal area of Galicia, NW Iberian Peninsula. Details of population ecology and vegetation, soil, climate and geographic data were recorded for this population. The “Endangered” threat category for the region is proposed, and actions for in situ and ex situ conservation are proposed. Seeds will be added to the germplasm collections of University of Santiago de Compostela and Misión Biológica de Galicia (CSIC) for further research on diverse aspects of the dynamics and ecophysiology of the population along with characterization and evaluation of useful traits.

Blood pressure loci identified with a gene-centric array.

Raised blood pressure (BP) is a major risk factor for cardiovascular disease. Previous studies have identified 47 distinct genetic variants robustly associated with BP, but collectively these explain only a few percent of the heritability for BP phenotypes. To find additional BP loci, we used a bespoke gene-centric array to genotype an independent discovery sample of 25,118 individuals that combined hypertensive case-control and general population samples. We followed up four SNPs associated with BP at our p < 8.56 × 10(-7) study-specific significance threshold and six suggestively associated SNPs in a further 59,349 individuals. We identified and replicated a SNP at LSP1/TNNT3, a SNP at MTHFR-NPPB independent (r(2) = 0.33) of previous reports, and replicated SNPs at AGT and ATP2B1 reported previously. An analysis of combined discovery and follow-up data identified SNPs significantly associated with BP at p < 8.56 × 10(-7) at four further loci (NPR3, HFE, NOS3, and SOX6). The high number of discoveries made with modest genotyping effort can be attributed to using a large-scale yet targeted genotyping array and to the development of a weighting scheme that maximized power when meta-analyzing results from samples ascertained with extreme phenotypes, in combination with results from nonascertained or population samples. Chromatin immunoprecipitation and transcript expression data highlight potential gene regulatory mechanisms at the MTHFR and NOS3 loci. These results provide candidates for further study to help dissect mechanisms affecting BP and highlight the utility of studying SNPs and samples that are independent of those studied previously even when the sample size is smaller than that in previous studies.

LDL-cholesterol concentrations: a genome-wide association study.

BACKGROUND: LDL cholesterol has a causal role in the development of cardiovascular disease. Improved understanding of the biological mechanisms that underlie the metabolism and regulation of LDL cholesterol might help to identify novel therapeutic targets. We therefore did a genome-wide association study of LDL-cholesterol concentrations. METHODS: We used genome-wide association data from up to 11,685 participants with measures of circulating LDL-cholesterol concentrations across five studies, including data for 293 461 autosomal single nucleotide polymorphisms (SNPs) with a minor allele frequency of 5% or more that passed our quality control criteria. We also used data from a second genome-wide array in up to 4337 participants from three of these five studies, with data for 290,140 SNPs. We did replication studies in two independent populations consisting of up to 4979 participants. Statistical approaches, including meta-analysis and linkage disequilibrium plots, were used to refine association signals; we analysed pooled data from all seven populations to determine the effect of each SNP on variations in circulating LDL-cholesterol concentrations. FINDINGS: In our initial scan, we found two SNPs (rs599839 [p=1.7x10(-15)] and rs4970834 [p=3.0x10(-11)]) that showed genome-wide statistical association with LDL cholesterol at chromosomal locus 1p13.3. The second genome screen found a third statistically associated SNP at the same locus (rs646776 [p=4.3x10(-9)]). Meta-analysis of data from all studies showed an association of SNPs rs599839 (combined p=1.2x10(-33)) and rs646776 (p=4.8x10(-20)) with LDL-cholesterol concentrations. SNPs rs599839 and rs646776 both explained around 1% of the variation in circulating LDL-cholesterol concentrations and were associated with about 15% of an SD change in LDL cholesterol per allele, assuming an SD of 1 mmol/L. INTERPRETATION: We found evidence for a novel locus for LDL cholesterol on chromosome 1p13.3. These results potentially provide insight into the biological mechanisms that underlie the regulation of LDL cholesterol and might help in the discovery of novel therapeutic targets for cardiovascular disease.

Common variants near MC4R are associated with fat mass, weight and risk of obesity.

To identify common variants influencing body mass index (BMI), we analyzed genome-wide association data from 16,876 individuals of European descent. After previously reported variants in FTO, the strongest association signal (rs17782313, P = 2.9 x 10(-6)) mapped 188 kb downstream of MC4R (melanocortin-4 receptor), mutations of which are the leading cause of monogenic severe childhood-onset obesity. We confirmed the BMI association in 60,352 adults (per-allele effect = 0.05 Z-score units; P = 2.8 x 10(-15)) and 5,988 children aged 7-11 (0.13 Z-score units; P = 1.5 x 10(-8)). In case-control analyses (n = 10,583), the odds for severe childhood obesity reached 1.30 (P = 8.0 x 10(-11)). Furthermore, we observed overtransmission of the risk allele to obese offspring in 660 families (P (pedigree disequilibrium test average; PDT-avg) = 2.4 x 10(-4)). The SNP location and patterns of phenotypic associations are consistent with effects mediated through altered MC4R function. Our findings establish that common variants near MC4R influence fat mass, weight and obesity risk at the population level and reinforce the need for large-scale data integration to identify variants influencing continuous biomedical traits.

Six new loci associated with body mass index highlight a neuronal influence on body weight regulation.

Common variants at only two loci, FTO and MC4R, have been reproducibly associated with body mass index (BMI) in humans. To identify additional loci, we conducted meta-analysis of 15 genome-wide association studies for BMI (n > 32,000) and followed up top signals in 14 additional cohorts (n > 59,000). We strongly confirm FTO and MC4R and identify six additional loci (P < 5 x 10(-8)): TMEM18, KCTD15, GNPDA2, SH2B1, MTCH2 and NEGR1 (where a 45-kb deletion polymorphism is a candidate causal variant). Several of the likely causal genes are highly expressed or known to act in the central nervous system (CNS), emphasizing, as in rare monogenic forms of obesity, the role of the CNS in predisposition to obesity.

Effet d’une orthèse d’avancement mandibulaire neutre combinée à un masque facial et nasal dans le traitement de l’apnée obstructive du sommeil par CPAP

Le traitement de première ligne de l’apnée obstructive du sommeil est l’appareil à pression positive, soit le CPAP, qui est le plus souvent utilisé avec un masque nasal. Certains patients, incapables de tolérer le masque nasal, doivent se tourner vers le masque facial, qui peut parfois requérir une pression supérieure à celle utilisée avec le masque nasal pour éliminer tous les événements respiratoires. Nous supposons que l’ajustement serré du masque facial, dans le but de réduire les fuites, entraîne une pression de recul sur la mandibule; ceci diminuerait le calibre des voies aériennes supérieures, nécessitant donc une pression effective thérapeutique supérieure pour rétablir un passage de l’air. Nos objectifs étaient : 1) de démontrer s’il y avait une différence de pression effective entre le masque nasal et le masque facial, 2) de quantifier la fuite entre les deux masques, 3) d’évaluer l’effet d’une orthèse de rétention mandibulaire neutre (OMN), qui empêche le recul mandibulaire, sur la pression effective des deux masques et 4) d’évaluer s’il existait un lien entre la céphalométrie et les réponses variables des individus. Méthodologie : Lors de cette étude expérimentale croisée, huit sujets (2 femmes, 6 hommes) avec une moyenne d’âge de 56,3ans [33ans-65ans] ont reçu un examen orthodontique complet incluant une radiographie céphalométrique latérale. Ils ont ensuite passé deux nuits de polysomnographie au laboratoire du sommeil en protocole « split-night » où les deux masques ont été portés, seuls, la première nuit, et avec l’OMN, la deuxième nuit. Résultats : Nous avons trouvé que la pression effective thérapeutique était supérieure avec le masque facial comparativement au masque nasal de manière statistiquement significative. Nous avons observé une fuite supérieure avec le masque nasal, ce qui permet de dire que la fuite n’explique probablement pas cette différence de pression entre les deux masques. L’OMN n’a pas donné d’effet statistiquement significatif lorsque combinée au masque nasal, mais il aurait probablement été possible de trouver un effet positif avec le masque facial si le Bi-PAP avait été inclus dans le protocole de recherche. Conclusion : Nos résultats ne permettent pas de confirmer le rôle du recul mandibulaire, causé par la force exercée avec le masque facial, dans l’obtention de pressions supérieures avec ce masque, mais nous ne pouvons toutefois pas éliminer l’hypothèse. Les résultats suggèrent également que ce phénomène est peut-être plus fréquent qu’on ne le croit et qu’il pourrait y avoir un lien avec certains facteurs anatomiques individuels.

Évaluation des effets de l’expansion palatine rapide assistée chirurgicalement (EPRAC) sur les voies aériennes supérieures à l’aide de la tomodensitométrie à faisceau conique

Introduction : L’expansion palatine rapide assistée chirurgicalement (EPRAC) est une option de traitement privilégiée chez les patients ayant atteint la maturité squelettique et présentant une déficience transverse du maxillaire. L’effet bénéfique de l’EPRAC sur la fonction respiratoire est régulièrement mentionné, toutefois, encore peu d’études ont évalué son impact sur les voies aériennes supérieures. L’objectif de cette étude clinique prospective comparative consistait à évaluer les effets tridimensionnels de l’EPRAC sur la cavité nasale, le nasopharynx et l’oropharynx à l’aide de la tomodensitométrie. Méthodologie : L’échantillon était constitué de 14 patients (5 hommes, 9 femmes) dont l’âge moyen était de 23,0 ± 1,9 ans (16 ans 4 mois à 39 ans 7 mois). Tous ont été traités avec un appareil d’expansion de type Hyrax collé et l’expansion moyenne a été de 9,82 mm (7,5 - 12,0 mm). Tous ont eu une période de contention d’une année avant le début de tout autre traitement orthodontique. Une évaluation par tomodensitométrie volumique à faisceau conique a été réalisée aux temps T0 (initial), T1 (6 mois post-expansion) et T2 (1an post-expansion) et le volume des fosses nasales, du nasopharynx et de l’oropharynx ainsi que les dimensions de la zone de constriction maximale de l’oropharynx ont été mesurés sur les volumes tridimensionnels obtenus. Résultats : Les résultats radiologiques ont démontré une augmentation significative du volume des fosses nasales et du nasopharynx ainsi qu’une augmentation de la zone de constriction maximale de l’oropharynx à 6 mois post-expansion. Par la suite, une portion du gain enregistré pour ces trois paramètres était perdue à un an post-EPRAC sans toutefois retourner aux valeurs initiales. Aucun effet significatif sur le volume de l’oropharynx n’a été observé. De plus, aucune corrélation significative entre la quantité d’expansion réalisée et l’ensemble des données radiologiques n’a été observée. L’analyse de la corrélation intra-classe a démontré une excellente fiabilité intra-examinateur. Conclusions : L’EPRAC entraîne un changement significatif du volume de la cavité nasale et du nasopharynx. L’EPRAC ne modifie pas le volume de l’oropharynx, par contre, un effet significatif sur la zone de constriction maximale de l’oropharynx est noté. Les effets observés n’ont pas de corrélation avec le montant d’activation de la vis d’expansion.

Évaluation des effets dento-alvéolaires et squelettiques de l'expansion palatine rapide assistée chirurgicalement à l'aide de tomodensitométrie à faisceau conique

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Comparaison des dimensions de l'arcade mandibulaire avant et après traitement orthodontique sans extraction

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Sleep-disordered breathing in the child and adolescent orthodontic patient

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal