Ajustes de quadrado médio do erro em ensaios de competição de cultivares de milho pelo método de Papadakis

O objetivo deste trabalho foi avaliar as diferentes formas de calcular o índice de produtividade, usado como covariável pelo método de Papadakis, e verificar se este método é eficiente para aumentar a precisão experimental nos ensaios de competição de cultivares de milho (Zea mays L.) com grande número de tratamentos. Em relação ao rendimento de grãos, procedeu-se a verificação das pressuposições do modelo matemático, a análise da variância no delineamento de blocos ao acaso e a análise de covariância no delineamento inteiramente casualizado, usando como covariável o índice de produtividade estimado por cinco formas (método de Papadakis). A comparação da análise convencional (blocos ao acaso) com a análise pelo método de Papadakis foi realizada com base nas estimativas do quadrado médio do erro, coeficiente de variação, diferença mínima significativa pelo teste de Tukey, número de grupos formados pelo teste de Scott-Knott e o índice de diferenciação de Fasoulas. O método de Papadakis melhorou a precisão experimental entre 10,5% e 48,1% em relação às diferentes formas de estimação da covariável índice de produtividade, mostrando que a vizinhança mais próxima (unidade experimental de referência e as quatro laterais) é a forma mais eficiente na redução do erro experimental.

Utilização do método de Papadakis na melhoria da qualidade experimental de ensaios com soja

O trabalho teve como objetivo verificar as modificações na análise estatística, em relação ao atendimento aos pressupostos do modelo matemático e aos diferentes indicadores de precisão, que podem ser atribuídas à aplicação do método de Papadakis, na análise dos ensaios de competição de genótipos de soja. Foram usados os resultados da produção de grãos de soja de 226 ensaios de competição de genótipos, executados no delineamento de blocos completos ao acaso. Em cada ensaio, foram realizados: a verificação dos pressupostos, a análise da variância, os testes de hipóteses e outras estatísticas para identificação da precisão. Para verificar os ganhos em precisão, os mesmos dados foram analisados pelo método de Papadakis. Os pressupostos não foram violados em nenhum dos dois métodos de análise. A média do índice de diferenciação de Fasoulas aumentou de 5 para 12,43, em blocos homogêneos, e para 13,85, em blocos heterogêneos. O coeficiente de determinação, adequado para a classificação de precisão de experimentos, foi aproximadamente 10% superior com o uso do método de Papadakis, independentemente da eficiência do uso de blocos. A eficiência do método de Papadakis independe da eficiência do uso dos blocos e permite melhorias nos indicadores de precisão experimental.

Precisão experimental de ensaios de feijão analisada pelo método de Papadakis

O objetivo deste trabalho foi verificar se o uso do método de Papadakis na análise dos resultados dos ensaios de competição de cultivares de feijão modifica os pressupostos do modelo matemático e as medidas de precisão experimental. Foram utilizados dados de produtividade de grãos de feijão de 26 ensaios de competição de cultivares, conduzidos em delineamento de blocos ao acaso. Para cada ensaio, sem e com uso do método de Papadakis, foram realizados verificação dos pressupostos, análise de variância e testes de hipóteses, e calculadas as estatísticas para identificação da precisão experimental. Os pressupostos não foram violados por nenhum dos métodos de análise (sem e com Papadakis). O índice de diferenciação de Fasoulas aumentou de 5,9 para 13,9, e a acurácia seletiva de 0,82 para 0,89, com uso do método de Papadakis. Esse método permitiu que se obtivesse 80% de precisão na identificação de cultivares de feijão superiores quanto à produtividade de grãos com uso de apenas quatro repetições; enquanto que, na análise sem uso de Papadakis, foram necessárias sete repetições para manter a precisão de 80%. O método de Papadakis melhora os índices das medidas de precisão experimental e reduz o número de repetições necessário para a predição do desempenho de cultivares de feijão, em termos de produtividade de grãos.

Determinação da umidade do solo pelo método das pesagens

A determinação da umidade em amostras de terras é importante para trabalhos de irrigação. A possibilidade de se fazer esta determinação no campo é de grande interêsse quando alia um aceitável gráu de precisão à facilidade e rapidêz na determinação. O método das pesagens, apresentado nêste trabalho e desenvolvido independentemente do método anteriormente proposto por Papadakis, quer nos parecer que apresenta vantagens, sobre o deste autor, que são discutidas em detalhes nêste trabalho. Uma comparação, entre o método que sugerimos e o processo clássico de determinação da umidade por secagem em estufa, é feita para 3 solos de natureza e textura diferentes. Os dados obtidos foram tratados estatisticamente. A análise estatística dos dados, mostra que os resultados obtidos pelos dois métodos são semelhantes, com um índice de correlação de 0,99 entre os métodos, para cada um dos solos utilizados na comparação.

Blood pressure loci identified with a gene-centric array.

Raised blood pressure (BP) is a major risk factor for cardiovascular disease. Previous studies have identified 47 distinct genetic variants robustly associated with BP, but collectively these explain only a few percent of the heritability for BP phenotypes. To find additional BP loci, we used a bespoke gene-centric array to genotype an independent discovery sample of 25,118 individuals that combined hypertensive case-control and general population samples. We followed up four SNPs associated with BP at our p < 8.56 × 10(-7) study-specific significance threshold and six suggestively associated SNPs in a further 59,349 individuals. We identified and replicated a SNP at LSP1/TNNT3, a SNP at MTHFR-NPPB independent (r(2) = 0.33) of previous reports, and replicated SNPs at AGT and ATP2B1 reported previously. An analysis of combined discovery and follow-up data identified SNPs significantly associated with BP at p < 8.56 × 10(-7) at four further loci (NPR3, HFE, NOS3, and SOX6). The high number of discoveries made with modest genotyping effort can be attributed to using a large-scale yet targeted genotyping array and to the development of a weighting scheme that maximized power when meta-analyzing results from samples ascertained with extreme phenotypes, in combination with results from nonascertained or population samples. Chromatin immunoprecipitation and transcript expression data highlight potential gene regulatory mechanisms at the MTHFR and NOS3 loci. These results provide candidates for further study to help dissect mechanisms affecting BP and highlight the utility of studying SNPs and samples that are independent of those studied previously even when the sample size is smaller than that in previous studies.

LDL-cholesterol concentrations: a genome-wide association study.

BACKGROUND: LDL cholesterol has a causal role in the development of cardiovascular disease. Improved understanding of the biological mechanisms that underlie the metabolism and regulation of LDL cholesterol might help to identify novel therapeutic targets. We therefore did a genome-wide association study of LDL-cholesterol concentrations. METHODS: We used genome-wide association data from up to 11,685 participants with measures of circulating LDL-cholesterol concentrations across five studies, including data for 293 461 autosomal single nucleotide polymorphisms (SNPs) with a minor allele frequency of 5% or more that passed our quality control criteria. We also used data from a second genome-wide array in up to 4337 participants from three of these five studies, with data for 290,140 SNPs. We did replication studies in two independent populations consisting of up to 4979 participants. Statistical approaches, including meta-analysis and linkage disequilibrium plots, were used to refine association signals; we analysed pooled data from all seven populations to determine the effect of each SNP on variations in circulating LDL-cholesterol concentrations. FINDINGS: In our initial scan, we found two SNPs (rs599839 [p=1.7x10(-15)] and rs4970834 [p=3.0x10(-11)]) that showed genome-wide statistical association with LDL cholesterol at chromosomal locus 1p13.3. The second genome screen found a third statistically associated SNP at the same locus (rs646776 [p=4.3x10(-9)]). Meta-analysis of data from all studies showed an association of SNPs rs599839 (combined p=1.2x10(-33)) and rs646776 (p=4.8x10(-20)) with LDL-cholesterol concentrations. SNPs rs599839 and rs646776 both explained around 1% of the variation in circulating LDL-cholesterol concentrations and were associated with about 15% of an SD change in LDL cholesterol per allele, assuming an SD of 1 mmol/L. INTERPRETATION: We found evidence for a novel locus for LDL cholesterol on chromosome 1p13.3. These results potentially provide insight into the biological mechanisms that underlie the regulation of LDL cholesterol and might help in the discovery of novel therapeutic targets for cardiovascular disease.

Busulphan-melphalan is the superior myeloablative therapy (mat) for high risk neuroblastoma: results from the hr-nbl1/siopen trial

Purpose: The HR-NBL1 trial of the European SIOP Neuroblastoma Group randomised 2 MAT regimens to demonstrate superiority based on event free survival (EFS).Method: Response eligibility criteria prior to randomisation after Rapid COJEC Induction (J Clin Oncol, 2010) 3 4 2 courses of TVD (Cancer, 2003) included complete bone marrow remission andA ^ 3, but improved, mIBG positive spots. The MAT regimens were BuMel (oral busulfan till 2006, 4_150 mg/m2 in 4 equal doses, or after 2006 intravenous use according to body weight and melphalan 140 mg/m__/day) and CEM (carboplatin ctn. infusion (4xAUC 4.1 mg/ml.min/day), etoposide ctn. infusion (4_338 mg/m__day or 4_200 mg/m__/ day*), melphalan (3_70 mg/m__/day or 3_60 mg/m__/day*. *reduced if GFR<100 ml/ min/1.73m__)). A minimum of 3_10E6 CD34/kgBW PBSC were requested. VOD prophylaxis included ursadiol, but not prophylactic defibrotide. Local control included surgery and radiotherapy of 21 Gy. A total of 598 high risk neuroblastoma patients were randomised (296 BuMel, 302 CEM). The median age at randomisation was 3 years (1-17.2).Results: A significant difference in EFS in favour of BuMel (3-years EFS 49% vs. 33%) was observed as well as for overall survival (3-years OS 60% vs. 48%, p¼0.004) with a median follow up of 3 years. This difference was mainly related to the relapse and progression incidence, which was significantly (p<0.001) lower with BuMel (48% vs. 60%). The severe toxicity rate up to day 100 (ICU and toxic deaths) was below 10%, but was significantly higher for CEM (p¼0.014). The acute toxic death rate was 3% for BuMel and 5% for CEM (NS). The acute MAT toxicity profile favours the BuMel regimen in spite of a total VOD incidence of 18% (grade 3:5%). Based on these results and following advice from the DMC, the randomisation was closed early.

Genome-wide association study identifies eight loci associated with blood pressure.

Elevated blood pressure is a common, heritable cause of cardiovascular disease worldwide. To date, identification of common genetic variants influencing blood pressure has proven challenging. We tested 2.5 million genotyped and imputed SNPs for association with systolic and diastolic blood pressure in 34,433 subjects of European ancestry from the Global BPgen consortium and followed up findings with direct genotyping (N ≤ 71,225 European ancestry, N ≤ 12,889 Indian Asian ancestry) and in silico comparison (CHARGE consortium, N = 29,136). We identified association between systolic or diastolic blood pressure and common variants in eight regions near the CYP17A1 (P = 7 × 10(-24)), CYP1A2 (P = 1 × 10(-23)), FGF5 (P = 1 × 10(-21)), SH2B3 (P = 3 × 10(-18)), MTHFR (P = 2 × 10(-13)), c10orf107 (P = 1 × 10(-9)), ZNF652 (P = 5 × 10(-9)) and PLCD3 (P = 1 × 10(-8)) genes. All variants associated with continuous blood pressure were associated with dichotomous hypertension. These associations between common variants and blood pressure and hypertension offer mechanistic insights into the regulation of blood pressure and may point to novel targets for interventions to prevent cardiovascular disease.

Randomized Trial of prophylactic granulocyte colony-stimulating factor during rapid COJEC induction in pediatric patients with high-risk neuroblastoma: the European HR-NBL1/SIOPEN study.

Purpose To reduce the incidence of febrile neutropenia during rapid COJEC (cisplatin, vincristine, carboplatin, etoposide, and cyclophosphamide given in a rapid delivery schedule) induction. In the High-Risk Neuroblastoma-1 (HR-NBL1) trial, the International Society of Paediatric Oncology European Neuroblastoma Group (SIOPEN) randomly assigned patients to primary prophylactic (PP) versus symptom-triggered granulocyte colony-stimulating factor (GCSF; filgrastim). Patients and Methods From May 2002 to November 2005, 239 patients in 16 countries were randomly assigned to receive or not receive PPGCSF. There were 144 boys with a median age of 3.1 years (range, 1 to 17 years) of whom 217 had International Neuroblastoma Staging System (INSS) stage 4 and 22 had stage 2 or 3 MYCN-amplified disease. The prophylactic arm received a single daily dose of 5 μg/kg GCSF, starting after each of the eight COJEC chemotherapy cycles and stopping 24 hours before the next cycle. Chemotherapy was administered every 10 days regardless of hematologic recovery, provided that infection was controlled. Results The PPGCSF arm had significantly fewer febrile neutropenic episodes (P = .002), days with fever (P = .004), hospital days (P = .017), and antibiotic days (P = .001). Reported Common Toxicity Criteria (CTC) graded toxicity was also significantly reduced: infections per cycle (P = .002), fever (P < .001), severe leucopenia (P < .001), neutropenia (P < .001), mucositis (P = .002), nausea/vomiting (P = .045), and constipation (P = .008). Severe weight loss was reduced significantly by 50% (P = .013). Protocol compliance with the rapid induction schedule was also significantly better in the PPGCSF arm shown by shorter time to completion (P = .005). PPGCSF did not adversely affect response rates or success of peripheral-blood stem-cell harvest. Following these results, PPG-GSF was advised for all patients on rapid COJEC induction.

Common variants near MC4R are associated with fat mass, weight and risk of obesity.

To identify common variants influencing body mass index (BMI), we analyzed genome-wide association data from 16,876 individuals of European descent. After previously reported variants in FTO, the strongest association signal (rs17782313, P = 2.9 x 10(-6)) mapped 188 kb downstream of MC4R (melanocortin-4 receptor), mutations of which are the leading cause of monogenic severe childhood-onset obesity. We confirmed the BMI association in 60,352 adults (per-allele effect = 0.05 Z-score units; P = 2.8 x 10(-15)) and 5,988 children aged 7-11 (0.13 Z-score units; P = 1.5 x 10(-8)). In case-control analyses (n = 10,583), the odds for severe childhood obesity reached 1.30 (P = 8.0 x 10(-11)). Furthermore, we observed overtransmission of the risk allele to obese offspring in 660 families (P (pedigree disequilibrium test average; PDT-avg) = 2.4 x 10(-4)). The SNP location and patterns of phenotypic associations are consistent with effects mediated through altered MC4R function. Our findings establish that common variants near MC4R influence fat mass, weight and obesity risk at the population level and reinforce the need for large-scale data integration to identify variants influencing continuous biomedical traits.

Alternativas experimentais na avaliação de famílias em programas de melhoramento genético do feijoeiro

O objetivo deste trabalho foi avaliar o emprego do delineamento em blocos aumentados e de métodos de análise espacial nas etapas iniciais dos programas de melhoramento do feijoeiro (Phaseolus vulgaris L.). Foram avaliadas 121 famílias S2, provenientes de um programa de seleção recorrente, em três locais: Lavras, Lambari e Patos de Minas. Utilizou-se um látice simples 11 x 11, por local. Adicionalmente, foram incluídas duas testemunhas, Carioca e EMGOPA201-Ouro, cada uma alocada a intervalos regulares de cinco em cinco parcelas em cada bloco. A parcela foi composta por duas linhas de dois metros, com 15 sementes por metro. Os dados de produção de grãos (g/parcela) foram submetidos a uma análise de variância considerando os seguintes delineamentos e métodos: látice, blocos aumentados, blocos ao acaso, método de Papadakis, método das médias móveis e testemunha intercalar. Realizou-se a comparação entre as diferentes estratégias quanto à eficiência no controle do erro experimental e em relação à precisão das estimativas de parâmetros genéticos e fenotípicos obtidas em cada método. Constatou-se que o emprego do delineamento em blocos aumentados é viável para a seleção de famílias nas etapas iniciais dos programas de melhoramento genético, principalmente se for aplicada uma intensidade de seleção moderada; porém, esse delineamento não se mostrou apropriado para a estimação de parâmetros genéticos e fenotípicos, em virtude da baixa precisão das estimativas; o uso de testemunha intercalar não proporcionou melhoria na precisão experimental; os métodos de análise de vizinhança, Papadakis e o das médias móveis, foram eficientes no controle da heterogeneidade dos blocos, sendo esta eficiência similar àquela proporcionada pela análise em látice.

Report of the ECCO workshop on anti-TNF therapy failures in inflammatory bowel diseases: biological roles and effects of TNF and TNF antagonists.

This second section of the first ECCO pathogenesis workshop on anti-TNF therapy failures in inflammatory bowel diseases addresses the biological roles of TNFα and the effects and mechanisms of action of TNFα antagonists. Mechanisms underlying their failure, including induction of TNF-independent inflammatory pathways and phenomena of paradoxical inflammation are discussed.

Análise espacial e de vizinhança no melhoramento genético de plantas

Três formas de análise espacial foram comparadas à análise do modelo linear Gauss-Markov normal em experimentos de Genética, tendo-se suposto os efeitos de progênies como aleatórios: médias móveis nos dados brutos (MM), médias móveis nos dados residuais (Papadakis - PPD) e análise espacial por meio de modelagem de covariâncias residuais (AE). Inicialmente, ignorou-se a informação do controle local, para testar a efetividade da análise espacial. Posteriormente, foi verificado se haveria melhoras com as diferentes formas de análise espacial aplicadas ao modelo completo, considerando-se o controle local do delineamento em látice. Os valores médios de razões, entre estimativas de componentes de variância e de herdabilidade, foram usados como guia de discussão sobre qual a melhor forma de análise. Em geral, ignorar o delineamento experimental e usar somente a informação espacial resultou em análises ineficientes. Os modelos MM e PPD, em média, melhoraram o modelo original justificado pelo delineamento, embora a AE não o tenha melhorado. A AE, apesar de ineficiente, não mudou as estimativas dos componentes de variância e de herdabilidade. Esta propriedade garante que a combinação de efeitos aleatórios para progênies e a AE não violam as suposições (algumas delas justificadas pelo delineamento). Isto é especialmente útil com experimentos amplos, com grande número de progênies.