New pandemics: HIV and AIDS, HCV and chronic hepatitis, Influenza virus and flu.

New pandemics are a serious threat to the health of the entire world. They are essentially of viral origin and spread at large speed. A meeting on this topic was held in Lyon, France, within the XIXth Jacques Cartier Symposia, a series of France-Québec meetings held every year. New findings on HIV and AIDS, on HCV and chronic hepatitis, and an update on influenza virus and flu were covered during this meeting on December 4 and 5, 2006. Aspects of viral structure, virus-host interactions, antiviral defenses, drugs and vaccinations, and epidemiological aspects were discussed for HIV and HCV. Old and recent data on the flu epidemics ended this meeting.

Fit genotypes and escape variants of subgroup III Neisseria meningitidis during three pandemics of epidemic meningitis

The genetic variability at six polymorphic loci was examined within a global collection of 502 isolates of subgroup III, serogroup A Neisseria meningitidis. Nine “genoclouds” were identified, consisting of genotypes that were isolated repeatedly plus 48 descendent genotypes that were isolated rarely. These genoclouds have caused three pandemic waves of disease since the mid-1960s, the most recent of which was imported from East Asia to Europe and Africa in the mid-1990s. Many of the genotypes are escape variants, resulting from positive selection that we attribute to herd immunity. Despite positive selection, most escape variants are less fit than their parents and are lost because of competition and bottlenecks during spread from country to country. Competition between fit genotypes results in dramatic changes in population composition over short time periods.

Asynchronous Contact Tracing, Fighting Pandemics with Internet of Things

La pandemia da COVID-19 ha cambiato le nostre vite obbligandoci a vivere mesi di lockdown, distanziamento sociale ed uso delle mascherine. Il distanziamento sociale e l'uso delle mascherine, anche dopo la prima fase della pandemia, sono state le contromisure principali in quanto permettevano di limitare i contagi permettendo comunque alla gente di uscire di casa. Tutte queste contromisure hanno creato gravi danni all'economia del paese e alla vita personale dei cittadini. Dalla fase iniziale della pandemia si è capito che per gestirla al meglio era necessario effettuare il numero maggiore di tamponi possibili per monitorare al meglio la diffusione del virus ma ciò non era possibile in quanto non esistevano le tecnologie necessarie per testare milioni di persone al giorno. Da questa necessità sono nati i sistemi di Contact Tracing, sistemi che permettono di monitorare in modo anonimo e protetto i contatti sociali delle persone così da capire se sono entrate in contatto con persone infette dal COVID-19 e solo in quel caso effettuare un tampone in modo tale da verificare se sono stati contagiati o meno. Tutti i sistemi di Contact tracing sviluppati ad oggi hanno mostrato problemi relativi alla protezione dei dati, alla scarsa ed inefficace comunicazione e non hanno ridotto al meglio il numero di tamponi effettuati per rilevare realmente coloro che erano stati contagiati avendo quindi uno scarso utilizzo soprattutto a causa della poca fiducia degli utenti riguardo l'utilizzo dei loro dati ed al fatto che dovevano autodichiararsi positivi. Con questa tesi presenterò una nuova tecnica per effettuare il Contact Tracing che combina l'utilizzo del Group Testing all'utilizzo dell'IoT e delle reti per tracciare i contatti tra gli utenti ed il virus chiamata Asynchronous Contact Tracing. Mostrerò come è stato progettato e sviluppato e mostrerò le performance grazie a degli esperimenti reali.

Antifungal Resistance Mechanisms in Dermatophytes

Although fungi do not cause outbreaks or pandemics, the incidence of severe systemic fungal infections has increased significantly, mainly because of the explosive growth in the number of patients with compromised immune system. Thus, drug resistance in pathogenic fungi, including dermatophytes, is gaining importance. The molecular aspects involved in the resistance of dermatophytes to marketed antifungals and other cytotoxic drugs, such as modifications of target enzymes, over-expression of genes encoding ATP-binding cassette (ABC) transporters and stress-response-related proteins are reviewed. Emphasis is placed on the mechanisms used by dermatophytes to overcome the inhibitory action of terbinafine and survival in the host environment. The relevance of identifying new molecular targets, of expanding the understanding about the molecular mechanisms of resistance and of using this information to design new drugs or to modify those that have become ineffective is also discussed.

Pandemia influenza A/H1N1 2009 em Portugal : estratégias de intervenção e saúde pública

RESUMO - Introdução: A necessidade de gestão da ameaça de uma pandemia obriga à gestão da incerteza absoluta. O desconhecimento científico quanto a uma série de factores tais como, as características dos vírus causadores de infecções, a efectividade das medidas de prevenção e de tratamento, contribuiu para a dificuldade de actuação a vários níveis. Face à evolução da situação epidemiológica mundial no campo da gripe, Portugal reviu e adaptou o seu plano de contingência para a gripe tendo sido homologado, em Janeiro de 2006, um novo plano – Plano de Contingência Nacional do Sector da Saúde para a Pandemia. Objectivos: O presente estudo apresenta como principais objectivos (1) a avaliação das estratégias de intervenção e respectiva implementação das medidas de saúde pública não farmacológicas, durante a pandemia da gripe de 2009; (2) a identificação dos pontos críticos na gestão das medidas de saúde pública não farmacológicas, para preparação e resposta a futuras pandemias da gripe e, por último, (3) a definição de um modelo de acompanhamento, de monitorização e de avaliação das medidas de saúde pública não farmacológicas, que permita identificar os pontos importantes a ter em conta na implementação de boas práticas de saúde pública, nos diferentes níveis de prestação de cuidados de saúde, tendo como limitação o estado da arte dos sistemas de informação e avaliação, nacionais e internacionais, existentes. Material e Métodos: Para a avaliação das estratégias de intervenção e respectiva implementação das medidas de saúde pública não farmacológicas bem como, para a identificação dos pontos críticos na gestão das respectivas medidas foram consideradas duas perspectivas: a avaliação dos resultados através do Relatório da Pandemia da Gripe e a avaliação dos resultados através das avaliações da OMS e da Euro OMS. É apresentado um modelo de acompanhamento, de monitorização e de avaliação das medidas de saúde pública não farmacológicas, a implementar na classe médica que esteve na “linha da frente”, durante a pandemia H1N1 2009 em Portugal, nos cuidados primários, hospitalares e intensivos. Resultados: Deverá existir uma representação dos profissionais de saúde para suporte das decisões de forma a assegurar uma representação alargada não só na preparação mas também, na implementação e na aplicação do Plano de Contingência. O processo de planemanto deverá ter acesso público com possibilidade de participação activa do cidadão na sua implementação. O Plano deve ter a capacidade para se adaptar à situação epidemiológica e, no terreno os exercícios de simulações durante o processo de planeamento são importantes. As orientações técnicas devem ser dinâmicas, práticas, específicas e úteis e, dever-se investir numa cultura de confiança (“right people communicating to right people”). As alterações ao plano devem partir da coordenação, comando e controlo que, nos vários níveis de decisão, devem definir claramente quem toma as decisões. Conclusões: As estratégias para as intervenções ao nível da saúde pública, continuam, no mundo hodierno a desempenhar um papel fundamental e crucial na contenção das pandemias. O modelo apresentado neste estudo procura uma abordagem objectiva para destacar não só, os elementos essenciais de actividades bem-sucedidas, mas também as áreas em que a experiência pandémica sugere que o futuro planeamento deve dar maior ênfase.

Aconselhamento médico na prevenção da doença e promoção da saúde : análise a propósito do consumo de tabaco

RESUMO - O consumo de tabaco foi responsável por 100 milhões de mortes no século XX. Apesar dos grandes avanços alcançados no controlo deste problema a nível mundial, sob os auspícios da OMS, no contexto da Convenção-Quadro para o Controlo do Tabaco da OMS, se não forem adoptadas medidas consistentes e efectivas de saúde pública, a morbi-mortalidade que lhe está associada continuará a aumentar durante o presente século. A promoção da cessação tabágica constitui a estratégia populacional que permitirá obter ganhos em saúde a mais curto prazo. Embora a larga maioria dos fumadores faça, ao longo da vida, várias tentativas para parar de fumar sem apoio, apenas uma pequena minoria consegue manter-se abstinente a longo prazo. Os médicos de Medicina Geral e Familiar são, de entre todos os profissionais de saúde, os que podem intervir de modo mais consistente e efectivo neste âmbito e que melhores resultados obtêm na cessação tabágica dos pacientes fumadores, dado o vínculo terapêutico e a interacção frequente e continuada que com eles estabelecem ao longo do seu ciclo de vida. O aconselhamento breve, tendo por base a adopção de um estilo de comunicação motivacional centrado no paciente, adaptado aos estádios de mudança comportamental, tem-se revelado efectivo no apoio à mudança de comportamentos relacionados com a saúde e à resolução da ambivalência que caracteriza este processo. A revisão de literatura evidenciou o facto de os médicos nem sempre intervirem nas áreas preventivas e de promoção da saúde, em particular na área da cessação tabágica, com o investimento e a continuidade desejáveis. Por outro lado, muitos pacientes fumadores referem nunca ter sido aconselhados pelo seu médico a deixar de fumar.. Não são conhecidos estudos de âmbito nacional que permitam conhecer esta realidade, bem como os factores associados às melhores práticas de intervenção ou as barreiras sentidas pelos médicos de MGF à actuação nesta área. O presente trabalho teve como objectivos: (i) avaliar a hipótese de que os médicos que disseram adoptar o método clínico centrado no paciente teriam atitudes mais favoráveis relativamente à cessação tabágica e uma maior probabilidade de aconselhar os seus pacientes a parar de fumar; (ii) estudar a relação entre as atitudes, a percepção de auto-eficácia, a expectativa de efectividade e as práticas de aconselhamento sobre cessação tabágica, auto-referidas pelos médicos; (iii) Identificar as variáveis preditivas da adopção de intervenções breves de aconselhamento adaptadas ao estádio de mudança comportamental dos pacientes fumadores; (iv) identificar as barreiras e os incentivos à adopção de boas práticas de aconselhamento nesta área. A população de estudo foi constituída pelo total de médicos de medicina geral e familiar inscritos na Associação Portuguesa de Médicos de Clínica Geral, residentes em Portugal. Para recolha de informação, foi utilizado um questionário de resposta anónima, de autopreenchimento, aplicado por via postal a 2942 médicos, em duas séries de envio. O questionário integrou perguntas fechadas, semifechadas, escalas de tipo Likert e escalas de tipo visual analógico. Para avaliação da adopção do método clínico centrado no paciente, foi usada a Patient Practitioner Orientation Scale (PPOS). O tratamento estatístico dos dados foi efectuado com o Programa PASW Statistics (ex-SPSS), versão 18. Foram utilizados: o índice de α de Cronbach, diversos testes não paramétricos e a análise de regressão logística binária. Foi obtida uma taxa de resposta de 22,4%. Foram analisadas 639 respostas (67,4% de mulheres e 32,6% de homens). Referiram ser fumadores 23% dos homens e 14% das mulheres. Foi identificada uma grande carência formativa em cessação tabágica, tendo apenas 4% dos médicos afirmado não necessitar de formação nesta área. Responderam necessitar de formação em entrevista motivacional 66%, em prevenção da recaída 59%, de treino numa consulta de apoio intensivo 55%, em intervenção breve 54% e em terapêutica farmacológica 55%. Cerca de 92% dos respondentes consideraram que o aconselhamento para a cessação tabágica é uma tarefa que faz parte das suas atribuições, mas apenas 76% concordaram totalmente com a realização de uma abordagem oportunística deste assunto em todos os contactos com os seus pacientes. Como prática mais frequente, perante um paciente em preparação para parar, 85% dos médicos disseram tomar a iniciativa de aconselhar, 79% avaliar a motivação, 67% avaliar o grau de dependência, 60% marcar o “dia D” e 50% propor terapêutica farmacológica. Apenas 21% assumiram realizar com frequência uma intervenção breve com pacientes em preparação (5 Ás); 13% uma intervenção motivacional com pacientes não motivados para mudar (5 Rs) e 20% uma intervenção segundo os princípios da entrevista motivacional, relativamente a pacientes ambivalentes em relação à mudança. A análise multivariada de regressão logística permitiu concluir que as variáveis com maior influência na decisão de aconselhar os pacientes sobre cessação tabágica foram a percepção de auto-eficácia, o nível de atitudes negativas, a adopção habitual do Programa-tipo de cessação tabágica da DGS, a posse de formação específica nesta área e a não identificação de barreiras ao aconselhamento, em particular organizacionais ou ligadas ao processo de comunicação na consulta. Embora se tenha confirmado a existência de associação entre a adopção do método clínico centrado no paciente e as atitudes face à cessação tabágica, não foi possível confirmar plenamente a associação entre a adopção deste método e as práticas autoreferidas de aconselhamento. Os médicos que manifestaram um nível baixo ou moderado de atitudes negativas, uma percepção elevada de auto-eficácia, que nunca fumaram, que referiram adoptar o Programa-tipo de cessação tabágica e que não identificaram barreiras organizacionais apresentaram uma maior probabilidade de realizar uma intervenção breve (“5 Ás”) de aconselhamento de pacientes fumadores em preparação para parar de fumar. Nunca ter fumado apresentou-se associado a uma probabilidade de realizar uma intervenção breve (“5 Ás”) com frequência, superior à verificada entre os médicos que referiram ser fumadores (Odds-ratio ajustado = 2,6; IC a 95%: 1,1; 5,7). Os médicos com o nível de auto-eficácia no aconselhamento mais elevado apresentaram uma probabilidade superior à encontrada entre os médicos com o menor nível de auto-eficácia de realizar com frequência uma intervenção breve de aconselhamento, integrando as cinco vertentes dos “5 Ás” (Odds ratio ajustado = 2,6; IC a 95%: 1,3; 5,3); de realizar uma intervenção motivacional breve com fumadores renitentes a parar de fumar (Odds ratio ajustado = 3,1; IC a 95%: 1,4; 6,5) ou de realizar com frequência uma intervenção motivacional com pacientes em estádio de ambivalência (Odds ratio = 8,8; IC a 95%: 3,8; 19,9). A falta de tempo, a falta de formação específica e a falta de equipa de apoio foram as barreiras ao aconselhamento mais citadas. Como factores facilitadores de um maior investimento nesta área, cerca de 60% dos médicos referiram a realização de um estágio prático de formação; 57% a possibilidade de dispor do apoio de outros profissionais; cerca de metade a melhoria da sua formação teórica. Cerca de 25% dos médicos investiria mais em cessação tabágica se dispusesse de um incentivo financeiro e 20% se os pacientes demonstrassem maior interesse em discutir o assunto ou existisse uma maior valorização desta área por parte dos colegas e dos órgãos de gestão. As limitações de representatividade da amostra, decorrentes da taxa de resposta obtida, impõem reservas à possibilidade de extrapolação destes resultados para a população de estudo, sendo de admitir que os respondentes possam corresponder aos médicos mais interessados por este tema e que optam por não fumar. Outra importante limitação advém do facto de não ter sido estudada a vertente relativa aos pacientes, no que se refere às suas atitudes, percepções e expectativas quanto à actuação do médico neste campo. Pesem embora estas limitações, os resultados obtidos revelaram uma grande perda de oportunidades de prevenção da doença e de promoção da saúde. Parece ter ficado demonstrada a importante influência que as atitudes, em especial as negativas, e as percepções, em particular a percepção de auto-eficácia, podem exercer sobre as práticas de aconselhamento auto-referidas. Todavia, será necessário aprofundar os resultados agora encontrados com estudos de natureza qualitativa, que permitam compreender melhor, por um lado, as percepções, expectativas e necessidades dos pacientes, por outro, as estratégias de comunicação que deverão ser adoptadas pelo médico, atendendo à complexidade do problema e ao tempo disponível na consulta, tendo em vista aumentar a literacia dos pacientes para uma melhor autogestão da sua saúde. Parece ter ficado igualmente patente a grande carência formativa neste domínio. A adopção do modelo biomédico como paradigma da formação médica pré e pós-graduada, proposto, há precisamente cem anos, por Flexner, tem contribuído para a desvalorização das componentes psicoemocionais e sociais dos fenómenos de saúde e de doença, assim como para criar clivagens entre cuidados curativos e preventivos e entre medicina geral e familiar e saúde pública. Porém, o actual padrão de saúde/doença próprio das sociedades desenvolvidas, caracterizado por “pandemias” de doenças crónicas e incapacitantes, determinadas por factores de natureza sociocultural e comportamental, irá obrigar certamente à revisão daquele paradigma e à necessidade de se (re)adoptarem os grandes princípios Hipocráticos de compreensão dos processos de saúde/doença e do papel da medicina.

Predictors of adherence to influenza vaccination for healthcare workers from a teaching hospital: a study in the prepandemic era

INTRODUCTION: Even before the 2009 pandemics, influenza in healthcare workers (HCW) was a known threat to patient safety, while Influenza vaccine coverage in the same group was generally low. Identification of predictors for HCW adherence to Influenza vaccination has challenged infection control committees. METHODS: Our group conducted a cross-sectional survey in December 2007, interviewing 125 HCWs from a teaching hospital to identify adherence predictors for Influenza vaccination. The outcomes of interest were: A - adherence to the 2007 vaccination campaign; B - adherence to at least three yearly campaigns in the past five years. Demographic and professional data were assessed through univariate and multivariate analysis. RESULTS: Of the HCWs interviewed, 43.2% were vaccinated against Influenza in 2007. However, only 34.3% of HCWs working in healthcare for more than five years had adhered to at least three of the last five vaccination campaigns. Multivariate analysis showed that working in a pediatric unit (OR = 7.35, 95%CI = 1.90-28.44, p = 0.004) and number of years in the job (OR = 1.32, 95%CI = 1.00-1.74, p = 0.049) were significant predictors of adherence to the 2007 campaign. Physicians returned the worst outcome performances in A (OR = 0.40, 95%CI = 0.16-0.97, p = 0.04) and B (OR = 0.17, 95%CI = 0.05-0.60, p = 0.006). CONCLUSIONS: Strategies to improve adherence to Influenza vaccination should focus on physicians and newly-recruited HCWs. New studies are required to assess the impact of the recent Influenza A pandemics on HCW-directed immunization policies.

Influenza surveillance using data from a telemedicine centre.

OBJECTIVES: This study aimed at investigating whether data from medical teleconsultations may contribute to influenza surveillance. METHODS: International Classification of Primary Care 2nd Edition (ICPC-2) codes were used to analyse the proportion of teleconsultations due to influenza-related symptoms. Results were compared with the weekly Swiss Sentinel reports. RESULTS: When using the ICPC-2 code for fever we could reproduce the seasonal influenza peaks of the winter seasons 07/08, 08/09 and 09/10 as depicted by the Sentinel data. For the pandemic influenza 09/10, we detected a much higher first peak in summer 2009 which correlated with a potential underreporting in the Sentinel system. CONCLUSIONS: ICPC-2 data from medical teleconsultations allows influenza surveillance in real time and correlates very well with the Swiss Sentinel system.

Higher memory responses in HIV-infected and kidney transplanted patients than in healthy subjects following priming with the pandemic vaccine.

BACKGROUND: Memory responses require immune competence. We assessed the influence of priming with AS03-adjuvanted pandemic vaccine (Pandemrix®) on memory responses of HIV patients, kidney recipients (SOT) and healthy controls (HC). METHOD: Participants (HIV: 197, SOT: 53; HC: 156) were enrolled in a prospective study and 390/406 (96%) completed it. All had been primed in 2009/2010 with 1 (HC) or 2 (patients) doses of Pandemrix®, and were boosted with the 2010/2011 seasonal influenza vaccine. Geometric mean titres and seroprotection rates were measured 12 months after priming and 4 weeks after boosting. Primary and memory responses were directly compared in 191 participants (HCW: 69, HIV: 71, SOT: 51) followed during 2 consecutive seasons. RESULTS: Most participants (HC: 77.8%, HIV: 77.6%, SOT: 66%) remained seroprotected at 12 months post-priming. Persisting A/09/H1N1 titers were high in HIV (100.2) and HC (120.1), but lower in SOT (61.4) patients. Memory responses reached higher titers in HIV (507.8) than in HC (253.5) and SOT (136.9) patients. Increasing age and lack of HAART reduced persisting and memory responses, mainly influenced by residual antibody titers. Comparing 2009/2010 and 2010/2011 titers in 191 participants followed for 2 seasons indicated lower post-2010/2011 titers in HC (240.2 vs 313.9), but higher titers in HIV (435.7 vs 338.0) and SOT (136 vs 90.3) patients. CONCLUSIONS: Priming with 2 doses of Pandemrix® elicited persistent antibody responses and even stronger memory responses to non-adjuvanted seasonal vaccine in HIV patients than 1 dose in healthy subjects. Adjuvanted influenza vaccines may improve memory responses of immunocompromised patients. TRIAL REGISTRATION: ClinicalTrials.gov NCT01022905.

Viral diseases and human evolution

The interaction of man with viral agents was possibly a key factor shaping human evolution, culture and civilization from its outset. Evidence of the effect of disease, since the early stages of human speciation, through pre-historical times to the present suggest that the types of viruses associated with man changed in time. As human populations progressed technologically, they grew in numbers and density. As a consequence different viruses found suitable conditions to thrive and establish long-lasting associations with man. Although not all viral agents cause disease and some may in fact be considered beneficial, the present situation of overpopulation, poverty and ecological inbalance may have devastating effets on human progress. Recently emerged diseases causing massive pandemics (eg., HIV-1 and HCV, dengue, etc.) are becoming formidable challenges, which may have a direct impact on the fate of our species.

Infección por virus pandémico (H1N1) 2009 en Andalucía

In April 2009, in response to the WHO's alert due to the existence of human infection cases with a new AH1N1 influenza virus, known as swine flu, Andalusian Health Authorities trigger an specific action plan. The surveillance actions developped provided us with appropriate clinical, epidemiological and virological characteristics of the disease. During the first few days, contingency plans were set up based on epidemiological surveillance and outbreak control measures were adopted through early alert and rapid response systems. After phase 6 was declared, influenza sentinel and severe cases surveillance were used in order to plan healthcare services, to reduce transmission and to identify and protect the most vulnerable population groups. Behaviour of pandemic influenza in Andalusia was similar to that observed in the rest of the world. Atack rate was similar to a seasonal flu and the peak was reached at the 46th/2009 week. Most of them were mild cases and affected particularly to young people. The average age of hospitalised patients was 32. Prior pulmonary disease, smoking and morbid obesity (BMI>40) were the most common pathologies and risk factors in severe cases. An impact scenario of pandemic wave in Andalusia, with an expected attack rate from 2 to 5%, was prepared considering watt observed in the southern hemisphere. Characteristics of the epidemic concerning its extent, severity and mortality rate were adjusted to this scenario.

Sociodemographic factors and clinical conditions associated to hospitalization in influenza A (H1N1) 2009 virus infected patients in Spain, 2009-2010.

The emergence and pandemic spread of a new strain of influenza A (H1N1) virus in 2009 resulted in a serious alarm in clinical and public health services all over the world. One distinguishing feature of this new influenza pandemic was the different profile of hospitalized patients compared to those from traditional seasonal influenza infections. Our goal was to analyze sociodemographic and clinical factors associated to hospitalization following infection by influenza A(H1N1) virus. We report the results of a Spanish nationwide study with laboratory confirmed infection by the new pandemic virus in a case-control design based on hospitalized patients. The main risk factors for hospitalization of influenza A (H1N1) 2009 were determined to be obesity (BMI≥40, with an odds-ratio [OR] 14.27), hematological neoplasia (OR 10.71), chronic heart disease, COPD (OR 5.16) and neurological disease, among the clinical conditions, whereas low education level and some ethnic backgrounds (Gypsies and Amerinds) were the sociodemographic variables found associated to hospitalization. The presence of any clinical condition of moderate risk almost triples the risk of hospitalization (OR 2.88) and high risk conditions raise this value markedly (OR 6.43). The risk of hospitalization increased proportionally when for two (OR 2.08) or for three or more (OR 4.86) risk factors were simultaneously present in the same patient. These findings should be considered when a new influenza virus appears in the human population.

VaxcineTM: an oil-based adjuvant for influenza vaccines

Vaccination is the method of choice for the prevention of influenza infection. However, the quantity of the antigen available, especially in the case of pandemics, often fails to meet the global demand. However, improved adjuvants can overcome this problem. Preliminary results obtained in this study revealed that one year after a single subcutaneous immunisation with influenza A H3N2 virus in an oil-based carrier, VaxcineTM, outbreed mice produced a high immunoglobulin G response that lasted for up to one year and exhibited less variation in titre compared with the response of the control group treated with alum. The haemagglutination-inhibition titres induced by VaxcineTM were also higher than those generated by alum. These data indicate that VaxcineTM is a good adjuvant candidate for seasonal influenza vaccines.

Oseltamivir-resistant influenza A(H1N1)pdm2009 strains found in Brazil are endowed with permissive mutations, which compensate the loss of fitness imposed by antiviral resistance

The 2009 pandemic influenza A virus outbreak led to the systematic use of the neuraminidase (NA) inhibitor oseltamivir (OST). Consequently, OST-resistant strains, carrying the mutation H275Y, emerged in the years after the pandemics, with a prevalence of 1-2%. Currently, OST-resistant strains have been found in community settings, in untreated individuals. To spread in community settings, H275Y mutants must contain additional mutations, collectively called permissive mutations. We display the permissive mutations in NA of OST-resistant A(H1N1)pdm09 virus found in Brazilian community settings. The NAs from 2013 are phylogenetically distinct from those of 2012, indicating a tendency of positive selection of NAs with better fitness. Some previously predicted permissive mutations, such as V241I and N369K, found in different countries, were also detected in Brazil. Importantly, the change D344N, also predicted to compensate loss of fitness imposed by H275Y mutation, was found in Brazil, but not in other countries in 2013. Our results reinforce the notion that OST-resistant A(H1N1)pdm09 strains with compensatory mutations may arise in an independent fashion, with samples being identified in different states of Brazil and in different countries. Systematic circulation of these viral strains may jeopardise the use of the first line of anti-influenza drugs in the future.