Laboratoriohoitaja- ja sairaanhoitajakoulutuksen antamat valmiudet kliinisen mikrobiologian näytteenottoon

Tutkimuksen tavoitteena on ollut kuvata pian valmistuvien sairaanhoitaja- ja laboratoriohoitajaopiskelijoiden teoreettista työnhallintaa kliinisen mikrobiologian alaan kuuluvien potilasnäytteiden ottamisessa. Tutkimuksessa haluttiin selvittää, miten peruskoulutus ja työelämän harjoittelujaksot ovat vaikuttaneet näytteenottovalmiuksien syntymiseen sekä minkälainen käsitys valmistuvilla hoitajilla on omista mikrobiologisista näytteenottotaidoistaan. Syy tutkimuksen tekemiseen oli tarve arvioida ammatillisen koulutuksen tuloksellisuutta sekä hakea mikrobiologian opetusalueelta tutkimustietoa opetuksen kehittämiseen ja sisältöjen suuntaamiseen. Tutkimukseen osallistui 21 laboratoriohoitajaopiskelijaa ja 27 sairaanhoitajaopiskelijaa. Opiskelijat olivat viimeiseltä lukukaudelta ja valmistuivat keväällä 1998. Tiedonkeruumenetelmänä oli kyselylomake, jonka alkuosa koostui neljästä mikrobiologisesta näytteenottotilanteesta. Opiskelija vastasi toimintatapansa kertoen ja perustellen, miten hän ottaisi näytteet näissä tilanteissa. Vastaukset ryhmiteltiin käyttäen luokitteluun mukaeltua Solo-taksonomiaa. Koulutusta ja opiskelijan käsityksiä kartoittavat kysymykset olivat joko puolistrukturoituja tai avoimia. Laboratoriohoitajaopiskelijoiden tiedollinen työnhallinta sijoittuu tulosten perusteella tyydyttävän ja hyvän välimaastoon. Sairaanhoitajaopiskelijoiden tietotaso oli heikko ja osin hyvin heikko. Laboratoriohoitajaopiskelijat arvioivat koulutuksen antamia mikrobiologisen näytteenoton valmiuksia pääasiassa hyviksi tai tyydyttäviksi; sairaanhoitajaopiskelijat pitivät opetuksesta saamiaan valmiuksia heikkoina. Näytteenoton arvostusta pidettiin kaiken kaikkiaan matalana, ja tietoa laadukkaasta näytteenotosta arvioitiin puuttuvan työelämässä laajasti. Tutkimuksen perusteella näyttää siltä, ettei valmistuvilla sairaanhoitajilla ole tiedollisia ja taidollisia valmiuksia suoriutua edes perusnäytteenotosta niin, että saatu näyte edustaisi laadukkaasti potilaan tilaa näytteenottohetkellä. Näytteenotto on koko laboratoriotyön prosessin kriittisin vaihe. Jos näyte on otettu, säilytetty tai kuljetettu väärin, paraskaan analyysitekniikka ei pysty tuottamaan siitä potilaan hoitoa oikeaan suuntaan ohjaavaa tulosta. Kaikkien laboratorionäytteiden oton siirtäminen laboratoriohoitajille ja runsaan lisäkoulutuksen anto tälle ammattiryhmälle voisi tuottaa parannuksen vallitsevaan tilanteeseen. Avainsanat: ammattitaito, osaaminen, ammatillinen koulutus, kliinisen mikrobiologian näytteenotto, tiedollinen työnhallinta Keywords: occupational skills, competence, vocational education, collecting of specimen in clinical microbiology, conceptual mastery of work

Microbiological characterisation of soils : Evaluation of some critical steps in data collection and experimental design

The study of soil microbiota and their activities is central to the understanding of many ecosystem processes such as decomposition and nutrient cycling. The collection of microbiological data from soils generally involves several sequential steps of sampling, pretreatment and laboratory measurements. The reliability of results is dependent on reliable methods in every step. The aim of this thesis was to critically evaluate some central methods and procedures used in soil microbiological studies in order to increase our understanding of the factors that affect the measurement results and to provide guidance and new approaches for the design of experiments. The thesis focuses on four major themes: 1) soil microbiological heterogeneity and sampling, 2) storage of soil samples, 3) DNA extraction from soil, and 4) quantification of specific microbial groups by the most-probable-number (MPN) procedure. Soil heterogeneity and sampling are discussed as a single theme because knowledge on spatial (horizontal and vertical) and temporal variation is crucial when designing sampling procedures. Comparison of adjacent forest, meadow and cropped field plots showed that land use has a strong impact on the degree of horizontal variation of soil enzyme activities and bacterial community structure. However, regardless of the land use, the variation of microbiological characteristics appeared not to have predictable spatial structure at 0.5-10 m. Temporal and soil depth-related patterns were studied in relation to plant growth in cropped soil. The results showed that most enzyme activities and microbial biomass have a clear decreasing trend in the top 40 cm soil profile and a temporal pattern during the growing season. A new procedure for sampling of soil microbiological characteristics based on stratified sampling and pre-characterisation of samples was developed. A practical example demonstrated the potential of the new procedure to reduce the analysis efforts involved in laborious microbiological measurements without loss of precision. The investigation of storage of soil samples revealed that freezing (-20 °C) of small sample aliquots retains the activity of hydrolytic enzymes and the structure of the bacterial community in different soil matrices relatively well whereas air-drying cannot be recommended as a storage method for soil microbiological properties due to large reductions in activity. Freezing below -70 °C was the preferred method of storage for samples with high organic matter content. Comparison of different direct DNA extraction methods showed that the cell lysis treatment has a strong impact on the molecular size of DNA obtained and on the bacterial community structure detected. An improved MPN method for the enumeration of soil naphthalene degraders was introduced as an alternative to more complex MPN protocols or the DNA-based quantification approach. The main advantage of the new method is the simple protocol and the possibility to analyse a large number of samples and replicates simultaneously.

Influence of sampling frequency on the estimates of runoff water quality

Tiivistelmä: Havaintotiheyden vaikutus valumavesien laatuarvioihin

Jäätikön pinnanalaisten järvien hydrogeokemiallinen tutkimus läntisellä Kuningatar Maudin maalla, Etelämantereella

Tutkielma tarkastelee itäisellä Etelämantereella, läntisellä Kuningatar Maudin Maalla olevien jäätikön pinnanalaisten järvien (frozen lake) veden hydrogeokemiallisia ominaisuuksia. Keskeisin tutkimusalue on Vestfjellavuoristoketjun (73 74 °S, 13 16 °W) pohjoisimman vuoren, Basenin läheisyydessä sijaitseva jäätikön pinnanalainen järvi (Basen-järvi). Vertailevia tutkimuksia tehtiin lisäksi Plogenin ja Fossilryggenin nunatakkien läheisyydessä sekä Heimefrontfjellan vuoristoalueella. Tutkielma on Suomen Akatemian rahoittama grant # 54087 -hanke, ja siinä yhdistyvät Suomen tutkimusaseman, Aboan lähellä tehty geologinen, hydrogeologinen sekä glasiologinen tutkimus. Tutkimuksessa selvitetään Basenin jäätikön pinnanalaisen järven kemiallinen koostumus ja sen paikallinen ja ajallinen vaihtelu. Kemiallisen koostumuksen perusteella selvitetään myös ionien lähteet. Näytteenotto suoritettiin FINNARP 2003/04 Etelämanner-tutkimusretkellä. Basen -järveltä ja sen vieressä sijaitsevalta Basen -vuorelta kerättiin vesi-, suola-, kivi- ja moreeninäytteitä. Suola-, kivi- ja moreeninäytteillä selvitetään näytteissä silmillä havaittavan mineraalisaostuman koostumus. Kiinteän faasin kasvihuoneilmiö luo otolliset mahdollisuudet Basenin jäätikön pinnanalaisen järven synnylle ja kehitykselle. Basen -järven veden kemiallinen koostumus vaihtelee alueellisesti ja ajallisesti ja se on syntynyt kolmen komponentin yhteisvaikutuksesta: purovesien, nunatakilta sulavien lumien sekä sulaneen jään yhteisvaikutuksesta. Suurin vaikutus Basenin järven kemialliseen koostumukseen on kuitenkin Basenin rinteiltä virtaavilla purovesillä. Korkeimmat ionipitoisuudet havaittiin nunatakin reunan läheisyydessä. Basenin järven veden ionit ovat enimmäkseen ei-meriperäisiä. Runsain ioni on kalsium, jonka suurin lähde on jurakautisessa basaltissa esiintyvä mantelikarbonaatti. Basenin -järven vaiheista eteläisen talven aikana ei ole tietoa ja se, mitä talven aikana tapahtuu ja mikä saa veteen liuenneiden komponenttien pitoisuuden alenemaan, on vielä selvittämättä ja säilyy mahdollisena aiheena tulevaisuuden tutkimuksille.