The METAFOR project: preserving data through metadata standards for climate models and simulations

Climate modeling is a complex process, requiring accurate and complete metadata in order to identify, assess and use climate data stored in digital repositories. The preservation of such data is increasingly important given the development of ever-increasingly complex models to predict the effects of global climate change. The EU METAFOR project has developed a Common Information Model (CIM) to describe climate data and the models and modelling environments that produce this data. There is a wide degree of variability between different climate models and modelling groups. To accommodate this, the CIM has been designed to be highly generic and flexible, with extensibility built in. METAFOR describes the climate modelling process simply as "an activity undertaken using software on computers to produce data." This process has been described as separate UML packages (and, ultimately, XML schemas). This fairly generic structure canbe paired with more specific "controlled vocabularies" in order to restrict the range of valid CIM instances. The CIM will aid digital preservation of climate models as it will provide an accepted standard structure for the model metadata. Tools to write and manage CIM instances, and to allow convenient and powerful searches of CIM databases,. Are also under development. Community buy-in of the CIM has been achieved through a continual process of consultation with the climate modelling community, and through the METAFOR team’s development of a questionnaire that will be used to collect the metadata for the Intergovernmental Panel on Climate Change’s (IPCC) Coupled Model Intercomparison Project Phase 5 (CMIP5) model runs.

Describing Earth system simulations with the Metafor CIM

The Metafor project has developed a common information model (CIM) using the ISO19100 series for- malism to describe numerical experiments carried out by the Earth system modelling community, the models they use, and the simulations that result. Here we describe the mechanism by which the CIM was developed, and its key properties. We introduce the conceptual and application ver- sions and the controlled vocabularies developed in the con- text of supporting the fifth Coupled Model Intercomparison Project (CMIP5). We describe how the CIM has been used in experiments to describe model coupling properties and de- scribe the near term expected evolution of the CIM.

Ecosystem Engineering Effects On Species Diversity Across Ecosystems: A Meta-analysis.

Ecosystem engineering is increasingly recognized as a relevant ecological driver of diversity and community composition. Although engineering impacts on the biota can vary from negative to positive, and from trivial to enormous, patterns and causes of variation in the magnitude of engineering effects across ecosystems and engineer types remain largely unknown. To elucidate the above patterns, we conducted a meta-analysis of 122 studies which explored effects of animal ecosystem engineers on species richness of other organisms in the community. The analysis revealed that the overall effect of ecosystem engineers on diversity is positive and corresponds to a 25% increase in species richness, indicating that ecosystem engineering is a facilitative process globally. Engineering effects were stronger in the tropics than at higher latitudes, likely because new or modified habitats provided by engineers in the tropics may help minimize competition and predation pressures on resident species. Within aquatic environments, engineering impacts were stronger in marine ecosystems (rocky shores) than in streams. In terrestrial ecosystems, engineers displayed stronger positive effects in arid environments (e.g. deserts). Ecosystem engineers that create new habitats or microhabitats had stronger effects than those that modify habitats or cause bioturbation. Invertebrate engineers and those with lower engineering persistence (<1 year) affected species richness more than vertebrate engineers which persisted for >1 year. Invertebrate species richness was particularly responsive to engineering impacts. This study is the first attempt to build an integrative framework of engineering effects on species diversity; it highlights the importance of considering latitude, habitat, engineering functional group, taxon and persistence of their effects in future theoretical and empirical studies.

Prevalencia de enfermedad celiaca en Latinoamérica: revisión sistemática de la literatura y meta-análisis

Introducción: La enfermedad celiaca (EC) es una enfermedad autoinmune (EA) intestinal desencadenada por la ingesta de gluten. Por la falta de información de la presencia de EC en Latinoamérica (LA), nosotros investigamos la prevalencia de la enfermedad en esta región utilizando una revisión sistemática de la literatura y un meta-análisis. Métodos y resultados: Este trabajo fue realizado en dos fases: La primera, fue un estudio de corte transversal de 300 individuos Colombianos. La segunda, fue una revisión sistemática y una meta-regresión siguiendo las guías PRSIMA. Nuestros resultados ponen de manifiesto una falta de anti-transglutaminasa tisular (tTG) e IgA anti-endomisio (EMA) en la población Colombiana. En la revisión sistemática, 72 artículos cumplían con los criterios de selección, la prevalencia estimada de EC en LA fue de 0,46% a 0,64%, mientras que la prevalencia en familiares de primer grado fue de 5,5 a 5,6%, y en los pacientes con diabetes mellitus tipo 1 fue de 4,6% a 8,7% Conclusión: Nuestro estudio muestra que la prevalencia de EC en pacientes sanos de LA es similar a la notificada en la población europea.

Tratamiento de Artritis reumatoide con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa y su asociación con el desarrollo de melanoma cutáneo: revisión sistemática de la literatura y meta-análisis.

Introducción: El tratamiento con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa (anti TNF) ha impactado el pronóstico y la calidad de vida de los pacientes con artritis reumatoide (AR) positivamente, sin embargo, se interroga un incremento en el riesgo de desarrollar melanoma. Objetivo: Conocer la asociación entre el uso de anti TNF y el desarrollo de melanoma maligno en pacientes con AR. Metodología: Se realizó una búsqueda sistemática en MEDLINE, EMBASE, COCHRANE LIBRARY y LILACS para ensayos clínicos, estudios observacionales, revisiones y meta-análisis en pacientes adultos con diagnóstico de AR y manejo con anti TNF (Certolizumab pegol, Adalimumab, Etanercept, Infliximab y Golimumab). Resultados: 37 estudios clínicos cumplieron los criterios de inclusión para el meta-análisis, con una población de 16567 pacientes. El análisis de heterogeneidad no fue significativo (p=1), no se encontró diferencia en el riesgo entre los grupos comparados DR -0.00 (IC 95% -0.001; -0.001). Un análisis adicional de los estudios en los que se reportó al menos 1 caso de melanoma (4222 pacientes) tampoco mostró diferencia en el riesgo DR -0.00 (IC 95% -0.004 ; -0.003). Conclusión: En la evidencia disponible a la fecha no encontramos asociación significativa entre el tratamiento con anti TNF en pacientes con diagnóstico de AR y el desarrollo de melanoma cutáneo.

Development and exploitation of a controlled vocabulary in support of climate modelling

There are three key components for developing a metadata system: a container structure laying out the key semantic issues of interest and their relationships; an extensible controlled vocabulary providing possible content; and tools to create and manipulate that content. While metadata systems must allow users to enter their own information, the use of a controlled vocabulary both imposes consistency of definition and ensures comparability of the objects described. Here we describe the controlled vocabulary (CV) and metadata creation tool built by the METAFOR project for use in the context of describing the climate models, simulations and experiments of the fifth Coupled Model Intercomparison Project (CMIP5). The CV and resulting tool chain introduced here is designed for extensibility and reuse and should find applicability in many more projects.

”Slutligen kommer skogens ogräs till heders” : - En ekokritisk analys av Vilhelm Mobergs Din stund på jorden

Den har uppsatsen ar en ekokritisk analys av Din stund på jorden med inriktning på att åskådliggöra retoriska grepp. Syftet ar att undersöka hur manniskan förhåller sig till naturen i boken samt ringa in uttryck, bilder och metaforer som skulle kunna inspirera lasaren till ett stallningstagande för miljömedvetenhet och hållbar utveckling. Med narlasning och kvalitativ textanalys som metod tolkas texten och de bilder som målas upp ur ett ekokritiskt perspektiv vars retoriska grepp sedan analyseras och diskuteras. Analysen visar att romanen innehåller ekokritiskt intressanta troper och teman samt att naturen och naturens krafter spelar en vasentlig roll i karaktarernas liv. Relationen mellan manniska, djur och natur återfinns i metaforer och uttryck som leder lasaren i en riktning mot ett ansvarstagande och respektfullt förhållande till naturen.

Modelamento paramétrico e geração de malha em superfícies para aplicações em engenharia

Este trabalho apresenta um conjunto de técnicas para a modelagem paramétrica e geração de malhas de superfícies para uso em sistemas de análise e simulações numéricas pelo Método dos Elementos Finitos. Foram desenvolvidos algoritmos para a geração paramétrica de superfícies, para a determinação das curvas de interseções entre superfícies e para a geração de malhas em superfícies curvas e recortadas. Foram implementas linhas e curvas paramétricas básicas, a partir das quais são geradas superfícies paramétricas de vários tipos que proporcionam uma grande flexibilidade de modelamento geométrico. Curvas e superfícies são geradas e manipuladas de forma interativa. São apresentadas técnicas que simplificam a implementação de linhas e superfícies paramétricas. Foi desenvolvido um algoritmo para determinar as curvas de interseção entre superfícies paramétricas, que são utilizadas como linhas de recorte (trimming lines) para obter geometrias complexas e compostas de várias superfícies. O algoritmo desenvolvido emprega técnicas de subdivisão adaptativa, por quadtrees, em função da curvatura local das superfícies. Primeiramente, obtém-se uma aproximação das curvas de interseção no espaço 3D, através da aproximação por triângulos. Os resultados iniciais são refinados e projetados sobre as duas superfícies envolvidas com algoritmos que permitem obter grande precisão. As curvas de interseção finais são mapeadas nos espaços paramétricos das duas superfícies, porém com uma parametrização única, o que facilita a junção com superfícies adjacentes Um algoritmo de geração de malha foi desenvolvido para gerar malhas triangulares de qualidade sobre as superfícies curvas e recortadas. O algoritmo utiliza um processo de subdivisão adaptativa por quadtrees, similar ao utilizado no algoritmo de interseção, para definir tamanhos de elementos em função da curvatura local. Em seguida, aplica-se um algoritmo tipo advancing front para gerar a malha sobre a superfície. Os algoritmos foram implementados e testados em um ambiente gráfico interativo especialmente desenvolvido para este trabalho. São apresentados vários exemplos que comprovam a eficiência das técnicas e algoritmos propostos, incluindo exemplos de matrizes de conformação mecânica para uso com código de análise METAFOR, análise de sensibilidade para otimização de pré-formas e de modelagem de superfícies compostas recortadas com geração de malhas de qualidade, para uso em análise por Elementos Finitos ou como contorno para geração de elementos tridimensionais.

O modelo de Gurson para dano dúctil : estratégia computacional e aplicações

Este trabalho trata do emprego do modelo de dano dúctil de Gurson e de alguns aspectos relativos a sua implementação computacional. Emprega-se como ponto de partida o programa Metafor, código de elementos finitos voltado para a simulação de problemas de conformação mecânica, contemplando portanto grandes deformações plásticas. Estudam-se alguns casos simples procurando identificar a influência de cada parâmetro do modelo de Gurson na resposta. É discutida a aplicação dos modelos de nucleação de vazios usualmente empregados em conjunto com a superfície de escoamento de Gurson em situações onde há reversão de solicitação. São propostas alterações nos modelos usuais de nucleação de forma a minorar resultados incoerentes verificados. Apresenta-se um algoritmo alternativo ao método de Newton-Raphson para a solução do sistema de equações associado à forma fraca das equações de equilíbrio, em situações onde a rigidez fica muito pequena. Tal algoritmo é implementado e testado. Um algoritmo de integração de tensões é apresentado e implementado, mostrando-se sua vantagem do ponto de vista de robustez, ou seja, obtenção da resposta correta a despeito do tamanho de incremento empregado. Também é discutido um procedimento para desconsiderar elementos que apresentem ruptura local Estudam-se problemas envolvendo geração de calor por deformação plástica em conjunto com a formulação do modelo de Gurson, mostrando que a consideração de acoplamento termo-mecânico com dano traz vantagens em algumas simulações. É discutida a implementação do modelo de Gurson sobre a versão tridimensional do Metafor, que contempla a formulação lagrangiana-euleriana arbitrária (LEA). Ao final, é feita uma simulação inicial do comportamento de espumas metálicas.

Performance of protective factors assessment in risk prediction for adults: systematic review and meta-analysis

Protective factors are neglected in risk assessment in adult psychiatric and criminal justice populations. This review investigated the predictive efficacy of selected tools that assess protective factors. Five databases were searched using comprehensive terms for records up to June 2014, resulting in 17 studies (n = 2,198). Results were combined in a multilevel meta-analysis using the R (R Core Team, R: A Language and Environment for Statistical Computing, Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing, 2015) metafor package (Viechtbauer, Journal of Statistical Software, 2010, 36, 1). Prediction of outcomes was poor relative to a reference category of violent offending, with the exception of prediction of discharge from secure units. There were no significant differences between the predictive efficacy of risk scales, protective scales, and summary judgments. Protective factor assessment may be clinically useful, but more development is required. Claims that use of these tools is therapeutically beneficial require testing.

Poetyckie dialogi Czesława Miłosza i Tadeusza Różewicza

Wydział Filologii Polskiej i Klasycznej