The METAFOR project: preserving data through metadata standards for climate models and simulations

Climate modeling is a complex process, requiring accurate and complete metadata in order to identify, assess and use climate data stored in digital repositories. The preservation of such data is increasingly important given the development of ever-increasingly complex models to predict the effects of global climate change. The EU METAFOR project has developed a Common Information Model (CIM) to describe climate data and the models and modelling environments that produce this data. There is a wide degree of variability between different climate models and modelling groups. To accommodate this, the CIM has been designed to be highly generic and flexible, with extensibility built in. METAFOR describes the climate modelling process simply as "an activity undertaken using software on computers to produce data." This process has been described as separate UML packages (and, ultimately, XML schemas). This fairly generic structure canbe paired with more specific "controlled vocabularies" in order to restrict the range of valid CIM instances. The CIM will aid digital preservation of climate models as it will provide an accepted standard structure for the model metadata. Tools to write and manage CIM instances, and to allow convenient and powerful searches of CIM databases,. Are also under development. Community buy-in of the CIM has been achieved through a continual process of consultation with the climate modelling community, and through the METAFOR team’s development of a questionnaire that will be used to collect the metadata for the Intergovernmental Panel on Climate Change’s (IPCC) Coupled Model Intercomparison Project Phase 5 (CMIP5) model runs.

Describing Earth system simulations with the Metafor CIM

The Metafor project has developed a common information model (CIM) using the ISO19100 series for- malism to describe numerical experiments carried out by the Earth system modelling community, the models they use, and the simulations that result. Here we describe the mechanism by which the CIM was developed, and its key properties. We introduce the conceptual and application ver- sions and the controlled vocabularies developed in the con- text of supporting the fifth Coupled Model Intercomparison Project (CMIP5). We describe how the CIM has been used in experiments to describe model coupling properties and de- scribe the near term expected evolution of the CIM.

"Det utspridda kärret; överallt och växande form" : Eva Wichmans novell "Kärret" som en prosamodernistisk berättelse om kvinnligt skapande

I min avhandling diskuterar jag om och hur man kan läsa Eva Wichmans novell "Kärret" (ur Molnet såg mig, 1942) som en prosamodernistisk berättelse om ett kvinnligt subjekt, och om kvinnligtskapande. Jag vill mot en prosamodernistisk bakgrund visa min tolkning med en stilistisk och entematisk analys. I min inledning markerar jag att forskare har haft svårt att avgöra vad Eva Wichman egentligen vill säga med "Kärret". De flesta definierar "Kärret" som en fabel, en moralisk berättelse. I min tolkning betonar jag att novellen kan läsas som en prosamodernistisk fabel om det kvinnliga skapandet. Eva Wichman har i många av sina verk beskrivit en kvinnlig konstnärs svårigheter i massamhället och den manliga världen. Jag anser därför att denna tolkning inte är långsökt då det gäller en naturallegori som "Kärret". Jag redovisar kort för bakgrunden till prosamodernismen; definierar stilistiska grundbegrepp i lyrikoch prosa samt diskuterar med hjälp av Peter Luthersson och Gunilla Domellöf hur den modernistiska individualiteten konstituerar sig i förhållande till samhället ochmoderniseringsprocessen. Jag tar fasta på den kvinnliga författarens skapandeprocess och poängterar, med hjälp av bl.a. Dominique Head och Domellöf, att det kvinnliga skapandet ofta är svårt att erhålla i ett traditionellt manligt samhälle. Head, Domellöf och Rachel Blau DuPlessis menar att det modernistiska skapandet hos kvinnor i stor grad sker med hjälp av stilistiska brott och luckor. I synnerhet förhållandet mellan metafor och metonymi utgör en viktig metod för den kvinnliga modernisten. I mitt tredje kapitel analyserar jag "Kärret" stilistiskt. Modernismen i "Kärret" går ut sammanställa motsatser och sinnesanalogier. Jag tar upp det lyriska och metaforiska i "Kärret"; upprepningar,parallellismer, rytm och dynamik, samt förhållandet mellan metaforer och metonymier utgående från en artikel av David Lodge. Jag demonstrerar i stilanalysen hur Eva Wichman bygger upp ett cykliskt mytiskt berättande. Detta cirkelberättande kan, enligt Domellöf, ses som en kvinnlig utmaning mot det traditionella manliga berättandet. Förhållandet mellan metaforer och metonymier spelar en stor roll också i min tematiska analys. Jag läser kärret i novellen som en symbol för ett kvinnlig subjekt. Kärret är uppbyggt av motsatser. Dessamotsatser kan ses som metaforer i min tolkning av kärret som kvinnligt subjekt. Motsatsparen yta/djup läser jag som den medvetna respektive undermedvetna nivån i det kvinnliga subjektet. Djupet, den undermedvetna nivån, analyserar jag delvis med hjälp av Julia Kristevas begrepp abjektet. Metaforerna spegel/öga ser jag som subjekt/objekt och manligt/kvinnligt i förhållande till det kvinnliga subjektet. Med hjälp av abjektet, omnipotens/känslighet, rörelse/statis samt liv/död visar jag hur Eva Wichman beskriver det konstnärliga skapandet, och den konstnärliga alieneringen i kontrast till det förtryckandet massamhället. Här baserar jag mig på Lutherssons resonemang om den modernistiska individualiteten. På så sätt drar jag slutsatsen att kärret som kvinnligt subjekt kan läsas som ett kvinnligt författarjag. "Kärret" är en berättelse om kvinnlig skaparkraft, om ett kvinnligt subjekt som skapar och verkar isamhället. Eva Wichman gestaltar det kvinnliga berättandet både tematiskt och språkligt. Därför är "Kärret" enligt mig inte en pessimistisk berättelse om ett "säkert nederlag" som många påstår, utan en storslagen fabel om ett modernistiskt subjekt i process. Nyckelord: Eva Wichman, Molnet såg mig, prosamodernism, kvinnligt subjekt, abjekt, metafor, metonymi

The influence of OLR1 and PCSK9 gene polymorphisms on ischemic stroke: Evidence from a meta-analysis

It has been reported that both OLR1 and PCSK9 genes are related to various vascular diseases such as atherosclerosis, cardiovascular disease, peripheral artery disease and stroke, in particular ischemic stroke. The prevalence of PCSK9 rs505151 and OLR1 rs11053646 variants in ischemic stroke were 0.005 and 0.116, respectively. However, to date, association between OLR1 rs11053646 and PCSK9 rs505151 polymorphisms and the risk of ischemic stroke remains unclear and inconclusive. Therefore, this first meta-analysis was carried out to clarify the presumed influence of genetic polymorphisms on ischemic stroke, by analyzing the complete coverage of all relevant studies. All eligible case-control and cohort studies that met the search term were retrieved in multiple scientific databases. Data of interest such as demographic data and genotyping methods were extracted from each study, and the meta-analysis was performed using RevMan 5.3 and Metafor R 3.2.1. The pooled odd ratios (ORs) and 95% confidence intervals (CIs) were calculated using both fixed- and random-effect models. A total of seven case-control studies encompassing 1897 ischemic stroke cases and 2119 healthy controls were critically evaluated. Pooled results from the genetic models indicated that OLR1 rs11053646 dominant (OR=1.33. 95%CI:1.11-1.58) and co-dominant models (OR=1.24, 95%CI:1.02-1.51) were significantly associated with ischemic stroke. For PCSK9 rs505151 polymorphism, the OR of co-dominant model (OR=1.36, 95%CI:1.01-1.58) was found to be higher among ischemic stroke patients. In conclusion, the current meta-analysis highlighted that variant allele of OLR1 rs11053646 G>C and PCSK9 rs505151 A>G may contribute to the susceptibility risk of ischemic stroke.

När finanskrisen slog till i Finland

Avhandlingen kartlägger användandet av metaforer i ekonomijournalistik då den globala ekonomikrisen anlände till Finland under hösten 2008. Syftet med den här kvalitativa forskningen är inte bara att presentera olika metaforer utan också påvisa att metaforer bildar större helheter. Med hjälp av en metaforanalys redogör denna studie vilka metaforer förekom i ekonominyheter och hur de reflekterar ekonomikrisen och den verklighet vi lever i. Forskningen presenterar också deltagarna i ekonomikrisdiskussionen och diskuterar deras position i samhället i förhållande till maktfrågan. Den tredelning av metaforer som Lakoff och Johnson presenterar i sin bok Metaphors we live by (1980) ligger till grund för den här undersökningen. I den här forskningen delas metaforer enligt den kognitiva metaforteorin till tre större grupper; strukturella, ontologiska och orientationella metaforer. Användning av metaforer i undersökta artiklar var rikligt och den största gruppen utgjordes av strukturella metaforer. Mest förekom krigs-, spel-, sjukdoms- och naturmetaforer. Den största gruppen var krigsmetaforer vilka tillsammans med spelmetaforer användes mest i början av rapporteringen om den ekonomiska recessionen. Färg- och religionsmetaforer förekom också om än i ett mindre antal. Ontologiska metaforer förekom i form av personifiering. Bland annat var marknad och börs de fenomen som fick personliga drag då de var i panik, reagerade föll eller sov. Av de orientationella metaforer var horisontella upp-ner -metaforer vanligare än de vertikala fram-bak -metaforerna. Denna studie visar att de metaforer som journalisterna använde i sina artiklar bildade större helheter. Med hjälp av dessa metaforer ville man förtydliga att den ekonomiska recessionen ansågs vara en överraskning, speciellt för makthavare och ekonomiexperter. Krisen slog till i Finland överraskande och med en mycket stark volym och osäkerheten om framtiden förstärktes med metaforanvändandet. Avhandlingen har också ett samhälleligt perspektiv. I den undersöks deltagarna i ekonomikrisdiskussionen samt deras position i samhället. Forskningsresultatet är relaterat till maktfrågan med stöd av maktforskarna Michel Foucault och Ilkka Ruostetsaari. I dagens samhälle och globala värld har ekonomins makt bara ökat. Analysen av det empiriska materialet visar att näringslivet dominerade debatten och därmed hör det till makteliten. Alla diskussionsdeltagare använder metaforer, dock används de kraftigaste metaforerna av journalister.

Prevalencia de enfermedad celiaca en Latinoamérica: revisión sistemática de la literatura y meta-análisis

Introducción: La enfermedad celiaca (EC) es una enfermedad autoinmune (EA) intestinal desencadenada por la ingesta de gluten. Por la falta de información de la presencia de EC en Latinoamérica (LA), nosotros investigamos la prevalencia de la enfermedad en esta región utilizando una revisión sistemática de la literatura y un meta-análisis. Métodos y resultados: Este trabajo fue realizado en dos fases: La primera, fue un estudio de corte transversal de 300 individuos Colombianos. La segunda, fue una revisión sistemática y una meta-regresión siguiendo las guías PRSIMA. Nuestros resultados ponen de manifiesto una falta de anti-transglutaminasa tisular (tTG) e IgA anti-endomisio (EMA) en la población Colombiana. En la revisión sistemática, 72 artículos cumplían con los criterios de selección, la prevalencia estimada de EC en LA fue de 0,46% a 0,64%, mientras que la prevalencia en familiares de primer grado fue de 5,5 a 5,6%, y en los pacientes con diabetes mellitus tipo 1 fue de 4,6% a 8,7% Conclusión: Nuestro estudio muestra que la prevalencia de EC en pacientes sanos de LA es similar a la notificada en la población europea.

Tratamiento de Artritis reumatoide con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa y su asociación con el desarrollo de melanoma cutáneo: revisión sistemática de la literatura y meta-análisis.

Introducción: El tratamiento con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa (anti TNF) ha impactado el pronóstico y la calidad de vida de los pacientes con artritis reumatoide (AR) positivamente, sin embargo, se interroga un incremento en el riesgo de desarrollar melanoma. Objetivo: Conocer la asociación entre el uso de anti TNF y el desarrollo de melanoma maligno en pacientes con AR. Metodología: Se realizó una búsqueda sistemática en MEDLINE, EMBASE, COCHRANE LIBRARY y LILACS para ensayos clínicos, estudios observacionales, revisiones y meta-análisis en pacientes adultos con diagnóstico de AR y manejo con anti TNF (Certolizumab pegol, Adalimumab, Etanercept, Infliximab y Golimumab). Resultados: 37 estudios clínicos cumplieron los criterios de inclusión para el meta-análisis, con una población de 16567 pacientes. El análisis de heterogeneidad no fue significativo (p=1), no se encontró diferencia en el riesgo entre los grupos comparados DR -0.00 (IC 95% -0.001; -0.001). Un análisis adicional de los estudios en los que se reportó al menos 1 caso de melanoma (4222 pacientes) tampoco mostró diferencia en el riesgo DR -0.00 (IC 95% -0.004 ; -0.003). Conclusión: En la evidencia disponible a la fecha no encontramos asociación significativa entre el tratamiento con anti TNF en pacientes con diagnóstico de AR y el desarrollo de melanoma cutáneo.

Development and exploitation of a controlled vocabulary in support of climate modelling

There are three key components for developing a metadata system: a container structure laying out the key semantic issues of interest and their relationships; an extensible controlled vocabulary providing possible content; and tools to create and manipulate that content. While metadata systems must allow users to enter their own information, the use of a controlled vocabulary both imposes consistency of definition and ensures comparability of the objects described. Here we describe the controlled vocabulary (CV) and metadata creation tool built by the METAFOR project for use in the context of describing the climate models, simulations and experiments of the fifth Coupled Model Intercomparison Project (CMIP5). The CV and resulting tool chain introduced here is designed for extensibility and reuse and should find applicability in many more projects.

”Slutligen kommer skogens ogräs till heders” : - En ekokritisk analys av Vilhelm Mobergs Din stund på jorden

Den har uppsatsen ar en ekokritisk analys av Din stund på jorden med inriktning på att åskådliggöra retoriska grepp. Syftet ar att undersöka hur manniskan förhåller sig till naturen i boken samt ringa in uttryck, bilder och metaforer som skulle kunna inspirera lasaren till ett stallningstagande för miljömedvetenhet och hållbar utveckling. Med narlasning och kvalitativ textanalys som metod tolkas texten och de bilder som målas upp ur ett ekokritiskt perspektiv vars retoriska grepp sedan analyseras och diskuteras. Analysen visar att romanen innehåller ekokritiskt intressanta troper och teman samt att naturen och naturens krafter spelar en vasentlig roll i karaktarernas liv. Relationen mellan manniska, djur och natur återfinns i metaforer och uttryck som leder lasaren i en riktning mot ett ansvarstagande och respektfullt förhållande till naturen.

Modelamento paramétrico e geração de malha em superfícies para aplicações em engenharia

Este trabalho apresenta um conjunto de técnicas para a modelagem paramétrica e geração de malhas de superfícies para uso em sistemas de análise e simulações numéricas pelo Método dos Elementos Finitos. Foram desenvolvidos algoritmos para a geração paramétrica de superfícies, para a determinação das curvas de interseções entre superfícies e para a geração de malhas em superfícies curvas e recortadas. Foram implementas linhas e curvas paramétricas básicas, a partir das quais são geradas superfícies paramétricas de vários tipos que proporcionam uma grande flexibilidade de modelamento geométrico. Curvas e superfícies são geradas e manipuladas de forma interativa. São apresentadas técnicas que simplificam a implementação de linhas e superfícies paramétricas. Foi desenvolvido um algoritmo para determinar as curvas de interseção entre superfícies paramétricas, que são utilizadas como linhas de recorte (trimming lines) para obter geometrias complexas e compostas de várias superfícies. O algoritmo desenvolvido emprega técnicas de subdivisão adaptativa, por quadtrees, em função da curvatura local das superfícies. Primeiramente, obtém-se uma aproximação das curvas de interseção no espaço 3D, através da aproximação por triângulos. Os resultados iniciais são refinados e projetados sobre as duas superfícies envolvidas com algoritmos que permitem obter grande precisão. As curvas de interseção finais são mapeadas nos espaços paramétricos das duas superfícies, porém com uma parametrização única, o que facilita a junção com superfícies adjacentes Um algoritmo de geração de malha foi desenvolvido para gerar malhas triangulares de qualidade sobre as superfícies curvas e recortadas. O algoritmo utiliza um processo de subdivisão adaptativa por quadtrees, similar ao utilizado no algoritmo de interseção, para definir tamanhos de elementos em função da curvatura local. Em seguida, aplica-se um algoritmo tipo advancing front para gerar a malha sobre a superfície. Os algoritmos foram implementados e testados em um ambiente gráfico interativo especialmente desenvolvido para este trabalho. São apresentados vários exemplos que comprovam a eficiência das técnicas e algoritmos propostos, incluindo exemplos de matrizes de conformação mecânica para uso com código de análise METAFOR, análise de sensibilidade para otimização de pré-formas e de modelagem de superfícies compostas recortadas com geração de malhas de qualidade, para uso em análise por Elementos Finitos ou como contorno para geração de elementos tridimensionais.

O modelo de Gurson para dano dúctil : estratégia computacional e aplicações

Este trabalho trata do emprego do modelo de dano dúctil de Gurson e de alguns aspectos relativos a sua implementação computacional. Emprega-se como ponto de partida o programa Metafor, código de elementos finitos voltado para a simulação de problemas de conformação mecânica, contemplando portanto grandes deformações plásticas. Estudam-se alguns casos simples procurando identificar a influência de cada parâmetro do modelo de Gurson na resposta. É discutida a aplicação dos modelos de nucleação de vazios usualmente empregados em conjunto com a superfície de escoamento de Gurson em situações onde há reversão de solicitação. São propostas alterações nos modelos usuais de nucleação de forma a minorar resultados incoerentes verificados. Apresenta-se um algoritmo alternativo ao método de Newton-Raphson para a solução do sistema de equações associado à forma fraca das equações de equilíbrio, em situações onde a rigidez fica muito pequena. Tal algoritmo é implementado e testado. Um algoritmo de integração de tensões é apresentado e implementado, mostrando-se sua vantagem do ponto de vista de robustez, ou seja, obtenção da resposta correta a despeito do tamanho de incremento empregado. Também é discutido um procedimento para desconsiderar elementos que apresentem ruptura local Estudam-se problemas envolvendo geração de calor por deformação plástica em conjunto com a formulação do modelo de Gurson, mostrando que a consideração de acoplamento termo-mecânico com dano traz vantagens em algumas simulações. É discutida a implementação do modelo de Gurson sobre a versão tridimensional do Metafor, que contempla a formulação lagrangiana-euleriana arbitrária (LEA). Ao final, é feita uma simulação inicial do comportamento de espumas metálicas.

Performance of protective factors assessment in risk prediction for adults: systematic review and meta-analysis

Protective factors are neglected in risk assessment in adult psychiatric and criminal justice populations. This review investigated the predictive efficacy of selected tools that assess protective factors. Five databases were searched using comprehensive terms for records up to June 2014, resulting in 17 studies (n = 2,198). Results were combined in a multilevel meta-analysis using the R (R Core Team, R: A Language and Environment for Statistical Computing, Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing, 2015) metafor package (Viechtbauer, Journal of Statistical Software, 2010, 36, 1). Prediction of outcomes was poor relative to a reference category of violent offending, with the exception of prediction of discharge from secure units. There were no significant differences between the predictive efficacy of risk scales, protective scales, and summary judgments. Protective factor assessment may be clinically useful, but more development is required. Claims that use of these tools is therapeutically beneficial require testing.

Poetyckie dialogi Czesława Miłosza i Tadeusza Różewicza

Wydział Filologii Polskiej i Klasycznej