Extensión y uso de KML para la anotación, georreferenciación y distribución de recursos de tipo MIME

En el actual contexto de la Web 2.0 y de la futura Web Geográfica o simplemente GeoWeb la información georreferenciada cobra cada día más importancia. Desde hace años distintas técnicas han sido desarrolladas para dar solución al problema de la georreferenciación de recursos de distinta índole. Sin embargo ninguna de estas técnicas está exenta de problemas y restricciones. En este estudio presentamos una nueva aproximación que intenta facilitar la georreferenciación y distribución de recursos de tipos contemplados como Multipurpose Internet Mail Extensions (MIME). El elemento básico para la anotación, georreferenciación y también representación del recurso es el Keyhole Markup Language (KML). Este lenguaje permite la anotación y visualización de elementos, así como su extensión para aumentar su funcionalidad. Esta última propiedad se ha utilizado en nuestra aproximación para crear nuevos elementos que permitan la anotación de cualquier tipo de recurso MIME sobre KML obteniendo así la extensión KML MIMEXT. Esta extensión permite describir y georreferenciar tipos de recursos no habituales en el entorno SIG. La encapsulación del propio recurso junto con sus metadatos (incluyendo la georreferenciación) y otros recursos relacionados se realiza mediante la compresión de todos ellos en un único archivo KMZ facilitando así su distribución y mantenimiento. De forma similar a la interpretación de etiquetas HTML5 como video por los navegadores Web, el uso de la extensión MIMEXT podría ser implementado por visores basados en globos virtuales para visualizar o reproducir nuevos tipos de recursos. Para ejemplificar dicho comportamiento se ha implementado un prototipo de aplicación Java basado en el SDK World Wind Java

Coastal Question KML

Resources created at the University of Southampton for the module Remote Sensing for Earth Observation

Novel prognostic factors in chronic myeloid leukemia

Chronic myeloid leukemia (CML) is a malignant clonal blood disease that originates from a pluripotent hematopoietic stem cell. The cytogenetic hallmark of CML, the Philadelphia chromosome (Ph), is formed as a result of reciprocal translocation between chromosomes 9 and 22, which leads to a formation of a chimeric BCR-ABL fusion gene. The BCR-ABL protein is a constitutively active tyrosine kinase that changes the adhesion properties of cells, constitutively activates mitogenic signaling, enhances cell proliferation and reduces apoptosis. This results in leukemic growth and the clinical disease, CML. With the advent of targeted therapies against the BCR-ABL fusion protein, the treatment of CML has changed considerably during the recent decade. In this thesis, the clinical significance of different diagnostic methods and new prognostic factors in CML have been assessed. First, the association between two different methods for measuring CML disease burden (the RQ-PCR and the high mitotic index metaphase FISH) was assessed in bone marrow and peripheral blood samples. The correlation between positive RQ-PCR and metaphase FISH samples was high. However, RQ-PCR was more sensitive and yielded measurable transcripts in 40% of the samples that were negative by metaphase FISH. The study established a laboratory-specific conversion factor for setting up the International Scale when standardizing RQ-PCR measurements. Secondly, the amount of minimal residual disease (MRD) after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (alloHSCT) was determined. For this, metaphase FISH was done for the bone marrow samples of 102 CML patients. Most (68%), had no residual cells during the entire follow-up time. Some (12 %) patients had minor (<1%) MRD which decreased even further with time, whereas 19% had a progressive rise in MRD that exceeded 1% or had more than 1% residual cells when first detected. Residual cells did not become eradicated spontaneously if the frequency of Ph+ cells exceeded 1% during follow-up. Next, the impact of deletions in the derivative chromosome 9, was examined. Deletions were observed in 15% of the CML patients who later received alloHSCT. After alloHSCT, there was no difference in the total relapse rate in patients with or without deletions. Nor did the estimates of overall survival, transplant-related mortality, leukemia-free survival and relapse-free time show any difference between these groups. When conventional treatment regimens are used, the der(9) status could be an important criterion, in conjunction with other prognostic factors, when allogeneic transplantation is considered. The significance of der(9) deletions for patients treated with tyrosine kinase inhibitors is not clear and requires further investigation. In addition to the der(9) status of the patient, the significance of bone marrow lymphocytosis as a prognostic factor in CML was assessed. Bone marrow lymphocytosis during imatinib therapy was a positive predictive factor and heralded optimal response. When combined with major cytogenetic response at three months of treatment, bone marrow lymphocytosis predicted a prognostically important major molecular response at 18 months of imatinib treatment. Although the validation of these findings is warranted, the determination of the bone marrow lymphocyte count could be included in the evaluation of early response to imatinib treatment already now. Finally, BCR-ABL kinase domain mutations were studied in CML patients resistant against imatinib treatment. Point mutations detected in the kinase domain were the same as previously reported, but other sequence variants, e.g. deletions or exon splicing, were also found. The clinical significance of the other variations remains to be determined.

NK-and T-cell function in chronic myeloid leukemia patients treated with interferon-? monotherapy

Chronic myeloid leukemia (CML) is one of the most studied human malignancies. It is caused by an autonomously active tyrosine kinase BCR-ABL, which is a result from a translocation between chromosomes 9 and 22 in the hematopoietic stem cell. As an outcome, a Philadelphia (Ph) chromosome is formed. BCR-ABL causes disturbed cell proliferation among other things. Although targeted tyrosine kinase inhibitor therapy has been developed in the beginning of the millenium and the survival rate has increased significantly, it is still not known why some patients benefit more from the treatment than others. Furthermore, the therapy is not considered to be curative. Before the era of tyrosine kinase inhibitors, the first-line treatment for CML was interferon-? (IFN-?). However, only a small proportion of patients benefitted from the treatment. Of these patients, a few were able to discontinue the treatment without renewal of the disease. The mechanism of IFN-? is not completely understood, but it is believed that differences in the immune system can be one of the reasons why some patients have better therapy response. Kreutzman, Rohon et al. have recently discovered that patients who have been able to stop IFN-? treatment have an increased number of NK- and T-cells. They also have a unique clonal T-cell population and more cytotoxic CD8+ T-cells and less CD4+ T-cells. The aim of this master’s thesis was to study the function of T- and NK-cells in IFN-? treated patients. Although it was shown earlier that IFN-? treated patients have increased NK-cell count, the function of these cells was unknown. Therefore, we have now investigated the killing potential of patients’ NK-cells, their activation status and cell surface antigen expression. In addition, we have also studied the activation status of patients’ T-cells and their cytotoxic properties. We observed that NK-cells from patients treated with IFN-? are unable to kill leukemic cells (K562) than NK-cells from healthy controls. In addition, patients on IFN-? treatment have more active T-cells and their NK-cells have an undifferentiated immunoregulatory phenotype. Patients that have been able to stop the treatment have anergic T-and NK-cells. As a conclusion our results suggest that IFN-? therapy induces increased NK-cell count, NK-cell immunoregulatory functions and more active T-cells. After stopping IFN-? therapy, NK- and T-cells from CML patients restore anergy typical for CML.

Integración de información topográfica diversa para la confección de un mapa del Monasterio de San Prudencio (La Rioja)

[ES] Los datos de este registro provienen de la una actividad académica que también aparece descrita en el repositorio y desde donde se puede acceder a otros trabajos relacionados con el Monasterio:

Management and Promotion of Digitization Projects: Geologic Atlas of the US

The Geologic Atlas of the United States was digitized and stored in the Texas A&M University institutional repository. Extensive metadata was created which emphasized the geographic and geologic aspects of the material. The map sheets were also convered into kml files for Google Earth and ESRI shape files for use in GIS. A Yahoo!Map interface allows for visualization of the locations of each folio and user friendly browsing across the collection. Details of the project will be discussed, including the selection, digitization methods and standards, preservation, metadata, web presence and staffing. Its storage in DSpace, assortment of publicity outlets, and its inclusion in targeted clearinghouses expand its potential use to national and international audiences.

Usando o Google Earth para publicar dados proprietários.

Geography markup language - GML. Keyhole markup language - KML. Google earth. Google earth client.

gvSIG Mobile: nuevas funcionalidades del SIG Libre para PDA

gvSIG Mobile, la versión de gvSIG para dispositivos móviles presenta su nueva versión que incluye las esperadas funcionalidades de creación de nuevas entidades geográficas y utilización de formularios personalizados para edición de datos, además de nuevos formatos de datos vectoriales (GML, KML, GPX) y sistemas de referencia. Funcionalidades que se suman a las capacidades de visor de cartografía (ECW, SHP, WMS) y sistema de localización mediante GPS que ya posee. gvSIG Mobile está siendo desarrollado por Prodevelop, la Universitat de València e Iver para la Conselleria d’Infraestructures i Transport de la Generalitat Valenciana y se distribuye con una licencia GPL

Grados altos en la Escala de Fisher predicen el desarrollo de hidrocefalia en pacientes con hemorragia subaracnoidea espontanea

Objetive. To determine if high grades of Fisher scale are useful to predict the development of hydrocephalus in consecutive Colombian patients with spontaneous subarachnoid hemorrhage (SAH) assessed from January 2005 to April 2012 with 12 month follow-up. Methods. 251 patients were included in a restrospective manner. The association between Fisher scale and hydrocephalus was analyzed bivariate and multivariate analysis. In addition, a systematic literature review (SLR) was done. Results. In our cohort of patients, the etiology of SAH was due to aneurysms; 78,5%. The prevalence of hydrocephalus was found to be of 27,1%. Overall survival with a 12 month follow-up was of 65,7%. Average age of included patients was 55,5 ± 15 years, and most of them were women; 65,7%. Having Fisher 4 and Hunt-Hess III are significantly associated with hydrocephalus: adjusted OR: 2.93 95% CI: 1.51-5.65, P <0.001, adjusted OR: 2.83 95% CI: 1.31-6.17 P=0.008 respectively. The SRL showed an overall prevalence of hydrocephalus between 17 and 68% and mortality varied between 3.0% and 33%. 50% of the included studies significantly associated intraventricular hemorrhage ( Fisher 4) with hydrocephalus. Conclusion. Our results confirm current concepts on post-SAH hydrocephalus and the fact that is obstructive and secondary to Fisher 4 and having neurological impairment on admission (Hunt and Hess III).

Escala de Fisher como factor predictor de hidrocefalia en hemorragia subaracnoidea espontanea

Objetivo. Determinar si la cantidad de sangre y su localización es el espacio subaracnoideo, medible con la escala de Fisher en las primeras 24 horas de ocurrido el ictus hemorrágico, es un factor predictor para el desarrollo de hidrocefalia en pacientes con diagnóstico de hemorragia subaracnoidea (HSA) espontánea, vistos en el Hospital Universitario Clínica San Rafael (HUCSR) con seguimiento de 12 meses. Métodos. 251 pacientes fueron incluidos en una cohorte retrospectiva. La asociación entre la escala de Fisher y el desarrollo de hidrocefalia en pacientes con HSA espontánea fue analizada a través de un análisis bivariado y multivariado. Resultados. La edad promedio de los pacientes fue de 55,5 ± 15 años; con predominancia en el sexo femenino 65,7%. La prevalencia de hidrocefalia fue de 27,1% en la cohorte y la etiología de la HSA fue en su mayoría por ruptura de aneurismas de arterias cerebrales; 78,5%. La sobrevida a 12 meses fue de 65,7%. Tanto el grado 4 en la escala de Fisher como Hunt-Hess III se asocian con el desarrollo de hidrocefalia: ORA; 2.93 IC 95%: 1.51-5.65, P <0.001, ORA 2.83 IC 95%: 1.31-6.17 P=0.008 respectivamente. Conclusión. La presencia de sangrado Intraventricular o intraparenquimatoso ( Fisher 4) en las primeras 24 horas, asociado a un deterioro neurológico al ingreso Hunt-Hess III están asociados con el desarrollo de hidrocefalia en los 251 pacientes evaluados con diagnóstico de HSA espontánea; hallazgos consistentes con lo reportado en la literatura mundial.

Integración de los estándares OGC en los clientes 2D y 3D de visualización de mapas

A través de la propuesta Styled Layer Descriptor 3D (SLD3D), cuya especificación se encuentra en el Open Geospatial Consortium (OGC), se posibilitará la generación de información tridimensional. La interpretación de estos estilos a través del Keyhole Markup Language (KML) y su representación en los interfaces 3D, garantizarán el aprovechamiento de la tercera componente espacial permitiendo una representación realista del entorno

OpenSearch-geo: the simple standard for geographic web search engines

When publishing information on the web, one expects it to reach all the people that could be interested in. This is mainly achieved with general purpose indexing and search engines like Google which is the most used today. In the particular case of geographic information (GI) domain, exposing content to mainstream search engines is a complex task that needs specific actions. In many occasions it is convenient to provide a web site with a specially tailored search engine. Such is the case for on-line dictionaries (wikipedia, wordreference), stores (amazon, ebay), and generally all those holding thematic databases. Due to proliferation of these engines, A9.com proposed a standard interface called OpenSearch, used by modern web browsers to manage custom search engines. Geographic information can also benefit from the use of specific search engines. We can distinguish between two main approaches in GI retrieval information efforts: Classical OGC standardization on one hand (CSW, WFS filters), which are very complex for the mainstream user, and on the other hand the neogeographer’s approach, usually in the form of specific APIs lacking a common query interface and standard geographic formats. A draft ‘geo’ extension for OpenSearch has been proposed. It adds geographic filtering for queries and recommends a set of simple standard response geographic formats, such as KML, Atom and GeoRSS. This proposal enables standardization while keeping simplicity, thus covering a wide range of use cases, in both OGC and the neogeography paradigms. In this article we will analyze the OpenSearch geo extension in detail and its use cases, demonstrating its applicability to both the SDI and the geoweb. Open source implementations will be presented as well

Implantación de Geoportales con soporte técnico profesionalizado en software libre

La creciente dinamización de las IDE's genera una demanda de la construcción de Geoportales y por ende la demanda de herramientas que además de facilitar su construcción, configuración e implementación, ofrezcan la posibilidad de contratar un soporte técnico profesionalizado. OpenGeo Suite, paquete de software libre profesional e integrado, que permite desde el almacenamiento de datos geográficos, hasta su publicación utilizando estándares OGC e implementación de soluciones web GIS con librerías de código abierto Javascript. OpenGeo Suite permite un despliegue multiplataforma (Linux, Windows y OSX), con cuatro componentes de software libre fuertemente integrados basados en el uso de estándares OGC. Los componentes del lado del servidor están orientados al almacenamiento, configuración y publicación de datos por parte de usuarios técnicos en SIG: PostgreSQL+ la extensión espacial PostGIS que se encarga del almacenamiento de la información geográfica dando soporte a funciones de análisis espacial. pgAdmin como sistema de gestión de base de datos, facilitando la importación y actualización de datos. Geoserver se encarga de la publicación de la información geográfica proveniente de diferentes orígenes de datos: PostGIS, SHP, Oracle Spatial, GeoTIFF, etc. soportando la mayoría de estándares OGC de publicación de información geográfica WMS, WFS, WCS y de formatos GML, KML, GeoJSON, SLD. Además, ofrece soporte a cacheado de teselas a través de Geowebcache. OpenGeo Suite ofrece dos aplicaciones: GeoExplorer y GeoEditor, que permiten al técnico construir un Geoportal con capacidades de edición de geometrías.OpenGeo Suite ofrece una consola de administración (Dashboard) que facilita la configuración de los componentes de administración. Del lado del cliente, los componentes son librerías de desarrollo JavaScript orientadas a desarrolladores de aplicaciones Web SIG. OpenLayers con soporte para capas raster, vectoriales, estilos, proyecciones, teselado, herramientas de edición, etc. Por último, GeoExt para la construcción del front-end de Geoportales, basada en ExtJS y fuertemente acoplada a OpenLayers

Novedades de gvSIG Mini: acceso a datos vectoriales y servicios de POIs

gvSIG Mini es un visor de mapas teselados con soporte a capas de OSM, WMS, WMS-C, TMS, otros servidores de mapas, rutas, localización, etc. Las nuevas funcionalidades de gvSIG Mini incluyen la creación de un API vectorial que permita acceder a datos vectoriales de ficheros locales y de servicios públicos que ofrecen información de puntos de interés. Se ha desarrollado un API vectorial para Android que permite cargar y visualizar capas de puntos, líneas y polígonos sobre gvSIG Mini, soporte para selección de geometrías y visualización de información alfanúmerica. Este API permite cargar en gvSIG Mini archivos GPX, KML y GML almacenados en el propio dispositivo móvil. Por otra parte, debido al carácter casual de los usuarios de gvSIG Mini y gracias al nuevo API vectorial se ha conseguido soportar la información que ofrecen algunos servidores públicos de puntos de interés, como: Nominatim, Cloudmade, MapQuest, Geonames... e información proveniente de servicios de redes sociales como: Flickr, Twitter, Buzz, Foursquare, etc. Para ello se ha desarrollado un servicio que sirve de intermediario entre gvSIG Mini y esos servicios de puntos de interés, que homogeniza las peticiones y el tipo de respuesta de cada uno de ellos. Las nuevas funcionalidades de gvSIG Mini permiten cargar, visualizar y consultar gran cantidad de información vectorial de utilidad para usuarios profesionales, ya que pueden acceder a información almacenada en archivos vectoriales estándar (GPX, KML, GML) e información de redes sociales y puntos de interés más adecuada para uso casual o turismo