数值软件自适应性能优化搜索过程评价技术研究

随着计算机硬件的快速变化,如何充分利用计算机资源,使软件性能尽可能逼近处理器峰值是人们关心的问题.针对特定硬件平台手工优化程序,或者依赖编译器优化技术,存在人工介入,难与硬件更新同步等问题.而采用自适应性能优化技术实现的高性能数学软件包(SANS)如FFTW,ATLAS,PHiPAC,OSKI等,可有效解决前两种方法存在的问题,降低开发成本,提高软件可移植性.针对自适应性能优化技术中,优化参数搜索过程十分耗时的问题,提出对优化搜索过程的评价指标Pt,并给出用此指标控制优化搜索过程的方法.实验表明运用该指标可以在较短的时间内得到一个合理的性能值.

Influência do treino do passo rápido voluntário nas estratégias de feedforward e feedback em Adultos mais Velhos

Introdução:O envelhecimento influencia negativamente o controlo postural, diminuindo a capacidade de recuperar o equilíbrio após uma perturbação externa e consequentemente aumento do risco de queda nos adultos mais velhos Objetivo(s):Verificar a influência do treino do passo rápido voluntário nas estratégias de feedforward e feedback em adultos mais velhos aquando o stepping anterior e posterior, bem como o timing e sequência de ativação muscular, ajustes posturais antecipatórios (APA) e compensatórios (APC1,APC2), comprimento, latência, velocidade média (VM) do passo e estratégias de passo lateral Métodos:19 participantes foram distribuídos aleatoriamente por dois grupos, o grupo experimental (n=9) e o grupo controlo (n=10), estudo randomizado controlado. Ambos foram submetidos a um protocolo de exercício físico durante 3 meses, 2 vezes/semana. Adicionalmente o grupo experimental (GE) realizou o treino do passo rápido voluntário bilateral nas várias direções. A resposta a um desequilíbrio postural em vários sentidos e consequente resposta de stepping anterior, posterior ou lateral foram avaliadas por meio de eletromiografia de superfície e por um sistema de imagem 3D Resultados: Na variação entre o momento inicial e final (M0-M1), durante o stepping anterior o GE, comparativamente ao GC, aumentou e diminuiu significativamente o timing do RF ipsilateral e GemM, respetivamente. Na variação do timing dos músculos BF ipsilateral e contralateral e TA contralateral, o GE diminuiu significativamente menos do que o GC. O GE aumentou significativamente o comprimento do stepping posterior do que o GC. Quanto à variação da latência observou-se que o GE aumentou significativamente do que o GC nos dois steppings. Na variação da VM, do stepping anterior, o GE diminuiu significativamente mais do que GC. O GE aumentou e diminuiu significativamente os APAS e os APC1 do que o GC no stepping posterior e anterior, respetivamente. Verificou-se que a estratégia mais frequente nos dois momentos e grupos foi a estratégia de stepping lateral direto Conclusão: A contínua prática do stepping rápido voluntário parece promover um melhor controlo postural sendo um importante exercício específico para prevenção de quedas

L’effet de HOXB4 sur l’expansion et la différenciation des progéniteurs myéloïdes

La surexpression rétrovirale du facteur de transcription HOXB4 résulte en une expansion sélective des cellules souches hématopoïétiques (CSH) in vitro et in vivo et ce, sans induire de leucémie. Par contre, la demi-vie intracellulaire de la protéine est de seulement une heure et le fait que la protéine disparaît du milieu de culture après environ 4 heures représente un obstacle majeur à l’utilisation clinique de la protéine HOXB4. Trois mutants HOXB4 ayant une substitution d`un seul acides aminés (AA) parmi les 31 premiers AA ont démontré une augmentation de la stabilité de la protéine. Nous avons donc évalué l’effet de HOXB4 et de ses trois mutants sur la production de cellules progénitrices myéloïdes. L’expression ectopique de HOXB4 sauvage (s-HOXB4) et HOXB4 mutant (m-HOXB4) a un effet comparable sur la fréquence des cellules progénitrices myéloïdes en essai clonogénique. Par contre, la capacité de prolifération des cellules progénitrices myéloïdes qui surexpriment s-HOXB4 et 1423 m-HOXB4 a été supérieure à celle des cellules contrôles (GFP seul) et des deux autres mutants. De plus, malgré le fait que toutes les variantes de HOXB4 confèrent une capacité d’autorenouvellement similaire aux cellules progénitrices multipotents (GEMM), la production des progéniteurs granulocytaires (CFU-G) est compromise lorsque les cellules surexpriment 1426 et 1427 m-HOXB4. D’autre part, la densité cellulaire des colonies myéloïdes qui surexpriment ces deux mutants est diminuée, ce qui suggère que ces mutations ont non seulement augmenté sa stabilité, mais potentiellement affecté certaines fonctions biologiques de s-HOXB4. Enfin, 1423 m-HOXB4 semble n’avoir perdu aucune fonction de s-HOXB4 dans nos évaluations clonogéniques in vitro, ce qui fait de ce mutant une molécule intéressante pour des applications cliniques d’expansion des cellules progénitrices hématopoïétiques.

Expansion des mégacaryocytes par HoxB4 pour accélérer la reconstitution plaquettaire

La greffe de cellules souches hématopoïétiques est parfois le seul traitement efficace contre les cancers hématologiques ainsi que plusieurs autres désordres reliés au système hématopoïétique. La greffe autologue est souvent le traitement de choix pour les patients atteints de lymphome ou de myélome. Dans ce cas, les cellules souches hématopoïétiques (CSH) du patient sont récoltées et congelées. Le patient subit ensuite des traitements de chimiothérapie et/ou radiothérapie qui éliminent les cellules malignes, mais détruisent aussi son système hématopoïétique. Ce dernier sera ensuite reconstitué par la greffe de CSH. Ces traitements ont pour conséquence de plonger le patient en état d’aplasie pour une période variant de 2 à 4 semaines. La thrombocytopénie (faible taux de plaquettes) est une complication majeure nécessitant des transfusions plaquettaires répétées et associée à une augmentation de la mortalité hémorragique post-transplantation. Il serait particulièrement intéressant de développer une thérapie accélérant la reconstitution des mégacaryocytes (MK), ce qui aurait pour effet de raccourcir la période de thrombopénie et donc de diminuer les besoins transfusionnels en plaquettes et potentiellement augmenter la survie. HOXB4 est un facteur de transcription qui a déjà démontré sa capacité à expandre les CSH et les progéniteurs multipotents (CFU-GEMM) donnant naissance aux MK. Il est donc un bon candidat pour l’expansion des progéniteurs MK. Comme la protéine HoxB4 a par contre une courte demi-vie (~1.1h), des protéines HoxB4 de deuxième génération avec une plus grande stabilité intracellulaire ont été créées (1423 (HoxB4L7A), 1426 (HoxB4Y23A) et 1427 (HoxB4Y28A)). Nous avons donc étudié la capacité d’HoxB4 sauvage et de deuxième génération à expandre les CSH, ainsi que les MK donnant naissance aux plaquettes. La surexpression rétrovirale de ces protéines HoxB4Y23A et HoxB4Y28A conduit à une expansion des progéniteurs MK murins in vitro supérieure à HoxB4-wt, 1423 et au contrôle GFP. La reconstitution plaquettaire in vivo dans un modèle murin a ensuite été évaluée par des transplantations primaires et secondaires. Les résultats révèlent que la surexpression rétrovirale des différents HoxB4 n’apporte pas de bénéfice significatif à la reconstitution plaquettaire des souris. Lorsque cultivées dans un milieu favorisant la différenciation mégacaryocytaire, le traitement de cellules CD34+ dérivées du sang de cordon ombilical avec les protéines recombinantes TATHoxB4WT ou de seconde génération n’a pas augmenté la production plaquettaire. Par contre, de manière intéressante, les cellules CD34+ provenant de sang mobilisé de patients atteints de myélome et mises en culture dans un milieu favorisant l’expansion des CSH ont montré des différences significatives dans la différenciation des progéniteurs MK en présence de la protéine recombinante TATHoxB4. La protéine HOXB4 possède donc un avenir prometteur quant à une amélioration de l’état thrombocytopénique chez les patients.

Selective resistance to the PARP inhibitor olaparib in a mouse model for BRCA1-deficient metaplastic breast cancer

Metaplastic breast carcinoma (MBC) is a rare histological breast cancer subtype characterized by mesenchymal elements and poor clinical outcome. A large fraction of MBCs harbor defects in breast cancer 1 (BRCA1). As BRCA1 deficiency sensitizes tumors to DNA cross-linking agents and poly(ADP-ribose) polymerase (PARP) inhibitors, we sought to investigate the response of BRCA1-deficient MBCs to the PARP inhibitor olaparib. To this end, we established a genetically engineered mouse model (GEMM) for BRCA1-deficient MBC by introducing the MET proto-oncogene into a BRCA1-associated breast cancer model, using our novel female GEMM ES cell (ESC) pipeline. In contrast to carcinomas, BRCA1-deficient mouse carcinosarcomas resembling MBC show intrinsic resistance to olaparib caused by increased P-glycoprotein (Pgp) drug efflux transporter expression. Indeed, resistance could be circumvented by using another PARP inhibitor, AZD2461, which is a poor Pgp substrate. These preclinical findings suggest that patients with BRCA1-associated MBC may show poor response to olaparib and illustrate the value of GEMM-ESC models of human cancer for evaluation of novel therapeutics.

Proliferation of multipotent hematopoietic cells controlled by a truncated erythropoietin receptor transgene.

The long-term efficacy of gene therapy using bone marrow transplantation requires the engraftment of genetically altered totipotent hematopoietic stem cells (THSCs). Ex vivo expansion of corrected THSCs is one way to increase the efficiency of the procedure. Similarly, selective in vivo expansion of the therapeutic THSCs rather than the endogenous THSCs could favor the transplant. To test whether a conferred proliferative advantage gene can facilitate the in vitro and in vivo expansion of hematopoietic stem cells, we have generated transgenic mice expressing a truncated receptor for the growth factor erythropoietin. These mice are phenotypically normal, but when treated in vivo with exogenous erythropoietin they exhibit a marked increase in multipotent, clonogenic hematopoietic cells [colony-forming units in the spleen (CFU-S) and CFUs that give rise to granulocytes, erythroid cells, macrophages, and megakaryocytes within the same colony (CFU-GEMM)] in comparison with the wild-type mice. In addition, long-term in vitro culture of tEpoR transgenic bone marrow in the presence of erythropoietin induces exponential expansion of trilineage hematopoietic stem cells not seen with wild-type bone marrow. Thus, the truncated erythropoietin receptor gene shows promise as a means for obtaining cytokine-inducible hematopoietic stem cell proliferation to facilitate the direct targeting of THSCs and to provide a competitive repopulation advantage for transplanted therapeutic stem cells.