Lack of association between the protein tyrosine phosphatase non-receptor type 22 R263Q and R620W functional genetic variants and endogenous non-anterior uveitis.

OBJECTIVE Endogenous uveitis is a major cause of visual loss mediated by the immune system. The protein tyrosine phosphatase non-receptor type 22 (PTPN22) gene encodes a lymphoid-specific phosphatase that plays a key role in T-cell receptor (TCR) signaling. Two independent functional missense single nucleotide polymorphisms (SNPs) located within the PTPN22 gene (R263Q and R620W) have been associated with different autoimmune disorders. We aimed to analyze for the first time the influence of these PTPN22 genetic variants on endogenous non-anterior uveitis susceptibility. METHODS We performed a case-control study of 217 patients with endogenous non-anterior uveitis and 718 healthy controls from a Spanish population. The PTPN22 polymorphisms (rs33996649 and rs2476601) were genotyped using TaqMan allelic discrimination assays. The allele, genotype, carriers, and allelic combination frequencies were compared between cases and controls with χ(2) analysis or Fisher's exact test. RESULTS Our results showed no influence of the studied SNPs in the global susceptibility analysis (rs33996649: allelic P- value=0.92, odds ratio=0.97, 95% confidence interval=0.54-1.75; rs2476601: allelic P- value=0.86, odds ratio=1.04, 95% confidence interval=0.68-1.59). Similarly, the allelic combination analysis did not provide additional information. CONCLUSIONS Our results suggest that the studied polymorphisms of the PTPN22 gene do not play an important role in the pathophysiology of endogenous non-anterior uveitis.

Molecular testing for fragile X: analysis of 5062 tests from 1105 fragile X families--performed in 12 clinical laboratories in Spain.

Fragile X syndrome is the most common inherited form of intellectual disability. Here we report on a study based on a collaborative registry, involving 12 Spanish centres, of molecular diagnostic tests in 1105 fragile X families comprising 5062 individuals, of whom, 1655 carried a full mutation or were mosaic, three cases had deletions, 1840 had a premutation, and 102 had intermediate alleles. Two patients with the full mutation also had Klinefelter syndrome. We have used this registry to assess the risk of expansion from parents to children. From mothers with premutation, the overall rate of allele expansion to full mutation is 52.5%, and we found that this rate is higher for male than female offspring (63.6% versus 45.6%; P < 0.001). Furthermore, in mothers with intermediate alleles (45-54 repeats), there were 10 cases of expansion to a premutation allele, and for the smallest premutation alleles (55-59 repeats), there was a 6.4% risk of expansion to a full mutation, with 56 repeats being the smallest allele that expanded to a full mutation allele in a single meiosis. Hence, in our series the risk for alleles of <59 repeats is somewhat higher than in other published series. These findings are important for genetic counselling.

Novas linhas celulares humanas para produção de adenovírus com aplicação em terapia génica

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Desenvolvimento de linhas celulares produtoras de vectores retrovirais para terapia génica

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para a obtenção do grau de Mestre em Biotecnologia

Estudo da expressão génica da Legionella pneumophila estirpe paris após co-cultura em Acanthamoeba castellanii

RESUMO: A Legionella é um bacilo Gram-negativo que replica dentro de protozoários como Acanthamoeba castellanii (A. castellanii) e no interior de macrófagos alveolares humanos, podendo resultar numa pneumonia grave. A Legionella em meio líquido tem um ciclo de vida bifásico, apresentando traços replicativos na fase exponencial e expressando factores transmissíveis na fase estacionária. Estudos recentes demonstraram que a Legionella precisa de assegurar um tempo preciso no seu ciclo de vida para efectuar com êxito a infecção das células hospedeiras. Muitos modelos de estudo foram desenvolvidos a fim de aumentar o conhecimento sobre o ciclo de vida intracelular e identificar os genes necessários para a modulação da célula hospedeira. Embora o conhecimento sobre a interacção bactéria-hospedeiro ainda seja limitado, parece que esta interacção gera um conjunto de características de virulência permitindo que a bactéria infecte células fagocíticas humanas e cause doença. O objectivo do presente projecto de investigação foi investigar e seleccionar genes críticos para a infecciosidade da Legionella pneumophila estirpe Paris (Lp Paris), desenhar e optimizar uma técnica de PCR em tempo real para o estudo da expressão génica e comparar o perfil de expressão da Lp Paris antes e depois da co-cultura em A. castellanii. Os resultados mostraram que oito dos 12 genes em estudo alteraram a sua expressão relativa após co-cultura em A. castellanii quando os ensaios foram realizados com culturas de Lp Paris na fase estacionária precoce (cinco foram induzidos e três reprimidos) Quando os ensaios foram realizados com culturas de Lp Paris na fase estacionária tardia 11 genes apresentaram repressão na sua expressão relativa. Analisando os resultados, concluímos que o perfil de expressão de Lp Paris foi modificado pela interacção com A. castellanii, no entanto essa mudança foi dependente da fase do seu ciclo de vida.-------ABSTRACT: Legionella is a pathogenic Gram-negative bacterium that replicates not only within aquatic protozoa like Acanthamoeba castellanii (A. castellanii), but also within human alveolar macrophages, which can result in a severe pneumonia. Legionella has a biphasic life cycle in broth, where exponential phase cultures display replicative traits and stationary bacteria express transmissive factors. Recent studies demonstrated that for successful infection of host cells, Legionella needs to ensure a precise timing of its life cycle. Many models of study were developed in order to learn about the intracellular life cycle and to identify the genes necessary for the host cell modulation. Although knowledge about the bacteria-host interaction is still limited, it appears that this interaction generate a pool of virulence traits, allowing the bacterium to infect human phagocytic cells and cause disease. The purpose of the present study was to investigate and select de critical genes for the infectivity of Legionella pneumophila strain Paris (Lp Paris), design and optimize a real time PCR technique for gene expression study and compare the expression profile of Lp Paris before and after co- culture of A. castellanii. The results show that eight of 12 genes in study changed its relative expression after coculture in A. castellanii when we performed the intracellular assays with early stationary phase Lp Paris cultures (five were induced and tree were repressed). When we performed the intracellular assays with late stationary phase Lp Paris cultures 11 genes showed a repressed relative expression. Analysing the results, we conclude that the expression profile of Lp Paris was modified by interaction with A. castellanii but this change was dependent of the timing of its life cycle.

Estudo da expressão génica da Legionella Pneumophila após cultura em acanthamoeba castellanii

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Microbiologia Médica

Efecto de la distribución del diámetro de la fibra sobre el tipo y frecuencia de fibras objetables en vellones mixtos. 1- Aspectos físicos (Programa Red Supprad)

Las fibras pertenecientes a los Camélidos y a los Caprinos reciben entre otros nombres el de fibras lujosas. Los atributos y caracteres que le confieren valor a estas fibras son: suavidad, brillo, escasez o rareza, precio alto, carácter de misterioso, romántico, elegante y exclusivo. Siendo suavidad y brillo o lustrosidad los únicos atributos que solo depende de la fibra cruda en sí. La expresión ´suave´ textilmente hablando se reconoce cómo suavidad al tacto o ´mano´ y reúne en sí mismo varios atributos: confort sobre la piel (picazón), rigidez, lisura, suavidad. El término ´prickle´ o picazón (prurito) se aplica solo para las prendas que se usan en contacto con la piel (directa o indirectamente) y cada vez resulta más importante. Diversos estudios han demostrado que la sensación de picazón o prurito proviene de las fibras gruesas de la cola derecha de la distribución del diámetro de la fibra (´borde grueso´), de ahí la importancia de estudiar esta distribución en el contexto físico primero y en el genético luego. Se hipotetiza que: La distribución del diámetro de la fibra puede ser evaluada correctamente con el desvío estándar y el coeficiente de variación del diámetro, desde el punto de vista cuantitativo y por la morfología (tipo de rizo), desde el punto de vista cualitativo y esta determinación permite predecir la suavidad al tacto del hilo y/o tejido a confeccionar. Para testar esta hipótesis se han formulado los siguientes objetivos generales: Determinar la relación entre la variación o dispersión del diámetro de la fibra y parámetros estadísticos cuantitativos en fibra de Camélidos y Caprinos. Determinar la relación entre la variación o dispersión del diámetro de la fibra y la morfología de la fibra de Camélidos y Caprinos. Determinar la relación entre la variación del diámetro y la morfología de la fibra y la suavidad al tacto del hilo y/o tejido producido Camélidos y Caprinos. El proyecto se desarrollará en el contexto del programa SUPPRAD y se utilizará la información capturada en los trabajos de campo con caprinos criollos, ovinos Merino y Camélidos Sudamericanos, tratando de obtener una respuesta formal a la disyuntiva de homogeneizar la distribución de tipos de fibras y diámetros por vía mecánica (´descerdado´), selección genética, o una combinación de ambas.

Dispositivo de transmisión de datos por radio frecuencia

El proyecto comprende el diseño, implementación, medición y evaluación de un dispositivo de comunicaciones digitales inalámbrica. Este dispositivo podrá ser utilizado como soporte de distintas aplicaciones, como automatización de viviendas, automatización de edificios inteligentes, control y seguimiento de vehículos, control y monitoreo de animales, instrumental médico y otras. La construcción de un transmisor y un receptor de datos por radiofrecuencia, en un único circuito integrado, plantea distintas etapas y para concretarlas se trazaron los siguientes objetivos: • Diseño, implementación y medición de circuitos de transmisión de datos con integrados existentes. • Estudio de las tecnologías y software disponibles para el diseño de los circuitos que constituyen el proyecto. Diseño, simulación, implementación y medición de circuitos realizados con dispositivos discretos.

Redes de datos inalámbricas y dispositivos de transmisión de datos por radio frecuencia

El presente proyecto comprende el diseño, simulación, construcción y puesta en funcionamiento de una red inalámbrica. La plataforma de comunicaciones desarrollada en un proyecto anterior se complementa ahora con la implementación de una red inalámbrica, lo cual va a permitir que los módulos de comunicaciones- tres o más -puedan interactuar entre sí. La realización del proyecto surge de la necesidad de contar con una red inalámbrica que permita cubrir grandes distancias y transmitir a una central los datos de los sensores. La principal característica de cada módulo de comunicaciones es que trabajan como repetidores de las demás, permitiendo comunicar a todos y tener bajo consumo. La implementación de una red inalámbrica mencionada en el párrafo anterior está comprometida como parte del Proyecto PAV2003-0076. En dicho proyecto, el equipo va a continuar con la investigación en circuitos y dispositivos de Alta Frecuencia, para ser aplicados en sistemas de telecomunicaciones.

Redes de datos inalámbricas y dispositivos de transmisión de datos por radio frecuencia

La etapa del proyecto para este año consiste en la aplicación concreta de los conocimientos adquiridos. La principal aplicación es la implementación del sistema en la Clínica Reina Fabiola, en el servicio médico que se definirá con las autoridades de la misma. Se continuará trabajando en el diseño de la antena y en la etapa de RF en el Chip Pasivo, que se está desarrollado en conjunto con el equipo de Microelectrónica y en la etapa del transmisor “Reader”. Además se continúa con la investigación en circuitos y dispositivos de Alta Frecuencia, para ser aplicados en sistemas de telecomunicaciones y generar conocimientos para ser transferidos a las distintas cátedras relacionadas con el proyecto. Se establecieron las pautas con la Facultad de Ciencias Agropecuarias para desarrollar una aplicación de trazabilidad de ganado utilizando chips pasivos.

Frecuencia de aislamiento de los géneros Clostridium y Staphylococcus de leche cruda bovina y leches en polvo

El uso del término Intoxicaciones Alimentarias está aplicado en forma genérica a todas aquellas enfermedades que se adquieren por consumo de alimentos o aguas contaminadas. Este término incluye las intoxicaciones causadas, entre otras, por toxinas elaboradas por proliferación bacteriana por S. aureus; C. perfringens; V. parahaemolyticus; E. coli; C. botulinum entre otras. La intoxicación alimentaria tiene una etiología predominante en su frecuencia de aislamiento. Generalmente se deben a cepas de estafilococos enterotóxicos, transmitida por consumo de leche cruda o productos lácteos. En cambio no existe mucha información relacionada con aquellas intoxicaciones alimentarias producidas por C. perfringens. De acuerdo a las observaciones preliminares es posible aislar C. perfringens de leche cruda bovina. (...) Este proyecto tiene como Objetivo General observar, desde el punto de vista epidemiológico, la frecuencia de aislamiento de los géneros Clostridium y Staphylococcus de dos productos lácteos importantes en la alimentación humana como son leche cruda de vaca y leche en polvo, expendida en forma comercial en los supermercados.

Estudio de la perfomance de pulsos modulados en frecuencia y amplitud en RCN pura

La RCN, en los últimos tiempos, ha mostrado ser una técnica valiosa en estudio de propiedades microscópicas en sistemas con algún grado de desorden. Los pulsos usados usualmente para excitar al conjunto de spin son de frecuencia, fase y amplitud constante. Los spines fuera de resonancia con respecto al pulso son pobremente excitados, perjudicando esta detección de sitios químicamente inequivalentes. De esta se hace necesario, en el caso de líneas anchas (cientos de kHz), hacer uso de la técnica de reconstrucción. Ya hemos mostrado que los pulsos modulados en frecuencia son útiles para detectar sitios químicamente inequivalente, pero no es posible con ellos excitar igualmente en un ancho de banda de cientos de kHz. Surge así la idea de incorporar a estos pulsos además de la modulación en frecuencia, la modulación en amplitud. Es por esto que los objetivos de este plan de trabajo están orientados a: (1) Estudiar la respuesta de un sistema de spines a la excitación con pulsos modulados en frecuencia y amplitud. (2) Implementar experimentalmente la técnica y aplicarla a sistemas conocidos (desordenados: p-cloronitrobenceno, p-bromonitrobenceno; inconmensurados: dicloro bifenilsulfone, etc.).

Preservación de la información génica en bacterias; mecanismos y modulación molecular. Preservation of the genetic information in bacteria; mechanisms and molecular modulation.

El objetivo general del presente proyecto es contribuir a la caracterización genética y bioquímica molecular de mecanismos involucrados en el mantenimiento de la información génica, a través del estudio de sistemas fisiológicos involucrados en la prevención, reparación y tolerancia de mutaciones. Dichos sistemas se encuentran evolutivamente conservados y ampliamente distribuidos en los seres vivos. La importancia de los mismos se refleja en el hecho que su deficiencia genera en humanos, enfermedades genéticas, apoptosis y cáncer; y en especies procariotas, células denominadas "hipermutadoras". En los últimos años el estudio de la hipermutabilidad en bacterias ha cobrado gran interés ya que se le atribuye importancia en procesos infectivos y en aspectos básicos relacionados a evolución. Nuestro modelo de estudio son las bacterias Pseudomonas aeruginosa y Escherichia coli, siendo esta última especie no solo modelo de estudio sino también especie de referencia. P. aeruginosa es una bacteria ambiental gram negativa, e importante patógeno oportunista de humanos. Específicamente nos proponemos estudiar en P. aeruginosa algunos aspectos particulares del Sistema de Reparación de Bases Apareadas Incorrectamente (Mismatch Repair System, MRS), del Sistema de Prevención/Reparación de Lesiones Oxidativas generadas a través de 8-oxo-7,8-dihidroguanina (8-oxo-dG ó GO) y el papel de las ADN Polimerasas de baja fidelidad en la modulación de la tasa de mutación. Asimismo estamos interesados en estudiar en cepas de E. coli deficientes en el sistema Dam, la existencia de subpoblaciones de alta estabilidad genética debido a la eliminación de posibles mutantes por incremento de la expresión de los otros componentes del MRS. Metodológicamente la caracterización bioquímica de factores proteicos se llevará a cabo utilizando proteínas recombinantes purificadas, análisis de interacción proteína-proteína y proteína-ADN mediante electroforesis en geles y resonancia plasmónica de superficie (Biacore), mutagenésis dirigida in vitro, y estudios de complementación en cepas mutantes específicas. Aspectos fenotípicos y de regulación génica en cultivos de biofilm y células en suspensión serán estudiados mediante la construcción de cepas mutantes, fusiones transcripcionales, PCR en tiempo real, western blot y microscopia de fluorescencia confocal.

Estudios evolutivos en especies de plantas nativas.

Se indagará principalmente acerca del rol de los procesos neutrales, como la deriva génica, de procesos selectivos, como la selección natural mediada por polinizadores y de procesos históricos (geológicos y climáticos del pasado) en la diversificación floral tanto a escala microevolutiva como macroevolutiva. La heterogeneidad ambiental que se presenta en amplios rangos geográficos puede promover la diferenciación entre poblaciones debido a las diferencias en condiciones físicas y biológicas. De esta manera, especies ampliamente distribuidas ofrecen la oportunidad de explorar la dinámica de los procesos evolutivos que tienen lugar a nivel interpoblacional (Dobzhansky 1970, Thompson 1999). El estudio comparativo entre especies hermanas permite comprender cómo la selección natural (adaptación) y la inercia filogenética (herencia ancestral) han modelado los rasgos de las especies que observamos en la actualidad (Díaz 2002, Schluter 2000, Futuyma 2005). Uno de los usos más importantes de la información filogenética es el de reconstruir la historia del cambio evolutivo en caracteres adaptativos mediante su mapeo en la filogenia y la reconstrucción del estado de estos caracteres en el ancestro. Así, la asociación entre transición de caracteres y transiciones en grupos funcionales es una evidencia directa de la hipótesis adaptativa de que los rasgos son seleccionados por grupos funcionales de polinizadores. Una aproximación filogenética puede permitir identificar la dirección y el tiempo de evolución. Todos estos aspectos señalan la necesidad de adoptar una perspectiva conceptualmente integrada (morfológica, genética, filogenética, filogeográfica y ecológica) en el estudio de la biología evolutiva de las flores. Estudiar como actúan los procesos micro- y macroevolutivos en las interacciones planta-polinizador, en una dimensión espacial y temporal, arrojará resultados importantes tanto en el campo teórico como en el de la conservación. Por una parte, permitirá poner a prueba hipótesis relevantes sobre la adaptación de caracteres, mientras que explorará los procesos evolutivos que subyacen a las tramas de las interacciones planta-polinizador; por otro lado, comprender el rol de los cambios climáticos pasados en la diversificación biológica es interesante tanto desde una aproximación evolutiva como desde la biología de la conservación (Avise 2000; Moritz et al. 2000; Petit et al. 2003; Hewitt 2004). Géneros a ser estudiados en este proyecto: 1- Anarthrophyllum (Fabaceae,15 spp), 2- Monttea (Plantaginaceae, 3 spp), 3- Caleolaria (Calceolariaceae 3 spp), 4- Centris (Apidae, 1 spp), 5- Jaborosa (Solanaceae, 23 spp). Metodología: Mapeado de las poblaciones. Elenco de polinizadores, frecuencia. Obtención y medición de caracteres fenotípicos florales. Néctar: concentración y vol. Aceites (peso); Morfometría geométrica (Zelditch et al. 2005). Éxito reproductivo (Dafni & Kevan 2003). Caracteres genéticos: extracción, amplificación y secuenciación: en Calceolaria se utilizarán 2 genes de cloroplasto trnH-psbA y trnS-trnG y genes anónimos nucleares de copia única (scnADN), para Jaborosa se utilizarán 3 genes de cloroplasto (trnH-psbA, TrnD-trnT y ndhF-rp32) y el gen nuclear GBSSI waxy. Finalmente para Centris cineraria se usaría el tRNA ILE y NADH Deshidrogenada subunidad 2. Análisis filogenéticos de parsimonia (Goloboff et al. 2000, Kitching et al. 1998, Nixon 2002, Farris et al. 1996, Sorenson 1999); Filogeografía: reconstrucción de redes por parsimonia (Clement et al. 2000; Posada et al. 2000), análisis de clados anidados (NCPA). Se usarán las claves de inferencia (Templeton 2004). Para todos estos análisis se utilizarán los siguientes programas: DnaSP, Network, Arlequin, MrBayes, Paup, ModelTest, Beast, TNT, WinClada TCS y GeoDis. Estadística multivariada: Los diferentes rasgos florales mencionados se analizarán utilizando distancias de Gower (datos cualitativos) y euclídeas (datos cuantitativos) mediante la técnica multivariada ACoP.

Mecanismos epigenéticos involucrados en regulación génica específica durante los procesos de diferenciación del protozoario intestinal giardia lamblia.

Se define como epigenética al área de la genética que estudia todos aquellos cambios heredables que no se encuentran determinados en la secuencia primaria del ADN (Albert y col., 2002). Los cambios epigenéticos son variados; los más conocidos son la metilación de bases nitrogenadas (que no existe en Giardia; Prucca y col., 2008), las modificaciones post-traduccionales de histonas y los Complejos de Remodelación de Cromatina. En los últimos años se ha avanzado en el estudio de la regulación de la expresión de genes mediante estos procesos. El mecanismo de ARNi está íntimamente relacionado con la modificaciones post-traduccionales de histonas; regulando la estructura de cromatina y permitiendo que los complejos primarios de transcripción de genes puedan o no expresar la información. Nuestra hipótesis de trabajo se basa en que cambios epigenéticos están involucrados en la regulación génica específica durante los procesos de adaptación y diferenciación de Giardia. Para responder la misma se plantean los siguientes objetivos específicos: 1. Identificar modificaciones de histonas y su relación con los procesos de diferenciación celular en Giardia. 2. Caracterizar enzimas involucradas en las modificaciones post-traduccionales de histonas. 3. Determinar qué tipo de modificaciones participan en la activación o silenciamiento de la expresión de genes específicos. 4. Manipular al parásito para aumentar o disminuir las modificaciones epigenéticas que pueden estar involucradas en los procesos de diferenciación a quiste o en la variación antigénica para una mayor comprensión de los mecanismos moleculares involucrados. 5. Determinar el estado redox de Giardia durante el enquistamiento y la variación antigénica. 6. Participación de ARN-helicasas en los Complejos Remodeladores de Cromatina.