Caracterização molecular e biológica do Lettuce big-vein associated vírus e Mirafiori lettuce big-vein vírus e estudo da ocorrência em relação à época e sintoma em plantas de alface no Estado de São Paulo

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Isolado do vírus do mosaico do pepino obtido de bananeira no Estado de São Paulo pertence ao subgrupo Ia

Em 1996, foi feita a caracterização parcial de um isolado do vírus do mosaico do pepino (Cucumis mosaic virus, CMV) obtido de bananeira (Musa sp.) proveniente do município de Miracatu, SP. Com o objetivo de se determinar o subgrupo do isolado de CMV, recorreu-se às técnicas de ELISA, RT-PCR, RFLP e seqüenciamento de fragmentos de RNA genômico. Amostras de folhas infetadas, desidratadas com cloreto de cálcio e armazenadas à -20 °C desde 1994 na viroteca do Laboratório de Fitovirologia e Fisiopatologia, foram inoculadas em plantas de Nicotiana glutinosa. Dez dias após a inoculação, folhas apresentando mosaico foram utilizadas para DAS-ELISA e extração de RNAs totais. Em ELISA, houve reação apenas contra o anti-soro específico para CMV subgrupo I. Através de RT-PCR com primers desenhados para anelar em regiões conservadas da porção terminal 3' do gene da capa protéica, foi amplificado um fragmento de DNA com 486 pares de bases. O produto obtido via RT-PCR foi submetido à digestão com as enzimas EcoRI, HindIII, BamHI e MspI, obtendo-se um padrão de restrição esperado para o subgrupo I. Estes resultados foram confirmados através do seqüenciamento do produto de PCR, o qual apresentou homologia de 96% a 98% com os isolados do CMV pertencentes ao subgrupo I. Pelos sintomas observados na hospedeira diferencial Vigna unguiculata, o isolado foi confirmado como sendo do subgrupo Ia.

Genetic analyses of Rhizoctonia solani isolates from Phaseolus vulgaris grown in the Atlantic Rainforest Region of São Paulo, Brazil

Rhizoctonia solani isolates obtained from common beans (Phaseolus vulgaris) grown in the mountainous Atlantic Rainforest (Mata Atlântica) region of São Paulo, Brazil, were analyzed to determine their genetic diversity using internal transcribed spacer (ITS), microsatellite and telomere sequence-based PCR primers. Restriction digestion of the ITS1/5.8S/ITS2 ribosomal regions yielded unique banding patterns specific for AG4 and its subgroups. The ITS restriction digestion (ITS/RFLP), telomere and microsatellite primers identified five to 11 genotypes within the isolates of R. solani. While all isolates were pathogenic on beans, there was no correlation found between genotypic differences and pathogenicity. The different PCR primers revealed a number of isolates that were genetically similar. Some of these genetic groups were supported by more than one of the primers utilized in this study, thus confirming their relationship.

Caracterização do Tomato chlorotic spot virus isolado de jiló no Vale do Paraíba, Estado de São Paulo

Os tospovírus são responsáveis por perdas significativas em diversas culturas, principalmente solanáceas. No município de São José dos Campos (SP), plantas de jiló (Solanum gilo) apresentando sintomas de mosaico, bolhosidades, nanismo e queda acentuada da produção foram coletadas para análise. Visando a caracterização do agente causador dos sintomas, testes biológicos, elétrono microscópicos, sorológicos e moleculares foram realizados. Através de inoculação mecânica em plantas indicadoras das famílias Amaranthaceae, Chenopodiaceae e Solanaceae obtiveram-se resultados típicos aos esperados para tospovírus. Ao microscópio eletrônico de transmissão, observaram-se, em contrastação negativa, partículas pleomórficas com diâmetro entre 80 e 110 nm e em cortes ultra-finos partículas presentes em vesículas do retículo endoplasmático. Através de DAS-ELISA, identificou-se o Tomato chlorotic spot virus (TCSV). A partir de RNA total extraído de folhas infetadas, amplificaram-se, via RT-PCR, fragmentos correspondentes ao gene da proteína do capsídeo (cp) os quais foram seqüenciados e comparados com outros depositados no "GenBank". A homologia de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos foi respectivamente de 99 e 95% quando comparada com seqüências de isolados de TCSV. A comparação com as outras espécies do gênero Tospovirus apresentou valores de homologia entre 72 e 84%. Estes resultados confirmam a identidade deste vírus como pertencente à espécie TCSV, que é predominante no Estado de São Paulo e importante patógeno de outras plantas cultivadas. Além disso, variedades de jiló quando inoculadas foram susceptíveis tanto ao TCSV como às espécies Tomato spotted wilt virus (TSWV) e Groundnut ringspot virus (GRSV).

Resistência de genótipos de tomateiro a um isolado de geminivírus do cinturão verde de Campinas, São Paulo

Plantas de tomateiro (Lycopersicon esculentum) apresentando sintomas de amarelecimento do limbo foliar principalmente nas nervuras, redução de crescimento e distorções foliares foram coletadas em lavouras do cinturão verde de Campinas, São Paulo, e mantidas no Centro Experimental de Campinas (IAC), para utilização em experimentos de avaliação de resistência de genótipos à virose. A partir de análises moleculares, o vírus foi identificado como Tomato yellow vein streak virus (TYVSV). Foram feitas avaliações em campo (infecção natural) e em telado (infecção natural e controlada), usando-se diversos genótipos, abrangendo cultivares, híbridos, linhagens e populações, além de espécies selvagens de tomateiro. Alguns dos genótipos e híbridos contêm o gene de resistência Ty-1. Em campo, destacou-se o híbrido 'BX 1016158' com as menores incidências de doença. Em telado (infecção natural), híbridos interespecíficos de L. esculentum x L. peruvianum, e a linhagem PI 134417 (L. hirsutum) mostraram-se os mais resistentes ao isolado. O método de avaliação precoce em telado (infecção controlada) mostrou-se adequado para discriminar genótipos resistentes ao isolado. Por meio desse método, constatou-se a resistência das linhagens 'LA 444-1' (L. peruvianum), F4(TySw5) e a série IAC 14-2, e dos híbridos 'Franco' e BX1653088 ('Densus'), os quais receberam notas próximas de um ou não apresentaram sintomas.

Dinâmica temporal da Clorose Variegada dos Citros em três regiões do Estado de São Paulo

Este trabalho objetivou esclarecer se o progresso da Clorose Variegada dos Citros (CVC) diferia entre três regiões de São Paulo, distintas quanto à incidência da CVC em citrus (Citrus spp.). Foram avaliadas três áreas, Noroeste, Centro e Sul de São Paulo, durante dois anos, em avaliações quinzenais, quando eram mapeadas as plantas sintomáticas. Tentou-se o ajuste de nove modelos ao progresso da doença, além do ajuste de três modelos a segmentos das curvas originais. Foram estimadas também as diferenciais e as diferenciais secundárias de cada curva de progresso. Apenas quando as curvas foram divididas é que foram obtidos bons ajustes aos modelos de progresso. A diferencial (velocidade da doença) e diferencial secundária (aceleração do aparecimento de novas plantas doentes) apresentaram diversos picos ao longo do tempo. Esses picos ocorreram em meses de Primavera e Verão. Levanta-se aqui a hipótese de que os picos de diferencial - incomuns na quantidade encontrada - estejam relacionados a determinados picos de emissão de brotações, já que as novas brotações são o local preferido de alimentação dos vetores de Xylella fastidiosa.

Caracterização de uma nova estirpe do Tomato mosaic virus isolada de tomateiro no Estado de São Paulo

Um vírus isolado em Guaratinguetá, SP, de tomateiro (Lycoporsicon esculentum) 'Santa Clara' com sintomas característicos de virose, foi estudado por meio de plantas indicadoras e de hospedeiras diferenciais pertencentes a linhagens homozigotas de tomateiro, ensaios de estabilidade in vitro, purificação, contrastação negativa, testes sorológicos de ELISA-PTA e imunomicroscopia eletrônica, utilizando-se anti-soros contra diferentes vírus do gênero Tobamovirus. O isolado infetou plantas de espécies de amarantáceas, quenopodiáceas e solanáceas. Plantas de Chenopodium amaranticolor reagiram com sintomas locais e sistêmicos; Nicotiana sylvestris e N. rustica reagiram com lesões locais e a linhagem homozigota de tomateiro Tm-2 mostrou-se imune ao vírus. Nas preparações purificadas de contrastação negativa, foram observadas partículas rígidas e alongadas com cerca de 300 nm. O isolado foi identificado como um tobamovírus, com anti-soros contra o Tomato mosaic virus (ToMV) e Tobacco mosaic virus (TMV). As hospedeiras diferenciais indicaram se tratar de ToMV. Por meio de RT-PCR, com oligonucleotídeos para o gene da capa protéica de espécies do gênero Tobamovirus do subgrupo 1, amplificaram-se fragmentos com 850 pb que foram clonados e seqüenciados. A similaridade de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos variou entre 85 e 91% quando a seqüência do ToMV-SP foi comparada com outras sequências de ToMV, 75 e 83% quando comparada com as do TMV e 67 e 72% quando comparada com a do Odontoglossum ringspot virus (ORSV). As comparações com outras espécies de tobamovírus apresentaram valores de similaridade inferiores a 65%. Confirmou-se a identidade dos vírus como sendo uma nova estirpe do ToMV.

Comportamento sazonal da clorose variegada dos citros em três regiões do Estado de São Paulo

Caracterizou-se a evolução de variáveis relacionadas à clorose variegada dos citros em plantas de três regiões do Estado de São Paulo (Noroeste, Centro e Sul), visando determinar diferenças no padrão sazonal do patógeno, dos vetores, do hospedeiro e da doença. Foram avaliadas mensalmente 20 plantas sintomáticas em talhões de laranja (Citrus sinensis) 'Pêra' enxertada em limão (Citrus limonia) 'Cravo', em três regiões do Estado de São Paulo, no período de dezembro de 1998 a dezembro de 2000, utilizando-se as seguintes variáveis: número de brotações novas (bn); percentagem de ramos sintomáticos (prs); percentagem de ramos assintomáticos infetados (prai); percentagem total de ramos infetados (ptri) e estimativa de concentração bacteriana (ecb). Em cada região foram obtidas as variáveis temperatura mínima, temperatura máxima, precipitação pluviométrica e número de cigarrinhas capturadas em armadilha amarela. Para a determinação de correlação entre variáveis, utilizou-se a análise de Lags Distribuídos e para a comparação de regiões e estações do ano, a análise de Kruskal-Wallis, Friedman e o teste de Nemenyi (p<0,005). As variáveis relacionadas à doença (prs, prai, ptri e ecb) apresentaram padrões sazonais, mas não se observou diferença estatística entre as estações do ano. O pomar da Região Noroeste apresentou maior quantidade de brotações novas e maior quantidade de ramos sintomáticos. O pomar da Região Sul apresentou maior quantidade de ramos com infecção assintomática. Não houve diferença de concentração bacteriana entre os pomares das três regiões.

Dinâmica espacial da clorose variegada dos citros em três regiões do Estado de São Paulo

A Clorose Variegada dos Citros (CVC) tem sido considerada a mais importante doença citrícola no Brasil, mas diversos aspectos de sua epidemiologia ainda não são bem conhecidos. O presente trabalho objetivou estudar o arranjo espacial das plantas afetadas, visando caracterizar a dinâmica da doença em três regiões do Estado de São Paulo (Noroeste, Centro e Sul). Por meio de avaliação de sintomas visuais, foram mapeados, quinzenalmente, três talhões de laranja-doce (Citrus sinensis) Pêra enxertada em limão Cravo (Citrus limonia), em três regiões do Estado de São Paulo, desde julho de 1998 até dezembro de 2000. Para o estudo da dinâmica espacial, foram aplicadas as seguintes análises: seqüências ordinárias; áreas isópatas; lei de Taylor modificada; índice de dispersão e análise de dinâmica e estrutura de focos. As seqüências ordinárias indicaram uma tendência à aleatoriedade na maioria das avaliações, indicando baixa transmissão a plantas imediatamente vizinhas. A análise de áreas isópatas mostrou pouca formação de focos compactos, numa tendência à uniformidade da incidência da CVC. As demais análises demonstraram pouca diferença no padrão espacial da doença entre as regiões, que pode ser considerado levemente agregado.

Caracterização do gene da proteína capsidial de dois isolados, patologicamente distintos e sorologicamente semelhantes, do Grapevine virus B em videiras no Estado de São Paulo

No presente trabalho, descreve-se a caracterização do gene codificador da proteína capsidial de dois isolados sintomatologicamente distintos do Grapevine virus B (GVB). Para isto, RNA totais foram extraídos de folhas e pecíolos de videiras (Vitis spp.) infetadas, cultivares Rubi (GVB-C SP) e Itália (GVB-I SP) e utilizados para amplificar, por RT/PCR, um fragmento entre as posições 6425 e 7118 (694 nucleotídeos, nt) do RNA do GVB ("GenBank", acesso X75448). O fragmento obtido inclui o gene da proteína capsidial (594 nt) codificando 197 aminoácidos com massa molecular estimada em aproximadamente 21.600 Da. A seqüência do GVB-C SP apresentou maior similaridade de nucleotídeos e aminoácidos deduzidos com o isolado italiano (acesso X75448), enquanto que o GVB-I SP foi mais similar a um outro isolado brasileiro do GVB descrito no Rio Grande do Sul (GVB BR1, acesso AF438410). Os dois isolados paulistas do GVB podem ser diferenciados por digestão com a enzima de restrição EcoRI, uma vez que há um sítio interno no GVB-C SP que está ausente no isolado GVB-I SP.

Caracterização do gene da proteína capsidial do Grapevine virus A em videiras afetadas pela acanaladura do lenho de Kober no Estado de São Paulo

O presente trabalho caracteriza o gene codificador da proteína capsidial do isolado do Grapevine virus A (GVA) encontrado no Estado de São Paulo (GVA-SP). RNA total foi extraído de folhas e pecíolos de plantas de videira (Vitis spp.) da variedade 'Kober 5BB' e submetido a RT-PCR usando oligonucleotídeos desenhados para amplificar um fragmento entre as posições 6409 e 7175 do RNA do GVA ("GenBank", acesso X75433). Foi obtido um fragmento de tamanho esperado (767 nt) que inclui o gene da proteína capsidial, codificando 198 aminoácidos. A seqüência do GVA-SP apresentou similaridade de nucleotídeos e aminoácidos de, respectivamente, 86-92,3% e 94,5-98% com isolados do GVA da Europa, África e Japão (Acessos X75433, AF441234, AF007415, AB039841) e da região Sul do Brasil (Acesso AF494187), sendo, entretanto, mais similar aos isolados africano e italiano.

Tomato chlorotic spot virus in hydroponically-grown lettuce in São Paulo State, Brazil

In the regions of Campinas and Sumaré, São Paulo, Brazil, hidroponically grown crops of Lettuce (Lactuca sativa) cv. Verônica, which showed virus-like symptoms were examined by electron microscope, biological, serological and molecular tests. Pleomorphic, enveloped particles (80-100 nm in diameter) were always detected in these samples. Experimentally inoculated host plants, including lettuce, reacted with tospoviruses-induced symptoms. Some differences were observed in Gomphrena globosa, which reacted by showing local lesions and systemic mosaic. Two isolates of Tomato chlorotic spot virus (TCSV) were identified by DAS-ELISA and by RT-PCR. The sequencing and alignment of the RT-PCR coat protein amplified fragments have indicated a high degree of homology with the TCSV sequences stored in the GenBank. This is the first report of losses due to a virus from the genus Tospovirus in commercial hydroponic lettuce crops in Brazil. Further epidemiological studies are needed for better understanding the spread of the virus in hydroponic crops, since Tomato spotted wilt virus (TSWV) is reported to spread through the nutritive solution.