Estudo da actividade de lisinas codificadas por bacteriófagos que infectam Enterococcus sp

Dissertação apresentada para a obtenção do Grau de Mestre em Genética Molecular e Biomedicina, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Antimicrobial resistance of Enterococcus sp. isolated from the intestinal tract of patients from a university hospital in Brazil

This study reports the results about antimicrobial resistance of Enterococcus spp. isolated from intestinal tract of patients from a university hospital in Brazil. The identification of strains at species level was performed by conventional biochemical tests, API 20 Strep (bioMérieux), and polymerase chain reaction assay. The specie distribution was E. faecium (34%), followed by E. faecalis (33%), E. gallinarum (23.7%), E. casseliflavus (5.2%), E. avium (1%), and E. hirae (1%). Intrinsic resistance to vancomycin characterized by presence of vanC genes was found in E. gallinarum and E. casseliflavus. The high prevalence of VanC phenotype enterococci is very important because these species have been reported as causing a wide variety of infections. Vancomycin-resistant E. faecium or E. faecalis were not found and no one isolate of these species was a beta-lactamase producer. Thirteen clinical isolates of enterococci (13.4%) showed multiresistance patterns, which were defined by resistance to three classes of antibiotics plus resistance to at least one aminoglycoside (gentamicin and/or streptomycin). The resistance to several antimicrobials shown by enterococcal strains obtained in this study is of concern because of the decrease in the therapeutic options for treatment of infections caused by enterococci.

Évaluation de l'impact de l'utilisation de tylosine et de virginiamycine sur les profils de résistance aux antimicrobiens chez enterococcus SP. et Escherichia coli isolés de porcs

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Densidade de Enterococcus sp em águas recreacionais e areias de praias do município de São Vicente-SP, Brasil e sua relação com parâmetros abióticos

Coastal cities attract a large number of tourists for their beautiful landscape and recreational activities, increasing the municipalities' income source. Thus, a need is clear for the establishment of beach quality monitoring programs to ensure bathers health. Although there is an effective monitoring program for recreational waters in Brazil there are no programs to certify the quality of beach sands. In this sense, the aim of this work was to analyze the density of bacteria from the genus Enterococcus in both sand and water from two beaches from São Vicente, São Paulo (Brazil) and correlate these densities to abiotic parameters such as: temperature, salinity, particle size, organic matter and tides). Water and sand samples were collected during February 2006 on the beaches of Gonzaguinha e Ilha Porchat and bacterial densities were determined by membrane filter technique. Temperature and salinity were measured in situ with a thermometer and a refractometer while particle size and organic matter were determined according to methods described by Suguio and Dean. There were significant differences between densities found in water and sand (p=0.004), being approximately 20 times higher in Gonzaguinha's beach sands. Similar results were found for Ilha Porchat beach samples, being the densities found in sand 3 times greater than those found in water. Both beaches showed a negative correlation between bacterial densities and salinity and temperature, suggesting a deleterious effect of these parameters on the bacterial community. On the other hand, no correlation was found between organic matter and particle size and bacterial densities. This work demonstrates that there is a great necessity for monitoring beach sand since the evaluation of beach quality is an important part of integrated coastal management programs.

Densidade e resistência a antimicrobianos de Enterococcus sp e Escherichia coli isoladas de águas, areias e algas do gênero Sargassum de praias recreacionais do Litoral Norte do Estado de São Paulo

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Microbiologia Aplicada) - IBRC

Antimicrobial resistance and species composition of Enterococcus spp. isolated from waters and sands of marine recreational beaches in Southeastern Brazil

Density, species composition and antimicrobial resistance in bacteria of the Enterococcus genus were evaluated in seawater and sands from 2 marine recreational beaches with different levels of pollution. The 2 beaches showed predominance of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium, in the water and the sand. Dry sand presented higher densities of Enterococcus sp. and higher frequency of resistant strains than wet sand and seawater. The beach with a higher degree of pollution presented higher percentages of resistant strains (66.7% and 61.5%, in sand and in water, respectively) and resistance to a larger number of antimicrobials compared with the less polluted beach, Ilha Porchat (35.7% and 31.25% of resistant strains in sand and water, respectively). in water samples, the highest frequencies of resistance were obtained against streptomycin (38.5%) and erythromycin (25%), whilst in sand, the highest frequencies were observed in relation to erythromycin and tetracycline (38.1% and 14.3%, respectively). These results show that water and sands from beaches with high indexes of faecal contamination of human origin may be potential sources of contamination by pathogens and contribute to the dissemination of bacterial resistance. (C) 2007 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Influência do consumo de Iogurte de soja fermentado com Enterococcus faecium na microbiota intestinal de animais e humanos

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise da qualidade microbiológica do peixe (Eugerres brasilianus, Curvier 1830) e das águas do Estuário do Rio Itanhaém, SP, Brasil

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Microbiologia Aplicada) - IBRC

Antimicrobial resistance and species composition of Enterococcus spp. isolated from waters and sands of marine recreational beaches in Southeastern Brazil

Density, species composition and antimicrobial resistance in bacteria of the Enterococcus genus were evaluated in seawater and sands from 2 marine recreational beaches with different levels of pollution. The 2 beaches showed predominance of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium, in the water and the sand. Dry sand presented higher densities of Enterococcus sp. and higher frequency of resistant strains than wet sand and seawater. The beach with a higher degree of pollution presented higher percentages of resistant strains (66.7% and 61.5%, in sand and in water, respectively) and resistance to a larger number of antimicrobials compared with the less polluted beach, Ilha Porchat (35.7% and 31.25% of resistant strains in sand and water, respectively). in water samples, the highest frequencies of resistance were obtained against streptomycin (38.5%) and erythromycin (25%), whilst in sand, the highest frequencies were observed in relation to erythromycin and tetracycline (38.1% and 14.3%, respectively). These results show that water and sands from beaches with high indexes of faecal contamination of human origin may be potential sources of contamination by pathogens and contribute to the dissemination of bacterial resistance. (C) 2007 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Antimicrobial Activities of Indole Alkaloids from Tabernaemontana catharinensis

Tabernaemontana catharinensis root bark ethanol extract, EB2 fraction and the MMV alkaloid (12-methoxy-4-methylvoachalotine) were evaluated for their antimicrobial activities. T. catharinensis ethanol extract was effective against both strains of the dermatophyte Trichophyton rubrum at concentrations of 2.5 mg/mL (wild strain) and 1.25 mg/mL (mutant strain), while the EB2 fraction and MMV alkaloid showed a strong antifungal activity against wild and mutant strains with MIC values of <0.02 and 0.16 mg/mL, respectively. The EB2 fraction showed a strong antibacterial activity against ATCC strains of S. aureus, S. epidermidis, E. coli and P. aeruginosa with MICs from <0.02 to 0.04 mg/mL, as well as against resistant clinical isolates species of Enterococcus sp, Klebsiella oxytoca, Citrobacter, K. pneumoniae, P. mirabilis, S. aureus, S. epidermidis, E. coli and P. aeruginosa with MIC values ranging from 0.04 to 0.08 mg/mL. The MMV alkaloid presented a MIC of 0.16 mg/mL against the strains of S. aureus and E. coli ATCC. For the resistant clinical isolates Enterococcus sp, Citrobacter, S. aureus, S. epidermidis, E. coil and P. aeruginosa the MIC of MMV ranged from 0.08 to 0.31 mg/mL. The chromatography analysis of the EB2 fraction revealed the presence of indole alkaloids, including MMV, possibly responsible for the observed antimicrobial activity.

Tópicos especiais em microbiologia.

Taxonomia bacteriana ? aspectos atuais e perspectivas. Aggregatibacter actinomycetemcomitans: fatores de virulência e modulação do sistema imune. Escherichia coli diarreiogênica em animais. Fatores de virulência em escherichia coli patogênica Extraintestinal. Enterococcus sp em alimentos: paradigmas. Resistência a carbapenêmicos em enterobactérias. Resistência em Staphylococcus aureus. Relação mútua entre Candida albicans e imunidade. Switching fenotípico em Candida spp Phytomonas spp.: modelo para estudo de processos biológicos da família Trypanosomatidae? Rotavirus. Antimicrobianos naturais produzidos por microrganismos: da busca à identificação. Antivirais naturais. Nanopartículas metálicas com atividade antimicrobiana. Plantas medicinais: A busca de novos fármacos no tratamento de doenças causadas por protozoários tripanossomatídeos. Introdução, estabelecimento e adaptação de Bradirrizóbios simbiontes da soja em solos brasileiros. Microrganismos e processos microbianos como bioindicadores de qualidade ambiental.

Colonização bacteriana do canal cervical em gestantes com trabalho de parto prematuro ou ruptura prematura de membranas

OBJETIVO: estudar a colonização bacteriana do canal cervical em gestantes com trabalho de parto prematuro ou com ruptura prematura de membranas. MÉTODOS: foram avaliadas 212 gestantes com trabalho de parto prematuro ou ruptura prematura de membranas. Na admissão hospitalar foram coletadas duas amostras do conteúdo endocervical e realizadas bacterioscopia e cultura em meios ágar sangue e ágar chocolate. Foram analisadas associações da colonização endocervical com infecção do trato urinário materno, corioamnionite, utilização de antibióticos, sofrimento fetal, prematuridade e infecção e óbito neonatais. RESULTADOS: a prevalência de colonização endocervical foi 14,2% (IC95%=9,5-18,9%), com resultados similares entre os casos com trabalho de parto prematuro ou ruptura prematura de membranas. O microorganismo mais prevalente na população estudada foi o estreptococo do grupo B (9,4%), sendo também isolados Candida sp, Streptococcus sp, Streptococcus pneumoniae, Escherichia coli e Enterococcus sp. Das bacterioscopias analisadas, os achados mais freqüentes foram baixa prevalência de bacilos de Döderlein e elevado número de leucócitos. Em mulheres colonizadas, houve maior prevalência de infecção do trato urinário (23,8 versus 5,4%; p<0,01), infecção neonatal (25,0 versus 7,3%; p<0,01) e óbito neonatal (dois casos entre as colonizadas; p<0,02), quando comparadas às não colonizadas. CONCLUSÕES: observou-se alta prevalência de colonização endocervical, mesmo sem a utilização de meios de cultura seletivos. O estreptococo do grupo B foi o principal microorganismo isolado, reforçando a necessidade de triagem deste agente na gestação. Um terço das culturas positivas ocorreram por outros agentes. Estudos complementares são necessários para esclarecer a importância destes achados bacteriológicos no canal endocervical e sua associação com complicações gestacionais, sepse e mortalidade neonatais.

Ocorrência e fatores de risco associados à infecção por Corynebacterium pseudotuberculosis em caprinos e ovinos do semiárido paraibano

Este trabalho teve como objetivo determinar a ocorrência e os fatores de risco associados à infecção por Corynebacterium pseudotuberculosis em caprinos e ovinos do semiárido da Paraiba. De 640 animais examinados, 7,7% (49/640) apresentavam evidências clínicas de linfadenite caseosa. Em 59,2% (29/49) destes animais havia apenas as cicatrizes de abscessos anteriormente rompidos; em 40,8% (20/49) dos animais, os abscessos estavam intactos. Desses 20 animais, 13 (65%) caprinos apresentaram 14 abscessos, enquanto que sete (35%) ovinos apresentaram oito abscessos. Em ambas as espécies, o linfonodo pré-escapular foi o mais acometido. No exame microbiológico, constatou-se que C. pseudotuberculosis foi o agente mais frequentemente isolado, em 15 (68,2%) amostras; em uma (4,5%) foi isolado Staphylococcus coagulase negativa; uma (4,5%) Enterococcus sp.; uma (4,5%) o Proteus mirabilis e Pseudomonas aeruginosa; e em quatro (18,2%) amostras não houve crescimento bacteriano. O modelo final de regressão logística mostrou que animais provenientes de rebanhos em que seus proprietários deixavam os abscessos romperem naturalmente tiveram maior chance de apresentar linfadenite caseosa (odds ratio =8,19; IC 95% =1,75-38,25; p=0,008). Conclui-se que os caprinovinocultores da região devem adotar medidas profiláticas em seus rebanhos, como abertura e drenagem precoce dos abscessos superficiais e destino adequado do conteúdo. Tais medidas, associadas à inspeção periódica do rebanho, descarte de animais doentes e não introdução de animais infectados, contribuirão significativamente para o controle desta infecção.

Cloro e ozônio aplicados à desinfecção de efluente hospitalar tratado em contadores biológicos rotatórios, com avaliação de efeitos tóxicos em Daphnia similis

Neste trabalho foi avaliado o desempenho do sistema de contatores biológicos rotatórios para a remoção de matéria orgânica de efluente hospitalar e a posterior inativação de coliformes totais, Escherichia coli e Enterococcus sp. com os oxidantes hipoclorito de sódio e ozônio. A toxicidade gerada nos processos de desinfecção foi avaliada em Daphnia similis. Os efluentes hospitalares podem apresentar semelhanças aos efluentes domésticos no que diz respeito à concentração de matéria orgânica, coliformes e pH e ambos são, geralmente, coletados pela rede de esgotos e enviados para mesma estação de tratamento. Contudo, a presença de substâncias como fármacos, desinfetantes e compostos químicos, bem como organismos patogênicos multirresistentes a antimicrobianos podem ocorrer em elevadas contagens nas águas residuárias hospitalares. O sistema biológico de tratamento utilizado nesta pesquisa se mostrou adequado, obtendo-se remoções de matéria orgânica na ordem de 80% em termos de DQO, sendo que no término do experimento atingiu-se 88,5% de remoção de DQO para o tempo de detenção hidráulico de 2,28 horas. Houve a inativação de 1 a 2 unidades logarítmicas para coliformes totais, de 2 a 3 unidades logarítmicas para Escherichia coli e significativa remoção de toxicidade. O desempenho dos desinfetantes hipoclorito de sódio e ozônio mostrou similaridades. Entretanto, ao comparar-se com efluentes domésticos, foram necessárias maiores dosagens para o efluente hospitalar devido ao elevado consumo de oxidante pela presença da matéria orgânica refratária ao tratamento biológico. O processo de desinfecção com hipoclorito de sódio apresentou variabilidade nos resultados, em função da concentração de matéria orgânica, nitrogênio amoniacal e pH do efluente. Para ensaios em bateladas em volumes de amostra de 1 litro, valores de C.t oscilaram entre 20 a 50 mg.min.L-1 para inativação de E. coli. A desinfecção por ozônio também sofreu variações em função da matriz complexa do efluente. A inativação dos organismos somente foi acentuada após adição de 70 a 90 mg.L-1 de ozônio, concentrações estas nas quais se observou grande decaimento na absorbância em UV 254 nm, indicando possivelmente o consumo prioritário de ozônio para outras reações de oxidação, tais como a ruptura de anéis aromáticos e/ou insaturações nas cadeias carbônicas. Efluentes de origem doméstica foram rapidamente desinfetados com ozônio. Os organismos Enterococcus sp. apresentaram decaimento ora semelhante a coliformes totais, ora semelhante a Escherichia coli e ora resistentes frente à ação do desinfetante. Após total inativação de coliformes fecais foram eventua lmente observadas contagens na ordem de 103 UFC.100mL-1 de Enterococcus sp. Dada a prevalência de organismos resistentes a antibióticos que, em função disso, apresentam maior grau de virulência, observou-se que somente o monitoramento de coliformes totais e fecais não seria adequado para a desinfecção e lançamento de efluentes hospitalares. A toxicidade aguda do efluente, verificada em Daphnia similis, aumentou após adição de cloro mas foi reduzida quando houve decloração com tiossulfato de sódio. Com adição de ozônio, verificou-se variabilidade nos resultados, mas geralmente houve aumento da toxicidade após aplicação de elevadas dosagens as quais foram necessárias para desinfecção.

Decaimento bacteriano em lagoas de estabilização no Nordeste brasileiro

Stabilization pond system consisting in more sewage treatment used in Rio Grande do Norte (RN), Brazil, representing about 90% of all systems. Fecal bacteria are removed mainly facultative ponds and in maturation ponds. Many factors influence bacterial decay, such as the levels of pH and DO, temperature, light intensity, HDT and nutrient availability. The bacterial decay rate (Kb) is calculated considering many variables, but the hydraulic regime is a significant influence for microorganisms removal, and the dispersed flow which best characterizes a stabilization pond. However, some authors developed equations for the Kb accordant plug flow and complete mixing. This research study aimed to evaluate the bacterial decay of fecal coliform and Enterococcus sp. in stabilization ponds designed to treat domestic sewage, full-scale, in RN. All systems have assessed pretreatment, a facultative pond (LF) followed by two maturation (LM1 and LM2). The parameters availed were: temperature, pH, DO, BOD5, COD, fecal coliform, Enterococcus sp., Chlorophyll a, total suspended solids, fixed and volatile. In general, there were not significant differences for pH, DO and temperature in the ponds, except for the new systems, since they have low flow and hydraulic loads. The removal of organic matter in the ponds was low, about 70%, and nearly all are overloaded organic and operational problems. The bacterial removals were low, with average 96% for LF for fecal coliform, and 98% for Enterococcus sp.; LM1 were in itself a removal for fecal coliform about 71%, and 81% for Enterococcus sp.; LM2 have efficiency of 69% for fecal coliform, and 68% for Enterococcus sp. The equation proposed by Von Sperling (1999), according to the dispersed flow regime, generated empirical values of Kb more approximate to calculated values of Kb. On average, the calculated Kb to coliforms in the LF was 0.31 d-1, and for both maturation ponds were 0.35 d-1. For Enterococcus sp. the average was 0.40 d-1 for LF, 0.55 d-1 for LM1, and 0.58 d-1 for LM2. These results also showed that the Kb obtained in full-scale systems are smaller than those found in pilot-scale ponds. Moreover, one can say that the equation proposed by Marais (1974), according to the complete-mix regime, overestimates Kb. Actual results of Kb indicated that fecal coliforms are more resistant to adverse conditions present in stabilization ponds than Enterococcus sp., therefore, an indicator of microbiological safety and efficiency. The factors significant interventions in the rate of bacterial decay were concentrations of COD, the organic loading and HDT. The few Kb relationship between pH, DO and temperature were not significant. Finally, we conclude that it s essential to correct operation and maintenance, for not performing these activities is one of the main factors contributing to low rates of bacterial decay.