Phylogeny of fireflies (Coleoptera : Lampyridae) inferred from mitochondrial 16S ribosomal DNA, with references to morphological and ethological traits

We sequenced partial mitochondrial 16S ribosomal DNA (16S rDNA) of 18 firefly species from Southwest of China. Combined with homologous sequences previously reported, phylogenetic trees including Japanese, Korean and Chinese species were reconstructed by

16S rRNA基因序列变异与中国鮡科鱼类系统发育

采用PCR技术获得了中国鮡科鱼类10属9种鰋鮡鱼类和6种非鰋鮡鱼类线粒体DNA 16S rRNA基因部分序列. 序列分析表明, 16S rRNA序列非配对区有A碱基偏倚性, 配对区有G碱基偏倚性. 在非配对区, 主要由于A→G转换引起转换大于颠换的偏倚, 且平均替代率几乎是配对区的2倍. 配对区和非配对区均没有替代饱和现象. 采用最大似然法(ML)和Bayesian方法构建分子系统树, 结果表明, 鮡科是一个单系群, 由(黑鮡属(魾属, 纹胸鮡属))与(褶鮡属+ 鰋鮡鱼类)两支构成. 鰋鮡鱼类可能不是一个

Mitochondrial DNA diversity of the Asian moon scallop, Amusium pleuronectes (Pectinidae), in Thailand

Sequence variation of the mitochondrial DNA 16S rRNA region of the Asian moon scallop, Amusium pleuronectes, was surveyed in seven populations along the coast of Thailand. A total of 16 unique haplotypes were detected among 174 individuals with a total 27 variable sites out of 534 bp sequenced. The mitochondrial haplotypes grouped into two distinct arrays (estimated to differ by about 2.62% to 2.99% nucleotide divergence) that characterized samples collected from the Gulf of Thailand versus the Andaman Sea. Low levels of intrapopulation variation were observed, while in contrast, significant divergence was observed between populations from the Gulf of Thailand and Andaman Sea. Results of AMOVA reveal a high F ST value (0.765) and showed that the majority of the total genetic variance (76.03%) occurred among groups (i.e., Andaman Sea and the Gulf of Thailand) and little among populations within the group (0.52%) and within populations (23.45%). The genetic differentiation between the populations recorded in the present study is similar to that observed in a variety of marine species in the Indo-Pacific. The implications of the findings for management of A. pleuronectes genetic resources in Thailand are discussed.

铬污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的RFLP分析

对污染土壤修复过程中土壤细菌群落多样性的变化进行研究。【方法】以淹水培养后的模拟铬污染土壤为供试材料,通过直接提取土壤中总细菌DNA,利用细菌专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立克隆文库。利用PCR-RFLP技术,分析比较了土壤淹水10 d(对照,S1)、添加Cr(Ⅵ)淹水10 d(S2)、添加Cr(Ⅵ)和Fe(OH)3淹水10 d(S3)及20 d(S4)4个处理中土壤细菌群落的变化。【结果】用专一引物克隆细菌16S rDNA片段,分别建立了克隆文库;用限制性内切酶RsaⅠ进行细菌16S rDNA PCR-RFLP分析,分别得到123,120,97和69个酶切类型,库容值分别为54.92%,55.43%,65.33%和76.60%;Shannon-Wiener指数、Gini指数、物种丰富度指数(dMa)和物种均匀度指数(Jgi)均表现为S1>S2>S3>S4,以上4个指数的变异系数分别为11.51%,1.84%,23.64%和1.55%;基于细菌多样性参数的聚类分析结果,将对照S1和添加Cr(Ⅵ)处理的S2归于一类,而2个添加Fe处理的土壤S3和S4聚为一类。【结论】经过10 d淹水处理,...

氮肥缺失对旱地土壤细菌群落多样性的影响

本文旨在研究氮肥缺失对旱地土壤细菌群落多样性的影响。采用直接提取土壤微生物总DNA的方法,对不施肥(CK)、适量施肥(F1)、和缺氮施肥(F2)3种不同施肥水平土样DNA进行提取,扩增细菌16S rDNA基因片段,建立克隆文库。用限制性内切酶HhaI和RsaI进行PCR-RFLP分析,分别得到146、187、11个酶切类型。采用α多样性的测度对试验结果进行分析统计结果表明,不同处理间土壤细菌的多样性(H′、Ds和Dg)和物种丰富度(dMa、R2和E)均为F1>CK>F2;λ、dMa、E和H′指数在不同施肥处理间的变异系数达到56.96%~163.1%,尤其Simpson指数λ是非常敏感的指标,处理间的差异最大,表明氮肥缺失严重影响土壤细菌群落多样性,合理施肥有利于土壤细菌的多样性。

锄足蟾总科两栖类系统演化研究

以线粒体DNA 的16S、ND4 和细胞色素B 三个基因片段的为测序和计算的 对象，对锄足蟾总科Pelobatidea 的角蟾科Megophryidae、锄足蟾科Pelobatidae、 掘足蟾科Scaphiopidae 和合跗蟾科Pelodytidae 这4 个科现生的所有属（除小臂蟾 属Leptobrachella 外）和绝大部分物种进行了分子系统学研究。综合的研究结果 表明，4 个科在系统演化上都各自形成独立的支系，证明了目前形态分类系统的 合理性。其亲缘关系的顺序依次是：东南亚的角蟾科与欧洲、西亚和非洲西北部 的锄足蟾科最近，然后二者与欧洲的另一个科合跗蟾科相聚，最后与北美洲的掘 足蟾科相聚。分化的先后为：掘足蟾科最先分化出来，然后是合跗蟾科，再后为 锄足蟾科，最后为角蟾科。角蟾科的两个亚科（角蟾亚科Megophryinae 和拟髭 蟾亚科Leptobrachiinae）在系统演化上也分别形成各自的支系，证明国内对亚科 的划分是合理的。这两个亚科虽然大部分为同域分布，但分别向不同的方向独立 演化。对属间系统演化关系的研究表明，锄足蟾科为单属、合跗蟾科为单属，掘 足蟾科为2 属（掘足蟾属Scaphiopus 和旱掘蟾属Spea），均为有效属，但角蟾科 原来划分的几个属的分类地位需要调整。本研究从整体上对这些属的分子系统演 化关系进行了分析和讨论，并对各主要科属的种间分子系统演化关系进行了分 析。通过本次实验, 我在角蟾亚科的属种分化和拟髭蟾亚科各属的属间和属内系 统演化关系的研究方面，提出了一些新的认识。 上述该分子系统研究还参照了形态学系统发育的研究和核型的比较研究。并 根据地质、地理、气候和生态环境及物种习性的有关资料对该类群的系统演化过 程和机理进行了分析和讨论。

污水处理体系中的微生物群落特征研究

污水生物处理系统本质上是一种人工强化的工程化微生态系统。污水处理过程往往由多个功能互补的反应单元协同完成，例如因对污水中有机碳、氮和磷兼具良好的去除功能而在城市污水处理中被广泛应用的Anoxic / Oxic（A/O）生物处理工艺。不同反应单元特有的微生物群落之间的相互关系和相互作用与处理系统的稳定性和处理效率密切相关。所以对污水处理系统中微生物群落进行系统分析非常重要。研究系统中微生物群落的时空演替对于优化处理系统的设计和操作具有重要意义。但是，以往对于污水处理系统中微生态系统的解析多数针对实验室规模的其中个别反应器独立进行，还缺乏从系统水平对实际大规模运行的整个污水处理过程中所有反应单元群落进行分析的研究。 悬挂链移动曝气系统是对A / O工艺的完善和发展。悬挂链曝气工艺的实现是依靠悬挂链移动曝气设备和完善的自动控制系统来完成的。可以在系统中实现类似多级A/O的可能性，水力停留时间较长，污泥龄达到15天以上，能够完全实现A / O 工艺。 目前正被广泛应用在各种行业的污水处理项目中。 本文应用基于细菌16S rRNA中的PCR扩增方法（Polymerase Chain Reactor），结合变性梯度凝胶电泳指纹分离技术（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, DGGE），对实际规模的运用Anoxic / Oxic（A/O）工艺并采用悬挂链式移动曝气技术的污水生物处理系统中微生物群落特征，主要对细菌组成结构和群落动态，细菌优势菌群的多样性以及与系统功能稳定性的关系进行了研究，拟为更全面了解活性污泥处理系统中的优势菌群特征，以及细菌群落结构和功能动态变化关系，实现对活性污泥处理的优化操作，对污染物降解功能菌群的筛选，为运用现代培养技术实现分离培养并运用于环境修复实践奠定方法和理论基础。 首先，对影响PCR-DGGE分析的重要前操作步骤进行了优化和筛选，包括两个方面：细菌基因组DNA的高效提取和纯化；不同16S rRNA靶序列对PCR-DGGE分析的影响。从中选出适合于活性污泥样品的细菌基因组DNA提取方法和PCR-DGGE分析的最优靶序列组合。 其次，运用PCR-DGGE指纹图谱技术分析了该污水处理系统中不同功能反应单元中活性污泥的细菌种群结构特征，探讨了系统运行过程中细菌种群时间和空间上的动态特征。并将图谱中所显示的优势条带进行切割回收，重复扩增，电泳检测，序列测定并与GenaBank数据库中的微生物类群进行同源性比对，探讨活性污泥中细菌种群多样性，了解污泥中可能含有的主要具有污染物降解功能的类群信息。 在整个处理过程中，同一功能反应单元中不同位置的活性污泥微生物菌群结构不同。执行不同功能的处理单元活性污泥细菌多样性和组成结构各有不同。 在系统稳定运行的状态下，细菌组成结构的时间变化动态不显著。但是在系统的不同操作条件下，主要处理池的微生物群落的DGGE遗传指纹图谱较独特。 对该处理系统污泥中优势菌群的序列测定和同源性比对表明，优势菌群所对应的细菌的16S rDNA序列可以被归属于以下四个主要的细菌系：α, β, γ- Proteobacteria 以及厚壁菌门 phylum Firmicutes （low G+C Gram-positive）。 该处理系统的优势菌群的DGGE条带拥有潜在的具有异养硝化/好氧反硝化的除 N / P 类群。该类菌群中的大多数属于Pseudomonas spp.。另外，回收到两个与已鉴定的具有异养硝化和好氧反硝化能力的Pseudomonas stutzeri 和 Pseudomonas borbori 最相似的菌株的条带。γ-变形菌纲门（γ- Proteobacteria）的微生物类群在该缺氧-好氧处理厂中分布较广泛，尤其是和 N / P 去除紧密相关的具有脱氮除磷能力的Pseudomonas 类群，而且在好氧曝气处理池中分布较广，这可能和系统中表现的好氧反硝化现象相关。 不同的操作状况下微生物群落结构有差异。增加污泥回流比，增加DO（Dissolved oxygen）浓度，COD去除率和NH4+-N去除率显著增加，总N和总P的去除率改变不显著。 最后，对整个处理过程中微生物群落结构在系统正常调控改变范围内的长期动态和稳定性进行了探讨。整个处理系统的长期稳定性与体系中的每个处理环节相关，而不是仅与其中的单个主要反应池相关。污水处理体系的功能稳定性与其中的微生物群落稳定性相关，微生物群落结构决定了生态功能，群落结构变化能反应系统的运行状况及其降解效率。

利用DGGE指纹图谱技术考察不同营养条件下土壤微生物群落结构的变化

利用现代分子生物学技术,结合经典方法,克服传统的分离培养缺陷,探讨在不同营养条件下土壤微生物群落的基因多样性。经过直接从土壤中抽提总DNA,并对总DNA中16S rDNA及其中V6~V8可变区序列作PCR扩增、变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析等,发现不同处理条件下的土壤微生物的基因多样性变化与土壤微生物量的波动并不一致,说明微生物群落多样性与微生物量的关系并非线形。同时发现秸秆的添加更有利于土壤微生物群落的稳定。

织纹螺（Nassarius spp.）体内河豚毒素来源的研究

近几十年来，国内沿海地区频繁发生食用织纹螺中毒事件，并导致数十人死亡，这一问题得到了政府相关部门的高度重视。但是，由于织纹螺毒性变化很大，毒素来源不清楚，因此很难预测食用织纹螺中毒事件的发生，这在很大程度上限制了对食用织纹螺中毒事件的有效监测和管理。目前，对于中国沿海有毒织纹螺体内河豚毒素（tetrodotoxin, TTX）的来源还未见过系统研究。本文选取中国沿海常见的半褶织纹螺（Nassarius semiplicatus）、纵肋织纹螺（N. variciferus）和拟半褶织纹螺（N. semiplicatoides sp. nov.）作为实验对象，从毒素的微生物来源与食物链来源这两个角度分别展开研究，以探讨织纹螺体内 TTX 的可能来源，为提出相应的预防管理措施提供科学依据。 首先，我们先后从曾发生过中毒事件的江苏盐城和连云港采集了织纹螺样品，通过小鼠生物测试法和液-质联用分析技术（LC-MS），对织纹螺的毒性和毒素组成进行了测试和分析，分离培养了织纹螺体内及其生活环境中的细菌，应用河豚毒素单克隆抗体酶联免疫检测方法（ELISA）对细菌的产毒情况进行了测试，并通过 16S 核糖体（rRNA）部分基因序列测定对细菌种类进行了初步的分析。研究发现，采自江苏盐城和连云港的半褶织纹螺的毒性分别约为 2 MU/g 和 200 MU/g 组织，体内的毒素成分是河豚毒素及其同系物。从盐城的半褶织纹螺及其生活环境分离的菌株中随机挑出 14 个菌株中，9 个菌株河豚毒素检测结果呈现阳性。从连云港高毒性半褶织纹螺消化腺中分离到的 45 个菌株中，阳性菌株有 21 个。但是，有毒菌株毒素含量较低，毒素含量范围是 15-184ng/g。通过 16S rDNA 部分序列的测序结果发现，大部分有毒菌株与弧菌属（Vibrio）的细菌在遗传序列信息上比较相近。其余有毒菌株分别与希瓦氏菌属（Shewanella）、海单胞菌属（Marinomonas）、黄杆菌属（Tenacibaculum）、动性菌属（Planococcus）、发光杆菌属 (Photobacterium)和气单胞菌属（Aeromonas）的遗传序列比较相近。其中与海单胞菌属、动性菌属和发光杆菌属亲缘关系较近的产毒细菌是首次报道。这一研究表明织纹螺体内及其生活环境中的存在产河豚毒素的细菌，但由于产毒素的量较低，因此可能在织纹螺体内河豚毒素的产生和累积过程并不发挥主要作用。 织纹螺作为一类腐食性的海洋动物，也有可能通过进食含有河豚毒素的生物而累积河豚毒素。对此，我们开展了高毒性半褶织纹螺的室内培养实验，以及河豚毒素在不同种类织纹螺体内的累积和排出的模拟实验，并定期采样，通过液相色谱与串联质谱联用技术（LC-MS/MS）对织纹螺体内河豚毒素及其同系物的含量变化情况进行了分析。室内培养实验发现，从连云港赣榆县采集的高毒性半褶织纹螺，在实验初期，体内毒素含量呈下降的趋势，但从 7月上旬开始，毒素含量突然快速上升，与连云港赣榆县野外采集的织纹螺的毒素含量表现出相似的变化趋势。河豚毒素在不同种织纹螺体内的累积和排出的模拟实验发现，通过投喂高毒性的河豚鱼肝脏（毒性为5×103 MU/g），纵肋织纹螺在一段时间内能够快速累积少量的河豚毒素。当停止投喂有毒河豚鱼肝脏后，毒素含量会快速下降。而在曾导致中毒事件的拟半褶织纹螺中，投喂有毒河豚鱼的肝脏后，其体内毒素含量只有缓慢增加。但在投喂无毒的河豚鱼肝脏后，其毒性却出现了快速增加的现象，这与该地区野外样品的毒性变动状况类似。这些发现显示高毒性半褶、拟半褶织纹螺体内的河豚毒素应当不是食物链累积的结果，而可能是由其自身产生。并且，毒素含量的变化具有一定的生物节律，有可能与产卵、繁殖等自然节律相关。 通过对半褶、纵肋和拟半褶织纹螺的研究工作可以认为，产河豚毒素的细菌不是织纹螺体内河豚毒素的主要来源，并且毒素也不是来自其摄食的食物，推测可能主要是由织纹螺自身产生。织纹螺所表现出的河豚毒素含量的季节性变化，极有可能与产卵、繁殖等自然节律相关，这些发现为预防和管理食用织纹螺中毒事件提供了科学依据。但是，本研究并未完全阐明织纹螺体内河豚毒素的来源，对于织纹螺体内河豚毒素的确切来源以及河豚毒素的代谢和转化机制，还有待于更加深入地研究工作。

褐牙鲆和夏牙鲆杂交的遗传学研究

在进行褐牙鲆(Paralichthys olivaceus)和夏牙鲆(P. dentatus)的杂交及回交的基础上，利用染色体计数、AFLP、线粒体DNA和核基因部分序列等分析方法对褐牙鲆和夏牙鲆正反交和回交子代进行遗传学研究，探讨了褐牙鲆和夏牙鲆正反交不对称的遗传学基础及其生殖隔离现象，主要结果如下： 1. 褐牙鲆和夏牙鲆正反交的活力是不对称的，褐牙鲆♀×夏牙鲆♂的正交杂种活力正常，能够正常存活、生长和发育，而反交夏牙鲆♀×褐牙鲆♂的杂种体态畸形，孵出后不久死亡。染色体计数发现正交个体的染色体核型与父母本一致，均为48条端部着丝粒染色体；而反交杂种比亲本缺失了两条染色体，仅为46条端部着丝粒染色体，这表明反交杂种为非整倍体。进一步利用AFLP方法对遗传物质从亲本到子代的传递进行了分析，结果显示正反交遗传物质的传承方式存在很大差异。几乎所有亲本的AFLP位点(97.71%)均传递到正交子代。然而，仅有86.64%的AFLP位点从亲本传递到反交子代，反交子代中亲本位点的丢失比例显著高于正交子代和亲本种内交配子代的比例 ( P < 0.05)，这可能与反交杂种染色体丢失有关。进一步分析发现，杂交组中的偏分离标记高于对照组，尽管经2检验发现其差异并不显著 (P > 0.05)。 2. 对于可以成活的正交杂种进行培育达到性成熟后，利用褐牙鲆和夏牙鲆的精液分别与雌性杂交鲆的卵子进行母本回交实验。通过统计受精率、孵化率及杂交适合度值（CFM，受精率和孵化率相乘获得的结果）评估褐牙鲆和夏牙鲆的杂交可适度，结果表明正交及各回交组中的CFM值均显著低于褐牙鲆自交(P < 0.05)。同时，利用AFLP对回交子代基因组的变化进行了分析，发现回交中不仅存在亲本位点的丢失(褐牙鲆回交子代-回交1, 3.96%; 夏牙鲆回交子代-回交2, 6.03%)的现象，也存在非亲位点(回交1, 5.63%; 回交2, 3.28%)的现象。而且，两回交组合分别有27.40%和31.18%的AFLP标记偏离孟德尔遗传。 3. 利用线粒体DNA 16S rDNA、COⅠ基因及核基因rag1的部分序列对正反交及回交子代的线粒体及核DNA的传承进行分析，发现正反交子代的16S rDNA和线粒体DNA片段的同源性和母本一致，各回交组中16S rDNA和COⅠ基因片段与褐牙鲆的同源性较高 (98%)，这表明褐牙鲆和夏牙鲆杂交及回交遵循母性遗传规律。但在回交子代中发现16S rDNA和COⅠ基因具有多种单倍型。褐牙鲆和夏牙鲆的rag1基因具有高度的保守性，但在正交子代中发现rag1多种单倍型。 4. 进一步利用线粒体DNA的16S rDNA、COⅠ基因的部分序列对8种重要海水养殖鱼类的系统进化分析，计算了其种间的遗传距离。根据这几种鲆鲽鱼的杂交是否可行的试验结果，评价种间遗传距离与杂交可适度的关系，结果表明，这8种鲆鲽鱼类的种间遗传距离与杂交可适度呈显著的负相关 (r2 = 0.805，P < 0.01)，即种间遗传分化越大，杂交成功的可能性越小，这表明鲆鲽鱼类中可能存在物种进化的不亲和钟 (Incompatibility clock)。

胶州湾和东太平洋海隆(~13°N)沉积物微生物多样性研究

海洋是一个巨大的生态系统，多样的微生物是构成海洋生态系统的基本元素。海洋微生物的群落结构及演变深刻的反映着海洋生态系统的变迁。本文采用分子生物学技术，研究了近海沉积物生态系统——胶州湾沉积物中细菌的多样性、群落结构的时空演替规律以及远洋深海沉积物生态系统——东太平洋海隆北纬13o附近深海沉积物中细菌和古细菌群落结构沿沉积物断层的分布情况，结果表明在两处沉积物中，微生物群落的结构都与环境因子有显著的相关性，是反映海洋沉积物环境特征的重要（分子）标志物，并且可能在这些环境中参与生物地球化学循环等重要过程。 1.从胶州湾不同区域的8个代表性站点采集4个季度的沉积物样品。提取总基因组DNA，利用16S rDNA作为分子标记，采用克隆文库对胶州湾沉积物中细菌群落的组成、空间分布和季节演替规律进行了研究。结果显示沉积物中的细菌具有高度多样性，来自于13个细菌门，同时还有28%的未鉴定克隆，表明胶州湾沉积物中蕴藏着巨大的微生物资源。其中已鉴定的优势种群是α-、β-、γ-、δ-变形细菌、绿弯菌、厚壁菌、蓝细菌和放线菌。同时还包括酸杆菌、拟杆菌、浮霉菌、疣微菌、芽单胞菌、绿菌、梭杆菌、异常球菌-栖热菌等类群的存在。将各克隆库的组成与温度、总碳、总氮等环境因子结合分析，结果显示细菌群落结构更替的主要驱动力是季节变化所带来的温度等环境因子的演变。对数据库中与本研究所获得序列具有最近亲缘关系序列的来源环境进行分析表明，胶州湾中细菌群落受航运活动、水产养殖、重金属污染等人类活动的明显影响，同时这些活动表现出显著的空间特异性，比如C4和D6等站点明显受到航运活动的影响，而A3和Y1等站点则容易受到沿岸径流所带来的淡水和油污染的影响。 2.分别利用PCR-DGGE和克隆文库技术对东太平洋海隆北纬13o附近深海柱状沉积物样品中细菌和古菌群体进行研究，结果显示这些微生物群落沿四个分别代表不同沉积年代断层明显的成层分布，与环境因子结合分析表明这种成层分布与氧化还原性质等地球化学特征的成层分布相吻合，提示我们该生态系统中的微生物受到环境因子的巨大作用，同时也表明这些微生物可能参与该生态系统中硫、金属元素代谢等过程。通过系统发育分析，四个断层中的微生物群落中呈现出很多与热液活动相关的个体（其中34.7%的细菌序列和31%的古菌序列与来源于各种热液环境的序列具有最近的亲缘关系）。但总体群落结构分析表明该区域可能属于热液活动影响区域的边缘，处于从热液活动环境到普通的低温沉积物环境的过渡区域。 3.将在胶州湾和东太平洋海隆北纬13o附近海洋沉积物生态系统中都存在的优势细菌类群（α-、β-、γ-、δ-变形细菌和放线菌、绿弯菌、厚壁菌、酸杆菌、浮霉菌）进行系统发育分析和背景比较分析，结果显示两处沉积物中的细菌优势种群虽然在大类群上很多是相同的，但是可能由于两处沉积物中不同物理化学等环境因子的选择作用（如胶州湾的近海特征和人为活动，东太平洋深海特点和热液活动），而导致优势种群在系统发育关系上距离比较远。这表明独特的微生物群落结构，特别是优势种群的群落结构信息是描述特定环境生态系统的重要方面。本研究表明在全球环境变迁中,自然环境因子和人类活动都在深刻改变着微生物群落的结构和功能。本文阐述了在环境变迁特定时期两处沉积物生态系统中的微生物群落结构及时空差异，为研究大范围生态系统的演变提供了依据，同时也为在两处沉积物环境中进行微生物参与的生物地球化学研究奠定了基础。

The molecular systematics of Leiopotherapon unicolor (Günther, 1859): testing for cryptic speciation in Australia’s most widespread freshwater fish

Leiopotherapon unicolor is the most widespread freshwater fish species in Australia. A comprehensive allozyme and mitochondrial DNA 16S rRNA data set was assembled from 141 specimens of L. unicolor collected Australia-wide in order to test for cryptic speciation in this far-ranging species. Surprisingly, little genetic diversity was observed within L. unicolor and provided no evidence for the existence of cryptic species within this lineage. In contrast, a small sample set of L. aheneus used as the outgroup showed two highly divergent haplotypes strongly suggestive of cryptic speciation. L. unicolor has a number of ecological and life history attributes that may explain the lack of significant genetic divergence over substantial geographical distances. The occurrence of other widespread fish and crustacean species that also display only limited genetic diversity indicate that climate conditions more favourable to dispersal across central and northern Australia than is suggested by the extent of present-day aridity have occurred in the relatively recent geological past.

MtDNA diversity of the critically endangered Mekong giant catfish (Pangasianodon gigas Chevey, 1913) and closely related species : implications for conservation

Catfishes of the family Pangasiidae are an important group that contributes significantly to the fisheries of the Mekong River basin. In recent times the populations of several catfish species have declined, thought to be due to overfishing and habitat changes brought about by anthropogenic influences. The Mekong giant catfish Pangasianodon gigas Chevey, 1913 is listed as Critically Endangered on the IUCN Red List. In the present study, we assessed the level of genetic diversity of nine catfish species using sequences of the large subunit of mitochondrial DNA (16S rRNA). Approximately 570 base pairs (bp) were sequenced from 672 individuals of nine species. In all species studied, haplotype diversity and nucleotide diversity ranged from 0.118±0.101 to 0.667±0.141 and from 0.0002±0.0003 to 0.0016±0.0013, respectively. Four haplotypes were detected among 16 samples from natural populations of the critically endangered Mekong giant catfish. The results, in spite of the limited sample size for some species investigated, indicated that the level of genetic variation observed in wild populations of the Mekong giant catfish (haplotype diversity=0.350±0.148, nucleotide diversity=0.0009±0.0008) is commensurate with that of some other related species. This finding indicates that (1) wild populations of the Mekong giant catfish might be more robust than currently thought or (2) present wild populations of this species carry a genetic signature of the historically larger population(s). Findings from this study also have important implications for conservation of the Mekong giant catfish, especially in designing and implementing artificial breeding programme for restocking purposes.

Ehrlichiosis in anemic, thrombocytopenic, or tick-infested dogs from a hospital population in South Brazil

Ehrlichia canis has a worldwide distribution, but clinical manifestations may vary geographically. We selected 129 dogs to determine prevalence of ehrlichiosis in dogs with anemia, thrombocytopenia, or ticks presented to a Veterinary Teaching Hospital in South Brazil. Of the 129 dogs, 68 carried the brown dog tick (Rhipicephalus sanguineus), 61 had thrombocytopenia (platelet count <150,000/μl), and 19 had anemia (PCV < 22%). Twenty dogs fulfilled more than one inclusion criteria. Ehrlichiosis was diagnosed by positive amplification of ehrlichial DNA by PCR using primers ECC and ECB that amplify a sequence of the 16S rRNA gene. Presence of E. canis was confirmed by cleavage of the amplified DNA using endonucleases HaeIII and AvaI. Fourteen of 68 (21%) dogs with ticks had ehrlichiosis, whereas 12 of 61 (20%) dogs presented with thrombocytopenia and 4 of 19 (21%) anemic dogs had ehrlichiosis. Similar results were obtained in dogs with thrombocytopenia and anemia (one of eight positive) and in dogs with thrombocytopenia and ticks (two of seven positive). All four dogs with anemia and ticks, and the dog that fulfilled all inclusion criteria yield no amplification of ehrlichial DNA by PCR. Based on our results, one in each five dogs infested by the brown dog tick, with anemia or thrombocytopenia had ehrlichosis. Contrary to widespread believe, ehrlichiosis was not the main cause for thrombocytopenia in our region. © 2003 Elsevier B.V. All rights reserved.

P-233-Biodiversity of mucosa associated microbiome of Crohn's disease patients living in middle western São Paulo State, Brazil

Background: The intestinal microbiome (IM) has extensively been studied in the search for a link of bacteria with the cause of Crohn`s disease (CD). The association might result from the action of a specific pathogen and/or an eventual imbalance in bacterial species composition of the gut. The innumerous virulence associated markers and strategies described for adherent and invasive Escherichia coli (AIEC) have made them putative candidate pathogens for CD. IM of CD patients shows dysbiosis, manifested by the proliferation of bacterial groups such as Enterobacteriaceae and reduction of others such as Lactobacillus and Bifidobacterium. The augmented bacterial population comprising of commensal and/or pathogenic organisms super stimulates the immune system, triggering the inflammatory reactions responsible for the clinical manifestations of the disease. Considering the role played by IM in CD and the multiple variables influencing its species composition, resulting in differences among populations, the objective of this study was to determine the bacterial biodiversity in the mucosa associated microbiome of CD patients from a population not previously subject to this analysis, living in the middle west region of Sao Paulo state. Methods: A total of 4 CD patients and 5 controls subjects attending the Botucatu Medical School of the Sao Paulo State University (UNESP) for routine colonoscopy and who signed an informed consent were included in the study. A number of 2 biopsies, one from the ileum and other from any part of the terminal colon, were taken from each subject and immediately frozen at -70[degrees]C until DNA purification. The bacterial biodiversity was assessed by next generation (ion torrent) sequencing of PCR amplicons of the ribosomal DNA 16S V6 region (16S V6 rDNA). The bacterial identification was performed at the genus level, by alignment of the generated DNA sequences with those available at the ribosomal database project (RDP) website. Results: The overall DNA sequence output was based on an average number of 526,427 reads per run, matching 50 bacterial genus 16SrDNA sequences available at the RDB website, and 22 non matching sequences. Over 95% of the sequences corresponded to taxa belonging to the major phyla: Firmicutes, Bacterioidetes, Proteobacteria and Actinobacteria. Irrespective of the intestinal site analyzed, no case-control differences could be observed in the prevalence of Actinobacteria and Firmicutes. The prevalence of Proteobacteria was higher (40%) in the biopsies of control subjects as compared to that of DC patients (16%). For Bacterioidetes, the higher prevalence was observed among DC patients (33% as opposed to 14,5% in controls). The significance for all comparisons considered a p value < 0,05 in a Chi2 test. No mucosal site specific differences could be observed in IM comparisons of CD and control subjects. Conclusions: The rise in the number of Bacterioidetes observed here among CD patients seems to be in agreement with most of studies published thus far. Yet, the reduction in the number of Proteobacteria along with an apparently unaltered population of Actinobacteria and Firmicutes, which include the so called "beneficial" organisms Bifidobacterium and Lactobacillus were rather surprising. These data suggest that the analyses on the role of IM in CD should consider the multiple variables that may influence its species composition.