Communautés en voie de disparition? Les changements démographiques à Sainte-Anne-des-Monts et dans la MRC la Haute-Gaspésie

Affiche de projet terminal, baccalauréat en Urbanisme. Institut d'urbanisme, Université de Montréal.

Changements démographiques et inégalités éducatives à Ouagadougou

Depuis plusieurs décennies, des études empiriques réalisées sur plusieurs pays développés ou en émergence ont montré que la baisse de la taille de la famille favorise l’investissement dans l’éducation des enfants, expliquant qu’un nombre élevé d’enfants a un effet d’amenuisement des ressources familiales. Les retombées positives de la baisse de la fécondité sur l’éducation sont largement étudiées et connues. En dépit des résultats controversés des premières études portant sur les pays de l’Afrique de l’Ouest, les récentes études empiriques tendent à confirmer l’effet positif de la baisse de la taille de la famille dans le contexte africain, du moins en milieu urbain. Par contre, jusqu’à présent, très peu d’études semblent intéressées à analyser la répartition de ces retombées entre les enfants, et encore moins à comprendre comment ces dernières affecteraient la structure des inégalités éducatives existantes. Notre étude s’intéresse à explorer la potentielle dimension démographique des inégalités socioéconomiques, notamment les inégalités éducatives dans le contexte de la baisse de la fécondité. Elle vise à apporter des évidences empiriques sur le lien entre la réduction de la taille de la famille et les inégalités éducatives au sein des ménages dans le contexte d’Ouagadougou, Capitale du Burkina Faso, qui connait depuis quelques décennies la chute de la fécondité. Elle analyse aussi l’effet de cette réduction sur la transmission intergénérationnelle des désavantages éducatifs. Pour ce faire, nous proposons un cadre conceptuel pour comprendre les mécanismes par lesquels la relation entre la réduction de la taille de la famille et les inégalités éducatives se tisse. Ce cadre conceptuel s’appuie sur une recension des écrits de divers auteurs à ce sujet. Par la suite, nous procédons à des analyses empiriques permettant de tester ces liens en utilisant les données du projet Demtrend collectées. Les résultats empiriques sont présentés sous forme d’articles scientifiques. Les conclusions du premier article indiquent que la relation entre le nombre d’enfants de la famille et l’éducation varie selon le contexte socioéconomique. En effet, pour les générations qui ont grandi dans un contexte socioéconomique colonial et postcolonial, où le mode de production était essentiellement agricole et l’éducation formelle n’était pas encore valorisée sur le marché du travail, la relation est très faible et positive. Par contre, pour les récentes générations, nous avons observé que la relation devient négative et fortement significative. De plus, les résultats de cet article suggèrent aussi que la famille d’origine des femmes a une incidence significative sur leur comportement de fécondité. Les femmes dont la mère avait un niveau de scolarité élevé (et étaient de statut socioéconomique aisé) ont moins d’enfants comparativement à celles dont leurs parents avaient un faible niveau de scolarité (et pauvres). En retour, leurs enfants sont aussi les plus éduqués. Ce qui sous-tend à un éventuel effet de levier de la réduction de la taille de la famille dans le processus de transmission intergénérationnelle des désavantages éducatifs. Le second article fait une comparaison entre les ménages de grande taille et ceux de petite taille en matière d’inégalités éducatives entre les enfants au sein des ménages familiaux, en considérant le sexe, l’ordre de naissance et les termes d’interaction entre ces deux variables. Les résultats de cet article montrent que généralement les enfants des familles de petite taille sont plus scolarisés et atteignent un niveau d’éducation plus élevé que ceux des grandes familles. Toutefois, les filles ainées des petites familles s’avèrent moins éduquées que leurs pairs. Ce déficit persiste après avoir considéré seulement les ménages familiaux monogames ou encore après le contrôle de la composition de la fratrie. L’émancipation des femmes sur le marché du travail résultant de la réduction de la taille de la famille et la faible contribution des pères dans les activités domestiques expliqueraient en partie cette situation. Malheureusement, nous n’avons pas pu contrôler l’activité économique des mères dans les analyses. Finalement, dans le cadre du troisième et dernier article, nous avons examiné l’effet d’avoir été confié par le passé sur les inégalités éducatives au sein de la fratrie, en comparant ceux qui ont été confiés aux autres membres de leur fratrie qui n’ont jamais été confiés. Dans cet article, nous avons considéré l’aspect hétérogène du confiage en le différenciant selon le sexe, la relation de la mère avec le chef du ménage d’accueil et l’âge auquel l’enfant a été confié. Les résultats montrent qu’avoir été confié dans le passé influence négativement le parcours scolaire des enfants. Cependant, cet effet négatif reste fort et significatif que pour les filles qui ont été confiées après leurs 10 ans d’âge. Un profil qui correspond à la demande de main-d’œuvre en milieu urbain pour l’accomplissement des tâches domestiques, surtout dans le contexte de la baisse de la taille de la famille et l’émancipation des femmes sur le marché du travail.

Labor market experience and well-being after firm closure. Survey evidence on displaced manufacturing workers in Switzerland

This study examines how plant closure affected individuals' careers and lives about two years after they lost their job. We analyze the displaced workers' reemployment prospects and study for reemployed workers the characteristics of their new jobs in terms of reemployment sectors, wages, and job quality. Additionally, we inquire how workers' sociability and subjective well-being were affected by job loss. Our analysis is based on our own survey conducted in Switzerland in 2011. The survey included the workforce of five manufacturing companies that had closed down two years earlier. We addressed the risk of biases typically prevailing with observational data by complementing it with register data from the public unemployment insurance. Moreover, we use a control group based on matched data from the Swiss Household Panel. We find that workers experience strongly diverging outcomes after plant closure: on the one hand, high proportions of the workers experience a smooth transition after plant closure. More than two-thirds of the workers returned to employment, more than half of them within less than six months. With respect to their social lives, we find that positive changes in relationships with their spouse, family and friends are more frequent than negative changes. On the other hand, for a small group of workers plant closure had a detrimental effect. Close to twenty percent remained unemployed. About ten percent of the workers were long-term unemployed and subsequently often were reemployed in jobs of lower quality. Unemployed workers and workers who dropped out of the labor force were particularly prone to find their subjective well-being decreasing. The most vulnerable subgroup in our study were workers over 55. This result stands in striking contrast to a large body of literature that considers labor market institutions to be primarily biased against young workers. Our findings show that older workers not only take longer to find a job but are also less likely to return to employment. Moreover, if they manage to find a job, they experience the severest cuts in wages and job quality of all cohorts. From a life-course perspective this result is remarkable since it shows that workers are not protected from hardship in their late careers. In light of the current demographic changes this finding may have important policy implications. -- Cette étude analyse l'impact des fermetures d'entreprises sur les travailleurs licenciés. Plus précisément, nous examinons les chances de réinsertion des travailleurs dans le marché du travail et - pour ceux qui l'ont fait avec succès - dans quels secteurs, pour quels salaires et avec quelle qualité d'emploi ils sont réengagés. Nous nous intéressons également aux répercussions engendrées par la perte de l'emploi sur la sociabilité et le bien-être subjectif des travailleurs concernés. Notre analyse se base sur les données d'une enquête que nous avons menée en 2011. Cette enquête cible le personnel de cinq entreprises industrielles suisses qui avaient fermé leurs portes deux ans auparavant. Pour dépasser les biais typiques liés aux données d'observation, nous utilisons en complément des données administratives issues de l'assurance chômage publique. De plus, nous utilisons un groupe de contrôle basé sur des données appariées provenant du Panel Suisse de Ménage. Nos analyses montrent des résultats fortement contrastés. D'un côté, la majeure partie des travailleurs ont vécu une transition professionnelle plutôt facile : plus des deux tiers des personnes ont retrouvé un travail et parmi elles plus de la moitié en moins de six mois. Par rapport aux relations sociales, tant avec leur partenaire, qu'avec les membres de leur famille et leurs amis, les changements expérimentés étaient plus fréquemment positifs que négatifs. De l'autre côté, cependant, pour une petite partie de travailleurs la fermeture de leur entreprise a eu des conséquences très négatives sur leur carrière et leur bien-être. Au moment de notre enquête, presque vingt pourcents des travailleurs étaient au chômage. Les personnes au chômage et celles qui avaient quitté le marché du travail ont été particulièrement affectées par une diminution de leur bien-être subjectif. Les plus vulnérables parmi les travailleurs licenciés étaient ceux qui étaient âgés de plus de 55 ans. Notre analyse montre que les travailleurs âgés ont beaucoup moins fréquemment retrouvé un travail. Pour les personnes de plus de 55 ans qui ont tout de même retrouvé un emploi, la réinsertion a durée plus longtemps, les pertes de salaire étaient plus conséquentes et la diminution de la qualité de l'emploi plus grande que pour les autres cohortes. Au vu des changements démographiques actuels, ce résultat interpellant peut avoir des implications politiques importantes.

L’architecture engagée du «Case Study House Program» de la revue Arts and Architecture de 1945 – 1966 : une confluence génératrice

La conception architecturale du logis, individuel ou collectif, est un défi majeur pour les architectes depuis l'avènement de la modernité. Au début du 21ième siècle, la multiplicité des conditions démographiques et celle de la mobilité des personnes sous-tendent la complexité de l'élaboration de prototypes ou de modèles d'habitation. Que peut-on apprendre des expériences menées dans ce domaine après la seconde guerre mondiale aux États-Unis ? Ce mémoire de maîtrise est consacré à l'étude d’un cas particulier celui du programme de création architecturale réalisée en Californie de 1945 à 1966, connu sous le nom de : «Case Study House Program». Ce programme, dirigé par John Entenza, éditeur de la revue Arts and Architecture, rassemblait de nombreux architectes dont les plus célèbres sont Charles et Ray Eames, Richard Neutra, Craig Ellwood et Pierre Koenig, tous auteurs de maisons modernes devenues oeuvres canoniques dans l’histoire de l’architecture. L'analyse détaillé de ce cas et de ses retombées devrait permettre de mieux cerner les aspects suivants: la portée critique du CSHP (case study house program) qui s'opposait aux modèles dominants du marché immobilier, modèles généralement inspirés de styles traditionnels; le potentiel et les limites d'une telle démarche face à la demande sociale; la dimension anticipatrice des propositions du CSHP pour la conception de logis mieux adaptés aux besoins du 21ième siècle, en particulier ceux qui découlent des changements démographiques et de la mobilité géographiques des personnes; la valeur d'exemple du CSHP pour mieux comprendre les fondements de la résistance du public aux innovations architecturales, autant du point de vue technique que du point de vue esthétique.

Statistiques appliquées en chirurgie cardiaque adulte : analyses de survie et applications du “propensity score”

L'objectif principal de ce travail est d’étudier en profondeur certaines techniques biostatistiques avancées en recherche évaluative en chirurgie cardiaque adulte. Les études ont été conçues pour intégrer les concepts d'analyse de survie, analyse de régression avec “propensity score”, et analyse de coûts. Le premier manuscrit évalue la survie après la réparation chirurgicale de la dissection aigüe de l’aorte ascendante. Les analyses statistiques utilisées comprennent : analyses de survie avec régression paramétrique des phases de risque et d'autres méthodes paramétriques (exponentielle, Weibull), semi-paramétriques (Cox) ou non-paramétriques (Kaplan-Meier) ; survie comparée à une cohorte appariée pour l’âge, le sexe et la race utilisant des tables de statistiques de survie gouvernementales ; modèles de régression avec “bootstrapping” et “multinomial logit model”. L'étude a démontrée que la survie s'est améliorée sur 25 ans en lien avec des changements dans les techniques chirurgicales et d’imagerie diagnostique. Le second manuscrit est axé sur les résultats des pontages coronariens isolés chez des patients ayant des antécédents d'intervention coronarienne percutanée. Les analyses statistiques utilisées comprennent : modèles de régression avec “propensity score” ; algorithme complexe d'appariement (1:3) ; analyses statistiques appropriées pour les groupes appariés (différences standardisées, “generalized estimating equations”, modèle de Cox stratifié). L'étude a démontrée que l’intervention coronarienne percutanée subie 14 jours ou plus avant la chirurgie de pontages coronariens n'est pas associée à des résultats négatifs à court ou long terme. Le troisième manuscrit évalue les conséquences financières et les changements démographiques survenant pour un centre hospitalier universitaire suite à la mise en place d'un programme de chirurgie cardiaque satellite. Les analyses statistiques utilisées comprennent : modèles de régression multivariée “two-way” ANOVA (logistique, linéaire ou ordinale) ; “propensity score” ; analyses de coûts avec modèles paramétriques Log-Normal. Des modèles d’analyse de « survie » ont également été explorés, utilisant les «coûts» au lieu du « temps » comme variable dépendante, et ont menés à des conclusions similaires. L'étude a démontrée que, après la mise en place du programme satellite, moins de patients de faible complexité étaient référés de la région du programme satellite au centre hospitalier universitaire, avec une augmentation de la charge de travail infirmier et des coûts.

L'aménagement durable des milieux ruraux québécois

Au Québec, comme ailleurs au Canada et sur la planète, le monde s’urbanise et c’est maintenant plus de la moitié de la population qui habite en ville. Malgré tout, c’est plus du quart de la population québécoise qui vit encore aujourd’hui dans un milieu rural. Cet essai a comme objectif général de dégager les critères nécessaires à la réussite pour un aménagement durable des milieux ruraux québécois. Les critères ainsi dégagés sont présentés en fonction des différentes échelles d’intervention en aménagement du territoire qui ont été développées en tenant compte du contexte rural dans lequel s’inscrit cet essai. De nos jours, les milieux ruraux québécois sont en pleine mutation. Au-delà des importants changements démographiques et économiques, c’est tout l’aménagement, l’occupation et le rapport au territoire qui se métamorphose. Dévitalisation, pressions sur les écosystèmes et sur la zone agricole, banalisation des paysages, dégradation du patrimoine, perte du sentiment d’appartenance et diminution du bien-être collectif sont quelques-uns des éléments annonciateurs d’un aménagement territorial qui n’est pas soutenable. Malgré les menaces qui planent, la viabilité de l’occupation du territoire ne semble pas être une priorité pour les décideurs et bon nombre de citoyens, qu’ils soient ruraux ou urbains. Or, bien que les impacts liés à l’aménagement et l’occupation du territoire sur la qualité de vie des citoyens et sur les milieux naturels soient différents à la campagne qu’en ville, les municipalités et les régions rurales ont elles aussi la possibilité de se développer de façon durable. Après la réalisation d’un portrait du milieu rural québécois, une mise en contexte définissant quelques concepts clés est faite, où sont notamment expliquées les échelles d’intervention en matière d’aménagement du territoire. Par la suite, un état des lieux est réalisé et les problématiques de l’aménagement actuel des milieux ruraux québécois sont dégagées. Puis, en fonction des échelles d’intervention retenues, un recensement des bonnes pratiques en matière d’aménagement durable des milieux ruraux québécois est réalisé. Ainsi, pour les collectivités rurales, il est tout d’abord préconisé de mettre en œuvre les bonnes pratiques exposées. D’autres recommandations s’attardent à certains éléments jugés nécessaires à la mise en œuvre de ces bonnes pratiques. Parmi celles-ci, on note la reconnaissance de l’importance des milieux ruraux, la puissance de la mobilisation, la force du caractère rural patrimonial, puis la conjugaison souhaitable de l’innovation et de l’adaptation. Sans aucun doute, cette nouvelle approche visant une occupation et un aménagement durable du territoire rural peut représenter un changement de paradigme pour la collectivité. C’est pourquoi l’aménagement des milieux ruraux québécois doit se faire de façon solidaire, avec intelligence et cohérence.

Ramifications génétiques et démographiques de l'effet fondateur québécois

Les événements fondateurs et les expansions territoriales peuvent promouvoir une cascade de changements génétiques et ont ainsi pu jouer un rôle important au cours de l’histoire évolutive de l’Homme moderne. Or, chez les populations humaines, les conséquences évolutives et la dynamique démographique des processus de colonisation demeurent largement méconnues et difficiles à étudier. Dans cette thèse, nous avons utilisé les généalogies de la population fondatrice canadienne-française ainsi que des données génomiques pour étudier ces questions. Les analyses génomiques et généalogiques, remarquablement concordantes, ont dévoilé un nouveau portrait détaillé de la structure de la population du Québec, incluant un continuum de diversité génétique dans l’axe ouest/est et des sous-populations significativement différenciées. L’analyse de l’immigration fondatrice a montré que virtuellement tous les Canadiens français sont métissés. Allant à l’encontre d’une prétendue homogénéité génétique de la population, nos résultats démontrent que le peuplement des régions a engendré une rapide différentiation génétique et expliquent certaines signatures régionales de l’effet fondateur. De plus, en suivant les changements évolutifs dans les généalogies, nous avons montré que les caractéristiques des peuplements fondateurs peuvent affecter les traits liés à la fécondité et au succès reproducteur. Cette thèse offre une meilleure compréhension du patrimoine génétique du Québec et apporte des éléments de réponse sur les conséquences évolutives des événements fondateurs.

De la politique aux changements de pratiques : la traduction du Plan Alzheimer du Québec dans ses formes locales

En raison d’importantes transitions démographiques et épidémiologiques, le nombre de personnes atteintes de la maladie d’Alzheimer et d’autres troubles neurocognitifs majeurs augmentera rapidement dans les sociétés occidentales. Ces maladies posent des enjeux d’envergure pour les personnes atteintes, leurs proches, les communautés et l’organisation des services. Plus largement, ce sont les politiques publiques qui doivent être repensées. Sous ce principe, le gouvernement du Québec a mobilisé une équipe d’experts pour concevoir le Plan Alzheimer du Québec (PAQ) (2007). La principale stratégie de mise en œuvre qui découle de ce plan fût de soutenir le développement de 19 projets pilotes ayant principalement pour objectif de diagnostiquer plus rapidement les personnes atteintes de ces maladies et de rehausser la qualité de leur suivi, au sein des Groupes de médecines de famille (GMF). Le modèle d’appel à propositions développé par l’équipe ministérielle a convié les acteurs locaux du système sociosanitaire québécois le souhaitant à rédiger une proposition en fonction de leurs propres conditions locales de pratique, bien que la proposition devait globalement être en cohésion avec les priorités nationales. Dû au fait que ce type de stratégie de diffusion des politiques publiques vers les organisations délivrant des services pose des défis d’équilibre entre les priorités ministérielles et les réalités locales, nous nous sommes intéressés à la mise en œuvre du plan québécois. Plus précisément, notre principal but de recherche consistait à comprendre de quelle façon les orientations du PAQ se sont traduites dans les projets pilotes. Pour ce faire, nous avons mené une analyse secondaire de données qualitatives qui s’articule autour de trois stratégies de collecte de données : 1) les documents du ministère et ceux des 19 propositions développées par les acteurs locaux, 2) quatre entretiens semi-dirigés auprès d’acteurs-clefs ayant participé au niveau national à la mise en œuvre du PAQ et 3) 15 groupes de discussions focalisées ayant été réalisés auprès de gestionnaires et de professionnels impliqués au sein des innovations, dont des travailleuses sociales. La mise en œuvre du PAQ vers ses formes locales a donné lieu au développement d’une grande diversité de projets innovants, comprenant principalement des médecins, des infirmières et des travailleuses sociales. La mise en place d’un important dispositif d’accompagnement du changement, lors de l’implantation des innovations, a favorisé des ajustements entre les deux principes en apparences contradictoires que sont le respect des objectifs ministériels et l’encouragement des acteurs locaux à adapter le projet en fonction de leurs réalités. Cet accompagnement, globalement positif, a toutefois été mis en place tardivement, ce qui eut des effets durables sur l’implantation des innovations. Nous soutenons donc que la phase initiale de conception des innovations locales est un moment critique qui requiert d’accompagner les acteurs locaux, afin de clarifier le modèle proposé par la politique publique et favoriser la collaboration des principales personnes qui sont parties prenantes du changement.

Optimisation of antiretroviral therapy : pharmacokinetic and pharmacogenetic approaches

Les progrès de la thérapie antirétrovirale ont transformé l'infection par le VIH d'une condition inévitablement fatale à une maladie chronique. En dépit de ce succès, l'échec thérapeutique et la toxicité médicamenteuse restent fréquents. Une réponse inadéquate au traitement est clairement multifactorielle et une individualisation de la posologie des médicaments qui se baserait sur les facteurs démographiques et génétiques des patients et sur les taux sanguins totaux, libres et/ou cellulaires des médicaments pourrait améliorer à la fois l'efficacité et la tolérance de la thérapie, cette dernière étant certainement un enjeu majeur pour un traitement qui se prend à vie.L'objectif global de cette thèse était de mieux comprendre les facteurs pharmacocinétiques (PK) et pharmacogénétiques (PG) influençant l'exposition aux médicaments antirétroviraux (ARVs) nous offrant ainsi une base rationnelle pour l'optimisation du traitement antiviral et pour l'ajustement posologique des médicaments chez les patients VIH-positifs. Une thérapie antirétrovirale adaptée au patient est susceptible d'augmenter la probabilité d'efficacité et de tolérance à ce traitement, permettant ainsi une meilleure compliance à long terme, et réduisant le risque d'émergence de résistance et d'échec thérapeutique.A cet effet, des méthodes de quantification des concentrations plasmatiques totales, libres et cellulaires des ARVs ainsi que de certains de leurs métabolites ont été développées et validées en utilisant la chromatographie liquide coupée à la spectrométrie de masse en tandem. Ces méthodes ont été appliquées pour la surveillance des taux d'ARVs dans diverses populations de patients HIV-positifs. Une étude clinique a été initiée dans le cadre de l'étude VIH Suisse de cohorte mère-enfant afin de déterminer si la grossesse influence la cinétique des ARVs. Les concentrations totales et libres du lopînavir, de l'atazanavir et de la névirapine ont été déterminées chez les femmes enceintes suivies pendant leur grossesse, et celles-ci ont été trouvées non influencées de manière cliniquement significative par la grossesse. Un ajustement posologique de ces ARVs n'est donc pas nécessaire chez les femmes enceintes. Lors d'une petite étude chez des patients HIV- positifs expérimentés, la corrélation entre l'exposition cellulaire et plasmatique des nouveaux ARVs, notamment le raltégravir, a été déterminée. Une bonne corrélation a été obtenue entre taux plasmatiques et cellulaires de raltégravir, suggérant que la surveillance des taux totaux est un substitut satisfaisant. Cependant, une importante variabilité inter¬patient a été observée dans les ratios d'accumulation cellulaire du raltégravir, ce qui devrait encourager des investigations supplémentaires chez les patients en échec sous ce traitement. L'efficacité du suivi thérapeutique des médicaments (TDM) pour l'adaptation des taux d'efavirenz chez des patients avec des concentrations au-dessus de la cible thérapeutique recommandée a été évaluée lors d'une étude prospective. L'adaptation des doses d'efavirenz basée sur le TDM s'est montrée efficace et sûre, soutenant l'utilisation du TDM chez les patients avec concentrations hors cible thérapeutique. L'impact des polymorphismes génétiques des cytochromes P450 (CYP) 2B6, 2A6 et 3A4/5 sur la pharmacocinétique de l'efavirenz et de ces métabolites a été étudié : un modèle de PK de population intégrant les covariats génétiques et démographiques a été construit. Les variations génétiques fonctionnelles dans les voies de métabolisation principales (CYP2B6) et accessoires {CYP2A6et 3A4/S) de l'efavirenz ont un impact sur sa disposition, et peuvent mener à des expositions extrêmes au médicament. Un? ajustement des doses guidé par le TDM est donc recommandé chez ces patients, en accord avec les polymorphismes génétiques.Ainsi, nous avons démonté qu'en utilisant une approche globale tenant compte à la fois des facteurs PK et PG influençant l'exposition aux ARVs chez les patients infectés, il est possible, si nécessaire, d'individualiser la thérapie antirétrovirale dans des situations diverses. L'optimisation du traitement antirétroviral contribue vraisemblablement à une meilleure efficacité thérapeutique à iong terme tout en réduisant la survenue d'effets indésirables.Résumé grand publicOptimisation de la thérapie antirétrovirale: approches pharmacocinétiques et pharmacogénétiquesLes progrès effectués dans le traitement de l'infection par le virus de llmmunodéficienoe humaine acquise (VIH) ont permis de transformer une affection mortelle en une maladie chronique traitable avec des médicaments de plus en plus efficaces. Malgré ce succès, un certain nombre de patients ne répondent pas de façon optimale à leur traitement etyou souffrent d'effets indésirables médicamenteux entraînant de fréquentes modifications dans leur thérapie. Il a été possible de mettre en évidence que l'efficacité d'un traitement antirétroviral est dans la plupart des cas corrélée aux concentrations de médicaments mesurées dans le sang des patients. Cependant, le virus se réplique dans la cellule, et seule la fraction des médicaments non liée aux protéines du plasma sanguin peut entrer dans la cellule et exercer l'activité antirétrovirale au niveau cellulaire. Il existe par ailleurs une importante variabilité des concentrations sanguines de médicament chez des patients prenant pourtant la même dose de médicament. Cette variabilité peut être due à des facteurs démographiques et/ou génétiques susceptibles d'influencer la réponse au traitement antirétroviral.Cette thèse a eu pour objectif de mieux comprendre les facteurs pharmacologiques et génétiques influençant l'efficacité et ta toxicité des médicaments antirétroviraux, dans le but d'individualiser la thérapie antivirale et d'améliorer le suivi des patients HIV-positifs.A cet effet, des méthodes de dosage très sensibles ont été développées pour permettre la quantification des médicaments antirétroviraux dans le sang et les cellules. Ces méthodes analytiques ont été appliquées dans le cadre de diverses études cliniques réalisées avec des patients. Une des études cliniques a recherché s'il y avait un impact des changements physiologiques liés à la grossesse sur les concentrations des médicaments antirétroviraux. Nous avons ainsi pu démontrer que la grossesse n'influençait pas de façon cliniquement significative le devenir des médicaments antirétroviraux chez les femmes enceintes HIV- positives. La posologie de médicaments ne devrait donc pas être modifiée dans cette population de patientes. Par ailleurs, d'autres études ont portés sur les variations génétiques des patients influençant l'activité enzymatique des protéines impliquées dans le métabolisme des médicaments antirétroviraux. Nous avons également étudié l'utilité d'une surveillance des concentrations de médicament (suivi thérapeutique) dans le sang des patients pour l'individualisation des traitements antiviraux. Il a été possible de mettre en évidence des relations significatives entre l'exposition aux médicaments antirétroviraux et l'existence chez les patients de certaines variations génétiques. Nos analyses ont également permis d'étudier les relations entre les concentrations dans le sang des patients et les taux mesurés dans les cellules où le virus HIV se réplique. De plus, la mesure des taux sanguins de médicaments antirétroviraux et leur interprétation a permis d'ajuster la posologie de médicaments chez les patients de façon efficace et sûre.Ainsi, la complémentarité des connaissances pharmacologiques, génétiques et virales s'inscrit dans l'optique d'une stratégie globale de prise en charge du patient et vise à l'individualisation de la thérapie antirétrovirale en fonction des caractéristiques propres de chaque individu. Cette approche contribue ainsi à l'optimisation du traitement antirétroviral dans la perspective d'un succès du traitement à long terme tout en réduisant la probabilité des effets indésirables rencontrés. - The improvement in antirétroviral therapy has transformed HIV infection from an inevitably fatal condition to a chronic, manageable disease. However, treatment failure and drug toxicity are frequent. Inadequate response to treatment is clearly multifactorial and, therefore, dosage individualisation based on demographic factors, genetic markers and measurement of total, free and/or cellular drug level may increase both drug efficacy and tolerability. Drug tolerability is certainly a major issue for a treatment that must be taken indefinitely.The global objective of this thesis aimed at increasing our current understanding of pharmacokinetic (PK) and pharmacogenetic (PG) factors influencing the exposition to antirétroviral drugs (ARVs) in HIV-positive patients. In turn, this should provide us with a rational basis for antiviral treatment optimisation and drug dosage adjustment in HIV- positive patients. Patient's tailored antirétroviral regimen is likely to enhance treatment effectiveness and tolerability, enabling a better compliance over time, and hence reducing the probability of emergence of viral resistance and treatment failure.To that endeavour, analytical methods for the measurement of total plasma, free and cellular concentrations of ARVs and some of their metabolites have been developed and validated using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry. These assays have been applied for the monitoring of ARVs levels in various populations of HIV- positive patients. A clinical study has been initiated within the frame of the Mother and Child Swiss HIV Cohort Study to determine whether pregnancy influences the exposition to ARVs. Free and total plasma concentrations of lopinavir, atazanavir and nevirapine have been determined in pregnant women followed during the course of pregnancy, and were found not influenced to a clinically significant extent by pregnancy. Dosage adjustment for these drugs is therefore not required in pregnant women. In a study in treatment- experienced HIV-positive patients, the correlation between cellular and total plasma exposure to new antirétroviral drugs, notably the HIV integrase inhibitor raltegravir, has been determined. A good correlation was obtained between total and cellular levels of raltegravir, suggesting that monitoring of total levels are a satisfactory. However, significant inter-patient variability was observed in raltegravir cell accumulation which should prompt further investigations in patients failing under an integrase inhibitor-based regimen. The effectiveness of therapeutic drug monitoring (TDM) to guide efavirenz dose reduction in patients having concentrations above the recommended therapeutic range was evaluated in a prospective study. TDM-guided dosage adjustment of efavirenz was found feasible and safe, supporting the use of TDM in patients with efavirenz concentrations above therapeutic target. The impact of genetic polymorphisms of cytochromes P450 (CYP) 2B6, 2A6 and 3A4/5 on the PK of efavirenz and its metabolites was studied: a population PK model was built integrating both genetic and demographic covariates. Functional genetic variations in main (CYP2B6) and accessory (2A6, 3A4/5) metabolic pathways of efavirenz have an impact on efavirenz disposition, and may lead to extreme drug exposures. Dosage adjustment guided by TDM is thus required in those patients, according to the pharmacogenetic polymorphism.Thus, we have demonstrated, using a comprehensive approach taking into account both PK and PG factors influencing ARVs exposure in HIV-infected patients, the feasibility of individualising antirétroviral therapy in various situations. Antiviral treatment optimisation is likely to increase long-term treatment success while reducing the occurrence of adverse drug reactions.

Conservation genetics and population monitoring of the Alpine Salamander (Salamandra Atra) :

SUMMARYIn the context of the biodiversity crisis, amphibians are experiencing the most severe worldwide decline of all vertebrates and are in urgent need of better management. Efficient conservation strategies rely on sound knowledge of the species biology and of the genetic and demographic processes that might impair their welfare. Nonetheless, these processes are poorly understood in amphibians. Delineating population boundaries remains consequently problematic for these species, while it is of critical importance to define adequate management units for conservation. In this study, our attention focused on the alpine salamander (Salamandra atra), a species that deserves much interest in terms of both conservation biology and evolution. This endemic alpine species shows peculiar life-history traits (viviparity, reduced activity period, slow maturation) and has a slow population turnover, which might be problematic for its persistence in a changing environment. Due to its elusive behaviour (individuals spend most of their time underground and are unavailable for sampling), dynamic processes of gene and individuals were poorly understood for that species. Consequently, its conservation status could hardly be reliably assessed. Similarly the fire salamander (Salamandra salamandra) also poses special challenges for conservation, as no clear demarcation of geographical populations exists and dispersal patterns are poorly known. Through a phylogeographic analysis, we first studied the evolutionary history of the alpine salamander to better document the distribution of the genetic diversity along its geographical range. This study highlighted the presence of multiple divergent lineages in Italy together with a clear genetic divergence between populations from Northern and Dinaric Alps. These signs of cryptic genetic differentiation, which are not accounted for by the current taxonomy of the species, should not be neglected for further definition of conservation units. In addition, our data supported glacial survival of the species in northern peripheral glacial réfugia and nunataks, a pattern rarely documented for long-lived species. Then, we evaluated the level of gene flow between populations at the local scale and tested for asymmetries in male versus female dispersal using both field-based (mark-recapture) and genetic approaches. This study revealed high level of gene flow between populations, which stems mainly from male dispersal. This corroborated the idea that salamanders are much better dispersers than hitherto thought and provided a well- supported example of male-biased dispersal in amphibians. In a third step, based on a mark- recapture survey, we addressed the problem of sampling unavailability in alpine salamanders and evaluated its impact on two monitoring methods. We showed that about three quarters of individuals were unavailable for sampling during sampling sessions, a proportion that can vary with climatic conditions. If not taken into account, these complexities would result in false assumptions on population trends and misdirect conservation efforts. Finally, regarding the daunting task of delineating management units, our attention was drawn on the fire salamander. We conducted a local population genetic study that revealed high levels of gene flow among sampling sites. Management units for this species should consequently be large. Interestingly, despite the presence of several landscape features often reported to act as barriers, genetic breaks occurred at unexpected places. This suggests that landscape features may rather have idiosyncratic effects on population structure. In conclusion, this work brought new insights on both genetic and demographic processes occurring in salamanders. The results suggest that some biological paradigms should be taken with caution when particular species are in focus. Species- specific studies remain thus fundamental for a better understanding of species evolution and conservation, particularly in the context of current global changes.RESUMEDans le contexte de la crise de la biodiversité actuelle, les amphibiens subissent le déclin le plus important de tous les vertébrés et ont urgemment besoin d'une meilleure protection. L'établissement de stratégies de conservation efficaces repose sur des connaissances solides de la biologie des espèces et des processus génétiques et démographiques pouvant menacer leur survie. Ces processus sont néanmoins encore peu étudiés chez les amphibiens.Dans cette étude, notre attention s'est portée sur la salamandre noire (Salamandra atra), une espèce endémique des Alpes dont les traits d'histoire de vie atypiques (viviparité, phase d'activité réduite, lent turnover des populations) pourraient la rendre très vulnérable face aux changements environnementaux. Par ailleurs, en raison de son comportement cryptique (les individus passent la plupart de leur temps sous terre) la dynamique des gènes et des individus est mal comprise chez cette espèce. Il est donc difficile d'évaluer son statut de conservation de manière fiable. La salamandre tachetée {Salamandra salamandra), pour qui il n'existe aucune démarcation géographique apparente des populations, pose également des problèmes en termes de gestion. Dans un premier temps, nous avons étudié l'histoire évolutive de la salamandre noire afin de mieux décrire la distribution de sa diversité génétique au sein de son aire géographique. Cela a permis de mettre en évidence la présence de multiples lignées en Italie, ainsi qu'une nette divergence entre les populations du nord des Alpes et des Alpes dinariques. Ces résultats seront à prendre en compte lorsqu'il s'agira de définir des unités de conservation pour cette espèce. D'autre part, nos données soutiennent l'hypothèse d'une survie glaciaire dans des refuges nordiques périglaciaires ou dans des nunataks, fait rarement documenté pour une espèce longévive. Nous avons ensuite évalué la différentiation génétique des populations à l'échelle locale, ce qui a révélé d'important flux de gènes, ainsi qu'une asymétrie de dispersion en faveur des mâles. Ces résultats corroborent l'idée que les amphibiens dispersent mieux que ce que l'on pensait, et fournissent un exemple robuste de dispersion biaisée en faveur des mâles chez les amphibiens. Nous avons ensuite abordé le problème de Γ inaccessibilité des individus à la capture. Nous avons montré qu'environ trois quarts des individus sont inaccessibles lors des échantillonnages, une proportion qui peut varier en fonction des conditions climatiques. Ignoré, ce processus pourrait entraîner une mauvaise interprétation des fluctuations de populations ainsi qu'une mauvaise allocation des efforts de conservation. Concernant la définition d'unités de gestion pour la salamandre tachetée, nous avons pu mettre en évidence un flux de gènes important entre les sites échantillonnés. Les unités de gestion pour cette espèce devraient donc être étendues. Etonnamment, malgré la présence de nombreuses barrières potentielles au flux de gènes, les démarcations génétiques sont apparues à des endroits inattendus. En conclusion, ce travail a apporté une meilleure compréhension des processus génétiques et démographiques en action chez les salamandres. Les résultats suggèrent que certains paradigmes biologiques devraient être considérés avec précaution quand il s'agit de les appliquer à des espèces particulières. Les études spécifiques demeurent donc fondamentales pour une meilleure compréhension de l'évolution des espèces et leur conservation, tout particulièrement dans le contexte des changements globaux actuels.