Composition-dependent structural and electronic properties of α-(Si1−xCx)3N4

The highly unusual structural and electronic properties of the α-phase of (Si1-xCx)3N4 are determined by density functional theory (DFT) calculations using the Generalized Gradient Approximation (GGA). The electronic properties of α-(Si 1-xCx)3N4 are found to be very close to those of α-C3N4. The bandgap of α-(Si 1-xCx)3N4 significantly decreases as C atoms are substituted by Si atoms (in most cases, smaller than that of either α-Si3N4 or α-C3N4) and attains a minimum when the ratio of C to Si is close to 2. On the other hand, the bulk modulus of α-(Si1-xCx)3N 4 is found to be closer to that of α-Si3N 4 than of α-C3N4. Plasma-assisted synthesis experiments of CNx and SiCN films are performed to verify the accuracy of the DFT calculations. TEM measurements confirm the calculated lattice constants, and FT-IR/XPS analysis confirms the formation and lengths of C-N and Si-N bonds. The results of DFT calculations are also in a remarkable agreement with the experiments of other authors.

Conséquences fonctionnelles de mutations affectant le récepteur de la vasopressine de type 2 et implications thérapeutiques

Le récepteur de la vasopressine de type 2 (V2R) joue un rôle crucial dans l’homéostasie hydrique. Exprimé principalement au niveau du rein, son activation par l’hormone antidiurétique arginine-vasopressine (AVP) favorise la réabsorption d’eau, participant ainsi à diminuer la diurèse. Plus de 200 mutations dans le gène du V2R ont été associées au diabète néphrogénique insipide congénital (DINc), une maladie causée par une perte de fonction du récepteur. À l’opposé, trois mutations découvertes récemment induisent un gain de fonction du V2R, et sont la cause du syndrome néphrogénique de l’anti-diurèse inappropriée (NSIAD). Les travaux de cette thèse visent à mieux comprendre les bases moléculaires responsables de la perte ou du gain de fonction des récepteurs mutants associés à ces deux maladies. Dans plus de 50% des cas, les mutations faux-sens affectent négativement l’adoption d’une conformation native par le V2R, provoquant la reconnaissance et la rétention intracellulaire des mutants par le système de contrôle de qualité du réticulum endoplasmique. Nos résultats ont démontré que l’interaction entre les récepteurs mutants et le chaperon moléculaire calnexine est dépendante de N-glycosylation et que sa durée varie en fonction de la mutation. De plus, l’importance de cette modification co-traductionnelle et des interactions lectines-sucres dans le processus de maturation d’un mutant donné s’est avérée une caractéristique intrinsèque, puisque l’absence de N-glycosylation n’a pas affecté le mutant Y128S (phénotype léger) tandis que la maturation du mutant W164S (phénotype sévère) a été totalement abolie. Nos résultats suggèrent aussi que l’action des chaperons pharmacologiques (CP), molécules favorisant la maturation des mutants du V2R, peut survenir à différentes étapes au cours du processus de maturation, selon le mutant réchappé. Ces différences entre muta nts suggèrent des processus biosynthétiques ‘personnalisés’ dictés par la nature de la mutation impliquée et pourraient expliquer la différence de sévérité des manifestations cliniques chez les patients porteurs de ces mutations. Bien qu’une récupération de fonction ait été obtenue pour les mutants Y128S et W164S par un traitement au CP, il n’en est pas de même pour toutes les mutations occasionnant un défaut conformationnel. C’est ce que nous avons démontré pour le mutant V88M, affligé de deux défauts, soit une faible efficacité de maturation combinée à une basse affinité pour l’AVP. Dans ce cas, et malgré une augmentation du nombre de récepteurs mutants la surface cellulaire, la diminution de l’affinité apparente du récepteur mutant pour l’AVP a été exacerbée par la présence résiduelle de CP à son site de liaison, rendant impossible l’activation du récepteur aux concentrations physiologiques d’AVP. Les mutants R137C et R137L ont une activité constitutive élevée et mènent au NSIAD tandis que la substitution de cette même arginine par une histidine (R137H) mène au DINc. Ces trois mutants se sont avéré partager plusieurs caractéristiques, dont une efficacité de maturation réduite et une désensibilisation spontanée élevée. La seule différence iden tifiée entre ces mutants est leur niveau d’activité constitutive. Le CP utilisé dans nos études possède aussi la propriété d’agoniste inverse, mais n’a pourtant pas diminué l’activité constitutive des mutants R137C/L, suggérant une conformation active ‘figée’. Seul l’effet chaperon a été observé, entraînant la hausse de récepteurs à la surface cellulaire, qui se traduit par une augmentation de la production de second messager. Nous avons par contre suggéré l’utilisation d’AVP puisqu’il favorise l’endocytose des récepteurs R137/L sans promouvoir leur activation, diminuant ainsi le nombre de récepteurs actifs à la surface cellulaire. Nous avons identifié la première mutation occasionnant un gain de fonction du V2R qui n’implique pas l’arginine 137. Le mutant F229V a une activité constitutive élevée et, contrairement aux R137C et R137L, il n’est pas sujet à une désensibilisation spontanée accrue. L’observation que des agonistes inverses sont aptes à inhiber l’activité constitutive de ce nouveau mutant est une découverte importante puisque l’insuccès obtenu avec les mutations précédentes suggérait que ces molécules n’étaient pas utiles pour le traitement du NSIAD. Considérés globalement, ces travaux illustrent le caractère particulier des formes mutantes du V2R et l’importance de bien cerner les conséquences fonctionnelles des mutations afin d’apporter aux patients atteints de DINc ou NSIAD une thérapie personnalisée, et de développer de nouveaux agents thérapeutiques adaptés aux besoins.

Mapping of domains on HIV envelope protein mediating association with calnexin and protein-disulfide isomerase.

The cell catalysts calnexin (CNX) and protein-disulfide isomerase (PDI) cooperate in establishing the disulfide bonding of the HIV envelope (Env) glycoprotein. Following HIV binding to lymphocytes, cell-surface PDI also reduces Env to induce the fusogenic conformation. We sought to define the contact points between Env and these catalysts to illustrate their potential as therapeutic targets. In lysates of Env-expressing cells, 15% of the gp160 precursor, but not gp120, coprecipitated with CNX, whereas only 0.25% of gp160 and gp120 coprecipitated with PDI. Under in vitro conditions, which mimic the Env/PDI interaction during virus/cell contact, PDI readily associated with Env. The domains of Env interacting in cellulo with CNX or in vitro with PDI were then determined using anti-Env antibodies whose binding site was occluded by CNX or PDI. Antibodies against domains V1/V2, C2, and the C terminus of V3 did not bind CNX-associated Env, whereas those against C1, V1/V2, and the CD4-binding domain did not react with PDI-associated Env. In addition, a mixture of the latter antibodies interfered with PDI-mediated Env reduction. Thus, Env interacts with intracellular CNX and extracellular PDI via discrete, largely nonoverlapping, regions. The sites of interaction explain the mode of action of compounds that target these two catalysts and may enable the design of further new competitive agents.

The microstructure and properties of energetically deposited carbon nitride films

The intrinsic stress, film density and nitrogen content of carbon nitride (CNx) films deposited from a filtered cathodic vacuum arc were determined as a function of substrate bias, substrate temperature and nitrogen process pressure. Contour plots of the measurements show the deposition conditions required to produce the main structural forms of CNx including N-doped tetrahedral amorphous carbon (ta-C:N) and a variety of nitrogen containing graphitic carbons. The film with maximum nitrogen content (~ 30%) was deposited at room temperature with 1.0 mTorr N2 pressure and using an intermediate bias of - 400 V. Higher nitrogen pressure, higher bias and/or higher temperature promoted layering with substitutional nitrogen bonded into graphite-like sheets. As the deposition temperature exceeded 500 °C, the nitrogen content diminished regardless of nitrogen pressure, showing the meta-stability of the carbon-nitrogen bonding in the films. Hardness and ductility measurements revealed a diverse range of mechanical properties in the films, varying from hard ta-C:N (~ 50 GPa) to softer and highly ductile CN x which contained tangled graphite-like sheets. Through-film current-voltage characteristics showed that the conductance of the carbon nitride films increased with nitrogen content and substrate bias, consistent with the transition to more graphite-like films. © 2014 Elsevier B.V.

Analytische und funktionale Charakterisierung von ultradünnen kohlenstoffbasierten Schichten in der Magnetspeichertechnologie

Ein Schwerpunkt der in dieser Arbeit durchgeführten Analysen konzentrierte sich auf den Einfluss der Kohlenstoffschichtdicke auf die resultierenden Schichteigenschaften. Dies erfolgte vor dem Hintergrund, dass ein Anstieg der Speicherdichte auf 100 Gbits/in2 mit einer Dickenreduzierung der magnetisch inaktiven Kohlenstoffschutzschichten auf 2 nm verbunden ist. Im Rahmen der Charakterisierung von wasserstoffhaltigen, mittels einem CVD-Netzhohlkathodenreaktor abgeschiedenen Schichten, wurde eine zuverlässige Anwen-dung der XRR zur Dickenbestimmung ultradünner Kohlenstoffschichten im Bereich von 2-20 nm demonstriert. Die konsistente Verwendung eines optischen Einschichtmodells deutet auf eine homogene Tiefenstruktur ohne deutliche Ausprägung von scharf defi-nierten Grenzflächenbereichen zum Substrat und zur Oberfläche hin. Die Analyse des Schichtdickeneinflusses ergab eine leichte Verminderung der Kratz-härte sowie einen Rückgang des Elastizitätsmoduls von 90 GPa auf etwa 60 GPa, wenn die Schichtdicken bei Raumtemperaturabscheidung von 17 nm auf 2 nm reduziert wer-den. Diese Ergebnisse stehen in guter Übereinstimmung mit gewonnen ramanspektro-skopischen Resultaten, die einen ansteigenden sp2-Bindungsanteil für abnehmende Schichtdicken belegen. Die Charakterisierung von wasserstofffreien, gepulsten Vakuumbogen-Schichten ergab ein heterogenes Tiefenprofil, bestehend aus Oberflächen-, Bulk- und Interfacebereich. Diese Struktur führt zu einer Schichtdickenabhängigkeit von mechanischen und struktu-rellen Parametern, die über die gesamte Schichtdicke gemittelt werden. XRR-Analysen ergaben Bulkdichten von 2.8-3.0 g/cm3 bei Raumtemperaturabscheidung und 2.2 g/cm3 für eine Beschichtung von Speicherplatten bei einer Temperatur von 200 °C. Durchgeführte AFM-Messungen an Schichten auf Silizumsubstraten zeigten nahezu kei-ne Abhängigkeit der RMS-Oberflächenrauhigkeit von der Schichtdicke bis zu 18 nm und lieferten konstante Werte im Bereich der Substratrauhigkeit von etwa 0.1 nm. Bei der Beschichtung von Speicherplatten bewirkt eine Dickenabnahme der aufgebrachten Filme sogar einen glättenden Einfluss auf die Oberflächentopographie. Der Elastizitätsmodul und die mittels Mehrwellenlängen-Ramanspektroskopie ermittelte Raman-G-Peak-Dispersion als Maße für Schichthärte und Schichtstruktur zeigen einen korrelierenden Abfall für verringerte Schichtdicken. Der Elastizitätsmodul fällt im Fall ei-ner Raumtemperaturabscheidung von etwa 450 GPa bei 20 nm Dicke auf ca. 50 GPa bei weniger als 2 nm Dicke ab. Diese Resultate werden durch röntgenabsorptionsspektro-skopische Untersuchungen der Kohlenstoff-K-Kante bestätigt. Kombinierte XPS- und XANES-Analysen der Bedeckungsqualität von Vakuumbogen-Schichten ergaben eine kritische Dicke von nur ca. 1 nm. Bei einer Unterschreitung die-ses Dickenwertes kann eine vollständige Bedeckung bzw. der Korrosionsschutz des un-terliegenden metallischen Mediums nicht mehr uneingeschränkt gewährleistet werden. XPS-Referenzmessungen an konvenzionellen CNx-Schichten weisen demgegenüber oxidische Cobaltsignale bereits im Bereich von 2-3 nm nach.