Aninhamento em redes bipartidas

We present a nestedness index that measures the nestedness pattern of bipartite networks, a problem that arises in theoretical ecology. Our measure is derived using the sum of distances of the occupied elements in the adjacency matrix of the network. This index quantifies directly the deviation of a given matrix from the nested pattern. In the most simple case the distance of the matrix element ai,j is di,j = i+j, the Manhattan distance. A generic distance is obtained as di,j = (i¬ + j¬)1/¬. The nestedness índex is defined by = 1 − where is the temperature of the matrix. We construct the temperature index using two benchmarks: the distance of the complete nested matrix that corresponds to zero temperature and the distance of the average random matrix that is defined as temperature one. We discuss an important feature of the problem: matrix occupancy. We address this question using a metric index ¬ that adjusts for matrix occupancy

As comunidades de anfíbios e lagartos dos remanescentes de restingas do estado do Espírito Santo: uma análise da ocorrência e distribuição das espécies

Ecologicamente, comunidades são conjuntos de populações convivendo no mesmo espaço e tempo. A forma como as espécies que compõem estas comunidades, como elas se distribuem e como estão estruturadas, depende de inúmeros fatores, entre eles históricos, biogeográficos e evolutivos. Neste estudo, buscamos compreender como as comunidades de anfíbios anuros e de lagartos estão estruturadas e quais fatores ambientais e de degradação são determinantes nesta estruturação. Amostramos cinco remanescentes de restinga no estado do Espírito Santo, utilizando método de procura ativa em transecções lineares nas diferentes fisionomias vegetais destes ecossistemas. Realizamos amostragens nas estações seca e de chuvas em todas as restingas, e somamos um total de 60 horas de esforço amostral para os anfíbios e 75 horas para os lagartos. Registramos um total de 32 espécies de anfíbios anuros conjuntamente nos cinco remanescentes de restinga, sendo duas destas espécies endêmicas deste ecossistema: Scinax agilis e Melanophryniscus setiba. A restinga do Parque Paulo Cesar Vinha foi o remanescente com a maior riqueza de espécies de anuros, enquanto a restinga da Reserva Biológica de Comboios foi, comparativamente, o remanescente com menor riqueza de espécies. Em termos de composição de espécies, as restingas de Praia das Neves e Paulo Cesar Vinha foram as mais similares, enquanto a restinga de Comboios foi a mais distante na análise de agrupamento. Registramos no conjunto de restingas seis modos reprodutivos para as espécies de anuros, sendo 75% deles relacionados aos ambientes aquáticos. A disponibilidade de locais de desova esteve positivamente relacionada à riqueza de espécies. Todos os mesohábitats das restingas, com exceção das fitofisionomias de halófila-psamófila, foram utilizados pelos indivíduos registrados, entretanto, uma porcentagem considerável dos indivíduos foi encontrada nos alagados. Em relação às comunidades de lagartos, adotamos além dos nossos dados, aqueles disponíveis em Dias e Rocha (2014) e aqueles disponíveis em Winck (2012). Registramos um total de 23 espécies de lagartos nos remanescentes de restinga amostrados nos estados do Rio de Janeiro, Espírito Santo e Bahia. Observamos que as comunidades presentes nos remanescentes estudados possuem considerável diferenciação entre elas. A diversidade beta (β) foi elevada enquanto o grau de aninhamento foi intermediário. Registramos ainda a presença do lagarto exótico invasor Hemidactylus mabouia em ambiente natural nos remanescentes de restinga estudados neste Tese. Encontramos 45 indivíduos, distribuídos em três dos cinco remanescentes amostrados. Registramos ainda ovos de H. mabouia (2 deles eclodidos) em dois dos cinco locais estudados, indicando que o recrutamento de indivíduos está ocorrendo com sucesso nas populações invasoras. A presença de H. mabouia esteve relacionada à restingas com maior frequência de degradação ambiental. Consideramos que os dados obtidos nesta tese, fornecem informações de considerável importância para o entendimento da estrutura das comunidades de anfíbios e lagartos nos ecossistemas de restinga ao longo da costa brasileira

Modelos com cruzamento de aninhamentos em escada estruturados

Neste trabalho propomos um novo tipo de modelo, que designamos por modelo com aninhamento em escada estruturado. Este modelo tem por base o modelo com aninhamento em escada e, tal como este, apresenta vantagens face ao aninhamento equilibrado. Permite grande economia no número de observações utilizadas e uma distribuição mais uniforme da informação pelos vários factores. Com este novo tipo de modelo podemos construir novos modelos, também em escada, mais complexos do que os existentes até agora. No aninhamento em escada a cada degrau do modelo corresponde um factor. Generalizamos a teoria destes modelos introduzindo a possibilidade de se desagregar cada um dos factores intervenientes, passando os degraus a terem submodelos com estrutura ortogonal. Para estudar o aninhamento em escada estruturado, propomos duas estruturas algébricas que, apesar de diferentes, possibilitam obter os mesmos estimadores dos parâmetros relevantes. Álgebras de Jordan comutativas são utilizadas para exprimir essas estruturas. Usando as matrizes da base principal, das álgebras a que se associam os modelos, a estimação vai ter por base a relação entre as componentes de variância canónicas e as usuais. Para além do aninhamento em escada estruturado, apresentamos também modelos obtidos cruzando vários desses aninhamentos.

From XML to relational view updates: applying old solutions to solve a new problem

XML has become an important medium for data exchange, and is frequently used as an interface to - i.e. a view of - a relational database. Although lots of work have been done on querying relational databases through XML views, the problem of updating relational databases through XML views has not received much attention. In this work, we give the rst steps towards solving this problem. Using query trees to capture the notions of selection, projection, nesting, grouping, and heterogeneous sets found throughout most XML query languages, we show how XML views expressed using query trees can be mapped to a set of corresponding relational views. Thus, we transform the problem of updating relational databases through XML views into a classical problem of updating relational databases through relational views. We then show how updates on the XML view are mapped to updates on the corresponding relational views. Existing work on updating relational views can then be leveraged to determine whether or not the relational views are updatable with respect to the relational updates, and if so, to translate the updates to the underlying relational database. Since query trees are a formal characterization of view de nition queries, they are not well suited for end-users. We then investigate how a subset of XQuery can be used as a top level language, and show how query trees can be used as an intermediate representation of view de nitions expressed in this subset.

A perda de grupos funcionais em comunidades virtuais: efeito das interações entre espécies e grupos funcionais

High levels of local, regional, and global extinctions has progressively simplified communities in terms of both species and ecosystem functioning. Theoretical models demonstrated that the degree of functional redundancy determines the rates of functional group loss in response to species extinctions. Here, we improve the theoretical predictions by incorporating in the model interactions between species and between functional groups. In this study, we tested the effect of different scenarios of interspecific interactions and effects between functional groups on the resistance to loss of community functional groups. Virtual communities have been built with different distribution patterns of species in functional groups, both with high and low evenness. A matrix A was created to represent the net effect of interspecific interactions among all species, representing nesting patterns, modularity, sensitive species, and dominant species. Moreover, a second matrix B was created to represent the interactions between functional groups, also exhibiting different patterns. The extinction probability of each species was calculated based on community species richness and by the intensity of the interspecific interactions that act upon it and group to which it belongs. In the model, successive extinctions decrease the community species richness, the degree of functional redundancy and, consequently, the number of functional groups that remain in the system. For each scenario of functional redundancy, A, and B, we ran 1000 simulations to generate an average functional extinction curve. Different model assumptions were able to generate remarkable variation on functional extinction curves. More extreme variations occurred when the matrix A and B caused a higher heterogeneity in the species extinction probability. Scenarios with sensitive species, positive or negative, showed a greater variation than the scenarios with dominant species. Nested interactions showed greater variation than scenarios where the interactions were in modules. Communities with maximal functional evenness can only be destabilized by the interactions between species and functional groups. In contrast, communities with low functional evenness can have its resistance either increased or decreased by the interactions. The concentration of positive interactions in low redundancy groups or negative interactions in high redundancy groups was able to decrease the functional extinction rates. In contrast, the concentration of negative interactions in low redundancy groups or positive interactions in high redundancy groups was able to increase the functional extinction rates. This model shows results that are relevant for species priorization in ecosystem conservation and restoration

Sazonalidade e as redes de interações planta-polinizador

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Interação mutualística entre aves frugívoras de sub-bosque e plantas no Parque Ecológico de Gunma, Santa Bárbara do Pará

O consumo de frutos por aves pode representar uma relação mutualística, na qual estas o utilizam como fonte de nutrientes, deixando as sementes intactas. Tais interações podem ser descritas por redes, as quais podem ocorrem ao acaso ou assumem um padrão. O presente estudo objetivou determinar a estruturação da rede na floresta primária e secundária, assim como o nível de aninhamento das interações da assembléia de aves de sub-bosque e espécies de vegetais do Parque Ecológico de Gunma, situado na região Amazônica. Foram realizadas captura de aves com redes ornitológicas para identificação da espécie, coleta e análise das fezes, no período de março a dezembro de 2007. Os dados foram empregados para determinação da conectância, do aninhamento do sistema mutualístico, do índice de importância das espécies e para elaboração da rede de interação. Os resultados obtidos mostraram que o grau de aninhamento na floresta secundária foi maior que na primária e, a rede de interação final do Parque Ecológico de Gunma foi composta por 37 espécies (animais e plantas) interagindo com conectância de 18% e grau de aninhamento de 95%. As aves potencialmente dispersoras de sementes foram representadas por 20 espécies, destacando-se as famílias Pipridae, Tyrannidae, Turdidae e Thraupidae. Dixiphia pipra foi a principal dispersora nas duas fisionomias estudadas, seguido de Lipaugus vociferans na floresta primária e Cyanerpes caerulens na floresta secundária. Dentre os vegetais, 17 espécies fizeram parte da dieta das aves, e Miconia ciliata apresentou o maior índice de importância, pois interagiu com 16 espécies de aves, seguida de Phthirusa micrantha, na floresta primária, e Euterpe oleracea na floresta secundária.

Padrão de distribuição de assembléias de aves nas florestas de várzea do rio Madeira

A variação da composição de espécies pode ser um reflexo de dois fenômenos: aninhamento, que ocorre quando a assembléia de um local pobre em número de espécies é apenas um subconjunto de uma assembléia mais rica em espécies; e a substituição de espécies, definida pela mudança de espécies entre locais decorrente de diferenças ambientais e restrições tanto espacial, como históricas. A continuidade linear das várzeas e a presença de ilhas fluviais pode facilitar a dispersão das espécies, sugerindo que a distância entre os locais seria o fator mais importante para diferenciar assembléias de aves nas várzeas. O rio Madeira é considerado uma barreira para diversas espécies de aves, especialmente as de subosque, no entanto, não é esperado que aves típicas de ambientes inundáveis tenham sua distribuição limitada por rios. O objetivo deste trabalho é investigar se há variação na composição de espécies de aves que ocupam as florestas de várzea do rio Madeira, mensurando a importância do aninhamento e da substituição de espécies, bem como a influência do ambiente e do espaço sobre o padrão encontrado. Para avaliar se o rio Madeira restringe a distribuição de aves que ocupam a várzea, testamos se há diferença na composição de espécies entre margens opostas. A amostragem de aves foi realizada nas florestas de várzea do rio Madeira, de Agosto à Setembro de 2011, pelo método de censo por Listas de 20 espécies e captura por redes de neblina. Utilizamos a análise de partição da diversidade beta para mensurar a importância do aninhamento e da substituição de espécies, seguida da análise de Mantel Parcial para avaliar o efeito do ambiente e do espaço sobre a variação da composição de espécies. Posteriormente foi realizada uma análise de similaridade para testar a diferença da composição entre margens opostas. A dissimilaridade na composição de espécies de aves foi alta e a substituição de espécies foi predominante na estruturação destas assembléias. O ambiente (representado pela altitude) explicou a maior parte da variação da composição de espécies e não houve efeito do espaço, porém o ambiente se mostrou espacialmente estruturado. Em relação à composição de espécies entre margens opostas, não encontramos diferença significativa. Entretanto, encontramos diferença significativa quando testamos apenas espécies de subosque, mas o mesmo não ocorreu quando selecionamos somente espécies típicas de várzea. As florestas de várzea do rio Madeira abrigam assembléias de aves altamente distintas entre si, o que está associado à substituição de espécies que ocorre no sentido alto-baixo deste rio. A altitude parece ser uma variável importante na variação da composição das espécies. Como previsto, aves de subosque não se distribuem igualmente entre margens opostas do rio Madeira, no entanto, quando se considera apenas espécies típicas de várzea, não parece haver efeito deste rio como barreira, possivelmente por utilizarem ilhas fluviais para acessar ambas as margens.

Modelagem das trajetórias médias do peso vivo e do rendimento de carcaça de tilápias do Nilo (Oreochromis niloticus) por meio de funções B-spline

Employing the method of least squares and quadratic B-spline polynomials, different statistical models were tested to identify the most appropriate to model the mean trajectories of live weight and carcass yield of Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Data of live weight (8,758) and carcass yield (2,042) of tilapias with ages between 106 and 245 days were obtained from 72 families derived from 36 males and 72 females. The sex and tank variables were considered as classificatory and the coefficients of quadratic polynomials B-spline of two to five intervals of the same size were used as covariables. According to most fit criteria used, the models with quadratic B-spline polynomial with five intervals of the same size presented the best adjustments. The increase in number of intervals of B-spline polynomial improved the fit of the polynomials to the data. The inclusion of classificatory effects from sex, tank, the interaction of these effects and the quadratic polynomial B-spline nested in this interaction indicated that, over time, each sex, grown in different tank, presented different mean trajectory, necessitating the inclusion of nesting time in the interaction sex x tank in order to avoid the under or overestimation of breeding values of the selection candidates in breeding programs of this species.

Influência da escala espacial na diversidade beta de anuros considerando diferentes ecoregiões da Mata Atlântica

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)