Bioconductor: Open software development for computational biology and bioinformatics

The Bioconductor project is an initiative for the collaborative creation of extensible software for computational biology and bioinformatics. We detail some of the design decisions, software paradigms and operational strategies that have allowed a small number of researchers to provide a wide variety of innovative, extensible, software solutions in a relatively short time. The use of an object oriented programming paradigm, the adoption and development of a software package system, designing by contract, distributed development and collaboration with other projects are elements of this project's success. Individually, each of these concepts are useful and important but when combined they have provided a strong basis for rapid development and deployment of innovative and flexible research software for scientific computation. A primary objective of this initiative is achievement of total remote reproducibility of novel algorithmic research results.

Appraisal of open software for finite element simulation of 2D metal sheet laser cut.

FEA simulation of thermal metal cutting is central to interactive design and manufacturing. It is therefore relevant to assess the applicability of FEA open software to simulate 2D heat transfer in metal sheet laser cuts. Application of open source code (e.g. FreeFem++, FEniCS, MOOSE) makes possible additional scenarios (e.g. parallel, CUDA, etc.), with lower costs. However, a precise assessment is required on the scenarios in which open software can be a sound alternative to a commercial one. This article contributes in this regard, by presenting a comparison of the aforementioned freeware FEM software for the simulation of heat transfer in thin (i.e. 2D) sheets, subject to a gliding laser point source. We use the commercial ABAQUS software as the reference to compare such open software. A convective linear thin sheet heat transfer model, with and without material removal is used. This article does not intend a full design of computer experiments. Our partial assessment shows that the thin sheet approximation turns to be adequate in terms of the relative error for linear alumina sheets. Under mesh resolutions better than 10e−5 m , the open and reference software temperature differ in at most 1 % of the temperature prediction. Ongoing work includes adaptive re-meshing, nonlinearities, sheet stress analysis and Mach (also called ‘relativistic’) effects.

Software libre y sistemas de información geográfica: conceptos, definiciones y aspectos legales

This article covers some of the principal legal aspects of free and open software applied to Geographic Information Systems. Starting out form basic concepts in FOSS licensing, it aims to deal with questions such as "who is responsible for FOSS projects'", "how are they developed?", "who is the owner of the software?" and discusses the legal issues and problems that may arise during the course of creating, distributing or deploying a FOSS-based GIS

Comunicação social com software livre

A tecnologização que a sociedade experimenta nas últimas décadas trouxe a profusão de máquinas informatizadas e seus sistemas de operação. Neste período a indústria desenvolveu sofisticados e caros softwares aplicativos proprietários para o pleno uso destas máquinas, o que colocou boa parte do mercado social nas mãos de poucas empresas multinacionais, entre elas, a Microsoft, e outras. Mas, o espírito libertário de membros das comunidades científicas e hackers promoveu o desenvolvimento do software livre e aberto, que pode ser usado como bem social mais amplo e, principalmente, evoluir no melhor do espírito colaborativo. O presente trabalho estuda os dois modelos de produção de software, os compara visando tornar evidentes as qualidades de cada um, seus custos, rendimentos e possibilidades de adoção. Projeta a possibilidade de que as habilitações da área da comunicação possam migrar para o modelo de software livre, dadas as plenas qualidades deste sistema, a radical redução de custos e as constatações que amplos segmentos da produção audiovisual os está adotando. Para tanto, compara as experiências aplicadas com ambos os sistemas em dois cursos de comunicação, em sua habilitação de Rádio e Televisão.(AU)

Implantación de una Plataforma GNU/Linux en la gestión del hogar digital focalizada a la domótica,multimedia-ocio y las TICs.

In the near future, access to data and home automation systems in the home supported by the implementation of GNU-Linux operating systems in our homes, a reality of the first order for the implementation of real homes and automated digital awarding a cost reduction by the intensive use of the resources provided directly by the Open Software Community. The future possibilities seem almost endless: telecommuting, centralized household accounts, software distributed online training for young people in the house, multimedia at all levels, design and artistic creation (particularly through electronic digital displays are spreading rapidly in our homes), targeted towards home automation automated digital, integrated control of home security, digital entertainment ... and with free applications at no additional cost that can be easily downloaded from the usual repositories, ensuring the online update of these tools. In short, new ways of understanding in the home automation, telecommuting and digital entertainment within the broader framework of our Information Society.

Bases Teóricas y Herramientas para el Análisis y Comparación de Sistemas de Votación de Código Abierto

Dentro del proceso de definición de las vías de participación en el PLAN DIRECTOR DE PARTICIPACIÓN CIUDADANA 2010-2015 del Ayuntamiento de Barcelona, se plantea la necesidad de fomentar mecanismos de participación directa y a, partir de esta necesidad, se plantea el desarrollo de una aplicación de Consultas Populares.Dentro de los procesos participativos, las consultas a realizar pueden ser vinculantes y por tanto resulta de la mayor importancia fundamentar su desarrollo garantizando la corrección formal de todo el proceso.Entre los requerimientos, especificados por en Instituto Municipal de Informática, el sistema de votación a plantear debe estar cubierto por alguna de las licencias consideradas libres o de código abierto. Una de las principales características de este tipo de aplicaciones es que resulta posible la utilización y modificación del código.Como primer paso se definen los conceptos básicos implicados comenzando con la del propio concepto de e-Voting. A partir de las experiencias previas realizadas en nuestro entorno geográfico, es posible establecer que los estándares más utilizados son los generados por el Consejo de Europa, qué utilizaremos para concretar las diferentes fases de un Proceso de Consulta, los actores implicados así como las diferentes funciones a de cada uno de ellos para cada una de las fases.Sobre esta base se analizan las diferentes alternativas existentes entre lo que se denominan Esquemas de Votación. Centrándonos en el escogido como más conveniente, el Esquema de Voto Oculto, se describen las características de seguridad que permiten dar validez a un proceso de consulta realizado por este medio. Así mismo se describen los principales conceptos teóricos implicados mediante una aproximación que permita su comprensión de forma intuitiva, especialmente en lo que se refiere a las técnicas criptográficas implicadas.En tercer lugar se ha realizado una búsqueda de posibles aplicaciones que sirvan de punto de partida y se han hecho pruebas comparativas para las cuales se han adaptado las herramientas correspondientes a QSOS, relacionando los estándares especificados por el Consejo Europeo y las características de seguridad que deben cumplirse.

Kosmo como alternativa abierta de los sistemas de información geográfica

Use of Kosmo designing vectorial map of the State Lara of the Region Western Center, advantages, outstanding procedures, and utility of the open software Kosmo in the diverse institutions of Venezuela

Uso do AHP na avaliação do desempenho do sistema de gestão da qualidade, meio ambiente e segurança e saúde ocupacional integrados

The paper analyses the application of the AHP method together with the attach A of ISO 9004:2000 in order to evaluate the performance of two industrial organizations, both possessing quality management systems with ISO 9001:2000 certifications, based on the specific requirements of quality, environment, occupational health and management systems. The evaluated organizations were a government-owned company from the science and technology sector that works in the nuclear area, and a private company that works in the automotive and railroad area. The open software Web-Hipre version 1.22 from Helsinki University of Technology, Finland, was used. The results demonstrated that the AHP method together with the attach A of ISO 9004:2000 is adequate to evaluate organizational performances. Both organizations presented similar performance levels.

Rastreamento do olhar na avaliação de presença em atividades mediadas por vídeo.

A percepção de presença (PP), evolução do conceito de telepresença, pode ser definida como ilusão perceptiva de não mediação e/ou a percepção ilusória da realidade. O método mais utilizado para a avaliação da PP faz uso de questionários aplicados aos sujeitos, após sua participação numa experiência. Além de não fornecer informações em tempo real esse método sofre muitas interferências advindas tanto dos sujeitos submetidos ao experimento como dos avaliadores dos questionários. Os métodos que poderiam ser mais efetivos para a avaliação da PP, em tempo real, fazem uso de sinais fisiológicos que variam independentemente da vontade dos sujeitos, como batimento cardíaco, eletrocardiograma, eletroencefalograma, resistividade e umidade da pele. Os sinais fisiológicos, no entanto, só variam de forma significativa em situações de estresse, inviabilizando sua utilização em atividades normais, sem estresse. Outra forma de avaliar a PP é utilizar sistemas de rastreamento do olhar. Estudados e desenvolvidos desde o século 19, os sistemas de rastreamento do olhar fornecem um mapeamento do movimento dos olhos. Além de indicar para onde os sujeitos estão olhando, podem também monitorar a dilatação da pupila e as piscadas. Atualmente existem sistemas de rastreamento do olhar comerciais de baixo custo, que apesar de terem menos precisão e frequência que os equipamentos de alto custo são mais práticos e possuem software de plataforma aberta. No futuro serão tão comuns e simples de usar como são hoje as câmeras em dispositivos móveis e computadores, o que viabilizará a aplicação das técnicas e métodos aqui propostos em larga escala, principalmente para monitorar a atenção e envolvimento de atividades mediadas por vídeo. É apresentada uma ferramenta que faz uso do rastreamento do olhar para avaliar a percepção de presença em atividades mediadas por vídeo (com estímulos sonoros). Dois experimentos foram realizados para validar as hipóteses da pesquisa e a ferramenta. Um terceiro experimento foi executado para verificar a capacidade da ferramenta em avaliar a percepção de presença em atividades não estressantes mediadas por vídeo.

Case-Based Reasoning Tools from Shells to Object-Oriented Frameworks

A Case-Based Reasoning (CBR) tool is software that can be used to develop several applications that require cased-based reasoning methodology. CBR shells are kind of application generators with graphical user interface. They can be used by non-programmer users but the extension or integration of new components in these tools is not possible. In this paper we analyzed three CBR object-oriented framework development environments CBR*Tools, CAT-CBR, and JColibri. These frameworks work as open software development environment and facilitate the reuse of their design as well as implementations.

Developing and implementing an open and non-proprietary device description for FOUNDATION fieldbus based on software standards

Support for interoperability and interchangeability of software components which are part of a fieldbus automation system relies on the definition of open architectures, most of them involving proprietary technologies. Concurrently, standard, open and non-proprietary technologies, such as XML, SOAP, Web Services and the like, have greatly evolved and been diffused in the computing area. This article presents a FOUNDATION fieldbus (TM) device description technology named Open-EDD, based on XML and other related technologies (XLST, DOM using Xerces implementation, OO, XMIL Schema), proposing an open and nonproprietary alternative to the EDD (Electronic Device Description). This initial proposal includes defining Open-EDDML as the programming language of the technology in the FOUNDATION fieldbus (TM) protocol, implementing a compiler and a parser, and finally, integrating and testing the new technology using field devices and a commercial fieldbus configurator. This study attests that this new technology is feasible and can be applied to other configurators or HMI applications used in fieldbus automation systems. (c) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Open-source software in operations research in engineering teaching

ENEGI 2013: Atas do 2º Encontro Nacional de Engenharia e Gestão Industrial, Universidade de Aveiro, 17 e 18 de maio de 2013, Aveiro, Portugal.

Avaliação de software em open source para a gestão da Biblioteca UNL no Campus de Caparica

O presente trabalho parte da caracterização da Biblioteca UNL para desenvolver um estudo de avaliação dos principais Sistemas Integrados de Gestão de Bibliotecas (SIGB) em open source. Os SIGB são utilizados na automatização dos processos de trabalho das bibliotecas, através de diversos módulos funcionais e opções de configuração, e permitem a interoperabilidade através de normas e protocolos. O open source define-se como abordagem para o desenvolvimento e distribuição de software baseada no livre acesso ao código fonte, estando assim em oposição ao conceito de software proprietário. A Biblioteca UNL é caracterizada através da sua organização, dos seus espaços e recursos, dos seus processos de gestão documental e da infraestrutura tecnológica subjacente. O open source é abordado a partir da sua contextualização histórica, da organização dos seus projectos, das vantagens e inconvenientes para as instituições e do desenvolvimento e adopção de SIGB open source.

Biodiversity open map (BiodOM) - SIGWeb colaborativos e Software Geoespacial Livre e Aberto numa abordagem da neogeografia aplicada ao conhecimento da biodiversidade

Trabalho de Projeto apresentado como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Ciência e Sistemas de Informação Geográfica

Open to the users' needs : combining user-centered design, standards and open source software

This case study introduces our continuous work to enhance the virtual classroom in order to provide faculty and students with an environment open to their needs, compliant with learning standards and, therefore compatible with other e-learning environments, and based on open source software. The result is a modulable, sustainable and interoperable learning environment that can be adapted to different teaching and learning situations by incorporating the LMS integrated tools as well as wikis, blogs, forums and Moodle activities among others.