Identification des peptides du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I par spectrométrie de masse

L’immunité adaptive et la discrimination entre le soi et le non-soi chez les vertébrés à mâchoire reposent sur la présentation de peptides par les récepteurs d’histocompatibilité majeur de classe I. Les peptides antigéniques, présentés par les molécules du complexe d’histocompatibilité (CMH), sont scrutés par les lymphocytes T CD8 pour une réponse immunitaire appropriée. Le répertoire des peptides du CMH de classe I, aussi appelé immunopeptidome, est généré par la dégradation protéosomale des protéines endogènes, et a un rôle essentiel dans la régulation de l’immunité cellulaire. La composition de l’immunopeptidome dépend du type de cellule et peut présenter des caractéristiques liées à des maladies comme le cancer. Les peptides antigéniques peuvent être utilisés à des fins immunothérapeutiques notamment dans le traitement voire la prévention de certains cancers. La spectrométrie de masse est un outil de choix pour l’identification, le séquençage et la caractérisation de ces peptides. Cependant, la composition en acides aminés, la faible abondance et la diversité de ces peptides compliquent leur détection et leur séquençage. Nous avons développé un programme appelé StatPeaks qui permet de calculer un certains nombres de statistiques relatives à la fragmentation des peptides. À l’aide de ce programme, nous montrons sans équivoque que les peptides du CMH classe I, en mode de fragmentation par dissociation induite par collision (CID), fragmentent très différemment des peptides trypsiques communément utilisés en protéomique. Néanmoins, la fragmentation par décomposition induite par collision à plus haute énergie (HCD) proposée par le spectromètre LTQ-Orbitrap Velos améliore la fragmentation et fournit une haute résolution qui permet d’obtenir une meilleure confiance dans l’identification des peptides du CMH de classe I. Cet avantage permet d’effectuer le séquençage de novo pour identifier les variants polymorphes qui ne sont normalement pas identifiés par les recherches utilisant des bases de données. La comparaison des programmes de séquençage Lutefisk, pepNovo, pNovo, Vonode et Peaks met en évidence que le dernier permet d’identifier un plus grand nombre de peptides du CMH de classe I. Ce programme est intégré dans une chaîne de traitement de recherche d’antigènes mineurs d’histocompatibilité. Enfin, une base de données contenant les informations spectrales de plusieurs centaines de peptides du CMH de classe I accessible par Internet a été développée.

Les politiques de stérilisation sexuelle au Canada et aux États-Unis : une pratique à l'intersection de rapports de genre, de race et de classe

Dans ce mémoire, l’objectif poursuivi sera d’éclairer les dynamiques de genre, de race, de classe, de nation et de handicap à travers le phénomène du contrôle des capacités reproductives des femmes. Dans un premier temps, j’essaierai de comprendre comment les passés coloniaux du Canada et des États-Unis ont structuré leur rapport à la reproduction et comment celle-ci est devenue un enjeu politique de premier plan au sein de l’idéologie eugéniste. Dans un deuxième temps, j’explorerai quel a été le rôle de la science dans la mise en place, en Occident, de systèmes experts capables de guider la société vers le Progrès. Ces réflexions me permettront de retracer quel a été le contexte d’émergence des lois sur la stérilisation sexuelle et quels discours de légitimation ont été mis de l’avant afin de justifier l’appropriation des capacités reproductives de certaines populations jugées « indésirables ». Ainsi, je poserai l’hypothèse que les valeurs et présupposés « scientifiques » racistes, sexistes et classistes sous-jacents à l’élaboration de ces lois ont mené à des stérilisations forcées de certains groupes minorisés, c’est-à-dire les femmes autochtones au Canada et les femmes noires aux États-Unis. Je tenterai alors d’évaluer si, effectivement, les politiques de stérilisation aux Canada et aux États-Unis ont été discriminatoires dans leur formulation et dans leur mise en application à l’égard de ces populations. Finalement, je mobiliserai les figures de la welfare queen et de la squaw afin de comprendre comment ces identités assignées ont permis de légitimer un traitement différencié à leur égard et comment elles structurent encore aujourd’hui leur rapport à la sexualité et à la reproduction.

Interactions didactiques en classe de français : enseignement/apprentissage de l’accord du verbe en première secondaire

Notre recherche vise à décrire les connaissances grammaticales élaborées par des élèves de première secondaire au cours de l’enseignement/apprentissage de l’accord du verbe. Cette description se fonde sur l’observation des interactions didactiques entre les élèves, et leur enseignant autour de l’objet de savoir « accord du verbe » : elle concerne plus particulièrement l’interaction entre les pôles « élève » et « savoir ». Notre recherche s’inscrit dans le courant de la grammaire pédagogique moderne. La théorie de la transposition didactique de Chevallard (1985/1991) constitue également la pierre angulaire de nos travaux : les concepts de transposition didactique externe (le passage du savoir savant au savoir à enseigner) et interne (le passage du savoir à enseigner au savoir effectivement enseigné) agissent à titre d’analyseurs des interactions didactiques. L’observation, la description et la théorisation des interactions didactiques imposent une démarche écologique pour la collecte des données. Pour notre recherche, les données ont été recueillies grâce à la captation vidéo de séquences didactiques portant sur l’accord du verbe : elles consistent en des interactions verbales entre élèves ou entre les élèves et leur enseignant. L’analyse des données s’est effectuée selon une perspective macro et micro : (1) L’analyse macro indique que les connaissances antérieures des élèves résistent à l’institutionnalisation des savoirs puisque le savoir enseigné n’est pas celui qui est exclusivement mobilisé. Les élèves recourent à un vaste éventail de connaissances de types procédural et déclaratif pour l’identification du verbe et du sujet, dont la réussite n’est par ailleurs pas assurée. De plus, les connaissances qu’ils ont élaborées autour de la règle d’accord et du transfert des traits morphologiques sont également nombreuses et variées et ne les conduisent pas à accorder le verbe avec constance. (2) L’analyse micro suggère que l’élaboration des connaissances relatives à l’accord du verbe dépend de la manière dont les outils de la grammaire (manipulations syntaxiques et phrase de base) sont utilisés par les élèves. Plus précisément, le savoir piétine ou recule lorsque les manipulations syntaxiques ne sont pas appliquées dans la phrase ou qu’elles ne sont pas adaptées dans certains contextes syntaxiques; le savoir fait des bonds en avant dans les classes où les élèves sont en mesure de recourir à la phrase de base pour soutenir leur analyse grammaticale. Les descriptions proposées dans le cadre de notre thèse conduisent à discuter de leurs implications pour la transposition didactique externe et, plus généralement, pour la didactique du français et de la grammaire.

Diversité des champignons endophytes mycorhiziens et de classe II chez le pois chiche, et influence du génotype de la plante

réalisé en cotutelle avec la Faculté des Sciences de Tunis, Université Tunis El Manar.

Comparaison des effets sur la croissance des maxillaires de l'utilisation du Forsus® versus celle des élastiques de classe II

Objectif : Évaluer les effets sur la croissance des maxillaires, ainsi que les effets dentaires, de l'utilisation du Forsus versus celle des élastiques de classe II. Matériel et méthode : Un échantillon de 30 patients a été traité sans extraction et a eu une phase d'alignement préliminaire avec appareillage orthodontique fixe complet. Vingt-trois (23) patients (14 filles, 9 garçons) ont été traités à l'aide de Forsus (âge moyen : 13,4 ans) et 7 patients (4 filles, 3 garçons) ont été traités avec des élastiques de classe II (âge moyen : 14,3 ans). Une radiographie céphalométrique a été prise à la fin de la phase d'alignement, juste avant la mise en place de l'appareil myofonctionnel choisi, et une autre au moment de l'enlèvement de l'appareil (temps de port moyen : 0,5 an). Les radiographies ont ensuite été tracées à l'aveugle et 17 mesures ont été sélectionnées pour évaluer l'effet des appareils sur les maxillaires (ANS-PNS, SNA, SNB, ANB, Go-Pg, Ar-Go, Co-Gn, axe Y, Ar-Gn, Ar-Go-Me, FMA, POF/FH, PP/FH, B-Pg(PM), 1/-FH, 1/-/1, /1-PM). Un questionnaire pour évaluer le confort face à leur appareil a été remis aux patients à environ la moitié du temps de port estimé. Résultats : Il n'y a aucune différence statistiquement significative entre les deux traitements sur la croissance du maxillaire (ANS-PNS p = 0,93, SNA p = 0,12). De façon générale, il n'y a pas non plus de différence significative entre les deux traitements sur la croissance de la mandibule (Ar-Gn p = 0,03, SNB p = 0,02 et pour les 6 autres mesures p > 0,05). Pour la composante dento-alvéolaire, les deux traitements proclinent les incisives inférieures et rétroclinent les incisives supérieures, le Forsus causant une plus forte rétroclinaison des incisives supérieures (1/-FH p = 0,007, /1-PM p = 0,10). Pour les changements angulaires des plans, le Forsus cause de manière significative une augmentation de l’inclinaison du plan occlusal (POF/FH p = 0,001). Pour le questionnaire sur l'évaluation du confort, il n'y a pas de différence entre les deux traitements en ce qui concerne la gêne face aux activités quotidiennes (p = 0,19). L'hygiène est plus facile avec les élastiques (p = 0,03). Le sommeil n’est perturbé par aucun des appareils (p =0,76). La différence entre le groupe «élastiques» et le groupe «Forsus» pour le confort en général n'est pas significative (p = 0,08). Conclusions : Le but de l’étude étant de vérifier l’efficacité des élastiques de classe II bien portés versus celle des Forsus, on peut conclure que leurs effets sont relativement similaires sur les maxillaires. Cependant, le Forsus cause de manière statistiquement significative une augmentation de l'angle du plan occlusal et une rétroclinaison plus importante des incisives supérieures.

Liens entre défavorisation extrême chez des enfants à la maternelle et engagement en classe en 3e année du primaire

L’objectif de cette étude est de vérifier s’il existe un lien entre les conditions de défavorisation extrême associées à la pauvreté familiale telles que vécues par l’enfant en maternelle et son engagement en classe en 3e année du primaire. Pour ce faire, nous avons analysé des données portant sur un groupe de 341 enfants provenant des régions les plus défavorisées de Montréal à partir des observations rapportées par leur enseignant. Plusieurs régressions multiples ont permis de mettre en évidence des indicateurs sur l’engagement en classe, soit la concentration, la persistance et l’autonomie des participants avec quatre indicateurs liés à la défavorisation extrême soit la faim, les retards à l’école, l’habillement inadéquat et les signes de fatigue. Les résultats de cette étude ont montré que chacun de ces indicateurs pouvait indépendamment contribuer à l’engagement en classe, mais, que deux indicateurs ont un pouvoir prédictif supérieur et fiable, soit le retard en classe et les signes de fatigue. D’autres recherches plus poussées étaient les résultats de la présente étude et suggèrent comment une intervention précoce des enseignants, au début du primaire, pourrait encourager l’engagement en classe d’enfant provenant d’une population défavorisée urbaine.

La contribution du climat social de la classe et de l'implication des parents à la maternelle à la réussite scolaire au primaire

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Classe sociale et réussite criminelle

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Genèse de l’immunopeptidome du CMH de classe I

La différentiation entre le « soi » et le « non-soi » est un processus biologique essentiel à la vie. Les peptides endogènes présentés par les complexes majeurs d’histocompatibilité de classe I (CMH I) représentent le fondement du « soi » pour les lymphocytes T CD8+. On donne le nom d’immunopeptidome à l’ensemble des peptides présentés à la surface cellulaire par les molécules du CMH I. Nos connaissances concernant l’origine, la composition et la plasticité de l’immunopeptidome restent très limitées. Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé une nouvelle approche par spectrométrie de masse permettant de définir avec précision : la nature et l’abondance relative de l’ensemble des peptides composant l’immunopeptidome. Nous avons trouvé que l’immunopeptidome, et par conséquent la nature du « soi » immun, est surreprésenté en peptides provenant de transcrits fortement abondants en plus de dissimuler une signature tissu-spécifique. Nous avons par la suite démontré que l’immunopeptidome est plastique et modulé par l’activité métabolique de la cellule. Nous avons en effet constaté que les modifications du métabolisme cellulaire par l’inhibition de mTOR (de l’anglais mammalian Target Of Rapamycin) provoquent des changements dynamiques dans la composition de l’immunopeptidome. Nous fournissons également la première preuve dans l’étude des systèmes que l’immunopeptidome communique à la surface cellulaire l’activité de certains réseaux biochimiques ainsi que de multiples événements métaboliques régulés à plusieurs niveaux à l’intérieur de la cellule. Nos découvertes ouvrent de nouveaux horizons dans les domaines de la biologie des systèmes et de l’immunologie. En effet, notre travail de recherche suggère que la composition de l’immunopeptidome est modulée dans l’espace et le temps. Il est par conséquent très important de poursuivre le développement de méthodes quantitatives au niveau des systèmes qui nous permettront de modéliser la plasticité de l’immunopeptidome. La simulation et la prédiction des variations dans l’immunopeptidome en réponse à différents facteurs cellulaires intrinsèques et extrinsèques seraient hautement pertinentes pour la conception de traitements immunothérapeutiques.

Synthèse et caractérisation photophysique et électrochimique d'une nouvelle classe de composés à base de fluorène et 2-thiophène

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Facteurs liés à la résilience scolaire d'élèves présentant une déficience intellectuelle légère intégrés en classe ordinaire québécoise

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Motivation scolaire et adaptation psychosociale d'élèves du secondaire scolarisés en classe de prolongation de cycle

Depuis la mise en place de la réforme, il y a plus de dix ans, les directions d’établissement sont tenues de trouver des solutions alternatives au redoublement, afin d’aider les élèves en difficulté à rattraper leur retard. C’est afin de répondre à cet impératif que la classe de prolongation de cycle a été mise en place dans les écoles secondaires. Des élèves en fin de 1er cycle, jugés incapables de poursuivre au cycle supérieur, y sont regroupés et pendant une année, ils bénéficient de mesures de soutien afin d’atteindre le niveau de compétence attendu (plus précisément en français en en mathématiques) pour pouvoir vivre un passage réussi au second cycle. Peu de résultats de recherches sont toutefois disponibles quant à l’efficacité de cette modalité. La présente étude vise donc à estimer l’incidence de deux modèles de prolongation de cycle (co-enseignement et avec enseignant unique), sur la motivation et l’adaptation psychosociale des élèves. Ainsi, les élèves qui expérimentent un modèle de co-enseignement demeurent en groupe fermé et sont accompagnés par trois enseignants titulaires qui se partagent la responsabilité de la quasi-totalité des composantes du programme de formation. Les élèves qui expérimentent un modèle avec enseignant unique demeurent eux aussi en groupe fermé, mais sont encadrés par une seule enseignante titulaire qui assume la responsabilité des enseignements en français et en mathématiques. Les autres matières sont enseignées par des spécialistes. Cent trente-quatre élèves au total, fréquentant trois écoles secondaires francophones montréalaises situées en milieu défavorisé, ont donc formé les groupes expérimentaux et témoins. En début et en fin d’année, les participants ont répondu à un questionnaire d’enquête mesurant l’évolution de leur motivation générale pour les apprentissages, de leur motivation spécifique aux disciplines, de leur adaptation psychosociale, de même que certaines facettes de leurs relations avec leurs pairs, leurs enseignants et leurs parents. Les résultats d’analyses de variance multivariées à mesures répétées (MANOVA) et des tests univariés subséquents permettent d’observer, chez les élèves qui ont expérimenté la prolongation de cycle en co-enseignement, une augmentation de leur sentiment de compétence général vis-à-vis l’école. De plus, leurs buts de performance-évitement et leur anxiété sociale ont diminué. Chez les élèves qui ont expérimenté la prolongation de cycle avec enseignant unique, ce même sentiment de compétence vis-à-vis l’école et celui spécifique au français ont augmenté. En revanche, ces derniers s’expriment plus négativement que leurs homologues en ce qui concerne leur intérêt général envers l’école, leur sentiment d’appartenance à leur école et leurs relations avec leurs pairs. Ces résultats indiquent donc que cette mesure a un effet mitigé sur la motivation et l’adaptation psychosociale des élèves. De plus, les quelques bénéfices perçus peuvent être la conséquence du fait de se retrouver dans un environnement scolaire moins compétitif. Cela dit, il apparaît important de préciser que les enseignants qui ont testé le modèle de co-enseignement en étaient à une première expérience. Leurs pratiques sont susceptibles de se bonifier, ce qui laisse croire que des résultats plus disparates pourraient éventuellement être observés entre ces deux modèles de prolongation. Par ailleurs, la pérennité des gains observés est inconnue. En conséquence, il conviendrait de poursuivre cette étude pour être en mesure de déterminer si ceux-ci sont durables dans le temps et afin de constater la pleine mesure de l’efficacité du modèle de prolongation de co-enseignement.

Une silhouette naturelle est-elle fréquemment classée dans plusieurs catégories de base?

Les silhouettes ambiguës, comme celle du lapin/canard (Jastrow, 1899), ont été étudiées selon plusieurs approches. Toutefois, les figures prises en exemples dans la large majorité des études sont généralement les mêmes. Cette redondance des images ambiguës utilisées pousse à croire qu'elles sont peut-être assez rares. Certaines observations anecdotiques suggèrent cependant qu’elles seraient au contraire relativement fréquentes. C'est ce que cherche à déterminer cette expérience. Nous avons utilisé des modèles tridimensionnels d'animaux projetés de façon aléatoire afin d'en extraire les silhouettes dont la complexité périmétrique a ensuite été modifiée par lissage. Treize sujets ont dû indiquer ce qu'ils percevaient dans l'image. Nous démontrons qu’une silhouette est classée en moyenne dans 1.9079 catégories de base. Nous avons également démontré qu’une diminution de la complexité périmétrique rend d’abord une silhouette plus ambiguë pour éventuellement atteindre un sommet (équivalent à environ six fois la complexité périmétrique d’un disque) à la suite duquel l’ambiguïté chute.

La communication d'élèves malentendants intégrés en classe ordinaire au Québec

Depuis le début des années 80, les systèmes d’éducation à travers le monde recommandent l’intégration des élèves malentendants en classe ordinaire. Malgré l’utilisation d’aides auditives et de système MF, les élèves vivent des périodes où l’amplification reçue est insuffisante ou non optimale. Ces périodes sont causées par des facteurs influençant leurs conditions de communication et cela peut nuire à leurs apprentissages. Pourtant, les études sur ces situations vécues par les élèves ont très peu considéré leur point de vue. L’étude présentée vise à 1) de documenter les perceptions des situations de communication en classe mentionnées par des élèves malentendants intégrés, appareillés et ayant un système MF décerné ou rapportées à des professionnels; 2) de comprendre le contexte dans lequel des conditions non optimales de communication surviennent; 3) d’identifier les stratégies compensatoires rapportées par l’élève ou son locuteur ou déployées lors de leur participation aux activités de classe. Cette étude de cas multiples combine des données qualitatives et quantitatives recueillies à partir d’entrevues en profondeur auprès de huit élèves malentendants, de courtes entrevues avec leur enseignant et leur intervenant principal et une session d’observation en classe au cours de laquelle le niveau de bruit a été mesuré et les positions de l’enseignant ont été notées. Les données ont été analysées de manière longitudinale afin de décrire les participants et transversale afin de les comparer. Les résultats montrent que les élèves malentendants parlent de leurs situations de communication en classe, surtout les plus difficiles en associant toutes leurs difficultés au locuteur ou au milieu et non à eux-mêmes. Pour ce qui est du contexte, des niveaux élevés de bruit ont été mesurés et les positions des enseignants montrent qu’ils sont généralement loin de l’enfant malentendant ou qu’ils ne lui font pas face. Par ailleurs, les enseignants mentionnent ne pas avoir assez d’informations pour bien venir en aide à ces élèves. Enfin, les élèves et leurs enseignants utilisent différentes stratégies de communication, mais celles-ci ne sont pas toujours efficaces pour faciliter la communication. Toutes ces constatations mènent à des pistes de solutions visant à améliorer les situations de communication en classe et le contexte dans lequel les élèves apprennent, notamment l’accroissement des connaissances des divers acteurs et de leur collaboration entre eux.

La représentation romancée de la classe ouvrière à l'époque mi-victorienne en Grande-Bretagne

Ce mémoire a pour objet le socioréalisme victorien, un moment de l’art anglais pendant lequel s’est développée une déclinaison originale de la tendance réaliste qui a laissé sa marque un peu partout en Europe dans le courant du 19e siècle. À une époque où l’Angleterre s’affirme comme le haut lieu de la modernité industrielle, les dures conditions de vie imposées par les transformations socio-économiques en train de s’accomplir trouvent peu à peu à s’exprimer dans les arts, où leur représentation met à mal les canons esthétiques établis et l’idéologie qui les sous-tend. Alors qu’en France la figure du paysan est le plus souvent associée à la vision et au programme des réalistes, c’est vers le prolétaire urbain que vont se tourner des artistes anglais interpellés, à l’instar de certains écrivains, intellectuels, législateurs et spécialistes divers, par les ravages humains que cause la course aveugle vers le progrès et vers le profit. Si le roman « industriel » à la Dickens donne le ton en nous offrant quelques victimes types des bas-fonds de Londres, des illustrateurs emboîtent le pas, notamment grâce à la presse illustrée. Une iconographie du pauvre, où l’enfant et la femme occupent l’avant-scène, se met en place et se diffuse largement grâce à la capacité d’invention que permettent les nouveaux médiums de reproduction mécanique. Le journal The Graphic retient notre attention parce que certains de ses imagiers –Francis Montague Holl (1845-1888), Samuel Luke Fildes (1843-1927) et Hubert von Herkomer (1849-1914) - ont aussi pratiqué la peinture et transposé, dans des tableaux aux dimensions imposantes, des sujets qu’ils avaient déjà exploités dans la gravure. Prenant pour corpus une production visuelle qui semble avoir pour projet de rendre le réel en direct, dans toute sa dureté, notre mémoire explore cependant les aspects fictionnels et les manipulations rhétoriques auxquelles les imagiers doivent se prêter pour faire passer leur message. Certaines de ces manipulations sont imposées de l’extérieur, par la nécessité de ne pas confronter les bien nantis à une situation de révolte potentielle, mais de les inciter à la charité en les apitoyant sur le sort des plus démunis. D’autres dérivent des médiums eux-mêmes, le passage de la gravure à la peinture et du petit au grand format, de la consommation privée à l’exposition publique, imposant des stratégies compositionnelles et des factures différentes.