Cloning and Comparative Studies of Seaweed Trehalose-6-Phosphate Synthase Genes

The full-length cDNA sequence (3219 base pairs) of the trehalose-6-phosphate synthase gene of Porphyra yezoensis (PyTPS) was isolated by RACE-PCR and deposited in GenBank (NCBI) with the accession number AY729671. PyTPS encodes a protein of 908 amino acids before a stop codon, and has a calculated molecular mass of 101,591 Daltons. The PyTPS protein consists of a TPS domain in the N-terminus and a putative TPP domain at the C-terminus. Homology alignment for PyTPS and the TPS proteins from bacteria, yeast and higher plants indicated that the most closely related sequences to PyTPS were those from higher plants (OsTPS and AtTPS5), whereas the most distant sequence to PyTPS was from bacteria (EcOtsAB). Based on the identified sequence of the PyTPS gene, PCR primers were designed and used to amplify the TPS genes from nine other seaweed species. Sequences of the nine obtained TPS genes were deposited in GenBank (NCBI). All 10 TPS genes encoded peptides of 908 amino acids and the sequences were highly conserved both in nucleotide composition (>94%) and in amino acid composition (>96%). Unlike the TPS genes from some other plants, there was no intron in any of the 10 isolated seaweed TPS genes.

Transfer and transport of phosphorus and silica in the turbidity maximum zone of the Changjiang estuary

The concentration of suspended particulate matter (SPM), sedimentation flux, and various forms of phosphorus and silica in turbidity maximum zone (TMZ) in the Changjiang (Yangtze) estuary was studied. Based on the budget of P and Si, their mass balances in the TMZ were calculated. Results show that the variation in concentration of dissolved inorganic silicon (DISi) was mainly controlled by seawater dilution, while that of dissolved inorganic phosphor-us (DIP) was considerably affected by the buffering of suspended matter and sediment. Our experiments showed that the sedimentation fluxes of SPM and particulate inorganic phosphorus (PIP), total particulate phosphorus (TPP), particulate inorganic silicon (PISi), and biological silicon (BSi) in the TMZ were 238.4 g m(-2) d(-1) and 28.3, 43.1, 79.0, 63.0 mg m(-2) d(-1), respectively. In addition, a simple method to estimate the ratio of resuspension of sediment in the TMZ was established, with which the rate in surface and bottom waters of the TMZ accounted for 55.7 and 66.1% of the total SPM, respectively, indicating that the sediment resuspension in the TMZ influenced significantly the mass balances of P and Si. Particulate adsorbed P (60.8%) and 35.5% of total particulate P discharged from the river were filtered and then deposited in the TMZ. The input flux of PIP from the river mouth was 55.9% of that of DIP, being important as biologically available P, while that of PISi was only 3.5% of DISi, showing that particulate adsorbed Si was much less important than particulate adsorbed P. (c) 2008 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Resonance Raman and DFT studies of tetra-tert-butyl porphine: Assignment of strongly enhanced distortion modes in a ruffled porphyrin

The free-base form of tetra-tert-butyl porphine (TtBP), which has extremely bulky meso substituents, is severely distorted from planarity, with a ruffling angle of 65.5degrees. The resonance Raman spectrum of TtBP (lambda(ex) = 457.9 nm) and its d(2), d(8), and d(10) isotopomers have been recorded, and while the spectra show high-frequency bands similar to those observed for planar meso-substituted porphyrins, there are several additional intense bands in the low-frequency region. Density functional calculations at the B3-LYP/6-31G(d) level were carried out for all four isotopomers, and calculated frequencies were scaled using a single factor of 0.98. The single factor scaling approach was validated on free base porphine where the RMS error was found to be 14.9 cm(-1). All the assigned bands in the high-frequency (> 1000 cm(-1)) region of TtBP were found to be due to vibrations similar in character to the in-plane skeletal modes of conventional planar porphyrins. In the low-frequency region, two of the bands, assigned as nu(8) (ca. 330 cm(-1)) and nu(16) (ca. 540 cm(-1)), are also found in planar porphyrins such as tetra-phenyl porphine (TPP) and tetra-iso-propyl porphine (IPP). Of the remaining three very strong bands, the lowest frequency band was assigned as gamma(12) (pyr swivel, obsd 415 cm(-1), calcd 407 cm(-1) in do). The next band, observed at 589 cm-1 in the do compound (calcd 583 cm(-1)), was assigned as a mode whose composition is a mixture of modes that were previously labeled gamma(13) (gamma(CmCaHmCa)) andy gamma(11) (pyr fold(asym)) in NiOEP. The final strong band, observed at 744 cm(-1) (calcd 746 cm(-1)), was assigned to a mode whose composition is again a mixture of gamma(11) and gamma(13), although here it is gamma(11) rather than gamma(13) which predominates. These bands have characters and positions similar to those of three of the four porphyrin ring-based, weak bands that have previously been observed for NiTPP. In addition there are several weaker bands in the TtBP spectra that are also

Chitosan nanoparticle as protein delivery carrier - Systematic examination of fabrication conditions for efficient loading and release

Chitosan nanoparticles fabricated via different preparation protocols have been in recent years widely studied as carriers for therapeutic proteins and genes with varying degree of effectiveness and drawbacks. This work seeks to further explore the polyionic coacervation fabrication process, and associated processing conditions under which protein encapsulation and subsequent release can be systematically and predictably manipulated so as to obtain desired effectiveness. BSA was used as a model protein which was encapsulated by either incorporation or incubation method, using the polyanion tripolyphosphate (TPP) as the coacervation crosslink agent to form chitosan-BSA-TPP nanoparticles. The BSA-loaded chitosan-TPP nanoparticles were characterized for particle size, morphology, zeta potential, BSA encapsulation efficiency, and subsequent release kinetics, which were found predominantly dependent on the factors of chitosan molecular weight, chitosan concentration, BSA loading concentration, and chitosan/TPP mass ratio. The BSA loaded nanoparticles prepared under varying conditions were in the size range of 200-580 nm, and exhibit a high positive zeta potential. Detailed sequential time frame TEM imaging of morphological change of the BSA loaded particles showed a swelling and particle degradation process. Initial burst released due to surface protein desorption and diffusion from sublayers did not relate directly to change of particle size and shape, which was eminently apparent only after 6 h. It is also notable that later stage particle degradation and disintegration did not yield a substantial follow-on release, as the remaining protein molecules, with adaptable 3-D conformation, could be tightly bound and entangled with the cationic chitosan chains. In general, this study demonstrated that the polyionic coacervation process for fabricating protein loaded chitosan nanoparticles offers simple preparation conditions and a clear processing window for manipulation of physiochemical properties of the nanoparticles (e.g., size and surface charge), which can be conditioned to exert control over protein encapsulation efficiency and subsequent release profile. The weakness of the chitosan nanoparticle system lies typically with difficulties in controlling initial burst effect in releasing large quantities of protein molecules. (C) 2007 Elsevier B.V. All rights reserved.

TIME-RESOLVED RESONANCE RAMAN-SPECTROSCOPY OF TRIPLET-STATE METALATED AND FREE-BASE TETRAARYLPORPHYRINS

Resonance Raman spectra of the T-1 excited states of Zn and free-base tetra-4-sulfonatophenylporphyrin (TPPS) have been recorded at room temperature in aqueous solution using two-colour time-resolved methods. The spectra of both sulfonated molecules are very similar to their tetraphenylporphyrin (TPP) analogues, which have been recorded in THF solution using the same pump-probe conditions, but they have higher signal-to-noise ratios because interference from strong solvent bands is reduced. Although two different T-1 spectra of Zn(TPP) have been reported these spectra differ slightly from each other and from the spectrum reported here, which has band positions very close (+/-6 cm(-1)) to those of Zn(TPPS). The high S/N ratios obtainable for the water-soluble porphyrins have allowed reliable polarization data to be recorded for their S-0 and T-1 states. This data set allows a realistic comparison of the changes in bonding associated with excitation of both free-base and Zn tetraarylporphyrins to the T-1 state.

Novos derivados porfirínicos: síntese e potenciais aplicações em PDT

O trabalho apresentado nesta dissertação descreve estudos desenvolvidos segundo três metodologias para a funcionalização de meso-tetra-arilporfirinas; uma delas baseada na funcionalização com diazo compostos, outra na reacção de Suzuki-Miyaura e a terceira na reacção de metátese. O presente documento é composto por quatro partes distintas. Na primeira parte são feitas considerações gerais sobre propriedades e aplicações de macrociclos porfirínicos. Na segunda parte é apresentado o trabalho realizado na funcionalização de porfirinas com diazo compostos através de reacções de inserção com um catalisador de ródio(II). Este estudo envolveu a preparação de duas porfirinas com grupos O-H e N-H nas posições para dum substituinte meso-fenilo. Os estudos iniciaram-se com a reacção de 5-(4-hidroxifenil)-10,15,20-trifenilporfirinatozinco(II) com diazoacetato de etilo na presença de Rh2(OAc)4. Obteve-se o produto esperado de inserção com bons rendimentos. A reacção de 5-(4-aminofenil)- 10,15,20-trifenilporfirinatozinco(II) com esse diazo composto na presença de Rh2(OAc)4 mostrou um perfil diferente do da reacção com o outro porfirinato. Foram obtidos três produtos, a saber: produto de bis-inserção e dois outros contendo o grupo funcional amida. Este capítulo descreve ainda a síntese de glicoporfirinas e de glicoclorinas através de reacções de inserção e de ciclopropanação envolvendo, respectivamente, os complexos 5-(4-hidroxifenil)- 10,15,20-trifenilporfirinatozinco(II) e 5,10,15,20- tetraquis(pentafluorofenil)porfirinatozinco(II) com α-diazoacetatos com substituintes sacarídicos. Foram usados, como catalisadores, Rh2(OAc)4 e CuCl, respectivamente, na reacção de inserção e na de ciclopropanação. Tendo em vista a sua aplicação em PDT, os novos produtos foram descomplexados e a unidade glicosídica foi desprotegida. Estudos de geração de oxigénio singuleto mostraram que os compostos obtidos são bons geradores dessa espécie citotóxica. Foram também realizados estudos de avaliação da actividade fotodinâmica em células humanas tumorais HeLa e em células humanas saudáveis HaCaT. Estudos de viabilidade celular, após tratamento fotodinâmico, mostraram que as glicoclorinas são mais eficazes na fotoinactivação das células tumorais. Apenas o derivado da clorina com a unidade de galactose mostrou selectividade para a linha celular tumoral, inibindo o crescimento desta e não causando efeito significativo na linha celular saudável. Este fotossensibilizador não foi tóxico na ausência de luz e depois do tratamento fotodinâmico e em condições sub-letais, provocou vacuolização citoplasmática e retracção pronunciada nas células tumorais, enquanto que nas células saudáveis os danos sofridos foram escassos. Nos estudos de localização celular este fotossensibilizador localizou-se na membrana citoplasmática e nos lisossomas tanto nas células HeLa como nas HaCaT. Na terceira parte deste trabalho são descritos os resultados obtidos nos estudos de funcionalização de porfirinas através da reacção de Suzuki-Miyaura. O complexo 2-(4,4,5,5,-tetrametil-1,3,2-dioxaborolan-2-il)-5,10,15,20- tetrafenilporfirinatozinco(II) foi o composto escolhido como reagente de partida. Usando a reacção de Suzuki foi possível sintetizar complexos β-bromoarilporfirínicos em bons rendimentos. Estes complexos foram sujeitos à reacção de Suzuki com pinacolborano, tendo sido possível obter os produtos de acoplamento esperados e ainda derivados diméricos de complexos porfirínicos ligados por unidades fenileno. Esta metodologia reacional, catalisada por paládio, permitiu ainda sintetizar novos derivados quinolona-porfirina através da reacção do complexo porfirínico β-borilado anteriormente referido com bromo-quinolonas Nsubstiuídas com grupos alquílicos e glicosídicos. Deste modo foram obtidos derivados quinolona-porfirina em bons rendimentos. Com vista a realizar estudos de potencial aplicação em PACT, foram hidrolisados os grupos éster da unidade de quinolona e clivados os grupos protectores das unidades glicosídicas desses derivados. No estudo por MS Tandem (MS/MS) foi possível verificar que os isómeros dos derivados quinolona-porfirina sofrem as mesmas vias de fragmentação, confirmando as suas estruturas análogas. Foi possível ainda distinguir os derivados em que a unidade de porfirina está ligada à quinolona através da posição C-6 da quinolona daqueles em que a unidade de porfirina está ligada à quinolona através da sua posição C-7. Os estudos de geração de oxigénio singuleto mostraram que as porfirinas β- substituídas com unidades de quinolona são melhores geradoras desta espécie citotóxica do que a tetrafenilporfirina e que a eficiência que têm em gerar essa espécie é afectada pela posição da ligação entre a porfirina e a quinolona, assim como com o tipo do N-substituinte da quinolona. As bases livres dos conjugados quinolona-porfirinatos foram testadas como fotossensibilizadores em PACT em células do parasita Leishmania Braziliensis, tendo-se observado que estes compostos têm capacidade para fotoinactivar este parasita. Na quarta parte deste trabalho são descritos os resultados dos estudos de funcionalização de porfirinas através da reacção de metátese com catalisador de Grubbs, visando a obtenção de novos macrociclos com grupos triazolilo. Verificouse que a eficiência da reacção de metátese cruzada entre 2-vinil-5,10,15,20- tetrafenilporfirinatozinco(II) e 4-vinil-1,2,3-triazóis N-substituídos dependia das condições reaccionais e do triazol usado em cada caso. Foi possível ainda concluir que o impedimento estéreo das espécies envolvidas é um dos responsáveis pelo ciclo catalítico prosseguir por uma via secundária, originando uma espécie de ruténio pouco eficiente como catalisador. Este estudo foi estendido à reacção dos 4-vinil-1,2,3-triazois seleccionados com 2-butadienil-5,10,15,20- tetrafenilporfirinatoniquel(II); em cada caso foi possível obter uma mistura de isómeros dos derivados triazol-porfirina, geralmente em maiores rendimentos globais do que na reacção com 2-vinil-5,10,15,20-tetrafenilporfirinatozinco(II). Este facto será indicativo de que a reacção de metátase com esse derivado porfirínico segue, predominantemente, a via mais eficiente.

A logística na cadeia de frio em Portugal: transporte de produtos perecíveis congelados

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Mecânica

Identificação e representação automática de percursos de autocarros

Trabalho final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Redes de Comunicação e Multimédia

Molecular Magnetism: The Design, Synthesis, and Characterization of New Building Blocks for Molecule-based Magnetic Materials

Two classes of building blocks have been prepared and characterized and their coordination chemistry explored working towards the preparation of new molecule-based magnetic materials. In the first project, the amine functionality of 3,3'-diamino-2,2'- bipyridine was exploited for the preparation of a new family of ligands (H2L 1)-(H2L 4). The molecular structures of three ligands have been fully characterized by X-ray crystallography. [molecular structure diagram will not copy here, but is available in full pdf.] The coordination chemistry of these ligands with divalent first row transition metal ions was investigated. For ligand (H2L1), the molecular structures of four coordination complexes with stoichiometries [Zn2(Ll)(OAc)(MeO)]2 (I), [Cu2(L1)(OAc)2 (II), [Li(L1)]3 (III), and [Ni(L1)]3 (IV) were determined by X-ray crystallography. For ligand (H2L2), a Cu(II) complex of stoichiometry [Cu3(L2)(OAc)3MeO] (V) was determined by X-ray crystallography. The magnetic properties of complexes (II), (III), and (V) have been fully elucidated. In project two, synthetic strategies for the preparation of porphyrin molecules bearing triol substituents is presented. Following this approach, three new porphyrin derivatives have been prepared and characterized [Zn(HPTPP-CH2C(CH20H)3)] (VI), [P(TPP)(OCH2C(CH2)H)3)2]+CL- (VII), and [P(OEP)(C6H5)(OCH2C(CH2OH)3)]+Cl- (VIII). Attempts to exchange the labile methoxide bridges of a tetraironIIl single molecule magnet of stoichiometry [Fe4(OMe)6(dpm)6] (Hdpm = dipivaloylmethane) with the triol appended porphyrins will be discussed. [molecular structure diagram will not copy here, but is available in full pdf.]

Les déficits cognitifs peuvent-ils aider à distinguer un trouble psychotique avec toxicomanie d’une psychose induite par consommation de méthamphétamines?

Introduction – Dissocié un trouble psychiatrique primaire (TPP) concomitant à un problème d’abus de substances d’une psychose induite par consommation de substance (PICS) peut être une tâche difficile puisque plusieurs symptômes sont similaires. La dichotomie entre les symptômes négatifs et les symptômes positifs de la schizophrénie a été suggéré comme étant un indicateur puisque les symptômes négatifs ne sont pas caractéristiques d’un double diagnostic (Potvin, Sepehry, & Stip, 2006). Objectif – Cette étude explore la possibilité de distinguer des sous-groupes au sein de notre échantillon en utilisant le fonctionnement cognitif en vue d’identifier des facteurs qui permettraient un meilleur défférentiel entre un TPP concomitant à un problème d’abus de substance d’une psychose induite par consommation de méthamphétamines (MA). L’hypothèse stipule que les individus avec un TPP présenteraient des déficits cognitifs différents comparativement aux individus avec une PICS. Méthode – Les données utilisés font parties d’une étude longitudinale qui s’est déroulée à Vancouver, CB, Canada. 172 utilsateurs de MA et présentant une psychose ont été recruté. L’utilisation de substances, la sévérité des symptômes et des déficits cognitifs ont été évalué. Résultats – Des analyses par regroupement ont révélé deux profiles: les individus du Groupe 1 ont une performance inférieure au score total du Gambling task (M=-28,1) ainsi qu’un pourcentage de rétention inférieur au Hopkins Verbal Learning Test – Revised (HVLT- R; M=63) comparativement à ceux du Groupe 2. Les individus du Groupe 1 ont plus de symptômes négatifs, t=2,29, p<0.05 et ont plus tendance à avoir reçu un diagnostic psychiatrique, X2(3) = 16.26, p< 0.001. Conclusion – Les résultats suggèrent que des facteurs cognitifs pourraient aider à identifier un TPP concomitant à l’abus de MA.

Limitaciones y fortalezas de la integración latinoamericana. Una visión desde las iniciativas del arco del pacífico latinoamericano y el acuerdo del pacífico. Periodo: 2007 - 2011

En la actualidad el Pacífico es visto como un espacio de oportunidades para aprovechar, bien sea de manera individual o a través de la creación de iniciativas comunes que conduzcan a mayores acercamientos a esta región. Si se apela a las iniciativas, es preciso estudiar el Acuerdo del Pacífico – AP, un espacio conformado por México, Colombia, Perú y Chile, que se plantea como principal objetivo el acercamiento a la región de Asia – Pacífico. Así, el presente documento intenta hacer un aporte a la disciplina de las Relaciones Internacionales por medio de un análisis de estas dos iniciativas, haciendo énfasis sobre el Acuerdo del Pacífico, también llamado Alianza del Pacífico, espacio que en la actualidad se perfila como uno de los de mayor dinamismo y relevancia en Latinoamérica.

Análisis de iniciativas de memoria colectiva de víctimas del conflicto armado en Colombia a través de expresiones artísticas musicales en Bogotá. Periodo 1991−2010

Dentro del conflicto armado en Colombia, algunas expresiones artísticas musicales se han convertido en mecanismos alternativos de construcción de memoria colectiva, al rescatar y hacer público memorias de individuos y hechos violentos que los relatos oficiales de poder pretenden olvidar.

Análisis de los factores que han dificultado la incursión de Colombia en la región de Asia pacífico y el posible aprovechamiento de los mecanismos de integración regional alternativos a APEC para incursionar en la región de Asia Pacífico

El objetivo de esta investigación diagnóstica es analizar los factores que han dificultado la incursión de Colombia en la Región de Asia Pacífico. Así pues, se buscó explicar cómo la falta de consenso para aumentar el número de países miembros en APEC, ha sido la principal razón que explica el retraso para alcanzar dicho objetivo. Así mismo, se hizo un análisis sobre los lineamientos de política exterior colombiana y la forma en que el diseño de la misma se encuentra influenciado por los intereses de la política exterior estadounidense. En tercer lugar, se analizó cómo el poco despliegue institucional colombiano en la región asiática ha conducido a un retroceso para profundizar las relaciones con Asia. Finalmente, se buscó verificar la forma en que Colombia podría aprovechar los mecanismos de integración regional alternos a APEC para incursionar en la región, por ejemplo la AP.

Análisis de la política exterior japonesa en materia económica frente a las dinámicas comerciales de Corea del Sur y Japón. Periodo 2001 – 2011

Este estudio de caso busca analizar la Política Exterior Japonesa en materia económica frente a las dinámicas comerciales tanto de Corea del Sur como del mismo Japón en el Periodo 2001 – 2011, teniendo como objetivo concreto la identificación de la incidencia que tienen dichas dinámicas comerciales, en términos de competitividad por precio y calidad, sobre la Política Exterior Comercial Japonesa (PECJ).

Colombia y el transpacific partnership agreement

Colombia, a partir de 1990, inicia un plan de gobierno enfocado en la apertura económica, con estrategias que propugnaban por un cambio en el modelo económico a través de políticas como la reducción de aranceles a las importaciones y otra serie de medidas proteccionistas, flexibilización laboral, la reducción del papel del Estado para darle protagonismo al sector privado y procesos de privatización de empresas públicas En este entorno internacional se ha adquirido conciencia de que, en un mundo globalizado y cada vez más interdependiente, no puede haber espacio para “aventuras solitarias de Estados soberanos”, lo que justifica la proliferación de organizaciones multilaterales en América Latina y el Caribe en la última década. Recientemente Colombia ha mostrado su interés en entrar a formar parte de un bloque económico de gran relevancia a nivel internacional: el "Transpacific Partnership Agreement" (TPP); tratado integrado por: Canadá, Estados Unidos, México, Perú, Chile, Japón, Vietnam, Malasia, Singapur, Brunei, Australia y Nueva Zelanda, representando el 35% del PIB mundial y el 11% de la población. El presente trabajo pretende presentar una visión objetiva del TPP, generando el espacio para la libre interpretación de sus beneficios o perjuicios. Para ello, se analiza el estado actual del TPP con sus principales indicadores, su desempeño en los últimos años y las relaciones diplomáticas y los flujos comerciales entre Colombia y los países miembros del mismo.