Study of protein haptenation by amoxicillin through the use of a biotinylated antibiotic.

Allergic reactions towards β-lactam antibiotics pose an important clinical problem. The ability of small molecules, such as a β-lactams, to bind covalently to proteins, in a process known as haptenation, is considered necessary for induction of a specific immunological response. Identification of the proteins modified by β-lactams and elucidation of the relevance of this process in allergic reactions requires sensitive tools. Here we describe the preparation and characterization of a biotinylated amoxicillin analog (AX-B) as a tool for the study of protein haptenation by amoxicillin (AX). AX-B, obtained by the inclusion of a biotin moiety at the lateral chain of AX, showed a chemical reactivity identical to AX. Covalent modification of proteins by AX-B was reduced by excess AX and vice versa, suggesting competition for binding to the same targets. From an immunological point of view, AX and AX-B behaved similarly in RAST inhibition studies with sera of patients with non-selective allergy towards β-lactams, whereas, as expected, competition by AX-B was poorer with sera of AX-selective patients, which recognize AX lateral chain. Use of AX-B followed by biotin detection allowed the observation of human serum albumin (HSA) modification by concentrations 100-fold lower that when using AX followed by immunological detection. Incubation of human serum with AX-B led to the haptenation of all of the previously identified major AX targets. In addition, some new targets could be detected. Interestingly, AX-B allowed the detection of intracellular protein adducts, which showed a cell type-specific pattern. This opens the possibility of following the formation and fate of AX-B adducts in cells. Thus, AX-B may constitute a valuable tool for the identification of AX targets with high sensitivity as well as for the elucidation of the mechanisms involved in allergy towards β-lactams.

Cost-effectiveness of an exercise intervention program in perimenopausal women: the Fitness League Against MENopause COst (FLAMENCO) randomized controlled trial.

BACKGROUND The high prevalence of women that do not reach the recommended level of physical activity is worrisome. A sedentary lifestyle has negative consequences on health status and increases health care costs. The main objective of this project is to assess the cost-effectiveness of a primary care-based exercise intervention in perimenopausal women. METHODS/DESIGN The present study is a Randomized Controlled Trial. A total of 150 eligible women will be recruited and randomly assigned to either a 16-week exercise intervention (3 sessions/week), or to usual care (control) group. The primary outcome measure is the incremental cost-effectiveness ratio. The secondary outcome measures are: i) socio-demographic and clinical information; ii) body composition; iii) dietary patterns; iv) glycaemic and lipid profile; v) physical fitness; vi) physical activity and sedentary behaviour; vii) sleep quality; viii) quality of life, mental health and positive health; ix) menopause symptoms. All outcomes will be assessed at baseline and post intervention. The data will be analysed on an intention-to-treat basis and per protocol. In addition, we will conduct a cost effectiveness analysis from a health system perspective. DISCUSSION The intervention designed is feasible and if it proves to be clinically and cost effective, it can be easily transferred to other similar contexts. Consequently, the findings of this project might help the Health Systems to identify strategies for primary prevention and health promotion as well as to reduce health care requirements and costs. TRIAL REGISTRATION ClinicalTrials.gov Identifier: NCT02358109 . Date of registration: 05/02/2015.

The Multiscenario Multienvironment BioSecure Multimodal Database (BMDB)

A new multimodal biometric database designed and acquired within the framework of the European BioSecure Network of Excellence is presented. It is comprised of more than 600 individuals acquired simultaneously in three scenarios: 1) over the Internet, 2) in an office environment with desktop PC, and 3) in indoor/outdoor environments with mobile portable hardware. The three scenarios include a common part of audio/video data. Also, signature and fingerprint data have been acquired both with desktop PC and mobile portable hardware. Additionally, hand and iris data were acquired in the second scenario using desktop PC. Acquisition has been conducted by 11 European institutions. Additional features of the BioSecure Multimodal Database (BMDB) are: two acquisitionsessions, several sensors in certain modalities, balanced gender and age distributions, multimodal realistic scenarios with simple and quick tasks per modality, cross-European diversity, availability of demographic data, and compatibility with other multimodal databases. The novel acquisition conditions of the BMDB allow us to perform new challenging research and evaluation of eithermonomodal or multimodal biometric systems, as in the recent BioSecure Multimodal Evaluation campaign. A description of this campaign including baseline results of individual modalities from the new database is also given. The database is expected to beavailable for research purposes through the BioSecure Association during 2008.

Variaciones de la Extensión Sur de la Corriente Cromwell frente al Perú entre los 3 y 14°S

Se describen las variaciones de la Extensión Sur de la Corriente Cromwell (ESCC) entre los 3 y 14o S, dentro de las 60 mn, usando cálculos geostróficos, la profundidad de la isoterma de 15 o C (1961 - 2005) y los valores de oxígeno disuelto (1980 - 2005). Los flujos geostróficos hacia el sur, calculados en las secciones frente a Paita, Punta Falsa, Chicama, Chimbote, Callao, Pisco y San Juan, hasta las 200 mn, en verano y otoño, mostraron cambios estacionales, en extensión latitudinal y profundización. La serie de tiempo de la profundidad de la isoterma de 15 o C, a lo largo de la costa, presentó la mayor variabilidad interanual en enero y mayo-junio y la menor variabilidad interanual en octubre-noviembre. El rango de oxígeno comprendido entre 2,0-0,5 mL/L está fuertemente correlacionado con la ESCC para profundidades de 90 a 180 m en la zona norte del Perú (3 - 8o S) donde se desarrolla la pesca demersal.

Aspectos oceanográficos durante el crucero de evaluación del recurso merluza BIC José Olaya Blandra 9806-07

Las condiciones ambientales del mar peruano del 27 de junio al 13 de julio 1998, durante el Crucero 9806-07 fueron cálidas de Puerto Pizarro a Talara con anomalías mayores a +5 °C, mientras que al sur de Talara fueron ligeramente cálidas, con anomalías de +0,7 a +2,8 °C. Las masas de agua presentes fueron: Aguas Tropicales Superficiales, localizadas de Puerto Pizarro a Máncora. Las Aguas Ecuatoriales Superficiales ubicadas al norte de Talara y Aguas Subtropicales al sur de los 5 °S. En el fondo la distribución de la temperatura, salinidad y oxígeno al sur de Punta Falsa fue homogénea, presentado al norte de esta localidad mayores contrastes debido a la estrechez de la plataforma y al avance de las aguas cálidas al norte. La isoterma de 15 °C se ubicó a 150 m de profundidad al norte de Chicama con excepción de Punta Falsa, donde se profundizó hasta los 200 m. Al sur de Chicama la profundidad promedio fue de 125 m, excepto frente a Casma donde se localizó sobre los 100 m, representando un ascenso de aproximadamente 100 m respecto al Cr. 9705-06.

Death and resurrection of the human IRGM gene

Immunity-related GTPases (IRG) play an important role in defense against intracellular pathogens. One member of this gene family in humans, IRGM, has been recently implicated as a risk factor for Crohn's disease. We analyzed the detailed structure of this gene family among primates and showed that most of the IRG gene cluster was deleted early in primate evolution, after the divergence of the anthropoids from prosimians ( about 50 million years ago). Comparative sequence analysis of New World and Old World monkey species shows that the single-copy IRGM gene became pseudogenized as a result of an Alu retrotransposition event in the anthropoid common ancestor that disrupted the open reading frame (ORF). We find that the ORF was reestablished as a part of a polymorphic stop codon in the common ancestor of humans and great apes. Expression analysis suggests that this change occurred in conjunction with the insertion of an endogenous retrovirus, which altered the transcription initiation, splicing, and expression profile of IRGM. These data argue that the gene became pseudogenized and was then resurrected through a series of complex structural events and suggest remarkable functional plasticity where alleles experience diverse evolutionary pressures over time. Such dynamism in structure and evolution may be critical for a gene family locked in an arms race with an ever-changing repertoire of intracellular parasites.

A burst of segmental duplications in the genome of the African great ape ancestor

It is generally accepted that the extent of phenotypic change between human and great apes is dissonant with the rate of molecular change. Between these two groups, proteins are virtually identical, cytogenetically there are few rearrangements that distinguish ape-human chromosomes, and rates of single-base-pair change and retrotransposon activity have slowed particularly within hominid lineages when compared to rodents or monkeys. Studies of gene family evolution indicate that gene loss and gain are enriched within the primate lineage. Here, we perform a systematic analysis of duplication content of four primate genomes (macaque, orang-utan, chimpanzee and human) in an effort to understand the pattern and rates of genomic duplication during hominid evolution. We find that the ancestral branch leading to human and African great apes shows the most significant increase in duplication activity both in terms of base pairs and in terms of events. This duplication acceleration within the ancestral species is significant when compared to lineage-specific rate estimates even after accounting for copy-number polymorphism and homoplasy. We discover striking examples of recurrent and independent gene-containing duplications within the gorilla and chimpanzee that are absent in the human lineage. Our results suggest that the evolutionary properties of copy-number mutation differ significantly from other forms of genetic mutation and, in contrast to the hominid slowdown of single-base-pair mutations, there has been a genomic burst of duplication activity at this period during human evolution.

Sequencing primate genomes: what have we learned?

We summarize the progress in whole-genome sequencing and analyses of primate genomes. These emerging genome datasets have broadened our understanding of primate genome evolution revealing unexpected and complex patterns of evolutionary change. This includes the characterization of genome structural variation, episodic changes in the repeat landscape, differences in gene expression, new models regarding speciation, and the ephemeral nature of the recombination landscape. The functional characterization of genomic differences important in primate speciation and adaptation remains a significant challenge. Limited access to biological materials, the lack of detailed phenotypic data and the endangered status of many critical primate species have significantly attenuated research into the genetic basis of primate evolution. Next-generation sequencing technologies promise to greatly expand the number of available primate genome sequences; however, such draft genome sequences will likely miss critical genetic differences within complex genomic regions unless dedicated efforts are put forward to understand the full spectrum of genetic variation.

Cartas promedio de temperatura superficial del mar en mayo y junio de 1973

Brinda información que demuestra que las aguas superficiales del mar en la costa peruana presentaron la mayor isoterma en el extremo norte frente a Puerto Pizarro y la menor frente a Punta Doña María y frente a Mollendo. Las áreas frías asociadas a los afloramientos costeros se destacaron frente a Pimentel, Supe y Pisco.

Condiciones oceanográficas en otoño 2002: crucero demersal BIC Olaya 0205

El Crucero de Evaluación de Recursos Demersales BIC Olaya 0205 se realizó del 8 al 29 de mayo del 2002, entre Callao y Puerto Pizarro. Las observaciones más importantes fueron: (1) Un núcleo con anomalías térmicas de hasta 2,5 °C se presentó frente a Chicama, disminuyendo hacia el sur y norte. (2) Reactivación del afloramiento en zonas muy costeras de Huacho a Punta Falsa. (3) En las capas superficial y subsuperficial se hallaron mezclas de agua, por convergencia de Aguas Subtropicales, Costeras y Ecuatoriales. (4) La isoterma de 15 °C se ubicó entre 30 a 50 m por debajo de su profundidad habitual al norte de los 9°S. (5) La Extensión Sur de la Corriente de Cromwell se observó hasta el sur de Pacasmayo, en un lento repliegue a zonas comunes de ubicación.

Estudios oceanográficos durante el crucero pelágico 0302-04

El crucero de evaluación hidroacústica de recursos pelágicos 0302-04 se realizó a bordo de dos barcos: el BIC Olaya (26 febrero al 6 abril, Salaverry – Ilo) y el BIC SNP2, del 4 al 29 de marzo (Puerto Pizarro – Salaverry), para estudiar la relación entre los recursos pelágicos y las condiciones ambientales. En términos generales las condiciones térmicas fueron: (a) temperaturas frías de Paita a Huacho; (b) temperaturas normales de Puerto Pizarro a Paita y de Huacho a Mollendo; (c) temperaturas cálidas al sur de Mollendo. Este comportamiento térmico estuvo asociado a la presencia de aguas ecuatoriales superficiales (AES) al norte de Punta Gobernador (5°30’S), aguas costeras frías (ACF) con una amplia distribución (80 mn al norte de Atico, 16°S), aguas subtropicales superficiales (ASS) ubicadas por fuera de las 60 mn con fuertes proyecciones hacia la costa, frente a Chimbote (25 mn, 9°S), Pisco (10 mn, 14°S) y Morro Sama (20 mn, 18°S); (d) observando la topografía de la isoterma de 15 °C, se deduce que la zona de convergencia entre los flujos del norte y sur se localizó entre Pimentel (7°S) y Salaverry (8°30’S)

Lipid (energy) reserves of european hake (Merluccius Merluccius) in the North-Western Mediterranean

This study analyses for the first time the lipid (energy) reserves of European hake (Merluccius merluccius) in the north-western Mediterranean from an ecophysiological perspective. Results show that there is a progressive accumulation of lipids in the liver of maturing hake -where the bulk of the fat is stored- as individuals grow. Results also indicate that female pre-spawners expend much energy on reproductive activities since they present lower liver lipid reserves than juveniles and maturing individuals. Furthermore, results show that female pre-spawners with higher lipid reserves in their livers had a higher amount of lipids in their ovaries, suggesting that maternal condition (spawner quality) may affect the reproductive potential of hake. Overall, the results of this study suggest that the analysis of liver lipid reserves during pre-spawning, along with the evaluation of the gonadosomatic index and the consideration of the reproductive stage, can contribute to improve the estimation of the reproductive potential of gadoid species such as hake

Condiciones oceanográficas y ondas Kelvin en primavera 2004: crucero BIC Olaya 0409-10

Este crucero oceanográfico 0409-10, se realizó entre el 24 setiembre y 7 octubre 2004; abarcó el área entre Punta Caballas (15°S) y Paita (5°S), hasta 190 mn de la costa. El objetivo era conocer las características del ambiente marino y establecer sus relaciones con un probable evento cálido. Las observaciones más importantes fueron: (1) ondas Kelvin, ya registradas en el invierno, motivaron proyección de aguas ecuatoriales superficiales hacia el sur y suroeste, entre los 5-7,5°S, provocando condiciones ligeramente cálidas en la zona oceánica, con un pequeño núcleo de anomalía térmica de +2,3 °C en la zona costera de Paita; (2) al sur de los 6°S (Punta La Negra) dentro de las 100 mn hubo anomalías térmicas próximas a lo normal; (3) el afloramiento costero se desarrolló moderadamente en el área de estudio en una franja de 10 a 25 mn de la costa, excepto en la zona frente a Paita; (4) las aguas subtropicales superficiales (ASS) se ubicaron fuera de las 50 mn entre 9-12°S, por fuera de las 160 mn al norte de esa latitud y a 25 mn de Pucusana, alcanzando 90 m de profundidad frente a Chimbote; (5) la isoterma de 15 °C se registró entre 11 a 100 m, con mayor profundidad frente a Chimbote, por fuera de 100 mn, mostrando que los flujos predominantes provinieron del sur; (6) la Extensión Sur de la Corriente de Cromwell (ESCC) mostró profundización de la isoterma de 14 °C y no con la de 15 °C como es normal; (7) vientos predominantes del SE con 4 a 7 m/s fueron característicos durante el crucero, excepto frente a Paita, Chicama y de regreso al Callao donde se registraron velocidades entre 7 a 11 m/s.

Aspectos oceanográficos en primavera 2007: Crucero bentodemersal B/O Miguel Oliver 0709-10

El Crucero 0709-10 se realizó a bordo del barco oceanográfico español Miguel Oliver, del 14 de setiembre al 10 de octubre 2007 de Chimbote (9°S) a Punta Sal (4°S). El ambiente frío, manifiesto desde marzo 2007, alcanzó en octubre las máximas anomalías negativas (>3 °C) entre los 4 y 5°S. El evento frío estuvo relacionado directamente con los vientos Alisios del SE (4 a 15 m/s), que dio lugar a la intensificación del afloramiento y al transporte de estas aguas hacia el nor-oeste por la Corriente Costera. En la superficie marina, entre Pimentel y el sur de Talara, se acentuaron las condiciones frías (14 y 15 °C) y las bajas concentraciones de oxígeno (2 a 4 mL/L), mientras que baja salinidad de las aguas tropicales superficiales (ATS) se registraron al norte de Cabo Blanco. La proyección de las aguas costeras frías mantuvo replegados en el norte a la Extensión Sur de la Corriente de Cromwell y su fauna acompañante, aunque frente a Paita se mostró un débil repunte de esta corriente por la ligera profundización de la isoterma de 13 °C y de la isohalina de 34,9 ups. En la columna de agua se registró un máximo de 21,95 °C en superficie y 2,53 °C a 1780 m de profundidad; la salinidad se mostró muy homogénea por debajo de los 500 m (34,65 - 34,55 ups). El oxígeno disuelto, a profundidades entre 60 y 500 m presentó concentraciones <0,5 mL/L; entre 500 a 1000 m se incrementó hasta 1,05 mL/L, y a 1780 m de profundidad se registró el máximo de 2,30 mL/L.

Aspectos hidrológicos en el fondo marino peruano asociados a la Extensión Sur de la Corriente Cromwell (ESCC) entre 3° y 7°S

Para determinar la variabilidad estacional y espacial en el fondo marino del norte peruano, durante los últimos 30 años (1980-2009), se estudió la temperatura y el oxígeno disuelto entre las latitudes 3°-7°S. Se halló una mayor proyección latitudinal del oxígeno disuelto (OD), superior a 1,0 mL/L en la estación de otoño, delimitada por la isoterma de 15 °C al borde de la plataforma. Esta proyección estaría asociada a los flujos subsuperficiales hacia el sur, que constituyen la Extensión Sur de la Corriente de Cromwell (ESCC), a profundidades de 90-180 m. La oxigenación estaría influenciada por el incremento o repliegue de la ESCC presente en el área. La variación media de oxígeno registra valores de 0,7-1,3 mL/L en verano y 0,8-1,6 mL/L en otoño. Paita (5°S) presenta valores promedio de 1,0 mL/L en verano y de 1,4 mL/L en otoño. Los mayores valores de OD se asocian a latitudes menores en ambas estaciones; la estación de otoño presenta los mayores tenores de oxígeno, asociados a una mayor intensidad de la ESCC.