Caractérisation structurale et thermodynamique de la reconnaissance du substrat par le ribozyme VS de Neurospora

Les interactions ARN/ARN de type kissing-loop sont des éléments de structure tertiaire qui jouent souvent des rôles clés chez les ARN, tant au niveau fonctionnel que structural. En effet, ce type d’interaction est crucial pour plusieurs processus dépendant des ARN, notamment pour l’initiation de la traduction, la reconnaissance des ARN antisens et la dimérisation de génome rétroviral. Les interactions kissing-loop sont également importantes pour le repliement des ARN, puisqu’elles permettent d’établir des contacts à longue distance entre différents ARN ou encore entre les domaines éloignés d’un même ARN. Ce type d’interaction stabilise aussi les structures complexes des ARN fonctionnels tels que les ARNt, les riborégulateurs et les ribozymes. Comme d’autres ARN fonctionnels, le ribozyme VS de Neurospora contient une interaction kissing-loop importante. Celle-ci est impliquée dans la reconnaissance du substrat et se forme entre la tige-boucle I (stem-loop I, SLI) du substrat et la tige-boucle V (stem-loop V, SLV) du domaine catalytique. Des études biochimiques ont démontré que l’interaction kissing-loop I/V, dépendante du magnésium, implique trois paires de bases Watson-Crick (W-C). De plus, cette interaction est associée à un réarrangement de la structure du substrat, le faisant passer d’une conformation inactive dite unshifted à une conformation active dite shifted. Les travaux présentés dans cette thèse consistent en une caractérisation structurale et thermodynamique de l’interaction kissing-loop I/V du ribozyme VS, laquelle est formée de fragments d’ARN représentant les tige-boucles I et V dérivées du ribozyme VS (SLI et SLV). Cette caractérisation a été réalisée principalement par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) et par titrage calorimétrique isotherme (isothermal titration calorimetry, ITC) en utilisant différents complexes SLI/SLV dans lesquels l’ARN SLV est commun à tous les complexes, alors que différentes variations de l’ARN SLI ont été utilisées, soit en conformation shiftable ou preshifted. Les données d’ITC ont permis de démontrer qu’en présence d’une concentration saturante de magnésium, l’affinité d’un substrat SLI preshifted pour SLV est extrêmement élevée, rendant cette interaction plus stable que ce qui est prédit pour un duplexe d’ARN équivalent. De plus, l’étude effectuée par ITC montre que des ARN SLI preshifted présentent une meilleure affinité pour SLV que des ARN SLI shiftable, ce qui a permis de calculer le coût énergétique associé au réarrangement de structure du substrat. En plus de confirmer la formation des trois paires de bases W-C prédites à la jonction I/V, les études de RMN ont permis d’obtenir une preuve structurale directe du réarrangement structural des substrats SLI shiftable en présence de magnésium et de l’ARN SLV. La structure RMN d’un complexe SLI/SLV de grande affinité démontre que les boucles terminales de SLI et SLV forment chacune un motif U-turn, ce qui facilite l’appariement W-C intermoléculaire. Plusieurs autres interactions ont été définies à l’interface I/V, notamment des triplets de bases, ainsi que des empilements de bases. Ces interactions contribuent d’ailleurs à la création d’une structure présentant un empilement continu, c’est-à-dire qui se propage du centre de l’interaction jusqu’aux bouts des tiges de SLI et SLV. Ces études de RMN permettent donc de mieux comprendre la stabilité exceptionnelle de l’interaction kissing-loop I/V au niveau structural et mènent à l’élaboration d’un modèle cinétique de l’activation du substrat par le ribozyme VS. En considérant l’ensemble des données d’ITC et de RMN, l’étonnante stabilité de l’interaction I/V s’explique probablement par une combinaison de facteurs, dont les motifs U-turn, la présence d’un nucléotide exclu de la boucle de SLV (U700), la liaison de cations magnésium et l’empilement de bases continu à la jonction I/V.

Étude de la distribution de Salmonella comme un descripteur des enjeux de biosécurité dans un réseau de production: élevages et abattoir de porcs.

La production porcine a fait l’objet de plusieurs études visant à réduire la prévalence de Salmonella sur les carcasses à l’abattoir. Ces études ont ciblé l’élevage comme une source de la contamination observée. Malgré la multitude de facteurs de risques identifiés dans les travaux antérieurs, des étapes restent à investiguer dans le réseau de production primaire porcin. L’objectif de ce projet était de décrire la contamination à l’interface du réseau de production porcin: entre la ferme et l’abattoir. Pour ce faire, un réseau composé de dix fermes et un abattoir a été choisi incluant les trasporteurs. Trente visites de fermes, 36 suivis de camions lors du chargement - livraison et 18 investigations de la cour arrière de l’abattoir ont été réalisés au cours des 13 mois de la phase terrain du projet. De ces 738 échantillons, les résultats ont démontré des profils spécifiques de fermes cumulant 9 sérovars de Salmonella et 4 lysotypes différents de S. Typhimurium. Le quai de chargement à la ferme présentait 34,21% d’échantillons positifs. Des isolats non différenciables de S. Derby contaminaient ce site pour quatre fermes distinctes. Dans la cour d’abattoir, Salmonella a été retrouvée abondamment sur tous les trajets de circulation des camions (67% n=144). L’existence d’un lien dynamique de contamination par le camion de livraison des porcs lors des opérations de livraison à l’interface élevage- abattoir a été documentée. Cette interface représente un réservoir de Salmonella et donc un risque permanent de contamination croisée du réseau de production vers l’abattoir mais aussi de retour vers l’élevage

Non-domination et collectivités : l'apport du républicanisme à une théorie des droits collectifs

L'objectif poursuivi dans ce mémoire est de montrer que le néo-républicanisme possède les outils les plus efficaces pour penser la réconciliation des droits individuels, fondement des États de droits occidentaux contemporains, et des droits collectifs que peuvent légitimement réclamer les collectivités nationales. Dans cette visée, et comme de nombreux auteurs libéraux se sont attaqués à cette question dans les dernières décennies, j'expose d'abord trois stratégies libérales pour traiter cette possible réconciliation tout en faisant ressortir leurs faiblesses respectives. J'avance qu'aucune de ces stratégies ne permet vraiment de comprendre comment un régime de droits collectifs et un régime de droits individuels peuvent être articulés de façon cohérente. J'argue ensuite que le néo-républicanisme, parce qu'il comprend la liberté non pas comme l'absence d'interférence, mais comme un statut de non-domination, permet de voir que les droits collectifs des groupes nationaux et les droits individuels sont nécessairement compatibles, parce qu'ils s'organisent en fonction du même idéal. Les droits d'un individu et ceux de sa collectivité nationale sont, d'une certaine manière, les deux faces d'une même médaille, la non-domination individuelle dépendant de la non-domination du groupe national auquel l'individu appartient. En dernier lieu, je soutiens que cette compréhension du rapport entre les deux régimes de droits devrait se traduire par un ensemble de mesures institutionnelles concrètes dont la plus importante est la reconnaissance d'un droit, pour les collectivités nationales, à l'autodétermination.

Étude de la fonction de la protéine RPAP4 et de son association avec l’ARN polymérase II

L’ARN polymérase II (ARNPII), l’enzyme responsable de la transcription des ARN messagers, procède au décodage du génome des organismes vivants. Cette fonction requiert l’action concertée de plusieurs protéines, les facteurs généraux de la transcription, par exemple, formant un réseau d’interactions protéine-protéine, plusieurs étant impliquées dans la régulation de l’ARNPII à différents niveaux. La régulation de la transcription a été largement étudiée durant les quatre dernières décennies. Néanmoins, nous en connaissons peu sur les mécanismes qui régulent l’ARNPII avant ou après la transcription. Dans la première partie de cette thèse, nous poursuivons la caractérisation du réseau d’interactions de l’ARNPII dans la fraction soluble de la cellule humaine, travail qui a débuté précédemment dans notre laboratoire. Ce réseau, développé à partir de la méthode de la purification d’affinité en tandem couplée à la spectrométrie de masse (AP-MS) et à des méthodes d’analyses bioinformatiques, nous amène une foule d’informations concernant la régulation de l’ARNPII avant et après son interaction avec la chromatine. Nous y identifions des protéines qui pourraient participer à l’assemblage de l’ARNPII telles des chaperonnes et les protéines du complexe R2TP/prefoldin-like ainsi que des protéines impliquées dans le transport nucléocytoplasmique. Au centre de ce réseau se trouvent RPAP4, une GTPase qui semble se positionner à l’interface entre ces protéines régulatrices et l’ARNPII. Nous avons donc entamé l’étude la fonction de RPAP4, ce qui nous a menés à la conclusion que RPAP4 est essentielle à l’import nucléaire de l’ARNPII au noyau, où elle exerce sa fonction. Nous avons également montré que les motifs G et GPN sont essentiels à la fonction de RPAP4. Le traitement des cellules avec le bénomyl nous montre aussi que la fonction de RPAP4 et l’import nucléaire de l’ARNPII requièrent l’action des microtubules. La deuxième partie de la thèse s’intéresse à une autre protéine positionnée au centre du réseau, RPAP2. Cette dernière partage plusieurs interactions avec RPAP4. Elle est aussi essentielle à la localisation nucléaire de l’ARNPII et interagit directement avec celle-ci. RPAP4 et RPAP2 étant toutes deux des protéines cytoplasmiques qui font la navette entre le noyau et le cytoplasme, nous présentons des évidences que RPAP4 est impliquée dans l’export nucléaire de RPAP2 pour permettre à celle-ci d’être disponible dans le cytoplasme pour l’import de l’ARNPII dans le noyau. Dans la troisième partie de la thèse, nous étudions plus en profondeur les modifications post-traductionnelles de RPAP4, ce qui nous aide à mieux comprendre sa propre régulation et sa fonction auprès de l’ARNPII. RPAP4 est phosphorylée en mitose par la MAP kinase ERK5. Cette phosphorylation favorise l’interaction entre RPAP4 et RPAP2, ce qui empêche RPAP2 d’interagir avec l’ARNPII pendant la mitose, prévenant du même coup, son interaction avec la chromatine pendant cette phase du cycle cellulaire où la transcription est presque inexistante.

Le concept de justice et la quête du bonheur chez Thrasymaque de Chalcédoine

Thrasymaque de Chalcédoine, un sophiste de renom dans l'Athènes du Ve siècle av. J.C. est présenté comme l'interlocuteur principal de Socrate dans le livre I de la République. Il y est surtout question de la justice et des implications qui en découlent, Socrate et Thrasymaque ne s'entendant évidemment pas sur la nature de la justice. Thrasymaque, poussé par le questionnement constant de Socrate, en vient à formuler différentes thèses sur la justice, notamment : «Je soutiens, moi, que le juste n'est rien d'autre que l'intérêt du plus fort» (Rép. 338c) et «la justice et le juste constituent en réalité le bien d'un autre.» (Rép. 343c) Parallèlement, il oppose au philosophe une vision de la justice difficile à accepter, mais aussi difficile à réfuter : celui qui commet l'injustice est plus heureux que celui qui agit en fonction de la justice. Ainsi, pour Thrasymaque, l'injuste est meilleur que le juste et est plus heureux, car l'injustice est plus profitable pour soi-même. Selon cette vision, qu'est-ce donc que la justice, et en quoi n'est-elle pas profitable pour soi-même? L'objectif de ce mémoire sera de faire ressortir positivement la conception de la justice de Thrasymaque, car c'est avec elle qu'entre en conflit la recherche du bonheur. En effet, si la justice est la représentation des intérêts du dirigeant, comme l'avance le sophiste, alors être juste n'est rien d'autre qu'agir en fonction des intérêts d'autrui et non de soi-même. Cependant, dans une Cité où les individus sont sous la gouverne de la loi, il n'est pas si simple d'agir toujours selon ses propres intérêts lorsque ceux-ci sont contraires à la justice. C'est pourquoi il sera également pertinent de s'attarder aux caractéristiques et aux vertus qu'un individu doit posséder, selon Thrasymaque, pour être heureux. Nous essaierons donc de dégager de la pensée de Thrasymaque un modèle de vie à suivre : le κρείττων. En dernière analyse, nous mettrons en relief la position de Thrasymaque avec la critique platonicienne. Pour Socrate, la position voulant que l'injustice soit profitable est difficile, car il lui faudra montrer que c'est en fait la justice qui apporte le bonheur, en tant qu'elle est une vertu de l'âme.

Fécondité, réseaux familiaux et scolarisation des enfants en milieu urbain au Burkina Faso

La baisse de la fécondité permet aux couples d'investir davantage dans la scolarité de chacun de leurs enfants (évidence dans les pays occidentaux, d’Asie et d’Amérique latine). Ce postulat est l’un des arguments clés des politiques de planification familiale en Afrique subsaharienne. Pourtant, la plupart des études sur l'Afrique ont trouvé une corrélation nulle ou même une relation positive entre le nombre d'enfants dans un ménage et leur niveau de scolarité. Ces résultats mitigés sont généralement expliqués par des solidarités familiales et des transferts de ressources qui pourraient réduire la pression occasionnée par une descendance nombreuse sur les ressources du ménage, et des problèmes méthodologiques inhérents à plusieurs recherches sur la région. L’objectif principal de cette thèse était d’apporter une contribution à une meilleure compréhension des aspects méthodologiques et substantiels relatifs aux liens entre fécondité et scolarisation. Spécifiquement, la thèse visait à évaluer 1) le rôle des réseaux familiaux dans la scolarisation des enfants, 2) la simultanéité des décisions portant sur le nombre d’enfants et leur scolarisation, 3) l’impact causal du nombre d’enfants sur leur scolarisation, et 4) à comprendre les perceptions des parents sur l’école et les coûts et bénéfices de l’éducation des enfants, et dans quelle mesure ces perceptions sont prises en compte dans leurs stratégies reproductives. Quatre articles ont été rédigés en utilisant quatre sources de données complémentaires : l’Observatoire de population de Ouagadougou (OPO), l’enquête Demtrend, l’enquête santé de base et une enquête qualitative, toutes adossées à l’OPO. Dans le premier article, il est ressorti que les familles de grande taille bénéficient d’un appui plus fréquent des réseaux familiaux pour la scolarisation. De plus, les réseaux familiaux seraient en mesure de compenser l’effet négatif d’un nombre élevé d’enfants sur la scolarisation, mais seulement pour une partie de la population qui exclut les plus pauvres. Ainsi, les solidarités familiales de soutien à la scolarisation des enfants sont loin d’être généralisées. Le deuxième article a montré que les enfants dont les mères ont intentionnellement limité leur fécondité avaient de meilleures chances de scolarisation que ceux dont les mères ont connu des problèmes d’infécondité secondaire et n’ont pas atteint leur nombre d’enfants désiré. Par conséquent, les aspirations scolaires ne sont pas indépendantes des décisions de fécondité et l’hypothèse de fécondité naturelle n’est plus tenable dans ce contexte. Le troisième article a révélé, contrairement à la plupart des études antérieures sur l’Afrique subsaharienne, un effet négatif net de la taille de la fratrie sur le niveau d’éducation atteint des enfants, effet qui se renforce d’ailleurs au fur et à mesure que l’on avance dans le système éducatif. Dans le quatrième article, le discours des participants à l’enquête qualitative a indiqué que l’émergence de cette relation négative entre le nombre d’enfants et leur scolarisation dans les quartiers périphériques de Ouagadougou est intimement liée aux changements dans les coûts et bénéfices de l’éducation des enfants qui font reposer dorénavant de façon presque exclusive les dépenses scolaires sur les parents biologiques.

Le "suffragium" et la corruption administrative dans l'empire romain au IVe siècle

En continuité avec les ouvrages récents (Veyne 1981, MacMullen 1988 et Kelly 2004) qui tentent de relativiser les effets néfastes de la corruption lors du Bas-Empire, ce travail étudie le suffragium, le processus de nomination des fonctionnaires de bureaux, afin d'évaluer comment les acteurs sociaux du IVe siècle considéraient ce phénomène. Ce système, organisé d'une telle façon que les hauts fonctionnaires devaient fournir des lettres de recommandation aux candidats postulant à des postes au sein de la fonction publique, serait devenu complètement corrompu durant le IVe siècle et les lettres de recommandation auraient commencé à être systématiquement vendues. Pourtant, les lois de Constantin, Constance et Julien ne fournissent aucune preuve tangible que le suffragium était dans tous le cas vénal à cette époque. Bien au contraire, les empereurs ajoutaient la plupart de temps des épithètes au terme suffragium pour spécifier qu'il parle du suffragium vénal. Généralement, les empereurs sont présentés comme farouchement opposés au suffragium et à toutes les tractations qui y sont attachées. Loin d'être aussi hostiles envers les « pratiques corrompues », les empereurs de la dynastie constantinienne firent preuve d'un certain pragmatisme en voyant qu'ils ne pouvaient contrôler toutes les nominations de ceux qui voulaient entrer dans la fonction publique et que ce n'était pas nécessairement à leur avantage de le faire. Les empereurs se concentrèrent plutôt sur les restrictions entourant les promotions afin de faire en sorte que les personnes qui avaient de réels pouvoirs soient celles qui avaient démontré leurs qualités tout au long de leurs années de service. Bien qu'ils n'aient pas concrètement légiféré sur les critères d'embauche des candidats, cela ne veut pas dire que n'importe qui pouvait obtenir un poste. À travers l'étude des lettres de Libanios et de Symmaque, ce travail démontre que les hauts fonctionnaires ne fournissaient pas de lettres à quiconque le demandait, puisque leur réputation pouvait être entachée par le fait d'avoir recommandé un mauvais candidat à un de leurs amis. Les hauts fonctionnaires qui recevaient les recommandations pouvaient également soumettre les candidats à des examens afin d'être certains de la qualité de l'individu. Ce système officieux de contrôle des candidats vint pallier, en partie, les déficits de la législation impériale. Conjointement, la loi et les usages permirent à l'administration de fonctionner en lui fournissant des candidats qui répondaient aux critères de l'époque.

Mieux estimer la consommation de substances illicites dans une communauté ; comment allier analyses des eaux usées et données traditionnelles

Travail dirigé présenté à la Faculté des arts et sciences en vue de l'obtention du grade de Maîtrise en criminologie, option criminalistique et information.

«Le chef gagne tous les jours de nouveaux sujets» : pouvoir, leadership et organisation sociale chez les Algonquins des lacs Abitibi et Témiscamingue au 19e siècle.

Cette thèse cherche à documenter le changement culturel vécu par les Algonquins des lacs Abitibi et Témiscamingue au 19e siècle, à partir d'une démarche ethnohistorique. Le changement culturel autochtone est souvent perçu comme ayant été défavorable et produit sous l'effet de la contrainte. Cette thèse montre que le contexte changeant du 19e siècle a offert des opportunités permettant aux Algonquins d'apporter des solutions nouvelles à d'anciens problèmes pour lesquels il n'existait pas de solution autrefois. Bien que cette période corresponde à l'amorce de la dépossession territoriale des Algonquins, on n'y observe pas, à cette période, de stress environnemental ayant pu induire ces changements. Cette étude se fait sous le concept unificateur du pouvoir. Le pouvoir dans la conception algonquine est une qualité intrinsèque, qui peut fluctuer au cours d'une vie. Il est manifeste par l'habileté d'une personne à faire fléchir le sort en sa faveur et à déjouer l'infortune. Il est également transmissible à l'intérieur de certaines familles. Au début du 19e siècle, certaines personnes étaient réputées détenir beaucoup de pouvoir et leur leadership ne pouvait être remis en question. Ainsi, il existait des chefs héréditaires et des chamanes puissants et parfois craints. J'avance qu'après l'introduction du catholicisme, les Algonquins ont utilisé cette religion pour se prémunir contre un pouvoir perçu comme démesuré. Ils ont également pris l'initiative de mettre en œuvre le mode de scrutin prévu à la Loi sur les Indiens afin de désigner des chefs choisis pour leur compétence et éloigner des personnes craintes ou incompétentes. Ils ont également mis en place des mesures de protection, évitant de concentrer trop de pouvoir entre les mains d'un chef élu. Le siècle a vu émerger une place plus grande pour la bande comme entité sociale algonquine. En effet, les rassemblements estivaux au niveau de la bande se sont amorcés à cette période, d'abord en conséquence de la participation aux brigades de transport des marchandises, puis à la tenue estivale des missions catholiques. À la fin du siècle, les chefs se sont vus attribuer un pouvoir de représentation politique très grand et ont joué un rôle social grandissant au niveau de la bande.

Modèles et méthodes pour la planification de la récolte forestière

Ce projet de recherche a été réalisé avec la collaboration de FPInnovations. Une part des travaux concernant le problème de récolte chilien a été effectuée à l'Instituto Sistemas Complejos de Ingeniería (ISCI) à Santiago (Chili).

Peripersonal space: a multisensory interface for body-object interactions

Research in the last four decades has brought a considerable advance in our understanding of how the brain synthesizes information arising from different sensory modalities. Indeed, many cortical and subcortical areas, beyond those traditionally considered to be ‘associative,’ have been shown to be involved in multisensory interaction and integration (Ghazanfar and Schroeder 2006). Visuo-tactile interaction is of particular interest, because of the prominent role played by vision in guiding our actions and anticipating their tactile consequences in everyday life. In this chapter, we focus on the functional role that visuo-tactile processing may play in driving two types of body-object interactions: avoidance and approach. We will first review some basic features of visuo-tactile interactions, as revealed by electrophysiological studies in monkeys. These will prove to be relevant for interpreting the subsequent evidence arising from human studies. A crucial point that will be stressed is that these visuo-tactile mechanisms have not only sensory, but also motor-related activity that qualifies them as multisensory-motor interfaces. Evidence will then be presented for the existence of functionally homologous processing in the human brain, both from neuropsychological research in brain-damaged patients and in healthy participants. The final part of the chapter will focus on some recent studies in humans showing that the human motor system is provided with a multisensory interface that allows for continuous monitoring of the space near the body (i.e., peripersonal space). We further demonstrate that multisensory processing can be modulated on-line as a consequence of interacting with objects. This indicates that, far from being passive, the monitoring of peripersonal space is an active process subserving actions between our body and objects located in the space around us.

Bigger data for Big Data: from Twitter to brain-computer interface

We are sympathetic with Bentley et al’s attempt to encompass the wisdom of crowds in a generative model, but posit that success at using Big Data will include more sensitive measurements, more and more varied sources of information, as well as build from the indirect information available through technology, from ancillary technical features to data from brain-computer interface.

The lipid composition of a cell membrane modulates the interaction of an antiparasitic peptide at the air-water interface

The antiparasitic property of peptides is believed to be associated with their interactions with the protozoan membrane, which calls for research on the identification of membrane sites capable of peptide binding. In this study we investigated the interaction of a lipophilicglutathioine peptide known to be effective against the African Sleeping Sickness (ASS - African Trypanosomiasis) and cell membrane models represented by Langmuir monolayers. It is shown that even small amounts of the peptide affect the monolayers of some phospholipids and other lipids, which points to a significant interaction. The latter did not depend on the electrical charge of the monolayer-forming molecules but the peptide action was particularly distinctive for cholesterol + sphingomyelin monolayers that roughly resemble rafts on a cell membrane. Using in situ polarization-modulated infrared reflection absorption spectroscopy (PM-IRRAS), we found that the orientation of the peptide is affected by the phospholipids and dioctadecyldimethylammonium bromide (DODAB), but not in monolayers comprising cholesterol + sphingomyelin. In this mixed monolayer resembling rafts, the peptide still interacts and has some induced order, probably because the peptide molecules are fitted together into a compact monolayer. Therefore, the lipid composition of the monolayer modulates the interaction with the lipophilic glutathioine peptide, and this may have important implications in understanding how the peptide acts on specific sites of the protozoan membrane. (C) 2011 Elsevier B.V. All rights reserved.

Interface microstructure of alumina mechanically metallized with Ti brazed to Fe–Ni–Co using different fillers

NASCIMENTO,R.M. et al.Interface microstructure of alumina mechanically metallized with Ti brazed to Fe–Ni–Co using different fillers. Materials Science and Engineering A, v.466, n.1/2, p. 195-200, 2007.

The lipid composition of a cell membrane modulates the interaction of an antiparasitic peptide at the air-water interface

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)