Caracterização de Bacilos Gram-Negativos Não Fermentadores não usuais em bacteremias pelas técnicas de Matrix-Assisted Laser Desorption IonizationTime of Flight Mass Spectrometry, sequenciamento de DNA e método fenotípico convencional

Alguns Bastonetes Gram-negativos não fermentadores (BGNNF) costumam ser considerados clinicamente pouco significantes e a sua implicação em infecções é subestimada. Devido à similaridade fenotípica, mudanças taxonômicas, baixa reatividade bioquímica e limitações nos bancos de dados em sistemas comerciais, a identificação de BGNNF é frequentemente equivocada, culminando com a denominação de diferentes micro-organismos apenas como BGNNF, por falta de melhor diferenciação. O objetivo desse estudo foi avaliar, por métodos fenotípico convencional, proteômico e molecular, a identificação de BGNNF incomuns isolados em hemoculturas de pacientes atendidos em um hospital universitário no Rio de Janeiro. Foram selecionadas 78 amostras isoladas de hemoculturas caracterizadas no laboratório clinico como BGNNF para a identificação por sequenciamento dos genes 16S RNA e recA, por um conjunto amplo de testes fenotípicos manuais e por MALDI-TOF MS. Os micro-organismos predominantes na amostragem foram genotipados pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Pelo sequenciamento do gene 16S rRNA, a maioria das amostras (n=31; 40%) foi incluída no gênero Burkholderia, seguido de Pseudomonas stutzeri (10%) e Delftia acidovorans (4%). Os demais isolados foram agrupados em 27 diferentes espécies. O sequencimento do gene recA identificou a maioria das espécies de Burkholderia como Burkholderia contaminans (n=19; 24%). Os testes fenotípicos incluíram as 31 amostras apenas no CBc e para as outras 47 amostras, a concordância com o sequenciamento do gene 16S rRNA em nível de espécie foi de 64% (n=30) e apenas em gênero a concordância foi de 17% (n=8). A análise comparativa geral da identificação por MALDI-TOF MS com o sequenciamento do gene16S rRNA mostrou que 42% (n=33) das 78 amostras foram concordantes em nível de espécie e 45% (n=35) apenas em gênero. Excluindo as amostras do CBc, houve um aumento da concordância em nível de espécie para 60%. As discordâncias parecem ser devido às diferenças nos perfis proteicos das amostras em relação às amostras-referência do banco de dados do equipamento e podem ser aprimorados com a atualização de perfis no sistema. A análise do polimorfismo genético de B. contaminans mostrou a ausência de um clone disseminado causando surto, além da provável origem ambiental das infecções. Os setores de nefrologia e hemodiálise contribuíram com maior número de pacientes com amostras positivas (5 pacientes e 9 amostras). Os grupos clonais BcoD e BcoE foram encontrados em pacientes assistidos no mesmo setor com diferença de quatro meses (BcoD, nefrologia) e 1,5 ano (BcoE, hemodilálise), entre as culturas, respectivamente. As discordâncias entre as técnicas ocorreram principalmente devido a dificuldade de identificação das espécies do CBc. Os BGNNF incomuns são de difícil caracterização independente da metodologia usada e nenhum método por si só foi capaz de identificar todas as amostras.

Caracterização físico-química e microbiológica de sementes, farinha e óleo de gergelim (Sesamum indicum L.)

O gergelim (Sesamum indicum L.) é considerado uma das principais oleaginosas cultivadas mundialmente, fonte de lipídios, proteínas, minerais e vitaminas e antioxidantes importantes para a saúde humana. São poucos os estudos que analisaram as características químicas do gergelim. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a composição química das diferentes marcas comerciais de sementes de gergelim (branco e negro), da farinha de gergelim, óleo de gergelim bruto e leite de gergelim negro. Este estudo foi realizado em laboratórios do Instituto de Nutrição e do Instituto de Química da UERJ e em laboratório na cidade de Campinas, em São Paulo. Foram realizadas análises, na farinha e nas sementes, de composição centesimal, fibras, cálcio, magnésio, zinco, cobre, potássio, manganês, vitamina E, betacaroteno e ácidos graxos. No óleo e no leite, foram analisados minerais, exceto cálcio e magnésio, e vitaminas E, betacaroteno, ácidos graxos e, no óleo, índices de acidez e peróxido. Avaliações microbiológicas também foram realizadas nas sementes de gergelim branco e negro e na farinha. Os resultados foram submetidos à análise de variância (ANOVA), com pós teste de Tukey para comparação das médias entre os grupos e para comparar dois grupos foi utilizado o teste t. O intervalo de confiança foi de 95%. Foi utilizado o software GraphPad Prism 5. Foram observadas diferenças significativas entre as diferentes marcas das sementes, assim como diferenças entre a farinha e as sementes de gergelim negro e branco, em relação à grande maioria das análises realizadas. O óleo de gergelim apresentou excelente padrão de identidade e qualidade, além de ótimo perfil de ácidos graxos, dentro das recomendações da legislação, apresentando-se como a melhor fonte de vitamina E dentro os produtos analisados. O gergelim foi considerado rico em cálcio, tendo o gergelim negro como a principal fonte (983,25 mg/100g) com grande diferença significativa em relação ao gergelim branco (p<0,0001), além de ser a principal fonte de fibras insolúveis (27,71%), o que faz com que o gergelim negro possa ter alegações de propriedades funcionais. A farinha de gergelim foi considerada a principal fonte de cobre (2,18 mg/100g) e magnésio (388,00 mg/100g), apresentando diferença significativa com a semente negra (p<0,05). O óleo de gergelim foi a principal fonte de potássio (16%) e vitamina E (28,34 mg/100g). Além disso, foi considerado fonte de ácido graxo monoinsaturado oleico e poli-insaturado linoleico, com 47,62 % e 35,32 %, respectivamente, com diferenças significativas em relação aos outros produtos (p<0,0001) e baixa quantidade de ômega 3. Em relação às avaliações microbiológicas na farinha e sementes, todos os resultados mostraram que os produtos encontram-se dentro dos critérios microbiológicos estabelecidos pela legislação e, portanto, próprios para o consumo humano. Nosso estudo caracterizou a composição nutricional de diferentes produtos de gergelim que apresentaram características físicas, químicas e microbiológicas importantes e adequadas à saúde humana, com boas quantidades de cálcio, magnésio, cobre, fibras alimentares e ácidos graxos insaturados, podendo contribuir para a aplicabilidade clínica

Caracterização mecânica e tribológica de dois glazeadores disponíveis comercialmente e uma composição experimental

O objetivo desse estudo, in vitro, foi avaliar através de testes mecânicos e tribológicos, a aplicação de dois glazeadores disponíveis comercialmente e uma composição experimental como material de cobertura em restaurações de resina composta com relação à rugosidade superficial, à dureza e à resistência ao desgaste. Foram confeccionados 24 corpos de prova (CP) do compósito Z350XT (3M/ESPE) e divididos em 4 grupos. O grupo controle (GC) não recebeu selamento, o grupo Biscover LV (GB) recebeu aplicação do Biscover LV (Bisco), o grupo Natural Glaze (GN) recebeu aplicação do Natural Glaze (Nova DFL) e o grupo Experimental (GE) recebeu aplicação de um glazeador experimental contendo nanopartículas (1% em peso). Posteriormente, os CP foram submetidos à análise da rugosidade superficial utilizando um perfilômetro e avaliação da dureza através de um nanoindentador, que fornece também o módulo elástico do material. Em seguida, os CP foram submetidos ao teste de desgaste linear alternado, durante 15.000 ciclos, com carga de 5N, em água destilada. A profundidade máxima de desgaste foi avaliada através de um perfilômetro. A análise dos dados relativos à rugosidade superficial (m) foi realizada utilizando ANOVA/Duncan (p-valor = 0,000). As médias e desvio padrão foram: GC-0,12(0,01); GB-0,06(0,01); GN-0,13(0,02); GE-0,13(0,01). A análise da dureza (GPa) e módulo elástico (GPa) foram avaliados aplicando o teste não-paramétrico de Kruskal-Wallis. As médias e desvio padrão para dureza foram: GC-1,10(0,24); GB-0,31(0,004); GN-0,08(0,004); GE-0,12(0,008) para carga de 1,25mN; GC-1,08(0,139); GB-0,32(0,004); GN-0,08(0,003); GE-0,13(0,006) para carga de 2,5mN; GC-1,10(0,101); GB-0,33(0,003); GN-0,09(0,002); GE-0,13(0,056) para carga de 5,0mN. As médias e desvio padrão para módulo elástico foram: GC-17,71(1,666); GB-5,44(0,084); GN-3,484(0,114); GE-4,55(0,178) para carga de 1,25mN; GC-17,5(1,449); GB-5,18(0,065); GN-3,38(0,078); GE-4,55(0,12) para carga de 2,5mN; GC-17,69(1,793); GB-5,04(0,041); GN-3,63(0,066); GE-4,85(0,104) para carga de 5,0mN. A análise dos dados relativos à profundidade de desgaste (m) foi realizada utilizando ANOVA/Dunnett (p-valor = 0,000). As médias e desvio padrão foram: GC-12,51(0,89); GB-0,59(0,07); GN-1,41(0,12); GE-1,84(0,18). A partir dos resultados apresentados pode-se concluir que apenas o Biscover LV foi capaz de reduzir a rugosidade superficial da resina composta testada. Os demais, Natural Glaze e Experimental, não alteraram a rugosidade superficial e foram estatisticamente semelhantes entre si e com o grupo controle. Todos os glazeadores testados reduziram a dureza e o módulo elástico da resina composta quando comparados com o grupo controle, diferindo entre si, apresentando uma ordem crescente de dureza e módulo elástico (Natural Glaze < Experimental < Biscover < Controle). Todos os glazeadores testados foram capazes de reduzir o desgaste da resina composta, quando comparados com o grupo controle, diferindo entre si, apresentado uma ordem crescente de desgaste (Biscover < Natural Glaze < Experimental < Controle).

Enterococcus faecium: caracterização molecular de amostras isoladas no período anterior e posterior a emergência da resistência à vancomicina no Estado do Rio de Janeiro

Nas últimas décadas, Enterococcus resistentes à vancomicina tem se destacado no cenário hospitalar em todo mundo. A emergência da resistência à vancomicina no Estado do Rio de Janeiro foi registrada em 2000, na espécie Enterococcus faecalis. Em seguida, Enterococcus faecium passou a ser prevalente. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade genética das amostras de E. faecium sensíveis (VSEfm) e resistentes (VREfm) à vancomicina, isoladas em diferentes instituições de saúde do Estado do Rio de Janeiro no período de 1993 a 2008. As amostras bacterianas foram avaliadas por metodologia de eletroforese em campo pulsado (PFGE), após restrição com Smal, análise do polimorfismo numérico de segmentos repetitivos (MLVA) e tipagem por sequenciamento de múltiplos loci (MLST); além da detecção de marcadores fenotípicos, como a resistência à ampicilina e à ciprofloxacina, e genotípicos, como determinantes genéticos de virulência, que estão vinculados a um complexo clonal globalmente disperso (CC17). A diversidade de Tn1546 (que alberga o conjunto gênico vanA) foi determinada por amplificação e restrição com ClaI. Um grupo clonal prevalente foi observado pela metodologia de PFGE e agrupou amostras isoladas, principalmente, no período de 2004 a 2006, estando disseminado por diversas instituições de saúde do Estado, indicando transmissão inter- e intra-hospitalar. A avaliação por MLVA identificou dois MTs prevalentes dentre as amostras VREfm: MT12 relacionado à maioria das amostras dos principais grupos clonais identificados por PFGE e, o MT159 que apresentou frequência aumentada no ano de 2008. A análise por MLST destacou o ST78 associado aos principais grupos clonais definidos por PFGE, bem como, ao MT12. Também foi observada correlação entre o ST412 associado ao grupo clonal formado por apenas amostras de 2008 e o MT159. Foi notório por MLST que as amostras VREfm do Estado do Rio de Janeiro, no período do estudo, estiveram relacionadas CC17, juntamente com algumas amostras VSEfm. Entretanto, os principais marcadores de resistência e de virulência, característicos de CC17, estiveram mais relacionados as amostras VREfm do que as VSEfm, como resistência à ampicilina e à ciprofloxacina; e a presença do gene esp e do alelo purK1. A identificação de VSEfm pertencentes ao CC17 sugerem que amostras já adaptadas ao ambiente hospitalar, podem ter adquirdo o determinante de resistência vanA, facilitando a emergência de amostras de VREfm. Adicionalmente, nossos dados sugerem uma modificação no cenário de amostras VREfm no Rio de Janeiro. Pois a dominância de um grupo clonal prevalente (PFGE- X; MT12; ST78) pode estar sendo substituída pela possível emergência de um novo grupo clonal, que foi característico de amostras mais recentes (PFGE-XV; MT159; ST412), apontando assim, para um novo curso na epidemiologia dos E. faecium no Estado. Um perfil de restrição prevalente de Tn1546 idêntico ao protótipo foi observado, apontando que a disseminação da resistência à vancomicina ocorreu por também por transferência horizontal. Entretanto, alterações do tipo deleção e presença de elementos de inserção com aproximadamente 2 kb foram observadas em um número reduzido das amostras. A incongruência no genótipo vanA, em relação ao fenótipo, foi observado para uma amostra. Considera-se fundamental o acompanhamento da disseminação de VREfm, particularmente diante da elevada frequência de amostras pertencentes a um complexo clonal que conjuga multirresistência com virulência, com elevado potencial de adaptabilidade e disseminação.

Nova metodologia para caracterização litológica das rochas carbonáticas do pré-sal com base na perfilagem e espectroscopia de poço

O cenário mundial de crescimento está favorecendo uma demanda cada vez maior por petróleo e gás. Para se adequar a esta demanda crescente, as companhias petroleiras têm perfurado em regiões de águas profundas e com caráter geológico particular, como os depósitos carbonáticos recém explorados no Brasil pela Petrobras e que entraram em produção a partir de 2008. Para a produção de hidrocarbonetos é preciso um conhecimento profundo das rochas que os contém. Isto se deve ao fato que os sensores usados para detectar hidrocarbonetos no processo conhecido como perfilagem de poço na indústria petroleira são influenciados em suas medições pelas características das rochas. No caso deste trabalho, carbonatos do pré-sal, aparece uma complicação adicional em termos litológicos que é a presença do mineral Estevensita que não é comumente encontrado em ambientes carbonáticos. Em função de não haver uma forma de detectar sem ambiguidades o mineral Estevensita (rico em magnésio) com a Dolomita (também rica em magnésio), e levando-se em consideração o fato de que a Estevensita fecha os poros da rocha (rocha não reservatório) enquanto a Dolomita normalmente pode ser uma excelente rocha reservatório é de fundamental importância conhecer se o magnésio é proveniente da Estevensita ou do processo de dolomitização do carbonato (substituição de cálcio por magnésio). Não existe hoje em dia uma metodologia de perfilagem de poço que possa indicar a proveniência do magnésio. Estevensita ou Dolomita? Rocha reservatório ou não-reservatório? O objetivo deste trabalho é prover respostas às perguntas acima. Desenvolver uma forma de analisar os minerais presentes no pré-sal através da perfilagem e espectroscopia de poço e fazer a separação entre os diversos constituintes das rochas encontradas no pré-sal. O pré-sal brasileiro é constituído por litologia carbonática complexa, sendo a seção rifte formada por coquinas e a seção sag por microbialitos. Estas rochas foram depositadas antes da deposição da camada de sal no fim do Aptiano. Para atingir o resultado esperado neste trabalho serão utilizadas medições convencionais e não convencionais no laboratório com rochas análogas ao pré-sal e minerais puros tais como a Estevensita a fim de determinar respostas padrão para serem utilizados em programas de análise de registros de perfilagem. O produto final deste trabalho é desenvolver um procedimento para determinação de litologia no pré-sal brasileiro através de registros a cabo (wireline) ou enquanto se perfura (Logging While Drilling - LWD)

Produção e caracterização de MPB70 de Mycobacterium bovis para uso em imunodiagnóstico.

Demonstrou-se a produção e caracterização de MPB70 recombinante de M. bovis.

Caracterização dos maços de rúcula comercializados no Distrito Federal e estimativas de perdas.

2007

Caracterização de isolados de Phytophthora infestans obtidos de tomateiro.

O tomateiro (Solanum lycopersicum L. = Lycopersicon esculentum Mill.) é uma das plantas oleráceas mais cultivadas no Brasil e o seu fruto, o tomate, é uma das olerícolas mais consumidas na mesa do brasileiro e muito usado pela agroindústria. Uma das doenças do tomateiro mais temidas pelos produtores é a requeima, causada pelo fungo Phytophtora infestans, que provoca grande destruição na cultura em pouco tempo. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de P. infestans, coletados de tomateiros, quanto ao grupo de compatibilidade, à virulência e à resistência ao fungicida mefenoxan. Vinte e seis isolados foram caracterizados quanto ao grupo de compatibilidade; 24 foram caracterizados quanto à resistência ao mefenoxan; e determinou-se o espectro de virulência de 14 isolados. Todos os 26 isolados testados foram classificados como do grupo A1 de compatibilidade. Em relação à virulência, todos os isolados foram virulentos à cultivar de tomate 'IPA-5'. A maioria foi virulenta em plantas de tomate com os genes Ph1 (92,86%) ou Ph2 (78,57%) e uma pequena parte dos isolados foram virulentos em plantas com o gene Ph3 (21,43%). Quanto à resistência ao mefenoxan, a freqüência de isolados sensíveis, intermediários e resistentes foram de 16,67%, 16,67% e 66,66%, respectivamente. Há evidências da não-reprodução sexuada e formação de oósporos nos campos de tomate do país, retardando o aparecimento da doença. Devido a um maior número de isolados resistentes ao mefenoxan, o controle da requeima com este fungicida pode ser ineficiente em campo. Uma vez que o patógeno apresentou um amplo espectro de virulência, a utilização de cultivares com resistência vertical a requeima não é recomendada. O manejo integrado da requeima é a forma mais eficaz de se controlar a doença.

Caracterização de isolados de Phytophthora nicotianae obtidos de tomate, berinjela e jiló.

O gênero Phytophthora apresenta várias espécies patogênicas a hortaliças, entre elas P. nicotianae destaca-se como agente causal de podridões de frutos em tomate, berinjela e jiló. É importante gerar conhecimento sobre o quão agressivo determinado organismo é, a qual grupo de compatibilidade ele pertence e seu nível de sensibilidade aos fungicidas empregados no seu controle, no sentido obter o máximo de informações sobre o patógeno, a fim de buscar formas eficientes no manejo das doenças. Este trabalho teve o objetivo de caracterizar isolados de P. nicotianae, obtidos de frutos de tomate berinjela e jiló. Para isto foram realizados três experimentos distintos no Laboratório de Fitopatologia da Embrapa Hortaliças, com os marcadores biológicos grupos de compatibilidade, agressividade e resistência ao metalaxyl. Dos 39 isolados, caracterizados quanto ao grupo de compatibilidade, 23 apresentaram o grupo A1 e 16 o grupo A2, sendo que em apenas de um campo de cultivo (localizado em Cristalina - GO) ocorreram isolados de ambos os grupos. Quanto à agressividade foi verificado neste trabalho que P. nicotianae não demonstrou especificidade por nenhum dos seus hospedeiros de origem. Foram testados 32 isolados de P. nicotianae para verificar a resistência ao metalaxyl e, destes, apenas um apresentou resistência, oito foram intermediários e os outros 23 foram sensíveis à ação do fungicida. Tais resultados demonstraram uma alta eficiência do metalaxyl no controle de P. nicotianae fato que pode ser explicado pelo não uso deste fungicida em doenças causadas por este patógeno.

Estabelecimento e caracterização a nível de raça de uma coleção de isolados Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici.

2006

Caracterização dos solos e classes de terra para irrigação do Oeste da Bahia.

O trabalho identifica e estuda os solos do Oeste da Bahia, mais especificamente na área referente a de seis folhas do IBGE (Formosa do Rio Preto, Santa Rita de Cássia, Barreiras, Santana, São Domingos e Santa Maria da Vitória). O CD em anexo, contém os mapas: Levantamento Exploratório/Reconhecimento de Solos da Região Oeste da Bahia: legenda atualizada (Escala 1:1000.000); Classes de Terras para Irrigação: Região Oeste da Bahia (Escala 1:1000.000).

Caracterização sócio-econômica e agroecológica de dez municípios na Região Nordeste da Bahia.

A região do município de Valente, importante produtor de sisal no nordeste do Estado da Bahia, vem apresentando desde a década de 70, mudanças qualitativas nas formas de organização social e de trabalho permitindo o aumento do capital social e melhorias no patrimônio familiar. Neste contexto este trabalho foi executado, originando-se da demanda da Secretaria de Apoio aos Sistemas Estaduais (SSE), da Embrapa, e valendo-se da cartografia digital e de produtos orbitais, para caracterização sócio-econômica e agroecológica de dez municípios da região nordeste da Bahia.

Caracterização mineralógica dos solos do Município de Jaguariúna-SP.

O trabalho objetivou identificar, caraterizar e avaliar mineralogicamente os perfis de solos representativos das principais unidades de mapeamento e implementar uma base de dados do meio físico, através do uso de técnicas de geoprocessamento (uso de SIG´s), do município de Jaguariúna-SP.

Caracterização morfológica e física dos solos do Município de Jaguariúna-SP.

A partir de 1980, o Município de Jaguariúna sofreu um progresso econômico notável, com ampla modernização industrial, agroindustrial e do setor de serviços. Esse processo de crescimento e consequente ocupação urbana implica no aumento da demanda de recursos naturais essenciais, tais como água, solos agriculturáveis, fontes de energia renovável e recursos minerais, gerando problemas de ordem sócio-econômica e ambiental cada vez mais complexos, que influem diretamente na qualidade de vida da população. Nesse contexto, o estudo dos componentes do meio físico, particularmente de solos, é necessário para a elaboração de cartas básicas que orientem o ordenamento territorial e subsidiem a formulação das aptidões do meio abiótico para atividades agrossilvopastoris e para gestão ambiental dos recursos naturais. Os objetivos gerais do subprojeto "Caracterização morfológica e física dos solos do Município de Jaguariúna-SP", compreenderam portanto, a elaboração de diretrizes e recomendações para a organização do poder público municipal no planejamento de seu território. Os objetivos específicos desta pesquisa são: a) implementar uma base de dados do meio físico em escala municipal, através do uso de técnicas de geoprocessamento (uso de SIG´s): b) identificar, caracterizar e avaliar física e morfologicamente os perfis de solos representativos das principais unidades de mapeamento; c) indicar ações de manejo para as respectivas classes de solos.

Caracterização dos padrões espaciais e temporais das queimadas na Amazônia Legal.

O trabalho divulga os resultados de uma pesquisa em andamento no Centro, sobre as queimadas. Esta pesquisa originou-se após as queimadas e incêndios ocorridas em Rorais e que alertaram a opinião pública nacional e internacional sobre esse grave fenômeno. A Embrapa-NMA teve participação de destaque, auxiliando o combate ao fogo, através da instalação, em Boa Vista, de um sistema de aquisição, tratamento e distribuição de imagens dos satélites NOAA. Esse sistema permitia a detecção e a identificação dos focos de fogo em todo o Estado, orientando as equipes de controle e combate. Recuperando e valorizando os dados obtidos em oito ano de monitoramento orbital - quanto a ocorrência, localização, dinâmica espacial e temporal das queimadas em todo o território nacional, a unidade identificou, através de técnicas de geoestatística, os padrões espaciais e temporais relevantes do fenômeno em toda a região da Amazônia Legal.