Twist1 Is a TNF-Inducible Inhibitor of Clock Mediated Activation of Period Genes.

BACKGROUND: Activation of the immune system affects the circadian clock. Tumor necrosis factor (TNF) and Interleukin (IL)-1β inhibit the expression of clock genes including Period (Per) genes and the PAR-bZip clock-controlled gene D-site albumin promoter-binding protein (Dbp). These effects are due to cytokine-induced interference of E-box mediated transcription of clock genes. In the present study we have assessed the two E-box binding transcriptional regulators Twist1 and Twist2 for their role in cytokine induced inhibition of clock genes. METHODS: The expression of the clock genes Per1, Per2, Per3 and of Dbp was assessed in NIH-3T3 mouse fibroblasts and the mouse hippocampal neuronal cell line HT22. Cells were treated for 4h with TNF and IL-1β. The functional role of Twist1 and Twist2 was assessed by siRNAs against the Twist genes and by overexpression of TWIST proteins. In luciferase (luc) assays NIH-3T3 cells were transfected with reporter gene constructs, which contain a 3xPer1 E-box or a Dbp E-box. Quantitative chromatin immunoprecipitation (ChIP) was performed using antibodies to TWIST1 and CLOCK, and the E-box consensus sequences of Dbp (CATGTG) and Per1 E-box (CACGTG). RESULTS: We report here that siRNA against Twist1 protects NIH-3T3 cells and HT22 cells from down-regulation of Period and Dbp by TNF and IL-1β. Overexpression of Twist1, but not of Twist2, mimics the effect of the cytokines. TNF down-regulates the activation of Per1-3xE-box-luc, the effect being prevented by siRNA against Twist1. Overexpression of Twist1, but not of Twist2, inhibits Per1-3xE-box-luc or Dbp-E-Box-luc activity. ChIP experiments show TWIST1 induction by TNF to compete with CLOCK binding to the E-box of Period genes and Dbp. CONCLUSION: Twist1 plays a pivotal role in the TNF mediated suppression of E-box dependent transactivation of Period genes and Dbp. Thereby Twist1 may provide a link between the immune system and the circadian timing system.

Remarks on an algebraic semantics for paraconsistent Nelson's logic

In the paper Busaniche and Cignoli (2009) we presented a quasivariety of commutative residuated lattices, called NPc-lattices, that serves as an algebraic semantics for paraconsistent Nelson's logic. In the present paper we show that NPc-lattices form a subvariety of the variety of commutative residuated lattices, we study congruences of NPc-lattices and some subvarieties of NPc-lattices.

Methodology for wind turbine blade geometry optimization

Nowadays, the upwind three bladed horizontal axis wind turbine is the leading player on the market. It has been found to be the best industrial compromise in the range of different turbine constructions. The current wind industry innovation is conducted in the development of individual turbine components. The blade constitutes 20-25% of the overall turbine budget. Its optimal operation in particular local economic and wind conditions is worth investigating. The blade geometry, namely the chord, twist and airfoil type distributions along the span, responds to the output measures of the blade performance. Therefore, the optimal wind blade geometry can improve the overall turbine performance. The objectives of the dissertation are focused on the development of a methodology and specific tool for the investigation of possible existing wind blade geometry adjustments. The novelty of the methodology presented in the thesis is the multiobjective perspective on wind blade geometry optimization, particularly taking simultaneously into account the local wind conditions and the issue of aerodynamic noise emissions. The presented optimization objective approach has not been investigated previously for the implementation in wind blade design. The possibilities to use different theories for the analysis and search procedures are investigated and sufficient arguments derived for the usage of proposed theories. The tool is used for the test optimization of a particular wind turbine blade. The sensitivity analysis shows the dependence of the outputs on the provided inputs, as well as its relative and absolute divergences and instabilities. The pros and cons of the proposed technique are seen from the practical implementation, which is documented in the results, analysis and conclusion sections.

Expression of dorsal-ventral genes during early development of Rhynchosciara americana embryos

The establishment of dorsal-ventral polarity in Drosophila is a complex process which involves the action of maternal and zygotically expressed genes. Interspecific differences in the expression pattern of some of these genes have been described in other species. Here we present the expression of dorsal-ventral genes during early embryogenesis in the lower dipteran Rhynchosciara americana. The expression of four genes, the ventralizing genes snail (sna) and twist (twi) and the dorsalizing genes decapentaplegic (dpp) and zerknüllt (zen), was investigated by whole-mount in situ hybridization. Sense and antisense mRNA were transcribed in vitro using UTP-digoxigenin and hybridized at 55°C with dechorionated fixed embryos. Staining was obtained with anti-digoxigenin alkaline phosphatase-conjugated antibody revealed with NBT-BCIP solution. The results showed that, in general, the spatial-temporal expression of R. americana dorsal-ventral genes is similar to that observed in Drosophila, where twi and sna are restricted to the ventral region, while dpp and zen are expressed in the dorsal side. The differences encountered were subtle and probably represent a particular aspect of dorsal-ventral axis determination in R. americana. In this lower dipteran sna is expressed slightly later than twi and dpp expression is expanded over the lateral ectoderm during cellular blastoderm stage. These data suggest that the establishment of dorsal-ventral polarity in R. americana embryos follows a program similar to that observed in Drosophila melanogaster.

Intrinsic bent DNA sites in the chromosomal replication origin of Xylella fastidiosa 9a5c

The features of the nucleotide sequences in both replication and promoter regions have been investigated in many organisms. Intrinsically bent DNA sites associated with transcription have been described in several prokaryotic organisms. The aim of the present study was to investigate intrinsic bent DNA sites in the segment that holds the chromosomal replication origin, oriC, of Xylella fastidiosa 9a5c. Electrophoretic behavior analyses, as well as in silico analyses of both the 2-D projection and helical parameters, were performed. The chromosomal segment analyzed contains the initial sequence of the rpmH gene, an intergenic region, the dnaA gene, the oriC sequence, and the 5' partial sequence of the dnaN gene. The analysis revealed fragments with reduced electrophoretic mobility, which indicates the presence of curved DNA segments. The analysis of the helical parameter ENDS ratio revealed three bent DNA sites (b1, b2, and b3) located in the rpmH-dnaA intergenic region, the dnaA gene, and the oriC 5' end, respectively. The chromosomal segment of X. fastidiosa analyzed here is rich in phased AT tracts and in CAnT motifs. The 2-D projection indicated a segment whose structure was determined by the cumulative effect of all bent DNA sites. Further, the in silico analysis of the three different bacterial oriC sequences indicated similar negative roll and twist >34.00° values. The DnaA box sequences, and other motifs in them, may be associated with the intrinsic DNA curvature.

RNA recurrent motifs : identification and characterization

La détermination de la structure tertiaire du ribosome fut une étape importante dans la compréhension du mécanisme de la synthèse des protéines. Par contre, l’élucidation de la structure du ribosome comme tel ne permet pas une compréhension de sa fonction. Pour mieux comprendre la nature des relations entre la structure et la fonction du ribosome, sa structure doit être étudiée de manière systématique. Au cours des dernières années, nous avons entrepris une démarche systématique afin d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux qui existent dans la structure du ribosome et d’autres molécules contenant de l’ARN. L’analyse de plusieurs exemples d’empaquetage de deux hélices d’ARN dans la structure du ribosome nous a permis d’identifier un nouveau motif structural, nommé « G-ribo ». Dans ce motif, l’interaction d’une guanosine dans une hélice avec le ribose d’un nucléotide d’une autre hélice donne naissance à un réseau d’interactions complexes entre les nucléotides voisins. Le motif G-ribo est retrouvé à 8 endroits dans la structure du ribosome. La structure du G-ribo possède certaines particularités qui lui permettent de favoriser la formation d’un certain type de pseudo-nœuds dans le ribosome. L’analyse systématique de la structure du ribosome et de la ARNase P a permis d’identifier un autre motif structural, nommé « DTJ » ou « Double-Twist Joint motif ». Ce motif est formé de trois courtes hélices qui s’empilent l’une sur l’autre. Dans la zone de contact entre chaque paire d’hélices, deux paires de bases consécutives sont surenroulées par rapport à deux paires de bases consécutives retrouvées dans l’ARN de forme A. Un nucléotide d’une paire de bases est toujours connecté directement à un nucléotide de la paire de bases surenroulée, tandis que les nucléotides opposés sont connectés par un ou plusieurs nucléotides non appariés. L’introduction d’un surenroulement entre deux paires de bases consécutives brise l’empilement entre les nucléotides et déstabilise l’hélice d’ARN. Dans le motif DTJ, les nucléotides non appariés qui lient les deux paires de bases surenroulées interagissent avec une des trois hélices qui forment le motif, offrant ainsi une stratégie élégante de stabilisation de l’arrangement. Pour déterminer les contraintes de séquences imposées sur la structure tertiaire d’un motif récurrent dans le ribosome, nous avons développé une nouvelle approche expérimentale. Nous avons introduit des librairies combinatoires de certains nucléotides retrouvés dans des motifs particuliers du ribosome. Suite à l’analyse des séquences alternatives sélectionnées in vivo pour différents représentants d’un motif, nous avons été en mesure d’identifier les contraintes responsables de l’intégrité d’un motif et celles responsables d’interactions avec les éléments qui forment le contexte structural du motif. Les résultats présentés dans cette thèse élargissent considérablement notre compréhension des principes de formation de la structure d’ARN et apportent une nouvelle façon d’identifier et de caractériser de nouveaux motifs structuraux d’ARN.

Quelques propriétés des sous-variétés lagrangiennes monotones : Rayon de Gromov et morphisme de Seidel

Cette thèse présente quelques propriétés des sous-variétés lagrangiennes monotones. On résoud d'abord une conjecture de Barraud et Cornea dans le cadre monotone en montrant que le rayon de Gromov relatif à deux lagrangiennes dans la même classe d'isotopie hamiltonienne donne une borne inférieure à la distance de Hofer entre ces deux mêmes lagrangiennes. Le cas non-monotone de cette conjecture reste ouvert encore. On définit toutes les structures nécessaires à l'énoncé et à la preuve de cette conjecture. Deuxièmement, on définit une nouvelle version d'un morphisme de Seidel relatif à l'aide des cobordismes lagrangiens de Biran et Cornea. On montre que cette version est chaîne-homotope aux différentes autres versions apparaissant dans la littérature. Que toutes ces définitions sont équivalentes fait partie du folklore mais n'apparaît pas dans la littérature. On conclut par une conjecture qui identifie un triangle exact obtenu par chirurgie lagrangienne et un autre dû à Seidel et faisant intervenir le twist de Dehn symplectique.

Développement et validation d'un modèle de simulation numérique personnalisé à une athlète de plongeon

Les entraîneurs en sports acrobatiques disposent de peu d’outils permettant d’améliorer leur compréhension des saltos vrillés et la performance des athlètes. L’objectif de ce mémoire était de développer un environnement graphique de simulation numérique réaliste et utile des acrobaties aériennes. Un modèle composé de 17 segments et de 42 degrés de liberté a été développé et personnalisé à une athlète de plongeon. Un système optoélectronique échantillonné à 300 Hz a permis l’acquisition de huit plongeons en situation réelle d’entraînement. La cinématique articulaire reconstruite avec un filtre de Kalman étendu a été utilisée comme entrée du modèle. Des erreurs quadratiques moyennes de 20° (salto) et de 9° (vrille) entre les performances simulées et réelles ont permis de valider le modèle. Enfin, une formation basée sur le simulateur a été offerte à 14 entraîneurs en sports acrobatiques. Une augmentation moyenne de 11 % des résultats aux questionnaires post-test a permis de constater le potentiel pédagogique de l’outil pour la formation.

De la faillibilité au serf-arbitre : le tournant herméneutique de Paul Ricoeur

Ce mémoire a pour but de montrer que le premier tournant herméneutique de Paul Ricœur en 1960 gravite essentiellement autour de la problématique de la volonté mauvaise. Nous soutenons autrement dit que Ricœur a initialement donné une tournure herméneutique à sa philosophie pour penser le serf-arbitre, c’est-à-dire pour penser la liberté captive d’elle-même. Afin de rendre compte adéquatement de ce tournant, notre attention sera principalement dirigée vers le deuxième tome de la Philosophie de la volonté de Ricœur, Finitude et culpabilité. Notre question se pose ainsi : comment et pourquoi, dans une problématique du mal, Ricœur entame-t-il son tournant herméneutique? Pour y répondre, nous expliciterons le parcours de Ricœur allant de L’homme faillible à La symbolique du mal. Nous verrons dans un premier temps que si le philosophe arrive à thématiser le concept de faillibilité à partir d’une ontologie de la disproportion, si la réflexion a accès à la possibilité du mal, il n’en ira pas de même pour le noème inintelligible que constitue le mal moral. Afin de penser la faute, nous verrons que Ricœur se tournera vers l’herméneutique en se mettant à l’écoute du langage de l’aveu. Ainsi, dans la deuxième partie de notre mémoire, nous expliciterons les trois moments de compréhension (phénoménologique, herméneutique et réflexif) propre à l’herméneutique philosophique de Ricœur de 1960.

Étude clinique randomisée prospective du taux de survie d'un fil lingual mandibulaire de rétention utilisant les méthodes de collage direct et indirect à court et moyen termes

Introduction : Après un traitement orthodontique, la rétention (ou contention) est essentielle pour éviter les récidives vers la malocclusion initiale. Le fil de rétention lingual est un appareil fixe, relativement facile à installer et bien accepté par les patients pour maintenir la position finale des dents antérieures inférieures. Étant de plus en plus utilisé, il devient important de s’assurer de sa fiabilité pour la stabilité de l’alignement dentaire. Objectif : Le but de cette étude clinique randomisée prospective est de déterminer le taux de survie d’un fil lingual mandibulaire de rétention en comparant les méthodes de collage direct et de collage indirect à court et moyen termes. Méthodologie : L’échantillon est constitué de 117 patients consécutifs aléatoirement distribués dans 2 groupes : collage direct (n=58) et collage indirect (n=59). Les fils torsadés de diamètre 0,0175’’ sont préformés par un technicien de laboratoire soit selon la méthode de collage direct, soit selon la méthode de collage indirect. Une matrice de transfert en silicone assure le positionnement précis du fil lingual en bouche. Assure® et Filtek™ Flow ont été utilisés pour le collage direct. Filtek™ Flow, Assure®, and Sondhi™ ont été utilisés pour le collage indirect. Les fils de rétention ont été évalués pour le décollement, l’infiltration, la distorsion et le bris à 2 mois (T1) et 6 mois (T2). Résultats : À T1, le taux de survie du fil de rétention est de 90,2% pour le groupe de collage direct, comparativement à 79,5% pour le groupe de collage indirect (p=0,232). À T2, le fil est resté intact pour 74,1% des participants dans le groupe de collage direct et pour 70,0% des participants dans le groupe de collage indirect (p=0,481). Les différences ne sont pas statistiquement significatives entre les 2 groupes. La fréquence du décollement est plus haute que les autres problèmes enregistrés à T1 (p<0,022), représentant 85,7% des échecs. À T2, le décollement est plus fréquent que la distorsion ou le bris (p<0,04), mais pas statistiquement plus fréquent que l’infiltration (p=0,109). Il représente alors 86,4% des échecs. Conclusion : Le décollement est la principale cause d’échec d’un fil de rétention lingual. Il n’y a pas de différence statistiquement significative du taux de survie d’un fil lingual mandibulaire de rétention entre les techniques de collage direct et de collage indirect à court et moyen termes.

Une nouvelle méthode pour estimer la torsion géométrique en scoliose idiopathique de l’adolescent

La scoliose idiopathique de l’adolescent (SIA) est une déformation tridimensionnelle (3D) de la colonne vertébrale. Pour la plupart des patients atteints de SIA, aucun traitement chirurgical n’est nécessaire. Lorsque la déformation devient sévère, un traitement chirurgical visant à réduire la déformation est recommandé. Pour déterminer la sévérité de la SIA, l’imagerie la plus utilisée est une radiographie postéroantérieure (PA) ou antéro-postérieure (AP) du rachis. Plusieurs indices sont disponibles à partir de cette modalité d’imagerie afin de quantifier la déformation de la SIA, dont l’angle de Cobb. La conduite thérapeutique est généralement basée sur cet indice. Cependant, les indices disponibles à cette modalité d’imagerie sont de nature bidimensionnelle (2D). Celles-ci ne décrivent donc pas entièrement la déformation dans la SIA dû à sa nature tridimensionnelle (3D). Conséquemment, les classifications basées sur les indices 2D souffrent des mêmes limitations. Dans le but décrire la SIA en 3D, la torsion géométrique a été étudiée et proposée par Poncet et al. Celle-ci mesure la tendance d’une courbe tridimensionnelle à changer de direction. Cependant, la méthode proposée est susceptible aux erreurs de reconstructions 3D et elle est calculée localement au niveau vertébral. L’objectif de cette étude est d’évaluer une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique par l’approximation de longueurs d’arcs locaux et par paramétrisation de courbes dans la SIA. Une première étude visera à étudier la sensibilité de la nouvelle méthode présentée face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. Par la suite, deux études cliniques vont présenter la iv torsion géométrique comme indice global et viseront à démontrer l’existence de sous-groupes non-identifiés dans les classifications actuelles et que ceux-ci ont une pertinence clinique. La première étude a évalué la robustesse de la nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique chez un groupe de patient atteint de la SIA. Elle a démontré que la nouvelle technique est robuste face aux erreurs de reconstructions 3D du rachis. La deuxième étude a évalué la torsion géométrique utilisant cette nouvelle méthode dans une cohorte de patient avec des déformations de type Lenke 1. Elle a démontré qu’il existe deux sous-groupes, une avec des valeurs de torsion élevées et l’autre avec des valeurs basses. Ces deux sous-groupes possèdent des différences statistiquement significatives, notamment au niveau du rachis lombaire avec le groupe de torsion élevée ayant des valeurs d’orientation des plans de déformation maximales (PMC) en thoraco-lombaire (TLL) plus élevées. La dernière étude a évalué les résultats chirurgicaux de patients ayant une déformation Lenke 1 sous-classifiées selon les valeurs de torsion préalablement. Cette étude a pu démontrer des différences au niveau du PMC au niveau thoraco-lombaire avec des valeurs plus élevées en postopératoire chez les patients ayant une haute torsion. Ces études présentent une nouvelle méthode d’estimation de la torsion géométrique et présentent cet indice quantitativement. Elles ont démontré l’existence de sous-groupes 3D basés sur cet indice ayant une pertinence clinique dans la SIA, qui n’étaient pas identifiés auparavant. Ce projet contribue dans la tendance actuelle vers le développement d’indices 3D et de classifications 3D pour la scoliose idiopathique de l’adolescent.

A la primavera floreixen les trobades. 'En primavera florecen los encuentros'.

Resumen del autor en catalán

Elementos para la relación entre cultura organizacional y estrategia: caso IBM

Este trabajo es una contribución al proyecto de investigación del Profesor Carlos Eduardo Méndez Álvarez, Elementos para la relación entre cultura organizacional y estrategia, proyecto que hace parte de la línea de investigación de Estrategia de la Escuela de Administración de la Universidad del Rosario. Esta investigación se realiza con el fin de identificar la relación entre los factores de cultura y estrategia organizacional que permiten alinear los objetivos de las empresas con las actividades de su cadena de valor, logrando ser cada vez más competitivas y perdurables en el mercado. Como base teórica se tendrá en cuenta los trabajos de Carlos Eduardo Méndez Álvarez, Charles Handy , Edgar Schein y Geert Hofstede, entre otros , para la cultura organizacional, y a Michael Porter, Henry Mintzberg, Peter Drucker, Tom Peters, entre otros, para el componente de Estrategia Organizacional; así también, se tomará como referencia el caso de éxito de la compañía estadounidense IBM, en el cuál fue fundamental la alineación entre los elementos culturales de la organización y la estrategia planteada en medio de un entorno de cambiante y extremadamente competitivo. El propósito de esta investigación es realizar análisis, discusiones y propuestas acerca del tema.

ELEMENTOS PARA LA RELACIÓN ENTRE CULTURA ORGANIZACIONAL Y ESTRATEGIA: CASO SEMCO

Este trabajo es un insumo para proyecto de investigación del Profesor Carlos Eduardo Méndez Álvarez, Elementos para la relación entre cultura organizacional y estrategia, proyecto que hace parte de la línea de investigación de Estrategia de la Escuela de Administración de la Universidad del Rosario, este trabajo fue desarrollado como proyecto de grado el cual se complementa con el trabajo de grado “ELEMENTOS PARA LA RELACIÓN ENTRE CULTURA ORGANIZACIONAL Y ESTRATEGIA: CASO IBM.” elaborado por Angélica Marie Barón, por ende contó con un desarrollo conjunto con la autora antes mencionada en los temas referentes al marco teórico. Este trabajo busca reunir información teórica acerca del concepto de Cultura organización y la Estrategia organizacional, Si se busca poder vislumbrar la relación entre la cultura organizacional y la estrategia dentro de una organización. Actualmente se encuentran en una carrera competitiva en la que no solo participan por un pedazo cada vez más fraccionado y diferenciado del mercado, sino que también por la credibilidad social, la gestión de sus capital intelectual, elevar la calidad de vida de la comunidad medioambiental y cultura así como por trascender la inmediatez de los planes para estimular las proyecciones de las estrategias organizarles, por otra parte las apariciones de creación masiva de las micro, pequeña y mediana empresa, pero estas no logran contar con una alta expectativa de vida.