Émotions facilitant l’élaboration de la mémoire à long terme dans le contexte du cours Évolution et diversité du vivant (101-NYA-05) à l’ordre collégial

En juin 2009, le colloque de l'Association québécoise de pédagogie collégial (AQPC) portait le titre Pour des apprentissages durables. Les participants et participantes du colloque échangeaient donc sur les moyens qui peuvent être mis en place pour que les étudiants et étudiantes gardent les connaissances acquises sur le long terme. Lors de ce colloque, plusieurs ateliers et conférences ont porté sur les méthodes d'enseignement novatrices comme l'apprentissage par projet. Toutefois, très peu ont touché au potentiel des émotions vécues dans une classe pour favoriser l'élaboration de la mémoire à long terme. Notre recherche porte précisément sur ce thème. Elle se situe dans le cadre d'un cours de biologie obligatoire pour tous les étudiants et étudiantes du programme de Sciences de la nature : Évolution et diversité du vivant (101-NYA-05). La problématique a été établie à partir de certaines observations faites dans trois collèges où le chercheur principal a oeuvré. Il s'agit du Cégep de Victoriaville, du Cégep François-Xavier-Garneau et du Cégep de Lévis-Lauzon. C'est toutefois à l'intérieur du Cégep de Lévis-Lauzon que la recherche a été menée. Parmi ces observations, on note d'abord qu'à l'intérieur des cours de biologie en général, l'exposé magistral occupe une place importante. Certains problèmes reliés à l'abandon du cours Évolution et diversité du vivant ou aux taux de réussite reliés à ce cours ont également été observés. Enfin, l'action des enseignants et enseignantes porte surtout sur le traitement cognitif des contenus, les émotions étant peu prises en considération. Il est de notre avis que faire plus de place aux émotions en classe —notamment durant l'exposé magistral — pourrait améliorer le processus de mémorisation à long terme ce qui pourrait avoir un impact éventuel sur les taux de réussite. Cela nous a amenés à formuler l'objectif général de notre recherche qui est d'établir un lien entre ce qui est conservé dans la mémoire à long terme et les émotions qui ont pu être vécues par les étudiantes et étudiants lors de l'apprentissage dans le cadre du cours Évolution et diversité du vivant. Le cadre de référence sur lequel s'est appuyée notre recherche repose en premier lieu sur le développement de deux concepts : émotions et mémoire. Nous avons d'abord défini le concept d'émotion, établi une liste de mots permettant l'expression d'émotions et mis en relief les relations qui existent entre les émotions et la cognition. Nous avons ensuite défini le concept de mémoire et en avons présenté les divers types. En deuxième lieu, nous avons présenté les structures cérébrales ainsi que les mécanismes biochimiques qui interviennent lors de l'élaboration de la mémoire à long terme. Le rôle des structures cérébrales impliquées dans les émotions sur la formation de réseaux neuronaux associés à la mémoire y a notamment été exposé. Enfin, des études menées en milieu scolaire portant sur le rôle des émotions en classe ont été présentées. Pour répondre à l'objectif général de notre recherche, nous avons opté pour une recherche qualitative descriptive. Treize étudiants et étudiantes du programme de Sciences de la nature du Cégep de Lévis-Lauzon ont accepté de participer à une entrevue de type semi-dirigé. Ces étudiantes et étudiants étaient tous en dernière session du programme ce qui laissait un écart d'au moins treize mois entre la fin du cours Évolution et diversité du vivant et la participation à l'entrevue. Au cours des entretiens, les participants et participantes avaient à identifier les trois éléments de contenu relié au cours qu'ils avaient le mieux conservés en mémoire. Ils devaient également identifier des émotions vécues à l'intérieur du même cours. Ils pouvaient également présenter des exemples vécus de lien émotion-mémoire dans le cadre du même cours. Les entrevues ont été transcrites et les contenus analysés par segmentation des unités de sens. Les résultats de notre recherche montrent que les participants et participantes de notre étude accordent une grande importance au rôle que jouent les émotions vécues en classe sur leur capacité de mémorisation. À cet égard, plusieurs éléments de contenus identifiés ont pu être reliés à des émotions vécues en classe. Par exemple, la génétique et la sélection naturelle ont fréquemment été reliées à l'amusement ou au plaisir. La surprise est également une émotion qui a été associée à plusieurs éléments de contenu. Il faut toutefois préciser que dans certains cas, les éléments de contenus identifiés n'avaient pas liens évidents avec des émotions vécues en classe. Dans ces cas, le travail personnel a pu avoir un impact positif par exemple. Toutefois, il est clair selon les participants et participantes que les émotions vécues en classe ont pu avoir un rôle déterminant sur la mémorisation de certains éléments de contenus identifiés. Notre analyse permet d'en venir à la même conclusion. À partir de l'analyse des entrevues et des liens qui ont été établis par les participants et participantes entre les émotions vécues et les éléments de contenus mémorisés, nous avons élaboré un répertoire comprenant cinq catégories d'outils permettant de favoriser la construction de la mémoire à long terme en agissant via les émotions vécues en classe. Ces catégories sont l'humour; les actions de l'enseignant ou l'enseignante; les témoignages; les personnifications et les comparaisons; et finalement, les activités et les jeux. Bien que notre recherche se situe dans le contexte d'un cours de biologie propre au programme de Sciences de la nature, le répertoire développé est suffisamment vaste pour être utile, dans des conditions semblables, à l'enseignement d'autres cours au sein de la communauté collégiale. L'exploitation du potentiel des émotions vécues en classe ne peut être considérée comme la recette qui règle tous les problèmes reliés aux apprentissages durables. Cette exploitation peut néanmoins représenter un outil pédagogique intéressant pour quiconque se sentirait à l'aise de l'utiliser.

La littérature selon Roland Barthes

Para obter o Grau de Mestre em Tradução e Interpretação Especializadas apresento este projecto de tradução do ensaio de Vincent Jouve “La Littérature selon Roland Barthes” e análise crítica das dificuldades tradutórias encontradas. Para a tradutora é uma actividade inovadora e aliciante. A selecção da obra reveste-se de argumentos tanto pessoais como profissionais sendo particularmente oportuna, pois coincide com o centenário de nascimento de Barthes. Roland Barthes é um autor rico, complexo e desconcertante que, embora pouco estudado à época, levanta emoções extremas: adorado por uns e detestado por outros. O ensaio de Vincent Jouve reflecte essa riqueza quer de forma quer de conteúdo. Participar na divulgação, mesmo que só académica, destes autores é muito gratificante. O ensaio literário tem características próprias, que o tornam semelhante a uma manifestação artística, privilegia-se o sentido traduzindo a obra sem recorrer a progamas de tradução. Este relatório é composto por três partes fundamentais: a preparação prévia, a tradução e a análise das dificuldades. O apêndice é constituido pela obra traduzida e pelos capítulos analizados (I e IV), en Francês.

Emotional aspects of childhood career development: importance and future agenda

Childhood is a central period for career and social-emotional development. However, the literature covering childhood career development and the role of emotions in careers is scarce. In this article, we advocate for the consideration of emotions in childhood career development. Emotional aspects of children’s career exploration, key-figures and interests, as well as of childhood antecedents of lifelong career processes are presented. Relations between childhood emotion, behavior, functioning and learning are also presented. Conclusions center on a call for focused study of the role of emotion in childhood career development and how such an agenda will advance the literature.

Dépistage et traitement de l'infection tuberculeuse latente chez les requérants d'asile récemment arrivés dans le canton de Vaud Dépistage et traitement de l'infection tuberculeuse latente chez les requérants d'asile récemment arrivés dans le canton de Vaud

I. Facteurs associés avec l'infection tuberculose latent chez les requérants d'asile entrant dans le canton de Vaud : Une étude transversale dans le canton de Vaud. Objectifs : Les objectifs de cette étude étaient l'identification des facteurs associés à l'infection tuberculeuse latente (ITBL) chez les requérants d'asile récemment arrivés au Canton de Vaud et leur utilisation pondérée pour l'élaboration d'un score prédictif qui pourrait permettre la meilleure sélection des individus à dépister avec les Interferon Gamma Release Assays (IGRA). Méthode : Le protocole de l'étude prévoyait l'inclusion des requérants d'asile de plus de 16 ans, récemment arrivés dans deux centre de requérant du canton de Vaud ceux de Sainte-Croix et de Crissier. De septembre 2009 à juillet 2010 les requérants d'asile ont bénéficié lors des visites au centre de soins infirmier (CSI) d'informations sur l'ITBL et le protocole et les enjeux de l'étude. Les requérants d'asile ont d'emblée été informées que leur participation à l'étude n'aurait pas d'impact sur le débouché de leur dossier d'asile et qu'il n'y aurait pas de compensation financière à leur participation. Après avoir signé le consentement éclairé les requérants d'asile bénéficiaient d'une entrevue avec l'infirmière du centre où un questionnaire démographique et médical était remplit. 10cc de sang étaient prélevés à la fin de l'entrevue pour l'examen IGRA. Les patients présentant des symptômes évocateurs de tuberculose active ou un anamnèse de traitement pour une tuberculose active étaient exclus de l'étude et adressés au médecin référant du centre pour une visite médicale. Selon les résultats du test T-SPOT.TB (IGRA), les requérants étaient classés en deux groupes : positifs et négatifs. Le groupe IGRA positif était adressé au médecin référant. L'analyse statistique des données de l'étude a été réalisée par le logiciel STATA 11.2. Les coefficients de l'analyse multivariée ont été combinées pour la création d'un score pronostic dont la puissance de discrimination a été évaluée par une courbe ROC. Le protocole de l'étude avait reçu l'aval de la commission d'éthique de l'Université de Lausanne. Résultats : Durant la période de l'étude, 788 requérants d'asile ont été hébergés dans les deux centres de l'étude. 639 avaient plus de 16 ans et 393 d'entre eux ont participé à l'étude (61.50%). 295 (75.06%) avaient un IGRA négatif et 98 (24.93%) étaient positifs. A noter que parmi les 98 positifs, 5 avaient une tuberculose active non détecté précédemment. Les analyses univarié et multivarié ont permis d'identifier 6 facteurs associées à l'ITBL : Région d'origine, moyen de transport, état civil, âge, toux et antécédent d'exposition à la tuberculose. Le score élaboré en combinant ces 6 facteurs présente un AUC de 81% avec une sensibilité de 80%, une spécificité de 70% et des valeurs prédictive positive et négative respectivement de 45% et 92% quant un seuil de 13 est utilisé. Conclusion : Les requérants d'asile qui immigrent en Suisse proviennent de pays où l'incidence de la tuberculose est supérieure à celle des pays de l'Europe occidentale et présentent un risque élevé pour l'infection tuberculose latente (ITBL). L'origine comme seul facteur n'est pas suffisant pour stratifier le risque d'ITBL et ne peut pas justifier la prescription d'un traitement préventif d'ITBL. L'introduction des tests de détection, hautement spécifiques de l'infection au M. tuberculosis tel que les IGRA ainsi que le taux élevé de réussite des traitements préventifs de l'infection latente ont ouvert la voie à un dépistage précoce de l'ITBL qui compléterait le dépistage de la tuberculose active actuellement effectué à la frontière. Afin de mieux cibler le dépistage par ces tests une meilleure sélection des individus à dépister est impérative. Elle pourrait se faire en évaluant le score individuel de risque ITBL par requérant. -- II. Taux élevé d'adhérence au traitement préventif de l'infection tuberculeuse latente prescrit à un collectif de requérants d'asile dans un canton suisse. Objectifs: L'efficacité du traitement préventif de l'infection tuberculeuse latente dépend de l'adherence du sujet au traitement. Un traitement bien conduit pour une duré prévue est en mesure de prévenir l'activation des cas d'infection tuberculeuse latente (ITBL). Le plus grand enjeu dans un programme préventif pour la tuberculose est, outre de cibler la détection des individus les plus à risque pour l'ITBL, de pouvoir traiter efficacement le collectif dépisté positif. Cette étude évaluait la faisabilité d'un traitement préventif court parmi un collectif de requérants d'asile porteurs d'une ITBL dans le canton de Vaud. Méthode: Nous avons effectué une étude prospective de cohorte parmi des requérants d'asile récemment attribués dans le canton de Vaud, âgés de plus de 16 ans et qui avaient été dépistés positifs par IGRA. L'ensemble du collectif selon le protocole de l'étude était adressé au médecin référant afin d'exclure une tuberculose active et pour discuter du traitement préventif si le diagnostic d'ITBL était confirmé. Lors de la première visite médicale, outre l'examen clinique, un bilan radiologique avec une radiographie du thorax et un bilan de la biologie hépatique ainsi qu'un test de dépistage HIV était proposé à l'ensemble du collectif. En cas de suspicion clinique ou d'image radiologique suspecte de tuberculose active le sujet était adressé pour des examens complémentaires. Les sujets porteurs d'ITBL se voyaient proposés, en l'absence de contre indications, un traitement de rifampicine de quatre mois. En acceptant de participer à l'étude ils s'engageaient de se présenter à leur contrôle médical mensuel où était évaluée l'adhérence au traitement et l'apparition d'effets indésirable ou de complications. Si l'adhérence était jugée correcte l'ordonnance du traitement était renouvelée d'un mois et le requérant recevait son prochain rendez-vous de contrôle. L'adhérence était considéré satisfaisante si le patient était adhérent à son schéma de visites médicales et demandait le renouvellement de son ordonnance. Si le requérant d'asile ne se présentait pas à deux contrôles il était considéré comme non adhérent et son traitement est suspendu. Résultats : Notre collectif comptait 98 sujet présument atteint de ITBL sur la base du test T-SPOT.TB ce qui représentait 24.9% du collectif initial. L'âge moyen était de 26.7 ans, 74% était des hommes. La majorité étaient des africains: 66 %, 17% étaient asiatiques et les populations balkaniques et de l'exunion soviétique étaient représentés à part égale d'huit pourcent. Parmi notre collectif nous n'avions pas de sujet immunodéficient notamment HIV positif. Des 98 sujets, 11 ne se sont pas présenté à leur visite médicale initiale. La visite médicale initiale a permis la détection de 8 patients porteurs d'une tuberculose active, dont cinq ont reçu un traitement antituberculeux, ou d'une autre affection pulmonaire non tuberculeuse. Chez deux patients il y avait une contre-indication au traitement préventif et deux avaient un anamnèse positif de traitement antituberculeux non précédemment déclaré. Le traitement préventif a été prescrit à 74 requérants d'asile. Durant le suivi mensuel trois requérants ne se sont pas présentés lors de la première visite de suivi, trois lors de la seconde et sept lors de la troisième pour un total de 13 sujets. Chez deux sujets le traitement préventif a du être suspendu à cause d'une adhérence problématique secondaire à des abus de substances illégales. Durant le suivi, nous n'avons pas eu de sérieuses complications ni d'effets indésirables au traitement qui auraient nécessité son arrêt. En final 60/75 des sujets ont achevé leur traitement soit 80% du collectif. Conclusion: Malgré la vulnérabilité et la volatilité inhérente à cette population qui est d'ailleurs la plus à risqué de réactivation d'une ITBL, cette étude montre que il est possible d'obtenir de taux d'adhérence très élevés au traitement préventif. Nous considérons que les conditions qui ont permis ces résultats sont la prescription d'un schéma de traitement préventif court, un suivi médico-soignant régulier et l'hébergement contrôlée et stable où résidait notre collectif.

Les passions de l'agir juste. Fondements de l'éthique et applications concrètes

L'éthique, en particulier dans sa version théologique, est exposée aujourd'hui à des mises à l'épreuve redoutables. Sans cesse solicitée par le public et les médias, elle engage une intelligence de la foi, une capacité analytique, une mobilisation de la raison et une implication des émotions. Le présent ouvrage entend conjoindre trois exigences: théorique, figurative et pratique. L'exigence théorique reprend à nouveaux frais la question des fondements de l'éthique, à l'interface de la rationalité, de la foi et de la théologie. L'exigence figurative, non sans rapport avec la démarche généalogique, précise les enjeux du dialogue que le théologien mène avec différentes formes de réflexion philosophique. L'exigence pratique, enfin, renoue les fils, jamais perdus de vue, avec l'expérience et l'existence des humains et des sociétés, sur la base de plusieurs cas exemplaires d'éthique appliquée: statut de l'embryon, compréhension de la maladie et de la santé, définition de la mort, transplantation d'organes, engagement social, toxicomanie, etc.

The role of Pten in the Hematopoietic System and the Hematopoietic Stem Cells

Résumé Identification, localisation et activation des cellules souches hématopoiétiques dormantes in vivo Les cellules souches somatiques sont présentes dans la majorité des tissus régénératifs comme la peau, l'épithélium intestinal et le système hématopoiétique. A partir d'une seule cellule, elles ont les capacités de produire d'autres cellules souches du même type (auto-renouvellement) et d'engendrer un ensemble défini de cellules progénitrices différenciées qui vont maintenir ou réparer leur tissu hôte. Les cellules souches adultes les mieux caractérisées sont les cellules souches hématopoiétiques (HSC), localisées dans la moelle osseuse. Un des buts de mon travail de doctorat était de caractériser plus en profondeur la localisation des HSCs endogènes in vivo. Pour ce faire, la technique "label retaining assay", se basant sur la division peu fréquentes et sur la dormance des cellules souches, a été utilisée. Après un marquage des souris avec du BrdU (analogue à l'ADN) suivi d'une longue période sans BrdU, les cellules ayant incorporés le marquage ("label retaining cells" LCRs) ont pu être identifiées dans la moelle osseuse. Ces cellules LCRs étaient enrichies 300 fois en cellules de phenotype HSC et, en utilisant de la cytofluorométrie, il a pu être montré qu'environ 15% de toutes les HSCs d'une souris restent dormantes durant plusieures semaines. Ces HSCs dormantes à long terme ne sont probablement pas impliquées dans la maintenance de 'hématopoièse. Par contre, on assiste à l'activation rapide de ces HSCs dormantes lors d'une blessure, comme une ablation myéloide. Elles re-entrent alors en cycle cellulaire et sont essentielles pour une génération rapide des cellules progénitrices et matures qui vont remplacer les cellules perdues. De plus, la détection des LCRs, combinée avec l'utilisation du marqueur de HSCs c-kit, peut être utilisée pour la localisation des HSCs dormantes présentes dans la paroi endostéale de la cavité osseuse. De manière surprenante, les LCRs c-kit+ ont surtout étés trouvées isolées en cellule unique, suggérant que le micro-environement spécifique entourant et maintenant les HSCs, appelé niche, pourrait être très réduit et abriter une seule HSC par niche. Rôles complexes du gène supresseur de tumeur Pten dans le système hématopoiétique La phosphatase PTEN disparaît dans certains cancers héréditaires ou sporadiques humains, comme les gliomes, les cancers de l'utérus ou du sein. Pten inhibe la voie de signalisation de la PI3-kinase et joue un rôle clé dans l'apoptose, la croissance, la prolifération et la migration cellulaire. Notre but était d'étudier le rôle de Pten dans les HSC normale et durant la formation de leucémies. Pour ce faire, nous avons généré un modèle murin dans lequel le gène Pten peut être supprimé dans les cellules hématopoiétiques, incluant les HSCs. Ceci a été possible en croissant l'allèle conditionnelle ptenflox soit avec le transgène MxCre inductible par l'interféron α soit avec le transgène Scl-CreERt inductible par le tamoxifen. Ceci permet la conversion de l'allèle ptenflox en l'allèle nul PtenΔ dans les HSCs et les autres types cellulaires hématopoiétiques. Les souris mutantes Pten développent une splénomégalie massive causée par une expansion dramatiques de toutes les cellules myéloides. De manière interessante, alors que le nombre de HSCs dans la moelle osseuse diminue progressivement, le nombre des HSCs dans la rate augmente de manière proportionnelle. Etrangement, les analyses de cycle cellulaire ont montrés que Pten n'avait que peu ou pas d'effet sur la dormance des HSCs ou sur leur autorenouvellement. En revanche, une augmentation massive du niveau de la cytokine de mobilisation G-CSF a été détéctée dans le serum sanguin, suggérant que la suppression de Pten stimulerait la mobilisation et la migration des HSC de la moelle osseuse vers la rate. Finallement, la transplantation de moelle osseuse délétée en Pten dans des souris immuno-déficientes montre que Pten fonctionnerait comme un suppresseur de tumeur dans le système hématopoiétique car son absence entraîne la formation rapide de leucémies lymphocytaires. Summary Identification, localization and activation of dormant hematopoietic stun cells in vivo Somatic stem cells are present in most self-renewing tissues including the skin, the intestinal epithelium and the hematopoietic system. On a single cell basis they have the capacity to produce more stem cells of the same phenotype (self-renewal) and to give rise to a defined set of mature differentiated progeny, responsible for the maintenance or repair of the host tissue. The best characterized adult stem cell is the hematopoietic stem cell (HSC) located in the bone marrow. One goal of my thesis work was to further characterize the location of endogenous HSCs in vivo. To do this, a technique called "label retaining assay» was used which takes advantage of the fact that stem cells (including HSCs) divide very infrequently and can be dormant for months. After labeling mice with the DNA analogue BrdU followed by a long BrdU free "chase", BrdU "label retaining cells" (CRCs) could be identified in the bone marrow. These CRCs were 300-fold enriched for phenotypic HSCs and by using flow cytometry analysis it could be shown that about 15% of all HSCs in the mouse are dormant for many weeks. Our results suggest that these long-term dormant HSCs are unlikely to be involved in homeostatic maintenance. However they are rapidly activated and reenter the cell cycle in response to injury signals such as myeloid ablation. In addition, detection of LRCs in combination with the HSC marker c-Kit could be used to locate engrafted dormant HSCs close to the endosteal lining of the bone marrow cavities. Most surprisingly, c-Kit+LRCs were found predominantly as single cells suggesting that the specific stem cell maintaining microenvironment, called niche, has limited space and may house only single HSCs. Complex roles of the tumor suppressor gene Pten in the hematopoietic system. The phosphatase PTEN is lost in hereditary and sporadic forms of human cancers, including gliomas, endometrial and breast cancers. Pten inhibits the PI3-kina.se pathway and plays a key role in apoptosis, cell growth, proliferation and migration. Our aim was to study the role of Pten in normal HSCs and during leukemia formation. To do this, we generated a mouse model in which the Pten gene can be deleted in hematopoietic cells including HSCs. This was achieved by crossing the conditional ptenflox allele with either the interferona inducible MxCre or the tamoxifen inducible Scl-CreERT transgene. This allowed the conversion of the ptenflox allele into a pterr' null allele in HSCs and other hematopoietic cell types. As a result Pten mutant mice developed massive splenomegaly due to a dramatic expansion of all myeloid cells. Interestingly, while the number of bone marrow HSCs progressively decreased, the number of HSCs in the spleen increased to a similar extent. Unexpectedly, extensive cell cycle analysis showed that Pten had little or no effect on HSC dormancy or HSC self-renewal. Instead, dramatically increased levels of the mobilizing cytokine G-CSF were detected in the blood serum suggesting that loss-of Pten stimulates mobilization and migration of HSC from the BM to the spleen. Finally, transplantation of Pten deficient BM cells into immuno-compromised mice showed that Pten can function as a tumor suppressor in the hematopoietic system and that its absence leads to the rapid formation of T cell leukemia.

On the use of reporter bacteria for measuring availability of organic contaminants

Natural environments are constantly challenged by the release of hydrophobic organic contaminants, which represent a threat for both the ecosystem and human health. Despite a substantial degradation by naturally occurring micro-organisms, a non negligible fraction of these pollutants tend to persist in soil and sediments due to their reduced accessibility to microbial degraders. This lack of 'bioavailability' is acknowledged as a key parameter for the natural and stimulated clean-up (bioremediation) of contaminated sites. We developed a bacterial bioreporter that responds to the presence of polyaromatic hydrocarbons (PAHs) by the production of the green fluorescent protein (GFP), based on the PAH-degrading bacterium Burkholderia sartisoli. We showed in this study that the bacterial biosensor B. sartisoli strain RP037 was faithfully reporting the degradation of naphthalene and phenanthrene (two PAHs of low molecular weight) via the production of GFP. What is more, the magnitude of GFP induction was influenced by change in the PAH flux triggered by a variety of physico-chemical parameters, such as the contact surface between the pollutant and the aqueous suspension. Further experiments permitted to test the influence of dissolved organic matter, which is an important component of natural habitats and can interact with organic pollutants. In addition, we tested the influence of two types of biosurfactants (tensio-active agents produced by living organisms) on phenanthrene's degradation by RP037. Interestingly, the surfactant's effects on the biodegradation rate appeared to depend on the type of biosurfactant and probably on the type of bacterial strain. Finally, we tagged B. sartisoli strain RP037 with a constitutively expressed mCherry fluorescent protein. The presence of mCherry allowed us to visualize the bacteria in complex samples even when GFP production was not induced. The new strain RP037-mChe embedded in a gel patch was used to detect PAH fluxes from a point source, such as a non-aqueous liquid or particles of contaminated soil. In parallel, we also developed and tested a so-called multiwell bacterial biosensor platform, which permitted the simultaneous use of four different reporter strains for the detection of major crude oil components (e.g., saturated hydrocarbons, mono- and polyaromatics) in aqueous samples. We specifically constructed the strain B. sartisoli RP007 (pPROBE-phn-luxAB) for the detection of naphthalene and phenanthrene. It was equipped with a reporter plasmid similar to the one in strain RP037, except that the gfp gene was replaced by the genes luxAB, which encoded the bacterial luciferase. The strain was implemented in the biosensor platform and detected an equivalent naphthalene concentration in oil spilled-sea water. We also cloned the gene for the transcriptional activator AlkS and the operator/promoter region of the operon alkSB1GHJ from the alkane-degrader bacterium Alcanivorax borkumensis strain SK2 in order to construct a new bacterial biosensor with higher sensitivity towards long-chain alkanes. However, the resulting strain showed no increased light emission in presence of tetradecane (C14), while it still efficiently reported low concentrations of octane (C8). RÉSUMÉ : Les écosystèmes naturels sont constamment exposés à nombre de contaminants organiques hydrophobes (COHs) d'origine industrielle, agricole ou même naturelle. Les COHs menacent à la fois l'environnement, le bien-être des espèces animales et végétales et la santé humaine, mais ils peuvent être dégradés par des micro-organismes tels que les bactéries et les champignons, qui peuvent être capables des les transformer en produits inoffensifs comme le gaz carbonique et l'eau. La biodégradation des COHs est cependant fréquemment limitée par leur pauvre disponibilité envers les organismes qui les dégradent. Ainsi, bien que la biodégradation opère partiellement, les COHs persistent dans l'environnement à de faibles concentrations qui potentiellement peuvent encore causer des effets toxiques chroniques. Puisque la plupart des COHs peuvent être métabolisés par l'activité microbienne, leur persistance a généralement pour origine des contraintes physico-chimiques plutôt que biologiques. Par exemple, leur solubilité dans l'eau très limitée réduit leur prise par des consommateurs potentiels. De plus, l'adsorption à la matière organique et la séquestration dans les micropores du sol participent à réduire leur disponibilité envers les microbes. Les processus de biodisponibilité, c'est-à-dire les processus qui gouvernent la dissolution et la prise de polluants par les organismes vivants, sont généralement perçus comme des paramètres clés pour la dépollution (bioremédiation) naturelle et stimulée des sites contaminés. Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs) sont un modèle de COH produits par les activités aussi bien humaines que naturelles, et listés comme des contaminants chroniques de l'air, des sols et des sédiments. Ils peuvent être dégradés par un vaste nombre d'espèces bactériennes mais leur taux de biodégradation est souvent limité par les contraintes mentionnées ci-dessus. Afin de comprendre les processus de biodisponibilité pour les cellules bactériennes, nous avons décidé d'utiliser les bactéries elles-mêmes pour détecter et rapporter les flux de COH. Ceci a été réalisé par l'application d'une stratégie de conception visant à produire des bactéries `biocapteurs-rapporteurs', qui littéralement s'allument lorsqu'elles détectent un composé cible pour lequel elles ont été conçues. En premier lieu, nous nous sommes concentrés sur Burkholderia sartisoli (souche RP007), une bactérie isolée du sol et consommatrice de HAP .Cette souche a servi de base à la construction d'un circuit génétique permettant la formation de la protéine autofluorescente GFP dès que les cellules détectent le naphtalène ou le phénanthrène, deux HAP de faible masse moléculaire. En effet, nous avons pu montrer que la bactérie obtenue, la souche RP037 de B. sartisoli, produit une fluorescence GFP grandissante lors d'une exposition en culture liquide à du phénanthrène sous forme cristalline (0.5 mg par ml de milieu de culture). Nous avons découvert que pour une induction optimale il était nécessaire de fournir aux cellules une source additionnelle de carbone sous la forme d'acétate, ou sinon seul un nombre limité de cellules deviennent induites. Malgré cela, le phénanthrène a induit une réponse très hétérogène au sein de la population de cellules, avec quelques cellules pauvrement induites tandis que d'autres l'étaient très fortement. La raison de cette hétérogénéité extrême, même dans des cultures liquides mélangées, reste pour le moment incertaine. Plus important, nous avons pu montrer que l'amplitude de l'induction de GFP dépendait de paramètres physiques affectant le flux de phénanthrène aux cellules, tels que : la surface de contact entre le phénanthrène solide et la phase aqueuse ; l'ajout de surfactant ; le scellement de phénanthrène à l'intérieur de billes de polymères (Model Polymer Release System) ; la dissolution du phénanthrène dans un fluide gras immiscible à l'eau. Nous en avons conclu que la souche RP037 détecte convenablement des flux de phénantrène et nous avons proposé une relation entre le transfert de masse de phénanthrène et la production de GFP. Nous avons par la suite utilisé la souche afin d'examiner l'effet de plusieurs paramètres chimiques connus dans la littérature pour influencer la biodisponibilité des HAP. Premièrement, les acides humiques. Quelques rapports font état que la disponibilité des HAP pourrait être augmentée par la présence de matière organique dissoute. Nous avons mesuré l'induction de GFP comme fonction de l'exposition des cellules RP037 au phénanthrène ou au naphtalène en présence ou absence d'acides humiques dans la culture. Nous avons testé des concentrations d'acides humiques de 0.1 et 10 mg/L, tandis que le phénanthrène était ajouté via l'heptamethylnonane (HMN), un liquide non aqueux, ce qui au préalable avait produit le plus haut flux constant de phénanthrène aux cellules. De plus, nous avons utilisé des tests en phase gazeuse avec des concentrations d'acides humiques de 0.1, 10 et 1000 mg/L mais avec du naphtalène. Contrairement à ce que décrit la littérature, nos résultats ont indiqué que dans ces conditions l'expression de GFP en fonction de l'exposition au phénanthrène dans des cultures en croissance de la souche RP037 n'était pas modifiée par la présence d'acides humiques. D'un autre côté, le test en phase gazeuse avec du naphtalène a montré que 1000 mg/L d'acides humiques abaissent légèrement mais significativement la production de GFP dans les cellules de RP037. Nous avons conclu qu'il n'y a pas d'effet général des acides humiques sur la disponibilité des HAP pour les bactéries. Par la suite, nous nous sommes demandé si des biosurfactants modifieraient la disponibilité du phénanthrène pour les bactéries. Les surfactants sont souvent décrits dans la littérature comme des moyens d'accroître la biodisponibilité des COHs. Les surfactants sont des agents tensio-actifs qui augmentent la solubilité apparente de COH en les dissolvant à l'intérieur de micelles. Nous avons ainsi testé si des biosurfactants (des surfactants produits par des organismes vivants) peuvent être utilisé pour augmenter la biodisponibilité du phénanthrène pour la souche B. sartisoli RP037. Premièrement, nous avons tenté d'obtenir des biosurfactants produits par une autre bactérie vivant en co-culture avec les biocapteurs bactériens. Deuxièmement, nous avons utilisé des biosurfactants purifiés. La co-cultivation en présence de la bactérie productrice de lipopeptide Pseudomonas putida souche PCL1445 a augmenté l'expression de GFP induite par le phénanthrène chez B. sartisoli en comparaison des cultures simples, mais cet effet n'était pas significativement différent lorsque la souche RP037 était co-cultivée avec un mutant de P. putida ne produisant pas de lipopeptides. L'ajout de lipopeptides partiellement purifiés dans la culture de RP037 a résulté en une réduction de la tension de surface, mais n'a pas provoqué de changement dans l'expression de GFP. D'un autre côté, l'ajout d'une solution commerciale de rhamnolipides (un autre type de biosurfactants produits par Pseudomonas spp.) a facilité la dégradation du phénanthrène par la souche RP037 et induit une expression de GFP élevée dans une plus grande proportion de cellules. Nous avons ainsi conclu que les effets des biosurfactants sont mesurables à l'aide de la souche biocapteur, mais que ceux-ci sont dépendants du type de surfactant utilisé conjointement avec le phénanthrène. La question suivante que nous avons abordée était si les tests utilisant des biocapteurs peuvent être améliorés de manière à ce que les flux de HAP provenant de matériel contaminé soient détectés. Les tests en milieu liquide avec des échantillons de sol ne fournissant pas de mesures, et sachant que les concentrations de HAP dans l'eau sont en général extrêmement basses, nous avons conçu des tests de diffusion dans lesquels nous pouvons étudier l'induction par les HAPs en fonction de la distance aux cellules. Le biocapteur bactérien B. sartisoli souche RP037 a été marqué avec une seconde protéine fluorescente (mCherry), qui est constitutivement exprimée dans les cellules et leur confère une fluorescence rouge/rose. La souche résultante RP037-mChe témoigne d'une fluorescence rouge constitutive mais n'induit la fluorescence verte qu'en présence de naphtalène ou de phénanthrène. La présence d'un marqueur fluorescent constitutif nous permet de visualiser les biocapteurs bactériens plus facilement parmi des particules de sol. Un test de diffusion a été conçu en préparant un gel fait d'une suspension de cellules mélangées à 0.5 % d'agarose. Des bandes de gel de dimensions 0.5 x 2 cm x 1 mm ont été montées dans des chambres d'incubation et exposées à des sources de HAP (soit dissouts dans du HMN ou en tant que matériel solide, puis appliqués à une extrémité de la bande). En utilisant ce montage expérimental, le naphtalène ou le phénanthrène (dissouts dans du HMN à une concentration de 2.5 µg/µl) ont induit un gradient d'intensité de fluorescence GFP après 24 heures d'incubation, tandis que la fluorescence mCherry demeurait comparable. Un sol contaminé par des HAPs (provenant d'un ancien site de production de gaz) a induit la production de GFP à un niveau comparable à celui du naphtalène. Des biocapteurs bactériens individuels ont également détecté un flux de phénanthrène dans un gel contenant des particules de sol amendées avec 1 et 10 mg/g de phénanthrène. Ceci a montré que le test de diffusion peut être utilisé pour mesurer des flux de HAP provenant de matériel contaminé. D'un autre côté, la sensibilité est encore très basse pour plusieurs sols contaminés, et l'autofluorescence de certains échantillons rend difficile l'identification de la réponse de la GFP chez les cellules. Pour terminer, un des points majeurs de ce travail a été la production et la validation d'une plateforme multi-puits de biocapteurs bactériens, qui a permis l'emploi simultané de plusieurs souches différentes de biocapteurs pour la détection des constituants principaux du pétrole. Pour cela nous avons choisi les alcanes linéaires, les composés mono-aromatiques, les biphényls et les composés poly-aromatiques. De plus, nous avons utilisé un capteur pour la génotoxicité afin de détecter la `toxicité globale' dans des échantillons aqueux. Plusieurs efforts d'ingénierie ont été investis de manière à compléter ce set. En premier lieu, chaque souche a été équipée avec soit gfp, soit luxAB en tant que signal rapporteur. Deuxièmement, puisqu'aucune souche de biocapteur n'était disponible pour les HAP ou pour les alcanes à longues chaînes, nous avons spécifiquement construit deux nouveaux biocapteurs. L'un d'eux est également basé sur B. sartisoli RP007, que nous avons équipé avec le plasmide pPROBE-phn-luxAB pour la détection du naphtalène et du phénanthrène mais avec production de luciférase bactérienne. Un autre est un nouveau biocapteur bactérien pour les alcanes. Bien que nous possédions une souche Escherichia coli DHS α (pGEc74, pJAMA7) détectant les alcanes courts de manière satisfaisante, la présence des alcanes à longues chaînes n'était pas rapportée efficacement. Nous avons cloné le gène de l'activateur transcriptionnel A1kS ainsi que la région opérateur/promoteur de l'opéron alkSB1GHJ chez la bactérie dégradant les alcanes Alcanivorax borkumensis souche SK2, afin de construire un nouveau biocapteur bactérien bénéficiant d'une sensibilité accrue envers les alcanes à longues chaînes. Cependant, la souche résultante E. coli DHSα (pAlk3} n'a pas montré d'émission de lumière augmentée en présence de tétradécane (C14), tandis qu'elle rapportait toujours efficacement de basses concentrations d'octane (C8). De manière surprenante, l'utilisation de A. borkumensis en tant que souche hôte pour le nouveau plasmide rapporteur basé sur la GFP a totalement supprimé la sensibilité pour l'octane, tandis que la détection de tétradécane n'était pas accrue. Cet aspect devra être résolu dans de futurs travaux. Pour calibrer la plateforme de biocapteurs, nous avons simulé une fuite de pétrole en mer dans une bouteille en verre ouverte de 5L contenant 2L d'eau de mer contaminée avec 20 ml (1%) de pétrole brut. La phase aqueuse a été échantillonée à intervalles réguliers après la fuite durant une période allant jusqu'à une semaine tandis que les principaux contaminants pétroliers étaient mesurés via les biocapteurs. L'émission de bioluminescence a été mesurée de manière à déterminer la réponse des biocapteurs et une calibration intégrée faite avec des inducteurs types a servi à calculer des concentrations d'équivalents inducteurs dans l'échantillon. E. coli a été utilisée en tant que souche hôte pour la plupart des spécificités des biocapteurs, à l'exception de la détection du naphtalène et du phénanthrène pour lesquels nous avons utilisé B. sartisoli. Cette souche, cependant, peut être employée plus ou moins selon la même procédure. Il est intéressant de noter que le pétrole répandu a produit une apparition séquentielle de composés dissouts dans la phase aqueuse, ceux-ci .étant détectables par les biocapteurs. Ce profil contenait d'abord les alcanes à courtes chaînes et les BTEX (c'est-à dire benzène, toluène, éthylbenzène et xylènes), apparaissant entre des minutes et des heures après que le pétrole a été versé. Leurs concentrations aqueuses ont par la suite fortement décru dans l'eau échantillonnée après 24 heures, à cause de la volatilisation ou de la biodégradation. Après quelques jours d'incubation, ces composés sont devenus indétectables. Les HAPs, en revanche, sont apparus plus tard que les alcanes et les BTEX, et leur concentration a augmenté de pair avec un temps d'incubation prolongé. Aucun signal significatif n'a été mis en évidence avec le biocapteur pour le biphényl ou pour la génotoxicité. Ceci démontre l'utilité de ces biocapteurs, spécifiquement pour la détection des composés pétroliers, comprenant les alcanes à courtes chaînes, les BTEX et les HAPs légers.

Les passions de l'agir juste. Fondements, figures, épreuves

L'éthique, en particulier dans sa version théologique, est exposée aujourd'hui à des mises à l'épreuve redoutables. Sans cesse solicitée par le public et les médias, elle engage une intelligence de la foi, une capacité analytique, une mobilisation de la raison et une implication des émotions. Le présent ouvrage entend conjoindre trois exigences: théorique, figurative et pratique. L'exigence théorique reprend à nouveaux frais la question des fondements de l'éthique, à l'interface de la rationalité, de la foi et de la théologie. L'exigence figurative, non sans rapport avec la démarche généalogique, précise les enjeux du dialogue que le théologien mène avec différentes formes de réflexion philosophique. L'exigence pratique, enfin, renoue les fils, jamais perdus de vue, avec l'expérience et l'existence des humains et des sociétés, sur la base de plusieurs cas exemplaires d'éthique appliquée: statut de l'embryon, compréhension de la maladie et de la santé, définition de la mort, transplantation d'organes, engagement social, toxicomanie, etc.

Avaluació Ambiental/ L'évaluation environnementale

L'objectiu d’aquesta fitxa tècnica és la difusió de la metodologia Anàlisi de Cicle de Vida, ACV, com a mètode per avaluar ambientalment l’agricultura ecològica, detectar els punts febles i aportar alternatives. Els estudis d’ACV utilitzen la metodologia proposada per les normatives ISO (ISO-14040, 2006; ISO-14044, 2006). Els estudis previs que l’han aplicat avalen la metodologia, mostrant que l’eina ACV reuneix les característiques d’objectivitat i transparència per a l’estudi de l’impacte ambiental de la producció agrària ecològica. Existeixen, però, aspectes metodològics poc desenvolupats que requeriran de futura recerca i que resumim en aquesta fitxa. Aspectes principalment relacionats amb la necessitat de bases de dades locals per una correcta realització dels inventaris i consens en les metodologies per anàlisis d’impactes relacionats principalment amb l’ús del sòl, biodiversitat i toxicitat.

New insights into the regulatory mechanisms of the NALP3 inflammasome

Résumé : Les vertébrés ont recours au système immunitaire inné et adaptatif pour combattre les pathogènes. La découverte des récepteurs Toll, il y a dix ans, a fortement augmenté l'intérêt porté à l'immunité innée. Depuis lors, des récepteurs intracellulaires tels que les membres de la famille RIG-like helicase (RLHs) et NOD-like receptor (NLRs) ont été décrits pour leur rôle dans la détection des pathogènes. L'interleukine-1 beta (IL-1β) est une cytokine pro-inflammatoire qui est synthétisée sous forme de précurseur, la proIL-1β. La proIL-1β requiert d'être clivée par la caspase-1 pour devenir active. La caspase-1 est elle-même activée par un complexe appelé inflammasome qui peut être formé par divers membres de la famille NLR. Plusieurs inflammasomes ont été décrits tels que le NALP3 inflammasome ou l'IPAF inflammasome. Dans cette étude nous avons identifié la co-chaperone SGT1 et la chaperone HSP90 comme partenaires d'interaction de NALP3. Ces deux protéines sont bien connues chez les plantes pour leurs rôles dans la régulation des gènes de résistance (gène R) qui sont structurellement apparentés à la famille NLR. Nous avons pu montrer que SGT1 et HSP90 jouent un rôle similaire dans la régulation de NALP3 et des protéines R. En effet, nous avons démontré que les deux protéines sont nécessaires pour l'activité du NALP3 inflammasome. De plus, la HSP90 est également requise pour la stabilité de NALP3. En se basant sur ces observations, nous avons proposé un modèle dans lequel SGT1 et HSP90 maintiennent NALP3 inactif mais prêt à percevoir un ligand activateur qui initierait la cascade inflammatoire. Nous avons également montré une interaction entre SGT1 et HSP90 avec plusieurs NLRs. Cette observation suggère qu'un mécanisme similaire pourrait être impliqué dans la régulation des membres de la famille des NLRs. Ces dernières années, plusieurs PAMPs mais également des DAMPs ont été identifiés comme activateurs du NALP3 inflammasome. Dans la seconde partie de cette étude, nous avons identifié la réponse au stress du réticulum endoplasmique (RE) comme nouvel activateur du NALP3 inflammasome. Cette réponse est initiée lors de l'accumulation dans le réticulum endoplasmique de protéines ayant une mauvaise conformation ce qui conduit, en autre, à l'arrêt de la synthèse de nouvelles protéines ainsi qu'une augmentation de la dégradation des protéines. Les mécanismes par lesquels la réponse du réticulum endoplasmique induit l'activation du NALP3 inflammasome doivent encore être déterminés. Summary : Vertebrates rely on the adaptive and the innate immune systems to fight pathogens. Awarness of the importance of the innate system increased with the identification of Toll-like receptors a decade ago. Since then, intracellular receptors such as the RIG-like helicase (RLH) and the NOD-like receptor (NLR) families have been described for their role in the recognition of microbes. Interleukin- 1ß (IL-1ß) is a key mediator of inflammation. This proinflammatory cytokine is synthesised as an inactive precursor that requires processing by caspase-1 to become active. Caspase-1 is, itself, activated in a complex termed the inflammasome that can be formed by members of the NLR family. Various inflammasome complexes have been described such as the IPAF and the NALP3 inflammasome. In this study, we have identified the co-chaperone SGT1 and the chaperone HSP90 as interacting partners of NALP3. SGT1 and HSP90 are both known for their role in the activity of plant resistance proteins (R proteins) which are structurally related to the NLR family. We have shown that HSP90 and SGT1 play a similar role in the regulation of NALP3 and in the regulation of plant R proteins. Indeed, we demonstrated that both HSP90 and SGT1 are essential for the activity of the NALP3 inflammasome complex. In addition, HSP90 is required for the stability of NALP3. Based on these observations, we have proposed a model in which SGT1 and HSP90 maintain NALP3 in an inactive but signaling-competent state, ready to receive an activating ligand that induces the inflammatory cascade. An interaction between several NLR members, SGTI and HSP90 was also shown, suggesting that similar mechanisms could be involved in the regulation of other NLRs. Several pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) but also danger associated molecular patterns (DAMPs) have been identified as NALP3 activators. In the second part of this study, we have identified the ER stress response as a new NALP3 activator. The ER stress response is activated upon the accumulation of unfolded protein in the endoplasmic reticulum and results in a block in protein synthesis and increased protein degradation. The mechanisms of ER stress-mediated NALP3 activation remain to be determined.

Comparison of a multiplexed bead-based assay with an immunofluorescence and an enzyme-immuno assay for the assessment of Epstein-Barr virus serologic status

Dans cette étude, nous avons testé la performance diagnostique d'une nouvelle technique d'analyse multiplexée qui permet la détection d'anticorps de différentes spécificités dans la même réaction. En l'absence de gold standard, nous avons choisi de comparer la performance diagnostique de l'analyse avec deux méthodes de référance que sont l'IF et EIA, et avec un consensus déterminé selon une règle de majorité entre les trois méthodes.¦393 sérums analysés par IF, conservés par congélation, ont été décongelés pour être analysés par EIA et BBA. Pour chaque sérum, les anticorps recherchés ont été les anti-VCA (Viral Capsid Antigen) IgM, anti-VCA IgG et anti-EBNA (Epstein-Barr Nuclear Associated) IgG. Les échantillons ont été classés en cinq groupes selon les résultats de l'IF : séronégatifs, infections aiguës, infections anciennes et deux types d'indéterminés.¦Pour chaque méthode, le résultat numérique (index ou titre) des analyses est converti en termes de positif, négatif ou douteux. Pour le résultat de chaque type d'anticorps, un consensus est établi selon une règle de majorité entre les trois méthodes, permettant une interprétation du stade de l'infection. Puis l'interprétation de chacune des méthodes a été comparée au consensus. Nous avons également comparé les trois méthodes les unes aux autres concernant la détection des anticorps.¦Globalement, nous observons une bonne corrélation qualitative entre les trois approches pour détecter les anti-VCA IgG et IgM. Pour pour les anti-EBNA IgG, il y a une divergence notable entre l'IF et les deux autres méthodes, l'IF apparaissant moins sensible que les autres méthodes, résultant en un nombre accru d'interprétations indéterminées du stade de l'infection.¦L'origine de cette divergence ne peut être due à une perte d'anticorps liée au stockage de longue durée des échantillons. En effet, EIA et BBA restent plus sensibles que IF, dont l'analyse a été faite sur des sérums frais.¦Cette divergence ne semble pas non plus être due aux différents antigènes utilisés par les trois méthodes. EIA et BBA utilisent le même antigène recombinant EBNA-1, alors que l'IF utilise des "cellules lymphoïdes choisies pour leur production sélective d'antigènes EBNA". Ces cellules sont probablement des cellules infectées par EBV qui devraient exprimer plus d'antigènes de latence que seul EBNA-1. Cette différence devrait donc plutôt en principe résulter en une meilleure sensibilité de l'IF par rapport aux deux autres méthodes.¦Les anti-EBNA IgG peuvent disparaître chez les patients immunocompromis chez qui se produit une réactivation d'EBV. Nous avons donc recherché le status immunitaire des patients du groupe dont les sérums étaient négatifs pour anti-EBNA IgG en IF et positifs par les autres méthodes: seulement 28 des 70 patients étaient immunocompromis.¦Par conséquent, il est probable que dans la majorité de ces résultats discordants, les anticorps anti-EBNA IgG détectés par BBA et EIA sont de vrais positifs non décelés par l'IF.¦En conclusion, BBA est meilleur que la méthode de référance qu'est l'IF, et est égal à EIA en ce qui concerne la performance diagnostique. En outre, ces deux nouvelles méthodes offrent une économie de temps en raison de manipulations moindres, et ne requièrent aucune formation en microscopie à fluorescence. Elles sont également plus économes en échantillons que IF. BBA a l'avantage de n'avoir besoin que de deux analyses pour donner un diagnostique, alors que IF et EIA ont en besoin d'une par anticorps. Enfin, BBA dispose de contrôles internes permettant de reconnaître les liaisons non antigène-spécifiques des anticorps. Par contre, BBA nécessite l'achat d'un lecteur par cytométrie de flux assez coûteux.

Détecter et reconnaître

La détection des traces pertinentes, pas toujours visibles, est le défi auquel le scientifique qui examine un champ d'investigation est systématiquement confronté : il cherche parfois des quantités infimes de matière qui dessinent des crêtes papillaires ou qui lui permettront d'extraire un profil d'ADN. Il cible ses recherches lorsque sur le lieu d'un incendie, l'odeur peut le diriger vers les restes d'un produit inflammable, lorsqu'il extrait des traces numériques pertinentes de gigantesques quantités d'informations ou lorsqu'il teste spécifiquement si une personne a consommé un produit. Le projet d'augmenter simultanément la capacité de détecter la présence de traces latentes et de reconnaître ce qui peut le mieux expliquer une présence ou une action combine nécessairement à la fois le développement de nouvelles techniques et leur intégration dans une approche globale du champ d'investigation dont les fondements sont encore à consolider.

Study of conformational changes of ASIC1a by voltage-clamp fluorometry

Le fonctionnement du système nerveux est sensible aux variations de la concentration d'acide. Une acidification des tissus peut se produire pendant une activité neuronale intense ou dans des situations physiopathologiques telles que l'inflammation ou les lésions cérébrales. Les canaux ioniques sensibles à l'acide (ASIC) sont activés par acidification et jouent un rôle important dans la détection des changements d'acide. Les ASICs contribuent à la dégénérescence neuronale après une lésion cérébrale, puisque leur inhibition limite la lésion neuronale. L'acidification induite par une inflammation du tissu nerveux conduit à des stimuli de douleur, qui sont détectés par ces canaux. En effet, les toxines qui bloquent spécifiquement les ASICs montrent des effets analgésiques dans des modèles animaux. La structure 3D d'ASIC peut être comparée à une main qui tient une boule entre son pouce et le doigt. Les différents domaines d'ASIC sont appelés doigt, pouce, jointure, boule-ß et paume. Les domaines transmembranaires représentent le poignet de cette main. Mon projet de thèse vise à décrire les mouvements survenant sur ce canal pendant son activité. A cet effet, j'ai utilisé une technique combinée qui permet la mesure des mouvements en temps réel durant l'activité du canal. J'ai montré les réarrangements des domaines extracellulaires pendant l'activité ASIC. Ces mouvements sont transmis au pore du canal, ou ils contrôlent sa fermeture et ouverture. La direction de ces mouvements a été évaluée pour les domaines doigt et jointure, et nous avons montré qu'ils s'éloignent de la boule-ß lors de l'acidification. J'ai également été en mesure de décrire les mouvements qui se produisent dans la poche acidique, une zone qui est considérée comme importante, car elle représente le site de liaison de certaines toxines de venin qui agissent sur les ASICs. J'ai ainsi pu montrer que les domaines doigt et le pouce qui forment la poche acidique se rapprochent l'un de l'autre pendant l'activation du canal. Ces résultats sont en accord avec des observations précédentes réalisées sur les ASICs par d'autres chercheurs. Enfin, cette analyse approfondie permet d'améliorer les connaissances sur le contrôle de l'activité ASIC; de plus, les mécanismes trouvés ici sont probablement partagés entre les canaux de la famille à laquelle appartiennent les ASICs. -- Les acid-sensing ion channels (ASICs) sont des canaux sodiques ouverts par les protons et principalement exprimés dans le système nerveux. Ils sont impliqués dans la détection des protons dans de nombreux états physiologiques et pathologiques comme l'ischémie et la perception de la douleur. La structure cristalline de l'isoforme ASIC1 de poulet a été déterminée dans l'état désensibilisé et ouvert. Les études fonctionnelles indiquent que la protonation des résidus clés dans la boucle extracellulaire déclenche des changements de conformation conduisant à l'ouverture du canal. Cependant, les mécanismes moléculaires qui relient la protonation à l'ouverture et la fermeture du canal n'ont pas encore été clarifiés. Dans cette étude, nous avons utilisé la voltage-clamp fluorimétrie (VCF) pour révéler les mouvements de l'activité associée qui se produisent dans les différents domaines de l'ASICla. Les fluorophores positionnés dans le pouce, la paume, le doigt, l'articulation et dans les domaines de l'entrée du pore extracellulaire ont montré des signaux de VCF liés à des changements de conformation au cours de l'activité du canal. La synchronisation des changements de fluorescence indique une séquence complexe de mouvements en fonction du pH. La cinétique de la fluorescence et des signaux de courant ont été comparés les uns aux autres afin de déterminer si le mouvement détecté par le signal de fluorescence correspond à une transition fonctionnelle définie du canal. Certains des résidus testés se sont révélés être étroitement liés à la désensibilisation du canal ou au rétablissement après la désensibilisation. En outre, nous avons trouvé qu'un tryptophane endogène de la boule-ß diminue le signal de fluorescence des sondes positionnées dans les domaines doigt et jointure. L'augmentation observée de ces signaux indique que ces domaines s'éloignent à une distance à partir de la boucle de la boule-ß. Sur la base de ce principe, nous avons généré des paires Trp-Cys « quencher», dans lequel le Cys est utilisé comme site d'ancrage pour attacher le fluorophore. Ensuite, nous avons évalué les changements de conformation qui se produisent au niveau de la poche acide, une zone importante pour la fonction et la régulation d'ASIC. Les signaux de fluorescence indiquent un mouvement de l'hélice supérieure du pouce vers le doigt et une rotation de la boule-ß dans le sens horaire. L'analyse de la cinétique indique que les mouvements des sous-domaines qui composent la poche acide se produisent pendant la désensibilisation du canal. Mon projet de doctorat représente la première analyse approfondie des changements conformationnels dépendants de l'activité des ASICs et fournit des informations sur les mécanismes de contrôle de l'activité du canal qui sont probablement partagés avec d'autres canaux proches.

Oximetry alone versus portable polygraphy for sleep apnea screening before bariatric surger

Rapport de SynthèseIntroductionLa recherche des apnées du sommeil est recommandée dans la prise en charge préopératoire des patients obèses chez qui une chirurgie bariatrique est envisagée. Toutefois le type d'examen nécessaire pour la détection des apnées dans cette population reste encore discuté. L'objectif de cette étude était de comparer la sensibilité de l'oxymétrie par rapport à la polygraphie lors du screening préopératoire de l'apnée obstructive du sommeil.MéthodeNous avons analysé rétrospectivement les données d'enregistrement de la polygraphie (moniteur portable de type III) et de l'oxymétrie de 68 patients consécutifs adressés au Centre du sommeil dans le cadre de leur bilan avant chirurgie bariatrique.Nous avons comparé la sensibilité de l'index de désaturation 3% ou 4% (à partir de l'oxymétrie seule) avec l'index d'apnée-hypopnée (à partir de la polygraphie) pour diagnostiquer l'apnée obstructive du sommeil. Les patients ont été réparti en 3 groupes selon la sévérité de leur atteinte: normale (< 10 événements/heure), faible à moyenne (10-30 événements/heure), sévère (>30 événements/heure).RésultatsSi l'on considère l'index d'apnée-hypopnée (polygraphie), la prévalence de l'apnée obstructive du sommeil avec un index d'apnée-hypopnée supérieur à 10 événements par heure était de 57,4% : 16,2% des patients étaient classés comme sévèrement atteints, 41,2% comme faiblement à moyennement atteints et 42.6% comme normaux.Si l'on considère l'index de désaturation 3%, 22,1% des patients étaient classés commes sévères , 47,1% comme faiblement à moyennement atteints et 30,9% comme normaux.Avec un index de désaturation de 4%, 17,6% étaient classés comme sévères, 32,4 % comme faiblement à moyennement atteints et 50% comme normaux.En comparant l'index de désaturation 3% à l'index d'apnée-hypopnée (>10 événements/heure), nous avons obtenu une valeur prédictive négative de 95% pour exclure une apnée obstructive du sommeil et une sensibilité de 100% dans la détection des cas sévères d'apnées obstructives du sommeil (index apnée-hypopnée >30 événements/heure). Le coefficient de concordance entre l'index d'apnée-hypopnée et l'index de désaturation 3% était de 0,759 alors qu'il était de 0,856 entre l'index d'apnée-hypopnée et l'index de désaturation de 4%.