Stable isotope probing analysis of the influence of liming on root exudate utilization by soil microorganisms

Rhizosphere microorganisms play an important role in soil carbon flow, through turnover of root exudates, but there is little information on which organisms are actively involved or on the influence of environmental conditions on active communities. In this study, a (CO2)-C-13 pulse labelling field experiment was performed in an upland grassland soil, followed by RNA-stable isotope probing (SIP) analysis, to determine the effect of liming on the structure of the rhizosphere microbial community metabolizing root exudates. The lower limit of detection for SIP was determined in soil samples inoculated with a range of concentrations of C-13-labelled Pseudomonas fluorescens and was found to lie between 10(5) and 10(6) cells per gram of soil. The technique was capable of detecting microbial communities actively assimilating root exudates derived from recent photo-assimilate in the field. Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) profiles of bacteria, archaea and fungi derived from fractions obtained from caesium trifluoroacetate (CsTFA) density gradient ultracentrifugation indicated that active communities in limed soils were more complex than those in unlimed soils and were more active in utilization of recently exuded C-13 compounds. In limed soils, the majority of the community detected by standard RNA-DGGE analysis appeared to be utilizing root exudates. In unlimed soils, DGGE profiles from C-12 and C-13 RNA fractions differed, suggesting that a proportion of the active community was utilizing other sources of organic carbon. These differences may reflect differences in the amount of root exudation under the different conditions.

Tracking the Fate of Microbially Sequestered Carbon Dioxide in Soil Organic Matter

The microbial contribution to soil organic matter (SOM) has recently been shown to be much larger than previously thought and thus its role in carbon sequestration may also be underestimated. In this study we employ C-13 ((CO2)-C-13) to assess the potential CO2 sequestration capacity of soil chemoautotrophic bacteria and combine nuclear magnetic resonance (NMR) with stable isotope probing (SIP), techniques that independently make use of the isotopic enrichment of soil microbial biomass. In this way molecular information generated from NMR is linked with identification of microbes responsible for carbon capture. A mathematical model is developed to determine real-time CO2 flux so that net sequestration can be calculated. Twenty-eight groups of bacteria showing close homologies with existing species were identified. Surprisingly, Ralstonia eutropha was the dominant group. Through NMR we observed the formation of lipids, carbohydrates, and proteins produced directly from CO2 utilized by microbial biomass. The component of SOM directly associated with CO2 capture was calculated at 2.86 mg C (89.21 mg kg(-1)) after 48 h. This approach can,differentiate between SOM derived through microbial uptake of CO2 and other SOM constituents and represents a first step in tracking the fate and dynamics of microbial biomass in soil.

Nutritional Status of older patients attending Cork University Dental School and Hospital

Objectives: This study aimed to gather data on the nutritional status of older patients attending Cork University Dental School and Hospital for treatment in the Restorative Department. Information was also collected about the medical status of the patients including the prevalence of self-reported xerostomia.
Methods: Data was collected by a self-completion questionnaire followed by a brief clinical examination. Nutritional Status was measured using the short version of the Mini Nutritional Assessment (MNA) which recorded patients’ Body Mass Index (BMI). The MNA consists of 6 parameters (including questions relating to patients’ history and anthropometric data) with a maximum total of 14 points. Scores of 12-14 indicate “normal nutritional status” whilst those between 8 and 11 indicate a patient “at risk of malnutrition”. Scores lower than 8 are an indication a patient who is “malnourished”. All patients attending Cork University Dental School and Hospital aged 65 years and older were invited to participate in the study.

Results: A total of 22 subjects participated in this study. Twelve patients were partially dentate with 10 edentulous. The results from the MNA indicate that 11 patients were of “normal nutritional status” with 11 patients identified as being “at risk of malnutrition”. None of the subjects were “malnourished”. Edentate patients generally recorded lower MNA scores than partially dentate patients. In total, 9 patients reported experiencing xerostomia with 8 indicating that they needed to sip liquids to aid swallowing but only 3 had difficulty swallowing food.

Conclusion: This small study indicates that a number of the older patients attending Cork University Dental School and Hospital for dental care may be “at risk of malnutrition”. These findings suggest that nutritional advice and dental care should both be included in an overall package of care for older patients.

Forensic analysis of wooden safety matches - A case study

In this case, an individual was suspected of attempting to burn materials potentially relating to a murder case. A number of spent and unspent matches were seized at the scene by police for forensic examination. Coincidentally, a police raid at the suspect's house revealed a number of matchboxes, all of the same brand, containing matches that had a visual similarity to those recovered at the scene. Stable Isotope Profiling (SIP) was used to assess whether matches could either be distinguished or shown to be indistinguishable by 13C and 2H isotopic composition. These results were then compared to those from the X-ray diffraction (XRD) analysis of match heads and microscopy of the wood. SIP showed the scene matches and seized matches to be different, which was confirmed by XRD and microscopy analyses.

A frequency-domain receiver for asynchronous systems employing CP-assisted DS-CDMA schemes

In this paper we consider the uplink transmission within CP-assisted (Cyclic Pre¯x) DS-CDMA (Direct Sequence Code Division Multiple Access) systems and we present a frequency-domain MUD (MultiUser Detection) receiver with iterative estimation and compensation of residual frequency errors. The proposed receiver is suitable for broadband wireless systems, with performances that can be close to the single-user MFB (Matched Filter Bound), even for fully loaded systems and/or in the presence of strong interfering signals. The receiver is powerful enough for typical asynchronous scenarios, requiring only a coarse synchronization between users.

Joint turbo equalization and cancelation of nonlinear distortion effects in MC-CDMA signals

In this paper, we consider low-PMEPR (Peak-to-Mean Envelope Power Ratio) MC-CDMA (Multicarrier Coded Division Multiple Access) schemes. We develop frequencydomain turbo equalizers combined with an iterative estimation and cancellation of nonlinear distortion effects. Our receivers have relatively low complexity, since they allow FFT-based (Fast Fourier Transform) implementations. The proposed turbo receivers allow significant performance improvements at low and moderate SNR (Signal-to-Noise Ratio), even when a low-PMEPR MC-CDMA transmission is intended.

Sistemas de informação ao público nos transportes públicos de passageiros: análise crítica

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia na Área de especialização em Vias de Comunicação e Transportes

Análise de Desempenho e Recomendação para Soluções IVR

Mestrado em Engenharia Informática, Área de Especialização em Tecnologias do Conhecimento e da Decisão

Calibração de Roscados

Na presente dissertação é proposto o desenvolvimento de um novo sistema de calibração de roscados de exteriores através de visão computacional. A calibração de roscados de exterior consiste na obtenção do diâmetro efectivo, do diâmetro exterior e do passo, e no cálculo da incerteza expandida correspondente. Actualmente, a calibração é efectuada com o auxílio de máquinas universais (SIP), na qual o diâmetro efectivo é obtido através de um modelo matemático, pois não se consegue obtê-lo directamente. O sistema de calibração por visão computacional tem como objectivo obter-se o diâmetro efectivo directamente, assim como as restantes características. A vantagem deste novo sistema será para roscados com dimensões inferiores a 2 mm, que não se conseguem medir utilizando a SIP. A desvantagem é referente a diâmetros superiores a 2 mm, devido à resolução obtida com a câmara utilizada. Este sistema foi validado por comparação com a calibração utilizando como equipamento calibrador a SIP. Ao longo da dissertação irão ser explicados todos os passos dados para a calibração de roscados de exterior.

Desenvolvimento de sistemas de medição interferométrica para a calibração de distanciómetros

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Mestrado Integrado em Engenharia Mecânica

Differentiation of morphology and reproductive traits in the house finch (Carpodacus mexicanus): a comparison between native and introduced populations

House Finches (CarpQdacqs mexiCAnuS) were introduced to Long Island, New York from southern'California in 1940. Apparently, an initial sample of less than 100 birds has given rise to a population that now occupies much of the eastern United States. This study was to determine if morphological and reproductive changes have taken place in introduced eastern birds, which have colonized a novel environment. A study area in Goleta, California (CAL) represented the parental population whereas for comparison, House Finches in St. Catharines, Ontario (ONT) represented the introduced population. Interlocality variation in 25 morphometric characters of 100 adult House Finches was examined statistically. Singleclassification analysis of variance revealed significant interlocality differentiation in seven characters of males and nine of females. Females showed differentiation in more limb elements than males. Analysis of character variation using discriminant and principal component analysis distinguished samples on the basis of variation in shape. Compared to CAL, aNT birds (especially females) had smaller extremities relative to certain core parts and weight. Females showed similar patterns of character covariation in each locality on the second principal component, which suggests that differentiation of the ONT population may not be solely environmentally induced. Sexual dimorphism was evident in four charaoters in aNT and five in CAL. Disoriminant analysis distinguished sex on the basis of variation in shape. Males possessed a relatively larger flying apparatus and small.er hind limbs than females. The dearee of sexual dimorphism did not vary sicnifioantly between looalities. 3 Data on reproduotive parameters were oolleoted in 1983 and 1984 in ONT, and 1984 in CAL. In 1984, Bouse Finohes began breedina approximately three months earlier in CAL than in ONT. In ONT, there was no sianifioant differenoe in mean olutoh initiation date between 1983 and 1984. In both looalities most nests oontained either four or five ea",s, and olutoh size differenoes between looalites were not signifioant. Seasonal deolines in olutch size were evident in ONT but not in CAL. Intralooality variation in e.g weight and size was not related to clutch size. E",g weiaht showed no seasonal trend in ONT, but inoreased sianifioantly with breed ina season in OAL. In both looalities e8'''' weiaht increased sipifioantly with order of layina in olutohes of four but not in clutohes of five. Eag's in ONT in 1983 and 1984 were sip.ificantly larser than in CAL in 1984. The modal inoubation period was 13 days and did not vary sip.ifioantly between localites. In both looalities nestling weiaht on the day of hatohing was oorrelated to fresh ega welaht. For muoh of the period between hatohing and 14 days post-hatoh, ONT nestlinas were signifioantly laraer than CAL nestlings in terms of weiaht. bill length, bill depth, and manus length.

Comparaison entre deux stratégies transfusionnellles en postopératoire de chirurgie cardiaque pédiatrique

L’anémie est fréquente chez les patients pédiatriques en postopératoire de chirurgie cardiaque. Malgré le nombre important de patients transfusés, le taux d’hémoglobine (Hb) pour lequel les bénéfices surpassent les risques est inconnu chez ces patients. Récemment, Lacroix et al. ont démontré qu’une stratégie transfusionnelle restrictive n’était pas inférieure à une stratégie libérale en ce qui concerne le développement ou la progression du syndrome de défaillance multiviscérale (SDMV) et la mortalité chez les patients de soins intensifs pédiatriques (SIP).Devant le manque d’évidence, une analyse de sous-groupes des patients en postopératoire de chirurgie cardiaque de l’étude Transfusion Requirements in Pediatric Intensive Care (TRIPICU) a été réalisée. L’objectif de cette étude était de déterminer l’impact d’une stratégie transfusionnelle restrictive comparée à une stratégie libérale sur l’acquisition ou l’aggravation du syndrome de défaillance multiviscérale (SDMV) chez les enfants en postopératoire de chirurgie cardiaque. Cette étude n’a pas démontré de différences statistiquement, ni cliniquement significatives du nombre de patients ayant acquis ou aggravés un SDMV, ni des issues secondaires entre les stratégies transfusionnelles restrictive et libérale. L’analyse de sous-groupes permet de générer une hypothèse de recherche et les résultats devraient être confirmés par un essai randomisé contrôlé.

Les déficits cognitifs peuvent-ils aider à distinguer un trouble psychotique avec toxicomanie d’une psychose induite par consommation de méthamphétamines?

Introduction – Dissocié un trouble psychiatrique primaire (TPP) concomitant à un problème d’abus de substances d’une psychose induite par consommation de substance (PICS) peut être une tâche difficile puisque plusieurs symptômes sont similaires. La dichotomie entre les symptômes négatifs et les symptômes positifs de la schizophrénie a été suggéré comme étant un indicateur puisque les symptômes négatifs ne sont pas caractéristiques d’un double diagnostic (Potvin, Sepehry, & Stip, 2006). Objectif – Cette étude explore la possibilité de distinguer des sous-groupes au sein de notre échantillon en utilisant le fonctionnement cognitif en vue d’identifier des facteurs qui permettraient un meilleur défférentiel entre un TPP concomitant à un problème d’abus de substance d’une psychose induite par consommation de méthamphétamines (MA). L’hypothèse stipule que les individus avec un TPP présenteraient des déficits cognitifs différents comparativement aux individus avec une PICS. Méthode – Les données utilisés font parties d’une étude longitudinale qui s’est déroulée à Vancouver, CB, Canada. 172 utilsateurs de MA et présentant une psychose ont été recruté. L’utilisation de substances, la sévérité des symptômes et des déficits cognitifs ont été évalué. Résultats – Des analyses par regroupement ont révélé deux profiles: les individus du Groupe 1 ont une performance inférieure au score total du Gambling task (M=-28,1) ainsi qu’un pourcentage de rétention inférieur au Hopkins Verbal Learning Test – Revised (HVLT- R; M=63) comparativement à ceux du Groupe 2. Les individus du Groupe 1 ont plus de symptômes négatifs, t=2,29, p<0.05 et ont plus tendance à avoir reçu un diagnostic psychiatrique, X2(3) = 16.26, p< 0.001. Conclusion – Les résultats suggèrent que des facteurs cognitifs pourraient aider à identifier un TPP concomitant à l’abus de MA.

Pandémie H1N1 : comparaison Canada-France des enfants hospitalisés en Soins Intensifs Pédiatriques Étude épidémiologique descriptive à partir de 2 cohortes nationales

Rationnel : La pandémie de grippe A(H1N1)pdm09 a induit un grand nombre d’hospitalisation d’enfants en soins intensifs pédiatriques (SIP). L’objectif de cette étude a été de comparer l’incidence et la mortalité des enfants admis en SIP durant l’automne 2009 entre le Canada et la France, deux pays qui diffèrent essentiellement par l’immunisation de la population contre ce virus (première vague en été et taux de couverture vaccinale supérieur à 50% au Canada ; pas de vague estivale et couverture vaccinale de 18% en France). Méthodes : Nous avons comparé deux cohortes nationales qui ont inclue tous les patients avec une infection A(H1N1)pdm09 documentée, admis en SIP au Canada et en France entre le 1er Octobre 2009 et le 31 janvier 2010. Résultats : Au Canada, 160 enfants (incidence=2,63/100000 enfants) en 6 semaines ont été hospitalisés en SIP comparé aux 125 enfants (incidence=1,15/100000 enfants) en 11 semaines en France (p<0,001). Le taux de vaccination avant l’admission était inférieur à 25% parmi les enfants en situation critique dans les deux pays. La gravité à l’admission en SIP et le taux de mortalité ont été similaires au Canada et en France (4,4% en France vs 6,5% au Canada, p=0,45, respectivement). Au Canada, la vaccination contre le virus H1N1pdm09 a été associée avec une diminution du recours à la ventilation invasive (Odd Ratio 0.30, intervalle de confiance à 95% [0,11-0,83], p=0,02). Au Canada comparé à la France, les durées médianes de séjour en SIP et de ventilation invasive ont été plus courtes (2,9 vs 3 jours, p=0,03 et 4 vs 6 jours, p=0,02, respectivement). Conclusion : Les enfants canadiens et français critiquement malades ont été beaucoup moins nombreux à recevoir le vaccin contre le virus influenza A (H1N1)pdm09 en comparaison avec l’ensemble des enfants dans ces deux populations. Au Canada, où la couverture vaccinale a été élevée, le risque d’avoir une détresse respiratoire sévère était moins important parmi les enfants en situation critique ayant été vaccinés avant l’admission.

Transfusions de globules rouges aux soins intensifs pédiatriques : épidémiologie et déterminants

Les transfusions de globules rouges (GR) sont fréquentes aux soins intensifs pédiatriques (SIP). Cependant, il n’y a pas de donnée récente sur les pratiques transfusionnelles aux SIP. Les objectifs de notre étude étaient 1) de décrire les pratiques transfusionnelles aux SIP du CHU Sainte-Justine en y déterminant la fréquence des transfusions de GR et en caractérisant les déterminants de ces transfusions, 2) de comparer ces pratiques avec celles observées il y a dix ans, et 3) d’évaluer le degré d’adhérence à la recommandation principale d’une large étude randomisée contrôlée, l’étude TRIPICU, laquelle proposait une pratique précise chez les patients stabilisés. Nous avons réalisé une étude monocentrique prospective observationnelle d’une durée d’un an. L’information requise a été extraite des dossiers médicaux. Les déterminants des transfusions ont été recherchés quotidiennement jusqu’à la première transfusion pour les cas transfusés, ou jusqu’à la sortie des SIP pour les cas non transfusés. Les justifications des transfusions déclarées par les médecins traitants ont été compilées à l’aide d’un questionnaire. Il y a eu 913 admissions consécutives durant la période d’étude, dont 842 ont été retenues. Au moins une transfusion a été donnée à 144 patients (17.1%). Le taux moyen d’hémoglobine avant la première transfusion était de 77.3±27.2 g/L. Les déterminants d’un premier événement transfusionnel à l’analyse multivariée étaient le jeune âge (< 12 mois), la présence d’une cardiopathie congénitale, un nadir d’hémoglobine ≤ 70 g/L, la gravité de la maladie, et certaines dysfonctions d’organe. Les trois justifications de transfusions les plus fréquemment évoquées par les médecins étaient une hémoglobine basse, un transport en oxygène insuffisant et une instabilité hémodynamique. La recommandation principale de l’étude TRIPICU a été appliquée dans 96.4% des premiers événements transfusionnels. En conclusion, les transfusions de GR sont fréquentes aux SIP. Jeune âge, cardiopathie congénitale, hémoglobine basse, gravité de la maladie et certaines dysfonctions d’organes sont des déterminants significatifs de transfusions de GR aux SIP. La plupart des premiers événements transfusionnels furent prescrits en accord avec les récentes recommandations.