Germinación de semillas de especies adaptadas a un medio extremófilo: Río Tinto

Se presentan los porcentajes de germinación de 12 especies representativas de la vegetación de ribera y matorral del ecosistema del río Tinto en diferentes condiciones de pH (5,4; 3,2; 1,8 y agua del río Tinto). Se observan distintas respuestas de germinación en las especies estudiadas, encontrando los mayores porcentajes de germinación en Nerium oleander y Salicornia ramosissima. Dada la respuesta positiva de estas dos especies, se discute su utilidad para la restauración de los territorios afectados en los alrededores del río Tinto. Para el resto de especies, se observan bajos porcentajes de germinación y en la mayoría de las especies analizadas el pH no influye en la germinación. Hay muchos factores que limitan la germinación de las semillas tales como la latencia que requiere de un pre-tratamiento (de frío o de calor), variación en las condiciones naturales que son difíciles de recrear en el laboratorio o la baja calidad de las semillas.

Clinical factors associated with a Candida albicans Germ Tube Antibody positive test in Intensive Care Unit patients

Background: Poor outcomes of invasive candidiasis (IC) are associated with the difficulty in establishing the microbiological diagnosis at an early stage. New scores and laboratory tests have been developed in order to make an early therapeutic intervention in an attempt to reduce the high mortality associated with invasive fungal infections. Candida albicans IFA IgG has been recently commercialized for germ tube antibody detection (CAGTA). This test provides a rapid and simple diagnosis of IC (84.4% sensitivity and 94.7% specificity). The aim of this study is to identify the patients who could be benefited by the use of CAGTA test in critical care setting. Methods: A prospective, cohort, observational multicentre study was carried out in six medical/surgical Intensive care units (ICU) of tertiary-care Spanish hospitals. Candida albicans Germ Tube Antibody test was performed twice a week if predetermined risk factors were present, and serologically demonstrated candidiasis was considered if the testing serum dilution was >= 1: 160 in at least one sample and no other microbiological evidence of invasive candidiasis was found. Results: Fifty-three critically ill non-neutropenic patients (37.7% post surgery) were included. Twenty-two patients (41.5%) had CAGTA-positive results, none of them with positive blood culture for Candida. Neither corrected colonization index nor antifungal treatment had influence on CAGTA results. This finding could corroborate that the CAGTA may be an important biomarker to distinguish between colonization and infection in these patients. The presence of acute renal failure at the beginning of the study was more frequent in CAGTA-negative patients. Previous surgery was statistically more frequent in CAGTA-positive patients. Conclusions: This study identified previous surgery as the principal clinical factor associated with CAGTA-positive results and emphasises the utility of this promising technique, which was not influenced by high Candida colonization or antifungal treatment. Our results suggest that detection of CAGTA may be important for the diagnosis of invasive candidiasis in surgical patients admitted in ICU.

Algas verdes en el picoplancton y nanoplancton del estuario del río Nervión (Golfo de Vizcaya)

332 p. : il., gráf.

Relación entre la abundancia y estructura de la comunidad de peces y el régimen hidrológico, en lagunas de la alta cuenca del río Salado

This thesis explored the relationship between hydrological variability and associated changes in fish communities in the upper Salado river lakes (Pampa plain, Argentina). The sampling design included five sites along the river connected lakes being explored for fish, hydrological and environmental data during different hydrological conditions. The temporal dynamic of main environmental characteristics of these lakes show that hydrology largely regulates some of the most important factors influencing fish ecology. Changes in fish communities associated with this hydrological and environmental dynamic allow to speculate a first approach towards the functioning of the system as a whole. Following oscillation between droughts and floods, study lakes have shown significant changes on abundance of major fish species, as well as on their recruitment success, which finally leaded to marked changes in fish community structure. Interestingly, trophic structure of communities did not change as much. iOdontesthes bonariensis/i was more abundant during droughts and in saltier sites but also displayed an improvement in recruitment success during these harsh abiotic conditions. Conversely, the abundance of iParapimelodus valenciennis, Cyphocharax voga/i and iCyprinus carpio/i as well as its recruitment success, were largely favoured by lower water residence times and total salinity. This dichotomy is mainly based on different life history strategies of these species against flor and environmental variability and it support the existence of different functional groups among the fish species of upper Salado river lakes. iOligosarcus jenynsii/i did not showed as evident functional response. In conclusion, hydrological and environmental variability can be considered as one of the main factors regulating the functioning and structure of fish communities in these very shallow lowland river lakes of the Pampa plain. Following these results some implications for an eventual regulation of the river regime are discussed.

Molecular Modeling and Affinity Determination of scFv Antibody: Proper Linker Peptide Enhances Its Activity

One of existing strategies to engineer active antibody is to link VH and VL domains via a linker peptide. How the composition, length, and conformation of the linker affect antibody activity, however, remains poorly understood. In this study, a dual approach that coordinates molecule modeling, biological measurements, and affinity evaluation was developed to quantify the binding activity of a novel stable miniaturized anti-CD20 antibody or singlechain fragment variable (scFv) with a linker peptide. Upon computer-guided homology modeling, distance geometry analysis, and molecular superimposition and optimization, three new linker peptides PT1, PT2, and PT3 with respective 7, 10, and 15 residues were proposed and three engineered antibodies were then constructed by linking the cloned VH and VL domains and fusing to a derivative of human IgG1. The binding stability and activity of scFv-Fc chimera to CD20 antigen was quantified using a micropipette adhesion frequency assay and a Scatchard analysis. Our data indicated that the binding affinity was similar for the chimera with PT2 or PT3 and ~24-fold higher than that for the chimera with PT1, supporting theoretical predictions in molecular modeling. These results further the understanding in the impact of linker peptide on antibody structure and activity.

Caracterización de los depósitos fluviales del río Ebro en la cuenca de Miranda de Ebro (Burgos)

[ES] La evolución fluvial del río Ebro ha sido analizada de forma desigual, siendo más numerosas las investigaciones centradas en su curso medio y bajo. En este trabajo se describe el sistema de terrazas fluviales elaborado por el río Ebro a su paso por la Cuenca de Miranda de Ebro (Álava – Burgos). Se han reconocido cinco niveles de terrazas (T1-T5) mediante su análisis estratigráfico, morfológico y sedimentológico. Las terrazas se sitúan a unas alturas que oscilan entre los 68 y los 5 m sobre el nivel actual del río Ebro. El relleno sedimentario de los niveles más elevados (T1-T4) está compuesto por gravas poligénicas bien clasificadas y muy redondeadas con presencia puntual de niveles de arenas; mientras que el nivel más bajo (T5) está constituido enteramente por partículas finas. Los resultados apuntan hacia variaciones de caudal y aportes sedimentarios, en relación con las oscilaciones climáticas cuaternarias, como los factores que gobiernan la evolución fluvial en la Cuenca de Miranda de Ebro, en coherencia con los modelos de evolución propuestos para otros puntos de la cuenca hidrográfica

Engineered discoidin domain from factor VIII binds αvβ3 integrin with antibody-like affinity

Alternative scaffolds are non-antibody proteins that can be engineered to bind new targets. They have found useful niches in the therapeutic space due to their smaller size and the ease with which they can be engineered to be bispecific. We sought a new scaffold that could be used for therapeutic ends and chose the C2 discoidin domain of factor VIII, which is well studied and of human origin. Using yeast surface display, we engineered the C2 domain to bind to αvβ3 integrin with a 16 nM affinity while retaining its thermal stability and monomeric nature. We obtained a crystal structure of the engineered domain at 2.1 Å resolution. We have christened this discoidin domain alternative scaffold the “discobody.”

Structural Characterizations of the Dimeric Anti-HIV Antibody 2G12 and the HIV-2 Envelope Glycoprotein

More than thirty years after the discovery that Human Immunodeficiency Virus (HIV) was the causative agent of Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS), the disease remains pandemic as long as no effective universal vaccine is found. Over 34 million individuals in the world are infected with the virus, and the vast majority of them have no access to the antiretroviral therapies that have largely reduced HIV to a chronic disease in the developed world. The first chapter of this thesis introduces the history of the virus. The key to the infectious mechanism of the virus lies in its envelope glycoprotein (Env), a trimeric spike on the viral surface that utilizes host T cell receptors for entry. Though HIV-1 Env is immunogenic, most infected patients do not mount an effective neutralizing antibody response against it. Broadly-neutralizing anti-Env antibodies (bNAbs) present in the serum of a minority of infected individuals are usually sufficient to prevent the progression to full blown AIDS. Thus, the molecular details of these bNAbs as well as the antibody-antigen interface are of prime interest for structural studies, as insight gained would contribute to the design of a more effective immunogen and potential vaccine candidate. The second chapter of this thesis describes the low-resolution crystal structure of one such antibody, 2G12 dimer, which targets a high mannose epitope on the surface of Env. Patients infected with HIV-2, a related virus with ~35% sequence identity in the Env region, can generally mount a robust antibody response sufficient for viral control for reasons still unknown. The final two chapters of this thesis focus on the first reported structural studies of HIV-2 Env, the molecular details of which may inform HIV-1 therapy and immunogen design.

Migración descendente de esguines de Salmón Atlántico en el río Urumea: control de la población y factores ambientales

El objetivo de este estudio es realizar el control de la de la población de esguines de salmón atlántico en migración descendente al mar,y analizar dicha migración en un marco de parámetros hidrológicos. Para ello, se instaló un capturadero portátil en el canal de derivación de la Papelera Zikuñaga que permitiera capturar una parte de la población de esguines y poder así monitorizarla. Se estimó una población de esguines en migración mayor que en los últimos datos publicados para este emplazamiento, en 2011.

Evolución geológica cuaternaria del valle del río Deba (Gipuzkoa)

196 p.

Navarrenx. Piscinas junto al río.

El programa propuesto por el Tribunal del TFG para la mención de Urbanismo, Paisaje y Territorio consiste en la realización de unas piscinas naturales de agua de río con sus edificaciones de apoyo (vestuarios, aseos, sala polivalente, taberna y almacenaje) y un albergue de 10 habitaciones dobles y grupales, en la ladera al suroeste de la villa de Navarrenx, en el espacio exterior a la ciudad entre la fortificación y el rio Gave D’Oloron.

Modelización de procesos hidrológicos y de contaminación por nitratos mediante dos códigos numéricos (SWAT y MOHID). Cuenca agrícola del río Alegría (País Vasco)

245 p.+ anexos

Caracterização do maciço Santa Clara no município de Cujubim (RO) com base em litogeoquímica, geocronologia e estudos isotópicos

A Suíte Intrusiva Santa Clara está inserida na Província Estanífera de Rondônia, na porção SW do Cráton Amazônico. Essa suíte intrusiva é composta pelos maciços Santa Clara, Oriente Velho, Oriente Novo, Manteiga-Sul, Manteiga-Norte, Jararaca, Carmelo, Primavera e das Antas. Os litotipos que perfazem a Suíte Santa Clara ocorrem hospedados nas rochas do Complexo Jamari, uma associação polideformada composta por gnaisses ortoderivados e paraderivados. Características observadas em campo e em análises petrográficas permitiram subdividir o Maciço Santa Clara em cinco fácies distintas: fácies porfirítica, fácies isotrópica, fácies fina, fácies piterlítica e fácies viborgítica. Os litotipos observados correspondem a hornblenda-biotita granitos e biotita granitos intermediários a ácidos, com composições médias semelhantes àquelas verificadas para sienogranitos e monzogranitos. Geoquimicamente, três magmas podem ser identificados. O magma menos evoluído corresponde às rochas das fácies porfirítica e equigranular, e o mais evoluído compreende as fácies de granulometria fina e piterlítica. A fácies viborgítica representa o terceiro líquido magmático, e aparentemente é diferente de todas as outras fácies em termos de aspectos de campo e geoquímica. A análise litogeoquímica indica que estes granitoides são subalcalinos, bastante empobrecidos em MgO e exibem caráter metaluminoso a fracamente peraluminoso. Os padrões de elementos-traços evidenciam que tais granitóides possuem alto conteúdo em elementos incompatíveis (Rb, Zr, Y, Ta, Ce) e ETR, com exceção do Eu. Além disso, também exibem leve enriquecimento em LILE, forte depleção em elementos como Sr e Ti, e leve empobrecimento de Ba, indicando que o fracionamento de minerais como plagioclásio e titanita foi importante na evolução do líquido magmático analisado. A anomalia negativa de Nb indica envolvimento de material crustal nos processos magmáticos que geraram estes granitoides. Os litotipos analisados possuem características típicas de granitos tipo-A ferroan, e as razões FeOt/MgO entre 4,27 e 26,22 sugerem tratar-se de uma série de granitos félsicos fracionados. Os padrões de ETR observados para os litotipos analisados exibem um considerável enriquecimento em ETRL, e anomalia negativa de Eu, sugerindo fracionamento de feldspato durante o processo de diferenciação do líquido magmático. Diagramas discriminantes de ambientes tectônicos sugerem que os litotipos do Maciço Intrusivo Santa Clara são típicos de ambiente intraplaca, do tipo-A2, isto é, associados a ambientes pós-colisionais/pós-orogênicos. As características isotópicas observadas para os granitoides do Maciço Santa Clara sugerem que os mesmos foram gerados a partir da fusão parcial de uma crosta inferior pré-existente. As idades U-Pb entre 1,07 e 1,06 Ga são compatíveis com um magmatismo ocorrido nos estágios finais da colagem do supercontinente Rodínia (1,2-1,0 Ga) e estágios finais do Ciclo Orogênico Sunsás-Aguapeí (1320-1100 Ma). Sugere-se ainda que na verdade o Maciço Santa Clara seja formado por uma coalescência das três intrusões graníticas que são representadas pelos três magmas anteriormente descritos.

Da lama ao ou(t)ro: Cobra Norato, a gestação de um brasil...

Cobra Norato (1931), do autor gaúcho Raul Bopp (1898-1984), constitui uma das mais significativas obras do Modernismo brasileiro. Neste poema, dividido em 33 pequenos cantos, o personagem central é um homem que, após apossar-se da pele serpentária, empreende uma viagem em busca de sua amada, a filha da rainha Luzia, em poder de Cobra Grande, lendário vilão. Sendo o protagonista um viajante, Cobra Norato faz da travessia uma noção extremamente produtiva. Observaremos no estudo proposto, em que medida a ideia do deslocamento corrobora para uma das principais metáforas boppianas, manifestada na visão empática que seu texto instaura. De raízes folclóricas, com ressonâncias da literatura popular e inspirado num mito amazônico, Raul Bopp busca, pelo trabalho literário, criar uma linguagem adequada ao mundo que tematiza. Aproveitamos o conceito de imagem concebido por Aby Warburg (2010) para analisar como esta poética reproduz em suas nuances, a lógica da sobrevivência. Com Gaston Bachelard (1991) e Jean-Pierre Richard (1954) estudamos ainda as leituras que a presença da matéria lamacenta, intensamente presente na terra do Sem-fim, espaço de travessia do herói, pôde suscitar parte do sentido de descida primitivista. Vale ressaltar que o poema em questão foi idealizado sob as inspirações da corrente Antropofágica, desse modo, também pretendemos problematizar como os signos de tal projeto estético-ideológico são trabalhados no campo metafórico da poesia. Por isso destacamos, paulatinamente, a atenção dada ao desejo de unir duas pontas temporais a Idade de Ouro em que nos encontrávamos, segundo a visão mítica do paraíso nos textos da formação da nacionalidade, e a Idade de Ouro a que chegaríamos, depois da revisão crítica da corrente antropofágica , reafirmando o modelo de sociedade idealizado pela antropofagia (ANDRADE, 1928). Com auxílio de Lígia Morrone Averbuck (1985), Vera Lúcia Oliveira (2002), Otho Moacyr Garcia (1962), M. Cavalcante Proença (1971), Lúcia Sá (2012) entre outros, a pesquisa também pretende pôr em questão algumas das principais interpretações sobre Cobra Norato e fomentar o debate em torno dos dilemas e contradições de uma identidade cultural miscigenada, discussão também alcançada na malha simbólica do poema

Estrutura das assembleias de peixes de igarapés de terra firme da bacia do rio Machado/RO

No presente estudo foi avaliada (i) a estrutura das assembleias de peixes de igarapés de terra-firme ao longo do contínuo fluvial do rio Machado, na bacia do rio Amazonas, (ii) os efeitos de alterações ambientais sobre as assembleias de peixes de igarapés através de comparações entre áreas íntegras (em uma Unidade de conservação) e alteradas por ação antrópica na bacia hidrográfica do rio Machado, e (iii) a organização espacial das assembleias de peixes de tributários de baixa ordem na bacia do rio Machado através da avaliação dos padrões de co-ocorrência das espécies, identificando os possíveis fatores estruturadores dessas assembleias e através de uma Análise de Parcimônia de Endemismo (PAE). As amostragens foram realizadas entre os meses de agosto e setembro de 2011, junho e agosto de 2012 e julho de 2013, totalizando 81 igarapés. Os peixes foram coletados durante uma hora em um trecho de 80 metros, com o auxilio de uma rede de mão (picaré) e um puçá. Para o capítulo 1, um maior número de indivíduos e espécies foram encontradas no trecho baixo quando comparado o trecho alto da bacia. Todavia, somente foram encontradas diferenças significativas entre o trecho alto e os trechos médio e baixo. Assim, rejeitamos nossa hipótese de diferenças entre os trechos analisados, onde esperávamos que a riqueza e abundância de espécies de igarapés aumentaria no gradiente longitudinal cabeceira-foz do rio Machado. Contudo, apesar da não confirmação da hipótese, um padrão de adição e substituição de espécies foi observado do trecho alto para o médio, e um padrão de substituição de espécies foi observado do trecho médio para o baixo. Referente ao capítulo 2, apontamos que apesar da área desflorestada não apresentar diferenças marcantes na riqueza de espécies e abundância, quando comparada com a área com igarapés conservados, esta (área desflorestada) apresentou elevada similaridade a nível composicional entre os igarapés amostrados (menor diversidade beta), diferentemente dos igarapés localizados na Rebio, que apresentaram maior número de espécies com hábitos mais especializados. Igarapés desflorestados apresentaram homogeneização da sua ictiofauna em comparação com igarapés providos de mata ripária, refletindo a maior homogeneização estrutural encontrada em igarapés com baixo percentual de cobertura vegetal. Dessa forma, a retirada da cobertura vegetal em igarapés com comunidades mais diversificads e especializadas, como os da Rebio Jaru, promoveria a homogeneização das espécies acarretando a perda destas, assim como a substituição destas por espécies tolerantes a condições ambientais comuns a ambientes alterados. Para o capítulo 3, embora não tenhamos encontrado áreas de endemismo na bacia analisada, apontamos que a influência da estrutura física dos igarapés sobre a composição de espécies é o principal fator modulador da estruturação da assembleia de peixes. Todavia, tal fator não se aplica a estruturação da assembleia baseada na coocorrência de espécies, haja vista que, a análise de toda a bacia com diferentes níveis de uso de solo, apresentou um padrão organizacional não aleatório