Significance of DNA base excision repair in the maintenance of mitochondrial function in Saccharomyces cerevisiae /

Mitochondria have an important role in cell metabolism, being the major site of ATP production via oxidative phosphorylation (OXPHOS). Accumulation of mtDNA mutations have been linked to the development of respiratory dysfunction, apoptosis, and aging. Base excision repair (BER) is the major and the only certain repair pathway existing in mitochondria that is in responsible for removing and repairing various base modifications as well as abasic sites (AP sites). In this research, Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) BER gene knockout strains, including 3 single DNA glycosylase gene knockout strains and Ap endonuclease (Apn 1 p) knockout strain were used to examine the importance of this DNA repair pathway to the maintenance of respiratory function. Here, I show that individual DNA glycosylases are nonessential in maintenance of normal function in yeast mitochondria, corroborating with previous research in mammalian experimental models. The yeast strain lacking Apn 1 p activity exhibits respiratory deficits, including inefficient and significantly low intracellular ATP level, which maybe due to partial uncoupling of OXPHOS. Growth of this yeast strain on respiratory medium is inhibited, but no evidence was found for increased ROS level in Apn 1 p mitochondria. This strain also shows an increased cell size, and this observation combined with an uncoupled OXPHOS may indicate a premature aging in the Apnlp knockout strain, but more evidence is needed to support this hypothesis. However, the BER is necessary for maintenance of mitochondrial function in respiring S.cerevisiae.

Port Weller Dry Docks collection, 1959-1967

Port Weller Dry Docks Limited was officially established on April 25, 1946, near Lock 1 of the Welland Canal. Charles A. Ansell was the company’s first President and General Manager. Initially, the company focused on repairing ships, but in June, 1951, built their first ship, the Scott Misener. In 1956, the Upper Lakes and St. Lawrence Transportation Co. purchased all of the shares of Port Weller Dry Docks Limited. In the mid-eighties, ULS (Upper Lakes Shipping) International (which owned the Port Weller dry docks), and Canada Steamship Lines, merged their operations. As a result, the Port Weller Dry Docks became a division of this newly formed company, known as Canadian Shipbuilding and Engineering Limited. In 2007, Seaway Marine & Industrial Inc. took over ownership of the Port Weller Dry Docks, but declared bankruptcy in July 2013.

Influence de l’agrégation érythrocytaire sur la migration axiale de microparticules simulant des plaquettes sanguines

Lors du phénomène d’hémostase primaire ou de thrombose vasculaire, les plaquettes sanguines doivent adhérer aux parois afin de remplir leur fonction réparatrice ou pathologique. Pour ce faire, certains facteurs rhéologiques et hémodynamiques tels que l’hématocrite, le taux de cisaillement local et les contraintes de cisaillement pariétal, entrent en jeu afin d’exclure les plaquettes sanguines de l’écoulement principal et de les transporter vers le site endommagé ou enflammé. Cette exclusion pourrait aussi être influencée par l’agrégation de globules rouges qui est un phénomène naturel présent dans tout le système cardiovasculaire selon les conditions d’écoulement. La dérive de ces agrégats de globules rouges vers le centre des vaisseaux provoque la formation de réseaux d’agrégats dont la taille et la complexité varient en fonction de l’hématocrite et des conditions de cisaillement présentes. Il en résulte un écoulement bi-phasique avec un écoulement central composé d’agrégats de globules rouges avoisinés par une région moins dense en particules où l’on peut trouver des globules rouges singuliers, des petits rouleaux de globules rouges et une importante concentration en plaquettes et globules blancs. De ce fait, il est raisonnable de penser que plus la taille des agrégats qui occupent le centre du vaisseau augmente, plus il y aura de plaquettes expulsées vers les parois vasculaires. L'objectif du projet est de quantifier, in vitro, la migration des plaquettes sanguines en fonction du niveau d’agrégation érythrocytaire présent, en faisant varier l’hématocrite, le taux de cisaillement et en promouvant l’agrégation par l’ajout d’agents tels que le dextran à poids moléculaire élevé. Cependant, le comportement non Newtonien du sang dans un écoulement tubulaire peut être vu comme un facteur confondant à cause de son impact sur l’organisation spatiale des agrégats de globules rouges. De ce fait, les études ont été réalisées dans un appareil permettant de moduler, de façon homogène, la taille et la structure de ces agrégats et de quantifier ainsi leur effet sur la migration axiale des plaquettes. Du sang de porc anti coagulé a été ajusté à différents taux d’hématocrite et insérer dans un appareil à écoulement de Couette, à température ambiante. Les plaquettes sanguines, difficilement isolables in vitro sans en activer certains ligands membranaires, ont été remplacées par des fantômes en polystyrène ayant un revêtement de biotine. La quantification de la migration de ces fantômes de plaquettes a été réalisée grâce à l’utilisation de membranes biologiques fixées sur les parois internes de l’entrefer du rhéomètre de Couette. Ces membranes ont un revêtement de streptavidine assurant une très forte affinité d’adhésion avec les microparticules biotynilées. À 40% d’hématocrite, à un cisaillement de 2 s-1, 566 ± 53 microparticules ont été comptées pour un protocole préétabli avec du sang non agrégeant, comparativement à 1077 ± 229 pour du sang normal et 1568 ± 131 pour du sang hyper agrégeant. Les résultats obtenus suggèrent une nette participation de l’agrégation érythrocytaire sur le transport des fantômes de plaquettes puisque l’adhésion de ces derniers à la paroi du rhéomètre de Couette augmente de façon quasi exponentielle selon le niveau d’agrégation présent.

Régulation dépendante du cycle cellulaire de la réparation par excision de nucléotides

La réparation par excision de nucléotides (NER) est une voie critique chez l'homme pour enlever des lésions qui déforment l’hélice d'ADN et qui bloquent à la fois la réplication et la transcription. Parmi ces lésions, il y a les dimères cyclobutyliques de pyrimidines (CPDs) et les adduits pyrimidine (6-4) pyrimidone (6-4PPs) induient par les rayons ultraviolets. L'importance physiologique de la NER est mise en évidence par l’existence de la maladie Xeroderma pigmentosum (XP), causée par des mutations affectant des gènes impliqués dans cette voie de réparation. Les personnes atteintes sont caractérisées par une photosensibilité extrême et une forte prédisposition à développer des tumeurs cutanées (plus de 1000 fois). Les patients atteints du type variant de la maladie Xeroderma pigmentosum (XPV), apparemment compétents en réparation, portent plutôt des mutations dans le gène codant pour l'ADN polymérase η (polη). Polη est une ADN polymérase translésionnelle capable de contourner avec une grande fidélité certaines lésions telles que les CPDs, qui autrement bloquent les polymérases réplicatives. Ainsi, la polη prévient la formation de mutations et permet la reprise de la synthèse d'ADN. L'objectif principal de cette thèse est d'évaluer le rôle potentiel de voies de signalisation majeures dans la régulation de la NER, dont celles régulées par la kinase ATR (Ataxia Télangiectasia and Rad3-related kinase). Suite à l'irradiation UV, ATR est rapidement activée et phosphoryle des centaines de protéines qui régulent les points de contrôle du cycle cellulaire et joue un rôle notoire dans le maintient de la stabilité génomique. Nous avons postulé qu’ATR puisse réguler la NER de manière dépendante du cycle cellulaire. Cependant, tester cette hypothèse représente un grand défi car, pour des raisons techniques, les méthodes conventionnelles n’ont pas à ce jour été adaptées pour l'évaluation de la cinétique de réparation au cours des différentes phases du cycle cellulaire. Nous avons donc développé une méthode novatrice basée sur la cytométrie en flux permettant de quantifier avec grande précision la cinétique de réparation des 6-4PPs et CPDs dans chacune des phases G0/G1, S et G2/M. Avec cette nouvelle méthode, nous avons pu démontrer que l'inhibition d'ATR ou polη résulte en une très forte inhibition de la NER exclusivement durant la phase S du cycle cellulaire. Ces études ont révélé, pour la première fois, une fonction critique pour ces protéines dans le retrait des lésions qui bloquent la réplication. En outre, nous avons démontré que la synthèse d'ADN est indispensable pour l’inhibition de la réparation en phase-S, reflétant un lien potentiel entre la NER et la réplication. Curieusement, nous avons également montré que parmi six lignées cellulaires tumorales choisies aléatoirement, trois présentent une abrogation totale de la NER uniquement pendant la phase S, ce qui indique que de nombreux cancers humains pourraient être caractérisés par un tel défaut. Nos observations pourraient avoir d'importantes implications pour le traitement du cancer. En effet, le statut de la NER semble constituer un déterminant majeur dans la réponse clinique aux médicaments chimiothérapeutiques tels que le cisplatine, qui inhibent la croissance des cellules cancéreuses via l'induction de lésions à l’ADN.

Espionnage économique et droit: l’inutile création d’un bien informationnel

La question de la propriété de l’information est reformulée en tenant compte de la problématique de l’espionnage économique, pratique déloyale ayant pour objet prioritaire l’accès à l’information privée d’un concurrent. L’atteinte aux intérêts légitimes d’un concurrent résulte du seul transfert de connaissance et peut donc être théoriquement indépendante d’une éventuelle contrefaçon ou d’un acte de parasitisme. C’est dans la perspective de cet accès illégitime à la seule information d’un concurrent qu’est ici envisagée la propriété de l’information per se. À l’heure actuelle, l’existence d’une telle propriété de l’information n’est pas démontrée en droit, l’information n’étant qu’une « chose » et non un « bien ». Mais, en reconnaissant que l’information peut être volée indépendamment de tout support, le droit pénal semble admettre indirectement cette propriété. De même, une jurisprudence ancienne relative à la concurrence déloyale protège celui qui ne peut se prévaloir d’un droit privatif, ce qui implique une « réservation » juridique de l’information, forme de « quasi-propriété ». Cela tend à démontrer que la propriété de l’information est juridiquement concevable. Cependant, les débats doctrinaux se sont rarement orientés vers la question de la réparation, essentielle en matière d’espionnage économique. Dans cette perspective, la reconnaissance d’une propriété de l’information est en réalité très limitée compte tenu du préjudice pouvant résulter de la perte d’exclusivité de l’information, préjudice pouvant être bien supérieur à la valeur de l’information elle-même. Plutôt que de reconnaître un droit de propriété sur l’information, la solution serait peut-être d’accorder à l’entreprise un droit subjectif à la protection de ses informations confidentielles, droit protégeant civilement contre la seule appréhension illégitime de telles informations.

Detención preventiva y responsabilidad patrimonial del Estado

El presente trabajo confronta los argumentos que justifican la limitación del derecho a la libertad persona con la detención preventiva, revisa los fundamentos de la responsabilidad objetiva del Estado por privación injusta de la libertad y recogen discusiones a favor de la reparación del daño a la vida de relación en estos casos.

Determinación de anomalías cromosómicas y secuencias de ADN amplificadas en cáncer de mama

El cáncer de mama en Colombia, es la tercera causa de muerte en la población en general y la segunda en mujeres. En el año 2002 el 40.5% de los casos se presentaron en mujeres menores de 50 años (Pardo, et al. 2003). El cáncer de mama resulta de múltiples factores, entre los que se incluyen cambios sucesivos en el genoma de células epiteliales originalmente normales, que pueden conducir a la activación de oncogenes, inactivación de genes supresores de tumor y pérdida de función de genes reparadores de daños al ADN. Estas alteraciones pueden también ser producto de anomalías cromosómicas tales como monosomías, trisomías, translocaciones, inversiones, pérdida de material genético y amplificaciones que también afectan la expresión de genes (1) (2) (3) (4). Sin embargo, el orden de aparición de los diferentes eventos no está completamente dilucidado. En este estudio se determinaron las anomalías cromosómicas y secuencias de ADN amplificadas en pacientes con cáncer de mama, tanto en muestras de sangre periférica como de tumor de mama de 30 pacientes. En las dos líneas celulares analizadas se observó una alta frecuencia de monosomías principalmente de los cromosomas X, 6, 7, 9, 17, 19 y 22. Hay una asociación entre las monosomías de los cromosomas 17 y 22 con el estado negativo para los receptores de estrógenos y progestágenos (p=0.027, p=0.050). También se encontró asociación entre la monosomía del cromosoma 19 con edad avanzada (p=0.034), observándose formas más agresivas de la enfermedad cuando ésta estuvo presente. Las monosomías fueron características de carcinomas ductales infiltrantes de todos los grados. En los demás tipos de carcinoma su frecuencia fue más baja. En el presente estudio se encontró una asociación significativa entre algunas anomalías cromosómicas y la enfermedad, no reportadas anteriormente, como fueron algunas monosomías, fragilidades y roturas cromosómicas y cromatídicas. La alta frecuencia de fragilidades encontradas tanto en sangre periférica (fra 9q12 p=0.001 y fra 3p14 p= 0.38) como de fragilidades expresadas espontáneamente (no inducidas por el uso de reactivos específicos) en muestras de tumor de mama (fra 1p11 p= 0.001, fra 2q11 p= 0.002), pueden ser el reflejo de una alta inestabilidad cromosómica en el genoma de estos pacientes, mostrando lautilidad de los estudios de fragilidad en la determinación de individuos en alto riesgo de desarrollar cáncer de mama. En ensayos de FISH no se observaron amplificaciones de los genes ERBb2 y c-myc en los pacientes analizados. Esto concuerda con lo encontrado en la literatura en donde se ha reportado, para este tipo de tumores, una sobre expresión de la proteína sin amplificación del gen, explicada por desregulación de la expresión del gen, a su vez posiblemente debida a mutaciones en la región promotora o a alteraciones, que conducen a un aumento de la tasa de transcripción (5) (6) (7). Los resultados obtenidos, aunque preliminares, aportan nuevos marcadores cromosómicos que pueden orientar el diagnóstico, pronóstico y tratamiento de esta patología.

UK commercial property lease structures: Landlord and tenant mismatch

UK commercial property lease structures have come under considerable scrutiny during the past decade since the property crash of the early 1990s. In particular, tenants complained that the system was unfair and that it has blocked business change. Government is committed, through its 2001 election manifesto, to promote flexibility and choice in the commercial property lettings market and a new voluntary Commercial Leases Code of Practice was launched in April 2002. This paper investigates whether occupiers are being offered the leases they require or whether there is a mismatch between occupier requirements and actual leases in the market. It draws together the substantial data now available on the actual terms of leases in the UK and surveys of corporate occupiers' attitude to their occupation requirements. Although the data indicated that UK leases have become shorter and more diverse since 1990, this is still not sufficient to meet the current requirements of many corporate occupiers. It is clear that the inability to manage entry and exit strategies is a major concern to occupiers. Lease length is the primary concern of tenants and a number of respondents comment on the mismatch between lease length in the UK and business planning horizons. The right to break and other problems with alienation clauses also pose serious difficulties for occupiers, thus reinforcing the mismatch. Other issues include repairing and insuring clauses and the type of review clause. There are differences in opinion between types of occupier. In particular, international corporate occupiers are significantly more concerned about the length of lease and the incidence of break clauses than national occupiers and private-sector tenants are significantly more concerned about leasing in general than public-sector occupiers. Proposed solutions by tenants are predictable and include shorter leases, more frequent breaks and relaxation of restrictions concerning alienation and other clauses. A significant number specify that they would pay more for shorter leases and other improved terms. Short leases would make many of the other terms more acceptable and this is why they are the main concern of corporate occupiers. Overall, the evidence suggests that there continues to be a gap between occupiers' lease requirements and those currently offered by the market. There are underlying structural factors that act as an inertial force on landlords and inhibit the changes which occupiers appear to want. Nevertheless, the findings raise future research questions concerning whether UK lease structures are a constraining factor on UK competitiveness.

Twofold adaptive partition of unity implicits

Partition of Unity Implicits (PUI) has been recently introduced for surface reconstruction from point clouds. In this work, we propose a PUI method that employs a set of well-observed solutions in order to produce geometrically pleasant results without requiring time consuming or mathematically overloaded computations. One feature of our technique is the use of multivariate orthogonal polynomials in the least-squares approximation, which allows the recursive refinement of the local fittings in terms of the degree of the polynomial. However, since the use of high-order approximations based only on the number of available points is not reliable, we introduce the concept of coverage domain. In addition, the method relies on the use of an algebraically defined triangulation to handle two important tasks in PUI: the spatial decomposition and an adaptive polygonization. As the spatial subdivision is based on tetrahedra, the generated mesh may present poorly-shaped triangles that are improved in this work by means a specific vertex displacement technique. Furthermore, we also address sharp features and raw data treatment. A further contribution is based on the PUI locality property that leads to an intuitive scheme for improving or repairing the surface by means of editing local functions.

Evidence that OGG1 glycosylase protects neurons against oxidative DNA damage and cell death under ischemic conditions

7,8-Dihydro-8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1) is a major DNA glycosylase involved in base-excision repair (BER) of oxidative DNA damage to nuclear and mitochondrial DNA (mtDNA). We used OGG1-deficient (OGG1(-/-)) mice to examine the possible roles of OGG1 in the vulnerability of neurons to ischemic and oxidative stress. After exposure of cultured neurons to oxidative and metabolic stress levels of OGG1 in the nucleus were elevated and mitochondria exhibited fragmentation and increased levels of the mitochondrial fission protein dynamin-related protein 1 (Drp1) and reduced membrane potential. Cortical neurons isolated from OGG1(-/-) mice were more vulnerable to oxidative insults than were OGG1(+/+) neurons, and OGG1(-/-) mice developed larger cortical infarcts and behavioral deficits after permanent middle cerebral artery occlusion compared with OGG1(+/+) mice. Accumulations of oxidative DNA base lesions (8-oxoG, FapyAde, and FapyGua) were elevated in response to ischemia in both the ipsilateral and contralateral hemispheres, and to a greater extent in the contralateral cortex of OGG1(-/-) mice compared with OGG1(+/+) mice. Ischemia-induced elevation of 8-oxoG incision activity involved increased levels of a nuclear isoform OGG1, suggesting an adaptive response to oxidative nuclear DNA damage. Thus, OGG1 has a pivotal role in repairing oxidative damage to nuclear DNA under ischemic conditions, thereby reducing brain damage and improving functional outcome. Journal of Cerebral Blood Flow & Metabolism (2011) 31, 680-692; doi:10.1038/jcbfm.2010.147; published online 25 August 2010

Influência do choque térmico na aderência de azulejos ao substrato

O trabalho consta do estudo teórico-experimental da influência do choque térmico na aderência de azulejos ao substrato. Inicialmente é feita uma revisão bibliográfica sobre os vários componentes envolvidos no processo, são relatados elementos para elaboração de projetos de revestimentos, a normalização vigente e dgurnas das patologias mais comuns encontradas nas cerâmicas, especialmente para os azulejos, bem como suas formas de reparos e locais de maior ocorrência. Os fundamentos da teoria sobre aderência sáo abordados em um capitulo especial. No capitulo seguinte são apresentados os ensaios realizados, quais sejam, ensaios de choque térmico e de resistência de aderência 8, tração de azulejos. Estes azulejos, em finção da produção industrial, são de dois tipos: os confeccionados pelo processo monoqueima e os pelo processo biqueirna, sendo cada grupo de amostras assentado com argamassa adesiva a base de cimento, argamassa adesiva convencional e argamassa adesiva com aditivo incorporador de ar. A avaliação dos experimentos realizados é feita pelos métodos estatisticos, comprovando a importância das juntas de assentamento no desempenho ao longo da vida util dos tipos de azulejos estudados, com os resuItados encontrados constantes neste trabalho.

Avaliação clínica do efeito da irradiação pós-opratória do laser de baixa intensidade na cicatrização de gengivoplastias em humanos

Many studies have been made to understand the process of tissular cicatrization, as well as the possible effects of laser therapy in the wound healing. However, the influence of low frequency laser irradiation in the repairing process is not completely understood. Our study has the purpose to assess clinically the effect of postoperative irradiation of the low frequency laser in humans, and the gingival repairing process postgingivoplasty performed with the extern bevel technique. Twenty-four patients with inflammatory gingival hyperplasia were enrolled in this study, which did not reduce with basic periodontal procedures, and patients with melanin pigmentation, with esthetic indications. After surgery the test group, randomly selected by a drawing, received laser application with energy density of 4 J/cm2, immediately after surgery and each 48 hours, during a week, with a total of 4 sections. The control group did not receive irradiation. The visual clinical analyses were performed by a single blind examiner, in the 2nd, 4th, 6th, 8th, 15th and 21st days post surgery. For statistic analyses of the data was used a Q-square test. Concerning the color, the results showed a better wound healing during days 6 to 8. when assessed the degree of progress of surgical wound, the results showed that the test group had a better cicatrization compared with the control group in the 2nd, 6th, 8th and 15th days post surgery, and at the 21st day both groups had the same results. Our results confirm that the laser had clinical influence in the repairing process after gingivoplasty surgery during days 2 to 15 post surgery

Evaluation of fatigue behavior on repaired carbon fiber/epoxy composites

The continuous use of structural polymer composites in aeronautical industry has required the development of repairing techniques of damages found in different types of laminates. The most usually adopted procedure to investigate the repair of composite laminates has been by repairing damages simulated in laminated composite specimens. This work shows the influence of structural repair technique on mechanical properties of a typical carbon fiber/epoxy laminate used in aerospace industry. When analyzed by tensile test, the laminates with and without repair present tensile strength values of 670 and 892 MPa, respectively, and tensile modulus of 53.0 and 67.2 GPa, respectively. By this result, it is possible to observe a decrease of the measured mechanical properties of the repaired composites. When submitted to fatigue test, it is observed that in loads higher than 250 MPa, this laminate presents a low life cycle (lower than 400,000 cycles). The fatigue performance of both laminates is comparable, but the non-repaired laminate presented higher tensile and fatigue resistance when compared with the repaired laminate.

Primary power distribution systems planning taking into account reliability, operation and expansion costs

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Utilizando mapas de conectividade fuzzy no desenvolvimento de algoritmos reparadores de imagens binárias 3D

A 3D binary image is considered well-composed if, and only if, the union of the faces shared by the foreground and background voxels of the image is a surface in R3. Wellcomposed images have some desirable topological properties, which allow us to simplify and optimize algorithms that are widely used in computer graphics, computer vision and image processing. These advantages have fostered the development of algorithms to repair bi-dimensional (2D) and three-dimensional (3D) images that are not well-composed. These algorithms are known as repairing algorithms. In this dissertation, we propose two repairing algorithms, one randomized and one deterministic. Both algorithms are capable of making topological repairs in 3D binary images, producing well-composed images similar to the original images. The key idea behind both algorithms is to iteratively change the assigned color of some points in the input image from 0 (background)to 1 (foreground) until the image becomes well-composed. The points whose colors are changed by the algorithms are chosen according to their values in the fuzzy connectivity map resulting from the image segmentation process. The use of the fuzzy connectivity map ensures that a subset of points chosen by the algorithm at any given iteration is the one with the least affinity with the background among all possible choices