Species distributions and interactions in a changing world : from understanding to forecasting

Les écosystèmes fournissent de nombreuses ressources et services écologiques qui sont utiles à la population humaine. La biodiversité est une composante essentielle des écosystèmes et maintient de nombreux services. Afin d'assurer la permanence des services écosystémiques, des mesures doivent être prises pour conserver la biodiversité. Dans ce but, l'acquisition d'informations détaillées sur la distribution de la biodiversité dans l'espace est essentielle. Les modèles de distribution d'espèces (SDMs) sont des modèles empiriques qui mettent en lien des observations de terrain (présences ou absences d'une espèce) avec des descripteurs de l'environnement, selon des courbes de réponses statistiques qui décrive la niche réalisée des espèces. Ces modèles fournissent des projections spatiales indiquant les lieux les plus favorables pour les espèces considérées. Le principal objectif de cette thèse est de fournir des projections plus réalistes de la distribution des espèces et des communautés en montagne pour le climat présent et futur en considérant non-seulement des variables abiotiques mais aussi biotiques. Les régions de montagne et l'écosystème alpin sont très sensibles aux changements globaux et en même temps assurent de nombreux services écosystémiques. Cette thèse est séparée en trois parties : (i) fournir une meilleure compréhension du rôle des interactions biotiques dans la distribution des espèces et l'assemblage des communautés en montagne (ouest des Alpes Suisses), (ii) permettre le développement d'une nouvelle approche pour modéliser la distribution spatiale de la biodiversité, (iii) fournir des projections plus réalistes de la distribution future des espèces ainsi que de la composition des communautés. En me focalisant sur les papillons, bourdons et plantes vasculaires, j'ai détecté des interactions biotiques importantes qui lient les espèces entre elles. J'ai également identifié la signature du filtre de l'environnement sur les communautés en haute altitude confirmant l'utilité des SDMs pour reproduire ce type de processus. A partir de ces études, j'ai contribué à l'amélioration méthodologique des SDMs dans le but de prédire les communautés en incluant les interactions biotiques et également les processus non-déterministes par une approche probabiliste. Cette approche permet de prédire non-seulement la distribution d'espèces individuelles, mais également celle de communautés dans leur entier en empilant les projections (S-SDMs). Finalement, j'ai utilisé cet outil pour prédire la distribution d'espèces et de communautés dans le passé et le futur. En particulier, j'ai modélisé la migration post-glaciaire de Trollius europaeus qui est à l'origine de la structure génétique intra-spécifique chez cette espèce et évalué les risques de perte face au changement climatique. Finalement, j'ai simulé la distribution des communautés de bourdons pour le 21e siècle afin d'évaluer les changements probables dans ce groupe important de pollinisateurs. La diversité fonctionnelle des bourdons va être altérée par la perte d'espèces spécialistes de haute altitude et ceci va influencer la pollinisation des plantes en haute altitude. - Ecosystems provide a multitude of resources and ecological services, which are useful to human. Biodiversity is an essential component of those ecosystems and guarantee many services. To assure the permanence of ecosystem services for future generation, measure should be applied to conserve biodiversity. For this purpose, the acquisition of detailed information on how biodiversity implicated in ecosystem function is distributed in space is essential. Species distribution models (SDMs) are empirical models relating field observations to environmental predictors based on statistically-derived response surfaces that fit the realized niche. These models result in spatial predictions indicating locations of the most suitable environment for the species and may potentially be applied to predict composition of communities and their functional properties. The main objective of this thesis was to provide more accurate projections of species and communities distribution under current and future climate in mountains by considering not solely abiotic but also biotic drivers of species distribution. Mountain areas and alpine ecosystems are considered as particularly sensitive to global changes and are also sources of essential ecosystem services. This thesis had three main goals: (i) a better ecological understanding of biotic interactions and how they shape the distribution of species and communities, (ii) the development of a novel approach to the spatial modeling of biodiversity, that can account for biotic interactions, and (iii) ecologically more realistic projections of future species distributions, of future composition and structure of communities. Focusing on butterfly and bumblebees in interaction with the vegetation, I detected important biotic interactions for species distribution and community composition of both plant and insects along environmental gradients. I identified the signature of environmental filtering processes at high elevation confirming the suitability of SDMs for reproducing patterns of filtering. Using those case-studies, I improved SDMs by incorporating biotic interaction and accounting for non-deterministic processes and uncertainty using a probabilistic based approach. I used improved modeling to forecast the distribution of species through the past and future climate changes. SDMs hindcasting allowed a better understanding of the spatial range dynamic of Trollius europaeus in Europe at the origin of the species intra-specific genetic diversity and identified the risk of loss of this genetic diversity caused by climate change. By simulating the future distribution of all bumblebee species in the western Swiss Alps under nine climate change scenarios for the 21st century, I found that the functional diversity of this pollinator guild will be largely affected by climate change through the loss of high elevation specialists. In turn, this will have important consequences on alpine plant pollination.

Application of low temperature thermochronology to understanding cooling and exhumation in the Central Swiss Alps

THESIS ABSTRACT : Low-temperature thermochronology relies on application of radioisotopic systems whose closure temperatures are below temperatures at which the dated phases are formed. In that sense, the results are interpreted as "cooling ages" in contrast to "formation ages". Owing to the low closure-temperatures, it is possible to reconstruct exhumation and cooling paths of rocks during their residence at shallow levels of the crust, i.e. within first ~10 km of depth. Processes occurring at these shallow depths such as final exhumation, faulting and relief formation are fundamental for evolution of the mountain belts. This thesis aims at reconstructing the tectono-thermal history of the Aar massif in the Central Swiss Alps by means of zircon (U-Th)/He, apatite (U-Th)/He and apatite fission track thermochronology. The strategy involved acquisition of a large number of samples from a wide range of elevations in the deeply incised Lötschen valley and a nearby NEAT tunnel. This unique location allowed to precisely constrain timing, amount and mechanisms of exhumation of the main orographic feature of the Central Alps, evaluate the role of topography on the thermochronological record and test the impact of hydrothermal activity. Samples were collected from altitudes ranging between 650 and 3930 m and were grouped into five vertical profiles on the surface and one horizontal in the tunnel. Where possible, all three radiometric systems were applied to each sample. Zircon (U-Th)/He ages range from 5.1 to 9.4 Ma and are generally positively correlated with altitude. Age-elevation plots reveal a distinct break in slope, which translates into exhumation rate increasing from ~0.4 to ~3 km/Ma at 6 Ma. This acceleration is independently confirmed by increased cooling rates on the order of 100°C/Ma constrained on the basis of age differences between the zircon (U-Th)/He and the remaining systems. Apatite fission track data also plot on a steep age-elevation curve indicating rapid exhumation until the end of the Miocene. The 6 Ma event is interpreted as reflecting tectonically driven uplift of the Aar massif. The late Miocene timing implies that the increase of precipitation in the Pliocene did not trigger rapid exhumation in the Aar massif. The Messinian salinity crisis in the Mediterranean could not directly intensify erosion of the Aar but associated erosional output from the entire Alps may have tapered the orogenic wedge and caused reactivation of thrusting in the Aar massif. The high exhumation rates in the Messinian were followed by a decrease to ~1.3 km/Ma as evidenced by ~8 km of exhumation during last 6 Ma. The slowing of exhumation is also apparent from apatite (U-Th)1He age-elevation data in the northern part of the Lötschen valley where they plot on a ~0.5km/Ma line and range from 2.4 to 6.4 Ma However, from the apatite (U-Th)/He and fission track data from the NEAT tunnel, there is an indication of a perturbation of the record. The apatite ages are youngest under the axis of the valley, in contrast to an expected pattern where they would be youngest in the deepest sections of the tunnel due to heat advection into ridges. The valley however, developed in relatively soft schists while the ridges are built of solid granitoids. In line with hydrological observations from the tunnel, we suggest that the relatively permeable rocks under the valley floor, served as conduits of geothermal fluids that caused reheating leading to partial Helium loss and fission track annealing in apatites. In consequence, apatite ages from the lowermost samples are too young and the calculated exhumation rates may underestimate true values. This study demonstrated that high-density sampling is indispensable to provide meaningful thermochronological data in the Alpine setting. The multi-system approach allows verifying plausibility of the data and highlighting sources of perturbation. RÉSUMÉ DE THÈSE : La thermochronologie de basse température dépend de l'utilisation de systèmes radiométriques dont la température de fermeture est nettement inférieure à la température de cristallisation du minéral. Les résultats obtenus sont par conséquent interprétés comme des âges de refroidissement qui diffèrent des âges de formation obtenus par le biais d'autres systèmes de datation. Grâce aux températures de refroidissement basses, il est aisé de reconstruire les chemins de refroidissement et d'exhumation des roches lors de leur résidence dans la croute superficielle (jusqu'à 10 km). Les processus qui entrent en jeu à ces faibles profondeurs tels que l'exhumation finale, la fracturation et le faillage ainsi que la formation du relief sont fondamentaux dans l'évolution des chaînes de montagne. Ces dernières années, il est devenu clair que l'enregistrement thermochronologique dans les orogènes peut être influencé par le relief et réinitialisé par l'advection de la chaleur liée à la circulation de fluides géothermaux après le refroidissement initial. L'objectif de cette thèse est de reconstruire l'histoire tectono-thermique du massif de l'Aar dans les Alpes suisses Centrales à l'aide de trois thermochronomètres; (U-Th)/He sur zircon, (U-Th)/He sur apatite et les traces de fission sur apatite. Afin d'atteindre cet objectif, nous avons récolté un grand nombre d'échantillons provenant de différentes altitudes dans la vallée fortement incisée de Lötschental ainsi que du tunnel de NEAT. Cette stratégie d'échantillonnage nous a permis de contraindre de manière précise la chronologie, les quantités et les mécanismes d'exhumation de cette zone des Alpes Centrales, d'évaluer le rôle de la topographie sur l'enregistrement thermochronologique et de tester l'impact de l'hydrothermalisme sur les géochronomètres. Les échantillons ont été prélevés à des altitudes comprises entre 650 et 3930m selon 5 profils verticaux en surface et un dans le tunnel. Quand cela à été possible, les trois systèmes radiométriques ont été appliqués aux échantillons. Les âges (U-Th)\He obtenus sur zircons sont compris entre 5.l et 9.4 Ma et sont corrélés de manière positive avec l'altitude. Les graphiques représentant l'âge et l'élévation montrent une nette rupture de la pente qui traduisent un accroissement de la vitesse d'exhumation de 0.4 à 3 km\Ma il y a 6 Ma. Cette accélération de l'exhumation est confirmée par les vitesses de refroidissement de l'ordre de 100°C\Ma obtenus à partir des différents âges sur zircons et à partir des autres systèmes géochronologiques. Les données obtenues par traces de fission sur apatite nous indiquent également une exhumation rapide jusqu'à la fin du Miocène. Nous interprétons cet évènement à 6 Ma comme étant lié à l'uplift tectonique du massif de l'Aar. Le fait que cet évènement soit tardi-miocène implique qu'une augmentation des précipitations au Pliocène n'a pas engendré cette exhumation rapide du massif de l'Aar. La crise Messinienne de la mer méditerranée n'a pas pu avoir une incidence directe sur l'érosion du massif de l'Aar mais l'érosion associée à ce phénomène à pu réduire le coin orogénique alpin et causer la réactivation des chevauchements du massif de l'Aar. L'exhumation rapide Miocène a été suivie pas une diminution des taux d'exhumation lors des derniers 6 Ma (jusqu'à 1.3 km\Ma). Cependant, les âges (U-Th)\He sur apatite ainsi que les traces de fission sur apatite des échantillons du tunnel enregistrent une perturbation de l'enregistrement décrit ci-dessus. Les âges obtenus sur les apatites sont sensiblement plus jeunes sous l'axe de la vallée en comparaison du profil d'âges attendus. En effet, on attendrait des âges plus jeunes sous les parties les plus profondes du tunnel à cause de l'advection de la chaleur dans les flancs de la vallée. La vallée est creusée dans des schistes alors que les flancs de celle-ci sont constitués de granitoïdes plus durs. En accord avec les observations hydrologiques du tunnel, nous suggérons que la perméabilité élevée des roches sous l'axe de la vallée à permi l'infiltration de fluides géothermaux qui a généré un réchauffement des roches. Ce réchauffement aurait donc induit une perte d'Hélium et un recuit des traces de fission dans les apatites. Ceci résulterait en un rajeunissement des âges apatite et en une sous-estimation des vitesses d'exhumation sous l'axe de la vallée. Cette étude à servi à démontrer la nécessité d'un échantillonnage fin et précis afin d'apporter des données thermochronologiques de qualité dans le contexte alpin. Cette approche multi-système nous a permi de contrôler la pertinence des données acquises ainsi que d'identifier les sources possibles d'erreurs lors d'études thermochronologiques. RÉSUMÉ LARGE PUBLIC Lors d'une orogenèse, les roches subissent un cycle comprenant une subduction, de la déformation, du métamorphisme et, finalement, un retour à la surface (ou exhumation). L'exhumation résulte de la déformation au sein de la zone de collision, menant à un raccourcissement et un apaissessement de l'édifice rocheux, qui se traduit par une remontée des roches, création d'une topographie et érosion. Puisque l'érosion agit comme un racloir sur la partie supérieure de l'édifice, des tentatives de corrélation entre les épisodes d'exhumation rapide et les périodes d'érosion intensive, dues aux changements climatiques, ont été effectuées. La connaissance de la chronologie et du lieu précis est d'une importance capitale pour une quelconque reconstruction de l'évolution d'une chaîne de montagne. Ces critères sont donnés par un retraçage des changements de la température de la roche en fonction du temps, nous donnant le taux de refroidissement. L'instant auquel les roches ont refroidit, passant une certaine température, est contraint par l'application de techniques de datation par radiométrie. Ces méthodes reposent sur la désintégration des isotopes radiogéniques, tels que l'uranium et le potassium, tous deux abondants dans les roches de la croûte terrestre. Les produits de cette désintégration ne sont pas retenus dans les minéraux hôtes jusqu'au moment du refroidissement de la roche sous une température appelée 'de fermeture' , spécifique à chaque système de datation. Par exemple, la désintégration radioactive des atomes d'uranium et de thorium produit des atomes d'hélium qui s'échappent d'un cristal de zircon à des températures supérieures à 200°C. En mesurant la teneur en uranium-parent, l'hélium accumulé et en connaissant le taux de désintégration, il est possible de calculer à quel moment la roche échantillonnée est passée sous la température de 200°C. Si le gradient géothermal est connu, les températures de fermeture peuvent être converties en profondeurs actuelles (p. ex. 200°C ≈ 7km), et le taux de refroidissement en taux d'exhumation. De plus, en datant par système radiométrique des échantillons espacés verticalement, il est possible de contraindre directement le taux d'exhumation de la section échantillonnée en observant les différences d'âges entre des échantillons voisins. Dans les Alpes suisses, le massif de l'Aar forme une structure orographique majeure. Avec des altitudes supérieures à 4000m et un relief spectaculaire de plus de 2000m, le massif domine la partie centrale de la chaîne de montagne. Les roches aujourd'hui exposées à la surface ont été enfouies à plus de 10 km de profond il y a 20 Ma, mais la topographie actuelle du massif de l'Aar semble surtout s'être développée par un soulèvement actif depuis quelques millions d'années, c'est-à-dire depuis le Néogène supérieur. Cette période comprend un changement climatique soudain ayant touché l'Europe il y a environ 5 Ma et qui a occasionné de fortes précipitations, entraînant certainement une augmentation de l'érosion et accélérant l'exhumation des Alpes. Dans cette étude, nous avons employé le système de datation (U-TH)/He sur zircon, dont la température de fermeture de 200°C est suffisamment basse pour caractériser l'exhumation du Néogène sup. /Pliocène. Les échantillons proviennent du Lötschental et du tunnel ferroviaire le plus profond du monde (NEAT) situé dans la partie ouest du massif de l'Aar. Considérés dans l'ensemble, ces échantillons se répartissent sur un dénivelé de 3000m et des âges de 5.1 à 9.4 Ma. Les échantillons d'altitude supérieure (et donc plus vieux) documentent un taux d'exhumation de 0.4 km/Ma jusqu'à il y a 6 Ma, alors que les échantillons situés les plus bas ont des âges similaires allant de 6 à 5.4 Ma, donnant un taux jusqu'à 3km /Ma. Ces données montrent une accélération dramatique de l'exhumation du massif de l'Aar il y a 6 Ma. L'exhumation miocène sup. du massif prédate donc le changement climatique Pliocène. Cependant, lors de la crise de salinité d'il y a 6-5.3 Ma (Messinien), le niveau de la mer Méditerranée est descendu de 3km. Un tel abaissement de la surface d'érosion peut avoir accéléré l'exhumation des Alpes, mais le bassin sud alpin était trop loin du massif de l'Aar pour influencer son érosion. Nous arrivons à la conclusion que la datation (U-Th)/He permet de contraindre précisément la chronologie et l'exhumation du massif de l'Aar. Concernant la dualité tectonique-érosion, nous suggérons que, dans le cas du massif de l'Aar, la tectonique prédomine.

Strategic behaviours in healthcare : evidence from primary care and pharmaceutical markets

We analyse the strategic behaviours of agents in a market through the appropriate¬ness of their skills to the market. If agents' skills are well adapted to market and they can reach their target, they will not need to adopt strategic behaviours. The agents will behave as selfish individuals. However, if their skills are not well adapted and they cannot attain their target alone, they will adopt strategic behaviours to reach their objectives. These behaviours will have a different impact on the utilities of other agents, depending on the skills and the objectives of the agent. If these agents need other agents to reach their objectives, they will behave as altruistic individuals who internalise the utilities of other agents in reaching their objectives and will adopt cooperative behaviours. However, if these agents fear that other agents could prevent them from reaching their target because they can foresee that the skills of other agents are better adapted than their own skills, the agents will then behave as predator individuals and will adopt destructive behaviours to attain their objective. It is in the interests of these agents to manipulate information to increase disorder and dissimulate their lack of skills. They will reproduce the strategies of animals that modify their appearance to escape predators or simulate being bait to attract their prey. These agents will seek to induce chaos into the behaviours of other agents to amplify the impact of their strategies. The appropriateness of skills to the market allows an understanding of the emer-gence of networks and associated strategies. The members of a networks are inputs who are excluded when their costs are higher than their benefits. A network simul-taneously allows cooperation and selfish, predatory behaviours among its members. A network may adopt informational strategies when seeking to become the leader in a market or when it cannot survive. The creation of networks and the manipulation of information are two overlapping evolutionary strategies, with the first strategy favouring the second. In our model, an agent does not behave like a firm that aims only to maximise the profits of the firm but rather as a member of a network who adopts strategic behaviours as a function of the interests of this network. If his skills are well adapted to the market and he can innovate, he will not invest in erroneous input; in contrast, if his skills are not adapted, the agent will invest in the erroneous input of information into the market in order to survive. Therefore, when any informational asymmetries between the agents and their principals characterise the market, the price cannot be the main element that allows equilibrium to be reached in the market; instead, the appropriateness of skills to the market enables equilibrium. We will now apply these hypotheses to explain the strategic behaviours of physicians and pharmaceutical companies.

The VAD connection : connecting ventricular assist devices to the aorta in silico

Les systèmes d'assistance ventriculaire sont apparus durant la dernière décade comme une approche thérapeutique efficace du traitement de l'insuffisance cardiaque terminale, en particulier dans le contexte de manque de donneurs d'organes. Néanmoins, et ceci malgré les progrès techniques majeurs, les taux de complications restent élevés et sont en partie liés à la configuration géométrique, en particulier le site d'implantation de la cannule de sortie à l'aorte thoracique. Bien que l'anastomose à l'aorte descendante permette une chirurgie moins invasive, les bénéfices de cette technique sont toujours controversés, comparée à la méthode standard de l'aorte ascendante, en raison du risque thrombo-embolique possiblement augmenté et des modifications hémodynamiques induites au niveau de l'arc aortique. Dans ce travail, nous comparons in silico en terme de débit et pression les deux possibilités anastomotiques. Nous développons un réseau de modèles mathématiques unidimensionnels, et l'appliquons à diverses situations cliniques, pour différents stades d'insuffisance cardiaque et de vitesses de rotation de la machine. Les données initiales sont obtenues grâce à un modèle OD (c'est-à-dire qui dépend uniquement du temps mais pas de l'espace) du système cardiovasculaire comprenant une assistance circulatoire, validé avec des données cliniques. Les simulations réalisées montrent que les deux méthodes sont similaires, en terme de débit et courbes de pression, ceci pour tous les cas cliniques étudiés. Ces résultats numériques soutiennent la possibilité d'utiliser la technique d'anastomose à l'aorte thoracique descendante, permettant une chirurgie moins invasive. Sur un plan plus fondamental, le système cardiovasculaire peut être simulé par le biais de multiples modèles de niveau de complexité différents, au prix d'un coût computationnel toujours plus élevé. Nous évaluons les avantages de modèles géométriques à plusieurs échelles (uni- et tridimensionnelle) avec données provenant de patients, comparés à des modèles simplifiés. Les résultats montrent que ces modèles de dimensions hétérogènes apportent un bénéfice important en terme de ressources de calcul, tout en conservant une précision acceptable. En conclusion, ces résultats encourageant montrent la relevance des études numériques dans le domaine médical, tant sur le plan fondamental et la compréhension des mécanismes physiopathologiques, que sur le plan applicatif et le développement de nouvelles thérapeutiques.

Modélisation hydrologique des précipitations et des crues extrêmes dans les bassins versants alpin

Les crues et les risques de débordement des barrages, notamment des digues en terre, en cas de fortes précipitations, préoccupent depuis longtemps les autorités et la population. Les études réalisées dans les dernières années ont montré que le réchauffement global du climat s'est accompagné d'une augmentation de la fréquence des fortes précipitations et des crues en Suisse et dans de nombreuses régions du globe durant le 20ème siècle. Les modèles climatiques globaux et régionaux prévoient que la fréquence des fortes précipitations devrait continuer à croître durant le 21éme siècle en Suisse et dans le monde. Cela rend les recherches actuelles sur la modélisation des pluies et des crues à une échelle fine encore plus importantes. En Suisse, pour assurer une bonne protection sur le plan humain et économique, des cartes de précipitations maximales probables (PMP) ont été réalisées. Les PMP ont été confrontées avec les précipitations extrêmes mesurées dans les différentes régions du pays. Ces PMP sont ensuite utilisées par les modèles hydrologiques pour calculer des crues maximales probables (PMF). Cette la méthode PMP-PMF nécessite toutefois un certain nombre de précautions. Si elle est appliquée d'une manière incorrecte ou sur la base de données insuffisantes, elle peut entraîner une surestimation des débits de crue, notamment pour les grands bassins et pour les régions montagneuses entraînant des surcoûts importants. Ces problèmes résultent notamment du fait que la plupart des modèles hydrologiques répartissent les précipitations extrêmes (PMP) de manière uniforme dans le temps sur l'ensemble du bassin versant. Pour remédier ce problème, cette thèse a comme objectif principal de développer un modèle hydrologique distribué appelé MPF (Modeling Precipitation Flood) capable d'estimer la PMF de manière réaliste à partir de la PMP distribuée de manière spatio-temporelle à l'aide des nuages. Le modèle développé MPF comprend trois parties importantes. Dans la première partie, les précipitations extrêmes calculées par un modèle météorologique à une méso-échelle avec une résolution horizontale de 2 km, sont réparties à une échelle locale (25 ou 50 m) de manière non-uniforme dans l'espace et dans le temps. La deuxième partie concerne la modélisation de l'écoulement de l'eau en surface et en subsurface en incluant l'infiltration et l'exfiltration. Et la troisième partie inclut la modélisation de la fonte des neiges, basée sur un calcul de transfert de chaleur. Le modèle MPF a été calibré sur des bassins versants alpins où les données de précipitations et du débit sont disponibles pour une période considérablement longue, qui inclut plusieurs épisodes de fortes pluies avec des débits élevés. À partir de ces épisodes, les paramètres d'entrée du modèle tel que la rugosité du sol et la largeur moyenne des cours d'eau dans le cas d'écoulement de surface ont pu être estimés. Suivant la même procédure, les paramètres utilisés dans la simulation des écoulements en subsurface sont également estimés indirectement, puisque des mesures directes de l'écoulement en subsurface et de l'exfiltration sont difficiles à obtenir. Le modèle de distribution spatio-temporelle de la pluie a aussi été validé en utilisant les images radar avec la structure de la pluie provoquée par un nuage supercellulaire. Les hyétogrammes obtenus sur plusieurs points du terrain sont très proches de ceux enregistrées avec les images radar. Les résultats de la validation du modèle sur les épisodes de fortes crues présentent une bonne synchronisation entre le débit simulé et le débit observé. Cette corrélation a été mesurée avec trois critères d'efficacité, qui ont tous donné des valeurs satisfaisantes. Cela montre que le modèle développé est valide et il peut être utilisé pour des épisodes extrêmes tels que la PMP. Des simulations ont été faites sur plusieurs bassins ayant comme données d'entrée la pluie de type PMP. Des conditions variées ont été utilisées, comme la situation du sol saturé, ou non-saturé, ou la présence d'une couche de neige sur le terrain au moment de la PMP, ce qui conduit à une estimation de PMF pour des scénarios catastrophiques. Enfin, les résultats obtenus montrent comment mieux estimer la valeur de la crue de sécurité des barrages, à partir d'une pluie extrême dix-millennale avec une période de retour de 10'000 ans.

Pontificale parisiense [Pontifical dit de Poitiers ou de Vierzon].

Sur le feuillet de garde A, cette note autographe de Mabillon : « Hic codex optimae notae scriptus est ante annos circiter octingentos. Multa scitu digna continet, maxime in triduo ante Pascha. In litaniis sabbati sancti fit supplicatio pro congregatione S. Petri, quem patronum habet Pictavensis ecclesia. Invocantur etiam in iisdem sanctus Hilarius et sancta Radegundis, qui praecipue ad ecclesiam Pictavensem pertinent ; sed nulla mentio de aliis sanctis ejusdem dioecesis. Haec scripsi XI kal. decembris an. 1695. — F. J. M. » Fol. 1 : « Benedictio episcoporum. — Consecratio ». Fol. 2 : « Oratio ad ordinandum praesbiterum. — Consecratio. ». Fol. 3 : « Oratio ad ordinandum diaconum. — Consecratio. » Fol. 4 : « Ordo qualiter in Romana ecclesia praesbiteri, diaconi, subdiaconi ordinandi sunt. » Fol. 5 : « Ordinatio subdiaconi ». Fol. 5v° : « Ordinatio ostiarii. » Fol. 6 : « Ordinatio lectoris ». Fol. 6v° : « Ordinatio exorcistae ». Fol. 7 : « Ordinatio acoliti ». Fol. 7v° : « Incipit ordo qualiter publice vel specialiter agitur modus paenitentiae secundum censuram ecclesiasticam, quod quarta feria quinquagesime inchoatur ». Fol. 8v° : « Confessio pura coram Deo et angelis et coram omnibus sanctis » : — de superbia (fol. 12) ; de inani gloria (fol. 13) ; de invidia (fol. 13 vo) ; de ira (fol. 14 vo) ; de tristitia (fol. 15) ; de avaricia (fol. 16) ; de ventris ingluvie (fol. 20) ; de luxuria (fol. 23). Fol. 40v° : « Missa pro paenitentibus et confitentibus, sive unus sive plures fuerint ». Fol. 43 : « Denunciatio scrutinii quod tertia ebdomada in quadragesima secunda feria iniciatur ». Fol. 43v° : « Oratio super electos ad catecuminum faciendum ». Fol. 44 : « Benedictio salis dandi caticuminis. » — Prières et exhortations aux catéchumènes. Explication des évangiles. Fol. 54-56 : Le Credo, en grec avec traduction latine au-dessus. La traduction est faite de mot à mot. Pour l'article grec, le traducteur s'est contenté de mettre au-dessus, dans le texte latin, ces lettres ar. (articulus). Fol. 58v° : Explication du Pater. Fol. 60v° : « Incipit missa primi scrutinii ». Fol. : 63 : « Alia missa de secundo scrutinio ». Fol. 66v° : « Missa de tertio scrutinio ». Fol. 70 : « Sabbato ante diem Palmarum ». Fol. 72 : « Dominica indulgentiae quae est dies Palmarum ». Fol. 73 : Les 36 premiers vers de la pièce Gloria, laus de Théodulfe, évêque d'Orléans (Henry Martin signale l'éd. qu'en a fait Duemmler dans les Poetae latini aevi carolini, t. I, p. 558 : « Gloria, laus et honor tibi sit, Christe redemptor, Cui puerile decus promsit osanna pium. Israhel es tu rex Davidis et inclita proles, Nomine qui in Domini, rex benedicte, venis... » Fol. 95 :« Feria II post Palmas ». Fol. 98v° : « Feria tertia ». Fol. 130 : « Feria V, quae est cena Domini ». Fol. 141v° : « Alia missa eodem die, si plures ad reconciliandum venerint ». Fol. 154 : « Missa chrismalis ». Fol. 160 : Litanies. A noter : SS. Denys, Quentin, Julien, Géréon, Hilaire, Martin, Aignan, Benoît, Cloud [Clodoald], Ste Geneviève. Fol. 170v° : « Benedictio chrismatis principalis ». Fol. 171 : « Exorcismus olei ad baptizandos ». Fol. 173v° : In cena Domini de Flavius, évêque: « Versus Flavii episcopi ad mandatum in cena Domini ». « Tellus a cethra jubilent in magni cena principis, Que protoplasti pectora vite purgavit ferculo ; Hac nocte factor omnium potenti sat mysterio Carnem suam cum sanguine in escam transfert anime. — Tellus. » Fol. 174 : « Item versus Bedae » (Bède). « Fuit Domini dilectus languens a Bethania Lazarus beatus sacris olim cum sororibus quas Jhesus eternus Amor diligebat plurimum Martham simul et Mariam, felices per secula. » Fol. 174v° : « Feria VI quae est Parasceve ». Fol. 192v° : « Pange lingua gloriosi Proelium certaminis ». Fol. 193 : « Incipit de sabbato sancto. — Ordo baptisterii ». Fol. 200v° : Litanies. A noter : SS. Quentin, Cucuphat, Julien, Lucien, Hilaire, Martin, Benoît, Germain, Columban, Samson ; SStes Geneviève, Brigitte, Colombe, Radegonde, Aldegonde. — A noter aussi (fol. 201 vo) : « Ut exercitum Francorum conservare digneris. — Ut illum abbatem et cunctam congregationem sancti illius in tuo apto servitio conservare digneris... » Fol. 202 : « Benedictio cerei. — Exultet jam angelica turba coelorum. Exultent divina mysteria... », avec neumes. Fol. 208 : Litanies. A noter : SS. Hilaire, Martin, Ambroise, Maur, Maurille, Lezin, évêque d'Angers ; SStes Blandine, Nathalie. Fol. 210 : « Inde canitur hic versus : »« Urbs beata Hierusalem, dicta pacis visio, que construitur in celis vivis ex lapidibus... » Fol. 210v° : « Benedictio fontis ». Fol. 213 : vers « Tibi laus perennis auctor baptismatis... » Fol. 213v° : Litanies. A noter : SS. Martin, Brice, Médard, Vaast, Germain, Marcel, Hilaire ; SStes Reine, Julienne, Gertrude, Colombe, Geneviève, Afre, Radegonde, Aldegonde, Darie, Brigitte, Paule. — A noter (fol. 215) : « Ut exercitum Francorum conservare digneris. — Ut congregationem sancti Petri in tuo apto servitio conservare digneris ». Fol. 223 : « Finit ordo baptisterii ». Fol. 227 : Le jour de Pâques. Fol. 230v° : « Feria II ». Fol. 241 : « Feria quinta ». Fol. 245v° : « Feria VI ». Fol. 248 : « Sabbato ». Fol. 252v° : « In octavis Paschae ». Fol. 256v° : « Missa in octavis Paschae pro baptizatis ». Fol. 257v° : « Missa pro parroechias in diebus paschalibus... ». Fol. 258v° : « Fides catholica continens credulitatem... » Fol. 269 : « Missa pro conjugibus sterilitate infecundis in procreatione prolis ». Fol. 273v° : « Orationes ad benedicendam aquam aspergendam in domo. — Exorcismus salis ». Fol. 274 : « Benedictio salis. — Exorcismus aque. — Benedictio aque ». Fol. 274v° : « Benedictio salis et aquae... » etc. Fol. 275 : « Exorcismus salis et aquae contra fulgura ». Fol. 276 : « Benedictio salis ad pecora. — Orationes ad clericum faciendum ». Fol. 276v° : « Benedictio putei ». Fol. 277 : « Benedictio frugum novarum ». Fol. 277v° : « Benedictio panis. — Oratio ad capillarum (sic). — Alia ad tonsorandum puerum ». Fol. 278 : « Oratio post tonsionem. — Oratio ad barbas tondendas ». Fol. 278 : « lncipit actio pontificalis ad... » . Le verso du feuillet 279 est tout à fait effacé. Neumes français, du IXe s., aux f. 202-204 (l'Exultet) ; addition du Xe s. au f. 203 v° (Bernard).

Effect of selective recording on estimates of heritability

En este trabajo se analiza el efecto de la selección de datos sobre las estimaciones de heredabilidad. Se estimó el valor de heredabilidad del tamaño de camada en una población porcina en la que los datos correspondientes a las cerdas más viejas eran una muestra seleccionada. Las estimaciones se obtuvieron usando distintos conjuntos de datos derivados de toda la información disponible. Esos conjunto de datos se compararon evaluando su capacidad predictiva. Se vio que las estimaciones de heredabilidad obtenidas utilizando todos los datos disponibles correspondían a valores infraestimados. También se simuló un carácter materno y se generó un conjunto de datos seleccionados eliminando aquellos correspondientes a las hembras sin padres conocidos. Distintos modelos, habitualmente empleados cuando no existe selección de registros, se consideraron para estimar el valor de heredabilidad. Los resultados mostraron que ninguno de esos modelos ofrecía estimaciones insesgadas. Sólo los modelos que tenían en cuenta el efecto de la selección sobre la media residual y la media y varianza genéticas ofrecían estimaciones poco sesgadas. Sin embargo, para poder aplicarlos se debe conocer la selección realizada. El problema de la selección de datos es difícil de abordar cuando se desconoce cual es el proceso de selección que se ha realizado en una población.

Environmental activity of bacteria degrading pollutants

Une des meilleures techniques pour décontaminer l'environnement d'éléments toxiques (comme par exemple le dibenzofuan, DBF et le 4-chlorophenol, 4CP) déposés par l'homme, à bas coûts et sans le perturber considérablement, est sans doute la biorémédiation, et particulièrement la bioaugmentation. Malheureusement, si plusieurs microorganismes ont démontré leur efficacité à dégrader les composés toxiques en conditions de laboratoire, plusieurs tentatives afin de les utiliser dans l'environnement n'ont pas abouti. Ces échecs sont probablement le résultat des pauvres connaissances des réactions de ces mêmes microorganismes dans l'environnement. L'objectif de mon travail a été de mieux comprendre les réponses de ces bactéries au niveau de leurs gènes lorsqu'elles sont introduites ou prospèrent dans des conditions plus proches de la réalité, mais encore suffisamment contrôlées pour pouvoir élucider leur comportement. Le fait de résister à des conditions de sécheresse a été considéré en tant que facteur clé dans la survie des bactéries amenées à être utilisées pour la biorémédiation; cela implique une série de mécanismes utilisés par la cellule pour faire face au stress hydrique. Le chapitre II, par une approche métagénomique, compare les réactions de trois souches prometteuses pour la biorémédiation (Arthrobacter chlorophenolicus A6, Sphingomonas wittichii RW1 and Pseudomonas veronii 1YdBTEX2) vis-à-vis du stress hydrique simulé en conditions de laboratoire. L'objectif ici est de découvrir et de décrire les stratégies de résistance au stress, communes ou spécifiques, employées par les bactéries. Mes résultats montrent que les trois souches ont des sensibilités différentes au stress hydrique. Entre les traits communs trouvés, il y a une diminution de l'expression des gènes flagellaires ainsi qu'une augmentation de l'expression de solutes compatibles, mais qui sont souche-spécifiques. J'ai étudié plus en détail la réponse génomique de RW1 par rapport aux inoculations ainsi que sa croissance dans le sable contaminé et non-stérile (chapitre III), et je les ai comparé à des cultures en milieu liquide. Mes résultats indiquent que RW1 peut résister efficacement et peut croître dans des conditions presque sèches et peut également dégrader le contaminant (DBF, dans le cas présent) si les pré-cultures sont réalisées dans le même type de contaminant. Par contre, notre hypothèse du chapitre II se révèle fausse car le comportement de RW1 est très diffèrent de celui observé dans des conditions avec stress hydrique induit par l'addition de sel ou de PEG. Plus intéressant, les réponses de RW1 en milieu liquide sont très différentes de celles observées dans le sable, révélant ainsi que cette souche peut reconnaître le milieu dans lequel elle se trouve. Les mêmes expériences en sable contaminé, cette fois-ci avec 4CP, ont été réalisées pour A6 (chapitre IV) dans l'espoir de compléter la comparaison entre le stress hydrique et l'adaptation dans le sol. Malheureusement, il n'a pas été possible d'obtenir d'échantillons de bonne qualité pour les hybridations des microarrays afin d'étudier la réponse transcriptionnelle dans les différentes phases de croissance dans le sable (contaminé ou non). Toutefois, j'ai appris qu'Arthrobacter ne peut pas croitre dans les sols hautement contaminés si les conditions du sol sont très sèches, elles ont en effet besoin de suffisamment d'eau pour dégrader des quantités importantes de 4CP. Ces observations dirigent l'attention sur le fait que les études sur l'efficacité de l'inoculation de bactéries doivent être testées dans des conditions le plus proche possible de l'environnement ciblé, tout comme les concentrations optimales pour l'inoculum. Finalement, nous avons étudié le comportement de A6 dans la phytosphère avec deux dégrés d'humidité (chapitre V). A6 ne montre pas de réaction particulière face aux changements d'humidité, et à nouveau, ces réponses ne peuvent être liées aux changements d'expression des gènes observées dans les conditions de stress hydrique simulées. Cette étude a permis d'identifier la présence de composés phénoliques dans les feuilles qui peuvent potentiellement améliorer les propriétés de dégradation ou qui permettent d'effectuer de façon plus rapide la réaction de dégradation des contaminants dans un processus de phytoremédiation par A. chlorophenolicus.

La recherche. Méthodes : quantitative, qualitative, mixte.

La simulation sous ses différentes formes est devenue un outil incontournable dans la formation des professionnels de la santé. Il n'en demeure pas moins que la simulation intervient dans un environnement complexe où le comportement humain est une variable essentielle. Dans ce contexte, la recherche en simulation est indispensable : elle doit produire des connaissances qui nous permettent de mieux comprendre l'apprentissage par la simulation. Pour atteindre cet objectif, la recherche en simulation doit être aussi rigoureuse que toute recherche clinique, afin qu'elle puisse produire des connaissances de qualité. De par la complexité de l'environnement simulé, la recherche dans ce domaine est riche et recourt à des méthodes variées issues des sciences du comportement, de l'éducation et plus largement des sciences sociales.

Missale Aboense

MISSALE ABOENSE, Turun messukirja, painettiin Lyypekissä Turun hiippakuntaa eli Suomea varten. Se lasketaan Suomen ensimmäiseksi painatteeksi ja on myös Suomen ainoa inkunaabeli, eli kirjapainotaidon alkuajan, 1400-luvun, painotuote. Esipuheen tähän latinankieliseen loistoteokseen laati Turun piispa Konrad Bitz. Esipuheen alussa on puupiirros, joka kuvaa Pyhää Henrikiä Bitzin, tuomiorovasti Maunu Särkilahden ja kahden papin ympäröimänä. Maassa makaa Pyhän Henrikin surmaaja, talonpoika Lalli. Esipuhe ja alkuun liitetty pyhimyskalenteri oli tarkoitettu Suomea varten; muutoin samaa messukirjaa käytettiin muuallakin katolisen kirkon piirissä. MISSALEA painettiin sekä paperille että pergamentille. Tiettävästi ainoa pergamentille painettu alkuperäissidos on Tanskan Kuninkaallisessa kirjastossa. Muut säilyneet pergamenttikappaleet, kuten Kansalliskirjaston kappale on koottu eri niteiden katkelmista. Paperille painettua MISSALEA on säilynyt 15 epätäydellistä kappaletta.

Meditationes sancti evangelii 14

Invokaatio: Deo duce.

Missale Aboense (Alkusivu)

MISSALE ABOENSE, Turun messukirja, painettiin Lyypekissä Turun hiippakuntaa eli Suomea varten. Se lasketaan Suomen ensimmäiseksi painatteeksi ja on myös Suomen ainoa inkunaabeli, eli kirjapainotaidon alkuajan, 1400-luvun, painotuote. Esipuheen tähän latinankieliseen loistoteokseen laati Turun piispa Konrad Bitz. Esipuheen alussa on puupiirros, joka kuvaa Pyhää Henrikiä Bitzin, tuomiorovasti Maunu Särkilahden ja kahden papin ympäröimänä. Maassa makaa Pyhän Henrikin surmaaja, talonpoika Lalli. Esipuhe ja alkuun liitetty pyhimyskalenteri oli tarkoitettu Suomea varten; muutoin samaa messukirjaa käytettiin muuallakin katolisen kirkon piirissä. MISSALEA painettiin sekä paperille että pergamentille. Tiettävästi ainoa pergamentille painettu alkuperäissidos on Tanskan Kuninkaallisessa kirjastossa. Muut säilyneet pergamenttikappaleet, kuten Kansalliskirjaston kappale on koottu eri niteiden katkelmista. Paperille painettua MISSALEA on säilynyt 15 epätäydellistä kappaletta.

Missale Aboense (Hämeenkyrö)

MISSALE ABOENSE, Turun messukirja, painettiin Lyypekissä Turun hiippakuntaa eli Suomea varten. Se lasketaan Suomen ensimmäiseksi painatteeksi ja on myös Suomen ainoa inkunaabeli, eli kirjapainotaidon alkuajan, 1400-luvun, painotuote. Esipuheen tähän latinankieliseen loistoteokseen laati Turun piispa Konrad Bitz. Esipuheen alussa on puupiirros, joka kuvaa Pyhää Henrikiä Bitzin, tuomiorovasti Maunu Särkilahden ja kahden papin ympäröimänä. Maassa makaa Pyhän Henrikin surmaaja, talonpoika Lalli. Esipuhe ja alkuun liitetty pyhimyskalenteri oli tarkoitettu Suomea varten; muutoin samaa messukirjaa käytettiin muuallakin katolisen kirkon piirissä. MISSALEA painettiin sekä paperille että pergamentille. Tiettävästi ainoa pergamentille painettu alkuperäissidos on Tanskan Kuninkaallisessa kirjastossa. Muut säilyneet pergamenttikappaleet, kuten Kansalliskirjaston kappale on koottu eri niteiden katkelmista. Paperille painettua MISSALEA on säilynyt 15 epätäydellistä kappaletta.

Missale Aboense (Kangasala)

MISSALE ABOENSE, Turun messukirja, painettiin Lyypekissä Turun hiippakuntaa eli Suomea varten. Se lasketaan Suomen ensimmäiseksi painatteeksi ja on myös Suomen ainoa inkunaabeli, eli kirjapainotaidon alkuajan, 1400-luvun, painotuote. Esipuheen tähän latinankieliseen loistoteokseen laati Turun piispa Konrad Bitz. Esipuheen alussa on puupiirros, joka kuvaa Pyhää Henrikiä Bitzin, tuomiorovasti Maunu Särkilahden ja kahden papin ympäröimänä. Maassa makaa Pyhän Henrikin surmaaja, talonpoika Lalli. Esipuhe ja alkuun liitetty pyhimyskalenteri oli tarkoitettu Suomea varten; muutoin samaa messukirjaa käytettiin muuallakin katolisen kirkon piirissä. MISSALEA painettiin sekä paperille että pergamentille. Tiettävästi ainoa pergamentille painettu alkuperäissidos on Tanskan Kuninkaallisessa kirjastossa. Muut säilyneet pergamenttikappaleet, kuten Kansalliskirjaston kappale on koottu eri niteiden katkelmista. Paperille painettua MISSALEA on säilynyt 15 epätäydellistä kappaletta.

Missale Aboense (Pergamenttikooste)

MISSALE ABOENSE, Turun messukirja, painettiin Lyypekissä Turun hiippakuntaa eli Suomea varten. Se lasketaan Suomen ensimmäiseksi painatteeksi ja on myös Suomen ainoa inkunaabeli, eli kirjapainotaidon alkuajan, 1400-luvun, painotuote. Esipuheen tähän latinankieliseen loistoteokseen laati Turun piispa Konrad Bitz. Esipuheen alussa on puupiirros, joka kuvaa Pyhää Henrikiä Bitzin, tuomiorovasti Maunu Särkilahden ja kahden papin ympäröimänä. Maassa makaa Pyhän Henrikin surmaaja, talonpoika Lalli. Esipuhe ja alkuun liitetty pyhimyskalenteri oli tarkoitettu Suomea varten; muutoin samaa messukirjaa käytettiin muuallakin katolisen kirkon piirissä. MISSALEA painettiin sekä paperille että pergamentille. Tiettävästi ainoa pergamentille painettu alkuperäissidos on Tanskan Kuninkaallisessa kirjastossa. Muut säilyneet pergamenttikappaleet, kuten Kansalliskirjaston kappale on koottu eri niteiden katkelmista. Paperille painettua MISSALEA on säilynyt 15 epätäydellistä kappaletta.