Population genetics of Capercaillie (Tetrao urogallus) in the Jura and the Pyrenees: a non-invasive approach to avian conservation genetics

RÉSUMÉ Le Grand tétras est un galliforme de montagne apparenté au faisan et au tétras lyre. Il est distribué de manière continue à travers la toundra et les montagnes de moyenne altitude en Europe de l'ouest. Toutefois, les populations d'Europe de l'ouest ont subi un déclin constant au cours des derniers siècles. Les causes de ce déclin sont probablement liées à l'activité humaine, telle .que l'élevage ou le tourisme, qui ont engendré une modification et une fragmentation de l'habitat de l'espèce. Malheureusement, les populations soumises à de forts déclins démographiques peuvent subir des effets génétiques (augmentation de la consanguinité et perte de diversité génétique) pouvant diminuer leur potentiel de reproduction et conduire irrémédiablement à l'extinction. Cette thèse présente les analyses conduites dans le but d'estimer l'impact du déclin démographique des populations de Grand tétras sur l'étendue et la distribution de leur variabilité génétique dans le Jura et dans les Pyrénées. Du fait de la législation locale protégeant les tétraonidés en général, mais également en raison de la biologie très cryptique du Grand tétras, l'ensemble des analyses de cette étude a été réalisé à partir de matériel génétique extrait des fientes (ou échantillonnage génétique non invasif). Dans la première partie de l'étude, je détaille les protocoles d'extraction. d'ADN et d'amplification par PCR modifiés à partir des protocoles classiques utilisant des échantillons conventionnels, riches en ADN. L'utilisation d'ADN fécal impose des contraintes dues à la mauvaise qualité et à la faible quantité du matériel génétique à disposition dans les fientes. Ces contraintes ont pu être partiellement contournées en réalisant des répétitions multiples du génotypage afin d'obtenir un degré de fiabilité suffisante. J'ai également analysé les causes de la dégradation de l'ADN dans les excréments. Parmi les causes les plus communes, telles que l'activité bactérienne, l'hydrolyse spontanée et la dégradation enzymatique par les DNases libres, c'est ce dernier facteur qui apparaît comme étant la cause majeure et la plus rapide responsable de la dégradation de la qualité des échantillons. La rapidité de l'action enzymatique suggère que les plans d'échantillonnages de excréments sur le terrain pourraient être optimisés en les réalisant dans des conditions climatiques froides et sèches, favorisant ainsi l'inhibition des DNases. La seconde partie de la thèse est une étude par simulation visant à déterminer la capacité du logiciel Structure à identifier les structures génétiques complexes et hiérarchiques fréquemment rencontrées dans les populations naturelles, et ce en utilisant différents types de marqueurs génétiques. Les troisième et quatrième parties de cette thèse décrivent le statut génétique des populations résiduelles du Jura et des Pyrénées à partir de l'analyse de 11 loci microsatellites. Nous n'avons pas pu mettre en évidence dans les deux populations des effets liés à la consanguinité ou à la réduction de la diversité génétique. De plus, la différenciation génétique entre les patches d'habitats favorables reste modérée et corrélée à la distance géographique, ce qui suggère que la dispersion d'individus entre les patches a été importante au moins pendant ces dernières générations. La comparaison des paramètres de la diversité génétique avec ceux d'autres populations de Grand tétras, ou d'autres espèces proches, indique que la population du Jura a retenu une proportion importante de sa diversité originelle. Ces résultats suggèrent que le déclin récent des populations a jusqu'ici eu un impact modéré sur les facteurs génétiques et que ces populations semblent avoir conservé le potentiel génétique nécessaire à leur survie à long terme. Finalement, en cinquième partie, l'analyse de l'apparentement entre les mâles qui participent à la parade sur les places de chant (leks) indique que ces derniers sont distribués en agrégats de manière non aléatoire, préférentiellement entre individus apparentés. De plus, la corrélation entre les distances génétique et géographique entre les leks est en accord avec les motifs d'isolement par la distance mis en évidence à d'autres niveaux hiérarchiques (entre patches d'habitat et populations), ainsi qu'avec les études menées sur d'autres espèces ayant choisi ce même système de reproduction. En conclusion, cette première étude basée uniquement sur de l'ADN nucléaire aviaire extrait à partir de fèces a fourni des informations nouvelles qui n'auraient pas pu être obtenues par une méthode d'observation sur le terrain ou d'échantillonnage génétique classique. Aucun oiseau n'a été dérangé ou capturé, et les résultats sont comparables à d'autres études concernant des espèces proches. Néanmoins, la taille de ces populations approche des niveaux au-dessous desquels la survie à long terme est fortement incertaine. La persistance de la diversité génétique pour les prochaines générations reste en conséquence liée à la survie des adultes et à une reprise du succès de la reproduction. ABSTRACT Capercaillie (Tetrao urogallus) is a large grouse that is continuously distributed across the tundra and the mid-high mountains of Western Europe. However, the populations in Western Europe have been showing a constant decline during the last decades. The causes for this decline are possibly related to human activities, such as cattle breeding and tourism that have both led to habitat modification and fragmentation. Unfortunately, populations that have undergone drastic demographic bottlenecks often go through genetic processes of inbreeding and loss of diversity that decrease their fitness and eventually lead to extinction. This thesis presents the investigations conducted to estimate the impact of the demographic decline of capercaillie populations on the extent and distribution of their genetic variability in the Jura and in the Pyrenees mountains. Because grouse are protected by wildlife legislation, and also because of the cryptic behaviour of capercaillie, all DNA material used in this study was extracted from faeces (non-invasive genetic sampling). In the first part of my thesis, I detail the protocols of DNA extraction and PCR amplification adapted from classical methods using conventional DNA-rich samples. The use of faecal DNA imposes specific constraints due to the low quantity and the highly degraded genetic material available. These constraints are partially overcome by performing multiple genotyping repetitions to obtain sufficient reliability. I also investigate the causes of DNA degradation in faeces. Among the main degraders, namely bacterial activity, spontaneous hydrolysis, and free-¬DNase activities, the latter was pointed out as the most important according to our experiments. These enzymes degrade DNA very rapidly, and, as a consequence, faeces sampling schemes must be planned preferably in cold and dry weather conditions, allowing for enzyme activity inhibition. The second part of the thesis is a simulation study aiming to assess the capacity of the software Structure to detect population structure in hierarchical models relevant to situations encountered in wild populations, using several genetic markers. The methods implemented in Structure appear efficient in detecting the highest hierarchical structure. The third and fourth parts of the thesis describe the population genetics status of the remaining Jura and Pyrenees populations using 11 microsatellite loci. In either of these populations, no inbreeding nor reduced genetic diversity was detected. Furthermore, the genetic differentiation between patches defined by habitat suitability remains moderate and correlated with geographical distance, suggesting that significant dispersion between patches was at work at least until the last generations. The comparison of diversity indicators with other species or other populations of capercaillie indicate that population in the Jura has retained a large part of its original genetic diversity. These results suggest that the recent decline has had so forth a moderate impact on• genetic factors and that these populations might have retained the potential for long term survival, if the decline is stopped. Finally, in the fifth part, the analysis of relatedness between males participating in the reproduction parade, or lek, indicate that capercaillie males, like has been shown for some other grouse species, gather on leks• among individuals that are more related than the average of the population. This pattern appears to be due to both population structure and kin-association. As a conclusion, this first study relying exclusively on nuclear DNA extracted from faeces has provided novel information that was not available through field observation or classical genetic sampling. No bird has been captured or disturbed, and the results are consistent with other studies of closely related species. However, the size of these populations is approaching thresholds below which long-term survival is unlikely. The persistence of genetic diversity for the forthcoming generations remains therefore bond to adult survival and to the increase of reproduction success.

Empirical models for predicting the production of wild mushrooms in Scots pine (Pinus sylvestris L.) forests in the Central Pyrenees

Mushroom picking has become a widespread autumn recreational activity in the Central Pyrenees and other regions of Spain. Predictive models that relate mushroom production or fungal species richness with forest stand and site characteristics are not available. This study used mushroom production data from 24 Scots pine plots over 3 years to develop a predictive model that could facilitate forest management decisions when comparing silvicultural options in terms of mushroom production. Mixed modelling was used to model the dependence of mushroom production on stand and site factors. The results showed that productions were greatest when stand basal area was approximately 20 m2 ha-1. Increasing elevation and northern aspect increased total mushroom production as well as the production of edible and marketed mushrooms. Increasing slope decreased productions. Marketed Lactarius spp., the most important group collected in the region, showed similar relationships. The annual variation in mushroom production correlated with autumn rainfall. Mushroom species richness was highest when the total production was highest.

Notes fitocenologiques IV

En connexion avec un travail monographique sur la vallée de Ribes (Pyrénées orientales), l'auteur décrit huit associations nouvelles: Veronico (urticifoliae)-Betuletum, forêt acidophile et hygrophile propre aux versants très ombragés; Allio-Calamagrostietum arundinaceae, mégaphorbiée de l'alliance Calamagrostion; Bellardiochloo-Festucetum nigrescentis, pelouse' très acidophile peuplant les pentes rocheuses et chaudes de l'étage subalpin; Rhinantho (mediterranei)-Trisetetum flavescentis et Astrantio-Avenuletum pubescentis, prairies de fauche, la première ( al. Arrhenatherion') très étendue dans tout l'étage montagnard, la deuxième (al. Polygono-Trisetion) assez localisée dans le montagnard supérieur ; Gentianô' (luteae)-Trisetetum, type de prairie faisant le passage entre l'Arrhenatherion et le Mesobromion; et Swertio-Caricetum nigrae, bas marais d'haute montagne, silicicole mais pas nettement acidophile. Au sein de l'association Prunello-Sarothamnetum, l'auteur propose deux nouvelles sous-associations: buxetosum, la plus commune dans l'étage montagnard, et genistetosum purgantis, en contact avec le Genistion purgantis.

Consideraciones generales sobre la flora del valle de Ribes

Coup d'oeil sur la flore de la vallée de Ribes (Pyrénées catalanes). On fait des commentaires critiques des principales publications apportant des données floristiques sur la contrée: le «Catàlech de la Flora de la Valí de Nuria», d'E. VAYREDA I VILA , la «Flora de la Valí de Nuria i els seus encontorns», de Frère SfeiMNEN, la «Flora de Catalunya», de J. CADEVALL I DARS et la «Végétation alpine des Pyrénées orientales», de J. BRAUNBLANQUET. On donne una liste partielle des espèces l'existence desquelles dans la région malgré y avoir été indiqués par divers auteurs parait inadmissible ou, au moins, fort douteuse. On indique la répartition dans la contrée de quelques plantes appartenant à des éléments phytogéographiques différents et on divise la contrée en des petits territoires, caractérisé chacun d'eux par de divers groupes d'espèces.

Trifolio-Thymetum caroli, associacio nova

Les auteurs décrivent una nouvelle association de l'aliance Sedo-Scleranthion, le Trifolio-Thymetum caroli, jusqu'ici connu de la Cerdagne et de la vallée de -Ribes (Pyrénées orientales)

Notes sobre la vegetacio nitrofila pirinenca

Les auteurs décrivent deux nouvelles associations nitrophiles propres aux Pyrénées: le Rumici-Chenopodietum boni-henrici, communauté subalpine des reposoirs de troupeaux et d'autres endroits rudéraux semblables, et le Taraxaco (dissecti)-Poetum supinae, colonisant les sols constamment pietinés. Ces deux communautés correspondent au complex de végétation rudérale que BRAUN-BLANQUET (1948) avait réuni dans le Chenopodieto-Taraxacetum pyrenaici.

« Relation de ce qui s'est passé au mariage du roy » Louis XIV et de la reine Marie Thérèse d'Autriche, fille du roi d'Espagne Philippe IV, « célébré à Fontarabie, le 3 juin 1660, dressée par M. le comte de Brienne, fils, qui a esté à cette ceremonie et a signé le contrat de ce mariage, en qualité de secretaire d'Estat, pourveu de cette charge, à la survivance de M. le comte de Brienne, son père ». Écrit à Ciboure « le 4e juin 1660 ». (Fol. 1-12).

Contient : « Relation de ce qui s'est passé », le 6 juin, dans l'île de la Conférence, entre les deux rois, pour la prestation du serment de la paix des Pyrénées et la signature du traité, ainsi qu' « à la ceremonie faite à St Jean de Luz, pour » le renouvellement du « mariage de Sa Maté, le [9e] juin 1660 ». Ciboure, 10 juin 1660

Mélanges généalogiques et historiques.

Contient : Maisons de Dreux et de La Mark ; Généalogie de la maison d'Alençon, composée au temps de Charles III, comte d'Alençon ; « Le lignage de Coucy, Dreux, de Bourbon et de Courtenay » ; Sommaire de la « Grandeur et excellence de la maison d'Anjou », par François Balduin (cf. Le Long, Bibl. hist., n° 35690) ; « Brief discours sur l'excellence... du pays d'Anjou », par Robin Du Fau (imprimé à Paris, en 1582 ; pet. in-8°) ; Chronique de Perceval de Cagny, copie de la main d'A. Duchesne (publiée en 1902 par M. H. Moranvillé pour la Société de l'histoire de France) ; Chronique des comtes et ducs d'Alençon jusqu'en 1473 (Le Long, Bibl. hist., n° 25393) ; Concession par Louis XI à René d'Alençon de la jouissance du comté du Perche ; Fragments divers relatifs à l'histoire d'Alençon ; Chronique des comtes d'Eu, de 1130 à 1390 (publiée dans les Hist. de France, t. XXIII, p. 439) ; Pièces relatives au comté d'Eu ; Généalogie des comtes d'Eu, provenant de l'abbaye d'Eu ; Chroniques de la maison d'Eu ; « Chroniques de Vitré », par Pierre Le Baud ; Additions à la chronique précédente, par Jean Gesland, avocat fiscal de Laval ; Comtes de Dreux ; Comtes de Provence ; Dauphins de Viennois ; Comtes de Beaujolais ; Extrait de chroniques de Limoges ; Extraits de Bernard Gui ; Extraits du Petit Thalamus de Montpellier ; Histoire des comtes de Foix jusqu'en 1490, en français (cf. ms. fr. 5404) ; Extrait de l'inventaire du Trésor des chartes de Béarn ; Mémoire sur la souveraineté de Béarn, par Marca ; Description des pays entre l'Adour, les Pyrénées et la mer ; Note sur les premiers vicomtes de Béarn ; Lettre de Suavius, abbé de Saint-Sever en Gascogne, au pape Pascal II ; Extraits de lettres de Besly à Dupuy (18 janvier 1621) et au P. Sirmond (1 novembre 1620), sur les vicomtes de Béarn ; Extrait d'un mémoire de Marca sur les premiers vicomtes de Béarn

Parc des Princes, 24/10/20, équipe Section Paloise [rugby] : [photographie de presse] / [Agence Rol]

Référence bibliographique : Rol, 61678

Jeux d'acteurs et enchevêtrement des vecteurs d'action : sociologie qualitative et approche interdisciplinaire du processus de patrimonialisation de l’usine de Paulilles devenue «site classé»

Thèse réalisée en cotutelle avec l'Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), France.

De episcopis Hispaniarum : agents of continuity in the long fifth century

En année 408 après J.-C., l’Espagne, malgré sa position péninsulaire à la fin de l’Europe, était intégrée à une culture pan-Méditerranéenne qui s’étendait du Portugal jusqu’à la Syrie. Trois décennies n’étaient pas encore passées depuis l’instauration du Christianisme comme religion de l’état romain et l’Eglise Catholique était en pleine croissance. L’année suivante, l’Espagne entra sur une voie de transformation irrémédiable alors que les païens, avec leurs langues barbares Germaniques franchirent les Pyrénées portant la guerre et la misère aux Hispano-Romains et fondant leurs royaumes là où auparavant gouvernait l’état romain. Dans le désarroi du Ve siècle, les évêques Catholiques luttèrent pour imposer leur dominance dans les communautés et dans les coeurs des pieux. À la lumière des progrès dans l’archéologie et la qualité des éditions critiques de nos sources littéraires est venu le moment d’identifier les évêques ibériques avec une attention aux conditions régionales. Ce mémoire caractérise les évêques de l’Espagne et du Portugal et démontre les épreuves auxquelles ils firent face comme intermédiaires entre indigènes et envahisseurs, comme évangélistes parmi les païens, persécuteurs des apostates et gardiens de la romanitas à la fin du monde Antique.

Apoyo a la implantación del programa bilingüe español-francés e introducción de nueva metodología didáctica en conocimiento del medio.

Seleccionado en la convocatoria: Ayudas a la innovación e investigación educativa en centros docentes de niveles no universitarios, Gobierno de Aragón 2010-11