Computational models for and from biology : simple gene assembly and reaction systems

The advancement of science and technology makes it clear that no single perspective is any longer sufficient to describe the true nature of any phenomenon. That is why the interdisciplinary research is gaining more attention overtime. An excellent example of this type of research is natural computing which stands on the borderline between biology and computer science. The contribution of research done in natural computing is twofold: on one hand, it sheds light into how nature works and how it processes information and, on the other hand, it provides some guidelines on how to design bio-inspired technologies. The first direction in this thesis focuses on a nature-inspired process called gene assembly in ciliates. The second one studies reaction systems, as a modeling framework with its rationale built upon the biochemical interactions happening within a cell. The process of gene assembly in ciliates has attracted a lot of attention as a research topic in the past 15 years. Two main modelling frameworks have been initially proposed in the end of 1990s to capture ciliates’ gene assembly process, namely the intermolecular model and the intramolecular model. They were followed by other model proposals such as templatebased assembly and DNA rearrangement pathways recombination models. In this thesis we are interested in a variation of the intramolecular model called simple gene assembly model, which focuses on the simplest possible folds in the assembly process. We propose a new framework called directed overlap-inclusion (DOI) graphs to overcome the limitations that previously introduced models faced in capturing all the combinatorial details of the simple gene assembly process. We investigate a number of combinatorial properties of these graphs, including a necessary property in terms of forbidden induced subgraphs. We also introduce DOI graph-based rewriting rules that capture all the operations of the simple gene assembly model and prove that they are equivalent to the string-based formalization of the model. Reaction systems (RS) is another nature-inspired modeling framework that is studied in this thesis. Reaction systems’ rationale is based upon two main regulation mechanisms, facilitation and inhibition, which control the interactions between biochemical reactions. Reaction systems is a complementary modeling framework to traditional quantitative frameworks, focusing on explicit cause-effect relationships between reactions. The explicit formulation of facilitation and inhibition mechanisms behind reactions, as well as the focus on interactions between reactions (rather than dynamics of concentrations) makes their applicability potentially wide and useful beyond biological case studies. In this thesis, we construct a reaction system model corresponding to the heat shock response mechanism based on a novel concept of dominance graph that captures the competition on resources in the ODE model. We also introduce for RS various concepts inspired by biology, e.g., mass conservation, steady state, periodicity, etc., to do model checking of the reaction systems based models. We prove that the complexity of the decision problems related to these properties varies from P to NP- and coNP-complete to PSPACE-complete. We further focus on the mass conservation relation in an RS and introduce the conservation dependency graph to capture the relation between the species and also propose an algorithm to list the conserved sets of a given reaction system.

Bayesian analysis of SEIR epidemic models

This thesis concerns the analysis of epidemic models. We adopt the Bayesian paradigm and develop suitable Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithms. This is done by considering an Ebola outbreak in the Democratic Republic of Congo, former Zaïre, 1995 as a case of SEIR epidemic models. We model the Ebola epidemic deterministically using ODEs and stochastically through SDEs to take into account a possible bias in each compartment. Since the model has unknown parameters, we use different methods to estimate them such as least squares, maximum likelihood and MCMC. The motivation behind choosing MCMC over other existing methods in this thesis is that it has the ability to tackle complicated nonlinear problems with large number of parameters. First, in a deterministic Ebola model, we compute the likelihood function by sum of square of residuals method and estimate parameters using the LSQ and MCMC methods. We sample parameters and then use them to calculate the basic reproduction number and to study the disease-free equilibrium. From the sampled chain from the posterior, we test the convergence diagnostic and confirm the viability of the model. The results show that the Ebola model fits the observed onset data with high precision, and all the unknown model parameters are well identified. Second, we convert the ODE model into a SDE Ebola model. We compute the likelihood function using extended Kalman filter (EKF) and estimate parameters again. The motivation of using the SDE formulation here is to consider the impact of modelling errors. Moreover, the EKF approach allows us to formulate a filtered likelihood for the parameters of such a stochastic model. We use the MCMC procedure to attain the posterior distributions of the parameters of the SDE Ebola model drift and diffusion parts. In this thesis, we analyse two cases: (1) the model error covariance matrix of the dynamic noise is close to zero , i.e. only small stochasticity added into the model. The results are then similar to the ones got from deterministic Ebola model, even if methods of computing the likelihood function are different (2) the model error covariance matrix is different from zero, i.e. a considerable stochasticity is introduced into the Ebola model. This accounts for the situation where we would know that the model is not exact. As a results, we obtain parameter posteriors with larger variances. Consequently, the model predictions then show larger uncertainties, in accordance with the assumption of an incomplete model.

« Satyres » et pièces libres.

Recueil de poésies sur différentes personnalités du temps d'Henri IV. Voici quelques-uns des titres ou des noms qu'on y relève : « Prosopopée en forme d'épitaphe » sur la mort de Gabrielle d'Estrées (fol. 2) ; « pasquin contre Charlotte Du Tillet, 1599 » (fol. 4 v°) ; « sur un Orphée que M. de Gondi fist venir d'Italie » (fol. 10) ; « les faicts et gestes de la Raverie, courtisane... par Me Guillaume, reveus et corrigés... par Angoulevent [Nicolas Joubert, cf. Dreux Du Radier, Récréations historiques, t. I (1768), p. 36], en l'an 1602 » (fol. 12) ; « responce à ce qui fut faict contre Mme la Marquise de Verneuil » (fol. 16) ; « les souspirs du révolté Biron » et « stances » en sa faveur (fol. 21 v° et 24 v°) ; « pasquin en l'année 1602 » (fol. 25 v°) ; « apocalipse de Pasquil », cf. ms. français 883, fol. 66 (fol. 30) ; « tombeaux » (fol. 34) ; « vision d'Aristarque » (fol. 42 v°) ; « ode à Monseigneur de Rosni, grand maistre de l'artillerie, 1601 » (fol. 45 v°), etc.

Collection de titres et généalogies, formée par Charles-François BLONDEAU DE CHARNAGE († 1776). MELANGES. Français 26469 (161)

Montres d'armes et pièces militaires (1686-1690) ; — confirmation de l'hérédité aux notaires et procureurs (1690) ; — création de maréchaussées en Franche-Comté (1692) ; — création d'un président et de six notaires-secrétaires en la Chambre des comptes de Dole (1693) ; — suppression des offices de conseillers lieutenants-généraux de police, excepté à Paris, et création de nouveaux offices de conseillers lieutenants-généraux (1699) ; — création de contrôleurs des deniers patrimoniaux et d'octrois et de substituts des procureurs du roi (1694) ; — arrêt du Conseil d'État prescrivant la confection d'un état du personnel des corporations d'arts et métiers (1673) ; — procureurs du roi et greffiers des villes (1691) ; — officiers municipaux (1693) ; — notaires, procureurs, huissiers et sergents (1701) ; — détenteurs d'héritages (1711) ; — offices municipaux (1737-1738) ; — billets de monnaie (1707) ; — laines de Languedoc, de Provence et du Dauphiné (1742) ; — loterie royale (1755) ; — loterie de l'École militaire (1757) ; — récit de la victoire remportée par la flotte française à Gibraltar (1756) ; — ode sur la paix ; — mausolée de Languet de Gergy, curé de St-Sulpice ; — factum pour Jean Sarrazin contre Nicolas Le Fèvre ; — arrêt sur la péremption (1703) ; — attaque du fort St-Philippe (1756) ; — les cabriolets justifiés ; — plan d'association ; — compliment à F.-M. de Verthamon ; — conjuration à Malte (1749) ; — requête du curé de Fontenoy au roi ; — les Tronchinades ; — lettre d'un Français à un Anglais ; — pamphlet en vers contre le pape ; — Nantes (1705) ; — Constitution Unigenitus (1720-1733) ; — condamnation d'une thèse de Jean-Martin de Prades (1752) ; — arrêt en faveur du curé de St-Nicolas-des-Champs (1754) ; — arrêt contre la Lettre de M. l'évêque de Boulogne à M. le Procureur général (1754) ; — arrêt contre Laugieur de Beaurecueil, curé de Ste-Marguerite, à Paris (1755) ; — chapitre Ste-Croix d'Orléans (1755) ; — suppression de deux chambres des Enquêtes (1757) ; — officiers et affaires du Parlement (1753) ; — arrêt concernant la délivrance des prisonniers d'Orléans à l'avènement des évêques de cette ville (1753) ; — mandements de l'archevêque de Paris, des vicaires-généraux de Bourges et de l'évêque de Troyes (1756-1758) ; — règlement pour la chambre des Vacations, tenue aux Grands-Augustins (1753) ; — St-Sauveur de Lille.

OEuvres de « VINCENT COSSARD », savoir.

Contient : 1 « Livre des causes ou principes et origines des deux Natures » ; 2 « Discours et resolution de la divination, ou Divine et souveraine verité touchant ce qui est à advenir de la guerre des chrestiens et Ismaëlites ou Turchz. De la victoire, en quel lieu sera, et pourquoy. 1575 » ; 3 « La dixieme partie ou section des OEuvres de JAMBLICUS, des Misteres des Egyptiens. 1576 » ; 4 « Consideration du christianisme » ; 5 « La Rome babylonique, ou Petit traicté de la confusion et ruine babylonique en la cité de Rome » ; 6 « Premiere partie de la Demonstration du vespre du monde. 1577 ». Précédée d'une lettre « à Richard Crosnier, presbtre » ; 7 « La Dispute du pape Sylvestre avec les Juifz, celebrée à Rome l'an trois cens apres l'Incarnation, en la presence de l'empereur Constantin et Helene, sa mere, Augustes, touchant la verité de Jesus Christ, Dieu incarné, juxte les antiennes promesses et propheties dont est tres doctement par le meme texte de l'Escripture saincte refutée l'erreur non seulement des Juifz et Mahometains touchant la Trinité, mais aussi de plusieurs heretiques antiens et modernes » ; 8 « De la Naissance, progres et fin de l'empire romain, oeuvre composé, depuis trois cens ans, par ENGELBERT, abbé d'Aumont, faict françois. 1575 » ; 9 « Les quatre Livres de PHILIPPE THEOPH. PARACELSE. De la longue Vie, ou Conservation et prorogation de la vie, faict françoys du latin, l'an. commençant 1576 » ; 10 « Oratio in Assumptione B. Virginis, habita Rothomagi, anno 1576 » ; 11 « Ad senatum urbis novae et fortissimae Portus Gratiae, totius Galliae propugnaculi » ; 12 « In S. Elizabethae, virg. Sconaugiensis, sermonem sextum, sive cap. 4, lib. 2 Viarum Dei sive visionum, inscriptum de Via praelatorum, praefatio ad... Jo. Ruffum, ecclesiae quae est in sylvula Anneburgii antistitem » ; 13 « OΥINKENTIOΣ KOΣΣΑΡΔΟΣ. Ιωάννη τω̃ αυτου̃ πατρι ευ πράττειν », lettre, en grec, de Cossard à son père, 15 décembre 1570 ; 14 Lettres latines, de « GUILLAUME POSTEL à Cossard » ; 3 janvier 1576 (fol. 192); — de « V. COSSARD à G. Postel », 27 septembre 1576 (ibid.), — de « LOUIS MARTEL à V. Cossard », 11 septembre 1576 (fol. 193) ; — de « V. COSSARD à G. Postel », 1er juillet 1577 (ibid.) ; — de « G. POSTEL à V. Cossard », 10 juillet 1577 (fol. 194) ; — de « G. POSTEL à V. Cossard », 2 mai (ibid) ; 15 « Epistre presentée par COSSARD à Mgr le reverendissime archevesque de Raims et abbé de Fescamp, 1576 » ; 16 « Preface à tres affectionné zelateur de la vraye pieté et syncerité du christianisme, Me Robert Joly, prestre, sur la generale et terrible vision faicte à noble et religieuse personne F. Robert, premierement prestre seculier, et depuis, de l'ordre Saint Dominique ; mise en françoys, pour la conversion du monde babylonique, apres avoir été cachée l'espace de 288 ans » ; 17 « Nemo, sive Sermo de vita et rebus gestis viri ad hunc diem incogniti Neminis, videlicet contemporanei Deo Patri, Filio coessentialis, et origine conformis Spiritui Sancto » ; 18 « La Voix du desert » ; 19 « Specilegium exercitationum poeticarum », en vers français ; 20 « Chant royal sur la pure et tres saincte Conception de la Vierge » ; 21 « Ballade sur la mesme Immaculée Conception » ; 22 « Consideration ou elegie sur la mort de Me Romain Cossard, premier aux esleus pour le roy à Rouen » ; 23 « Dixain sur la mort du mesme » ; 24 « Ode sur la mort du dict sieur Esleu, mise à l'entour du cierge bruslant sur le tombeau » ; 25 « Elegie sur la mort de damoyselle Marie Le Bouteiller » ; 26 Lettre à « damoysele Marie Le Bouteiller, mere de la deffuncte, sur la mort de son filz, qui mourust un an apres » ; 27 « Au Roy de la febve », vers ; 28 « Chant royal sur l'Immaculée et saincte Conception » ; 29 « Priere à la Vierge pour le roy » ; 30 « Ballade sur la mesme Conception » ; 31 « Autre ballade » ; 32 Epigrammes traduites d'« ARCHIAS », de « MELEAGRE », de « PALLADE », etc ; 33 « Sonnet sur la tres saincte Conception » ; 34 « Sur le tombeau d'un paovre », traduit « du latin de PONTAN » ; 35 « Quatrain de FRANÇOIS DUFRESNE » ; 36 « Ex Th. Moro », quatrain ; 37 « Horatiana rapsodia pro tumulo », centon de vers d'Horace ; 38 « Tombeau », vers

砥石齋二種曲Zhi shi zhai er zhong qu.Deux pièces du pavillon Zhi shi.

Contient : I詩扇記傳奇Shi shan ji chuan qi.Histoire d'un éventail avec une ode ; II夢裏緣傳奇Meng li yuan chuan qi.La fortune en songe ; III砥石齋韻品雜齣Zhi shi zhai yun pin za chu.Scènes diverses avec poésies du pavillon Zhi shi ; IV賞心幽品四種Shang xin you pin si zhong.Quatre scènes pour réjouir le fond du cœur ; V破牢愁Po lao chou .Le chagrin de l'appui brisé ; VI砥石齋散 (sic) 曲Zhi shi zhai san qu.Scènes diverses du pavillon Zhi shi

Recueil de poésies du XVIe siècle.

Contient : 1 « Epitre d'une jeune dame de Paris à son amy » ; 2 Épître ; 3 « Sonet » ; 4 « Sonet » ; 5 Stances mythologiques « pour la royne, mere du roy... au roy... pour la royne... pour Monsieur » ; 6 « Panopée » ; 7 « Responce » à une chanson ; 8 « Sonet » ; 9 « Sonet » ; 10 « Le Paradis d'amour » ; 11 « Sonet » ; 12 « Epitafes de madame la princesse de Condé », en sonnets ; 13 « Dialogue d'un pourpoint et d'un robon qui jadis furent robes » ; 14 « Sonet chrestien » ; 15 « Autre Sonnet chrestien » ; 16 « A la fiebvre » ; 17 « Sonet » ; 18 « Sonet » ; 19 « Sonet » ; 20 « Sonet » ; 21 « Sonet » ; 22 « Quatrains » ; 23 « Autres Quatrains » ; 24 « Sonet » ; 25 « Responce » ; 26 « Autre Sonet » ; 27 « Autre Responce » ; 28 « Cartel sur la mort d'Amour » ; 29 « Quatrains » ; 30 « Sonet » ; 31 « Du mirouer de M.D.L.B. » ; 32 « Sonnet » ; 33 « Sonnet » ; 34 « Enigme » ; 35 « Sonnet » ; 36 « Sonnet » ; 37 « Sonnet » ; 38 « Sonnet » ; 39 « Stances » ; 40 « Sonnet » ; 41 « Chanson » ; 42 « Chanson » ; 43 « Stances » ; 44 « Chansonnette » ; 45 « Stances » ; 46 « Sonnet » ; 47 « Chanson » ; 48 « Sonnet » ; 49 « Chanson » ; 50 « Sonnet » ; 51 « Sonnet » ; 52 « Stances » ; 53 « Elegie » ; 54 « Sonnet » ; 55 « Sonnet » ; 56 « Sonnet » ; 57 « Sonnet pour monsieur de Ronsard » ; 58 « Sonnet » ; 59 « Sonnet » ; 60 « Sonnet » ; 61 « Sonnet » ; 62 « Discours » ; 63 « Pour feu monsieur de Quellus » ; 64 « Sonnet » ; 65 « Elegie » ; 66 « Petit Dialogue d'une dame de court et d'un pastour » ; 67 « Dialogue » ; 68 « Chanson » ; 69 « Sonnet » ; 70 « Sonnet chrestien » ; 71 Pièce « chrestienne » ; 72 « Dixain » ; 73 « Dixain » ; 74 « Douzain » ; 75 Quatrain « pour mettre aux prieres » ; 76 Pièce de vers ; 77 Huitain ; 78 « Chanson » ; 79 « Chanson » ; 80 « Chanson » ; 81 « Chanson » ; 82 « Pour une mascarade des.XII. dames des.II. roynes habillées en battus, faicte à Blois le XIX febvrier 1581 » ; 83 « Que la diversité plaist à toute essence » ; 84 « Enigme » ; 85 « Autre Enigme » ; 86 « Autre Enigme » ; 87 « Ode de Bayf rithmée à la françoise et mesurée à la grecque et latine » ; 88 Quatrains « au roy... à la royne, mere du roy... à la royne... à Monsieur... à madame la princesse de Lorraine... aux gentilz hommes » ; 89 « Enigma » ; 90 « Elegie à Philippes Desportes, Chartrain... par RONSARD » ; 91 « Epistre à Lyon Jamet,.M.D.XXXVI., par CL. MAROT » ; 92 « Epistre du coq à l'asne, envoyée d'ung quidam à son compere, 1536 » ; 93 « Epistre de l'asne au coq,.M.D.XLIIII » ; 94 « Epistre de Pasquille de Romme aux jeuneux de Paris, 1543 » ; 95 « Chanson siciliane » ; 96 « Sonnet » ; 97 « Sonnet » ; 98 « Sonnet » ; 99 « Sonet » ; 100 « Chanson mise du biscayn en françois » ; 101 « Sonnet »

Français 2313

Contient : 1° « Traductions faictes par le roy CHARLES neufiesme, que luy bailloit à faire son precepteur si renommé, Jacques Amiot, evesque d'Auxere et grand aumosnier de France », à savoir ; 1 « Oraison de CICERON pour T. Annius Millon » ; 2 « Oraison de CICERON pour M. Marcellus » ; 3 « Ordre de l'oracion de CICERON pour la loy de Manlius » ; 2° Exercices littéraires, à savoir ; 1 Exorde d'oraison funèbre ; 2 Dissertation en forme de lettre sur « la condition de ceux que le monde appelle grandz » ; 3 Discours politique sur l'obéissance due au prince ; 3° « Responce de POLEMANDRE à la lettre de Cleophon (Colombey) sur les affaires de ce temps » ; 4° Dialogue de « Dotour et d'Angoulevant » ; 5° Fragment de lettre ; 6° « Table contenant la division des universelz » ; 7° « Discours sur l'endurcissement au peché, en forme de comparaison, traduit par M. LE MAISTRE » ; 8° « Discours satyrique contre l'ode de Godeau presentée au roy... par monsieur COSTAR, prestre » ; 9° « Preceptes de la predication »

Recueil de copies de pièces relatives aux guerres de religion sous Louis XIII.

Contient : 1 « Memoires des choses les plus notables advenues en haut et bas Languedoc et haute Guyenne soubs la conduitte du duc Henri de Rohan, durant les troubles des années 1621 et 1622, jusques à la paix » ; 2 « Declaration du roy LOUYS [XIII] pour la paix accordée à ceux de la religion... Donné à Montpellier, le vingtiesme jour d'octobre mil six cent vingt deux » ; 3 « Brevet pour la levée des restes et impositions faictes durant la guerre ». 14 octobre 1622 ; 4 « Brevet sur la nomination des depputés generaux de l'année 1622 » ; 5 « Brevet general accordé à ceux de la religion, en suitte de la declaration precedente ». 24 octobre 1622 ; 6 « Brevet accordé aux villes de Nismes, Castres, Uzez et Milhau pour la moityé des fortifications nouvelles ». 25 octobre 1622 ; 7 « Brevet particulier accordé à la ville de Montpellier ». 18 octobre 1622 ; 8 Lettre de CHARLES D'ALBERT, duc et connétable « DE LUINES,... à monsieur le duc de Rohan,... De Chizé, le dernier may 1621 » ; 9 Lettre de « HENRY [duc] DE ROHAN,... à monsieur le duc de Luines, pair et connestable de France... De Tonneins, juin 1621 » ; 10 « Lettre du connestable [CHARLES D'ALBERT, duc] DE LUINES, au duc de Rohan,... Du camp devant St Jean, ce unzieme juin 1621 » ; 11 « Responce du duc DE ROHAN,... De Montauban, le 20 juin 1621 » ; 12 « Instruction baillée par le duc [HENRI] DE ROHAN au baron de St Angel, sur la proposition qu'il a faicte audit duc de la part du connestable de Luines » ; 13 « Lettre du duc [HENRI] DE ROHAN à l'assemblée generalle, par laquelle il luy donne advis des propositions qui luy ont esté faites par le baron de St Angel, de la part du connestable de Luines,... De Montauban, le 20e??? juin 1621 » ; 14 et 15 Deux lettres de MAXIMILIEN DE BETHUNE, « duc DE SUILLY,... à monseigneur le duc DE ROHAN » ; 14 « De Cadenac, ce 18e juillet 1621 » ; 15 « De Cadenac, ce 28e juillet 1621 » ; 16 « Lettre du connestable DE LUINES au duc de Rohan,... De Tonneins, ce 6 aoust 1621 » ; 17 et 18 Deux lettres du « duc DE SUILLY au duc de Rohan » ; 17 «De Cadenac, ce unziesme aoust 1621 » ; 18 « Du camp devant Montauban, ce 22 aoust 1621 » ; 19 « Responce du duc DE ROHAN au duc de Suilly,... De Millau, ce 27 aoust 1621 » ; 20 « Lettre du roy d'Angleterre, JACQUES [Ier], au duc de Rohan,... A nostre palais de Theobalds, ce 18 juillet 1621 » ; 21 « Propositions de la part du roy [Louis XIII] touchant la paix, avec les responces qui furent remises es mains de l'ambassadeur du roy de la Grande Bretaigne » ; 22 « Submissions conseillées à ceux de Montauban » ; 23 « Extrait des actes de l'assemblée generalle des eglizes reformées de France et souveraineté de Bearn. Du 7 janvier 1622 » ; 24 « Coppie de la requeste que l'assemblée vouloit presenter au roy » ; 25 « Lettre de l'assemblée generalle à l'ambassadeur d'Angleterre... De La Rochelle, ce 10 janvier 1622 » ; 26 « Instruction donnée par [JEAN DE BEAUDEAN, comte DE] « PARABERE, aux sieurs de Chauffepied et de Sivort, envoyez par luy à La Rochelle, par permission du roy » ; 27 « Memoire donné par le duc DE ROHAN au sieur Des Isles, pour communicquer à Mr de Bleinville, passant à la cour pour aler à La Rochelle; avec les responces en marge » ; 28 « Discours fait par le sieur DES ISLES à l'assemblée generalle, sur ce qui c'est passé en Lenguedoc ; avec la demande qu'il fait d'un pouvoir pour le duc de Rohan, pour traitter de la paix » ; 29 « Pouvoir de l'assemblée generalle, donné au duc de Rohan pour traitter de la paix... 21 janvier 1622 » ; 30 Lettre de FRANÇOIS DE BONNE, duc DE « LESDIGUIERES,... à monseigneur le duc de Rohan,... De Vallance, le 10 febvrier 1622 » ; 31 « Memoires et instructions pour le Sr Des Isles, deputé par le duc DE ROHAN vers le duc Desdiguieres et la province de Vivaretz... Faict à Montpellier, le 6 mars 1622 » ; 32 « Negotiation du sieur DES ISLES avec le duc Desdiguieres, touchant Bays sur Bays et Le Pouzin, et jusques à l'entrevue des ducs de Rohan et Desdiguieres » ; 33 Extrait des actes de l'assemblée provincialle tenue à La Salle », le 31 mai 1622 ; 34 « Articles convenus entre les ducs de Rohan et de Lesdiguieres,... Fait à Laval en Languedoc, le 3 jour d'avril 1622 » ; 35 « Autres Articles convenus en suitte des precedans ; 36 « Lettre du duc DE ROHAN au roy [Louis XIII], sur le sujet de la conference d'entre luy et le duc Desdiguieres,... De Barjac, ce 4 d'apvril 1622 » ; 37 « Extraict des registres des conseilz tenuz en la maison commune de la ville de La Rochelle, du lundy 27 septembre 1622, par lequel est donné pouvoir au duc de Rohan de demander la paix et la conclure » ; 38 « Lettre du roy d'Angleterre Jacques [Ier] au duc de Rohan,... De nostre cour à Teobaldes, ce 15 septembre 1622 » ; 39 « Entreprise descouverte sur la ville de Castres » ; 40 « Commission donnée par le duc DE ROHAN au provost general, pour informer » de la trahison des consuls de Castres qui avaient voulu livrer la ville entre les mains du roi. « Donné à Castres, le dix neufiesme jour de septembre, l'an mil six cens vingt un » ; 41 « Audition de maistre Denis Maltret, advocat en la cour, et premier consul de la presante ville de Castres... Fait à Castres, le dix neufiesme septembre mil six cens vingt un » ; 42 « Proces verbal du provost... general de l'armée » du « duc de Rohan,... L'an mil six cens vingt un, le dix neufiesme jour du moys de septembre » ; 43 « Patantes du roy LOUYS [XIII], en faveur du Sr Maltret, par lesquelles il appert de la verité de ce dont il est accuzé... Donné à Beziers, le dixiesme jour du moys d'aoust, l'an de grace mil six cens vingt deux » ; 44 « Discours touchant l'assamblée du cercle, composée de cincq provinces, savoir : haut Languedoc et haute Guyenne, bas Languedoc, Sevenes et Gevaudan, Vivaretz et Dauphiné » ; 45 « Extrait des actes et registres de la maison consulaire de Nismes... Du mardy seiziesme jour de novembre » 1621 ; 46 « Extrait des actes et registres de la maison consulaire de Nismes... Du Vendredy treziesme jour du moys de may » 1622 ; 47 «Aprobation du duc DE ROHAN des actes cy dessus... Donné à Nismes, le vingt ungniesme jour de may » 1622 ; 48 « Coppie des memoyres et instructions trouvées entre les mains du Sr de Tortolon, lorsqu'il feust arresté prisonnier à Valerangue » ; 49 Lettre de l'assamblée du bas Languedoc à l'assamblée generalle, pour l'advertir de la nommination qu'ilz ont faitte du duc de Rohan pour leur general... De Sommieres, janvier 1622 » ; 50 « Autre Lettre de l'assamblée du bas Languedoc à l'assamblée generalle, pour l'assamblée du cercle... De Sommieres, janvier 1622 » ; 51 « Memoires de l'assamblée du bas Languedoc, pour la revocquation du cercle » ; 52 « Lettre de l'assamblée des Sevenes et Gevaudan à l'assamblée generalle, pour la nomination qu'ils ont faitte du duc de Rohan pour leur general, et pour la revocation du cercle... Allez, le 27 janvier 1622 » ; 53 « Memoires de l'assamblée provincialle des Sevenes et Gevaudan, pour la revocation du cercle... Allez, ce 27 janvier 1622 » ; 54 « Memoires du duc DE ROHAN, pour la revocation du cercle » ; 55 « Audition » de « Pierre Rabat, docteur en theologie, ministre de la parolle de Dieu, en l'eglize de Castagnolz... Du mardy troisiesme jour de may mil six cens vingt deux, à Montpellier » ; 56 « Extrait des actes de l'assamblée provincialle des eglizes reformée[s] de la province du bas Languedoc, tenue en la ville de Nismes... commancée le 25 may 1622 » ; 57 « Extrait des actes de l'assamblée provincialle des Sevenes, convocquée en la ville d'Allez par monseigneur le duc de Rohan, chef et general des eglizes reformée[s] de France, le septiesme de septembre mil six cens vingt deux » ; 58 « Discours touchant l'assamblée de Lunel » ; 59 « Articles proposés par le Sr de Bensillon, de la part de Mr de Chastillon ; avec les responces en marge du duc DE ROHAN » ; 60 « Instructions envoyées par le duc DE ROHAN à ses agents des trois villes » ; 61 « Memoires et instructions pour messieurs du Puy, juge de Puy Laurens et Daneau, pasteur de Castres, de la part de la province du haut Languedoc » ; 62 « Envoy des ducs de Bouillon et de La Trimouille vers le duc de Rohan » ; 63 Lettre de « HENRY DE LA TOUR,... duc DE BOUILLON, au duc de Rohan,... De Sedan, le premier de juin 1622 » ; 64 Lettre de « HENRY DE LA TRIMOUILLE [duc DE THOUARS]... au duc de Rohan,... A Sedan, ce premier de juin 1622 » ; 65 « Promesse du duc DE ROHAN aux ducs de Bouillon et de La Trimouille,... Fait au Vigan, le quatorziesme juillet, l'an mil cinq cens vingt deux » ; 66 « Proceiz fait à Bimart, sur la depesche surprise du president Du Faure, et sa confession » ; 67 « Lettre de creance du presidant DU FAURE au Sr Galepin, qui se tenoit à Beaucaire... De Frontignan, ce 19 juillet 1622 » ; 68 « Lettre en chiffre du presidant DU FAURE à Galepin » ; 69 « Memoire du presidant DU FAURE, trouvé à Giraut » ; 70 « Lettre de creance du presidant DU FAURE,... à monseigneur de Montauban, gouverneur du Montellimar... De Frontignan, ce 20 juillet 1622 » ; 71 « Instruction » du Sr « GOUVERNET,... à Giraut, pour entretenir Montauban » ; 72 « Procez verbal de Bimart, fait sur la question ». 26 juillet 1622 ; 73 « Jugement et condamnation à mort de Bimart » ; 74 « Lettre du roy d'Angleterre JACQUES [Ier]... au duc de Rohan,... De Royston, le 13 novembre 1622 » ; 75 « Extraict des actes de l'assamblée generalle des eglises reformée[s] de France et souveraineté de Bearn, tenant à La Rochelle », 9 et 10 novembre 1622 ; 76 « Lettre du duc DE BOUILLON au duc de Rohan, sur la paix... De Sedan, ce 9 novembre 1622 » ; 77 « Lettre du duc DE LA TRIMOUILLE au duc de Rohan,... Le 8e de novembre » ; 78 « Lettre de la ville de La Rochelle au duc de Rohan,... A La Rochelle, ce 25 novembre 1622 » ; 79 « Suittes de la paix » ; 80 et 81 Deux lettres du « roy... LOUYS » XIII ; 80 « au Srde Valençay,... Escript à Lion, le 18e jour de decembre 1622 » ; 81 « à monseigneur Arnaud, Me de camp du regiment de Champagne... Escript à Lion, le 18e de decembre 1622 » ; 82 « Articles presantez au roy [Louis XIII] par les deputez generaux ; avec les responces en marge » ; 83 « Memoires envoiez au roy [Louis XIII] par le duc DE ROHAN, touchant les affaires du bas Languedoc, le 6 janvier 1623 » ; 84 « Lettre du roy LOUIS [XIII] au duc de Rohan,... Escript à Paris, le 17 janvier 1622 » ; 85 Lettre de RAIMOND « PHELIPEAUX D'HERBAUT, secretaire d'Estat, au duc de Rohan,... De Paris, le 16e de janvier 1623 » ; 86 « Lettre du duc DE ROHAN au roy... De Montauban, le 29 janvier 1623 » ; 87 « Responce du roy LOUYS [XIII] au duc de Rohan,... Escript à Paris, le 20 febvrier 1623 » ; 88 « Lettre du Sr D'HERBAUT au duc de Rohan,... A Paris, ce 20 febvrier 1623 » ; 89 « Instructions baillées par le duc DE ROHAN à Des Isles, s'en allant en cour pour le subjet de sa detention... Fait à Montpellier, le 26e de febvrier 1623 » ; 90 « Autres Instructions audit Sr Des Isles pour le mesme sujet... Fait à Montpellier, le 27e febvrier 1623 » ; 91 « Lettre du roy [LOUIS XIII] au duc de Rohan, touchant sa liberté... Escript à Paris, le 4e jour de mars 1623 » ; 92 « Lettre du Sr D'HERBAUT au duc de Rohan, sur sa liberté... A Paris, ce 4 mars 1623 » ; 93 « Responce du duc DE ROHAN au roy, touchant sa liberté... A Nismes, ce 15e de mars 1623 » ; 94 « Memoire baillé par le duc DE ROHAN à Limouziniere, pour porter à la duchesse de Rohan, sa femme » ; 95 « Lettre du roy LOUYS [XIII] au duc de Rohan,... A Paris, le 15 jour de mars 1623 » ; 96 « Lettre du Sr D'HERBAUT au duc de Rohan,... A Paris, ce 15 mars 1623 » ; 97 « Lettre du roy LOUYS [XIII] au duc de Rohan,... A Paris, le 25 mars 1623 » ; 98 « Lettre du Sr D'HERBAUT au duc de Rohan,... A Paris, ce 25 mars 1623 » ; 99 « Lettre du duc DE ROHAN au roy » ; 100 et 101 Deux memoires envoyés par « le duc DE ROHAN à Esperandieu » ; 102 et 103 Deux lettres du « duc DE ROHAN » ; 102 « au roy [Louis XIII]... De Castres, ce 8e juin 1623 » ; 103 « à la reine mere [Marie de Médicis]... De Castres, ce 8 juin 1623 » ; 104 et 105 « Deux Memoires du duc DE ROHAN », l'un pour « le restablissement de la chambre dans Castres », l'autre « pour la sortye des gens de guerre de Montpellier » ; 106 « Instructions du duc DE ROHAN, envoyées à Des Isles pour le restablissement de la chambre dans Castres » ; 107 « Lettre du duc DE ROHAN aux deputez generaux sur ce qu'on veut mypartir les consulats en Rouergue » ; 108 « Lettre du roy LOUYS [XIII] au duc de Rohan, pour luy deffendre son entremise sur l'execution de la paix... Escript à St Germain en Laye, le 13 jeuillet 1623 » ; 109 « Lettre du Sr D'HERBAUT au duc de Rohan,... De St Germain en Laye, ce 13 juillet 1623 » ; 110 et 111 Deux lettres du « duc DE ROHAN » ; 110 « au roy [Louis XIII]... De Castres, ce 27e juillet 1623 » ; 111 « au Srd'Herbault,... De Castres, ce 26 juillet 1623 » ; 112 « Ordonnance des commissaires envoiez en l'an mil six cents pour l'execution de l'edit, touchant le consulat de Pasmiers » ; 113 « Arrest du conseil du roy, donné en l'an mil six cens deux, pour decider l'affaire du consulat de Pasmiers » ; 114 « Lettre du duc DE ROHAN aux deputez generaux, pour leur remonstrer l'importance de l'affaire de Pasmiers » ; 115 « Acte extorqué d'une partie des habitans de la ville de Montpellier, pour demander une citadelle et renoncer au brevet obtenu du roy par la paix » ; 116 « Harangue du Sr MANIALD, deputé general, pour empescher la citadelle de Montpellier » ; 117 « Le Conseil de la citadelle de Montpellier » ; 118 « Raisons de la paix faitte devant Montpelier » ; 119 « Brevet acordé à ceux de la religion, en l'année 1598 » ; 120 « Autre Brevet de la mesme année » ; 121 « Estat des deniers que le roy Henry [IV] veut et entend estre payez pour la solde des gens de guerre, estats et entretenement de gouverneurs estans en garnison es villes et places baillées en garde à ceux de la religion pretendue refformée... Rennes, 14 may 1598 » ; 122 « Estat de la somme employée en l'estat public, tant deçà que delà les monts... Rennes, 12 may » ; 123 « Estat des restes qui sont outre l'estat public et doivent estre payez par rescriptions... Rennes, le 17 may 1598 » ; 124 « Estat des places ausquelles le roy veut qu'il soit entretenu des hommes, ores qu'elles ne soyent ny en l'un ny en l'autre estat, et ce par les gouverneurs des places commandées cy dessoubz... Rennes, le 18 may 1598 » ; 125 « Distribution de 23,200 livres hors l'estat des garnisons, pour laquelle le roy faict delivrer les rescriptions » ; 126 « Estat des garnisons de Dauphiné » ; 127 « Antien petit Estat » ; 128 « Augmentation du petit estat » ; 129 « Pentions » ; 130 « Brevet pour la tenue des synodes, colloques et consistoires » ; 131 « Brevet pour l'assamblée generalle de Ste Foy, en l'an 1601 » ; 132 « Brevet accordé à ceux de la religion pour la tenue de l'assamblée generalle de Chastellerault, en l'an 1604 » ; 133 « Brevet accordé à ceux de la religion, en l'an 1605, pour la prolongation des places de seureté » ; 134 « Brevet pour l'explication du temps que doit commancer les huit années, durant lesquelles ceux de la religion doivent avoir des places de seureté » ; 135 « Memoires de ce qui s'est passé en ceste guerre, depuis le commencement de l'année 1625 jusques à la paix, accordée le cinqe de febvrier 1626 et ratiffiée au moys de mars suivant » ; 136 « Declaration du roy LOUIS [XIV] faicte pour la pacification de ses subjects... Donné à Paris, au mois de mars 1626 » ; 137 « Brevet » de décharge « des fortiffications faictes sans [la] permission » du roi « es villes tenues » par les protestants « ez provinces de Languedoc et Guyenne, depuis le premier jour de janvier 1625 jusques à la publication de la paix » ; 138 et 139 Deux Lettres du « duc DE ROHAN » ; 138 « au roy d'Angleterre [Charles Ier], du 24 avril 1625, sur les affaires du temps » ; 139 « à MM. les Estats de Hollande, du 28 avril 1625 » ; 140 « Acte de l'assemblée provinciale du haut Languedoc et haute Guyenne, du 1er de juin 1625, par laquelle le duc de Rohan est prié de reprendre la charge de general des eglises reformées à luy cy devant donnée par l'assemblée generalle de La Rochelle » ; 141 « Articles du traicté entre messeigneurs de Rohan et de Soubize et messrs les mayre, eschevins, conseillers, pairs, bourgeois et habitans de la ville de La Rochelle, sur le faict de l'union de ladicte ville aux armes et desseings desdicts seigneurs... Faict au camp, au chasteau d'Oleron, le dixseptiesme jour de may 1625 » ; 142 « Protestation du duc DE ROHAN, faicte à l'assemblée des quatre collocques, sur l'acceptation de la paix; avec la responce de l'assemblée, du 23e aoust 1625 » ; 143 « Articles presentez au roy par les depputez des communaultez de ceux de la religion, et les responces, en juillet 1625 » ; 144 « Acte d'acceptation de la paix, faict en l'assemblée tenue à Millau, le premier de novembre 1625 » ; 145 « Acte d'acceptation de la paix par l'assemblée tenue à Castres, le dixe janvier 1626, confirmant celuy de l'assemblée tenue à Millau, le premier de novembre 1625 » ; 146 Lettre des Srs « HOLLANDE et D. CARLETON,... ambassadeurs extraordinaires du roy de la Grande Bretaigne, au duc de Rohan,... De Paris, ce unziesme febvrier 1626 » ; 147 « Acte des ambassadeurs extraordinaires du roy de la Grande Bretaigne... Faict à Paris, ce unziesme jour de febvrier 1626 » ; 148 « Lettre de « FRANÇOIS D'ARSENS, ambassadeur extraordinaire des Estats, au duc de Rohan,... De Paris, ce 18 de febvrier 1626 » ; 149 « Ratiffication de la paix conclue en court par [les] deputez... des eglises reformées de France... le cinq de febvrier 1626, et approuvée à Nismes le 21 mars 1626 » ; 150 « Declaration des motifs et raisons qui ont obligé Mr le duc de Rohan de constituer prisonniers quelques habitans de la ville de Castres, le 6 janvier 1626 » ; 151 et 152 Deux sonnets ; 153 « Memoires ou journal du siege de Montpellier » ; 154 « Ode à monseigneur le duc de Rohan » ; 155 « Sonnet sur l'estat presant de Montpelier » ; 156 « Memoires du siege de Briatexte et des choses plus remarquables faittes durant iceluy » ; 157 « Entreprise de Sommieres, escripte par Mr DE ST BLANCARD, 5 juillet 1625 » ; 158 « Le Siege du Mas d'Azil et ce qui s'est passé en Fois durant les derniers troubles de l'année 1625, escrit par Mr DE ST BLANCARD »

Group-invariant solutions of semilinear Schrodinger equations in multi-dimensions

Symmetry group methods are applied to obtain all explicit group-invariant radial solutions to a class of semilinear Schr¨odinger equations in dimensions n = 1. Both focusing and defocusing cases of a power nonlinearity are considered, including the special case of the pseudo-conformal power p = 4/n relevant for critical dynamics. The methods involve, first, reduction of the Schr¨odinger equations to group-invariant semilinear complex 2nd order ordinary differential equations (ODEs) with respect to an optimal set of one-dimensional point symmetry groups, and second, use of inherited symmetries, hidden symmetries, and conditional symmetries to solve each ODE by quadratures. Through Noether’s theorem, all conservation laws arising from these point symmetry groups are listed. Some group-invariant solutions are found to exist for values of n other than just positive integers, and in such cases an alternative two-dimensional form of the Schr¨odinger equations involving an extra modulation term with a parameter m = 2−n = 0 is discussed.

Unfolded singularities of analytic differential equations

La thèse est composée d’un chapitre de préliminaires et de deux articles sur le sujet du déploiement de singularités d’équations différentielles ordinaires analytiques dans le plan complexe. L’article Analytic classification of families of linear differential systems unfolding a resonant irregular singularity traite le problème de l’équivalence analytique de familles paramétriques de systèmes linéaires en dimension 2 qui déploient une singularité résonante générique de rang de Poincaré 1 dont la matrice principale est composée d’un seul bloc de Jordan. La question: quand deux telles familles sontelles équivalentes au moyen d’un changement analytique de coordonnées au voisinage d’une singularité? est complètement résolue et l’espace des modules des classes d’équivalence analytiques est décrit en termes d’un ensemble d’invariants formels et d’un invariant analytique, obtenu à partir de la trace de la monodromie. Des déploiements universels sont donnés pour toutes ces singularités. Dans l’article Confluence of singularities of non-linear differential equations via Borel–Laplace transformations on cherche des solutions bornées de systèmes paramétriques des équations non-linéaires de la variété centre de dimension 1 d’une singularité col-noeud déployée dans une famille de champs vectoriels complexes. En général, un système d’ÉDO analytiques avec une singularité double possède une unique solution formelle divergente au voisinage de la singularité, à laquelle on peut associer des vraies solutions sur certains secteurs dans le plan complexe en utilisant les transformations de Borel–Laplace. L’article montre comment généraliser cette méthode et déployer les solutions sectorielles. On construit des solutions de systèmes paramétriques, avec deux singularités régulières déployant une singularité irrégulière double, qui sont bornées sur des domaines «spirals» attachés aux deux points singuliers, et qui, à la limite, convergent vers une paire de solutions sectorielles couvrant un voisinage de la singularité confluente. La méthode apporte une description unifiée pour toutes les valeurs du paramètre.

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Propostes per a l'entrenament combinat de for??a i de resist??ncia

Resumen tomado del autor

Capacidad aeróbica de bomberos aeronáuticos

Los bomberos aeronáuticos son los encargados de atender todas las emergencias en los aeropuertos y sus cercanías. Estas emergencias incluyen emergencias aéreas, en tierra, eventos con materiales peligros e incendios, entre otros. Su trabajo tiene como características la realización de actividades durante periodos largos de baja intensidad y periodos cortos de alta intensidad. De acuerdo con estas características, es necesario que los bomberos aeronáuticos tengan una buena condición física. El consumo máximo de oxígeno (VO2 máx) como indicador de capacidad aeróbica resulta indispensable para conocer el desempeño de los bomberos en su trabajo. El objetivo de este estudio es determinar la capacidad aeróbica de los bomberos aeronáuticos y sus factores determinantes. Por tanto se desarrolló un estudio transversal de tipo descriptivo en una muestra de 23 hombres bomberos aeronáuticos. Se obtuvo información acerca de sus variables socio-demográficas, se determinó el VO2 máx y umbral ventilatorio mediante análisis de gases espirados durante un protocolo de ejercicio máximo sobre tapiz rodante, se evaluó la composición corporal mediante adipometría y se determinó el nivel de actividad física mediante el cuestionario internacional de actividad física IPAQ. Se encontró que la muestra tenia una edad de 32,6 ± 4,8 años, peso de 78,4 ± 9,8 kg, porcentaje de grasa de 14,8 ± 3,8 %, índice de masa corporal de 25,7 ± 2,7 y VO2máx de 44,6 ± 6. No se encontraron cambios significativos del VO2máx con la edad, pero si con la actividad física, porcentaje de grasa e índice de masa corporal. Se sugiere que el entrenamiento de los bomberos aeronáuticos durante su jornada laboral sea de intervalos de alta intensidad y que se monitorice su nivel de actividad física y composición corporal.