Habitat e genoma: possibili adattamenti di H. pylori allo stomaco umano

Helicobacter pylori è un batterio patogeno che infetta e abita lo stomaco umano. La sua diffusione è ubiquitaria nel mondo ed esso è responsabile di varie patologie, sia gastriche che extra-gastriche. Vista l’estrema ostilità del suo habitat, H. pylori necessita di specifici adattamenti che lo rendono unico nella sua capacità di tollerare l’estrema acidità dello stomaco umano, oltre ad evitare la risposta immunitaria dell’ospite. In questa tesi verranno adottati degli approcci bioinformatici per cercare di individuare quali possano essere gli adattamenti e le caratteristiche del genoma di questo batterio correlati con la sopravvivenza nell’ambiente gastrico e l’adattamento all’ospite umano.

Estudo do genoma do vírus causador da mionecrose infecciosa em camarões e desenvolvimento de métodos para detecção de polimorfismos

Shrimp farming is one of the activities that contribute most to the growth of global aquaculture. However, this business has undergone significant economic losses due to the onset of viral diseases such as Infectious Myonecrosis (IMN). The IMN is already widespread throughout Northeastern Brazil and affects other countries such as Indonesia, Thailand and China. The main symptom of disease is myonecrosis, which consists of necrosis of striated muscles of the abdomen and cephalothorax of shrimp. The IMN is caused by infectious myonecrosis virus (IMNV), a non-enveloped virus which has protrusions along its capsid. The viral genome consists of a single molecule of double-stranded RNA and has two Open Reading Frames (ORFs). The ORF1 encodes the major capsid protein (MCP) and a potential RNA binding protein (RBP). ORF2 encodes a probable RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) and classifies IMNV in Totiviridae family. Thus, the objective of this research was study the IMNV complete genome and encoded proteins in order to develop a system differentiate virus isolates based on polymorphisms presence. The phylogenetic relationship among some totivirus was investigated and showed a new group to IMNV within Totiviridae family. Two new genomes were sequenced, analyzed and compared to two other genomes already deposited in GenBank. The new genomes were more similar to each other than those already described. Conserved and variable regions of the genome were identified through similarity graphs and alignments using the four IMNV sequences. This analyze allowed mapping of polymorphic sites and revealed that the most variable region of the genome is in the first half of ORF1, which coincides with the regions that possibly encode the viral protrusion, while the most stable regions of the genome were found in conserved domains of proteins that interact with RNA. Moreover, secondary structures were predicted for all proteins using various softwares and protein structural models were calculated using threading and ab initio modeling approaches. From these analyses was possible to observe that the IMNV proteins have motifs and shapes similar to proteins of other totiviruses and new possible protein functions have been proposed. The genome and proteins study was essential for development of a PCR-based detection system able to discriminate the four IMNV isolates based on the presence of polymorphic sites

Proteômica diferencial da Chromobacterium violaceum em resposta ao estresse oxidativo induzido por peróxido de hidrogênio

The β-proteobacterium Chromobacterium violaceum is a Gram-negative, free-living, saprophytic and opportunistic pathogen that inhabits tropical and subtropical ecosystems among them, in soil and water of the Amazon. It has great biotechnological potential, and because of this potential, its genome was completely sequenced in 2003. Genome analysis showed that this bacterium has several genes with functions related to the ability to survive under different kinds of environmental stresses. In order to understand the physiological response of C. violaceum under oxidative stress, we applied the tool of shotgun proteomics. Thus, colonies of C. violaceum ATCC 12472 were grown in the presence and absence of 8 mM H2O2 for two hours, total proteins were extracted from bacteria, subjected to SDS-PAGE, stained and hydrolysed. The tryptic peptides generated were subjected to a linear-liquid chromatography (LC) followed by mass spectrometer (LTQ-XL-Orbitrap) to obtain quantitative and qualitative data. A shotgun proteomics allows to compare directly in complex samples, differential expression of proteins and found that in C. Violaceum, 131 proteins are expressed exclusively in the control condition, 177 proteins began to be expressed under oxidative stress and 1175 proteins have expression in both conditions. The results showed that, under the condition of oxidative stress, this bacterium changes its metabolism by increasing the expression of proteins capable of combating oxidative stress and decreasing the expression of proteins related processes bacterial growth and catabolism (transcription, translation, carbon metabolism and fatty acids). A tool with of proteomics as an approach of integrative biology provided an overview of the metabolic pathways involved in the response of C. violaceum to oxidative stress, as well as significantly amplified understanding physiological response to environmental stress. Biochemical and "in silico" assays with the hypothetical ORF CV_0868 found that this is part of an operon. Phylogenetic analysis of superoxide dismutase, protein belonging to the operon also showed that the gene is duplicated in genome of C. violaceum and the second copy was acquired through a horizontal transfer event. Possibly, not only the SOD gene but also all genes comprising this operon were obtained in the same manner. It was concluded that C. violaceum has complex, efficient and versatile mechanisms in oxidative stress response

Sobre-expresión de la proteína p 16 en biopsias con diagnóstico de NIC I, positivas para Genoma de Papiloma Virus Humano. Instituto del Cáncer. SOLCA Cuenca-Ecuador. 2009-2010.

Numerosos estudios mencionan que la sobreexpresión de la proteína p16, un marcador biológico que permite identificar lesiones preneoplásicas del epitelio exocervical, tendría una alta asociación con el Papiloma Virus Humano (HPV) de alto riesgo oncogénico. Es un estudio descriptivo correlacional cuyo objetivo fue establecer asociación de las Neoplasias Intraepiteliales Cervicales grado I (NIC I), HPV positivos, con la expresión del p16. Materiales, métodos y resultados: Es un estudio correlacional que se realizó en el período de noviembre de 2009 a noviembre de 2010; se presentaron 256 casos de NIC I de los cuales, 72 fueron HPV positivos; se practicó técnica de p16. La edad promedio de las mujeres fue de 41 años. Se encontró positividad para el p16 en 40 casos (55.6%) y fueron negativos 32 (44.4%). De los casos positivos para p16, los tipos virales más frecuentes fueron los de alto riesgo: 33 (82.5%). El p16 fue valorado en cuantía, distribución e intensidad, estableciéndose relación entre la intensidad del p16 con los virus de alto riesgo (p=0.038). Cuando se analizó la edad y el tipo viral, pacientes entre 20 y 40 años (36 casos, 90%) presentaron genoma de HPV de alto riesgo. Conclusiones: Existió correlación entre la intensidad del p16 con la presencia de HPV de alto riesgo, ayudando a seleccionar grupos con tendencia a la progresión de la enfermedad.

Método de melhoramento por descendência de semente única, para obtenção de linhagens de feijoeiro resistentes ao crestamento bacteriano comum.

O objetivo do presente trabalho foi a obtenção de linhagens de feijoeiro comum resistentes aos crestamento bacteriano comum, utilizando-se o método de melhoramento por descendência de semente única. Foram obtidas 30 linhagens com resistência ao crestamento bacteriano comum e uma considerável diminuição do tempo para o avanço das gerações.

Dinâmica das integrações de minicírculos de kDNA de Trypanosoma Cruzi no genoma hospedeiro

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2016.

Strumenti statistici per elaborazione dati su sequenziamenti di genoma umano

L'analisi del DNA è una delle chiavi per la comprensione della vita e dei suoi funzionamenti. Le tecniche di sequenziamento di nuova generazione NGS permettono una analisi parallela di molte sequenze che hanno reso possibili i sequenziamenti di genomi interi e l'impiego di questi dati in una vasta gamma di studi. In questa tesi verranno descritte le principali tecniche di sequenziamento NGS. Per quanto riguarda il genoma umano si tratteranno alcune tematiche di studio di varianti affrontate dal gruppo 1000Genomes. Nella fase conclusiva si introdurranno definizioni di statistica utili nell'affrontare l'elaborazione dei dati. Inoltre vengono descritti alcuni strumenti che permettono di svolgere questo tipo di analisi.

Reação de genótipos de videira ao cancro bacteriano.

No Submédio do Vale do São Francisco, Nordeste do Brasil, o cancro bacteriano da videira causado pela Xanthomonas campestris pv. viticola ocasiona grandes prejuízos em genótipos suscetíveis. O objetivo foi avaliar à resistência de genótipos de videira quanto ao cancro bacteriano. Dois experimentos (I e II) com 17 e 36 genótipos, respectivamente, com cinco repetições, foram conduzidos em casa de vegetação com temperatura e umidade médias de 30ºC e 70%. As plantas foram inoculadas com suspensão do isolado bacteriano por fricção com gaze umedecidas com solução bacteriana (A570= 6×108 UFC/ml), incubadas e observadas diariamente quanto aos parâmetros pidemiológicos: período de incubação (PI); incidência de folhas com sintomas (INC); incidência de folhas com cancro (IFC); severidade da doença (SEV); e área abaixo da curva de progresso da SEV (AACPSD), calculada como ∑(yi+yi+1)/2dti. O delineamento estatístico foi inteiramente casualizado. Todos os genótipos foram suscetíveis ao patógeno, mas diferiram significativamente entre si (P=0,05). No grupo I destacaram Itália Melhorada e ?Red Globe? com níveis elevados para todos os parámetros, resultado observado no grupo II apenas para Red Globe. No experimento I, Petit Verdot, BRS Cora e Moscato apresentaram os maiores PI e os menores INC, IFC, SEV e AACPSD; já no experimento II, foram 12 genótipos com menores níveis para todas as variáveis, indicando grande potencial para melhoramento genético e manejo integrado. No agrupamento pelo UPGMA (similaridade 60%) formaram-se cinco grupos no experimento I; e seis no II.

Humildad, respeto y servicio ante la dignidad personal del embrión humano

Resumen: Ciertamente, ningún dato biológico es por sí mismo suficiente para describir el milagro de la vida. Sin embargo, cuando la ciencia es entendida como un servicio a la humanidad, los científicos son capaces de brindarnos los conocimientos necesarios y suficientes para percibir una presencia personal desde el primer instante de la vida de cada embrión humano.

Evaluación de dieciseis genotipos de frijol comun de color negro (Phaseolus vulgaris, L.) en epoca de apante, Yasica Sur, San Ramón, Matagalpa

El presente ensayo se realizó en Yasica Sur, San Ramón, Matagalpa, en época de apante del 23 de Noviembre del 2002 al 24 de Febrero del 2003, con el objetivo de evaluar el comportamiento agronómico de 16 genotipos de fríjol común de grano color negro (Phaseolus vulgaris L.) a las condiciones de la localidad, a fin de encontrar alternativas de materiales genéticos para pequeños y medianos productores de frijol común. Para el estudio se utilizó un diseño experimental unífactorial en bloques completos al azar (B.C.A) con 4 repeticiones y 16 tratamientos. Los resultados de campo se procesaron mediante el programa sistema análisis estadístico (SAS V.8), la prueba de rango múltiple de Tukey al 0.01 por ciento de error para las variables evaluadas y correlación de Person para las mismas variables. Con base en los datos obtenidos se puede afirmarque, los componentes del rendimiento grano por vainas, vainas plantas y peso de 100 granos presentaron diferencias significativas; sin embargo, la variable del rendimiento de los genotipos no muestra diferencias significativas entre sí. El análisis de correlación múltiple efectuado a las variables fenológicas mostró diferencias significativas en días a flor, madurez fisiológica y días a cosechas. Los principales hábitos de crecimiento que se presentaron entre los materiales fueron indeterminados IIb y IIIb, a diferencia del genotipo B2059 con hábito indeterminado Ib. Los genotipos evaluados con relación a enfermedades fúngicas mostraron resistencia a Roya (Uromyces appendiculatus. Pers.Unger.), Mancha angular (Isariopsis griseolas Sacc) y Tizón bacteriano o bacteriosis común (Xanthomonas campestrispv.phaseoli). .

Texto de microbiología I

El presente texto de Microbiología I tiene como fin servir de introducción a la Bacteriología destacando las características morfológicas y fisiológicas de las bacterias, primordialmente está dedicado a las especies de bacterias y hongos patógenos. El estudio completo de un microorganismo patógeno abarca otras características a parte de las morfológicas y fisiológicas como son, la sinonimia e historia; distribución y transmisión; morfología y tinción; necesidades y características de cultivo; resistencias; propiedades bioquímicas y toxinas; poder patógeno y diagnóstico de laboratorio. Es imprescindible que el estudiante de Medicina Veterinaria se familiarice con las bacterias y hongos, tanto los que son comunes al hombre y a los animales como a los que afectan solamente a las diferentes especies animales para de esta manera establecer el agente etiológico de las diversas enfermedades de origen bacteriano y micótico dada la estrecha relación que existe entre el hombre y los animales y el consumo de productos de origen animal. Aunque este texto se dirige fundamentalmente a los estudiantes de Medicina Veterinaria consideramos que la información que contienen será valiosa para los investigadores y técnicos de los servicios de sanidad animal.

Hijos en probeta de tres progenitores

Conocíamos los experimentos resultantes de transferir material genético de humanos a animales. Se obtienen transfiriendo el núcleo de una célula humana a un óvulo de un animal, al que previamente se le ha extraído su núcleo, es decir, su contenido genético. El embrión híbrido surgido de esta práctica tendría aproximadamente un 99% de material genético de la persona humana que ha “donado” la célula y un 1% del material genético del óvulo, el correspondiente al ADN mitocondrial. A estos híbridos se los denomina “quimeras”. También se puede producir una quimera a partir de una célula procedente de un embrión animal que se transfiere a un embrión humano. En este caso, el embrión quimérico resultante tiene una mezcla del ADN del animal y del individuo humano. En el artículo que sigue se informa sobre transferencias nucleares entre embriones humanos, de la cual han resultado personas, en algún modo “quiméricas”, con un ADN perteneciente a tres “progenitores”: dos mujeres y un hombre. La autora señala, además, el camino que conduce desde estos experimentos hacia la clonación humana...