SARS coronavirus unique domain: three-domain molecular architecture in solution and RNA binding

Nonstructural protein 3 of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus includes a "SARS-unique domain" (SUD) consisting of three globular domains separated by short linker peptide segments. This work reports NMR structure determinations of the C-terminal domain (SUD-C) and a two-domain construct (SUD-MC) containing the middle domain (SUD-M) and the C-terminal domain, and NMR data on the conformational states of the N-terminal domain (SUD-N) and the SUD-NM two-domain construct. Both SUD-N and SUD-NM are monomeric and globular in solution; in SUD-NM, there is high mobility in the two-residue interdomain linking sequence, with no preferred relative orientation of the two domains. SUD-C adopts a frataxin like fold and has structural similarity to DNA-binding domains of DNA-modifying enzymes. The structures of both SUD-M (previously determined) and SUD-C (from the present study) are maintained in SUD-MC, where the two domains are flexibly linked. Gel-shift experiments showed that both SUD-C and SUD-MC bind to single-stranded RNA and recognize purine bases more strongly than pyrimidine bases, whereby SUD-MC binds to a more restricted set of purine-containing RNA sequences than SUD-M. NMR chemical shift perturbation experiments with observations of (15)N-labeled proteins further resulted in delineation of RNA binding sites (i.e., in SUD-M, a positively charged surface area with a pronounced cavity, and in SUD-C, several residues of an anti-parallel beta-sheet). Overall, the present data provide evidence for molecular mechanisms involving the concerted actions of SUD-M and SUD-C, which result in specific RNA binding that might be unique to the SUD and, thus, to the SARS coronavirus.

Restructuring and rescaling water governance in mining contexts: the co-production of waterscapes in Peru

The governance of water resources is prominent in both water policy agendas and academic scholarship. Political ecologists have made important advances in reconceptualising the relationship between water and society. Yet, while they have stressed both the scalar dimensions, and the politicised nature, of water governance, analyses of its scalar politics are relatively nascent. In this paper, we consider how the increased demand for water resources by the growing mining industry in Peru reconfigures and rescales water governance. In Peru, the mining industry’s thirst for water draws in, and reshapes, social relations, technologies, institutions and discourses that operate over varying spatial and temporal scales. We develop the concept of waterscape to examine these multiple ways in water is co-produced through mining, and become embedded in changing modes and structures of water governance, often beyond the watershed scale. We argue that an examination of waterscapes avoids the limitations of thinking about water in purely material terms, structuring analysis of water issues according to traditional spatial scales and institutional hierarchies, and taking these scales and structures for granted.

Severe acute respiratory syndrome coronavirus nonstructural proteins 3, 4, and 6 induce double-membrane vesicles

Coronaviruses (CoV), like other positive-stranded RNA viruses, redirect and rearrange host cell membranes for use as part of the viral genome replication and transcription machinery. Specifically, coronaviruses induce the formation of double-membrane vesicles in infected cells. Although these double-membrane vesicles have been well characterized, the mechanism behind their formation remains unclear, including which viral proteins are responsible. Here, we use transfection of plasmid constructs encoding full-length versions of the three transmembrane-containing nonstructural proteins (nsps) of the severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus to examine the ability of each to induce double-membrane vesicles in tissue culture. nsp3 has membrane disordering and proliferation ability, both in its full-length form and in a C-terminal-truncated form. nsp3 and nsp4 working together have the ability to pair membranes. nsp6 has membrane proliferation ability as well, inducing perinuclear vesicles localized around the microtubule organizing center. Together, nsp3, nsp4, and nsp6 have the ability to induce double-membrane vesicles that are similar to those observed in SARS coronavirus-infected cells. This activity appears to require the full-length form of nsp3 for action, as double-membrane vesicles were not seen in cells coexpressing the C-terminal truncation nsp3 with nsp4 and nsp6. IMPORTANCE Although the majority of infections caused by coronaviruses in humans are relatively mild, the SARS outbreak of 2002 to 2003 and the emergence of the human coronavirus Middle Eastern respiratory syndrome (MERS-CoV) in 2012 highlight the ability of these viruses to cause severe pathology and fatality. Insight into the molecular biology of how coronaviruses take over the host cell is critical for a full understanding of any known and possible future outbreaks caused by these viruses. Additionally, since membrane rearrangement is a tactic used by all known positive-sense single-stranded RNA viruses, this work adds to that body of knowledge and may prove beneficial in the development of future therapies not only for human coronavirus infections but for other pathogens as well.

Atlas of coronavirus replicase structure

The international response to SARS-CoV has produced an outstanding number of protein structures in a very short time. This review summarizes the findings of functional and structural studies including those derived from cryoelectron microscopy, small angle X-ray scattering, NMR spectroscopy, and X-ray crystallography, and incorporates bioinformatics predictions where no structural data is available. Structures that shed light on the function and biological roles of the proteins in viral replication and pathogenesis are highlighted. The high percentage of novel protein folds identified among SARS-CoV proteins is discussed.

Does form meet function in the coronavirus replicative organelle?

If we use the analogy of a virus as a living entity, then the replicative organelle is the body where its metabolic and reproductive activities are concentrated. Recent studies have illuminated the intricately complex replicative organelles of coronaviruses, a group that includes the largest known RNA virus genomes. This review takes a virus-centric look at the coronavirus replication transcription complex organelle in the context of the wider world of positive sense RNA viruses, examining how the mechanisms of protein expression and function act to produce the factories that power the viral replication cycle.

Purification of coronavirus virions for Cryo-EM and proteomic analysis

Purification of intact enveloped virus particles can be useful as a first step in understanding the structure and function of both viral and host proteins that are incorporated into the virion. Purified preparations of virions can be used to address these questions using techniques such as mass spectrometry proteomics. Recent studies on the proteome of coronavirus virions have shown that in addition to the structural proteins, accessory and non-structural virus proteins and a wide variety of host cell proteins associate with virus particles. To further study the presence of virion proteins, high quality sample preparation is crucial to ensure reproducible analysis by the wide variety of methods available for proteomic analysis.

New insights on the role of paired membrane structures in coronavirus replication

The replication of coronaviruses, as in other positive-strand RNA viruses, is closely tied to the formation of membrane-bound replicative organelles inside infected cells. The proteins responsible for rearranging cellular membranes to form the organelles are conserved not just among the Coronaviridae family members, but across the order Nidovirales. Taken together, these observations suggest that the coronavirus replicative organelle plays an important role in viral replication, perhaps facilitating the production or protection of viral RNA. However, the exact nature of this role, and the specific contexts under which it is important have not been fully elucidated. Here, we collect and interpret the recent experimental evidence about the role and importance of membrane-bound organelles in coronavirus replication.

Energy-dispersive X-ray fluorescence analysis of a pre-Columbian funerary gold mask from the Museum of Sican, Peru

A funerary gold mask from the Museum of Sican, Ferranafe, Peru was analyzed in 30 different areas using a portable equipment using energy-dispersive X-ray fluorescence. It was deduced from the measurements that the main sheet of the mask and the majority of the pendants have a similar composition and are made of tumbaga, which means a poor gold alloy enriched at the surface by depletion gilding, and have a similar `equivalent` gilding thickness of about 5 mu m. The nose, also on tumbaga, has different composition and a thickness of about 8 mu m. The clamps are on gilded or on silvered copper. The red pigment dispersed on the surface of the mask is cinnabar. Copyright (C) 2009 John Wiley & Sons, Ltd.

Marketing de relacionamento em redes interorganizacionais: estudo de uma rede de produtores de pisco da região de Ica – Peru

Dissertação de mestrado apresentada ao Programa de Pós-Graduação em Administração da USCS - Universidade Municipal de São Caetano do Sul

O processo de objetivação, constituição e desdobramento da ontologia dos afetos no Peru : 1530-1630

Resumo não disponível.

Regime político e participação do legislativo na determinação da taxa de câmbio de países que conviveram com elevada inflação e persistentes déficits em transações correntes: os casos de Argentina, Bolívia, Brasil, México e Peru entre 1970 e 1989

O objetivo deste artigo é verificar a influência de variáveis políticas na determinação da taxa de câmbio em quatro países latino-americanos que conviveram com elevada inflação e déficit em Transações Correntes nas décadas de setenta e oitenta. Estudos empíricos já haviam demonstrado a influência das eleições. Nenhum, porém, havia incorporado a estrutura de decisão do Executivo e Legislativo neste processo. Só foi possível incorporar o regime político (Autoritário/Democrático) e a divisão de poder no Legislativo de todos os países num modelo standard de taxa de câmbio porque utilizamos a técnica de painel. Obtivemos os seguintes resultados: países classificados como Autoritários apresentaram uma taxa de câmbio mais valorizada e Legislativos mais fragmentados apresentaram uma taxa de câmbio mais desvalorizada. Vimos este último resultado com desconfiança uma vez que, entre os países da amostra, o regime Autoritário era, em alguns casos, uma ditadura militar e o Legislativo pouco intervia nas decisões. Interagimos o regime político com fragmentação e percebemos que o efeito da classificação do regime predomina. No caso, se existir um regime Autoritário, o câmbio resultante da interação ainda será valorizado. A divisão de poder no Legislativo apenas provoca uma redução no impacto da valorização.

Um estudo exploratório sobre as práticas socio-ambientais de empresas multinacionales no setor de mineração do Peru

O presente trabalho tem por objetivo conhecer as práticas socio-ambientais no setor de mineração do Peru. Setor que esta dominada pela presença de empresas transnacionais que se encontram com duas realidades de regulamentação de meio ambientais muito discordantes, a primeira, as normas corporativas onde se encontra a matriz e, a segunda, a regulamentação do país onde esta a subsidiaria, neste caso o Peru. Com a internacionalização do tema socio-ambiental, se dá a devida importância ao tema da Responsabilidade Social Corporativa, já que as empresas transnacionais estão pressionadas a manter uma boa imagem internacional, que pode ser vulnerável a criticas negativas em relação à heterogeneidade, já que suas praticas socio-ambientais têm que ser as mesmas em qualquer parte do mundo. Na presente dissertação se enfatiza as praticas socio-ambientais das empresas com relação às comunidades circundantes, sendo um tema pouco difundido na mineração peruana. As desconformidades das comunidades frente aos projetos de mineração constituem o maior problema social atual, gerando a paralisação das atividades nesse setor. O Peru não tem Ministério do Meio Ambiente, embora exista um Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAM) que é um organismo público descentralizado e, esta aderido ao âmbito da Presidência do Conselho de Ministros. Nesta investigação se analisa a função do Ministério de Energia e Minas do Peru, já que ele é um ente que incentiva a promoção de investimento privada no setor de energia e minas e, por outro lado, mediante a Direção Geral de Assuntos Ambientais do Ministério de Energia e Minas aplica a guia de gestão ambiental emitidas pelo CONAM. Finalmente, no estudo de caso, são analisadas duas empresas transnacionais maiores do setor de mineração peruano, aplicando entrevistas e um questionário com perguntas abertas para poder conhecer suas praticas socio-ambientais. Desenvolve-se uma análise dos resultados obtidos no estudo de caso, utilizando o referencial teórico para situar a realidade peruana, numa realidade internacional. Pelos dados obtidos, podemos interpretar que as empresas estudadas não se encaixam totalmente nos parâmetros internacionais do auto-regulamentação. Observamos a falta de políticas públicas sócio-ambiental, é por esse motivo, a conclusão desta investigação propõe a criação e aplicação de políticas públicas a dois problemas socio-ambientais, o primeiro, a geração de emprego indireto e a segunda, a recuperação dos passivos ambientais.

Avaliação do impacto dos programas de transferência monetária condicionada na taxa de frequência escolar e labor infantil: o caso do Programa JUNTOS no Peru

Na presente dissertação tem como objetivo avaliar o impacto do programa JUNTOS sobre a taxa de freqüência escolar e sobre o trabalho infantil nas crianças de 6 a 14 anos. Estas duas variáveis foram selecionadas para o seu estudo, pois ao nosso entender estas são as principais variáveis que são influenciadas pelo programa JUNTOS e que tem uma influencia direta sobre o capital humano das crianças e assim sobre a diminuição da pobreza futura. As principais hipóteses derivadas das teorias de capital humano e de transferências de rendas condicionadas foram corroboradas pela nossa avaliação: (1) o programa JUNTOS tem um efeito positivo sobre o incremento da freqüência escolar, (2) o programa JUNTOS é efetivo na redução do trabalho infantil, (3) quando o chefe de família é de sexo feminino, a renda familiar é utilizada em bens e serviços em favor das crianças, e (4) o efeito do programa JUNTOS é maior nas crianças com piores características socioeconômicas (ex: menor renda familiar per capita, chefe de família com poucos anos de estudo, idioma do chefe de família, etc.) Outra conclusão importante da dissertação foi que o programa JUNTOS provoca uma realocação na oferta de trabalho intra familiar.