Worldwide occurrence of feline hemoplasma infections in wild felid species

While hemoplasma infections in domestic cats are well studied, almost no information is available on their occurrence in wild felids. The aims of the present study were to investigate wild felid species as possible reservoirs of feline hemoplasmas and the molecular characterization of the hemoplasma isolates. Blood samples from the following 257 wild felids were analyzed: 35 Iberian lynxes from Spain, 36 Eurasian lynxes from Switzerland, 31 European wildcats from France, 45 lions from Tanzania, and 110 Brazilian wild felids, including 12 wild felid species kept in zoos and one free-ranging ocelot. Using real-time PCR, feline hemoplasmas were detected in samples of the following species: Iberian lynx, Eurasian lynx, European wildcat, lion, puma, oncilla, Geoffroy's cat, margay, and ocelot. "Candidatus Mycoplasma haemominutum" was the most common feline hemoplasma in Iberian lynxes, Eurasian lynxes, Serengeti lions, and Brazilian wild felids, whereas "Candidatus Mycoplasma turicensis" was the most prevalent in European wildcats; hemoplasma coinfections were frequently observed. Hemoplasma infection was associated with species and free-ranging status of the felids in all animals and with feline leukemia virus provirus-positive status in European wildcats. Phylogenetic analyses of the 16S rRNA and the partial RNase P gene revealed that most hemoplasma isolates exhibit high sequence identities to domestic cat-derived isolates, although some isolates form different subclusters within the phylogenetic tree. In conclusion, 9 out of 15 wild felid species from three different continents were found to be infected with feline hemoplasmas. The effect of feline hemoplasma infections on wild felid populations needs to be further investigated.

The emergence of epitheliocystis in the upper Rhone region: evidence for Chlamydiae in wild and farm salmonid populations

We present the first study comparing epitheliocystis in a wild and farmed salmonid in Europe. Sampling three tributaries to the Lake Geneva, including one from headwaters to river mouth, revealed an unequal distribution of epitheliocystis in brown trout (Salmo trutta). When evaluated histologically and comparing sites grouped as wild versus farm, the probability of finding infected trout is higher on farms. In contrast, the infection intensities, as estimated by the number of cysts per gill arch, were higher on average and showed maximum values in the wild trout. Sequence analysis showed the most common epitheliocystis agents were Candidatus Piscichlamydia salmonis, all clustering into a single clade, whereas Candidatus Clavichlamydia salmonicola sequences cluster in two closely related sub-species, of which one was mostly found in farmed fish and the other exclusively in wild brown trout, indicating that farms are unlikely to be the source of infections in wild trout. A detailed morphological analysis of cysts using transmission electron microscopy revealed unique features illustrating the wide divergence existing between Ca. P. salmonis and Ca. C. salmonicola within the phylum Chlamydiae

Modelización de la distribución espacial de Bactericera cockerelli Sulc. (Hemiptera: Triozidae) en Solanum tuberosum L. (Solanales: Solanaceae)

La producción de Solanum tuberosum L., Lycopersicum esculentum Mill. y Physalis ixocarpa Brot. (Solanales: Solanaceae) ha sufrido fuertes pérdidas económicas por la presencia de Bactericera cockerelli Sulc. (Hemiptera: Triozidae) al asociarse con las enfermedades punta morada o “zebra chip", además de ser el transmisor de Candidatus Liberibacter solanacearum. Las alternativas de control utilizadas han carecido de eficacia por desconocer la distribución espacial del insecto dentro de la parcela. Conocer dicho comportamiento permitiría focalizar las alternativas de control, haciéndolas más eficaces. Este trabajo tuvo por objetivo modelizar la distribución espacial de los estadíos de huevo, ninfa y adulto de B. cockerelli obtenidos en muestreos por transectos en un cultivo de papa, utilizando herramientas geoestadísticas. Los resultados indican que la distribución espacial de las poblaciones de huevos, ninfas y adultos de B. cockerelli fue de tipo agregada en cada fecha de muestreo. La validación cruzada de los semivariogramas obtenidos corrobora la distribución agregada en las poblaciones de B. cockerelli. Por su parte, los mapas elaborados permiten observar la estructura agregada de las poblaciones del insecto, permitiendo identificar áreas infestadas y áreas libres. Se encontró estabilidad espacio temporal para los tres estadios del insecto.

FISH analysis of biofilm samples from five CANON reactors in Beijing

Completely autotrophic nitrogen removal over nitrite (CANON) has been regarded as an efficient and economical process for nitrogen removal from wastewater. The distribution and genetic diversity of the functional microorganisms in five lab-scale CANON reactors have been investigated by using some molecular biology methods. Nitrosomonas-like aerobic ammonium oxidizing bacteria (AerAOB) and Candidatus Brocadia-related anaerobic ammonium oxidizing bacteria (AnAOB) were detected as predominant functional microbes in the five reactors while Nitrobacter-like nitrite oxidizing bacteria (NOB) existed only in the systems operated at ambient temperature. Communities of AerAOB and AnAOB were almost similar among the five reactors while the distribution of the functional microbes was either scattered or densely packed. Meanwhile, this study has demonstrated the feasibility of starting up CANON by inoculating conventional activated sludge in low ammonium content at ambient temperature.

Molecular investigation of the microbial populations of the pink sugarcane mealybug, Saccharicoccus sacchari

In an attempt to better understand the microbial diversity and endosymbiotic microbiota of the pink sugarcane mealybug (PSMB) Saccharicoccus sacchari Cockerell (Homoptera: Pseudococcidae), culture-independent approaches, namely PCR, a 16S rDNA clone library, and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) were used. Previous work has indicated that the acetic acid bacteria Gluconacetobacter sacchari, Gluconacetobacter diazotrophicus, and Gluconacetobacter liquefaciens represent only a small proportion of the microbial community of the PSMB. These findings were supported in this study by TGGE, where no bands representing G. sacchari, G. diazotrophicus, and G. liquefaciens on the acrylamide gel could be observed following electrophoresis, and by a 16S rDNA clone library study, where no clones with the sequence of an acetic acid bacterium were found. Instead, TGGE revealed that the mealybug microbial community was dominated by beta- and gamma-Proteobacteria. The dominant band in TGGE gels found in a majority of the mealybug samples was most similar, according to BLAST analysis, to the beta-symbiont of the craw mealybug Antonina crawii and to Candidatus Tremblaya princeps, an endosymbiont from the mealybug Paracoccus nothofagicola. The sequences of other dominant bands were identified as gamma-Proteobacteria, and were most closely related to uncultured bacterial clones obtained from soil samples. Mealybugs collected from different areas in Queensland, Australia, were found to produce similar TGGE profiles, although there were a few exceptions. A 16S rDNA clone library based on DNA extracted from a mealybug collected from sugarcane in the Burdekin region in Queensland, Australia, indicated very low levels of diversity among mealybug microbial populations. All sequenced clones were most closely related to the same members of the gamma-Proteobacteria, according to BLAST analysis.

La traducción al latín de algunos términos griegos y su repercusión en los comentarios a los "Aphthonii Progymnasmata"

En este trabajo hemos examinado comentarios a la traducción al latín del ejercicio de la Fábula de los Progymnasmata de Aftonio para ver cómo afecta la traducción de algunos términos al comentario. Dado que, al traducir de una lengua a otra, difícilmente hay correspondencia exacta, el traductor opta por la solución que estima más adecuada, primando ciertos matices sobre otros y, con frecuencia, llega, incluso, a dotar al término de acepciones en la lengua meta que no existían en la lengua origen. La elección realizada no parece obedecer a otra razón que a preferencias del traductor, pero tiene consecuencias e influye en los comentaristas. Por otra parte, la existencia de un término acuñado no impide que tanto los traductores como los escoliastas creen otros nuevos, tal vez por deseo de mostrar originalidad. Finalmente, la traducción tiene una doble vertiente: de un lado, influye en el entendimiento del concepto y en el comentario, y, de otro, refleja la concepción que de la realidad tiene el traductor.

Aislamiento, producción y evaluación de la patogenicidad de cepas de Hirsutella citriformis Speare para el control de Diaphorina citri Kuwayama, vector de la enfermedad Huanglongbing de los cítricos

La industria citrícola es una de las más importantes industrias con las que cuenta el país y en los últimos años se encuentra amenazada por una plaga que está ocasionando estragos en todas las áreas citrícolas en México, el Huanglongbing o greening la cual es transmitida por el psílido asiático de los cítricos, Diaphorina citri Kuwayama, insecto que ocasiona daño en las plantas al alimentarse de los brotes tiernos y que además es el vector de la bacteria Candidatus Liberibacter asiaticus para la cual no hay cura y por lo que es necesario controlar al insecto que la transmite. Por lo que el presente trabajo consistió en aislar hongos de D. citri micosados, identificarlos en base a sus características morfométricas y usando técnicas moleculares, cultivarlos en diferentes medios de cultivo comerciales de agar para seleccionar aquel en el cual crecen y conidian mejor, se determinó también el tipo de exudados producidos por Hirsutella citriformis en los medios de agar, se cultivaron en dos diferentes medios de cultivo líquido y un sustrato vegetal para obtener mayor cantidad de conidios; también se realizaron bioensayos de laboratorio para determinar la virulencia de las cepas y seleccionar aquellas que pudieran controlar mejor al insecto; se evaluó la patogenicidad que pudieran presentar sobre insectos depredadores de D. citri, y con los resultados obtenidos se seleccionó las cepas que presentaron mayor patogenicidad sobre el insecto vector del HLB para evaluar su actividad sobre el mismo en bioensayo de campo. Se aislaron cinco cepas de insectos micosados provenientes de diferentes regiones citrícolas, se trabajó con ellos además de tres cepas con las cuales ya contaba el INIFAP de General Terán de Nuevo León. Se identificaron morfométrica y molecularmente como Hirsutella citriformis Speare. Los medio comerciales de cultivo en los cuales crecen y presentan mejor conidiación son los medios agar papa dextrosa enriquecidos con extracto de levadura al 0.5 y 1 % en los cuales se obtuvo un crecimiento radial de 3.2 a 3.8 cm para las cepas IB-Hir-2 e INIFAP-Hir-1 respectivamente, a los 34 días de cultivo a 25 ± 1 °C. La conidiación obtenida para las ocho cepas no correspondió al crecimiento radial, pero si concordó en presentarse en los medios enriquecidos con extracto de levadura, los valores variaron desde 1.22 x 10⁶ a 2.79 x 10⁷ para las cepas 2 INIFAP-Hir-2 en agar papa dextrosa e IB-Hir-2 en agar papa dextrosa con extracto de levadura al 1% respectivamente. En medios líquidos la mayor producción de blastosporas obtenida fue 4.3 x 108 blastosporas /ml a los 9 días en el medio de casaminoácidos para la cepa INIFAP-Hir-1, y en caldo papa dextrosa la mayor producción la presentó a los 11 días la cepa IB-Hir-2 (7.7 x 107 blastosporas/ml). La mayor producción de conidios en el sustrato vegetal (arroz) se obtuvo a los 14 días por la cepa INIFAP-Hir-4 (1.97 x 107 conidios/gr). Se analizaron los dos tipos de exudados observados en las cepas usando los métodos de Bradford para proteínas y el del Fenol Sulfúrico para carbohidratos y con estos métodos se determinó que todas las cepas producen ambos tipos de compuestos, además de que las proteínas son los exudados amarillo claro y oscuro, mientras que los carbohidratos corresponden a las gotas cristalinas producidas por las cepas en los diferentes medios de agar. En los diferentes bioensayos de laboratorio las cepas presentaron mayor mortalidad cuando se inoculó por contacto, donde las cepas INIFAP-Hir-1, INIFAP-Hir-2, IB-Hir-1 e IB-Hir-2 mostraron los mayores porcientos de mortalidad media. Al evaluar la patogenicidad de cuatro cepas sobre dos depredadores de D. citri, los resultados fueron similares para tratamientos y testigo y no se presentó micosamiento en los insectos muertos. Bajo condiciones de laboratorio la CL50 y CL90 obtenidas para el aislado INIFAP-Hir-1 fueron, 34 x 105 y 26.7 x 107 respectivamente. En el bioensayo de campo se usaron las cepas INIFAP.Hir-2, INIFAP.Hir-4, IB-Hir-1 e IB-Hir-2 y el mayor porciento de mortalidad obtenida fue 51.049 y el menor 35.7 para las cepas INIFAP-Hir-4 e IB-Hir-1 respectivamente, mientras que el testigo con adherente mostro 6.059 y en el testigo absoluto 4.84 % de mortalidad promedio. Además logramos aislar la cepa que los micosaba de 20 insectos colectados en diferentes puntos de muestreo, identificando en base a sus características morfológicas de crecimiento colonial a tres de las cepas evaluadas y a la cepa nativa de Martínez de la Torre.

STRUCTURE AND FUNCTION OF THE GROUP III CHAPERONINS, A UNIQUE CLADE OF PROTEIN FOLDING NANOMACHINES

The survival and descent of cells is universally dependent on maintaining their proteins in a properly folded condition. It is widely accepted that the information for the folding of the nascent polypeptide chain into a native protein is encrypted in the amino acid sequence, and the Nobel Laureate Christian Anfinsen was the first to demonstrate that a protein could spontaneously refold after complete unfolding. However, it became clear that the observed folding rates for many proteins were much slower than rates estimated in vivo. This led to the recognition of required protein-protein interactions that promote proper folding. A unique group of proteins, the molecular chaperones, are responsible for maintaining protein homeostasis during normal growth as well as stress conditions. Chaperonins (CPNs) are ubiquitous and essential chaperones. They form ATP-dependent, hollow complexes that encapsulate polypeptides in two back-to-back stacked multisubunit rings, facilitating protein folding through highly cooperative allosteric articulation. CPNs are usually classified into Group I and Group II. Here, I report the characterization of a novel CPN belonging to a third Group, recently discovered in bacteria. Group III CPNs have close phylogenetic association to the Group II CPNs found in Archaea and Eukarya, and may be a relic of the Last Common Ancestor of the CPN family. The gene encoding the Group III CPN from Carboxydothermus hydrogenoformans and Candidatus Desulforudis audaxviator was cloned in E. coli and overexpressed in order to both characterize the protein and to demonstrate its ability to function as an ATPase chaperone. The opening and closing cycle of the Chy chaperonin was examined via site-directed mutations affecting the ATP binding site at R155. To relate the mutational analysis to the structure of the CPN, the crystal structure of both the AMP-PNP (an ATP analogue) and ADP bound forms were obtained in collaboration with Sun-Shin Cha in Seoul, South Korea. The ADP and ATP binding site substitutions resulted in frozen forms of the structures in open and closed conformations. From this, mutants were designed to validate hypotheses regarding key ATP interacting sites as well as important stabilizing interactions, and to observe the physical properties of the resulting complexes by calorimetry.

Uso do R-shiny para execução de modelos matemáticos via web: estudo de caso sobre a dinâmica de propagação do HLB do citros.

RESUMO - O Huanglongbing (HLB ou Greening) é a doença mais importante e destrutiva da citricultura mundial. Presente de forma endêmica nos continentes asiático e africano há várias décadas, essa doença foi constatada no Brasil em 2004, sendo transmitida pelo psilídeo Diaphorina citri e causada por bactérias de floema Candidatus Liberibacter spp. Para auxiliar o estudo da doença, foram desenvolvidos modelos matemáticos para avaliação da propagação do HLB Citros. Este trabalho tem por objetivo a criação de um sistema para execução via web de um destes modelos, permitindo aos profissionais de diversas formações, em especial os das áreas biológicas, que são os especialistas do domínio em estudo, acesso rápido aos resultados fornecidos pelo modelo matemático, eliminando ainda a necessidade de conhecimento prévio em alguma linguagem de programação ou de métodos de resolução de equações diferenciais. O sistema foi completamente implementado em R, tendo sido o pacote deSolve usado para solução do modelo matemático e o framework web Shiny para a interface com usuário, sendo todos open source.