Sequence-Based Hepatitis B Virus Antiviral Resistance Testing in Switzerland

BACKGROUND: A growing number of patients with chronic hepatitis B is being treated for extended periods with nucleoside and/or nucleotide analogs. In this context, antiviral resistance represents an increasingly common and complex issue. METHODS: Mutations in the hepatitis B virus (HBV) reverse transcriptase (rt) gene and viral genotypes were determined by direct sequencing of PCR products and alignment with reference sequences deposited in GenBank. RESULTS: Plasma samples from 60 patients with chronic hepatitis B were analyzed since March 2009. The predominant mutation pattern identified in patients with virological breakthrough was rtM204V/I ± different compensatory mutations, conferring resistance to L-nucleosides (lamivudine, telbivudine, emtricitabine) and predisposing to entecavir resistance (n = 18). Complex mutation patterns with a potential for multidrug resistance were identified in 2 patients. Selection of a fully entecavir resistant strain was observed in a patient exposed to lamivudine alone. Novel mutations were identified in 1 patient. Wild-type HBV was identified in 9 patients with suspected virological breakthrough, raising concerns about treatment adherence. No preexisting resistance mutations were identified in treatment-naïve patients (n = 13). Viral genome amplification and sequencing failed in 16 patients, of which only 2 had a documented HBV DNA > 1000 IU/ml. HBV genotypes were D in 28, A in 6, B in 4, C in 3 and E in 3 patients. Results will be updated in August 2010 and therapeutic implications discussed. CONCLUSIONS: With expanding treatment options and a growing number of patients exposed to nucleoside and/or nucleotide analogs, sequence-based HBV antiviral resistance testing is expected to become a cornerstone in the management of chronic hepatitis B.

Body temperature regulation and outcome after cardiac arrest and therapeutic hypothermia.

OBJECTIVE: Therapeutic temperature modulation is recommended after cardiac arrest (CA). However, body temperature (BT) regulation has not been extensively studied in this setting. We investigated BT variation in CA patients treated with therapeutic hypothermia (TH) and analyzed its impact on outcome. METHODS: A prospective cohort of comatose CA patients treated with TH (32-34°C, 24h) at the medical/surgical intensive care unit of the Lausanne University Hospital was studied. Spontaneous BT was recorded on hospital admission. The following variables were measured during and after TH: time to target temperature (TTT=time from hospital admission to induced BT target <34°C), cooling rate (spontaneous BT-induced BT target/TTT) and time of passive rewarming to normothermia. Associations of spontaneous and induced BT with in-hospital mortality were examined. RESULTS: A total of 177 patients (median age 61 years; median time to ROSC 25 min) were studied. Non-survivors (N=90, 51%) had lower spontaneous admission BT than survivors (median 34.5 [interquartile range 33.7-35.9]°C vs. 35.1 [34.4-35.8]°C, p=0.04). Accordingly, time to target temperature was shorter among non-survivors (200 [25-363]min vs. 270 [158-375]min, p=0.03); however, when adjusting for admission BT, cooling rates were comparable between the two outcome groups (0.4 [0.2-0.5]°C/h vs. 0.3 [0.2-0.4]°C/h, p=0.65). Longer duration of passive rewarming (600 [464-744]min vs. 479 [360-600]min, p<0.001) was associated with mortality. CONCLUSIONS: Lower spontaneous admission BT and longer time of passive rewarming were associated with in-hospital mortality after CA and TH. Impaired thermoregulation may be an important physiologic determinant of post-resuscitation disease and CA prognosis. When assessing the benefit of early cooling on outcome, future trials should adjust for patient admission temperature and use the cooling rate rather than the time to target temperature.

Forecasting changes in population genetic structure of alpine plants in response to global warming.

Species range shifts in response to climate and land use change are commonly forecasted with species distribution models based on species occurrence or abundance data. Although appealing, these models ignore the genetic structure of species, and the fact that different populations might respond in different ways because of adaptation to their environment. Here, we introduced ancestry distribution models, that is, statistical models of the spatial distribution of ancestry proportions, for forecasting intra-specific changes based on genetic admixture instead of species occurrence data. Using multi-locus genotypes and extensive geographic coverage of distribution data across the European Alps, we applied this approach to 20 alpine plant species considering a global increase in temperature from 0.25 to 4 °C. We forecasted the magnitudes of displacement of contact zones between plant populations potentially adapted to warmer environments and other populations. While a global trend of movement in a north-east direction was predicted, the magnitude of displacement was species-specific. For a temperature increase of 2 °C, contact zones were predicted to move by 92 km on average (minimum of 5 km, maximum of 212 km) and by 188 km for an increase of 4 °C (minimum of 11 km, maximum of 393 km). Intra-specific turnover-measuring the extent of change in global population genetic structure-was generally found to be moderate for 2 °C of temperature warming. For 4 °C of warming, however, the models indicated substantial intra-specific turnover for ten species. These results illustrate that, in spite of unavoidable simplifications, ancestry distribution models open new perspectives to forecast population genetic changes within species and complement more traditional distribution-based approaches.

Cardiac Function Assessed by Transesophageal Echocardiography During Pectus Excavatum Repair

Background. We assessed end-diastolic right ventricular (RV) dimensions and left ventricular (LV) ejection fraction by use of intraoperative transesophageal echocardiography before and after surgical correction of pectus excavatum in adults. Methods. A prospective study was conducted including 17 patients undergoing surgical correction of pectus excavatum according to the technique of Ravitch-Shamberger between 1999 and 2004. Intraoperative transesophageal echocardiography was performed under general anesthesia before and after surgery to assess end-diastolic RV dimensions and LV ejection fraction. The end-diastolic RV diameter and area were measured in four-chamber and RV inflow-outflow view, and the RV volume was calculated from these data. The LV was assessed by transgastric short-axis view, and its ejection fraction was calculated by use of the Teichholz formula. Results. The end-diastolic RV diameter, area, and volume all significantly increased after surgery (mean values +/- SD, respectively: 2.4 +/- 0.8 cm versus 3.0 +/- 0.9 cm, p < 0.001; 12.5 +/- 5.2 cm(2) versus 18.4 +/- 7.5 cm(2), p < 0.001; and 21.7 +/- 11.7 mL versus 40.8 +/- 23 mL, p < 0.001). The LV ejection fraction also significantly increased after surgery (58.4% +/- 15% versus 66.2% +/- 6%, p < 0.001). Conclusions. Surgical correction of pectus excavatum according to Ravitch-Shamberger technique results in a significant increase in end-diastolic RV dimensions and a significantly increased LV ejection fraction. (Ann Thorac Surg 2010; 89: 240-4) (C) 2010 by The Society of Thoracic Surgeons

Biomasa desovante de la anchoveta y condiciones oceanográficas. Crucero 9408- 10 BIC SNP-1 y bolicheras

Describe las actividades realizadas en el crucero de evaluación de biomasa desovante de anchoveta y sardina, realizadas desde el 11 de agosto al 4 de octubre de 1994, con el objetivo de evaluar a las poblaciones desovantes de la anchoveta y sardina del litoral, para lo cual exploró el área comprendida entre los 10°00 'S y 17°30 'S, llegando hasta las 102 mm de la costa. Los registros acústicos mostraron que la distribución de la anchoveta fue amplia, desde las 02 hasta las 102 millas de la costa, formando grandes áreas de concentración, principalmente frente a Chimbote, Salaverry, Chicama y Pimentel y en menor densidad entre Huarmey y Pisco. La sardina en cambio se presentó en pequeñas áreas dispersas entre Pimentel y Paita, desde las 15mn hasta las 102 millas de distancia de la costa. Las concentraciones y distribución de la especie no permitieron realizar el estimado de biomasa desovante. La Biomasa desovante estimada para ala anchoveta mediante el Método de Producción de huevos es de 6,9 millones de toneladas, con una producción de 15,12 E + 13 huevos por día. La temperatura superficial del mar fluctuó entre 15.0 y 20,4° C. En general, en todo el litoral se observó una tendencia homogénea, con algunos incrementos de carácter temporal al inicio de la primavera.

O Uso de Técnicas Isotópicas na Discriminação dos Processos Envolvidos na Mineralização das Águas Subterrâneas da Ilha de Maio (Cabo Verde): Contributo para a Gestão dos Recursos Hídricos Subterrâneos

ara além dos processos naturais, a mineralização das águas subterrâneas em ambientes costeiros e insulares pode ser influenciada diretamente pela massa de água oceânica. Este processo está relacionado com o equilíbrio da chamada interface água doce/água salgada que, mesmo em condições naturais, poderá contribuir para a salinização das águas doces continentais. O presente estudo foi realizado na ilha de Maio (Cabo Verde), uma das quatro ilhas pertencentes ao grupo do sotavento. É uma das mais planas ilhas do Arquipélago, atingindo uma altitude máxima de 436 m no Monte Penoso. Inserida na região Saheliana, a ilha de Maio apresenta um clima do tipo árido, com uma precipitação média anual de 124 mm e uma temperatura média de 24,4 ºC. Os aspectos climáticos da ilha do Maio e as suas características geológicas determinam uma mineralização relativamente elevada das águas subterrâneas, com valores de condutividade eléctrica maioritariamente superiores a 1 mS/cm. Além dos factores antes referidos, a mineralização destas águas parece estar, pelo menos em alguns casos, influenciada pela fraca inclinação da interface água doce/água salgada nas áreas litorais. Não obstante, subsistem dúvidas sobre a intervenção relativa dos diferentes processos na mineralização global das águas subterrâneas. As técnicas isotópicas têm-se revelado uma ferramenta útil na discriminação dos diferentes processos e na identificação do fenómeno de intrusão salina. Desta forma, no presente estudo apresentam-se resultados isotópicos de amostras de águas subterrâneas da ilha de Maio, no sentido de averiguar da existência de situações de salinização resultantes da intrusão das massas de água oceânicas.

Aspectos oceanográficos sobre plataforma continental peruana en invierno de 1996. Crucero BIC SNP-1 08

Las condiciones ambientales durante el crucero 9607-08, fueron frías desde el Callao hasta Paita, con anomalías negativas de -0,8 a -2,5 °C, y ligeramente cálidas al norte de Paita registrándose anomalías de hasta +1,4 °C, en la primera etapa del crucero (evaluación acústica, del 01 al 14 de julio de 1996) y anomalías de +0,2 a -2,5° C durante la segunda etapa realizada del 15 de julio al 09 de agosto de 1996. El Frente Ecuatorial, antes del 14 de Julio se localizó al sur de Talara, replegándose luego hacia el norte y ubicándose al norte de Cabo Blanco. Las masas de Aguas Tropicales Superficiales (ATS) se ubicaron frente a Puerto Pizarro, mientras que las aguas Ecuatoriales Superficiales (AES) se ubicaron, la primera quincena de julio, al norte de Paita-Talara y, la segunda quincena, al norte de Cabo Blanco. Las aguas Subtropicales Superficiales (ASS) se localizaron frente a Pimentel - Chimbote fuera de las 40 mn, y las Aguas Costeras Frías (ACF) predominaron dentro de las 40 mn, en toda la faja costera. El afloramiento costero se desarrolló con fuerte intensidad entre Talara-Paita, Punta Falsa - Chicama y Chimbote asociados a valores menores de 16 °C de temperatura, 35,0‰ de salinidad y 3 mL/L de oxígeno disuelto.

Aspectos oceanográficos durante los experimentos de calibraciones hidroacusticas con anchovetas vivas. Crucero BIC Humboldt 9711 de Huacho a Pacasmayo

El crucero se desarrolló del 7 al 19 de noviembre de 1997, dividiéndose en dos etapas: La etapa I de calibración de equipos tuvo lugar en dos puntos muy próximos frente a Huacho, entre el 8 y el 13 de noviembre. La etapa II, de rastreo de pesca, se efectuó del 13 al 19 del mismo mes. La temperatura superficial en los puntos de calibración fluctuó de 18,8° C a 19,9° C con mínimos valores en horas de la noche y madrugada y las máximas después de medio día. Las salinidades de origen subtropical variaron de 35,12 a 35,22%. Durante el rastreo y pesca entre Huacho y Pacasmayo los valores de temperatura, salinidad y oxígeno variaron de 19,1 a 24,4° C, 35,14 a 35,37% y 3,3 a 6,9 mL/L, respectivamente. Se registraron anomalías térmicas positivas de +2,6 a +6,4° C, valores ascendentes de sur a norte y presencia de aguas subtropicales superficiales en toda la columna de agua.

Condiciones oceanográficas durante el crucero BIC Humboldt 9803-05 de evaluación hidroacústica

El crucero se realizó desde la Caleta La Cruz, Tumbes, a Los Palos, Tacna, del 20 de marzo al 07 de mayo de 1998. La Temperatura Superficial del Mar alcanzó un valor mínimo de 16,4° C frente a Atico - Chala y un valor máximo de 30,1 °C a 50 mn frente a Máncora. Las condiciones oceanográficas frente a la costa peruana mostraron la más alta anomalía térmica (+8,3 °C) a 80 mn al suroeste de Punta Falsa; la anomalía más baja (-1,4 °C) ocurrió a 60 mn fuera de Punta Mendieta - Punta Doña María. Se determinaron tres áreas con condiciones diferentes: la primera entre Puerto Pizarro y Pimentel con condiciones cálidas, similares a las observadas en febrero-marzo de 1998; la segunda, entre Pimentel y Pisco con condiciones ligeramente cálidas y que presentaron un ligero descenso de la anomalías térmicas respecto a meses previos; y, la tercera, entre Pisco e Ilo, con condiciones próximas a lo normal, luego de un moderado descenso de las anomalías (aproximadamente 2,5 °C) respecto a febrero. Al norte de Pimentel predominaron Aguas Ecuatoriales Superficiales; al sur de Pacasmayo, Aguas Subtropicales Superficiales; Aguas Costeras Frías fueron observadas principalmente en núcleos litorales a lo largo del área ubicada al sur de Pisco, asociada a focos de afloramiento, así mismo resaltan áreas próximas a la costa con bajas salinidades, debido a la abundante descarga de los ríos adyacentes a estas zonas. A nivel subsuperficial fue notoria la presencia de Aguas Subantárticas fuera de las 40 mn en las zonas de San Juan e Ilo.

Condiciones oceanográficas durante el crucero BIC José Olaya Balandra 9805-06 de Tacna a Máncora

En el mar peruano continua la tendencia de la normalización: las Aguas Ecuatoriales y Tropicales se han ubicado al norte de los 4°30 'S, las temperaturas han disminuido entre 3-4° C al norte de los 9° S, con respecto al crucero BIC Humboldt 9803-05, aunque las salinidades mantienen valores elevados próximos a la costa entre los 05-14° S. Entre Matarani y sur de San Juan, las Aguas Templadas de la Subantártica, se han pegado a la costa mientras que al sur de Ilo, se ubican por fuera de las 12 mn.

Bahía de Huarmey, Áncash, Perú. Evaluación ambiental en abril 2003

Se registraron aguas de mezcla y costeras frías (ACF), con temperaturas muy homogéneas que en superficie y fondo variaron entre 15,1 y 16,4 °C. Los valores de oxígeno fueron menores que en la pasada evaluación del 2002, con promedio 2,2 mL/L (máximo 3,14 mg/L) en superficie y de 0,7 mL/L (1,00 mg/L) en fondo.

Temperatura y salinidad durante la prospección pesquera de reclutamiento de resursos pelágicos LP IMARPE V 9906

La prospección pesquera del reclutamiento de recursos pelágicos se realizó entre el 10 y 13 de junio de 1999, a bordo de la LP IMARPE V, cubriendo el área costera entre 15 y 20 mn desde los 5°10,02 'S a 9°10,70 'S. En general el área de estudio presentó características propias de las Aguas Costeras Frías: 15,7 °C a 17,4 °C y 34,90 a 55,09 ups. El afloramiento ha estado desarrollándose entre Chimbote y Mórrope, con un núcleo principal al sur de Guañape. Las anomalías térmicas presentaron valores de -1,2 °C a -2,4 °C. No se han registrado valores propios de Aguas Ecuatoriales así como de Aguas Subtropicales Superficiales.

Crucero oceanográfico de primavera 2004: BIC Olaya 0411

Crucero Oceanográfico BIC Olaya 0411, se realizó del 2 al 12 de noviembre 2004, cubriendo el área entre Callao (12ºS) y Paita (5ºS), hasta 180 mn de la costa. El objetivo principal fue el seguimiento de las anomalías ocasionadas por las ondas Kelvin y su efecto en los recursos marinos, así como su relación con un probable evento El Niño. Las observaciones más importantes fueron: (1) las ondas Kelvin continuaron proyectando las Aguas Ecuatoriales Superficiales (AES) hacia el sur y suroeste, hecho ya registrado desde fines de invierno y comienzos de primavera; (2) las anomalías térmicas de la superficie del mar (ATSM) fueron en promedio de +0,4 ºC; predominaron valores negativos hasta -1,74 ºC al sur de los 7º30'S, y positivos hacia el norte, hasta +2,58 ºC; (3) el afloramiento costero se desarrolló principalmente entre Chimbote y Chicama, en una franja de 10 a 20 mn de la costa, pero no se registró en la zona frente a Punta La Negra y Paita donde se detectaron AES; (4) las aguas subtropicales superficiales (ASS) se ubicaron entre Callao y Chicama por fuera de las 60 y 120 mn de la costa; (5) los vientos predominaron del SE con velocidades de 4 a 7 m/s; (6) la capa subsuperficial, a excepción del Callao, mostró un ascenso de la termoclina entre 10 a 20 m, comparado con el mes anterior, indicativo de un ligero enfriamiento de esta capa; (7) la Extensión Sur de la Corriente de Cromwell (ESCC) se mostró fortalecida en la estación de primavera, asociada a la presencia de ondas Kelvin y de Aguas Ecuatoriales.

Condiciones hidroquímicas del mar peruano en otoño 2003. Crucero BIC Olaya 0305-06

Este crucero se desarrolló entre el 20 de mayo al 18 de junio 2003, de Puerto Pizarro a Huarmey, hasta 80 mn de la costa. Se relacionan las condiciones hidroquímicas con los recursos demersales, enfatizando en los niveles de oxigenación. Las observaciones más importantes fueron: (1) La Extensión Sur de la Corriente de Cromwell se localizó al norte de 9°S, frente a Punta Chao. (2) Los promedios de oxígeno disuelto registrados en las secciones verticales a los 100 m fueron: 1,74 mL/L en Puerto Pizarro; 1,55 mL/L en Paita; 1,29 mL/L en Punta Falsa; 0,69 mL/L en Chicama y 0,27 mL/L en Chimbote. (3) En la columna de agua, las concentraciones de oxígeno de 0,45 a 2,18 mL/L se encontraron asociadas a los siguientes rangos de nutrientes: fosfatos, 1,43–2,39 uM; silicatos 12,26–24,97 uM; nitratos, 16,13–25,70 uM. (4) El afloramiento fue más intenso frente a Chicama, cuyos valores en superficie fueron: oxígeno 1,40 mL/L; temperatura 15,4 °C; fosfatos 2,63 μM; silicatos 24,33 μM; nitratos 13,72 μM.

Bancos naturales entre Punta Herradura y Playa Chica, Huacho. Junio 2002

En junio del 2002 se realizó el estudio de bancos naturales entre Punta Herradura-Playa Chica (11°15’17,6”S a 11°11’10,7”S) dentro de una franja costera de 1mn. Se encontraron aguas costeras frías (ACF), con salinidad entre 35,1 y 34,8 ups y TSM entre 14,8 °C y 15,4 °C; substratos mayormente de arena fina compacta, fondos algosos y duros de roca volcánica. Entre 3,5 y 22 m de profundidad, la fauna bentónica estuvo compuesta por crustáceos: Platyxanthus orbignyi, Romaleon polyodon, Hepatus chiliensis y Pleuroncodes monodon; moluscos: Loligo gahi y Octopus mimus; peces: Odontesthes regia regia y equinodermos.