Toward a-state-of-the-art IR copyright management system: a needs assessment

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Office File Formats – What’s to be Done?

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Bye, ContentDM: Another one bites the dust

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Hydramata: Building a Nimble Solution with Hydra to Transcend the Institutional Repository

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

The Purdue University Research Repository (PURR): An institutional data management service with a virtual research environment, data publication, and archiving

Poster at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Ingest into the Digital Preservation Network: Standard Pipelines

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

A Distributed Microservices Framework Integrating Taverna

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

ORCiD – Membership and implementation at Chalmers University of Technology

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Breaking down the boundaries to storing, sharing and publishing research data

Presentation at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Invenio as a platform to implement the SCOAP3 Repository

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Measuring software security from the design of software

The vast majority of our contemporary society owns a mobile phone, which has resulted in a dramatic rise in the amount of networked computers in recent years. Security issues in the computers have followed the same trend and nearly everyone is now affected by such issues. How could the situation be improved? For software engineers, an obvious answer is to build computer software with security in mind. A problem with building software with security is how to define secure software or how to measure security. This thesis divides the problem into three research questions. First, how can we measure the security of software? Second, what types of tools are available for measuring security? And finally, what do these tools reveal about the security of software? Measuring tools of these kind are commonly called metrics. This thesis is focused on the perspective of software engineers in the software design phase. Focus on the design phase means that code level semantics or programming language specifics are not discussed in this work. Organizational policy, management issues or software development process are also out of the scope. The first two research problems were studied using a literature review while the third was studied using a case study research. The target of the case study was a Java based email server called Apache James, which had details from its changelog and security issues available and the source code was accessible. The research revealed that there is a consensus in the terminology on software security. Security verification activities are commonly divided into evaluation and assurance. The focus of this work was in assurance, which means to verify one’s own work. There are 34 metrics available for security measurements, of which five are evaluation metrics and 29 are assurance metrics. We found, however, that the general quality of these metrics was not good. Only three metrics in the design category passed the inspection criteria and could be used in the case study. The metrics claim to give quantitative information on the security of the software, but in practice they were limited to evaluating different versions of the same software. Apart from being relative, the metrics were unable to detect security issues or point out problems in the design. Furthermore, interpreting the metrics’ results was difficult. In conclusion, the general state of the software security metrics leaves a lot to be desired. The metrics studied had both theoretical and practical issues, and are not suitable for daily engineering workflows. The metrics studied provided a basis for further research, since they pointed out areas where the security metrics were necessary to improve whether verification of security from the design was desired.

Bereitstellung von Früherkennungsinformationen für Unternehmen - Entwicklung und Einsatz eines Softwareinstrumentes

Die Unternehmensumwelt wird zunehmend von dynamischen Veränderungen und Turbulenzen geprägt. Globalisierung der Märkte und schneller wechselnde Umfeldveränderungen zwingen die Unternehmen dazu, ihr strategisches Verhalten ständig an neue Bedingungen anzupassen. Ein vorausschauendes Denken und Handeln wird immer notwendiger, da in vielen Branchen Produkte und Dienstleistungen in wesentlich kürzeren Zeitabständen als bisher durch Neue ersetzt werden. Um das unternehmerische Umfeld im Blick zu haben und über Pläne, Leistungen und Kompetenzen der Konkurrenten und Kunden über Marktveränderungen und technische Neuerungen etc. aktuell und vorausschauend informiert zu sein, wird ein intelligentes, systematisches Vorgehen bei der Informationsversorgung mit Umfeldinformationen benötigt. Die Dissertation befasst sich mit der Entwicklung, Implementierung und Untersuchung eines Softwareinstrumentes und systematischen Arbeitsprozesses, um die Versorgung von Managern und Mitarbeitern mit Umfeldinformationen (externen Informationen) zu verbessern um aufkommende Chancen und/oder Risiken frühzeitig zu erkennen. Der Schwerpunkt der Arbeit bezieht sich hauptsächlich auf die Phase der Informationsbereitstellung (Beschaffung, Verarbeitung und Präsentation) und dem Abruf der Umfeldinformationen durch die Manager und Mitarbeiter. Das entwickelte Softwareinstrument und die Arbeitsabläufe werden in drei Untersuchungsfirmen implementiert und evaluiert. Über eine schriftliche Befragung soll der Zustand vor Einführung des Softwareinstrumentes und Arbeitsabläufen und ein Jahr danach erfasst werden. Zur Ergänzung der Ergebnisse der schriftlichen Erhebung werden zusätzlich leitfadengestützte Einzelinterviews durchgeführt werden. Spezielle Auswertungen der Systemzugriffe sollen Aufschluss über den Nutzungsumfang und -häufigkeit im Zeitablauf geben. Über eine sukzessive Optimierung der Software und Arbeitsabläufe werden abschließend ein überarbeitetes Softwareinstrument sowie angepasste Arbeitsabläufe und ein Einführungsverfahren vorgestellt.

Autonomes Performance-Management in dienstorientierten Architekturen

Die Bedeutung des Dienstgüte-Managements (SLM) im Bereich von Unternehmensanwendungen steigt mit der zunehmenden Kritikalität von IT-gestützten Prozessen für den Erfolg einzelner Unternehmen. Traditionell werden zur Implementierung eines wirksamen SLMs Monitoringprozesse in hierarchischen Managementumgebungen etabliert, die einen Administrator bei der notwendigen Rekonfiguration von Systemen unterstützen. Auf aktuelle, hochdynamische Softwarearchitekturen sind diese hierarchischen Ansätze jedoch nur sehr eingeschränkt anwendbar. Ein Beispiel dafür sind dienstorientierte Architekturen (SOA), bei denen die Geschäftsfunktionalität durch das Zusammenspiel einzelner, voneinander unabhängiger Dienste auf Basis deskriptiver Workflow-Beschreibungen modelliert wird. Dadurch ergibt sich eine hohe Laufzeitdynamik der gesamten Architektur. Für das SLM ist insbesondere die dezentrale Struktur einer SOA mit unterschiedlichen administrativen Zuständigkeiten für einzelne Teilsysteme problematisch, da regelnde Eingriffe zum einen durch die Kapselung der Implementierung einzelner Dienste und zum anderen durch das Fehlen einer zentralen Kontrollinstanz nur sehr eingeschränkt möglich sind. Die vorliegende Arbeit definiert die Architektur eines SLM-Systems für SOA-Umgebungen, in dem autonome Management-Komponenten kooperieren, um übergeordnete Dienstgüteziele zu erfüllen: Mithilfe von Selbst-Management-Technologien wird zunächst eine Automatisierung des Dienstgüte-Managements auf Ebene einzelner Dienste erreicht. Die autonomen Management-Komponenten dieser Dienste können dann mithilfe von Selbstorganisationsmechanismen übergreifende Ziele zur Optimierung von Dienstgüteverhalten und Ressourcennutzung verfolgen. Für das SLM auf Ebene von SOA Workflows müssen temporär dienstübergreifende Kooperationen zur Erfüllung von Dienstgüteanforderungen etabliert werden, die sich damit auch über mehrere administrative Domänen erstrecken können. Eine solche zeitlich begrenzte Kooperation autonomer Teilsysteme kann sinnvoll nur dezentral erfolgen, da die jeweiligen Kooperationspartner im Vorfeld nicht bekannt sind und – je nach Lebensdauer einzelner Workflows – zur Laufzeit beteiligte Komponenten ausgetauscht werden können. In der Arbeit wird ein Verfahren zur Koordination autonomer Management-Komponenten mit dem Ziel der Optimierung von Antwortzeiten auf Workflow-Ebene entwickelt: Management-Komponenten können durch Übertragung von Antwortzeitanteilen untereinander ihre individuellen Ziele straffen oder lockern, ohne dass das Gesamtantwortzeitziel dadurch verändert wird. Die Übertragung von Antwortzeitanteilen wird mithilfe eines Auktionsverfahrens realisiert. Technische Grundlage der Kooperation bildet ein Gruppenkommunikationsmechanismus. Weiterhin werden in Bezug auf die Nutzung geteilter, virtualisierter Ressourcen konkurrierende Dienste entsprechend geschäftlicher Ziele priorisiert. Im Rahmen der praktischen Umsetzung wird die Realisierung zentraler Architekturelemente und der entwickelten Verfahren zur Selbstorganisation beispielhaft für das SLM konkreter Komponenten vorgestellt. Zur Untersuchung der Management-Kooperation in größeren Szenarien wird ein hybrider Simulationsansatz verwendet. Im Rahmen der Evaluation werden Untersuchungen zur Skalierbarkeit des Ansatzes durchgeführt. Schwerpunkt ist hierbei die Betrachtung eines Systems aus kooperierenden Management-Komponenten, insbesondere im Hinblick auf den Kommunikationsaufwand. Die Evaluation zeigt, dass ein dienstübergreifendes, autonomes Performance-Management in SOA-Umgebungen möglich ist. Die Ergebnisse legen nahe, dass der entwickelte Ansatz auch in großen Umgebungen erfolgreich angewendet werden kann.

Semi-algebraic methods for symbolic analysis of complex reaction networks

The identification of chemical mechanism that can exhibit oscillatory phenomena in reaction networks are currently of intense interest. In particular, the parametric question of the existence of Hopf bifurcations has gained increasing popularity due to its relation to the oscillatory behavior around the fixed points. However, the detection of oscillations in high-dimensional systems and systems with constraints by the available symbolic methods has proven to be difficult. The development of new efficient methods are therefore required to tackle the complexity caused by the high-dimensionality and non-linearity of these systems. In this thesis, we mainly present efficient algorithmic methods to detect Hopf bifurcation fixed points in (bio)-chemical reaction networks with symbolic rate constants, thereby yielding information about their oscillatory behavior of the networks. The methods use the representations of the systems on convex coordinates that arise from stoichiometric network analysis. One of the methods called HoCoQ reduces the problem of determining the existence of Hopf bifurcation fixed points to a first-order formula over the ordered field of the reals that can then be solved using computational-logic packages. The second method called HoCaT uses ideas from tropical geometry to formulate a more efficient method that is incomplete in theory but worked very well for the attempted high-dimensional models involving more than 20 chemical species. The instability of reaction networks may lead to the oscillatory behaviour. Therefore, we investigate some criterions for their stability using convex coordinates and quantifier elimination techniques. We also study Muldowney's extension of the classical Bendixson-Dulac criterion for excluding periodic orbits to higher dimensions for polynomial vector fields and we discuss the use of simple conservation constraints and the use of parametric constraints for describing simple convex polytopes on which periodic orbits can be excluded by Muldowney's criteria. All developed algorithms have been integrated into a common software framework called PoCaB (platform to explore bio- chemical reaction networks by algebraic methods) allowing for automated computation workflows from the problem descriptions. PoCaB also contains a database for the algebraic entities computed from the models of chemical reaction networks.

Running climate models on grids using G-Rex

Compute grids are used widely in many areas of environmental science, but there has been limited uptake of grid computing by the climate modelling community, partly because the characteristics of many climate models make them difficult to use with popular grid middleware systems. In particular, climate models usually produce large volumes of output data, and running them also involves complicated workflows implemented as shell scripts. A new grid middleware system that is well suited to climate modelling applications is presented in this paper. Grid Remote Execution (G-Rex) allows climate models to be deployed as Web services on remote computer systems and then launched and controlled as if they were running on the user's own computer. Output from the model is transferred back to the user while the run is in progress to prevent it from accumulating on the remote system and to allow the user to monitor the model. G-Rex has a REST architectural style, featuring a Java client program that can easily be incorporated into existing scientific workflow scripts. Some technical details of G-Rex are presented, with examples of its use by climate modellers.