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Raphidascaris camura sp. n. infected the stomach and intestine of Pomatomus saltatrix (type host), from the northern Gulf of Mexico. It is characterized by having the following combination of features: 31 to 40 pairs of preanal papillae, 10 pairs of postanal papillae with the third papilla from the posterior extremity doubled, nearly equal spicules 1.8 to 2.7% of the body length, and lateral alae abruptly curved near their anterior extremity. Additional species of Raphidascaris were examined and are discussed. Hysterothylacium eurycheilum (Olsen, 1952) comb. n. (=Heterotyphlum e.) from Epinephelus itajara in Florida and the Lesser Antilles, previously known from female worms only, is redescribed as is the anterior end of Heterotyphlum himantolophi Spaul, 1927.
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Spirocamallanus cricotus sp. n. (= S. pereirai, in part) and S. halitrophus sp. n. are described from marine fishes of the northern Gull of Mexico. Spirocamallanus cricotus has a ledge anterior to the basal ring in the buccal capsule, similar spicules with a ratio of 1:1.4 to 2.1, 3 pre- and 5 postcloacal papillae, and 8 rectal glands in the female; S. halitrophus lacks the ledge and possesses dissimilar spicules with a ratio of 1:1.3 to 1.8, 3 pre- and 6 postcloacal papillae, and 4 rectal glands in the female.
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Heligmosomoides johnsoni sp. noy. is described from the cecum of the heather vole, Phenacomys intermedius Merriam, from the Olympic Mountains, Washington. The absence of longitudinal cuticular ridges dorsally separates H. johnsoni from species of Heligmosomoides other than H. hudsoni (Cameron, 1937), which occurs in varying lemmings, Dicrostonyx spp., and from which H. johnsoni is distinguished by its longer spicules, form of the dorsal ray, and other characters. Both Phenacomys and Dicrostonyx have a specialized cecum, with long villi around which the nematodes are found tightly coiled. The zoogeography of heligmosomid nematodes in Phenacomys is briefly discussed. French abstract: On décrit Heligmosomoides johnsoni sp. nov. parasite du caecum du rongeur néarctique, Phenacomys intermedius Merriam, des Montagnes Olympiques de Washington. L'absence de crêtes cuticulaires sur la face dorsaIe sépare H. johnsoni des autres Heligmosomoides à I'exception d'H. hudsoni (Cameron, 1937) qui se trouve chez Dicrostonyx spp., et duquel H. johnsoni se distingue par ses spicules plus longs, par la forme différente de la côte dorsale et par d'autres caractères. Phenacomys et Dicrostonyx ont un caecum spécialisé, muni de villosités allongées, autour desquelles les nématodes s'enroulent étroitement. La zoogéographie des nematodes héligmosomes chez Phenacomys est discutée.
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Bereits 1971 erkannte Reiswig bei einigen Schwämmen in der Kontraktion des Osculums eine Reaktion auf Licht. Nachfolgend konnte für eine Reihe von Schwämmen die Existenz von Lichtreaktionen beobachtet werden (Wapstra & van Soest, 1987). In dieser Arbeit sollten Gene eines Luziferin/Luziferase Systems im marinen Schwamm Suberites domuncula identifiziert werden, die eine Rolle bei der Bio¬lumineszenz spielen. Mit Hilfe der PCR-Technik konnten die in der cDNA-Bank identifizierten Fragmente einer Luziferase und eines Luziferin regenerierenden Enzyms erfolgreich vervollständigt, kloniert und analysiert werden. Datenbank¬analysen der abgeleiteten Aminosäuresequenzen ergeben sowohl für die Luziferase als auch für das Luziferin regenerierende Enzym Ähnlichkeiten zu den entsprechenden Proteinen aus Leuchtkäfern, wie z. B. Photinus pyralis. Ausgehend von der cDNA wurden zunächst beide Enzyme in E. coli rekombinant exprimiert und affinitätschromatographisch aufgereinigt. Für die Luziferase gelang es, spezifische Antikörper herzustellen, die im Anschluss an den im Western Blot durchgeführten Nachweis eine Identifizierung in histologischen Schwamm¬schnitten ermöglichte. Weitere Analysen konnten für Suberites domuncula sowohl im Schwammgewebe, im Proteinextrakt als auch für das rekombinante Protein die Licht-generierende Fähigkeit nachweisen. Das ermittelte in vitro Biolumineszenz-Emissionsspektrum der rekombinanten Luziferase weist eine Lichtemission im gelb-grünen Bereich des Spektrums mit einem Maximum bei 548 nm und einer Schulter bei 590 nm auf. Ausserdem bestätigte die Funktionanalyse des rekombinanten Enzyms die für Luziferasen bekannte ATP- und Temperatur¬abhängigkeit sowie den stimulierenden Effekt von Coenzym A. Die Existenz einer bioaktiven Luziferase in einem der ältesten, rezent vertretenen Metazoa deutet darauf hin, dass sich die Oxygenasefunktion der Luziferasen bereits früher entwickelte, als bisher von Viviani* vermutet. Die bisherigen Daten über die optischen Eigenschaften der Spiculae liefern gemeinsam mit den Ergebnissen dieser Arbeit – einer Licht-emittierenden Luziferase in S. domuncula – die Voraussetzungen für die mögliche Existenz eines Photorezeptionssystems in Schwämmen.
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Schon 1904 beschrieb Schulze den Aufbau von Silikatnadeln des Schwammes Monorhaphis chuni, eines Mitglieds der zweiten Familie von biosilifizierenden Schwämmen, den Hexactinelliden (Glasschwämmen). Weitergehende morphologische Untersuchungen und biochemische Analysen insbesondere mit modernen Methoden wurden an Hexactinelliden bisher kaum durchgeführt. Ziel der vorliegenden Arbeit bestand deshalb darin, Untersuchungen zur Morphologie, der chemischen Zusammensetzung, der Verteilung und Charakterisierung der beteiligten anorganischen und organischen Komponenten sowie einen molekularbiologischer Nachweis der Existenz von Silicatein in Hexactinelliden durchzuführen. Für diese Untersuchungen wurden zwei Spezies verwendet: Monorhaphis chuni und Crateromorpha meyeri. Mittels Elektronen-Mikrosonden-Technik wurde an Querschnitten der Pfahlnadel von M. chuni die Verteilung der Elemente innerhalb der Nadel untersucht. Am äußeren Rand der Nadel (150 µm) traten im Vergleich zur Nadelmitte prägnante Unterschiede in der Konzentration von Kaliumoxid und Natriumoxid auf. Diese Ergebnisse deuten auf das Vorhandensein eines ähnlichen Transportsystems zur Anreicherung von Silizium/Silikat bei der Nadelbildung hin, wie es bereits in S. domuncula bekannt ist. Mit elektronen- und lichtmikroskopischen Untersuchungen wurden die organischen Substanzen der Silikatnadel nachgewiesen und deren Verteilung innerhalb dieser Nadeln analysiert. In der lamellaren Zone befindet sich, eine säurelabile organische Netzstruktur, sowie eine, die Silikatschichten durchspannende, säulenähnliche Struktur. Im Axialzylinder zeigt das organische Material eine leicht verzweigte fibrilläre Anordnung. Mit biochemischen Verfahren wurden die organischen Komponenten der Nadeln detaillierter untersucht. Mehrere Proteine mit Molekulargewichten von 17, 24, 27 ,30, 36 und 70 kDa wurden durch gelelektrophoretische Analysen von Material der Pfahlnadel identifiziert. Die Analyse isolierter Anteile der lamellaren Zone zeigte ausschließlich ein 27 kDa Protein. Die restlichen Proteinbanden konnten hier nicht nachgewiesen werden. Das 27 kDa Protein reagierte im Westernblot mit Antikörpern gegen Silicatein aus S. domuncula. Ein weiteres Protein wurde näher charakterisert. Ein positiver Agglutinationsassay wies ein lectinähnliches Molekül innerhalb der Nadeln nach, wie es aus S. domuncula bekannt ist. Nach einer Deglycolysierung der Proteine reduzierte sich das scheinbare Molekulargewicht der 36 kDa Bande auf 30 kDa. Durch molekularbiologische Untersuchungen wurde erstmals in Hexactinelliden die Existenz von Silicatein nachgewiesen. Nach Isolierung der Gesamt-RNA von Crateromorpha meyeri, RT-PCR und Amplifizierung mit silicateinspezifischen Primern wurde eine 549 kBp Nukleotidsequenz gefunden, die auf Aminosäureebene starke Homologien (76% identische Aminosäuren) zu bekannten Silicateinen der Demospongia aufweist. Die Aminosäuren der katalytische Triade des Silicateins, essenziell für die enzymatische Katalyse des Enzyms, sind an den selben Positionen wie bei bekannten Silicateinen vorhanden.
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Die technische Silikatproduktion erfordert in der Regel hohe Temperaturen und extreme pH-Werte. In der Natur hingegen haben insbesondere Kieselschwämme die außergewöhnliche Fähigkeit, ihr Silikatskelett, das aus einzelnen sogenannten Spiculae besteht, enzymatisch mittels des Proteins Silicatein zu synthetisieren. rnIm Inneren der Spiculae, im zentralen Kanal, befindet sich das Axialfilament, welches hauptsächlich aus Silicatein-α aufgebaut ist. Mittels Antikörperfärbungen und Elektronenmikroskopischen Analysen konnte festgestellt werden, dass Silicatein in mit Kieselsäure-gefüllten Zellorganellen (silicasomes) nachzuweisen ist. Mittels dieser Vakuolen kann das Enzym und die Kieselsäure aus der Zelle zu den Spiculae im extrazellulären Raum befördert werden, wo diese ihre endgültige Länge und Dicke erreichen. Zum ersten Mal konnte nachgewiesen werden, dass rekombinant hergestelltes Silicatein-α sowohl als Siliciumdioxid-Polymerase als auch Siliciumdioxid-Esterase wirkt. Mittels Massenspektroskopie konnte die enzymatische Polymerisation von Kieselsäure nachverfolgt werden. Durch Spaltung der Esterbindung des künstlichen Substrates Bis(p-aminophenoxy)-dimethylsilan war es möglich kinetische Parameter der Siliciumdioxid-Esterase-Aktivität des rekombinanten Silicateins zu ermitteln.rnZu den größten biogenen Silikatstukuren auf der Erde gehören die Kieselnadeln der Schwammklasse Hexactinellida. Nadelextrakte aus den Schwammklassen Demospongien (S. domuncula) und Hexactinellida (M. chuni) wurden miteinander verglichen um die potentielle Existenz von Silicatein oder Silicatein-ähnliche Molekülen und die dazu gehörige proteolytischen Aktivität nachzuweisen. Biochemische Analysen zeigten, dass das 27 kDA große isolierte Polypeptid in Monoraphis mehrere gemeinsame Merkmale mit den Silicateinen der Demospongien teilt. Dazu gehören die Größe und die Proteinase-Aktivität. rnUm die Frage zu klären, ob das axiale Filament selbst zur Formbildung der Skelettelemente beiträgt, wurde ein neues mildes Extraktionsverfahren eingeführt. Dieses Verfahren ermöglichte die Solubilisierung des nativen Silicateins aus den Spiculae. Die isolierten Silicateine lagen als Monomere (24 kDa) vor, die Dimere durch nicht-kovalente Bindungen ausbildeten. Darüber hinaus konnten durch PAGE-Gelelektrophorese Tetramere (95 kDa) und Hexamere (135 kDa) nachgewiesen werden. Die Monomere zeigten eine beträchtliche proteolytische Aktivität, die sich während der Polymerisationsphase des Proteins weiter erhöhte. Mit Hilfe der Lichtmikroskopie und Elektronenmikroskopie (TEM) konnte die Assemblierung der Proteine zu filamentartigen Strukturen gezeigt werden. Die Selbstorganisation der Silicatein-α-Monomeren scheint eine Basis für Form- und Musterbildung der wachsenden Nadeln zu bilden.rn Um die Rolle des kürzlich entdeckten Proteins Silintaphin-1, ein starker Interaktionspartner des Silicatein-α, während der Biosilifizierung zu klären, wurden Assemblierungs-Experimente mit den rekombinanten Proteinen in vitro durchgeführt. Zusätzlich wurde deren Effekt auf die Biosilikatsynthese untersucht. Elektronenmikroskopische Analysen ergaben, dass rekombinantes Silicatein-α zufällig verteilte Aggregate bildet, während die Koinkubation beider Proteine (molekulares Verhältnis 4:1) über fraktal artige Strukturen zu Filamenten führt. Auch die enzymatische Aktivität der Silicatein-α-vermittelte Biosilikatsynthese erhöhte sich in Gegenwart von Silintaphin-1 um das 5,3-fache. rn
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Das Silicatein α ist ein 24 kDa großes Enzym, welches im Schwamm Suberites domuncula für die Synthese von Biosilikat verantwortlich ist. Vorhergehende Studien haben gezeigt, dass Silicatein auch die Synthese anderer Metalloxide wie Titandioxid, Galliumoxid und Zirkoniumdioxid katalysieren kann. Diese Fähigkeiten machen das Silicatein α für biomedizinische und biotechnologische Anwendungen interessant, da die Synthese unter nahezu physiologischen Bedingungen ablaufen kann, was die Herstellung neuartiger Kompositmaterialien mit einzigartigen Eigenschaften erleichtern würde. Zur Immobilisierung des Silicatein α auf verschiedenen Oberflächen wurde bislang ein Nickel-NTA-Kopolymer eingesetzt. Diese Art der Immobilisierung bietet eine Reihe von Möglichkeiten in der Nanobiotechnologie, stößt aber in der Biomedizin an ihre Grenzen, da sich nicht alle Oberflächen für ein solches Coating eignen. Zudem können die zur Aktivierung des Polymers nötigen Lösungsmittel und die über die Zeit freigesetzten Monomere aus dem Polymergerüst toxische oder mutagene Wirkung auf das umliegende Gewebe haben. Deshalb wurde das Silicatein α in dieser Arbeit mit zwei Affinitäts-Tags so modifiziert, dass es an verschiedene Oberflächen immobilisiert werden kann und dabei seine Aktivität beibehält. Zuerst wurde das Silicatein mit einem Glu-tag am N-terminalen Ende modifiziert. Dadurch gelang die direkte Immobilisierung an Hydroxyapatit und die folgende, enzymkatalysierte Synthese von Biosilikat-Beschichtungen auf diesem Träger. Die Eigenschaften eines solchen HA-Kompositmaterials können zum Beispiel zu einem verbesserten, schnelleren und stabileren Einwachsen von Knochenimplantaten führen, da Biosilikat die Reifung und Differenzierung von Osteoblasten beschleunigt. rnMit dem an Hydroxyapatit-Plättchen immobilisierten Glu-tag-Silicatein wurde ein modifizierter Pull-down Assay etabliert, wodurch bekannte, aber auch bis dahin noch unbekannte Protein-Interaktionspartner identifiziert werden konnten. rnUm zu zeigen, dass der entwickelte Glu-tag an präformierte, calciumhaltige Oberflächen binden kann, wurden die Nadeln des Kalkschwammes Paraleucilla magna als Modellorganismus verwendet. Die Nadeln konnten durch das immobilisierte Silicatein mit einer Titandioxid-Schicht überzogen werden und unter Verwendung des Interaktionspartners Silintaphin-1 konnte diese Beschichtung noch verstärkt werden. Solche CaCO3-Kompositmaterialien könnten sowohl in der Biomedizin als auch in der Biotechnologie zum Einsatz kommen. Neben den erwähnten calciumhaltigen Materialien finden auch andere Stoffe wie TiO2-Nanodrähte Verwendung in der Forschung. In weiterführenden Experimenten konnte gezeigt werden, dass der entwickelte Glu-tag auch Affinität zu Titandioxid-Oberflächen vermittelt. Auch hier konnte durch das oberflächenimmobilisierte Enzym eine Biosilikatbeschichtung synthetisiert werden. rnMit der zweiten Modifikation - einem Cys-tag - konnte Silicatein direkt auf Goldoberflächen immobilisiert werden. Durch die Verwendung eines Polydimethylsiloxan (PDMS)-Stempels wurde das Cys-getaggte Silicatein in einem linienförmigen Muster auf das Gold übertragen und die Synthese von Titandioxid dort nachgewiesen.rnDie Experimente und Ergebnisse dieser Arbeit haben gezeigt, dass Silicatein α durch einfache Modifikationen an verschiedene Oberflächen immobilisiert werden kann und dabei immer noch seine Aktivität behält. rnHierdurch ergibt sich die Möglichkeit, unter Normalbedingungen verschiedenste Kompositmaterialien herzustellen.rn
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Die Bildung kieselsäurehaltiger Spicula in marinen Schwämmen ist nur möglich durch die enzymatische Aktivität des Silicatein- in Verbindung mit der stöchiometrischen Selbstassemblierung des Enzyms mit anderen Schwammproteinen. Die vorliegende Arbeit basiert auf einem biomimetischen Ansatz mit dem Ziel, unterschiedliche Oberflächen für biotechnologische und biomedizinische Anwendungen mit Biosilica und Biotitania zu beschichten und zu funktionalisieren. Für biotechnologische Anwendungen ist dabei das Drucken von Cystein-getaggtem Silicatein auf Gold-Oberflächen von Bedeutung, denn es ermöglichte die Bildung definierter Biotitania-Strukturen (Anatas), welche als Photokatalysator den Abbau eines organischen Farbstoffs bewirkten. Des Weiteren zeigte sich die bio-inspirierte Modifikation von Tyrosin-Resten an rekombinantem Silicatein-(via Tyrosinase) als vielversprechendes Werkzeug zur Beschleunigung der Selbstassemblierung des Enzyms zu mesoskaligen Filamenten. Durch eine solche Modifikation konnte Silicatein auch auf der Oberfläche von anorganischen Partikeln immobilisiert werden, welches die Assemblierung von anorganisch-organischen Verbundwerkstoffen in wäßriger Umgebung förderte. Die resultierenden supramolekularen Strukturen könnten dabei in bio-inspirierten und biotechnologischen Anwendungen genutzt werden. Weiterhin wurde in der vorliegenden Arbeit die Sekundärstruktur von rekombinantem Silicatein- (Monomer und Oligomer) durch Raman Spektroskopie analysiert, nachdem das Protein gemäß einer neu etablierten Methode rückgefaltet worden war. Diese Spektraldaten zeigten insbesondere Änderungen der Proteinkonformation durch Solubilisierung und Oligomerisierung des Enzyms. Außerdem wurden die osteoinduzierenden und osteogenen Eigenschaften unterschiedlicher organischer Polymere, die herkömmlich als Knochenersatzmaterial genutzt werden, durch Oberflächenmodifikation mit Silicatein/Biosilica verbessert: Die bei der Kultivierung knochenbildender Zellen auf derart oberflächenbehandelten Materialien beobachtete verstärkte Biomineralisierung, Aktivierung der Alkalischen Phosphatase, und Ausbildung eines typischen zellulären Phänotyps verdeutlichen das Potential von Silicatein/Biosilica für der Herstellung neuartiger Implantat- und Knochenersatzmaterialien.
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The marine world is an immense source of biodiversity that provides substances with striking potentials in medicinal chemistry and biotechnology. Sponges (Porifera) are marine animals that represent the most impressive example of organisms possessing the ability to metabolise silica through a family of enzymes known as silicateins. Complex skeletal structures (spicules) made of pure biogenic silica (biosilica) are produced under physiological conditions. Biosilica is a natural material comprising inorganic and organic components with unique mechanical, optical, and physico-chemical properties, including promising potential to be used for development of therapeutic agents in regenerative medicine. Unravelling the intimate physiological mechanisms occurring in sponges during the construction of their siliceous spicules is an on-going project, and several questions have been addressed by the studies proposed by our working group. In this doctoral work, the recombinant DNA technology is exploited for functional and structural characterisation of silicatein. Its precursors are produced as fusion proteins with a chaperone tag (named TF-Ps), and a robust method for the overexpression of native soluble proteins in high concentrations has been developed. In addition, it is observed and proven experimentally that the maturation of silicatein is an autocatalytic event that: (i) can be modulated by rational use of protease inhibitors; (ii) is influenced by the temperature of the environment; (iii) only slightly depends on the pH. In the same experimental framework, observations on the dynamics in the maturation of silicateins allow a better understanding of how the axial filaments form during the early stages of spicule construction. In addition, the definition of new distinct properties of silicatein (termed “structure-guiding” and “structure-forming”) is introduced. By homology models and through comparisons with similar proteins (the cathepsins), domains with significant surface hydrophobicity are identified as potential self-assembly mediators. Moreover, a high-throughput screening showed that TF-Ps could generate crystals under certain conditions, becoming promising for further structural studies. With the goal of optimise the properties of the recombinant silicatein, implementation of new production systems are tried for the first time. Success in the expression of silicatein-type proteins in insect and yeast cells, constitute a promising basis for further development, towards the establishment of an efficient method for the production of a high-value pure and soluble protein.
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PURPOSE: Identification of a novel rhodopsin mutation in a family with retinitis pigmentosa and comparison of the clinical phenotype to a known mutation at the same amino acid position. METHODS: Screening for mutations in rhodopsin was performed in 78 patients with retinitis pigmentosa. All exons and flanking intronic regions were amplified by PCR, sequenced, and compared to the reference sequence derived from the National Center for Biotechnology Information (NCBI, Bethesda, MD) database. Patients were characterized clinically according to the results of best corrected visual acuity testing (BCVA), slit lamp examination (SLE), funduscopy, Goldmann perimetry (GP), dark adaptometry (DA), and electroretinography (ERG). Structural analyses of the rhodopsin protein were performed with the Swiss-Pdb Viewer program available on-line (http://www.expasy.org.spdvbv/ provided in the public domain by Swiss Institute of Bioinformatics, Geneva, Switzerland). RESULTS: A novel rhodopsin mutation (Gly90Val) was identified in a Swiss family of three generations. The pedigree indicated autosomal dominant inheritance. No additional mutation was found in this family in other autosomal dominant genes. The BCVA of affected family members ranged from 20/25 to 20/20. Fundus examination showed fine pigment mottling in patients of the third generation and well-defined bone spicules in patients of the second generation. GP showed concentric constriction. DA demonstrated monophasic cone adaptation only. ERG revealed severely reduced rod and cone signals. The clinical picture is compatible with retinitis pigmentosa. A previously reported amino acid substitution at the same position in rhodopsin leads to a phenotype resembling night blindness in mutation carriers, whereas patients reported in the current study showed the classic retinitis pigmentosa phenotype. The effect of different amino acid substitutions on the three-dimensional structure of rhodopsin was analyzed by homology modeling. Distinct distortions of position 90 (shifts in amino acids 112 and 113) and additional hydrogen bonds were found. CONCLUSIONS: Different amino acid substitutions at position 90 of rhodopsin can lead to night blindness or retinitis pigmentosa. The data suggest that the property of the substituted amino acid distinguishes between the phenotypes.
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A new species of Cladorhizidac, front the Aleutian Islands is described and compared with all known species of Cladorhizza worldwide. Cladorhiza corona sp. now has a unique growth form with two planes of differently shaped appendages. Appendages are Inserted directly at the stalk; a spherical or conical body at the stalk is lacking. It is the only species reported where different spicule types occur in three morphologically different areas of the sponge. The spiculation of the basal plate is characterized by the occurrence of short, thick anisoxcas and the lack of anisochelae. Anisochelac arc found in the stalk and the basal appendages only. Flattened sigmancistras and (sub-)tylostyles are restricted to the crown. The arrangement of spicules is different in the basal plate, the stalk with the basal appendages, and in the distal append ages. The dimensions and combination of spicule types separate C. corona sp. nov. from all known members of the genus.
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Significant synchronous shifts in the chemistry, mineralogy, grain sizes and color of the sediments at 6 m below sea floor (mbsf) at ODP Site 1195 on the Marion Plateau (NE Australia) are interpreted to reflect a major regional paleoceanographic change: the initiation of the southern province of the Great Barrier Reef (GBR). The onset of this massive carbonate production centre nearby resulted primarily in increased deposition of carbonate-rich sediments of neritic origin. Both sedimentation rate and terrigenous input record a coincident decline attributed to inshore trapping of materials behind the reefs. Our best estimate places the development of reef framework in the southern part of the GBR between 560 and 670 kyr B.P., based on an age model combining magnetostratigraphic and biostratigraphic data. The proposed estimation agrees with previous studies reporting an age between 500 and 930 kyr B.P., constraining more tightly their results. However, it does not support research placing the birth of the GBR in Marine Isotope Stage (MIS) 11 (~400 kyr), nor the theory of a worldwide modern barrier reef development at that time.
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We examined the relative abundance of various components in the coarse fraction (> 150 µm) from a selected portion of the DSDP Site 480 piston core. The components consist mainly of diatoms, radiolarians, benthic and planktonic foraminifers with minor amounts of sponge spicules, terrigenous material, volcanic glass(?), dehydrated gypsum crystals, and spines of unknown biological origin. The examination shows that the siliceous organisms abound in the laminated sediments and that the calcareous organisms are more abundant in the nonlaminated sediments. Seasonal upwelling is responsible for the deposition of laminated sediments. The upwelling creates a strong oxygen-minimum zone, restricting the occurrence of burrowing benthic organisms and benthic foraminifers.
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Samples of chert, porcellanite, and chalk/limestone from Cretaceous chert-bearing sections recovered during Leg 198 were studied to elucidate the nature and origin of chert color zonations with depth/age. Sedimentary structures, trace fossils, compactional features, sediment composition, texture, geochemistry, and diagenetic history were compared among lithologies. Trends in major and minor element composition were determined. Whereas geochemical analyses demonstrate systematic elemental differences among the different lithologies, there are less distinct patterns in composition for the colored cherts. The color of the chert appears to be related primarily to the amount of silica and secondarily to the proportion of other components. Red cherts are almost pure silica with only minor impurities. This may allow pigmentation from fine Fe oxides to dominate the color. These red cherts are from places where geophysical logs indicate that chert is the dominant rock type of the section. These red chert intervals cannot be unequivocally distinguished from surrounding chert-bearing lithologies in terms of sedimentary structures.