eMelanoBase: An online locus-specific variant database for familial melanoma

A proportion of melanoma,prone individuals in both familial and non,familial contexts has been shown to carry inactivating mutations in either CDKN2A or, rarely, CDK4. CDKN2A is a complex locus that encodes two unrelated proteins from alternately spliced transcripts that are read in different frames. The alpha transcript (exons 1a, 2, and 3) produces the p16INK4A cyclin-dependent kinase inhibitor, while the beta transcript (exons 1beta and 2) is translated as p14ARF, a stabilizing factor of p53 levels through binding to MDM2. Mutations in exon 2 can impair both polypeptides and insertions and deletions in exons 1alpha, 1beta, and 2, which can theoretically generate p16INK4A,p14ARF fusion proteins. No online database currently takes into account all the consequences of these genotypes, a situation compounded by some problematic previous annotations of CDKN2A related sequences and descriptions of their mutations. As an initiative of the international Melanoma Genetics Consortium, we have therefore established a database of germline variants observed in all loci implicated in familial melanoma susceptibility. Such a comprehensive, publicly accessible database is an essential foundation for research on melanoma susceptibility and its clinical application. Our database serves two types of data as defined by HUGO. The core dataset includes the nucleotide variants on the genomic and transcript levels, amino acid variants, and citation. The ancillary dataset includes keyword description of events at the transcription and translation levels and epidemiological data. The application that handles users' queries was designed in the model,view. controller architecture and was implemented in Java. The object-relational database schema was deduced using functional dependency analysis. We hereby present our first functional prototype of eMelanoBase. The service is accessible via the URL www.wmi.usyd.e, du.au:8080/melanoma.html.

A construção de sentidos em política educativa: o caso da Escola a Tempo Inteiro

Com o presente texto pretendemos apresentar sucintamente as principais linhas de força dum projecto de investigação sobre as medidas políticas que configuram a ideia de Escola a Tempo Inteiro no âmbito do 1.º Ciclo do Ensino Básico optando por uma abordagem pela “análise das políticas públicas” centrado na formulação e implementação dessas medidas. Desta forma, procuramos assentar o estudo em dois “modos de abordagem” que se interligam: um centrado na análise do processo de decisão política, a partir do qual procuraremos compreender como nasceu e se transformou/transforma a política; outro na sua implementação focalizado no estudo da acção do Estado e no posicionamento dos seus actores em interacção com outros actores sociais. Como “ferramentas” teóricas optamos pela análise cognitiva das políticas públicas recorrendo, em particular, ao conceito de referencial e pela abordagem pelos instrumentos de acção pública.

Learning to manage in knowledge based organizations: the role of portfolios

Paper presented at the 8th European Conference on Knowledge Management, Barcelona, 6-7 Sep. 2008 URL: http://www.academic-conferences.org/eckm/eckm2007/eckm07-home.htm

Avaliação de ensino em tecnologias da saúde: sugestões para a construção e implementação de um plano sustentado

A avaliação do ensino é a construção de um juízo, tão amplo quanto possível, acerca da qualidade do ensino e da aprendizagem e de como adequar edicientemente todos os aspectos que influenciam esta qualidade. Qualquer docente do ensino superior com vontade de evoluir e de se adaptar às condicionantes do processo ensino/aprendizagem deverá estar particularmente atento a estas premissas, sob pena de não atingir o objectivo maior da sua profissão: facultar ou facilitar a aprendizagem de forma duradoura de novos conhecimentos, actos ou comportamentos - "professionals should be rigorous in maintaining and developing their standards of practice" (Reece & Walker, 1994).

Chronic liver disease staging classification based on ultrasound, clinical and laboratorial data

In this work the identification and diagnosis of various stages of chronic liver disease is addressed. The classification results of a support vector machine, a decision tree and a k-nearest neighbor classifier are compared. Ultrasound image intensity and textural features are jointly used with clinical and laboratorial data in the staging process. The classifiers training is performed by using a population of 97 patients at six different stages of chronic liver disease and a leave-one-out cross-validation strategy. The best results are obtained using the support vector machine with a radial-basis kernel, with 73.20% of overall accuracy. The good performance of the method is a promising indicator that it can be used, in a non invasive way, to provide reliable information about the chronic liver disease staging.

Estrutura da boa vida em pessoas com doença crónica

Doenças crónicas (DC) são doenças que têm de ser geridas em vez de curadas. Giovannini, Bitti, Sarchielli e Speltini (1986) caracterizam as doenças crónicas como: a) doenças de longa duração, b) que tendem a prolongar-se por toda a vida do doente, c) que provocam invalidez em graus variáveis, d) são devidas a causas não reversíveis, e) que exigem formas particulares de reeducação, f) que obrigam o doente a seguir determinadas prescrições terapêuticas, g) que normalmente exigem a aprendizagem de um novo estilo de vida, h) que necessitam de controlo periódico, de observação e de tratamento regulares. As DC não se definem pela sua aparente ou real gravidade. As pessoas que têm DC podem fazer a vida do dia-a-dia como qualquer outro cidadão, e grande parte deles acaba por falecer de velhice ou de outras doenças, que não a DC que os acompanhou grande parte da vida. Para estas pessoas viverem uma boa vida o processo de ajustamento é decisivo. O ajustamento à DC torna-se então um objectivo fundamental para as pessoas e para a sociedade. O ajustamento pode definir-se como uma resposta a uma alteração do meio ambiente, que leva um organismo a adaptar-se a essa alteração. Esta definição, explicam as autoras, implica que ele ocorre ao longo do tempo e, também, que é um resultado desejável. Para Stanton, Revenson, e Tennen, (2007), o ajustamento engloba inúmeros componentes que cruzam domínios interpessoais, cognitivos, emocionais, físicos e comportamentais. Estes autores referem que da revisão da literatura se pode concluir que, grosso modo a DC requer, ajustamento em múltiplos domínios, que o ajustamento se desenrola ao longo do tempo, e que existe uma heterogeneidade acentuada no modo como os indivíduos se ajustam à DC. O ajustamento é um conceito do senso comum que tanto é verbo como substantivo.

O ajustamento à doença crónica: aspectos conceptuais

Quando alguém é afectado por uma doença crónica tem que alterar o seu estilo de vida de modo a poder viver o melhor possível com a doença que o vai acompanhar, se não durante toda a vida, pelo menos durante grande parte da vida. Em função das características pessoais e da interacção como o meio envolvente, social e físico, alguns ajustar-se-ão melhor e mais facilmente do que outros. Estas alterações denominam-se Ajustamento ou Adaptação. Embora estes termos sejam sinónimos, por vezes a denominação expressa orientação teórica diferente: a primeira, mais interactiva, para designar o comportamento resultante dessa interacção, momento a momento, com o meio envolvente, a segunda mais estrutural. “Ajustamento” é um termo do senso comum, utilizado na linguagem de todos os dias. O dicionário diz que ajustamento e adaptação são sinónimos e, em contexto de psicologia, saúde e doenças, os dois termos também são utilizados como sinónimos. No entanto, na psicologia, por vezes, estes termos podem expressar conceitos diferentes, consoante a orientação teórica que os utiliza. O interesse pela mudança subjacente ao ajustamento ou à adaptação considera dois aspectos: a estrutura e o processo. A estrutura refere-se a factores estáveis tais como a traços de personalidade ou estrutura cognitiva e, também, a características estáveis do meio ambiente, enquanto o processo refere-se às mudanças que vão ocorrendo em consequência das interacções, momento a momento, com as situações que surgem, explicam Lazarus e Folkman (1985).

Effect of deworming on hemoglobin concentration in children from 2 to 15 years from the Bengo Province, Angola

The most common causes of anemia are micronutrient deficiencies, but other factors may influence namely inflammation, parasitic infections and inherited disorders. One strategy to combat micronutrient deficiencies is supplementation, yet, in zones with high prevalence of Schistosomiasis or Soil Transmitted Helminthes (STH), supplementation could be not sufficient. The aim of this study was to evaluate the effects of deworming, on hemoglobin concentration, in children from 2 to 15 years, from Bengo.

JamLab: augmenting sensornet testbeds with realistic and controlled interference generation

Radio interference drastically affects the performance of sensor-net communications, leading to packet loss and reduced energy-efficiency. As an increasing number of wireless devices operates on the same ISM frequencies, there is a strong need for understanding and debugging the performance of existing sensornet protocols under interference. Doing so requires a low-cost flexible testbed infrastructure that allows the repeatable generation of a wide range of interference patterns. Unfortunately, to date, existing sensornet testbeds lack such capabilities, and do not permit to study easily the coexistence problems between devices sharing the same frequencies. This paper addresses the current lack of such an infrastructure by using off-the-shelf sensor motes to record and playback interference patterns as well as to generate customizable and repeat-able interference in real-time. We propose and develop JamLab: a low-cost infrastructure to augment existing sensornet testbeds with accurate interference generation while limiting the overhead to a simple upload of the appropriate software. We explain how we tackle the hardware limitations and get an accurate measurement and regeneration of interference, and we experimentally evaluate the accuracy of JamLab with respect to time, space, and intensity. We further use JamLab to characterize the impact of interference on sensornet MAC protocols.

Formação Contínua de Professores e Tecnologias de Informação e Comunicação no Distrito de Setúbal: um estudo de avaliação

A Formação Contínua em Contexto de Prática Efectiva foi um modelo de formação contínua implementado em cinco Centros de Formação de Associações de Escolas do Distrito de Setúbal. Após um ano da sua implementação, optou-se pela realização de um estudo de avaliação que utilizou para recolha de dados o inquérito por questionário. Foi dirigido aos professores a leccionar nas escolas de cada centro. A análise englobou o nível de satisfação dos docentes participantes no estudo, relativamente ao tipo de Formação Contínua que realizaram nos últimos anos e permitiu: conhecer as competências e conhecimentos de base tecnológica dos professores; conhecer as suas necessidades de formação futuras e analisar como são assimiladas pelos professores as novas formas de Formação Contínua quer de carácter misto, presencial e a distância (“blended-learning”) quer online. The Continuing Professional Development in the context of effective practice was a model of teachers’ training implemented in five Schools Associations’ Training Centers in the District of Setúbal. After a year of its implementation it took place an assessment study using a survey, directed to the teachers that teach in the schools of the five Centers. The analysis approached teachers’ level of satisfaction participating in the study about the type of Continuing Training in which they enrolled in recent years; it allowed to know teachers’ ICT skills and knowledge; it allowed to identify future training needs and examine how new models of Continuing Training are understood by teachers in either blended or distance learning.

Comanche: aplicações web estendidas nos clientes

Dissertação apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Which differintegration?

Despite the great advances in the theory and applications of fractional calculus, some topics remain unclear, making a systematic use difficult. In this paper, the fractional differintegration definition problem is studied from a systems point of view. Both local (Grunwald-Letnikov) and global (convolutional) definitions are considered. It is shown that the Cauchy formulation should be adopted since it is coherent with usual practice in signal processing and control applications.

Social network analysis applied to knowledge creation and transfer in the portuguese agricultural R&D field: an exploratory study

Paper presented at the 9th European Conference on Knowledge Management, Southampton Solent University, Southampton, UK, 4-5 Sep. 2008. URL: http://academic-conferences.org/eckm/eckm2008/eckm08-home.htm

Learning to manage in knowledge-based organizations: the role of learning logs or portfolios

Paper presented at the 8th European Conference on Knowledge Management, Barcelona, 6-7 Sep. 2008 URL: http://www.academic-conferences.org/eckm/eckm2007/eckm07-home.htm

Learning in higher education: strategies to overcome challenges faced by adult students – lessons drawn from two case studies in Portugal

This paper appears in International Journal of Information and Communication Technology Education edited by Lawrence A. Tomei (Ed.) Copyright 2007, IGI Global, www.igi-global.com. Posted by permission of the publisher. URL:http://www.idea-group.com/journals/details.asp?id=4287.