Identification of a biomarker panel for colorectal cancer diagnosis

Background: Malignancies arising in the large bowel cause the second largest number of deaths from cancer in the Western World. Despite progresses made during the last decades, colorectal cancer remains one of the most frequent and deadly neoplasias in the western countries. Methods: A genomic study of human colorectal cancer has been carried out on a total of 31 tumoral samples, corresponding to different stages of the disease, and 33 non-tumoral samples. The study was carried out by hybridisation of the tumour samples against a reference pool of non-tumoral samples using Agilent Human 1A 60- mer oligo microarrays. The results obtained were validated by qRT-PCR. In the subsequent bioinformatics analysis, gene networks by means of Bayesian classifiers, variable selection and bootstrap resampling were built. The consensus among all the induced models produced a hierarchy of dependences and, thus, of variables. Results: After an exhaustive process of pre-processing to ensure data quality–lost values imputation, probes quality, data smoothing and intraclass variability filtering–the final dataset comprised a total of 8, 104 probes. Next, a supervised classification approach and data analysis was carried out to obtain the most relevant genes. Two of them are directly involved in cancer progression and in particular in colorectal cancer. Finally, a supervised classifier was induced to classify new unseen samples. Conclusions: We have developed a tentative model for the diagnosis of colorectal cancer based on a biomarker panel. Our results indicate that the gene profile described herein can discriminate between non-cancerous and cancerous samples with 94.45% accuracy using different supervised classifiers (AUC values in the range of 0.997 and 0.955).

Data analysis advances in marine science for fisheries management : supervised classification application

169 p. : il. col.

Clasificadores supervisados para predecir la abstinencia a 12 meses en fumadores tratados con vareniclina

Tesis leida dentro del Master de "Ingeniería Computacional y Sistemas Inteligentes"

Coronica general de Espana que recopilaba el maestro Florian de Ocampo, coronista del Rey nuestro senor Don Felipe II

Florian de Ocampo, religioso e escritor espanhol, nasceu em Zamora entre os anos de 1490 e 1499 e morreu na mesma cidade, entre 1555 e 1559. Foi no meado cronista-real, em 1539, cargo que lhe permitiu reunir o material e dar continuidade à obra ‘Coronica general de Espana’ que já havia iniciado por conta própria. Continuada por Ambrósio de Morales a partir do volume três desta coleção, o titulo da obra é alterado nos volumes nove e dez para ‘Livro de las antiguedades de las ciudades de Espana’. Ambrósio de Morales, historiador espanhol nasceu em 1513 e morreu em 1591, na cidade de Córdoba. Estudou na Universidade de Alcalá, onde lecionou Retórica, manifestando aí seu interesse pelos estudos históricos. Foi nomeado, em 1563, cronista-mor dando continuidade à obra Coronica general de Espana, publicando em 1574 o seu primeiro volume. Na obra ‘Coronica General de Espana’, Ocampo se propunha a narrar com certa unidade a história da Espanha. Planejada em oitenta volumes, foram publicados apenas cinco: quatro em Zamora, em 1543 e um em Medina, em 1553. Nesta edição os dois primeiros volumes foram reunidos. Palau considera-a uma obra fabulosa sobre as origens dos espanhóis e da Espanha. Segundo Brunet, esta obra teve algumas reimpressões com notáveis adições em Medina dei Campo, em 1553, em Alcalá, em 1578, e em Madri no período de 1791 e 1792, em dez volumes.

Preprocess and data analysis techniques for affymetrix DNA microarrays using bioconductor: a case study in Alzheimer disease

DNA microarray, or DNA chip, is a technology that allows us to obtain the expression level of many genes in a single experiment. The fact that numerical expression values can be easily obtained gives us the possibility to use multiple statistical techniques of data analysis. In this project microarray data is obtained from Gene Expression Omnibus, the repository of National Center for Biotechnology Information (NCBI). Then, the noise is removed and data is normalized, also we use hypothesis tests to find the most relevant genes that may be involved in a disease and use machine learning methods like KNN, Random Forest or Kmeans. For performing the analysis we use Bioconductor, packages in R for the analysis of biological data, and we conduct a case study in Alzheimer disease. The complete code can be found in https://github.com/alberto-poncelas/ bioc-alzheimer

Miradas y tensiones en los paisajes del valle de Carranza

341 p.

Efficient learning of decomposable models with a bounded clique size

The learning of probability distributions from data is a ubiquitous problem in the fields of Statistics and Artificial Intelligence. During the last decades several learning algorithms have been proposed to learn probability distributions based on decomposable models due to their advantageous theoretical properties. Some of these algorithms can be used to search for a maximum likelihood decomposable model with a given maximum clique size, k, which controls the complexity of the model. Unfortunately, the problem of learning a maximum likelihood decomposable model given a maximum clique size is NP-hard for k > 2. In this work, we propose a family of algorithms which approximates this problem with a computational complexity of O(k · n^2 log n) in the worst case, where n is the number of implied random variables. The structures of the decomposable models that solve the maximum likelihood problem are called maximal k-order decomposable graphs. Our proposals, called fractal trees, construct a sequence of maximal i-order decomposable graphs, for i = 2, ..., k, in k − 1 steps. At each step, the algorithms follow a divide-and-conquer strategy based on the particular features of this type of structures. Additionally, we propose a prune-and-graft procedure which transforms a maximal k-order decomposable graph into another one, increasing its likelihood. We have implemented two particular fractal tree algorithms called parallel fractal tree and sequential fractal tree. These algorithms can be considered a natural extension of Chow and Liu’s algorithm, from k = 2 to arbitrary values of k. Both algorithms have been compared against other efficient approaches in artificial and real domains, and they have shown a competitive behavior to deal with the maximum likelihood problem. Due to their low computational complexity they are especially recommended to deal with high dimensional domains.

Un electrocardiógrafo inteligente de bajo coste

Castellano: A lo largo de este proyecto se ha desarrollado un sistema de bajo coste para la tomade electrocardiogramas y posterior visualización de los mismos en un dispositivo Android. Además se ha creado un módulo inteligente capaz de realizar un diagnóstico de manera automática y razonada sobre los datos recogidos. El proyecto se ha realizado principalmente sobre tecnologías abiertas: Arduino como componente central del sistema electrónico, Android para visualizar datos en una plataforma móvil y CLIPS como motor sobre el cual se ha desarrollado el sistema experto que realiza el diagnóstico.

Análisis de los factores que influyen sobre la satisfacción de los usuarios de un sector (empresarial o no) en euskadi

Nada más conocido para nosotros que aquello con lo que convivimos día a día, todos deseamos estar satisfechos con los aspectos que marcan nuestra vida cotidiana, como por ejemplo la limpieza de nuestra ciudad. Así nació la idea del estudio sobre la satisfacción de los usuarios del servicio de limpieza y gestión de los R.S.U (Residuos sólidos urbanos), la intención: Reconocer los factores que influyen sobre la satisfacción en el sector y relacionar los datos obtenidos con el fin de dar una imagen lo más global y fiel posible del servicio. Dado que una empresa como es la UTE RSU Bilbao (Bilbaogarbi) no solo debe mantener satisfechos a ciudadanía, comerciantes y hosteleros (reflejo de la satisfacción del ayuntamiento como ente contratante por concurso), sino también a los propios trabajadores de la entidad, se optó por dividir el trabajo en un estudio externo y otro interno a la UTE. El estudio externo aportó datos que aseguraban la excelente calidad percibida de la limpieza de la ciudad, y la relativa buena concienciación ciudadana, mientras que el estudio interno pudo ofrecernos una imagen de la empresa más cercana, con tendencia al cuidado de la seguridad del trabajador, la relativa libertad de estos al ejercer su puesto y la honestidad en sus relaciones y trato a los distintos agentes implicados. La síntesis de los datos obtenidos ha logrado posicionar al servicio como un referente en la materia.

Análisis de los factores que influyen sobre la satisfacción de los usuarios de un sector (empresarial o no) en Euskadi

Nada más conocido para nosotros que aquello con lo que convivimos día a día, todos deseamos estar satisfechos con los aspectos que marcan nuestra vida cotidiana, como por ejemplo la limpieza de nuestra ciudad. Así nació la idea del estudio sobre la satisfacción de los usuarios del servicio de limpieza y gestión de los R.S.U (Residuos sólidos urbanos), la intención: Reconocer los factores que influyen sobre la satisfacción en el sector y relacionar los datos obtenidos con el fin de dar una imagen lo más global y fiel posible del servicio. Dado que una empresa como es la UTE RSU Bilbao (Bilbaogarbi) no solo debe mantener satisfechos a ciudadanía, comerciantes y hosteleros (reflejo de la satisfacción del ayuntamiento como ente contratante por concurso), sino también a los propios trabajadores de la entidad, se optó por dividir el trabajo en un estudio externo y otro interno a la UTE. El estudio externo aportó datos que aseguraban la excelente calidad percibida de la limpieza de la ciudad, y la relativa buena concienciación ciudadana, mientras que el estudio interno pudo ofrecernos una imagen de la empresa más cercana, con tendencia al cuidado de la seguridad del trabajador, la relativa libertad de estos al ejercer su puesto y la honestidad en sus relaciones y trato a los distintos agentes implicados. La síntesis de los datos obtenidos ha logrado posicionar al servicio como un referente en la materia.

Observador eficiente para una turbina eólica

La optimización de la energía obtenida en una turbina eólica standard de paso variable requiere una estimación precisa de la velocidad de viento promedio en la sección vertical barrida por las palas. Las medidas proporcionadas por el anemómetro situado en la góndola (o "nacelle") lo son sólo en un punto y están afectadas por el paso de las palas (en una turbina standard a barlovento), por el cabeceo de la torre y por otras perturbaciones; son muy inexactas y, por sí solas, inutilizables. Se hace preciso por tanto estimar dicha magnitud de manera indirecta.

Participo que..: desvelando a punição intramuros

Este estudo objetiva refletir, a partir das perspectivas da Sociologia da Prisão e da Sociologia da Punição, sobre as práticas de serviço cotidianas dos agentes penitenciários lotados no Instituto Presídio Hélio Gomes, estabelecimento prisional da Secretaria de Administração Penitenciária do Estado do Rio de Janeiro. Do ponto de vista metodológico, optou-se por usar como fonte de dados primários as comunicações de ocorrências registradas pelos servidores prisionais no Livro de Comunicação de Ocorrências e no Livro de Partes Disciplinares, relativos ao ano de 2004. Em especial, pretende-se observar a) Como, quando e quais são os motivos que levam os servidores prisionais a redigir e aplicar uma sanção disciplinar; b) Como a noção de disciplina prisional é evocada em tais registros, ou seja, o que o agente penitenciário define como sendo um ato indisciplinar nessas comunicações e; c) Qual a funcionalidade do uso da parte disciplinar para a gestão do estabelecimento prisional. A partir dessas questões, e considerando ainda a relação da unidade prisional com o ambiente no qual se encontra inserido, se buscará refletir sobre aspectos contemporâneos do uso da pena de prisão na sociedade brasileira.

Diseño de un detector para una red de vigilancia radiológica ambiental

[ES]El objetivo de este trabajo es analizar el montaje de un contador proporcional de radiación para su uso en una red de vigilancia radiológica ambiental desde su diseño básico hasta su puesta en marcha. Se realizará un análisis de las razones que nos han llevado a elegir este tipo de contadores de ionización gaseosa (frente a otros tipos), para llegar a la conclusión de que son los más adecuados para la vigilancia radiológica ambiental. Este análisis describirá la solución a la que se ha llegado para construir un contador con los medios al alcance y el porqué de su diseño concreto, así como la metodología de trabajo que se ha seguido para la obtención del mismo. Basándonos en suposiciones teóricas derivadas del análisis geométrico de la instrumentación para la obtención de resultados previsibles, se realizará una verificación mediante ensayos técnicos en el laboratorio. Se presupuestará el material utilizado y las horas requeridas, para llevar una cuenta de lo que le ha costado al departamento y lo que le habría costado en caso de no poseer la instrumentación utilizada. Después de realizar diversos test relacionados con la instrumentación electrónica, se procederá a obtener unas conclusiones derivadas de los ensayos en el laboratorio para su posterior comparación con las estimaciones teóricas. En el anexo I se encuentran los planos de diseño que se han realizado y en el anexo II los resultados finales obtenidos de los ensayos.

O poder de polícia: um estudo sobre as percepções dos policiais militares do Estado do Rio de Janeiro sobre o poder de polícia

Este trabalho tem por objetivo apresentar uma discussão sobre o poder de polícia materializado na prática policial cotidiana dos policiais da Polícia Militar do Estado do Rio de Janeiro. Para desenvolver o tema poder de polícia foi imprescindível abordar os elementos que o constituem, que são: a discricionariedade da atividade de polícia, os termos do mandato de polícia, as formas de controle da ação policial e os aspectos da autonomia e subordinação da força policial.

On the optimal usage of labelled examples in semi-supervised multi-class classification problems

In recent years, the performance of semi-supervised learning has been theoretically investigated. However, most of this theoretical development has focussed on binary classification problems. In this paper, we take it a step further by extending the work of Castelli and Cover [1] [2] to the multi-class paradigm. Particularly, we consider the key problem in semi-supervised learning of classifying an unseen instance x into one of K different classes, using a training dataset sampled from a mixture density distribution and composed of l labelled records and u unlabelled examples. Even under the assumption of identifiability of the mixture and having infinite unlabelled examples, labelled records are needed to determine the K decision regions. Therefore, in this paper, we first investigate the minimum number of labelled examples needed to accomplish that task. Then, we propose an optimal multi-class learning algorithm which is a generalisation of the optimal procedure proposed in the literature for binary problems. Finally, we make use of this generalisation to study the probability of error when the binary class constraint is relaxed.