Prevalência e fatores de risco associados à infecção pelo Vírus da Imunodeficiência Humana em parturientes

OBJETIVO: Determinar a prevalência e os fatores de risco associados à infecção pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) em parturientes admitidas no Hospital Estadual de Presidente Prudente, SP. MÉTODOS: Estudo epidemiológico transversal com 873 parturientes admitidas no Hospital Estadual de Presidente Prudente, SP, entre 1º de março de 2005 a 30 de dezembro de 2006. Foi aplicado um questionário semi-estruturado e obtidas informações em prontuários e carteiras de pré-natal. As variáveis foram sócio-demográficas, gestacionais, assistenciais do pré-natal e específicas da população reagente. RESULTADOS: A prevalência de parturientes com HIV foi de 2,1%, com escolaridades mais baixas e médias de idade e de gestações superiores às não reagentes. Os fatores de risco associados foram a residência fora do município de tratamento e a baixa escolaridade. Houve um aumento da prevalência do HIV em parturientes em relação a dados anteriores. CONCLUSÃO: Os fatores de risco encontrados podem estar envolvidos no aumento da prevalência e no comprometimento da profilaxia pré-natal para o HIV.

Vulnerability of women living with HIV/aids

OBJETIVO:traçar o perfil de mulheres vivendo com o vírus da imunodeficiência humana/Aids em municípios do interior do Estado de São Paulo, buscando-se identificar características relacionadas à vulnerabilidade individual, social e programática e analisar as condições em que tiveram conhecimento de seu status sorológico.MÉTODO:entre outubro de 2008 e dezembro de 2010, foi realizado estudo transversal, envolvendo 184 mulheres atendidas em serviço especializado. Os dados foram obtidos por entrevista e exame ginecológico, com coleta de amostras para diagnóstico etiológico de doenças sexualmente transmissíveis.RESULTADOS:predominaram mulheres brancas, entre 30 e 49 anos de idade, com companheiro, baixo nível escolar, múltiplos parceiros sexuais durante a vida e prática de sexo inseguro. A prevalência de doenças sexualmente transmissíveis foi de 87,0%.CONCLUSÃO:o estudo sugere a necessidade de ofertar assistência ginecológica em serviços especializados e realização de ações multiprofissionais que reforcem a autonomia feminina na tomada de decisões protetoras.

Caracterização da fauna de morcegos (Mammalia, Chiroptera) e ocorrência de vírus rábico na região noroeste do Estado de São Paulo, Brasil

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Sorovacinação antirrabica: aspectos epidemiologicos e implicações para assistência de enfermagem

This study was developed with the purpose to search for relevant knowledge concerning nursing care for individuals exposed to the rabies virus and submitted to post-exposure anti-rabies serovaccination. The authors aimed at evaluating the epidemiological aspects of accidents involving household and wild animals occurring in 2007 and patients assisted at a reference hospital located in the mid-southern region of São Paulo State. They also aimed at identifying the relevance of nurses' actions by describing aspects of care provision. The method adopted was exploratory, retrospective and descriptive of the epidemiological aspects of the accidents and of the care provided to these patients by referring to information in their medical charts. Fifty-one charts of patients aged 17 to 81 years, considered to be at risk and with indication for post-exposure prophylaxis against human rabies were evaluated. It was found that nursing care provision to these patients presents low complexity although it requires properly trained professionals. It was possible to identify the relevance of nurses' actions in care provision and procedures related to anti-rabies prophylaxis; however, consistent information concerning nursing care was not observed.

Rabies in Experimentally Infected Bears, Ursus spp., with Epizootiologic Notes

Ten black bears, Ursus americanus Pallas, and three brown bears, U. arctos Linnaeus, were inoculated with rabies virus from naturally infected foxes in Alaska. The bears were more resistant than canine species, requiring at least 1,000 MLD50 of virus for infection. Low titres or negative results were obtained in salivary glands titrated in mice. Clinical course of the disease, post mortem findings, and microscopic lesions are described. Microscopic lesions were more· severe in brown bears, in which the inflammatory response was distinguished by the presence of numerous eosinophils in the perivascular infiltrate and among cells diffusely infiltrating the parenchyma. In both species, inclusion bodies were found only in the Purkinje cells of the cerebellum. Rabies is discounted as a factor in unprovoked attacks by bears on man at high latitudes. The epizootiology of rabies in a region where bears are numerous is discussed, with the conclusion that rabid foxes usually do not excrete sufficient quantities of virus in the saliva to infect bears. German title: Tollwut bei experimentell infizierten Bären, Ursus spp., mit epizootiologischen Anmerkungen German abtract: Zehn Schwarzbären, Ursus americanus Pallas, und drei Braunbären, U. arctos Linnaeus, wurden mit einem von Füchsen in Alaska isolierten Feldstamm des Tollwutvirus infiziert. Die Untersuchungsergebnisse lassen erkennen, daß Bären eine größere Resistenz gegenüber Tollwutinfektion aufweisen als hundeartige Karnivoren, und zwar konnten sie nicht mit weniger als 1000 MLD50 des Tollwutvirus infiziert werden. Das Virus war selten nachweisbar in den Speicheldrüsen der tollwuterkrankten Bären. Klinik und Pathologie der Tollwut bei Bären wurden kurz beschrieben. Die im Gehirn vorkommenden entzündlichen Veränderungen waren bei Braunbären besonders schwer und unterschieden sich durch die Häufigkeit der eosinophilen Leukozyten in den perivasculären und Gewebs-Infiltraten. Bei beiden Arten wurden Einschlußkörperchen nur in den Purkinje-Zellen beobachtet. Die Epizootiologie der Tollwut auf der Alaska-Halbinsel, wo Bären häufig vorkommen, wurde besprochen. Die Ergebnisse deuten an, daß Füchse wenig Virus mit dem Speichel ausscheiden, und selten soviel, daß es für die Infektion von Bären ausreicht. French title: La rage expérimentale chez les ours, Ursus spp., avec observations épizootiologiques French abstract: Dix ours noirs, Ursus americanus Pallas, et trois ours bruns, U. arctos Linnaeus, ont été inoculés avec de virus rabique provenant des renards infectés naturellement dans l'Alaska. Les ours Ont été plus résistants au virus que des espèces canines, et pour produire l'infection chez les ours, au moins 1000 MLD50 ont été requis. La titration des glandes salivaires chez des souris a données des titres peu éléves ou des résultats négatifs. La course clinique de la maladie, les observations des autopsies, et les lésions microscopiques sont decrites. Les lésions microscopiques les plus sévères ont été observées chez les ours bruns, dans lesquels la réponse inflammatoire a été distinguée par la présence de nombreux éosinophiles dans l'infiltration périvasculaire et parmi les cellules infiltrées diffusément dans Ie parenchyme. Chez les deux espèces des ours, des corps d'inclusion ont été trouvés seulement dans les cellules de Purkinje du cervelet. On a discuté l'épizootiologie de la rage dans une région où des ours sont nombreux, avec la conclusion qu'il y a dans la salive des renards rabiques une quantité de virus insuffisante pour infecter les ours. é ó í á ú Spanish title: Rabia en osos, Ursus spp., infectados experimentalmente, con anotaciones epizootológicas Spanish abstract: Diez osos negros, Ursus americanus Pallas, y tres osos pardos, U. arctos Linea, se infectaron con una estirpe campal de virus rábico aislada de zorros en Alasca. Los resultados de la experiencia permiten reconocer que los osos presentan una resistencia mayor frente a la infección rábica que los carnívoros cánidos, pues no se pudieron infectar con menos de 1.000 DML50 de virus rábico. El virus era muy raras veces identificable en las glándulas salivales de los osos enfermos de rabia. Se describen sucintamente la clínica y patología de la rabia en los osos. Las modificaciones inflamatorias en el cerebro eran muy graves en el oso pardo y se distinguían por la frecuencia de los leucocitos eosinófilos en los infiltrados perivasculares e hísticos. En ambas especies solo se hallaron corpúsculos de inclusión en las células de Purkinje. Se discute la epizootología de la rabia en la península de Alasca, donde es frecuente Ia presencia de osos. Los resultados señalan que los zorros eliminan poco virus con la saliva y casi nunca en cantidad tal que fuese suficiente para infectar los osos.

Viruses in the marine environment: community dynamics, phage-host interactions and genomic structure

[EN] There are an estimated 1030 viruses in the world oceans, the majority of which are phages (viruses that infect bacteria). Extensive research has demonstrated the significant influence of marine phages on microbial abundance, community structure, genetic exchange and global biogeochemical cycles. In this thesis, we contribute to increase the knowledge about the ecological role of viruses in marine systems, but also we aimed to provide a better understanding about the interactions between phages and their hosts and the genetic pool and biogeography of some the isolated phages genomes.

Sviluppo di mezzi e sistemi di sorveglianza e monitoraggio dei ditteri culicidi di importanza sanitaria

Nel corso degli ultimi anni le problematiche legate al ruolo vettore delle zanzare stanno emergendo sia per quanto riguarda l’uomo che gli animali allevati e selvatici. Diversi arbovirus come West Nile, Chikungunya, Usutu e Dengue, possono facilmente spostarsi a livello planetario ed essere introdotti anche nei nostri territori dove possono dare avvio a episodi epidemici. Le tecniche di monitoraggio e sorveglianza dei Culicidi possono essere convenientemente utilizzate per il rilevamento precoce dell’attività virale sul territorio e per la stima del rischio di epidemie al fine dell’adozione delle opportune azioni di Sanità Pubblica. Io scopo della ricerca del dottorato è inserito nel contesto dei temi di sviluppo del Piano regionale sorveglianza delle malattie trasmesse da vettori in Emilia Romagna. La ricerca condotta è inquadrata prevalentemente sotto l’aspetto entomologico applicativo di utilizzo di dispositivi (trappole) che possano catturare efficacemente possibili insetti vettori. In particolare questa ricerca è stata mirata allo studio comparativo in campo di diversi tipi di trappole per la cattura di adulti di zanzara, cercando di interpretare i dati per capire un potenziale valore di efficacia/efficienza nel rilevamento della circolazione virale e come supporto alla pianificazione della rete di sorveglianza dal punto di vista operativo mediante dispositivi adeguati alle finalità d’indagine. Si è cercato di trovare un dispositivo idoneo, approfondendone gli aspetti operativi/funzionali, ai fini di cattura del vettore principale del West Nile Virus, cioè la zanzara comune, da affiancare all’unica tipologia di trappola usata in precedenza. Le prove saranno svolte sia in campo che presso il laboratorio di Entomologia Medica Veterinaria del Centro Agricoltura Ambiente “G. Nicoli” di Crevalcore, in collaborazione con il Dipartimento di Scienze e Tecnologie Agroambientali della Facoltà di Agraria dell’Università di Bologna.

Influenza Tipo A (H1N1)

Fil: Attorri, Silvia. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas

Influenza A (H1N1) con alteración de enzimas hepáticas en paciente vacunado

El compromiso hepático en la infección por virus Influenza A (H1N1) es muy infrecuente. Presentamos un caso de un paciente varón de 21 años, sano, vacunado, que consulta con un cuadro clásico de gripe. En el examen físico no se palpa hepatoesplenomegalia ni se observa ictericia. Se diagnostica gripe por virus de la influenza A (H1N1) y se inicia tratamiento con oseltamivir oral. Los exámenes de laboratorio revelaron elevación moderada de enzimas hepáticas. Los anticuerpos para virus de la hepatitis A, B y C, virus Epstein-Barr y citomegalovirus (CMV) fueron negativos. El hisopado nasofaríngeo fue positivo para influenza A (H1N1) con prueba de reacción en cadena de polimerasa en tiempo real (PCRRT). Se detectó hepatomegalia homogénea por ecografía abdominal. El cuadro clínico se resolvió en una semana, permaneciendo elevadas las enzimas hepáticas por 21 días. Discutimos los probables mecanismos de la injuria hepática en este caso.

Modelización espacial de huevos de Thrips (Thysanoptera: Frankliniella occidentalis) en tomate de cáscara por medio de técnicas geoestadísticas

El tomate de cáscara (Physalis ixocarpa Brot.) es un cultivo alimenticio de gran importancia económica en México. Sin embargo, es afectado por diversas plagas y enfermedades tales como los Thrips (Thysanoptera: Frankliniella occidentalis) y el virus de la marchitez manchada del tomate (TSWV) que llegan a causar hasta un 80% de pérdidas. El objetivo del presente trabajo fue modelizar la distribución espacial de huevos de Thrips mediante técnicas geoestadísticas y obtener, en consecuencia, mapas de incidencia por medio del Kriging. Se georreferenciaron 121 puntos de muestreo en cada una de las parcelas comerciales de los municipios de Luvianos, Jocotitlán e Ixtlahuaca, a través del método de transectos en tres etapas fenológicas del cultivo. Se contabilizó el número de huevos de Thrips en cada punto de muestreo. Los resultados mostraron que las poblaciones de huevos deThrips presentan una distribución agregada, identificándose varios centros de conglomeración a través de los mapas obtenidos. Los semivariogramas obtenidos de la distribución espacial se ajustaron principalmente a los modelos gaussianos y esféricos. La distribución de huevos de Thrips se presentó en centros de agregación dentro de las parcelas estudiadas, lo cual permitirá establecer estrategias y medidas de control o mitigación en términos de sitios específicos de infestación de huevos de Thrips.

Multi-dimensional classification using Bayesian networks for stationary and evolving streaming data

Hoy en día, con la evolución continua y rápida de las tecnologías de la información y los dispositivos de computación, se recogen y almacenan continuamente grandes volúmenes de datos en distintos dominios y a través de diversas aplicaciones del mundo real. La extracción de conocimiento útil de una cantidad tan enorme de datos no se puede realizar habitualmente de forma manual, y requiere el uso de técnicas adecuadas de aprendizaje automático y de minería de datos. La clasificación es una de las técnicas más importantes que ha sido aplicada con éxito a varias áreas. En general, la clasificación se compone de dos pasos principales: en primer lugar, aprender un modelo de clasificación o clasificador a partir de un conjunto de datos de entrenamiento, y en segundo lugar, clasificar las nuevas instancias de datos utilizando el clasificador aprendido. La clasificación es supervisada cuando todas las etiquetas están presentes en los datos de entrenamiento (es decir, datos completamente etiquetados), semi-supervisada cuando sólo algunas etiquetas son conocidas (es decir, datos parcialmente etiquetados), y no supervisada cuando todas las etiquetas están ausentes en los datos de entrenamiento (es decir, datos no etiquetados). Además, aparte de esta taxonomía, el problema de clasificación se puede categorizar en unidimensional o multidimensional en función del número de variables clase, una o más, respectivamente; o también puede ser categorizado en estacionario o cambiante con el tiempo en función de las características de los datos y de la tasa de cambio subyacente. A lo largo de esta tesis, tratamos el problema de clasificación desde tres perspectivas diferentes, a saber, clasificación supervisada multidimensional estacionaria, clasificación semisupervisada unidimensional cambiante con el tiempo, y clasificación supervisada multidimensional cambiante con el tiempo. Para llevar a cabo esta tarea, hemos usado básicamente los clasificadores Bayesianos como modelos. La primera contribución, dirigiéndose al problema de clasificación supervisada multidimensional estacionaria, se compone de dos nuevos métodos de aprendizaje de clasificadores Bayesianos multidimensionales a partir de datos estacionarios. Los métodos se proponen desde dos puntos de vista diferentes. El primer método, denominado CB-MBC, se basa en una estrategia de envoltura de selección de variables que es voraz y hacia delante, mientras que el segundo, denominado MB-MBC, es una estrategia de filtrado de variables con una aproximación basada en restricciones y en el manto de Markov. Ambos métodos han sido aplicados a dos problemas reales importantes, a saber, la predicción de los inhibidores de la transcriptasa inversa y de la proteasa para el problema de infección por el virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (HIV-1), y la predicción del European Quality of Life-5 Dimensions (EQ-5D) a partir de los cuestionarios de la enfermedad de Parkinson con 39 ítems (PDQ-39). El estudio experimental incluye comparaciones de CB-MBC y MB-MBC con los métodos del estado del arte de la clasificación multidimensional, así como con métodos comúnmente utilizados para resolver el problema de predicción de la enfermedad de Parkinson, a saber, la regresión logística multinomial, mínimos cuadrados ordinarios, y mínimas desviaciones absolutas censuradas. En ambas aplicaciones, los resultados han sido prometedores con respecto a la precisión de la clasificación, así como en relación al análisis de las estructuras gráficas que identifican interacciones conocidas y novedosas entre las variables. La segunda contribución, referida al problema de clasificación semi-supervisada unidimensional cambiante con el tiempo, consiste en un método nuevo (CPL-DS) para clasificar flujos de datos parcialmente etiquetados. Los flujos de datos difieren de los conjuntos de datos estacionarios en su proceso de generación muy rápido y en su aspecto de cambio de concepto. Es decir, los conceptos aprendidos y/o la distribución subyacente están probablemente cambiando y evolucionando en el tiempo, lo que hace que el modelo de clasificación actual sea obsoleto y deba ser actualizado. CPL-DS utiliza la divergencia de Kullback-Leibler y el método de bootstrapping para cuantificar y detectar tres tipos posibles de cambio: en las predictoras, en la a posteriori de la clase o en ambas. Después, si se detecta cualquier cambio, un nuevo modelo de clasificación se aprende usando el algoritmo EM; si no, el modelo de clasificación actual se mantiene sin modificaciones. CPL-DS es general, ya que puede ser aplicado a varios modelos de clasificación. Usando dos modelos diferentes, el clasificador naive Bayes y la regresión logística, CPL-DS se ha probado con flujos de datos sintéticos y también se ha aplicado al problema real de la detección de código malware, en el cual los nuevos ficheros recibidos deben ser continuamente clasificados en malware o goodware. Los resultados experimentales muestran que nuestro método es efectivo para la detección de diferentes tipos de cambio a partir de los flujos de datos parcialmente etiquetados y también tiene una buena precisión de la clasificación. Finalmente, la tercera contribución, sobre el problema de clasificación supervisada multidimensional cambiante con el tiempo, consiste en dos métodos adaptativos, a saber, Locally Adpative-MB-MBC (LA-MB-MBC) y Globally Adpative-MB-MBC (GA-MB-MBC). Ambos métodos monitorizan el cambio de concepto a lo largo del tiempo utilizando la log-verosimilitud media como métrica y el test de Page-Hinkley. Luego, si se detecta un cambio de concepto, LA-MB-MBC adapta el actual clasificador Bayesiano multidimensional localmente alrededor de cada nodo cambiado, mientras que GA-MB-MBC aprende un nuevo clasificador Bayesiano multidimensional. El estudio experimental realizado usando flujos de datos sintéticos multidimensionales indica los méritos de los métodos adaptativos propuestos. ABSTRACT Nowadays, with the ongoing and rapid evolution of information technology and computing devices, large volumes of data are continuously collected and stored in different domains and through various real-world applications. Extracting useful knowledge from such a huge amount of data usually cannot be performed manually, and requires the use of adequate machine learning and data mining techniques. Classification is one of the most important techniques that has been successfully applied to several areas. Roughly speaking, classification consists of two main steps: first, learn a classification model or classifier from an available training data, and secondly, classify the new incoming unseen data instances using the learned classifier. Classification is supervised when the whole class values are present in the training data (i.e., fully labeled data), semi-supervised when only some class values are known (i.e., partially labeled data), and unsupervised when the whole class values are missing in the training data (i.e., unlabeled data). In addition, besides this taxonomy, the classification problem can be categorized into uni-dimensional or multi-dimensional depending on the number of class variables, one or more, respectively; or can be also categorized into stationary or streaming depending on the characteristics of the data and the rate of change underlying it. Through this thesis, we deal with the classification problem under three different settings, namely, supervised multi-dimensional stationary classification, semi-supervised unidimensional streaming classification, and supervised multi-dimensional streaming classification. To accomplish this task, we basically used Bayesian network classifiers as models. The first contribution, addressing the supervised multi-dimensional stationary classification problem, consists of two new methods for learning multi-dimensional Bayesian network classifiers from stationary data. They are proposed from two different points of view. The first method, named CB-MBC, is based on a wrapper greedy forward selection approach, while the second one, named MB-MBC, is a filter constraint-based approach based on Markov blankets. Both methods are applied to two important real-world problems, namely, the prediction of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) reverse transcriptase and protease inhibitors, and the prediction of the European Quality of Life-5 Dimensions (EQ-5D) from 39-item Parkinson’s Disease Questionnaire (PDQ-39). The experimental study includes comparisons of CB-MBC and MB-MBC against state-of-the-art multi-dimensional classification methods, as well as against commonly used methods for solving the Parkinson’s disease prediction problem, namely, multinomial logistic regression, ordinary least squares, and censored least absolute deviations. For both considered case studies, results are promising in terms of classification accuracy as well as regarding the analysis of the learned MBC graphical structures identifying known and novel interactions among variables. The second contribution, addressing the semi-supervised uni-dimensional streaming classification problem, consists of a novel method (CPL-DS) for classifying partially labeled data streams. Data streams differ from the stationary data sets by their highly rapid generation process and their concept-drifting aspect. That is, the learned concepts and/or the underlying distribution are likely changing and evolving over time, which makes the current classification model out-of-date requiring to be updated. CPL-DS uses the Kullback-Leibler divergence and bootstrapping method to quantify and detect three possible kinds of drift: feature, conditional or dual. Then, if any occurs, a new classification model is learned using the expectation-maximization algorithm; otherwise, the current classification model is kept unchanged. CPL-DS is general as it can be applied to several classification models. Using two different models, namely, naive Bayes classifier and logistic regression, CPL-DS is tested with synthetic data streams and applied to the real-world problem of malware detection, where the new received files should be continuously classified into malware or goodware. Experimental results show that our approach is effective for detecting different kinds of drift from partially labeled data streams, as well as having a good classification performance. Finally, the third contribution, addressing the supervised multi-dimensional streaming classification problem, consists of two adaptive methods, namely, Locally Adaptive-MB-MBC (LA-MB-MBC) and Globally Adaptive-MB-MBC (GA-MB-MBC). Both methods monitor the concept drift over time using the average log-likelihood score and the Page-Hinkley test. Then, if a drift is detected, LA-MB-MBC adapts the current multi-dimensional Bayesian network classifier locally around each changed node, whereas GA-MB-MBC learns a new multi-dimensional Bayesian network classifier from scratch. Experimental study carried out using synthetic multi-dimensional data streams shows the merits of both proposed adaptive methods.

Initiation of (-) strand DNA synthesis from tRNA(3Lys) on lentiviral RNAs: implications of specific HIV-1 RNA-tRNA(3Lys) interactions inhibiting primer utilization by retroviral reverse transcriptases.

Initiation of minus (-) strand DNA synthesis was examined on templates containing R, U5, and primer-binding site regions of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1), feline immunodeficiency virus (FIV), and equine infectious anemia virus (EIAV) genomic RNA. DNA synthesis was initiated from (i) an oligoribonucleotide complementary to the primer-binding sites, (ii) synthetic tRNA(3Lys), and (iii) natural tRNA(3Lys), by the reverse transcriptases of HIV-1, FIV, EIAV, simian immunodeficiency virus, HIV type 2 (HIV-2), Moloney murine leukemia virus, and avian myeloblastosis virus. All enzymes used an oligonucleotide on wild-type HIV-1 RNA, whereas only a limited number initiated (-) strand DNA synthesis from either tRNA(3Lys). In contrast, all enzymes supported efficient tRNA(3Lys)-primed (-) strand DNA synthesis on the genomes of FIV and EIAV. This may be in part attributable to the observation that the U5-inverted repeat stem-loop of the EIAV and FIV genomes lacks an A-rich loop shown with HIV-1 to interact with the U-rich tRNA anticodon loop. Deletion of this loop in HIV-1 RNA, or disrupting a critical loop-loop complex by tRNA(3Lys) extended by 9 nt, restored synthesis of HIV-1 (-) strand DNA from primer tRNA(3Lys) by all enzymes. Thus, divergent evolution of lentiviruses may have resulted in different mechanisms to use the same host tRNA for initiation of reverse transcription.

Patrones de dispersión de una nueva enfermedad viral en el cultivo de maíz, en Argentina

El maíz es uno de los principales cereales, ubicándose tercero en el ranking de producción mundial. Las enfermedades virales en el cultivo de maíz son factores importantes de pérdidas en la producción, en el mundo. Se ha citado mundialmente la presencia de varios rhabdovirus en maíz, aunque ninguno en Argentina. Maize mosaic virus (MMV) es el más importante debido a las pérdidas que ocasiona. Durante 2006/07 se detectó en trigo Argentina, un Cytorhabdovirus denominado Cereal Rhabdovirus caracterizado serológicamente como Barley yellow striate mosaic virus (BYSMV). Desde 2000/01 hasta la actualidad, se observan plantas de maíz con achaparramiento, esterilidad y estriado amarillo en hojas, en localidades de Córdoba y Santa Fe. Se observaron al microscopio electrónico partículas de rhabdovirus en el citoplasma de las células. Pruebas serológicas para MMV resultaron negativas. Esta virosis fue transmitida a plantas de maíz sanas por el delfácido Peregrinus maidis. Se amplificó un segmento del gen de la polimerasa L de rhabdovirus, mediante RT-PCR con iniciadores degenerados y se obtuvieron las relaciones filogenéticas con otros rhabdovirus, confirmando que se trata de un miembro del género Cytorhabdovirus. Se trataría de un virus nuevo, de la familia Rhabdoviridae presente en diversas localidades del área maicera argentina. El objetivo de este proyecto es estudiar la epidemiología de este virus, mediante la reconstrucción de su historia demográfica y patrones espacio-temporales, utilizando análisis de coalescencia y filogeografía. Se busca: Determinar la secuencia genómica completa del virus en estudio; Obtener iniciadores específicos para el gen de la nucleocápside; Obtener las secuencias nucleotídicas del gen de la nucleocápside viral de aislamientos de diferentes localidades del área maicera argentina; Analizar los patrones filogeográficos de dichos aislamientos. Materiales y métodos. Recolección de material enfermo. Se colectarán plantas de maíz con sintomatología de estriado amarillo, en distintas localidades de Córdoba y Santa Fe. Secuenciación del genoma completo viral. Se purificará el virus en estudio a partir de tejido enfermo (Creamer, 1992). Se extraerá ARN total y se lo enviará al servicio de pirosecuenciación (INDEAR, Argentina). Las secuencias obtenidas serán analizadas utilizando software específico (Lasergene 10, DNASTAR, entre otros). Diseño de iniciadores específicos para el gen de la proteína N viral. Serán diseñados a partir de la secuencia del genoma completo del virus. Determinación de patrones filogeográficos. Se extraerá ARN total de plantas sintomáticas de distintas localidades argentinas. Se amplificará el gen N de cada uno de los aislamientos, se clonarán y secuenciarán estos fragmentos y se alinearán las secuencias obtenidas. Se reconstruirá la filogenia mediante metodología Bayesiana y se realizará un análisis de coalescencia. Finalmente se analizará el patrón filogeográfico del rhabdovirus en estudio. Con el presente trabajo se espera avanzar en el conocimiento de este nuevo virus que afecta cultivos de maíz en Argentina. Se pretende obtener la secuencia genómica completa viral, lo que significará un avance en la caracterización e identificación del mismo. Se busca conocer sus patrones de dispersión espacio-temporales, para comprender los orígenes y posible evolución hacia otras regiones del país. El análisis de secuencias genómicas, brinda una herramienta rápida y de menor esfuerzo de muestreo en el estudio epidemiológico de las poblaciones. El conocimiento de la distribución actual e histórica de este nuevo virus sería crucial para futuros planes de manejo de la enfermedad. El tema de investigación se lleva a cabo en el marco de una tesis doctoral con el apoyo de una beca de formación de CONICET. La transferencia es constante a traves del contacto con productores y asesores agrícolas y mediante la realización de jornadas, charlas, cursos y publicaciones periódicas en medios de difusión.

Infecciones víricas espontáneas en hurones domésticos (Mustela putorius furo)

Programa de doctorado: Sanidad animal