Estudo químico e biológico dos fungos endofílicos associados com a espécie vegetal Alibertia macrophylla (Rubiaceae)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Estudos citogenéticos no genêro Characidium (Teleostei, Characiformes, Chrenuchidae), com análise estrutural e molecular do sistema ZZ-ZW de cromossomos sexuais

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Zoologia) - IBB

Comportamento forrageiro de abelhas visitantes de Solanun lycocarpum (Solanaceae) St. Hill e aspectos da biologia floral

A polinização é um serviço indireto prestado pelos ecossistemas, de valor ambiental e econômico para a sociedade humana. Em função dessa importância, a conservação de espécies de abelhas nativas é fundamental e o conhecimento de aspectos da biologia e ecologia dessas espécies é a base para a proposição de planos de manejo e conservação. Neste trabalho, foram feitas observações focais, avaliando os padrões de atividades diárias e sazonais, com ênfase no comportamento de coletas de recursos de abelhas nativas em flores de Solanum lycocarpum, uma espécie em que é característica a síndrome de polinização vibrátil. Os visitantes observados foram dez espécies de abelhas: Apis mellifera L., Oxaea flavescens K.; Centris sp1, Centris sp2, Exomalopsis sp.., Xylocopa suspecta M., Xylocopa frontalis K., Bombus morio S., Bombus atratus F., Trigona sp., além de espécies de abelhas da família Halictidae. As abelhas maiores, como Xylocopa, Oxaea, Centris e Bombus são certamente os polinizadores mais eficientes de Solanum lycocarpum. Isso se deve ao comportamento dessas abelhas nas flores, particularmente em relação à posição da abelha em relação ao cone de anteras quando forrageia e à seqüência de movimentos que cada uma desenvolve nas flores.

Comunidades componentes de helmintos de anfíbios: análise comparativa entre duas localidades sob ação antrópica no município de São Luiz do Paraitinga, SP

With the degradation of Atlantic Forest over the years, the area that this ecosystem has occupied before decreased and in a lot of cases it was separated in little fragments, each one isolated in a different way depending of the local antropic action. In this context, this study compares the helminth fauna of anurans from two different fragments of Atlantic Forest, one inset in a matrix of eucalyptus (Eucaliptus sp.) reforestation and the other in a matrix of pasture (Brachiaria sp.), verifying if there is any difference between the structure of helminth communities. There were collected 155 anurans in both fragments, being 77 Hypsiboas albopunctatus, 18 Hypsiboas faber, 27 Hypsiboas polytaenius e 33 Dendropsophus minutus. These were weighted and their snout-vent lengths were measured. After the animals were euthanatized and their internal organs and coelomatic cavity were evaluated for helminth infection. There were identified one trematode species (Haematoloechus fuelleborni) and 14 nematode species (Aplectana sp., Cosmocerca parva, Cosmocerca sp1., Cosmocerca sp2., Cosmocercoides sp., Falcaustra mascula, Cosmocercidae larvae, nematode larvae, Physaloptera sp. larvae, Ochoterenella sp., Oswaldocruzia subauricularis, Raillietnema simples, Rhabdias sp. e Schrankiana sp.). The hylids' helminth fauna studied in São Luiz do Paraitinga fragments were relatively rich, being registered 15 helminth species in the captured anurans. The comparison between the fragments did not show differences in relation of the composition and abundance of helminth fauna in spite of the individualities of each environment

Curva de lactação de cabras da raça Alpina e de seus mestiços boer, em sistema de produção em pasto, com e sem suplementação concentrada

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A germinação de espécies de Vellozia é afetada pelo fogo do cerrado?

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Esttrutura cromossômica e caracterização cariotípica no gênero Characidium (Teleostei, Characiformes, Crenuchidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

A germinação de espécies de Vellozia é afetada pelo fogo do cerrado?

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Esttrutura cromossômica e caracterização cariotípica no gênero Characidium (Teleostei, Characiformes, Crenuchidae)

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Distinct mechanisms underlie adaptation of proximal tubule Na+/H+ exchanger isoform 3 in response to chronic metabolic and respiratory acidosis

The Na+/H+ exchanger isoform 3 (NHE3) is essential for HCO3- reabsorption in renal proximal tubules. The expression and function of NHE3 must adapt to acid-base conditions. The goal of this study was to elucidate the mechanisms responsible for higher proton secretion in proximal tubules during acidosis and to evaluate whether there are differences between metabolic and respiratory acidosis with regard to NHE3 modulation and, if so, to identify the relevant parameters that may trigger these distinct adaptive responses. We achieved metabolic acidosis by lowering HCO3- concentration in the cell culture medium and respiratory acidosis by increasing CO2 tension in the incubator chamber. We found that cell-surface NHE3 expression was increased in response to both forms of acidosis. Mild (pH 7.21 +/- 0.02) and severe (6.95 +/- 0.07) metabolic acidosis increased mRNA levels, at least in part due to up-regulation of transcription, whilst mild (7.11 +/- 0.03) and severe (6.86 +/- 0.01) respiratory acidosis did not up-regulate NHE3 expression. Analyses of the Nhe3 promoter region suggested that the regulatory elements sensitive to metabolic acidosis are located between -466 and -153 bp, where two consensus binding sites for SP1, a transcription factor up-regulated in metabolic acidosis, were localised. We conclude that metabolic acidosis induces Nhe3 promoter activation, which results in higher mRNA and total protein level. At the plasma membrane surface, NHE3 expression was increased in metabolic and respiratory acidosis alike, suggesting that low pH is responsible for NHE3 displacement to the cell surface.

Temporal and spatial distribution of the ichthyoplankton in the Canary Islands

A pesar del creciente interés en el estudio de las primeras fases de desarrollo de los peces, aún existen zonas donde esta comunidad es relativamente desconocida. Este es el caso de las Islas Canarias. En la presente tesis, gracias a una serie de muestreos semanales en la región costera de la isla de Gran Canaria durante más de dos años, se ha caracterizado de manera precisa la composición, estructura y variabilidad del ictioplancton presente en esta región subtropical. Clupeidos, Espáridos y Góbidos dominaron la comunidad neríticas, mientras que Mictófidos, Gonostomátidos y Photíctidos prevalecieron dentro de las familias oceánicas. La variabilidad temporal de la comunidad larvaria parece estar más relacionada con la temperatura y efectos a pequeña escala (hidrografía, productividad local, ciclo lunar), que con el aumento de productividad anual durante el bloom de finales de invierno. Se definieron dos asociaciones estacionales de larvas estrechamente ligadas a las características de la columna de agua: (1) invierno-primavera, en la que dominan Sardinella aurita, Boops boops y Cyclothone braueri, y son características especies como Pomacentridae sp1, Trachurus picturatus o Scomber colias; y (2) verano-otoño, donde Góbidos y Cyclothone braueri dominan, pero cuyas especies características son Ceratoscopelus warmingii, Pomacentridae sp2 y Anthias anthias, entre otras. Respecto a la variabilidad horizontal, se confirmó la presencia de dos zonas de retención para los huevos y larvas neríticas a barlovento y sotavento (estela cálida) de la isla. Sin embargo, no se encontraron diferencias significativas en la composición de la comunidad larvaria entre las diferentes zonas de la plataforma de la isla. La Zona de Transición Costera Canario-Africana se caracteriza por una gran actividad de mesoscala, que afectará a la distribución de las larvas neríticas de las costas africanas. Esta interacción resulta especialmente evidente en el caso de las larvas, principalmente sardina y anchoa, transportadas en filamentos de afloramiento generados en la región de Cabo Juby-Cabo Bojador. Estos filamentos pueden ser atrapados por remolinos ciclónicos situados al sur de Gran Canaria. Este sistema remolino-filamento podrá, en función de su evolución, actuar como un mecanismo de retención o dispersión para las larvas de especies neríticas africanas. Parte de estas larvas pueden llegar a las costas de Gran Canaria, suponiendo un aporte para las poblaciones larvarias locales, al menos durante el verano. A pesar de la gran cantidad de información obtenida a partir de esta tesis, es necesario continuar con este tipo de estudios para evaluar la importancia de este transporte larvario y su aplicación a la gestión pesquera.

Complexity of N-Myc transcriptional function in childhood neuroblastoma

Myc is a transcription factor that can activate transcription of several hundreds genes by direct binding to their promoters at specific DNA sequences (E-box). However, recent studies have also shown that it can exert its biological role by repressing transcription. Such studies collectively support a model in which c-Myc-mediated repression occurs through interactions with transcription factors bound to promoter DNA regions but not through direct recognition of typical E-box sequences. Here, we investigated whether N-Myc can also repress gene transcription, and how this is mechanistically achieved. We used human neuroblastoma cells as a model system in that N-MYC amplification/over-expression represents a key prognostic marker of this tumour. By means of transcription profile analyses we could identify at least 5 genes (TRKA, p75NTR, ABCC3, TG2, p21) that are specifically repressed by N-Myc. Through a dual-step-ChIP assay and genetic dissection of gene promoters, we found that N-Myc is physically associated with gene promoters in vivo, in proximity of the transcription start site. N-Myc association with promoters requires interaction with other proteins, such as Sp1 and Miz1 transcription factors. Furthermore, we found that N-Myc may repress gene expression by interfering directly with Sp1 and/or with Miz1 activity (i.e. TRKA, p75NTR, ABCC3, p21) or by recruiting Histone Deacetylase 1 (Hdac1) (i.e. TG2). In vitro analyses show that distinct N-Myc domains can interact with Sp1, Miz1 and Hdac1, supporting the idea that Myc may participate in distinct repression complexes by interacting specifically with diverse proteins. Finally, results show that N-Myc, through repressed genes, affects important cellular functions, such as apoptosis, growth, differentiation and motility. Overall, our results support a model in which N-Myc, like c-Myc, can repress gene transcription by direct interaction with Sp1 and/or Miz1, and provide further lines of evidence on the importance of transcriptional repression by Myc factors in tumour biology.

Wilmstumor- und Metanephrogenese: differenzielle Genexpressionsanalysen und weitere Charakterisierung identifizierter Kandidatengene

In der vorliegenden Dissertation wurden verschiedene Kandidatengene für den Wilmstumor (WT), eine Tumorerkrankung der Niere, identifiziert und charakterisiert. Da dieses frühkindliche Malignom aus einer inkorrekt ablaufenden Metanephrogenese resultiert, wurden die Genexpressionsmuster verschiedener humaner Wilmstumor- und Normalnierengewebe (adulte sowie fetale Niere) mit Hilfe der Technik des differential display verglichen und die als differenziell exprimiert identifizierten Gene kloniert und charakterisiert. Bei TM7SF1 handelt es sich um ein neues Gen, dessen Transkription im Zuge der Metanephrogenese angeschaltet wird. Das von ihm codierte putative Protein kann aufgrund von Strukturvorhersagen vermutlich zur Familie G Protein-gekoppelter Rezeptoren gezählt werden. Die ableitbare Funktion als Signalmolekül der Nierenentwicklung, sowie seine Lokalisation in einem WT-Lokus (1q42-q43) machen TM7SF1 zu einem aussichtsreichen Kandidatengen für den WT. Darüber hinaus konnten die Voraussetzungen für funktionelle Tests, die eine weitere Charakterisierung von TM7SF1 erlauben, geschaffen werden (Identifikation und Klonierung des murinen Homologen, stabil überexprimierende WT-Zelllinien, Antikörper gegen den Aminoterminus des putativen Proteins). Mit TCF2 wurde ein weiteres Gen identifiziert, dessen Produkt in Prozessen der Metanephrogenese eine Rolle spielt. Die signifikante Herunterregulation der TCF2-Expression in der großen Mehrzahl der untersuchten WTs, die innerhalb der vorliegenden Arbeit gezeigte Regulation durch das WT1-Genprodukt, sowie seine genomische Lokalisation in einem Intervall für die familiäre Form des WT (FWT1 in 17q12-q21) zeigen das Potenzial von TCF2, als Kandidatengen für den FWT zu gelten. Darüber hinaus wurde mit GLI3 ein in verschiedenen WTs stark exprimiertes Gen identifiziert. Sein Produkt ist eine Komponente des entwicklungsbiologisch relevanten und in verschiedene Tumorerkrankungen involvierten sonic hedgehog-Signaltransduktionsweges. Mit FE7A3 und CDT151 konnten zwei differenziell exprimierte cDNAs identifiziert werden, die Teile neuer Gene darstellen und die in WT-Loci kartiert werden konnten. Aufgrund von Homologievergleichen im Bereich der identifizierten offenen Leserahmen konnte eine mögliche Bedeutung der putativen Genprodukte für die WT-Pathogenese als Zelladhäsionsmolekül (FE7A3) bzw. als mit der Proliferation assoziiertem Transkriptionsfaktor (CDT151) herausgearbeitet werden. Neben den komparativen Genexpressionsuntersuchungen wurde in einem zweiten Ansatz die transkriptionelle Regulation des einzigen bisher klonierten Wilmstumorgens (WT1) analysiert. Mit Hilfe vergleichender Reportergenanalysen in WT1-exprimierenden und nicht-exprimierenden Zelllinien konnten neue für die transkriptionelle Regulation von WT1 relevante Bereiche identifiziert werden. Darüber hinaus wurde der für die Transkriptionsfaktoren SP1 und SP3 an anderen Promotoren beschriebene funktionelle Antagonismus für die WT1-Expression untersucht und in Gelretardationsanalysen mit dem WT1-Expressionsstatus oben genannter Zelllinien korreliert.

Myc-mediated control of gene transcription in cancer cells

The Myc oncoproteins belong to a family of transcription factors composed by Myc, N-Myc and L-Myc. The most studied components of this family are Myc and N-Myc because their expressions are frequently deregulated in a wide range of cancers. These oncoproteins can act both as activators or repressors of gene transcription. As activators, they heterodimerize with Max (Myc associated X-factor) and the heterodimer recognizes and binds a specific sequence elements (E-Box) onto gene promoters recruiting histone acetylase and inducing transcriptional activation. Myc-mediated transcriptional repression is a quite debated issue. One of the first mechanisms defined for the Myc-mediated transcriptional repression consisted in the interaction of Myc-Max complex Sp1 and/or Miz1 transcription factors already bound to gene promoters. This interaction may interfere with their activation functions by recruiting co-repressors such as Dnmt3 or HDACs. Moreover, in the absence of , Myc may interfere with the Sp1 activation function by direct interaction and subsequent recruitment of HDACs. More recently the Myc/Max complex was also shown to mediate transcriptional repression by direct binding to peculiar E-box. In this study we analyzed the role of Myc overexpression in Osteosarcoma and Neuroblastoma oncogenesis and the mechanisms underling to Myc function. Myc overexpression is known to correlate with chemoresistance in Osteosarcoma cells. We extended this study by demonstrating that c-Myc induces transcription of a panel of ABC drug transporter genes. ABCs are a large family trans-membrane transporter deeply involved in multi drug resistance. Furthermore expression levels of Myc, ABCC1, ABCC4 and ABCF1 were proved to be important prognostic tool to predict conventional therapy failure. N-Myc amplification/overexpression is the most important prognostic factor for Neuroblastoma. Cyclin G2 and Clusterin are two genes often down regulated in neuroblastoma cells. Cyclin G2 is an atypical member of Cyclin family and its expression is associated with terminal differentiation and apoptosis. Moreover it blocks cell cycle progression and induces cell growth arrest. Instead, CLU is a multifunctional protein involved in many physiological and pathological processes. Several lines of evidences support the view that CLU may act as a tumour suppressor in Neuroblastoma. In this thesis I showed that N-Myc represses CCNG2 and CLU transcription by different mechanisms. • N-Myc represses CCNG2 transcription by directly interacting with Sp1 bound in CCNG2 promoter and recruiting HDAC2. Importantly, reactivation of CCNG2 expression through epigenetic drugs partially reduces N-Myc and HDAC2 mediated cell proliferation. • N-Myc/Max complex represses CLU expression by direct binding to a peculiar E-box element on CLU promoter and by recruitment of HDACs and Polycomb Complexes, to the CLU promoter. Overall our findings strongly support the model in which Myc overexpression/amplification may contribute to some aspects of oncogenesis by a dual action: i) transcription activation of genes that confer a multidrug resistant phenotype to cancer cells; ii), transcription repression of genes involved in cell cycle inhibition and cellular differentiation.

Genomische Struktur und Promotorcharakterisierung des humanen ADAM10-Gens

Das ADAM10-Gen kodiert für eine membrangebundene Disintegrin-Metalloproteinase, die das Amyloidvorläuferprotein spaltet. Im Mausmodell konnte bewiesen werden, dass die Überexpression von ADAM10 die Plaquebildung vermindern und das Langzeitgedächtnis verbessert. Aus diesem Grund ist es für einen möglichen Therapieansatz für die Alzheimer’sche Erkrankung erforderlich, die Organisation des humanen ADAM10-Gens und seines Promotors aufzuklären. Beim Vergleich der genomischen Sequenzen von humanem und murinem ADAM10 zeigte sich eine hohe Übereinstimmung. Beide Gene umfassen 160 kbp und bestehen aus 16 Exons. Die ersten 500 bp stromaufwärts vom Translationsstartpunkt zwischen dem Menschen, der Maus und der Ratte sind hoch konserviert. Diese Region beinhaltet spezifische regulatorische Elemente, die die ADAM10-Transkription modulieren. In den ersten 2179 bp stromaufwärts vom humanen ADAM10-Translationsstartpunkt fanden sich einige potentiellen Transkriptionsfaktor-bindungsstellen (Brn-2, SREBP, Oct-1, Creb1/cJun, USF, Maz, MZF-1, NFkB und CDPCR3HD). Es wurde eine charakteristische GC-Box und eine CAAT-Box, aber keine TATA-Box identifiziert. Nach Klonierung dieser 2179 bp großen Region wurde eine starke Promotoraktivität, insbesondere in neuronalen Zelllinien, gefunden. Bei der Analyse von Deletionskonstrukten wurde die Region zwischen -508 und -300 als essentiell für die Transkriptionsaktivierung bestimmt. Die Promotoraktivität wird zudem streng herunterreguliert, wenn in die Region 317 bp stromaufwärts vom Startpunkt der Translation eine Punktmutation eingeführt wird. Diese per Computeranalyse als USF-Bindungsstelle deklarierte Region spielt eine zentrale Rolle bei der ADAM10-Transkription. Im EMSA wurde eine Protein-DNA-Interaktion für diese Region gezeigt. Durch transienten Transfektionen in Schneider Drosophila Insektenzellen konnte nachgewiesen werden, dass die Überexpression von Sp1 und USp3 für die ADAM10-Promotoraktivität entscheidend ist. In EMSA-Studien bestätigte sich eine Protein-DNA-Interaktion für die Region -366 bp stromaufwärts vom Translationsstartpunkt. Die Punktmutation in der CAAT-Box veränderte die die Promotoraktivität nicht. Da weiterhin für diese potentielle Bindungsstelle kein Bindungsfaktor vorausgesagt wurde, scheint die CAAT-Box keine Bedeutung bei der Promotorregulation zu spielen. Schließlich fand sich im EMSA eine Protein-DNA-Interaktion für die Bindungsstelle 203 bp stromaufwärts vom Translationsstartpunkt. Diese in Computeranalysen als RXR-Bindungsstelle identifizierte Region ist ebenfalls von Bedeutung in der Promotorregulation. Auf der Suche nach Substanzen, die die ADAM10-Promotoraktivität beeinflussen, wurde ein negativer Effekt durch die apoptoseauslösende Substanz Camptothecin und ein positiver Effekt durch die zelldifferenzierungsauslösende Substanz all-trans Retinsäure festgestellt. Mit dieser Arbeit wurde die genomische Organisation des ADAM10-Gens zusammen mit dem zugehörigen Promotor aufgeklärt und ein neuer Regulationsmechanismus für die Hochregulation der Expression der alpha-Sekretase ADAM10 gefunden. Im Weiteren sollen nun die genauen Mechanismen bei der Hochregulation der alpha-Sekretase ADAM10 durch Retinsäure untersucht und durch Mikroarray-Analysen an RNA-Proben transgener Mäuse, welche ADAM10 überexpremieren, neue therapeutische Ansätze zur Behandlung der Alzheimer´schen Erkrankung identifiziert werden.